1KLYA

Orotidine monophosphate decarboxylase d70g mutant complexed with 6-azaump
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
212
structure length
212
Chain Sequence
VMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIAGFKVADIPETNEKICRATFKAGADAIIVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMSHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSTRPERLSRLREIIGQDSFLISPGVGAQGGDPGETLRFADAIIVGRSIYLADNPAAAAAGIIESI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Mapping the active site-ligand interactions of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase by crystallography.
pubmed doi rcsb
molecule keywords OROTIDINE 5'-PHOSPHATE DECARBOXYLASE
molecule tags Lyase
source organism Methanothermobacter thermautotrophicus
total genus 82
structure length 212
sequence length 212
ec nomenclature ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date 2001-12-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1klyA00
2V81A 2CZEA 2V5BA 2PRHA 2CLKA 3CPRA 1M5WA 1K8ZA 2ZBTA 3L5LA 4Q32A 4HPXA 4FNQA 5DN1A 1VHNA 3NR0A 4O16A 1DBTA 2Z6IA 4UTIA 2CU0A 3N9RA 3S1WA 3G3DA 4XWUA 3TDFA 4IMEA 1W3TA 3JS3A 2Q3RA 1GVRA 1ZENA 2ABAA 3CHVA 1SPQA 1XBXA 1LROA 3S5ZA 2VFEA 4AEOA 3PUOA 2YGYA 2GJLA 3G0SA 3LGEA 3G8EA 3B8DA 4MVAA 2TRSA 3FEMA 3GDLA 1L9WA 2ISWA 1LBLA 1XC4A 4S1FA 5HULA 3S0CA 1KBJA 2C1HA 1FDJA 1JQVA 4IPIA 4AMAA 4UIOA 3LHZA 5F2MA 2QDGA 5G2WA 3STGA 4NXKA 3TFCA 4GE8A 1KBIA 2VEPA 4DXVA 1RQEA 2DU2A 4FX8A 5AYYA 1HO1A 1KA9F 1W37A 2Z2UA 4UFLA 3S8HA 3EWUA 4MLJA 5E0KA 3W7PA 1WOAA 2C6QA 2RFGA 4KFNA 3BK0A 2VEKA 1IXQA 3GX9A 1KM2A 3G24A 5C5YA 4UNLA 4LVBA 3M41A 4Y90A 4LOCA 3P74A 5KTLA 3UQNA 1KFLA 1QPRA 2HMCA 3NQ8A 4WY0F 4UTLA 2NXHA 3O06A 3UWQA 2H3BA 2V30A 2YYUA 4QISA 5CGQA 1GPWA 3QPYA 1M7OA 4NNAA 4IX0A 1WBHA 5AHIA 3YPIA 2B4GA 2QCGA 1QO5A 3T78A 3G1FA 4JX5A 4IWWA 3LBCA 2EHHA 3IIZA 1IF2A 1UASA 1K03A 3MYOA 3NQVA 2JBMA 1LBFA 4ZQMA 1GYLA 3HB9A 4PL1A 1WV2A 3DKLA 1GG1A 2CFFA 3WJYA 4UTTA 3IVUA 2Y61A 3NPWA 1CW2A 1LOSA 1T0OA 1F76A 2PURA 4KFPA 4TX9A 2YSWA 1UUOA 4TMCA 1VZWA 1LORA 1YTDA 