1KM3 | Genus

Total Genus 83

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	83
sequence length	212
structure length	212
Chain Sequence	VMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVAIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIADFKVADIPETNEKICRATFKAGADAIIVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMSHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSTRPERLSRLREIIGQDSFLISPGVGAQGGDPGETLRFADAIIVGRSIYLADNPAAAAAGIIESI

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Mapping the active site-ligand interactions of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase by crystallography. pubmed doi rcsb
molecule keywords	OROTIDINE 5'-PHOSPHATE DECARBOXYLASE
molecule tags	Lyase
source organism	Methanothermobacter thermautotrophicus
total genus	83
structure length	212
sequence length	212
ec nomenclature	ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date	2001-12-13

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00215	OMPdecase	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	1km3A00

1ZNNA 3LCHA 3ELFA 3P5YA 4ZL1A 5CSRA 1TPVA 4QQ3A 4NJGA 4NZJA 5FF7A 4LY8A 2X1UA 4MY1A 3FFSA 4MZ8A 4RXFA 4N6FA 4HNNA 1TPUA 2EPHA 4WXYA 1UUOA 5MHBA 3OEXA 1SZNA 3BO9A 1J4EA 1PCWA 1PHWA 2RDTA 2FPTA 1VYSX 4UR7A 4WUIA 1LBFA 1LTDA 1ME9A 3UWZA 4DELA 3L68A 3WJWA 4ZQPA 3EWZA 1W5QA 5D2WA 2B7PA 1W3TA 1WOAA 1FDYA 2VEKA 4JEQA 2F84A 2JGYA 5I3JA 4UFJA 3TXVA 4ORIA 4ZQCA 3UWQA 4MLRA 2QKFA 4HPJA 2VFEA 4O10A 4RJEA 2DZSA 2CW6A 1VZWA 3FIGA 4UTJA 4NX5A 3IRDA 4XBSA 3B04A 5I3FA 1SPQA 1BKSA 1H7XA 4IMGA 4LC8A 2PURA 3CIWA 2E1DA 1GTEA 2QEZA 2I9EA 1A5AA 2VFHA 3S1XA 2VFFA 2ZRWA 2V30A 3TROA 1H7OA 3SFKA 3KRUA 3DI0A 3LHYA 1PV8A 4UR8A 3TX9A 3DHDA 3TNOA 4AWUA 3C0JA 5FF0A 1SUXA 1EX5A 3LRMA 1EP3A 5D2XA 5DBTA 2FDSA 3LXCA 2Y70A 4AWSA 1JVNA 2Q8ZA 3ATYA 3VE7A 2VC6A 3NXFA 3CWOX 1RQHA 4HHPA 3QPYA 1SW0A 3TSMA 1OFEA 2NLIA 5EMUA 1TPEA 5DBUA 1OFOA 3LHWA 2PRHA 4IXXA 2A6NA 4ONVA 1LROA 3BV4A 3W7JA 3NQ6A 1KW1A 2ZDRA 4M7TA 1EP1A 1CI1A 3JR2A 3RF9A 5C54A 3S1WA 4PL2A 1G7UA 3M5XA 1ICQA 1AK5A 1CX9A 1TV5A 4R53A 3DBPA 3W23A 4K38A 5CG7A 