1KM4 | Genus

Total Genus 83

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	83
sequence length	212
structure length	212
Chain Sequence	VMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIADFAVADIPETNEKICRATFKAGADAIIVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMSHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSTRPERLSRLREIIGQDSFLISPGVGAQGGDPGETLRFADAIIVGRSIYLADNPAAAAAGIIESI

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Mapping the active site-ligand interactions of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase by crystallography. pubmed doi rcsb
molecule keywords	OROTIDINE 5'-PHOSPHATE DECARBOXYLASE
molecule tags	Lyase
source organism	Methanothermobacter thermautotrophicus
total genus	83
structure length	212
sequence length	212
ec nomenclature	ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date	2001-12-13

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00215	OMPdecase	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	1km4A00

3G1DA 3S5OA 3RU6A 2HSAA 3F03K 3JR2A 5AYYA 7TIMA 5BMWA 3TA6A 3IIXA 3D0CA 4OQVA 3DFOA 3WJSA 1NFBA 3Q94A 3EWZA 5DCEA 3R2GA 4JS3A 1LBFA 3G0UA 1IIHA 5G2IA 2CLHA 2VFIA 3NM3A 3GR7A 3OVQA 3QC3A 1C8VA 3UPBA 1S5VA 3P62A 5LNWA 1RVGA 2X1UA 3TKFA 3E02A 4FNPA 2LLEA 4UTUA 3W7EA 3UWWA 3ATZA 4N02A 3E49A 1OFBA 2CLLA 2ZCGA 5IBXA 1IGSA 3NPXA 4WXZA 3HJZA 1VJIA 3EXTA 4UIOA 3LDVA 3Q37A 4EWND 1IF2A 3TCEA 4MYAA 1VCVA 3A23A 3GKFA 1XBVA 3P7YA 1QAPA 4CQ9A 1EP3A 3W73A 4Z0JA 3NA8A 4Q4KA 2AQWA 3ZS4A 3LCHA 1TRDA 4H3DA 1B4EA 4ZL1A 2CLMA 4E0CA 2ISVA 3CLMA 1I2OA 2ISWA 1MO0A 2WOQA 2XN0A 2HMCA 3PSVA 3CT7A 3IEBA 4BF9A 1P5BA 5HWMA 4WQ6A 5LKYA 4CLMA 3WJXA 1R46A 1UASA 1JVNA 1UJPA 3M7WA 3LHZA 4TX9A 2ZRZA 1G4SA 1VLIA 4BI6A 2ZQ0A 1YTEA 4NNCA 4WY0F 5EKYA 1TTJA 1XDLA 2WNQA 4GUIA 4AVFA 1WAUA 4LC8A 4O12A 2Y70A 3QQ0A 5AHNA 1FWNA 3TQ0A 3W2JA 2DP3A 4IX2A 4JDYA 1VQTA 2YCEA 4AB4A 1P4CA 3TIMA 3QSRA 2DZWA 2WSQA 4UFHA 2NX3A 3DGRA 3QPYA 5G2WA 1J5TA 2W79A 3C2FA 3W1QA 4BWLC 2RDUA 2NZLA 2FFCA 3W1AA 3KVJA 2GQ8A 4NX0A 3W1XA 3CB8A 4R33A 1EP1A 2OX1A 3DFSA 5HQEA 5DCDA 2DZXA 3L5LA 