1KM5 | Genus

Total Genus 82

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	82
sequence length	212
structure length	212
Chain Sequence	VMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIADFKVANIPETNEKICRATFKAGADAIIVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMSHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSTRPERLSRLREIIGQDSFLISPGVGAQGGDPGETLRFADAIIVGRSIYLADNPAAAAAGIIESI

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Mapping the active site-ligand interactions of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase by crystallography. pubmed doi rcsb
molecule keywords	OROTIDINE 5'-PHOSPHATE DECARBOXYLASE
molecule tags	Lyase
source organism	Methanothermobacter thermautotrophicus
total genus	82
structure length	212
sequence length	212
ec nomenclature	ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date	2001-12-13

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00215	OMPdecase	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	1km5A00

5KITA 4DF1A 3LGEA 4IXHA 4C1KA 1RVGA 4JTKA 4MLRA 2TYSA 1YPFA 4GJ1A 1I4NA 2VEPA 1AL8A 3TQKA 3L66A 3VE9A 2B7PA 3TUUA 1B3OA 3PUDA 3S5YA 5HUPA 3R12A 1FCUA 3HG4A 3LI0A 3GXPA 1GVRA 3C2RA 1TPWA 4JGDA 4K37A 1QFEA 4N9DA 3F4WA 5FEZA 2X1SA 4UTTC 1XBZA 4ORIA 1SPQA 2FFCA 2I9EA 5BMXA 4XTIA 3QMRA 5AFDA 4GUIA 1ZAIA 5CPNA 5DBUA 3STFA 3W7CA 1GG1A 3W22A 1LRTA 3NQDA 4O4WA 4ZQRA 2Z2UA 3HPSA 4WD0A 2DZWA 4N6EA 4UFJA 4AEOA 4EF8A 3H53A 4WY0B 1JUBA 2C6QA 2YR1A 1FBAA 4RZ4A 4UMBA 1IXPA 1QDSA 2VFIA 1Z42A 1KFEA 1O95A 3MUXA 3NQ8A 1K8XA 3SW6A 5FF4A 1AMKA 2HMCA 2H3DA 4O1AA 3GDTA 1VRDA 3FLUA 4GE8A 3PSWA 3C2FA 3H55A 2NLIA 3PULA 5U7SA 2H6RA 5I3HA 1F6KA 1QNVA 1GTEA 1VZWA 3DXIA 5K9DA 1H7RA 1M7OA 4UIOA 3E9AA 3A9IA 4O10A 5AN7A 4NVTA 4WOQA 3GXTA 5C6MA 3NZ1A 2QCMA 1N7KA 1SO4A 1VCFA 1BTMA 2ATMA 5D2TA 3W88A 2CZFA 3LOTA 4GWEA 5BMWA 4CQ8A 2YW3A 4FHAA 3W70A 1YDVA 1WDWA 1MZHA 2NWSA 4IJBA 1HO1A 4XUGA 1UJPA 4UMAA 3W7QA 3FIGA 3DHFA 2X16A 4AF0B 1SO3A 1L6YA 4PH6A 4U28A 1L2UA 1OYAA 2A0NA 2YZRA 1FXPA 2X1RA 4AMAA 2I1OA 4RZ6A 1EUNA 1J5TA 1EWEA 3IGXA 2QJGA 4RV8A 4XTDA 3GVGA 1IXQA 5D2YA 1T8XA 4JTJA 2CLOA 1IF2A 5TIMA 4AWTA 5KZMA 2JBMA 4Z0SA 3N2XA 5F1VA 3CTLA 5F2MA 1KBIA 2GQAA 