3S1UA 3NEVA 2VFDA 3W1QA 3C2RA 3N9RA 2CZDA 1SO3A 1SQ7A 3WJXA 3GKAA 2CLHA 2EHHA 3QW3A 5KZMA 3BGGA 1XUZA 3BW2A 2FIQA 4LV9A 4ICNA 4AVFA 3UQNA 5CZTA 3UPWA 3NNTA 1EIXA 4LVFA 3CWNA 3GVGA 4WQ6A 1TMHA 3B0UX 2ZZ5A 3EXTA 3LCWA 5HUOA 3SW6A 2Z0IA 2DZXA 3MP4A 1GG1A 5D09A 4RZ4A 3NG3A 3S0CA 5IBXA 2CU0A 4JYDA 4HSNA 1TTQA 1PL9A 1GPWA 3W84A 2Y88A 5DCDA 1TYGA 2ZTKA 2FQIA 4JTIA 4MZ1A 1WOBA 4YWIA 3TV8A 4LVBA 3QFEA 4RV8A 1W5MA 3DAQA 3WK3A 2Z2UA 2R8WA 3DFQA 2YSWA 3M47A 5A8GA 3C4UA 3PS7A 1VJIA 1PVNA 1PS9A 3FYPA 3CEPA 3DU0A 2CFFA 4OV9A 4QITA 1QPOA 2E6YA 4ZVJA 4UNKA 3HMJG 1T8XA 3M41A 3QPZA 4UFHA 3RLVA 5CSSA 4JTFA 8TIMA 1Q6RA 2JKEA 3W71A 3ZWSA 3WK0A 3KOFA 5HWJA 2X1TA 5D04C 2QCDB 2WPBA 3BW4A 3LXBA 5CPNA 1HO1A 1YTEA 2QCFA 3EWWA 3EWUA 4O28A 2JK2A 1N8FA 1L6WA 2QR6A 2A0NA 1R47A 3DFPA 5FEXA 4LOCA 1GEQA 3W7LA 2WSRA 3P61A 1AW1A 3W22A 2ISSA 1QO2A 2A7NA 3R2GA 2H8XA 5CPOA 3THAA 4E2BA 2G5WA 1C9DA 1FWSA 1OFQA 3LERA 4HNTA 3NGJA 1KFBA 3FA5A 3GXTA 4WOQA 4JTLA 2PC4A 3QH2A 1TREA 5CZJA 1M6JA 3U2OA 4QAIA 1TJPA 1W3IA 5K4ZA 3HGOA 1YADA 2HS6A 4GUIA 3T78A 3SIZA 1VHCA 4OQVA 3PUEA 5G2HA 4LTSA 4XZ9A 3EX4A 1H60A 3BPWA 1ADOA 2X30A 3MUXA 4RLIA 1JQXA 4JS3A 2C15A 3ZS4A 4BK9A 1O5KA 4DEFA 1DORA 3PBUA 5AYZA 1LYXA 4QNEA 3LOTA 4UTTC 3S5OA 1DJQA 4FF7A 1F05A 3OHIA 6TIMA 2E6DA 1YLVA 1OHLA 3FKKA 5AHIA 4NJJA 4S2CA 3EKLA 1RD5A 3D0CA 4O19A 5E93A 3WJZA 1SO6A 2H3BA 3G18A 5T26A 1MEWA 4FX7A 3LCIA 3P8JA 1G4TA 3TQ0A 5D30A 2YZRA 1KM0A 4FX8A 2V0TA 1LZOA 2V2DA 4YMZA 3ZR4A 3W87A 3MP5A 3EKZA 3W7HA 1QFEA 3M44A 4TR9A 3UYCA 3W1AA 5AHEA 2E5CA 1KV5A 1VS1A 3GAYA 4WY0B 5G2IA 2DORA 2E68A 1K8YA 2H6RA 4JTSA 1WV2A 3DKLA 1F6PA 2YGYA 4AHOA 1KFJA 1GVOA 3B8DA 2WJZA 3G1FA 3LCGA 1YDNA 3EWBX 4TMCA 3IVTA 3W7CA 2WV8A 2J9XA 3QJAA 1JRBA 1LOQA 2GJLA 3T7VA 4BF9A 3NQFA 1Q45A 3QYQA 2GVJA 2NXIA 3AJXA 3IGSA 3LDVA 4G1KA 2D73A 4Z0JA 4CCEA 1TPC1 1G67A 2Y7EA 3PY2A 3T55A 3C2EA 3QZEA 4RX0A 3NQDA 3FEMA 4GNJA 3W88A 4CLMA 2EKCA 3T44A 3HJZA 4X3ZA 4BWLA 2X1RA 1RR2A 2IQTA 3L66A 3MO7A 3T40A 3LRKA 5BW6A 3SGUA 1SSDA 3KVLA 2VEPA 3HBLA 1LCOA 1YTDA 3F03K 5D02A 1OJXA 3O05A 2A5HA 2VEIA 2P0OA 3BARA 2P10A 1DHPA 2GQ9A 3V1PA 2RKXA 1ZAIA 3ZFHA 1WX0A 