4PH6A 3B06A 1LTDA 3M9YA 3W7MA 1GYLA 1KM4A 2VEIA 3N34A 5HNRA 4JTUA 3HF3A 3GDMA 3W7OA 3CEUA 3RLUA 3KVLA 2ZZ5A 2BXVA 2VENA 3KRZA 1H62A 1TO3A 1HG3A 4NU7A 1I2QA 1SR9A 4JEQA 1KFLA 1GVSA 5EA9A 3V75A 1EP2A 4NJJA 2NV2A 4ZQRA 4IMCA 3W2MA 1KTCA 5LHEA 3L65A 3O07A 3YPIA 2R94A 3LX9A 1K7FA 5DN1A 1X1ZA 4KKXA 3L66A 1K3UA 4WZHA 3A22A 2X1SA 4MIMA 1QWGA 1HL2A 4P61A 4ZQOA 3G1XA 3W1RA 4IPIA 5KZEA 5CZJA 3W3OA 1OX4A 1XFBA 5SWUA 4XUGA 3L0KA 4K8HA 5AOUA 1P0KA 2Q8LA 4C1LA 1XBXA 1OFRA 5D05A 1L6SA 2A0NA 1FDJA 2R8WA 3NQ6A 4ADTA 3IVSA 4DF1A 4CNNA 3DU0A 1W5NA 3DI1A 3FKKA 1WOBA 2A7NA 3DKJA 1OABA 5FEPA 3B0UX 5F2LA 5K7JA 1FDZA 3LXBA 3PY2A 3QYQA 2A5HA 4PL2A 1Z48A 3WJYA 2J9ZA 4RJEA 2YR1A 3T40A 3W85A 1LCOA 3UWQA 3UWUA 4OV9A 5K3VA 4JGDA 1QR7A 1R2RA 4HHPA 4IMEA 5CKSA 2V0TA 4WD0A 1K7EA 3LXCA 3EXSA 5DXXA 2DJXA 2TMDA 3STCA 3SECA 1W5QA 3DXIA 4IWWA 4O0ZA 1BWKA 3T7VA 3W1LA 4R53A 2O7QA 2PC4A 4UFIA 5D30A 1BKSA 5CPLA 1BTMA 1ZHAA 3L2IA 2F84A 4N9CA 5AC7A 1KFCA 1OFEA 2Z2UA 1SZGA 4BWLA 3NYZA 5K9DA 3DFTA 3SR7A 1VCFA 1BWLA 5F4WA 1PCWA 5FF7A 4AHPA 1B9BA 3IIPA 4M7TA 5IM51 4FXSA 3VKJA 1YYAA 2GJLA 2FPTA 1VZWA 1KLYA 3MI6A 4JX5A 1SW3A 2WV8A 5ABTA 4Y8FA 2HTMA 3TR2A 4K6AA 1QCWA 1Q6LA 1YXYA 2JGQA 2Y88A 5G1TA 3W2NA 4O1CA 1T0OA 1X1OA 3O63A 2YFNA 3TSBA 4Z1BA 5U4NA 4XZ9A 5G1YA 4EVZA 5K9CA 3WK2A 3TUUA 2V81A 3O6YX 3GIYA 5KZDA 4NZJA 5HR6A 1LOSA 3N19B 4RKAA 2C3ZA 1PL9A 3NOEA 4H4IA 1JUEA 4UTLA 3WK3A 4HT3A 5HWNA 3PUDA 2C0AA 4NJGA 3NL6A 3NZRA 1JCYA 3P82A 1YXCA 3R13A 2VFEA 2Q3RA 4NXKA 4R34A 4FNRA 4Y90A 3G8EA 3FIGA 1FX6A 1AMKA 1S3HA 3LB0A 5HINA 2A2IA 3WJWA 3TW7A 1W0MA 4NZFA 1EPXA 1FQ0A 4DPPA 1XBYA 3GNNA 4IMFA 3IIOA 3HB9A 1ALDA 2NLIA 4YMZA 3EWUA 5FI8A 1W5MA 3BLFA 2CZFA 3FYPA 2Y7DA 1XI3A 1ZFJA 2FB3A 3W1UA 3IIVA 1O94A 3EX1A 1I4NA 3THAA 4LV9A 3HGJA 3UXDA 3GDTA 2CU0A 3OBKA 4Z0SA 5G5IA 1ZJIA 1J2WA 4AAJA 3PBUA 4MVAA 5D02A 1NF7A 1B3OA 2HS8A 3LV6A 1OK4A 2JK2A 1VYSX 3W7HA 2GUUA 2C1HA 1OYCA 5BW6A 3S5YA 1VS1A 3EWXA 3G24A 3P74A 3BG5A 4FEZA 3MBFA 2QF7A 3O16A 2GVGA 5H91A 3LHTA 2CLIA 1T96A 4GFSA 5G2HA 4JD4A 4O0KA 3THQA 1YTKA 3STGA 3LHWA 3I68A 2JBMA 1DJQA 1K7XA 3HQ1A 4O18A 2QCLA 2HS6A 3GKAA 