1KM2A

Crystal structure of orotidine monophosphate mutant q185a with 6-azaump
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
211
structure length
211
Chain Sequence
MNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIADFKVADIPETNEKICRATFKAGADAIIVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMSHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSTRPERLSRLREIIGQDSFLISPGVGAAGGDPGETLRFADAIIVGRSIYLADNPAAAAAGIIESI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Mapping the active site-ligand interactions of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase by crystallography.
pubmed doi rcsb
molecule keywords OROTIDINE 5'-PHOSPHATE DECARBOXYLASE
molecule tags Lyase
source organism Methanothermobacter thermautotrophicus
total genus 83
structure length 211
sequence length 211
ec nomenclature ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date 2001-12-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1km2A00
4K6AA 1A5CA 3RK8A 3EXRA 1QOPA 4XQ6A 1R30A 4WY0F 1PV8A 2BSLA 5I3KA 4CQ8A 5HNRA 3S1VA 4WJEA 2BTMA 4TIMA 3GNNA 4O50A 1SZFA 3S0CA 3G22A 1PIIA 1LBMA 3HPSA 3STFA 1L6WA 2Y61A 4LV9A 1TPH1 4DO6A 4Z1BA 3WK1A 1WYIA 2YZRA 3Q58A 1H1YA 4JX5A 1PHQA 5L9FA 3C52A 1WDWA 2HSAA 1KA9F 4TX9A 3W1MA 1JRCA 3WJXA 3IVSA 2Y7GA 3QEZA 1XBZA 3TROA 3NZRA 1WXJA 1VYSX 3TK7A 2QCFA 1W8SA 3GVGA 1SO6A 3K30A 1QDSA 3ZFHA 5FF4A 2Z2UA 1JUEA 2E5BA 3SFKA 4JYDA 4GFSA 3PULA 3PWAA 4Z1CA 3OEXA 3DGRA 4Z0SA 3L21A 3KHJA 4OV4A 2GVGA 3W7CA 5A8GA 2VEKA 4UMCA 3UWWA 1KLZA 5HR6A 5TIMA 5CKSA 3C2RA 3MO7A 1KFJA 1KBIA 4DF0A 1XBXA 4O8RA 3W7KA 5D04C 3YPIA 1SZNA 2C18A 3GAYA 4HSNA 4L4LA 2A6LA 2GQAA 4WD0A 3CWOX 3P8JA 5F2MA 4FO4A 3LDVA 2FJKA 2OMAA 4CLMA 1JCNA 2GVLA 3QMTA 4DXVA 5EBUA 5CZTA 1GYLA 4EF9A 3LV5A 4FIQA 3PC0A 1WX0A 3G1AA 1I8JA 2CZFA 2BZNA 4UCGA 1ADOA 1HUVA 1TMHA 1SSDA 3L68A 2W6RA 4MZYA 4OBTA 1L6SA 4UFHA 5AHMA 3W7LA 2H6RA 2AGKA 2VEMA 5F4SA 2QJHA 1B57A 3W1TA 2YFNA 3E96A 5DXXA 1B3OA 2WNNA 1OX4A 3NPVA 1FUYA 3BO9A 3W7DA 3S5YA 1IIGA 5BNKA 4NZFA 4M5PA 1DQWA 5IBXA 2VEIA 4U28A 3PUOA 5D32A 1W3TA 1H7NA 3UWVA 