1KM4 | Genus

Total Genus 83

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	83
sequence length	212
structure length	212
Chain Sequence	VMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIADFAVADIPETNEKICRATFKAGADAIIVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMSHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSTRPERLSRLREIIGQDSFLISPGVGAQGGDPGETLRFADAIIVGRSIYLADNPAAAAAGIIESI

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Mapping the active site-ligand interactions of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase by crystallography. pubmed doi rcsb
molecule keywords	OROTIDINE 5'-PHOSPHATE DECARBOXYLASE
molecule tags	Lyase
source organism	Methanothermobacter thermautotrophicus
total genus	83
structure length	212
sequence length	212
ec nomenclature	ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date	2001-12-13

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00215	OMPdecase	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	1km4A00

3F4NA 2R14A 2V8ZA 4N9EA 5BRBA 3VFLA 4TMCA 1SO5A 4HPXA 4PTNA 1DL3A 1W31A 2CZEA 3M44A 1YTDA 4UTKA 3N19B 1DOSA 1DBTA 1LYXA 2XN0A 4LY8A 5H2ZA 4DQWA 3DXIA 4O10A 4AAJA 3C8FA 3DI0A 1RD5A 1LLWA 1VPXA 3NOEA 3W1MA 3PB2A 1QAPA 4RZ5A 2D73A 4Y96A 1N7KA 3S5ZA 4WOZA 3EX3A 4NNBA 2BLEA 2HMCA 4LC6A 3W7HA 3DI1A 1XL9A 1ZJIA 2VELA 3BGGA 4OU1A 3PBYA 3W2NA 4JTHA 3LBCA 1FWRA 3QPZA 3SI9A 1NEYA 1PV8A 1TPVA 1KBJA 5TBOA 3HG5A 4MKNA 1ICSA 4JS3A 3O15A 4YL2A 4L4MA 3A22A 5DCEA 4NVTA 5SWUA 2BX7A 3L65A 1Z42A 4XKYB 4FXRA 2NX9A 4UFMA 4LWWA 4JTKA 2QCDB 3W7CA 2NUYA 1ZAHA 2V5LA 3C2VA 2E68A 5KINA 5I3GA 2ZA2A 4BI6A 1A5AA 2WJZA 4CNPA 2ZZ1A 3VE9A 3WJXA 3W6YA 1TPC1 5IBXC 1ML1A 1P0KA 3NDOA 3W2LA 3L0GA 3P5ZA 4LV9A 3MHGA 5D33A 3LRKA 4RV8A 3B8DA 4HHPA 5AHIA 3LOTA 3UWQA 3P62A 4S1FA 3BK0A 4AVFA 4NJHA 4X22A 3E02A 3NL2A 3AJXA 1L2UA 1WXJA 3ELFA 4R34A 3HO8A 4PA8A 4NZFA 2TMDA 1W5OA 4HPJA 4XUGA 1AW5A 4OT7A 3CQ0A 4FNPA 3W1QA 4A21A 1ZFJA 3PB0A 1M5WA 2ZZ2A 1MSSA 3LV6A 1X7FA 3B0PA 4HSOA 3MI3A 3UZJA 2YR1A 5CKSA 3OVPA 4UTTA 2CZDA 5F2LA 4RCXA 3TSBA 1JR1A 3BW2A 4LS2A 