3E02A 4IPJA 3PB2A 1L6SA 4UNLA 2WNQA 3L0NA 1TQXA 1N7KA 3LX9A 3TUUA 3BG3A 1LP6A 5AHNA 4YXGA 5HR7A 1EEPA 2NWRA 4POCA 5BRBA 3GDLA 4DBDA 3L5MA 4FIQA 2NX3A 5CPLA 1OX5A 3GYEA 1WQ5A 3W7PA 2ZRXA 3GXPA 1P0NA 1SFJA 3G1YA 4FNQA 1FCVA 4IMDA 3STGA 4GC4A 5KZEA 1GOXA 1OFDA 5F4WA 5LZLA 2QCNA 2ZRVA 3HG5A 1SW7A 3N9SA 3G1SA 4ZQRA 1E51A 1VCFA 1OFPA 1OYAA 3PSWA 3W7KA 2BLEA 2HSAA 2CLMA 3W7GA 3OVPA 3ABOA 5H2ZA 4FX6M 3WJSA 4O4VA 3PF3A 1BWLA 3PM6A 5H91A 3W2LA 1QPNA 5J5DA 2E6FA 1H63A 3FJLA 4K37A 3O15A 1QMLA 3C6CA 3CPRA 2LLEA 3OIXA 1XUUA 3BLEA 1W54A 1KV8A 2Y89A 1XBXA 1VR6A 4JD4A 2Y63A 3O8AA 2ZZ3A 1R30A 3LI0A 3MI6A 2Y7DA 3KVKA 1O60A 4MY9A 3W73A 4NT0A 4GFSA 3P81A 4NJKA 3UWVA 4XKYA 2FTPA 2YW4A 3W7QA 4KFPA 3TH6A 3I7QA 1EWEA 3SJ3A 1R2TA 4UIOA 3L21A 1G4SA 3RFAA 3PUOA 4OT7A 1I2PA 3M5YA 4LUIA 4LVAA 2FFCA 3GNDA 3N2MA 3QEZA 4NNCA 2ZA1A 3G1VA 4ZMGA 2C14A 2JKPA 2VFIA 4O50A 4QM1A 4GRSA 3R12A 1TB3A 4O15A 4WOZA 3HQ1A 2YPIA 5I3HA 4GXMA 1AMKA 1JCXA 1QPRA 1T0OA 1JUBA 4DXVA 3P84A 1YXYA 3N34A 1H1YA 1OABA 4NXSA 5F4SA 3TJXA 4A22A 4ZZ9A 5GVJA 2CZ5A 3UWYA 2YCEA 1KFLA 1U5JA 3B06A 1VLWA 2ALDA 1DL3A 5DXXA 4CQ9A 3C52A 1VC4A 4UTLA 1LM1A 4UTKA 3C8FA 1UCWA 5FEWA 3CU2A 4FNSA 1UBSA 2V5BA 5D2YA 4NUWA 2Y85A 3FS2A 1ZY9A 2Z6IA 2YW3A 5KMYA 3A9IA 3RMJA 3QF0A 4CQAA 1IXOA 3DGRA 5K7JA 2VXNA 3SSJA 1KM3A 5F2IA 1ZFJA 3TIMA 4K7YA 4MZYA 2QCCA 3UY8A 1FDZA 4FNUA 1MEHA 2QUUA 2TMDA 3KRSA 1LLWA 3GDTA 1ZHAA 3HGJA 3W7NA 4LT9A 4S2BA 2BX7A 1TIMA 3VE9A 3W72A 3W74A 2ATMA 1OX6A 5AFDA 1J2WA 3OVRA 2X1SA 1MZHA 3M43A 1TPWA 2W79A 5LNUA 1U83A 4O1CA 4O57A 3W7OA 3E96A 2Y62A 3TKFA 3QW4B 5F1UA 1TRDA 2TSYA 1GTHA 2WOQA 3GNNA 3M9YA 2G95A 2Y7FA 2GUUA 4RXGA 2GQ8A 5E1QA 4BI7A 1PIIA 3PWAA 4AHQA 3W1TA 1D9EA 3BG9A 3W1MA 1JCJA 4GUFA 1JRCA 2QCGA 3TW7A 1XM3A 4A2SA 4IJBA 2QJHA 1XDLA 3UWWA 4DF0A 1CW2A 5FESA 5CKSA 5KINA 3I65A 4N2YA 2CLEA 1DVJA 1XC4A 4O14A 3NPXA 2OJPA 3EEGA 3QM3A 5F1VA 1MXSA 3UZJA 3W7EA 1IF2A 3CHVA 1VQTA 2B0MA 2I14A 2H8ZA 3G0UA 2A6LA 4XBKA 3R8RA 1H62A 4LRTA 5D2VA 1LDCA 1TSIA 2CZFA 4JICA 1KTNA 5I3IA 3P62A 4MFEA 1OFAA 2B7QA 5DN1A 5LHFA 3NZ1A 1FX6A 2OZ0A 1VYPX 5FF4A 5I3KA 2QAPA 1Q6LA 2B7OA 3MI3A 2ZZ2A 3O6DA 