1TIMA 4FHAA 1VYPX 3W75A 1BKSA 3P5ZA 5K4XA 1DJNA 3W83A 4YMZA 1F2JA 2FTPA 2B7PA 1TTQA 2VENA 3LLDA 3NQ8A 2IQTA 3DFTA 4MPQA 3CPRA 4NX5A 2ZQ0A 4LVDA 5ABTA 4O13A 3L0GA 3BG3A 4GJ1A 3S1UA 4XWUA 3P84A 3W7PA 1SO3A 3USBA 4NX0A 4O14A 1SO4A 1W1ZA 4RZ4A 3IIPA 1G4TA 4AVFA 4WY0A 3MW7A 3IEBA 3QF0A 4JICA 1KV8A 3CTLA 4LW7A 3MBDA 3M5YA 1YDVA 4LTSA 4FX6M 1QO2A 3KVMA 2QCEA 1YADA 4P2VA 2H8ZA 1LRQA 3N3MA 3UY7A 2QF7A 3QPZA 2Z6JA 4HNUA 2GPTA 4G1KA 3NQFA 3PF3A 4OV9A 3MBFA 3DBPA 1O5XA 4UUIA 5DBUA 3DFSA 2A85A 3BLEA 5CPLA 1TYGA 3IGXA 2Y7EA 3IV3A 3W71A 4WX2A 2PE4A 5HINA 2RKXA 4LC8A 3W84A 1LDCA 3NOEA 2Y63A 1HTIA 3GLCA 5HMSA 4LUIA 1MEWA 2OCZA 3SI9A 1TSIA 4ONVA 1LTDA 4BK9A 4D2JA 1TQJA 1ME7A 3EWZA 1O5KA 4S2BA 3E49A 3L5AA 1OK6A 3L65A 4RLIA 5FF2A 1IF2A 1MZHA 1MEHA 3MP3A 3EWXA 5C6MA 1Z42A 3DFOA 2V0TA 3HO8A 2ZZ1A 1AMKA 5K7JA 2LLEA 1JCLA 1KTBA 3W7IA 3NQ6A 4H6KA 3LX9A 1FCUA 2G95A 2E68A 1ALDA 2Y88A 3LCGA 4WXYA 4UIOA 4IMCA 1JR1A 3O6CA 3NL6A 2NUXA 4Y6GA 4NNAA 3TH6A 3PR2A 3W86A 3LV6A 4ZQNA 3GNDA 2ISSA 1FX6A 4NZJA 4PL2A 1HFBA 3JR2A 3QYQA 2CZ5A 3I7SA 1VR6A 3SGUA 2YXGA 5LHEA 3Q94A 2V5LA 5A5WA 2V2CA 3IRDA 3STGA 3JRKA 1XUUA 2C13A 4YL2A 3NA8A 1JCMP 4LS1A 1T8XA 3E0IA 3NM1A 2RDWA 5FI8A 5AHIA 4QQ3A 3GZ3A 2Q3RA 1OFRA 2B7QA 2GQ9A 1I2RA 1P1XA 5D09A 2V30A 3TMLA 1QPRA 3ABSA 4M6VA 4O1DA 3W7QA 3KRSA 3QMSA 4RZ6A 3PUDA 2YSWA 1E51A 3A9IA 2ZYFA 3ZS4A 3C8FA 3G0UA 3WJYA 1OFDA 2P1FA 1OYCA 4ADUA 4UFJA 5HUOA 1FXPA 1W56A 5FEZA 5G2IA 3SW6A 2B4GA 4IXHA 2GQ8A 3DU0A 3H54A 5D30A 3EKZA 3NQ7A 4RXGA 3M1ZA 1EUNA 4MY1A 2PURA 1A53A 3P82A 3S9YA 3NQ2A 3RU6A 3LCFA 1TPFA 5C54A 4CNPA 1DORA 4FIRA 3W6YA 3CM4A 1JQVA 4HT3A 2HMCA 4NJIA 2NWSA 3MYPA 4Y8FA 5DELA 3W1XA 4NVTA 1GT8A 4X3ZA 1T96A 3W7HA 4O1AA 1VLIA 3M5ZA 2YR1A 1TRIA 4AWTA 3HPZA 1SQ7A 3Q2DA 5F2GA 4X22A 3CU2A 4NU7A 3W7MA 3V75A 2OT0A 3G1HA 1DKWA 5FEPA 1VCFA 2V5BA 2QEZA 4MOZA 3UWQA 5F1UA 2C0AA 2V82A 3HGJA 5DXYA 3W1LA 3GDMA 4R34A 4HNTA 1XM3A 3TX9A 3W1UA 3W72A 1SZEA 1N55A 3BW3A 4GNJA 4HNVA 3BGGA 2AQWA 4PFMA 2NX9A 4JGDA 2XN2A 3QZEA 1PVNA 2R8WA 4AB4A 3G8RA 4ML9A 4DQWA 2Y85A 2DJXA 3FEMA 1F76A 3TE9A 5FEWA 2VFEA 