4WZHA 2RDTA 5HR6A 1YXDA 3EWBX 1SO6A 3ZFHA 1IF2A 1L6YA 1D3GA 4YCPA 5BMXA 3W7GA 5F1UA 4IPJA 1OX6A 2G96A 4TMBA 3TXVA 1VYPX 3BG9A 2Y6ZA 3S8HA 3W70A 3HPXA 5BOOA 4O57A 1I45A 1U83A 3E96A 3L0NA 4JEQA 1H7NA 4AF0A 3MYPA 5LGXA 5CSSA 3KRZA 3GDTA 2QCCA 3P8IA 3BW4A 3L67A 3W7OA 2H8XA 3FOKA 3EWWA 3UPBA 3NZRA 5DXYA 1FUYA 1SSDA 1JRBA 4JTFA 1EWDA 4QQ3A 3TJXA 4CLMA 5AYXA 1IIGA 4DPPA 2V0TA 2GQAA 3UXDA 3T55A 3A5VA 3K30A 1JCYA 1LM1A 2PRLA 4MZYA 2OT0A 3GXNA 5HUOA 3DHDA 1PHWA 3TFXA 2W6RA 1TO3A 4JYDA 1PE1A 3STFA 3NYZA 2Q8LA 2CU0A 3KRUA 1EUAA 4YCOA 1L6WA 1G7VA 5HWJA 3G0SA 4JTGA 2EKCA 4HNTA 4K39A 2RDWA 1RZMA 1H61A 1LOLA 2QUVA 3TXZA 4GC4A 3W7DA 1O5KA 2YSWA 1YPFA 4PL1A 1GQNA 3I7RA 1W3TA 3DHFA 1XM3A 2B4GA 1FDZA 1IXNA 1VCGA 2C3ZA 3OVQA 5BMWA 1QDSA 1X8FA 3QFEA 4RLIA 3S1XA 1QFEA 5CGQA 2RDUA 2GQ8A 3SGZA 1F6KA 4PL2A 4WY0F 3EB2A 2E5DA 3W75A 4DELA 2GUUA 3LHVA 4XQ6A 2J9XA 2JBMA 3LHYA 3W86A 2VFGA 1H51A 5FESA 2HTMA 4LTSA 2QCHA 4Z1BA 5C55A 4M19A 1XXXA 5CZSA 4CCEA 4MOZA 4PODA 3W9ZA 4XZ9A 2B7NA 4QAIA 3TMLA 1P5BA 3FIGA 1QPRA 4JX4A 3O1NA 1LBMA 4EF9A 1G6CA 2JGQA 4MY1A 3P81A 4Q32A 5LNVA 3PSWA 2BZNA 4WD0A 3LI0A 4MZ1A 4TO8A 1K7EA 3WK1A 5CZJA 1KM1A 1F7BA 5EPDA 2VEKA 4TR9A 3W84A 1YTKA 3HG3A 2QUUA 1ZAIA 2B0MA 2ZZ6A 1FCVA 1TV5A 4MJMA 3G22A 1PS9A 1ZY9A 1TPUA 1DQXA 1HO4A 2R8WA 4WY0A 4NZJA 2DORA 3W72A 1X1OA 1G67A 1MZHA 2CW6A 3N2XA 1F5ZA 3P5YA 1G4TA 2H3BA 2O7SA 2E6DA 3KVKA 5HQEA 4ICNA 2Q3OA 1YDOA 3THQA 1FWTA 1JRCA 2VEPA 1M7PA 3GB6A 3H53A 2ZFAA 2YX0A 5DN1A 3G1DA 2J6XA 4UFIA 3V75A 1BTMA 4O0KA 3P67A 1TTIA 2YYUA 1IXOA 1AMKA 5G4WA 1VGAA 3WJZA 3HB9A 3GIYA 1TV7A 2DZPA 3I7QA 3TUUA 4WQ6A 5G2WA 5C2XA 2C13A 1KV5A 2ZRYA 1TIMA 2X1UA 1AG1O 3LERA 4HSNA 2CZ5A 1F2JA 2AQWA 1VCFA 1JCXA 1YPIA 3P84A 2PRMA 3S1WA 1VHNA 3QJAA 2A7RA 1SW0A 3G1YA 3N14A 3BARA 3TC6A 1EUNA 3TMQA 1QWGA 2VXNA 3DU0A 4C1KA 3UXAA 5I3IA 1C9DA 3Q58A 4DXVA 2FLIA 2GJNA 1TPWA 1YYAA 4UFJA 3NPXA 4HNUA 1KFLA 5KZDA 1ME8A 4Y9AA 3ZR4A 1A50A 1WQ5A 4LVFA 4O1DA 4LUIA 2CLKA 3EKLA 3B0UX 5FF2A 3M5XA 3OG3A 3PM6A 4RK8A 4GUHA 2C15A 4A2SA 1NSJA 3M9YA 2YGYA 1UB3A 2YZRA 3T7VA 4CQ9A 1KW1A 3TAKA 3BVJA 3G1FA 4IMFA 