1UBSA 3E0IA 4XQ6A 2NUWA 1R47A 4AAJA 3EX1A 1CI1A 2GJNA 5D2XA 3LM7A 3BV4A 4NJKA 2ZA2A 3GKAA 4K7YA 1KW1A 6ALDA 3QSRA 3TMLA 1LP6A 1YTKA 5DLCA 1SO3A 2QR6A 4N02A 1OYAA 3O07A 3O63A 5LNUA 1WDWA 1PVNA 1D9EA 3PWAA 4UTMA 3IGXA 1AW1A 1SO5A 4MOZA 1XBVA 4IMGA 4JTKA 3TSDA 2PCQA 1DJNA 3M5XA 2DZWA 1VLIA 3LTPA 5MHBA 1ICQA 2V0TA 4LU0A 4QSHA 3SGZA 3CU2A 4PA8A 4LC8A 4P61A 1K8XA 3OHIA 3QW3A 4O15A 4N6FA 1O94A 3PSWA 1GZGA 1IIGA 4UTKA 2XFWA 1NVMA 4JYDA 4ZQPA 1KM4A 3LRMA 4CCDA 3D0CA 1G4PA 2AGKA 2HS6A 5AFDA 3TJXA 1G7UA 3LLFA 4A29A 3NQDA 1EUAA 4RZ4A 4XKYA 2J88A 3ELFA 2GQ8A 4RX0A 4I7UA 2Y6ZA 2NV2A 2VFDA 3KRUA 5AOUA 3TX9A 1JCYA 5SWUA 4FHAA 4C1LA 1JUEA 5AHNA 1R2SA 1OX5A 5DELA 4O50A 1ZAIA 5LKYA 3P62A 4GNJA 4DO5A 1IXOA 3UXDA 5LHFA 1GQNA 4EF9A 3W7EA 2QDHA 3I7RA 1SSDA 3EXRA 3BGJA 4CNOA 1MEIA 2GQAA 1SR9A 3STEA 2RHGA 2EF9A 4MY9A 3TKFA 5CKSA 1S5WA 3LHVA 5J5DA 4L4LA 2C14A 3IIXA 1TSIA 1VYSX 2ZRUA 3GNDA 2CLLA 5FEXA 1XDMA 2Z1BA 1ICPA 2VC6A 1C29A 1Z44A 4HIBA 3RNDA 3T55A 2C15A 3ABSA 2E6AA 3TW7A 3NXFA 4JTLA 1H1ZA 2ZRYA 3W1UA 3WK1A 1NF0A 1Q45A 2C19A 1VR6A 2NX3A 3LRKA 3R8RA 2PRLA 4MZ8A 2J9ZA 4HN4A 3NZRA 3W74A 1F05A 3W7OA 3KVMA 3MW7A 2WNNA 3RFAA 1XUUA 2KZHA 1ZHAA 1OFPA 3B03A 4JTSA 2ABBA 1T8XA 3E96A 2A85A 4X3ZA 5D09A 4Z0JA 1J4EA 3EWBX 5AYXA 5T26A 4DPQA 2W0UA 4J9JA 3QMRA 1UUMA 1N8FA 1DHPA 2G5WA 3F4WA 4RCXA 2YFNA 3THQA 5D2VA 1IXPA 3L0GA 3JRKA 3SY5A 2R94A 4Z1CA 4FX6M 2QJGA 1EWDA 1K7FA 4HNTA 2BSLA 1JCXA 3BPWA 5EYWA 3GDRA 3UY8A 1L6SA 4WXZA 3P81A 2VOMA 1TCDA 3L21A 4MUZA 2JKEA 1THFD 3L5AA 3TC7A 1XBZA 2O7SA 3G1YA 1I4NA 5C6MA 4KFOA 3S5NA 1FWNA 4JGDA 2I9EA 2V82A 4FNPA 4UFIA 4IOTA 1RR2A 3ABOA 2X1RA 1DL3A 1W5NA 2WSQA 2A7NA 1SQ7A 1FWRA 1PCKA 2EAWA 1JRBA 2FPTA 2DJXA 2YPIA 5I3GA 1TREA 2GOUA 2QAFA 2A6LA 1A5AA 4LT9A 3A5VA 3S5OA 1OJXA 5CZ0A 1VQTA 1R46A 4JTUA 4N9BA 5DCBA 4XBSA 1WXJA 4I7VA 3S42A 1P4CA 2E5DA 5H2ZA 3R5EA 4AF0B 3MBDA 4BI7A 4DPPA 1OF6A 1EPXA 4QAIA 3VCRA 2DZUA 2CW6A 1TV5A 1F6PA 4DF0A 4HKPA 4FIRA 1O5KA 1FUYA 1WX0A 3MI3A 4OE7A 2X16A 1V7YA 1ONRA 2NUXA 4EF8A 2HS8A 3MP3A 3TJLA 4FF7A 3PVFA 3HG2A 2CZDA 3M16A 1GJPA 1QNVA 