4JY9A 4O1DA 2VFDA 2QCDB 1I2NA 1HO1A 3BGJA 1L2UA 2ZRWA 4E2DA 3ABOA 5G4EA 4BI7A 1KM2A 4DELA 1IXNA 4MFEA 3HG5A 4FX7A 3OEXA 5D09A 4XKYA 1WQ5A 4RX0A 4DBEA 2A7PA 3O6CA 1GPWA 3NR0A 5HUPA 4O4WA 1KTBA 3T78A 2DZTA 5FESA 2QCEA 3MJYA 2YX0A 3STEA 4A22A 3TJLA 1BEUA 1LROA 1KW1A 3TXZA 4ONVA 5BRBA 4O28A 2Z1BA 3S5ZA 3UD6A 5I3FA 3LM7A 1B57A 5DY3A 4M19A 4X2RA 2ZRUA 3MUXA 2YW3A 4FF7A 4FO4A 3LGEA 1JRBA 3N9RA 1SZFA 1DL3A 2ABBA 2WNNA 2VEPA 1SW7A 3LOTA 1W1ZA 1KV5A 5D2YA 3LV5A 4LWWA 2GVLA 1QNVA 4DEFA 3W1PA 3EWWA 5L6UA 3KX6A 2WKJA 3QW4B 4O53A 3ZWTA 4TR9A 4GUHA 2WQPA 3W23A 1M7OA 1SZEA 1CX9A 3W7QA 2FPYA 1YTDA 3NPWA 3NO5A 4N9BA 3SZ8A 1U83A 1WA3A 2J24A 4Z1CA 8TIMA 4O15A 1LBMA 4AHOA 3QMSA 3DAQA 3NL5A 2CW6A 3TMLA 2CZ5A 2RKXA 3STFA 4U28A 1OYAA 4POCA 5LHFA 3PG8A 3S1VA 1R2SA 3HBLA 3VNDA 3B8DA 1Y0EA 1R2TA 4LC6A 1IXOA 2A7RA 2QEZA 3LTPA 1GVFA 3CU2A 1QPRA 1SSGA 1H7RA 2XN2A 5AYXA 3NQGA 4I9AA 3F4WA 4PL1A 2YFOA 4OGZA 1EB3A 3HOJA 2NX9A 1LRNA 3L5AA 3N3MA 3TDFA 1QOPA 3HPXA 3W7KA 1NF0A 1KM6A 3W86A 4QQ3A 1FWTA 1GYNA 2Z6IA 1PS9A 1TQXA 1GTEA 3RLVA 3DH7A 4EF8A 1TJPA 2YYTA 1KM1A 3CM4A 1Q3NA 3CTLA 3BV4A 3NQ7A 3LLFA 2CLKA 4HIBA 4XBKA 3MHFA 3G18A 1G4PA 4GUJA 1JULA 3MO7A 4IOTA 3CC1A 4HPXA 2A21A 3HPSA 3GDLA 4E38A 5HUOA 3TSDA 1V5XA 2V5LA 4YXGA 1OFAA 4UMCA 1W37A 5CG7A 3UZ5A 3KOFA 4O19A 2B7NA 5DCBA 4LU0A 3TQVA 1SU5A 3EX3A 1W54A 2B7PA 2Y61A 4IXHA 1L6YA 3PVFA 2AGKA 3UYCA 2WJZA 3EX4A 2DORA 1SO6A 5CZSA 3M5YA 1YLVA 5CZTA 1P1XA 2RHGA 3BO9A 3QQ1A 3W88A 5D33A 3W7DA 1QMLA 3KFTA 4JYEA 4O8RA 2CLEA 3E9AA 3LCXA 1NAL1 3IRDA 4JTKA 1EWEA 4PC8A 1VR6A 1TREA 3H55A 1GVOA 1PHQA 3P84A 1AL8A 1XUZA 2ZTKA 3QM3A 5D32A 1PIIA 1SFJA 1TCDA 1W31A 3FKRA 5CPMA 3CIWA 2QCGA 3CQ0A 1LORA 3GAKA 3USBA 4HSOA 4YL2A 1I2PA 1TSIA 2RDTA 2XN1A 3UY8A 1DHPA 3SI9A 3ABRA 2F7FA 1HFBA 1GZGA 4IXXA 2PE4A 2WO5A 4M6PA 1A50A 3BG9A 1LP6A 4O10A 2RDWA 4ORIA 4MLJA 3K30A 3U2OA 2YPIA 2NWRA 4EOUA 1JUKA 3VI2A 1TPC1 3W7IA 3UWZA 3W2LA 3SIZA 2B0MA 2JKEA 4C1KA 2G97A 1DKWA 3SSJA 2E5CA 2GQ9A 2PURA 4TO8A 1KBIA 4AXKA 4MPQA 4JTFA 2NXIA 4B5NA 3TU9A 4WOQA 1ICPA 4UTKA 4LTSA 4LS2A 1ICSA 2X1RA 3NL3A 4PA8A 3NQAA 5KSWA 1LOLA 4FHAA 1DQXA 