3B4UA 3CIWA 4JTEA 1WA3A 1X1ZA 5CPMA 2E5CA 1TYGA 1WAUA 3NO5A 1H63A 2A7NA 3N9RA 4O28A 1VRDA 1W37A 2ZZ4A 1VLIA 4S2CA 4EF8A 2Y89A 3NQDA 4XTDA 2VOMA 5EKYA 5DXXA 3G18A 4RZ6A 3Q37A 2CLIA 2HS6A 2VC6A 3GVGA 3HGJA 1TPB1 4IOTA 3ATZA 1XBZA 5KZMA 3HG2A 3BPWA 5K9CA 2RH9A 3QMSA 3GDLA 1ONRA 2OCZA 3MWAA 2KZHA 2QCNA 3CPRA 4FB7A 4Y8FA 3W22A 3BG3A 4A2RA 4H3DA 5AHLA 3LCXA 1TTPA 4RR4A 4O1BA 4IMDA 3RK8A 2Y70A 4QNWA 1JVNA 3GNNA 2A0NA 1TSIA 1ZNNA 1SZFA 4JX5A 1SO3A 2I14A 1EX5A 1UBSA 4ZL1A 4JTSA 6ALDA 1GYNA 5D02A 2P10A 3QC3A 3LX9A 2QF7A 2OT1A 3I6RA 4WOQA 5TQLA 4FX6M 4ONVA 4UUIA 4R53A 1JQVA 3QW3A 1N55A 2NUWA 1FCBA 1VH7A 4S2BA 2WPBA 2R91A 4DPQA 1UJPA 4WXZA 1LRQA 1SU5A 2C6QA 1FY6A 3TW7A 3WK0A 3QEZA 3N2MA 1TREA 3KRSA 2QKFA 2PRHA 2R94A 2ZZ5A 1Q45A 4XWUA 3UD6A 1H7WA 4O52A 3M5VA 1YXCA 3N73A 5CZTA 1LBLA 1SR9A 3PUOA 1XCFA 3W1LA 2J9YA 5ABTA 3W2KA 4R33A 5D32A 5AFDA 2DU2A 3CB8A 3DKLA 2DZVA 1LP6A 3TCEA 4JY9A 4H6KA 3FKRA 4UMAA 1KLZA 2OX1A 2YDAA 4FF7A 5I3JA 2WNNA 1O5XA 4KWVA 4EWND 3RMJA 3TU9A 4CQ8A 3LHUA 2E6FA 1GVRA 1F76A 5I3HA 3LXBA 5TIMA 4HNVA 4W9TA 3HGRA 5D09A 4MY8A 5K7JA 4O50A 3MBFA 4O13A 4O1CA 3GDKA 3PUEA 1EP3A 3DFTA 4O0ZA 4N9DA 1PL9A 3JR2A 3PVFA 4N2YA 3C2EA 5KZEA 4J9JA 1AK5A 3A24A 1M7OA 5LNRA 2YCEA 4JTIA 3TX9A 3W1AA 5U7SA 3QMRA 1VQTA 3O16A 3VE7A 3SECA 2ATMA 2ZRVA 3FS2A 3THAA 3LHZA 2ABBA 5CPLA 5FEPA 3INPA 4WXYA 1LOSA 3Q2DA 1VC4A 3E9AA 1XC4A 5D2WA 3ZS4A 2C1HA 2J27A 4X3ZA 1P1XA 2VFHA 1QPNA 5AYZA 5HNRA 3NR0A 1GVQA 3N34A 3IRDA 2WOQA 5HWNA 5LSMA 1I8JA 2WO5A 3W1NA 2IQTA 2Y7FA 3W85A 4GUIA 1G4SA 3S5NA 1WOAA 1TRIA 2PURA 3PULA 3IGUA 3PAJA 4CCDA 3O6CA 2I1OA 5CSRA 4UMBA 1EEPA 2NUXA 1GVSA 1SO4A 3IIVA 1A5CA 3NL5A 3RFAA 3C4UA 1TV8A 3O05A 1H7OA 3W1XA 4FHAA 1L9WA 1GYLA 2ZRWA 5D30A 1KM0A 2EGZA 2FPTA 2DP3A 4UR7A 2WSYA 3BGJA 3RLUA 4O17A 5E93A 2V2CA 2C18A 4PCFA 5I3KA 3W1UA 3OHIA 4NJJA 5E0KA 3G3MA 1FWWA 2HS8A 2F7FA 3DFNA 3M1ZA 2EF9A 2GPTA 4JX6A 1O94A 4NNCA 5T26A 3IVTA 5G2IA 1DKWA 2X1SA 1IXPA 4K7VA 3W7MA 5AOUA 5KSWA 3TQKA 2FIQA 1QNVA 3WK3A 2G97A 3LRLA 4HIBA 2X2GA 4FNUA 1OG0A 1B3OA 3S5OA 4BK9A 3NQCA 3HJZA 4ZQRA 3LCHA 4WUIA 3RNDA 1PIIA 4IXXA 1H7XA 