3Q94A 2QJIA 3NEVA 1G4TA 1TPFA 4UXDA 3S1XA 1OFAA 3TV8A 1LM1A 8TIMA 1NEYA 5I3KA 5C2XA 1I2OA 2FTPA 1FCVA 4GUGA 3W07A 3G0XA 4CLMA 5F4XA 3N2MA 4JNMA 3O16A 1Z48A 1KV5A 4FX7A 1ME9A 3B4UA 2OZ0A 4UTHA 4MFEA 3CEUA 3HF3A 3TCEA 5C54A 3WK2A 1LBMA 3N14A 4OT7A 4BR1A 4MJZA 5AHFA 2VELA 3KVKA 1FCUA 2Y85A 4WX2A 5AC8A 2ZZ4A 4IGHA 1TTPA 1GTHA 3W2JA 2WPBA 1QFEA 5CPOA 3OVRA 1Z42A 1GYNA 4PL2A 5KITA 1YDNA 3LB0A 1SZEA 3O05A 3G22A 2IQTA 1Q6RA 1QMLA 4IMFA 5A8GA 2G97A 4WOQA 5D32A 4MY8A 1QOQA 1OK6A 3W7KA 2DP3A 3CTLA 2PC4A 4IQLA 4IMCA 2NLIA 1SU5A 1PL9A 1H7NA 4ZQOA 4RZ6A 3W2MA 4O54A 3DH7A 1M6JA 2NXGA 2E5BA 3P8JA 2E1DA 5G5IA 3LI0A 5HNRA 2TSYA 2WKJA 4QIUA 2FB3A 3UY7A 1LRQA 2ZYFA 4LY8A 3EX6A 1HO4A 5K2ZA 4FEZA 1EP2A 4L4MA 4UMCA 5DBTA 5A5WA 3TU9A 4WZHA 2QUVA 2ZA1A 2ZTJA 1HFBA 3EWYA 4UTJA 3W7QA 1OX4B 3B04A 2Z6JA 4Y9AA 5D05A 5AHEA 3GZ3A 4O28A 5AC6A 4K38A 1XKYA 5EPDA 3OA3A 4OBTA 4KWWA 4OHQA 4HNNA 2A7RA 2YZRA 1F5ZA 1TRIA 3NL2A 4N9EA 3GKFA 2A7PA 1MSSA 4W9TA 2GVGA 5CZTA 3Q58A 1FQ0A 1KM0A 4N6EA 2XN1A 3W1MA 2WQPA 4N4QA 4RXFA 4O14A 2OX1A 3LCWA 4JICA 1AL8A 1B4EA 3V75A 1W56A 2VXNA 5TBOA 4CQAA 1IGSA 4NQ1A 4Y8FA 5EA9A 4BK9A 3C8FA 3NGJA 4MKNA 1TYGA 3SSJA 4ZZ9A 1TPUA 5F1VA 1OFRA 4GRSA 1H7XA 3M47A 5G4EA 3EWXA 1RPXA 3QMSA 1H1YA 1KFCA 4K39A 3OEXA 3CM4A 4LW7A 3JR2A 1A5BA 1B57A 4O0KA 1XDLA 3U8GA 1P1XA 3OG3A 5K4ZA 4NJGA 3NO5A 1DVJA 3LXCA 2B0MA 3ANYA 2A6NA 4TR9A 3UXAA 1DQWA 1SFJA 4O1BA 4MLRA 2H90A 3UZ5A 4FIQA 1VYPX 5DY2A 4DF2A 3QSTA 1JQXA 5AN7A 2B7PA 1AL7A 1ZCOA 3M5YA 3DI1A 4RLIA 4POCA 4UUIA 3PBUA 2WO5A 1KLYA 4RJEA 5IM51 3PM6A 1VCVA 3NVTA 1G69A 1H7RA 4M6QA 3CIWA 4YLWA 4M6VA 1ICSA 2QCNA 1JJKA 2PE4A 1TPC1 3SI9A 4MZ1A 1H7OA 4ZQCA 4JTGA 2OMAA 3ZWTA 4OU1A 3QQ1A 1B3OA 3LV6A 2B7NA 2BLEA 4UR7A 1LRNA 1TJRA 1XL9A 3EX2A 4P2VA 4JDYA 4JEQA 4PTNA 4IMDA 3W83A 4O11A 3OBKA 4ADSA 2QCMA 5HR7A 3P82A 2C13A 2QCLA 1G4SA 1YDVA 1I2QA 5CZSA 1QDSA 1SZFA 3O15A 3B06A 4JTEA 4QQ3A 1G6CA 1JR1A 1H5YA 3FYPA 2A1YA 2VEMA 3G3MA 1OHLA 3C2EA 3KOFA 2C16A 1EX5A 4XTDA 1JULA 4Z08A 3S1UA 3RLUA 3U2OA 3W7LA 1QWGA 3K30A 5LNRA 3B0UX 3FIGA 4RZ5A 5D33A 2JGQA 5I3JA 2GPTA 