1AW5A 4LNYA 1F6PA 2YGYA 4UNLA 4CCEA 1PCKA 2NX1A 1M7OA 3EWWA 4XBSA 5AYYA 4E38A 4NQ1A 3N9SA 3B06A 1KFCA 1O4UA 2WJZA 1SW0A 1OABA 1MO0A 1A5BA 3G1VA 3L67A 3CIWA 4WY0B 5J5RA 5D2YA 2E6DA 4LY8A 4H4IA 3UWYA 5AHLA 2F7FA 4E2BA 3O8AA 4RX0A 5AC7A 4AAJA 1EB3A 3W88A 5DN1A 3TAOA 4UTTC 4AHPA 4POCA 2VOMA 4FNSA 1QOQA 3I7QA 3PG8A 2G5WA 3WK0A 2ALDA 3FIGA 1FWNA 5H2ZA 3A21A 1JJKA 2CLOA 3GDLA 1H63A 2V8ZA 1K7EA 3KRUA 3HB9A 4AHOA 4O4VA 1L2UA 5EY5A 1YTDA 4RJEA 1G69A 1XL9A 5HWMA 4BR1A 3UPBA 1KTCA 1TPDA 5FF3A 3LCLA 4N4PA 4QISA 4EOUA 1GZGA 2VXNA 3P80A 2QKFA 3HBLA 4ZQMA 3G0XA 3UWUA 3W87A 3C56A 5F1VA 3NPWA 3PB0A 4H3DA 5EMUA 1SFLA 3DKJA 4M7SA 3EX3A 4JDYA 3GR7A 3HIJA 1FXQA 3S1WA 1DL3A 3R8RA 2ZTJA 3NG3A 1I2QA 2VFHA 4UFIA 4JTHA 3ZR4A 1QCWA 1UUMA 3RNDA 3M5XA 2QCDB 5CZSA 2GUUA 2ZZ5A 3PSVA 1KW1A 1G7UA 4JD4A 3P60A 4UFLA 4A2SA 4CCCA 2GJLA 3OVRA 3FS2A 1YDNA 2R91A 1QPNA 3FA5A 3HPXA 3W9ZA 1FQ0A 4LRSA 3M6YA 3ELFA 3AJXA 3LHUA 3HMJG 3B0PA 1T99A 1WV2A 1D3GA 3W74A 3UNDA 1B9BA 1SUXA 3OA3A 4TU1A 3IIVA 1FWRA 2Y62A 3U6WA 1R2TA 4Z1AA 1NFBA 1NF0A 4N9CA 3C6CA 3B04A 4IQLA 2RDUA 3PAJA 4JEQA 2AAMA 2PC4A 1X1OA 4JTFA 2XFWA 3NXFA 1W5OA 1WBHA 4C1LA 1W5NA 5D2WA 3C3NA 4O12A 5EYWA 1LYXA 4O16A 1X6UA 1K7FA 5EA9A 3NPXA 3LHVA 1TTJA 2EKCA 3MJYA 4UNKA 5DCBA 1EEPA 4GE8A 1XBVA 2J9YA 1VHCA 3STEA 3TKFA 4YWIA 3TMQA 2WNQA 3TDFA 3I6RA 2NXHA 4GUGA 2Y89A 3PBWA 2QCHA 3LLFA 1L9WA 3QJAA 4JTEA 1ME8A 1LCOA 4M6QA 2RDTA 5C2XA 1CI1A 2DZWA 4UTWA 1FCQA 1OFOA 3TQVA 2VC6A 4QIUA 1RZMA 3H55A 4NNBA 2PRLA 1KM5A 1UUOA 4EIVA 1Y0EA 3LBMA 1X7FA 3KFTA 3NQCA 2YYUA 1DOSA 1H61A 1RVGA 3N14A 2YCEA 4NJJA 3W2UA 1N7KA 2A6NA 4UFKA 2I1OA 3ABRA 3P74A 3QSRA 3CC1A 4R33A 8TIMA 1H7OA 3TC6A 2CLEA 1G4EA 2E5DA 4JDBA 1SR9A 3EKLA 3O6DA 3W7EA 3STCA 1TPVA 3G3MA 1I2PA 3A5VA 3W1NA 5LNWA 4JN6A 1H5YA 4LVFA 4WUIA 4Q33A 1JULA 3GKAA 1KM6A 3NPUA 1WOBA 1YYAA 1SW3A 2E6YA 3W7NA 4JNMA 2E6FA 3LGEA 2NXIA 4EWND 3TU9A 4ZQRA 4WQ6A 1H7RA 5F4XA 2EPHA 1NF7A 5G1YA 1PCWA 1W5MA 2WSQA 2PRMA 1FBAA 2TMDA 4UTKA 2WKJA 3MUXA 2ZZ2A 4CCDA 1RV8A 1XC4A 5E1QA 1OYBA 1N8FA 5AFDA 1ZENA 5KZEA 3EEGA 2Y6ZA 4O52A 1S3HA 3QM3A 4GRSA 