3QSTA 4NT0A 3R8RA 4AF0A 5AHFA 3TH6A 2E6YA 3W1TA 3CPRA 1O5KA 1JQVA 4HNNA 4BK9A 3KVMA 3NQVA 4PODA 1EEPA 1KFEA 5KTLA 3ABSA 5D2TA 5AB3A 5KINA 3RF9A 2GOUA 2H6RA 3T44A 1EA0A 5AHIA 2OT0A 4CCCA 3W6YA 2QCCA 3E96A 1OF6A 4ZMGA 4JIPA 4KFPA 3LLDA 3ZFHA 4OU1A 1RQHA 3BW3A 3N14A 1VCGA 3L21A 2X30A 1DOSA 4NJIA 4WJEA 5AYZA 3QRHA 1G7UA 1I8JA 1XM3A 2I1OA 3PC0A 5D2VA 3WK1A 3A21A 2YSWA 2C14A 2QKFA 4UTMA 1I2RA 1QPOA 4LVAA 3B0VC 3CWOX 1U5JA 2H8ZA 3PAJA 1AW2A 3W87A 4LW7A 4O1BA 1TV5A 2PRHA 3S6DA 1TIMA 1SUXA 3L0GA 1OYBA 4XTIA 3UWYA 2IQTA 1M6JA 2QDHA 1FBAA 1O4UA 3C52A 4GBUA 3FYOA 2FB2A 4MY8A 2NWSA 5E93A 3MHUA 5F1VA 1VGAA 2Y63A 2DZPA 4MZ8A 4MY1A 2ZRYA 5J5RA 5TBOA 5F1UA 5I3KA 1FXPA 4I7VA 4A2RA 4FNSA 1MZHA 3NXFA 2OT1A 1TV7A 1LRTA 1ZAIA 3P5ZA 5LGXA 4XQ6A 5F4XA 3NQMA 3OHIA 3GR8A 1H50A 1T99A 5C2XA 1CW2A 4GXMA 1A53A 1KBJA 1R30A 4JY8A 1VC4A 3G1SA 3LCWA 4UR7A 3NQDA 3W7LA 1AK5A 3TK7A 1UBSA 3DFQA 5HULA 4LVDA 4PFMA 4UXDA 2VXNA 1TTPA 4RXGA 3S42A 1ZAJA 4XBSA 4QAIA 1EX5A 4MJZA 3W84A 4CQ8A 1GJPA 4QNWA 1DJNA 4H6KA 1FCUA 4A21A 2TPSA 5LNUA 1QPQA 4IJBA 3NQ8A 3GXTA 3LTSA 4JNMA 4NJKA 2ZRVA 4OE7A 1OX5A 4HKPA 4MYXA 5EYWA 5I3IA 3GDKA 1N55A 2FPVA 3G1YA 1AW5A 3VE7A 4X9SA 4D2JA 3G1FA 3IGXA 2J9XA 4DQWA 4DPQA 1A5BA 3UXAA 3P81A 3NQCA 2CFFA 4HPJA 3PB0A 4DBDA 2GQAA 2QUUA 3TV8A 3C2VA 1LZOA 1I45A 5AC6A 2WSYA 4LOCA 3NGJA 2J27A 1JUBA 3NAVA 3SY5A 2JKPA 1F74A 4GJ1A 3G0SA 4MY9A 5U7SA 2YW4A 3S0CA 3MI3A 2QR6A 4LNYA 4G1KA 3W75A 2H90A 3AJXA 1TB3A 1FWWA 1DBTA 1QDSA 5DBUA 5LNVA 5D38A 4UUIA 2NXHA 5CSRA 4RZ6A 2G5WA 5LNRA 4S2BA 4QSHA 2A1YA 1OX4B 3GNDA 3A5VA 4I7WA 1OFQA 3A9IA 1L6WA 3W7CA 2ZZ6A 4JTIA 3BK0A 5J5DA 3FEMA 5G4WA 2E68A 2VC6A 1IXPA 1OG0A 1QPNA 4IQLA 1F05A 4CQAA 2W6RA 1KFJA 4Q32A 3IVTA 3KHJA 2J6XA 4UTIA 5KZMA 1SO5A 3EKZA 4IPJA 3IIZA 3QPZA 4TIMA 3INPA 5F2MA 3LTYA 3M16A 2PCQA 1ZCOA 4O14A 2G95A 4FXRA 4GNJA 1TPUA 2C13A 5K2ZA 4ML9A 4CCEA 4M6VA 3M0ZA 1GT8A 5FEXA 1L9WA 3LCLA 3W83A 5FEWA 3UQNA 4LS0A 3W7GA 3HO8A 2DZSA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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1KM4A

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