3P7YA 3NQFA 4JDBA 4M6PA 3LCLA 5F2LA 3BG3A 1G4EA 3B05A 4ML9A 4FNRA 2E09A 3A9IA 1H7PA 2DZVA 1T99A 3BG5A 4AXKA 4M5PA 3QH2A 4LS0A 1O4UA 3W7MA 1EUNA 1QOPA 1RV8A 1IXNA 5D02A 2TMDA 4EVZA 4GC4A 1YYAA 2QCFA 4LNYA 3W1XA 3MMTA 2G95A 4IJBA 4U4MA 3FJ6A 3KVJA 4DF1A 4B5NA 3HG4A 3LX9A 4WOZA 4K36A 4OV9A 3W71A 3DAQA 3NQGA 3W7RA 1MO0A 4LWWA 4HPJA 1TQXA 1OVDA 3NZ1A 3G1VA 3TMQA 5DCDA 5F4SA 5LGXA 2QUUA 2DJLA 4HHPA 3W7JA 3NL6A 3GDMA 3MI6A 4JIQA 1BWLA 2A2IA 4FXSA 4IXHA 3FYOA 2ATMA 2QCHA 4NXSA 3WJSA 3HPZA 2X1TA 3R13A 4PCFA 3BGGA 3I7QA 4QITA 3EB2A 5E93A 3QM3A 3VKJA 3MI2A 1W0MA 1F6KA 4BF9A 4LUJA 1PE1A 3BG9A 3DENA 5AC7A 2RDUA 1DQXA 3C0JA 5HWMA 4A2SA 1LLZA 3LCGA 1OFBA 1S5TA 3GXTA 3HPXA 1PCWA 4UC5A 4NT0A 3W73A 3HPSA 4DELA 3S9YA 1OX6A 2XN0A 1DJQA 1EEPA 3N3MA 1U83A 1QO2A 1L6YA 3NM3A 4NX5A 3I6RA 1W3NA 2ISSA 3GXPA 3OVQA 4UMAA 3QYQA 2GQ9A 5F2IA 5D37A 4YXGA 4ADUA 3LERA 4HNUA 3PUDA 3DFPA 3C61A 2LLEA 2NX1A 4M7SA 2BZNA 2W6RA 5G2IA 3QQ0A 1YDOA 2J6XA 3I7SA 5G4WA 4O4VA 3NA8A 1GEQA 3LI1A 2VKZG 3NQMA 3SFKA 4CQ9A 4O57A 4HSOA 4O53A 2I1OA 3DKJA 1KFKA 1X8FA 2CLFA 3LV5A 1LOLA 3B0PA 3EXSA 3W2KA 3I65A 4NU7A 3LCFA 2F84A 2Z0IA 3G8RA 3W3OA 1H7WA 2V9DA 3RK8A 4A21A 3IIVA 2QJHA 4HT3A 4MYXA 4AF0A 3NL5A 3VE9A 3LLDA 5G2HA 3STCA 1F74A 5U4NA 3MYPA 4Q33A 3CEPA 2X1SA 3W22A 1OFQA 3W7IA 1K7EA 2XN2A 5BMWA 3L0NA 1XBYA 3AJXA 1HUVA 3OVPA 3GR7A 3WK3A 3W70A 4N9DA 2DZTA 2H8XA 4QNEA 3W23A 1GVSA 5HWNA 3A22A 1ZAHA 2WNZA 4FNSA 5FF2A 1W3IA 4AB4A 3GK0A 2AAMA 2C0AA 2NZLA 5DCEA 5K9DA 4KWVA 5F2GA 3WFAA 3DFNA 3GNNA 2E6YA 3SW6A 2QCDB 5BOOA 2H8ZA 1TTJA 4MJMA 4O12A 2V2HA 3BW2A 3NOEA 2CLIA 1JVNA 2ZZ6A 2AQWA 3TIMA 5KINA 3W88A 1HG3A 3FFSA 2FPVA 3ZFHA 1DV7A 1OK4A 2YX0A 3W1TA 1VRDA 3QC3A 3T7VA 2VFHA 3CWNA 4TIMA 4DO6A 3W1PA 3ZR4A 1E51A 1VS1A 4XTIA 4DO4A 5CG7A 3MP5A 4WY0B 1YTEA 3R89A 4GUIA 1BKSA 5FF7A 4YL2A 3EWZA 1B4KA 3N2XA 3W1LA 3LDVA 2H3DA 1A5SA 4O52A 1O60A 1JCJA 3M0ZA 3HO8A 1C9DA 3A24A 1ZJIA 1PHWA 2DZXA 1ML1A 3W6YA 3IIPA 3W87A 1SW0A 1I2NA 2J24A 2RDWA 3W86A 4ORMA 2RH9A 1LYXA 3BO9A 5CZJA 1GOXA 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 4BFA