5DLCA 4AWTA 2FB3A 1A5SA 3A21A 4O11A 2VFFA 4MFDA 3C2FA 4GE8A 1GG1A 4HKPA 4LU0A 2FFCA 4UTWA 2E6YA 4NU7A 1ZALA 2V2HA 8TIMA 4GUFA 3NQMA 3H55A 1BWKA 3P60A 3G8RA 3B06A 1TJPA 4FNTA 3L2IA 2EAWA 3CTLA 2GVJA 3FEMA 2FQIA 2QJIA 5LNWA 5LZLA 1W5MA 5FEWA 2JKAA 2B7QA 3MP3A 3NPUA 4XKYA 1RVGA 1TPFA 3TQ0A 1FDYA 2QCDA 3W2JA 5FF0A 2A6NA 4HN4A 2J88A 3BG5A 3GNDA 4K8EA 3S5YA 1JCMP 1XBYA 2V2DA 4IMGA 1ALDA 1KFKA 4JTTA 1KLYA 1GZGA 3M16A 4ADTA 3VI2A 1W3NA 1GTEA 3PSVA 3P8JA 3SJ3A 3KX6A 1KTCA 3UPWA 3C52A 2ATSA 2J9ZA 3LTYA 1VYRA 3L21A 4XBSA 1L6SA 4Z1AA 3IVUA 4UTJA 4O12A 1VS1A 1VHCA 1B4EA 3FYOA 2ZRUA 1DJNA 3M5ZA 1F73A 3C2RA 1CW2A 4NX5A 1H7RA 3TQVA 1SUXA 2JK2A 1W1ZA 3L9CA 3MI2A 2ALDA 4RXGA 4QISA 1OK4A 4U28A 1GVOA 3HPSA 4O4VA 4UNKA 3DFQA 1ZAJA 1PHQA 2V81A 5FEXA 4LVBA 1F6PA 1B9BA 1SZEA 2TSYA 3L5MA 4ZQOA 5C5YA 1AL7A 3W7KA 1I2NA 1LOQA 4LV4A 1SFLA 3ANYA 5CPOA 3TR2A 1Z41A 3PS7A 3SGUA 3M6YA 5D2VA 2ZRXA 1DVJA 4UMCA 4M5PA 2TRSA 3NM3A 5A5WA 1BWLA 2W79A 1S5VA 2Q8ZA 2GVGA 1WDWA 3LTPA 3M5YA 3UQNA 1SSGA 1W5QA 5F2IA 5DY2A 2H90A 1K8ZA 4WY0B 1WV2A 4ZQNA 4R7JA 3GKAA 3UYCA 3EWYA 1UCWA 3IEBA 1OYBA 5L6UA 1JCLA 1Z44A 3JS3A 4JTJA 3W1RA 4DBDA 4E2BA 3C2OA 1LROA 1ZENA 5HR7A 2P1FA 2NXGA 1SZNA 4BI7A 3WJSA 1XDLA 3WK2A 1OFAA 5I3FA 4GXMA 4LC8A 3W1PA 4UTTC 3TE9A 2NWRA 5C54A 4ZQPA 4Z0SA 5C6MA 4Q4KA 1TQXA 3O63A 1DV7A 1R2SA 1KV8A 2ABAA 4CNOA 4K37A 5AHFA 4I9AA 3NEVA 3NXFA 3MHUA 4ZQMA 4GWEA 1KA9F 1FXPA 2A6LA 1G4EA 4AMAA 3C0JA 2XFWA 2Y7GA 4O4WA 2AGKA 4PFMA 3G1HA 1R2RA 3LXAA 3MO7A 4LT9A 3EX1A 5EYWA 4M7TA 4ML9A 3S6DA 1O95A 1QOQA 4GBUA 3LM7A 5DY3A 3P61A 1T96A 2C0AA 3SZ8A 5J5RA 5FF7A 2WV8A 1Q6LA 1HUVA 3DGRA 5BW6A 5K4XA 5D05A 3ATYA 4BWLA 1TCDA 1FXQA 3KXQA 3G1VA 5AHEA 2E09A 4N9BA 4ZVJA 1W54A 1WBJA 5G2HA 3NQ8A 3ABQA 3EWXA 2DZWA 4M6PA 2H6RA 3TFCA 5K9XA 1LBFA 3EX2A 1MXSA 1Q6QA 1R46A 1XKYA 1X6UA 2DZTA 3CEUA 3W7PA 1WOBA 3KVJA 1Y0EA 4Z1CA 3OBKA 3I68A 1Q6RA 3S1UA 4JDYA 1QMLA 2E6AA 2VEIA 2X30A 3FKKA 3QQ1A 2ZBTA 5IM51 5D04C 2GVLA 4IMCA 3STCA 2QR6A 4JYEA 3USBA 4OV9A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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