4XTDA 1FDZA 1KFLA 3TQ0A 3LI1A 1LOLA 1SFJA 2HS8A 3E9AA 4JTTA 4OE7A 4UFMA 3GXTA 2CLFA 3INPA 4DF2A 4EVZA 4JX4A 1GTEA 5AB3A 4A29A 4UTJA 3QH2A 2QUVA 2A7PA 3S8HA 3O15A 2ZZ6A 2X1SA 3HG5A 4XUGA 4LUJA 2CZDA 4LS2A 2R94A 1QAPA 3I65A 4IUOA 3TUUA 1KFKA 1W0MA 5LHFA 2A5HA 3HF3A 3VNDA 1UCWA 1EX5A 2V2HA 3G1DA 2YX0A 4ADTA 4LWWA 5I3FA 3LERA 4OGZA 3LCWA 1TV8A 3FJLA 1J2WA 4ICNA 3P62A 1KTNA 1Z48A 4PCFA 3A24A 3L9CA 5K2ZA 3WJSA 4KFOA 1TO3A 4AXKA 4AF0B 3W2JA 5KTLA 3KXQA 4IX2A 3LBCA 2QCGA 5TQLA 2C14A 3EX4A 4JY9A 1QPOA 4XKYB 2ZRXA 3VE7A 4W9TA 1G4PA 3DHFA 3IVUA 5EL1A 3NQMA 3QC3A 4O10A 1KM4A 2A0NA 2ZDRA 3BW2A 3TA6A 1VC4A 4XTIA 3QPYA 4NJGA 5F4WA 3TSBA 4TMBA 3O6YX 2FQIA 3GR8A 4UR7A 1YXDA 4ADSA 3TSDA 2B7NA 1DQXA 1F05A 2TYSA 2VFFA 1OFQA 3MWAA 3NO5A 3DI1A 2ZA2A 3LCIA 1AW2A 3VCRA 2F84A 4MLRA 1OF6A 4KWWA 4R7JA 5D37A 3FKRA 1M6JA 5HULA 2V9DA 1TREA 3EB2A 4R53A 3HGOA 5K9CA 1VGAA 3T44A 4YCOA 2J9XA 1GWJA 4K36A 4MKNA 1KM0A 4UXDA 4BI5A 4WXZA 2O7QA 2DU2A 4FX8A 4JTGA 3KX6A 1W3NA 4PC8A 5H91A 4UMAA 4QNEA 1SZGA 4K8EA 1UBSA 3QQ1A 4S1FA 4OHQA 3QW3A 3H53A 3R2GA 6ALDA 1TPUA 4A2RA 4MJMA 4LT9A 2QUTA 3F4NA 3S6DA 2CLKA 3KAOA 1QR7A 5G1TA 1I4NA 2YDAA 4OT7A 1PL9A 3LTSA 4FEZA 3W3OA 4HPXA 2X16A 3UYCA 1H7XA 1F5ZA 3G1YA 1YTEA 3PBVA 2RHGA 1EIXA 4A21A 5EPDA 1QFEA 4Z0JA 1VZWA 4RV8A 4UC5A 1EA0A 3QMRA 3SSJA 2YFOA 5D05A 5HUPA 2QDHA 2PRHA 5HQEA 2X1TA 4E2DA 3NR0A 5AYXA 1GVOA 3HOJA 2ISWA 2QCNA 1WBJA 5FF7A 5L6UA 1X1ZA 4Z1DA 2UV8G 5D03A 2A2IA 3E02A 1TV7A 5F2IA 3C2FA 3DKLA 3QRHA 4RKAA 2ATSA 1VQTA 2WSRA 1MSSA 3BVJA 1LROA 3G0SA 1W5PA 1F74A 3SR7A 4JYEA 1R47A 3NZ1A 3TJLA 2CZEA 2ZBTA 3L5MA 1P0KA 4HHPA 1IXQA 2HS6A 3SJ3A 4O1BA 4M6PA 3R89A 3OHIA 1OFPA 1K3UA 3TXZA 2VELA 5KZDA 4NT0A 1B4EA 3V1PA 3CIXA 3VE9A 1CW2A 3OIXA 5CSSA 1YXYA 1QO5A 2NV1A 2E5CA 3LCXA 3MHUA 1XKYA 4CNOA 1ZY9A 1Z41A 1ZFJA 1VHNA 1FY6A 4Z08A 4UTTA 3LTPA 1GVRA 3U8GA 4BI7A 1FCVA 3BW4A 1V7YA 3UD6A 3UZJA 3IGUA 3S1XA 1Q6RA 1OX4B 3QFEA 3BG5A 3P61A 1BWKA 3NYZA 2EAWA 1P5BA 3C2VA 3DFNA 4MVAA 3S42A 1YPIA 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 2O7S A;  4QNW A;  2FB2 A;  3I7R A;  4TMC A;  