A;  4UFH A;  1QPN A;  3LXB A;  2YW4 A;  3MO7 A;  2HSA A;  1TIM A;  5K7J A;  2BXV A;  1RZM A;  2A5H A;  1EP1 A;  3EX3 A;  3C6C A;  3TQV A;  3ATY A;  4UFM A;  1R2R A;  1F2J A;  1SO4 A;  1YXC A;  4UFK A;  4MZY A;  3O6C A;  3W76 A;  5K9C A;  4UCG A;  1TQJ A;  2WSY A;  4AHO A;  4NJJ A;  4H6K A;  4JN6 A;  3M7W A;  3G1D A;  5AYZ A;  5G1Y A;  2Q3O A;  2WOQ A;  4DQW A;  2GVL A;  3C4U A;  2OT1 A;  3NQ6 A;  1R30 A;  1X7F A;  3T40 A;  2VFF A;  2Y70 A;  4UR8 A;  1TJP A;  3CIX A;  3NDO A;  4M7T A;  2Y7E A;  4POD A;  3S1V A;  3UWY A;  1TB3 A;  2V5L A;  4PFM A;  4RR4 A;  5LGZ A;  5BMX A;  3GLC A;  3PUL A;  1ZFJ A;  4CQ8 A;  4HSN A;  3MP4 A;  1KFE A;  1W1Z A;  3UD6 A;  1YPF A;  3W72 A;  3W1N A;  3LBM A;  2QAP A;  2DOR A;  4JTH A;  1J5T A;  4WXY A;  5CPL A;  4Z1D A;  1VYR A;  1FDY A;  2ZZ1 A;  3PBW A;  1W54 A;  5LHE A;  4PH6 A;  3IV3 A;  4OWG A;  1KM3 A;  4ZVJ A;  3QRH A;  3L68 A;  5ABT A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 2V5B A;  2PRH A;  2Z1X A;  5CQ1 A;  4Q4O A;  4ATD A;  4Q32 A;  2IUZ A;  4HPX A;  4GIY A;  2YLA A;  5DN1 A;  4LYK A;  1V02 E;  4XZH A;  3DBN A;  1OGB A;  2PTD A;  2CU0 A;  2IKJ A;  3TDF A;  2Q3R A;  2HCV A;  1UW9 A;  2REQ B;  4LF1 A;  3CHV A;  1XBX A;  2X2Y A;  4DUW A;  2YB1 A;  4AEO A;  2GJL A;  4C6Q A;  4JFT A;  4PSP A;  2EG8 A;  3S0C A;  1JQV A;  1ONX A;  4NF7 A;  4Q4R A;  3STG A;  1JD9 A;  1PZ0 A;  2VEP A;  4WSH A;  1RQE A;  1W37 A;  1YRR A;  4DJF A;  4IIE A;  1E40 A;  1HJU A;  3W7P A;  1WOA A;  2C6Q A;  2DIJ A;  1AFS A;  3OGR A;  4LEQ A;  3RPT A;  1UWR A;  3NSN A;  1I1W A;  1WCG A;  2WBG A;  3RO8 A;  1KM2 A;  4U31 A;  4XVD A;  3RCY A;  3M41 A;  1DWH M;  1REQ B;  3WNN A;  4BKN A;  3NJ3 A;  1E0T A;  3P74 A;  3UQN A;  1QPR A;  1PO9 A;  4BZY A;  3NQ8 A;  3E2S A;  3NIY A;  4DJE A;  2H3B A;  4EWJ A;  2PLJ A;  3PTM A;  4B2D D;  5CGQ A;  3WLI A;  3B40 A;  4ERG A;  1HJX A;  4NNA A;  2XFR A;  2Q01 A;  5AHI A;  3YPI A;  2B4G A;  5MKG B;  3G1F A;  3ARQ A;  2EHH A;  1BSL A;  3HB9 A;  3XIN A;  3GTI A; 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