4O18A 1RV8A 3W7DA 5AC7A 3GLCA 1F73A 3DXIA 1GG0A 1TO3A 1IIHA 3W2JA 1XBYA 3PVFA 1NSJA 3IGXA 2YR1A 1W0MA 1M7OA 4O1AA 3IIPA 2VFGA 3PB0A 4L4MA 3ATZA 3B05A 4CNNA 4MIMA 1EWDA 4GUHA 3VKJA 2TRSA 4XWUA 2ZZ4A 4K39A 4ALDA 4FIRA 2DZPA 2H90A 2P1FA 1LOLA 1TCDA 4LNYA 3UZ5A 1TPH1 4IQLA 3Q58A 2ZBTA 1M5WA 3FJ6A 1Y0EA 5TQLA 4KWWA 1H61A 1H51A 3O07A 3KXQA 4D2JA 3TMQA 3EWYA 3HPXA 4JXCA 1EB3A 4ADSA 4DBEA 4RK8A 4UXDA 3CEUA 1X8FA 2DZVA 3W2MA 3H53A 4EOUA 3M5VA 3GXNA 3QSTA 4UTTA 2PE4A 3ABRA 1OF8A 3MYOA 1H7NA 1GYNA 2VENA 1F6KA 1LLZA 1SZGA 2NV2A 1A5BA 1TV7A 5EKYA 5F2LA 1GJPA 3TSBA 1S5VA 3E9AA 4JGDA 2E5DA 4Q4KA 4MVAA 2ZZ7A 1W8SA 3UNDA 1LBLA 1I4NA 2O7QA 4JR5A 4UTWC 1X6UA 1SO5A 1PCKA 4NZFA 2HMCA 1YXDA 4PCFA 2CLIA 2NUYA 1O94A 3LHVA 5G5IA 2KZHA 4U4MA 1OG0A 2YFNA 3DFOA 4FEZA 1QCWA 1SSGA 3LRLA 2F7FA 4R33A 5AYYA 1LRTA 1VCGA 2ZZ1A 3LCLA 4M19A 4IUOA 5G4EA 1ZAJA 3GDKA 2G97A 2Y61A 5CPMA 5D37A 3H55A 4WD0A 3FLUA 3HG4A 3LHTA 4I7UA 3W1UA 3W7IA 1F2JA 3KVJA 2ATSA 2E5BA 5K2ZA 5G1TA 3MBFA 5BNKA 3UXAA 3HF3A 3QC3A 3G1XA 1QOQA 1R2SA 1OYCA 2YX0A 1Q6QA 1OX4B 1FUYA 1PHQA 3U8GA 2X16A 4TIMA 3C56A 3WJYA 3L5AA 3M6YA 1FWTA 3NM1A 4QJ1A 4AF0B 2AGKA 4CCCA 4ML9A 3A21A 4IMEA 3H54A 5HINA 3NR0A 4BR1A 3NDOA 1HUVA 4FNPA 4YLWA 3R13A 1HTIA 1XFBA 5DY3A 3GZ3A 4LUJA 1XBZA 1N55A 3A23A 3QMTA 2C18A 3TFCA 4OBTA 1EPXA 4ORMA 3PBVA 5EYWA 5AHFA 4JDBA 4O8RA 1SO4A 3NQAA 3OA3A 3KVMA 3LTPA 1NF0A 4Y96A 1TV8A 2RFGA 4FNRA 3JRKA 1LBMA 3STCA 1JJKA 1QDSA 3W76A 5BMWA 3GB6A 3LHUA 3RK8A 2JBMA 2PRLA 3LTYA 5LSMA 3MHUA 1OFBA 5HR6A 3USBA 4Z08A 2B7NA 3MMTA 2ZTJA 3R89A 4QISA 4FHAA 1G4PA 3HG2A 5HUPA 1EUNA 4PH6A 3L67A 4LRSA 3DZ1A 5C55A 3P8IA 2ZYFA 5AB3A 5LGXA 1D3HA 4I7WA 5AC6A 4IOTA 3N3MA 4A29A 1W56A 3TQVA 1JUEA 1H7RA 3NO5A 2NWSA 3YPIA 3FYOA 4UFKA 5ABTA 1ML1A 2ZA2A 5LGZA 2ISWA 4PA8A 3TR2A 4LS0A 1IXNA 2XN0A 1VH7A 3IIZA 4DQWA 1IGSA 4O4WA 1WYIA 3W6YA 3SGZA 4MLJA 5KTLA 4I7VA 1EUAA 3GDRA 1L9WA 1MSSA 2BSLA 1C8VA 4RR4A 1DQWA 2C6QA 2FLIA 3W1PA 3GK0A 1OF6A 1JCNA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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1KM3A

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