3CQ0 A;  4DPQ A;  4AF0 A;  3FKK A;  1NEY A;  2EHH A;  4Q4K A;  1W5Q A;  1WAU A;  3W22 A;  2FDS A;  5K3V A;  3GKF A;  1KV5 A;  1IXP A;  1VCG A;  3CHV A;  3FLU A;  3DFP A;  3GDT A;  4XKY A;  3L2I A;  3S5O A;  4C1K A;  3HQ1 A;  2QR6 A;  4K7V A;  4DBD A;  1EPX A;  3LTY A;  5KIN A;  2A21 A;  4NJK A;  1JCX A;  1VS1 A;  3M44 A;  2ATM A;  4BWL C;  1BWL A;  3RFA A;  4JR5 A;  2DOR A;  4IJB A;  1ICP A;  1TPC 1;  3IVT A;  2TRS A;  2BXV A;  4TR9 A;  4AH7 A;  4FB7 A;  3NDO A;  4FNT A;  2VEP A;  3FFS A;  1YDO A;  4JXC A;  3NQA A;  1JVN A;  1TB3 A;  4DBE A;  4DO4 A;  3LB0 A;  4I7U A;  3TC7 A;  3R12 A;  4GUI A;  4O28 A;  1ICQ A;  2C3Z A;  4PTN A;  5F2L A;  2H3B A;  3B05 A;  1FWS A;  5CG7 A;  2H3D A;  1VJI A;  3TQK A;  3W7G A;  5CGQ A;  2NWR A;  5D38 A;  3W7O A;  1H62 A;  1TTP A;  4GXM A;  1YLV A;  3W2N A;  1H51 A;  5D33 A;  2J27 A;  5KIT A;  1K8Z A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 1A5C A;  3GH4 A;  3RK8 A;  3BMV A;  3FJN A;  4K68 A;  5I3K A;  1PV8 A;  4BCE A;  3SFW A;  3KP1 A;  5ABE A;  2VR2 A;  3M0M A;  1WDQ A;  2BTM A;  1EZW A;  4TIM A;  3HZ3 A;  4QXI A;  3HPS A;  2Y61 A;  1ODZ A;  3WK1 A;  1WYI A;  3UP8 A;  4JX5 A;  5L9F A;  5CJ5 A;  1WKF A;  3GVQ A;  1E4I A;  1EGM A;  3GH7 A;  4TX9 A;  4HOX A;  3W1M A;  5JBF A;  3TOP A;  1D8W A;  2YCL B;  1M03 A;  1J96 A;  3GVG A;  3PZM A;  1B3X A;  1QK2 A;  4D8L A;  3ZYZ A;  1JUE A;  1TML A;  4IIS A;  3WML A;  4Z1C A;  3S6T A;  4JBR A;  3OEX A;  4LBS A;  4XO7 A;  4Z0S A;  2UY4 A;  4OV4 A;  5HK4 A;  2F61 A;  4GG9 A;  4LEQ A;  4UMC A;  3UWW A;  1SR0 A;  3AML A;  3C2R A;  4A6G A;  1POJ A;  1TUF A;  2PDY A;  1KBL A;  1KBI A;  3WUG A;  2D0H A;  3NGF A;  3WSU A;  4HSN A;  4AZB A;  4L4L A;  4MAZ A;  2GQA A;  3VCN A;  3WQC A;  4TV6 A;  3LDV A;  4CLM A;  1JCN A;  3NUR A;  1K6W A;  5CZT A;  4JN8 A;  1UWU A;  2YIH A;  4UCG A;  4E3T A;  1ADO A;  2UWF A;  2AMG A;  1RCQ A;  1B5T A;  3GTI A;  3CUZ A;  4HZ8 A;  3UR8 A;  5HMD A;  5CEW A;  3W7L A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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