1KLY | Genus

Total Genus 82

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	82
sequence length	212
structure length	212
Chain Sequence	VMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIAGFKVADIPETNEKICRATFKAGADAIIVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMSHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSTRPERLSRLREIIGQDSFLISPGVGAQGGDPGETLRFADAIIVGRSIYLADNPAAAAAGIIESI

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__8289784631223487__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__8289784631223487__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1KLY/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__8289784631223487__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"8289784631223487","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1KLY/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__8289784631223487__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
source organism	Methanothermobacter thermautotrophicus
publication title	Mapping the active site-ligand interactions of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase by crystallography. pubmed doi rcsb
molecule keywords	OROTIDINE 5'-PHOSPHATE DECARBOXYLASE
total genus	82
structure length	212
sequence length	212
ec nomenclature	ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date	2001-12-13

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00215	OMPdecase	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	1klyA00

3QMTA 3N34A 2X1UA 2PURA 4LY8A 4UR8A 5AHMA 1GOXA 4GNJA 3L66A 4DXVA 1F6PA 3EKZA 3DHFA 4JS3A 1TREA 1RR2A 3TE9A 2CFFA 3LHVA 1RZMA 1O5KA 3TA6A 5F4SA 1KM5A 3SZ8A 1VLIA 3G1YA 3IEBA 4OT7A 5DELA 5T26A 3W9ZA 5HINA 2QAPA 2G96A 1F76A 4MYXA 2QCGA 4LV9A 3HGOA 3GAKA 3TROA 3IVSA 5CZTA 4CLMA 4UTUA 2YGYA 2HMCA 2WV8A 3DBPA 4O11A 1OK4A 5E1QA 3WJYA 2V9DA 3HPZA 1VYPX 1KM0A 1VYRA 3EX4A 4WZHA 3MP4A 4GC4A 3U8GA 2VEMA 2OT1A 3M0ZA 3CWOX 4N4QA 3S9YA 4K7VA 1G4EA 1OFBA 3G1VA 1JCMP 4JYFA 3PS7A 4O1AA 2XN2A 4E38A 3L21A 1X1OA 4AXKA 2CLIA 4AF0A 3G8EA 3PM6A 1ADOA 4I7VA 1TTIA 2CLOA 3TFXA 4OU1A 2YFOA 2YZRA 3OIXA 1WOBA 