3WK2A 1QO2A 5GVJA 4Z1DA 1L6SA 3RU6A 3DU0A 2FTPA 5HNRA 3GXNA 2ZRUA 3E02A 3L5MA 3OG3A 4P2VA 1G67A 3S1UA 3LLDA 5K3VA 3W75A 3G1FA 2H90A 4IUOA 5K9CA 2DZVA 1SFJA 3U2OA 2OCZA 2VFDA 5D05A 3NGJA 5DLCA 2J9ZA 3GB6A 4TO8A 1NFBA 3TQVA 3C8FA 3W1MA 1VHCA 4NT0A 4WQ6A 1Z41A 3NPVA 4UFMA 1WA3A 5G2HA 1KA9F 1D3HA 4CCDA 1ZALA 4O12A 1W5NA 2WO5A 1K02A 1PCWA 3S1XA 5FEWA 3IGSA 4UUIA 5EA9A 4IGHA 1XM3A 2CW6A 1OK6A 4YCOA 5H2ZA 2Z6JA 2A2IA 3MP4A 1EP3A 3W2JA 1TPDA 3F1QA 3PC0A 2GVGA 3A23A 4P61A 1DKWA 4LS1A 2QUVA 2ISVA 3CQ0A 4FXRA 3FFSA 1F7BA 5AHIA 1TJPA 4AXKA 3L67A 1KM2A 4BI7A 5FI8A 1KV5A 3O6CA 3W9ZA 2XN0A 3UWWA 1K7FA 3W7GA 1O4UA 3EX6A 4NXSA 1DQXA 5AC7A 1EWDA 3PBVA 2V81A 3W86A 2BLEA 4IWWA 2PCQA 3LV5A 3P7YA 2YSWA 4ML9A 2H8XA 3O8AA 3NNTA 2ZRYA 3EKZA 3CM4A 2NWRA 3Q37A 1Q6RA 3IVTA 3T7VA 3BW2A 4AB4A 2V5BA 2VELA 4O13A 3TCEA 3SZ8A 4ORMA 4A21A 1GYLA 3ABOA 3IVUA 1FCQA 3TFXA 4JX5A 4RJEA 2BXVA 1H62A 1ADOA 3QJAA 5HMSA 5HWNA 1OK4A 5F2LA 1I2NA 3W2UA 4XBKA 4NNCA 4MYXA 5DXYA 1DJNA 3PBYA 3DI1A 2C16A 3GLCA 2VEMA 1IIHA 2WSRA 3W1RA 5E1QA 3CEPA 3SECA 1NSJA 2A5HA 1M7PA 3EKLA 4PTNA 4JEQA 1OHLA 5LGXA 3PB2A 2Z1BA 5HR7A 3A5FA 2GVJA 3W1TA 2Y63A 2C0AA 3N19B 1W3IA 4JR5A 5HUOA 2I14A 2W0UA 2ABBA 3M0ZA 4UCGA 1WX0A 4I9AA 4BI5A 3VFLA 3FKRA 2VFFA 3HG3A 2GJLA 2R14A 1QPOA 3TSMA 2B7NA 1OFEA 1IXOA 4XKYB 2H3BA 1UUMA 2RHGA 1I2RA 1LM1A 2QCCA 4FNSA 1O60A 1WBHA 4XWUA 2V2HA 2YDAA 5DY3A 2G96A 4NNBA 5I3JA 1Z44A 4WUIA 4DF0A 1SO5A 4K38A 3MBFA 3KHJA 4O50A 3TIMA 4BWLC 3C2OA 4RKAA 1AG1O 5D09A 3M44A 2ZTKA 1ICSA 2C18A 4FEZA 3ATYA 4LVFA 2D73A 4LC8A 5KZEA 4IX2A 2CLLA 4UNLA 4TX9A 1FDYA 3PM6A 4CNPA 1XCFA 1MEHA 3B0VC 4I7UA 3M5VA 4YLWA 4Y8FA 1BEUA 2ZYFA 3BV4A 5J5RA 4O54A 1BKSA 2G5WA 4R7JA 3W76A 3GR7A 2EHHA 5D03A 2RDUA 3EXRA 1SSGA 4G1KA 1X1OA 4L4LA 4EWND 3B03A 4JYEA 3KRZA 4IX0A 4UXDA 5EKYA 3L0KA 2J27A 3M9YA 3NOEA 2DZUA 1MXSA 2ZA1A 3AJXA 1GEQA 3LDVA 3BPWA 4Y90A 4NZFA 5DCEA 3KVKA 5G2IA 4LWWA 4NQ1A 1EP2A 2PURA 4CCCA 4E2DA 1S5TA 1I45A 4ADSA 3G3DA 3STGA 5LNVA 4AHPA 4RCXA 3LHYA 2QAFA 4ZQPA 3P8IA 4WY0A 1HTIA 1ME7A 2CZEA 3TR2A 3GIYA 1SO6A 4MZ8A 5G4WA 3UXAA 3IRDA 3G0SA 4AVFA 2RH9A 3TJLA 3DFNA 3LHWA 5C55A 3INPA 1ME9A 1LCOA 5D04C 1OFOA 4LUJA 4ZQOA 3RLVA 4DELA 4UFHA 4U4MA 2GQ9A 4Z0JA 3NZRA 3LERA 