4FEZA 4LU0A 2E5CA 4JTFA 2A7NA 3R2GA 3QQ1A 5I3KA 3B03A 3NQFA 3TQKA 3W1AA 3GLCA 3W2LA 1W3TA 5AC8A 3N9RA 4A2RA 4S2CA 4K8EA 2RFGA 3GZ3A 3TW6A 1MEWA 4O4WA 1FCBA 3TW7A 1E51A 4KWWA 3A5FA 3USBA 3GAYA 5BNKA 3EXRA 5CG7A 3CQ0A 2Y89A 4Q32A 3O16A 4UUIA 4MFDA 4QIUA 3BG9A 1EB3A 3KFTA 1FQ0A 4DO4A 1VC4A 1H60A 1L9WA 4XKYB 5BW6A 3O6YX 3PUEA 5F4WA 4CNOA 1YDVA 1C8VA 3OBKA 4NT0A 3FJ6A 4NX0A 3SSJA 1SW3A 1XKYA 5FF3A 4QISA 2HTMA 3HGSA 3NQCA 1D3HA 3LV5A 3W6YA 1J2WA 2Y88A 4MY1A 2VFGA 2GVJA 1LLWA 3GKFA 2IQTA 5HULA 1JR1A 1KM2A 3O6CA 1WBHA 3P5ZA 1ZENA 1M7OA 3THQA 1WQ5A 1W5OA 3TNOA 2UV8G 4UR7A 4L4LA 3W22A 2NX1A 3S5NA 2GVGA 5EL1A 1GZGA 3QSRA 2QDHA 2TPSA 3M6YA 3L9CA 1V7YA 4O4VA 1K7FA 3PF3A 1FXQA 2E6YA 4OV9A 2TMDA 4JTTA 3DFPA 2J88A 2OJPA 2C6QA 4LRTA 1FWRA 2A4AA 2A2IA 1ZALA 5CSRA 2GQ9A 3P8IA 3HJZA 3L0KA 2DZXA 5AYZA 2Q8LA 5FF2A 3TQVA 5AHFA 3LBMA 4NJHA 4O50A 1OX4B 4RXFA 4HNTA 5KZEA 1P0NA 1AW2A 1ML1A 4Z1AA 2BZNA 3O8AA 5K9DA 3MI2A 3CU2A 2QKFA 3NYZA 1HG3A 2DZWA 1SSDA 1TB3A 3DAQA 1SO3A 4UMAA 2CW6A 2H90A 1QFEA 4HNUA 3LRLA 1IXPA 3Q94A 3G1FA 4N6FA 4AEOA 1GVFA 3RLUA 4NZFA 2PE4A 1ICQA 3E9AA 1YPFA 1AG1O 2DZVA 3EX1A 4MZ1A 3TC6A 5AC6A 4ZQOA 3GNNA 3EWBX 3RK8A 1X1ZA 1R2TA 3OVQA 5HR7A 3BVJA 1WOAA 3PB2A 3MP3A 3PSVA 1JUBA 1K02A 3B4UA 1H61A 4JD4A 2QCLA 4UTHA 3EX3A 2A6NA 5EKYA 2E6AA 4LC8A 3GVGA 3DZ1A 3G0XA 3R5EA 4LTSA 5KITA 5LNWA 1X8FA 5E93A 5D2YA 5HNRA 1A50A 3C2FA 1VZWA 4GE8A 1Q3NA 3DFOA 4ZQRA 3TMLA 1I2OA 3TCEA 1OFOA 4JYEA 1FCVA 4IXHA 3L0NA 1H62A 4K39A 1TJRA 1JCJA 1I2PA 3P62A 2JK2A 2QCEA 3L5AA 1AW1A 4MY9A 2YW4A 4FNQA 1L6WA 4ORMA 1OF8A 4NJIA 4WY0F 4DBEA 2CLKA 1OX5A 4JY8A 1RD5A 2F7FA 2V5BA 3WJZA 5I3JA 1WV2A 1LOQA 5AN7A 2HSAA 3G1XA 4Y8FA 4M19A 4MUZA 5I3IA 5FI8A 4PA8A 4JR5A 4UXDA 2VC6A 3KRSA 1P4CA 2BXVA 3G1HA 1F5ZA 5F2GA 1B4KA 3C2RA 5EY5A 3VE9A 4TU1A 3GR7A 2FJKA 3CB8A 3CEUA 4IXXA 1QDSA 3N9SA 2NV1A 3DI1A 3NPXA 3DI0A 1P5BA 2AQWA 3ABOA 4JDBA 4NZJA 4OGZA 1IIHA 1Q6QA 2E77A 4RK8A 4UTWA 3W7EA 3LHZA 3TXZA 1GTHA 2C18A 3O07A 4UFJA 5DCBA 3EB2A 3L65A 2ALDA 3OA3A 1LROA 4RZ4A 3G8RA 4WXYA 3FYOA 5I3GA 2PRMA 5LHEA 3UQNA 3QQ0A 5EPDA 5K4ZA 3W7CA 2V2CA 1F73A 1ICPA 3C2EA 3P81A 3B0UX 2BX7A 8TIMA 4LVGA 1UUMA 5CZJA 3W7HA 4MFEA 4A22A 2WNNA 4CQ9A 3SY5A 2ZZ7A 5D37A 4YCOA 1FWWA 3INPA 3P7YA 1PS9A 5C2XA 1Z41A 5MHBA 3LTYA 1ONRA 3M5ZA 4AMAA 3LI0A 4ZMGA 1X6UA 3LERA 4O15A 2FFCA 2TSYA 1YPIA 3TSDA 3W3OA 2H3DA 2O7QA 4R7JA 3W7IA 2ZZ5A 1TPEA 4ADTA 4DPQA 3HO8A 2DZTA 5IBXA 1R46A 3UXAA 2A5HA 1QOPA 3S1XA 1KLYA 3WJXA 3BW4A 3KOFA 1FXPA 2Y85A 3LLFA 4IX0A 4Z0SA 4IOTA 3FOKA 3LHUA 3W88A 2RKXA 3VE7A 3UWWA 4Z1CA 4DO5A 1OABA 1H50A 4R34A 3IGUA 3LGEA 1GWJA 3GNDA 3O15A 3ABQA 3S5OA 2HS6A 1P1XA 4UTWC 1W0MA 3UWZA 4JN6A 3THAA 1KM3A 4RZ5A 3HMJG 3HQ1A 4G1KA 4N9BA 1WYIA 2QUUA 3Q58A 3TH6A 1KM1A 4FF7A 2J9YA 4WY0B 1QO5A 1LZOA 1VQTA 3BW2A 4K38A 3AJXA 3S1WA 4NJGA 2Z2UA 4NXKA 5A5WA 3PULA 1FUYA 2FIQA 3STGA 1S5TA 1I45A 2BSLA 4PC8A 4HPXA 4MPQA 1DQWA 1G4TA 2X16A 3BLEA 4FB7A 4W9TA 4OWGA 3N2MA 4AAJA 1L2UA 4JTJA 3KRZA 4BR1A 2OT0A 1H7PA 2Y70A 3DH7A 1PL9A 4PCFA 1JCLA 3ANYA 4NQ1A 1CI1A 3UZJA 1YDNA 3W1MA 3W1TA 2OZ0A 3QJAA 4MJMA 1H7OA 3OG3A 4K37A 3V75A 2VFHA 1TPFA 5LNSA 2VFDA 3YPIA 5K2ZA 1ZAJA 1VCVA 4DEFA 1SO5A 5IBXC 1G4SA 1YTKA 2NV2A 4DF2A 3NO5A 3NM3A 1MZHA 3G3DA 3PUDA 3GX9A 1F05A 3KRUA 4NNAA 2RH9A 3MI6A 3LHYA 4DF0A 4HNVA 1N55A 1VGAA 1OFQA 2VFFA 1CX9A 4RR4A 1K8XA 1GVOA 3CTLA 2VEIA 3V1PA 1GQNA 3DHDA 3EWYA 4YCPA 1VJIA 3NNTA 3BK0A 3VNDA 2PCQA 2Z0IA 4AVFA 2Y6ZA 3W2MA 2E6FA 4GFSA 2JGQA 4XTDA 3R13A 1OYCA 3IVUA 3TAKA 2ISSA 1HUVA 3CWNA 1XBYA 4UFHA 1LP6A 2NXGA 1ME8A 5F2IA 3GXTA 4Y6GA 1TPDA 3RU6A 3NG3A 3W2JA 4AWSA 2RDWA 3R8RA 5K3VA 1VRDA 1GYLA 3LM7A 3LOTA 4CNNA 2Q3RA 1EIXA 3IGXA 4UTLA 3QC3A 3NAVA 4UMBA 4UNKA 2V82A 4ZQCA 3PSWA 1A53A 4UC5A 2ZTJA 1OVDA 3PBUA 2RHGA 3LHWA 4M7SA 2ZA3A 1S5VA 2VENA 4E2DA 1TTPA 1T96A 3S6DA 1TO3A 2BWGA 5FESA 3IV3A 2WKJA 2V0TA 3M7WA 3OVPA 3STEA 2ISVA 5CKSA 1UBSA 3A21A 2Y62A 1TPC1 3LTSA 2C0AA 3A9IA 1I2NA 2C15A 3FEMA 3CT7A 5D2XA 3W86A 3DFQA 1IF2A 2YFNA 1KM4A 2QAFA 3TV8A 3GYEA 5AYYA 4O53A 3W7MA 3G1DA 2B4GA 2FLIA 3IGSA 1ZAHA 1OFAA 1KFLA 2QJHA 2J24A 3QF0A 3IIZA 2XN0A 2ZQ0A 2Y7FA 4IMEA 1Q6OA 4QM1A 1HL2A 4QITA 2Y7EA 3N73A 1EEPA 5CPMA 2A21A 2GVLA 2G97A 1G69A 5KINA 1K3UA 1KTCA 4JTIA 3O1NA 1C9DA 1SZGA 4N6EA 1W31A 3ATYA 3QW4B 2CLMA 1Z48A 1KFBA 5H2ZA 2ZCGA 1KW1A 3W85A 2I9EA 3LTPA 3NL2A 4ZL1A 2VKZG 1RQEA 4I9AA 3HBLA 3SECA 3QZEA 1GPWA 4JX5A 3GDTA 3W71A 3L5LA 1O94A 4MLRA 4O57A 3IRDA 4WXZA 2C13A 3TDFA 1L6SA 3QSTA 1A5CA 5HWMA 3DENA 2WJZA 3C61A 4N4PA 1Z42A 4K36A 1QMLA 3E02A 3GDMA 1KFKA 1NEYA 2Z6IA 1UJPA 2R94A 3LB0A 5AFDA 1KLZA 4O14A 4KKXA 3JR2A 3HPSA 4E2BA 2P10A 3BLFA 1JUKA 3IIVA 1K7XA 2Q3OA 5FF0A 3H53A 3I68A 4HT3A 4PODA 1LORA 4JYDA 3UWYA 4BFAA 4AHQA 4C1LA 3RMJA 5TBOA 1FDZA 1W56A 4RZ6A 4ZVJA 1KV5A 3U6WA 2YDAA 2QCCA 4JTHA 4WQ6A 4YXGA 1H7RA 3NQVA 3E12A 4RX0A 4NJKA 1AW5A 4JTEA 2NUXA 2GJNA 4MKNA 2ZA2A 4JXCA 1OF6A 1EP2A 5FF4A 4X3ZA 2YYUA 1ZNNA 4FIQA 4FNSA 4OV4A 4ICNA 2AAMA 2ZRZA 3WJWA 2X2GA 4HN4A 1I2RA 2YCEA 2D73A 4GUHA 4PL1A 3GDLA 4IGHA 3GB6A 3NL6A 3W87A 1EUAA 3NEVA 2QDGA 3KVLA 3TUUA 1RVGA 5A8GA 4IMDA 1GJPA 3S5ZA 4NX5A 3TJXA 2NUYA 4NUWA 1TPUA 4UMCA 3LXCA 3PB0A 2V81A 4FNPA 1TPB1 1F7BA 3G3MA 5U7SA 3PWAA 1FCUA 3PG8A 1WXJA 1C29A 4O16A 3TK7A 2QUVA 1TIMA 1MEHA 1MO0A 2ZTKA 4NNBA 4S2BA 4AHOA 1QPQA 1W5PA 4XTIA 4IMGA 2FDSA 4DF1A 1XC4A 4WOZA 1QOQA 4MOZA 4IQLA 4P2VA 4O54A 1UB3A 4L4MA 4EVZA 4LVAA 1G6CA 3NR0A 4M6PA 1SR9A 3MHGA 2XFWA 1WAUA 1XI3A 4AF0B 1JUEA 2ZRYA 1MSSA 3W84A 3FS2A 4LOCA 4X22A 4U4MA 5LNRA 4LS1A 4JGDA 4QNWA 3PAJA 2C19A 3WK1A 5DLCA 1OG0A 3H54A 4Q4KA 3MJYA 1JRCA 1EUNA 3GDRA 4JX6A 3CIWA 2ZRVA 1LBLA 3DKJA 1DOSA 1JJKA 2V30A 1KBJA 3E0IA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3GM8 A;  3BO9 A;  1DOR A;  2VR5 A;  5LA1 A;  4H8U A;  4V2X A;  2WQD A;  3LS9 A;  3MKK A;  4YWS A;  1EHA A;  1GVE A;  3KW3 A;  1A0C A;  3SCN A;  1SQ7 A;  2CLF A;  3MMT A;  3MPG A;  2VDI A;  2PDJ A;  4AYS A;  4M1B A;  5U4N A;  4RE3 A;  2Y61 A;  3SFK A;  1XIB A;  1I60 A;  3REQ B;  1FH9 A;  1M7P A;  4DRS A;  1VBG A;  4IFR A;  1PPI A;  3NL5 A;  1SM9 A;  3LRM A;  2GUU A;  1KA9 F;  2VFI A;  5DX7 A;  4GVF A;  1DJG A;  4IPP A;  4QDW A;  1J0J A;  3CNY A;  4UQB A;  2G41 A;  5BOF A;  1E43 A;  4H6E A;  1HO4 A;  4IG2 A;  1J12 A;  1EJX C;  2WNQ A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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1KLYA

Total Genus

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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