5HR6A 2WKJA 1SSDA 3P8JA 3ABSA 1AW2A 4QIUA 3GKAA 2J9YA 5C54A 2W6RA 3HJZA 1TTIA 1A5AA 4HHPA 1IXNA 4Z08A 4CQ9A 1GVOA 1TV8A 3KVJA 5FEPA 3CEUA 3UWUA 3W6YA 4AHOA 4AHQA 4O17A 5DY2A 3W1UA 3S1VA 2E5CA 1Q6OA 3MP5A 3UYCA 2DORA 5FF3A 2DU2A 2BWGA 1ZENA 4HIBA 2A7PA 4AF0A 1JCMP 1UB3A 4IMFA 4NU7A 1WYIA 3ABRA 1H1YA 1SUXA 3HGSA 2CZ5A 3MHGA 3VKJA 3UD6A 1RQBA 2YFOA 3A21A 3SI9A 3G0XA 4GC4A 1XFBA 5FF7A 1KFLA 1YXCA 2WV8A 3UY7A 5C5YA 4UFLA 2WOQA 2EAWA 1KFCA 2YYTA 5F4SA 2WNNA 1OYCA 4XBSA 4O15A 2Z6IA 5I3GA 1QWGA 3C6CA 3WK3A 1GYNA 4GXMA 4JTGA 2ZZ1A 3LCGA 2RKXA 5T26A 5BNKA 3P82A 4FX6M 3WJZA 3G1SA 4RK8A 3L5AA 3PY2A 1PCKA 1LZOA 1DBTA 2B7QA 1QOQA 3C52A 4FNTA 5D33A 3S9YA 4E2BA 4NJGA 3NAVA 5D2VA 3NL6A 2ZRWA 3L68A 1SZEA 4ZZ9A 1KLYA 2ISWA 4DBEA 4HPJA 2ZFAA 2GPTA 3TFCA 1R2SA 2QJHA 3W1NA 2VFEA 4JN6A 1K8YA 1G7UA 2J24A 4O14A 5CPOA 3HGRA 3W2NA 3B4UA 4DO6A 3W85A 4DXVA 1QMLA 3NDOA 3ZWTA 3NL5A 5G1YA 1GWJA 3ZFHA 3IIOA 2Q3RA 4UR7A 1YXDA 4LU0A 3VCRA 4JTTA 2A21A 4O0ZA 2FB3A 3N2MA 4H6KA 3TC6A 4WY0F 2A4AA 3QMTA 3SJ3A 2Y6ZA 3B05A 2CLKA 4MY8A 1W8SA 3CWNA 2OX1A 2OT0A 4TR9A 1JCLA 2E6YA 5DXXA 8TIMA 4TMCA 1C9DA 2Z0IA 3NQVA 1XKYA 1TPUA 1ML1A 3A5VA 4PCFA 3TKFA 4MZ1A 2DJLA 2V0TA 1O5KA 5LNSA 1NF7A 4MFDA 4KWVA 3KX6A 4N9BA 3HQ1A 1WXJA 3KRUA 3S1WA 1V7YA 3GR8A 2B4GA 4NJIA 1DL3A 3OVPA 1EB3A 5KINA 3JR2A 4JYDA 2HTMA 2WNQA 1OX6A 4LVDA 3M5ZA 2TSYA 5HINA 2V30A 5AB3A 3STEA 1MO0A 3G1VA 3WJWA 3N34A 3JS3A 5DCDA 4TU1A 1FDJA 4EOUA 3TQ0A 5K9XA 4AAJA 4N9EA 1FX6A 1TRIA 2YFNA 1KLZA 3M43A 3IIVA 1OFAA 3W7HA 3L9CA 1JRBA 1XBYA 3MI6A 3NM1A 3CB8A 3N9RA 4X9SA 1M5WA 3PF3A 4JTLA 2QF7A 3NYZA 3LLFA 1L9WA 3FS2A 4UTTA 4JTHA 4QNWA 2PC4A 1ICPA 3UPBA 4O1CA 5K2ZA 3TJXA 1ZAJA 4O52A 5CZTA 1SW0A 5AYXA 2VFHA 7TIMA 2QCDA 5G5IA 2E6DA 3I6RA 1GQNA 3GX9A 4IMCA 5AHNA 1W5QA 3PUEA 4NX0A 1PL9A 4A3UA 4DO5A 5F2GA 1LLZA 3EXSA 2A6LA 4OHQA 1VS1A 1F6PA 1LRQA 1H7PA 2Y89A 4UTJA 4ADTA 4N4QA 1OABA 3WK0A 3PS7A 5I3FA 3P81A 3P80A 3MHUA 4LV9A 4GBUA 1TIMA 1W37A 4FIQA 4GUJA 1FCBA 4XKYA 1H50A 3FA5A 2QDHA 4LRSA 2Q8LA 1XUZA 5EMUA 3I65A 1W54A 2NX3A 2RDTA 4O1BA 1H7WA 3P60A 3TV8A 5KZDA 3EWYA 3LCLA 3HG2A 4NUWA 1OFDA 3P62A 5U4NA 3ZR4A 3HPXA 1ZHAA 3UNDA 1YPIA 3P61A 4YWIA 3W7NA 2Y61A 3BLIA 5AOUA 1VGAA 3BLFA 3KFTA 1TPEA 2V8ZA 2DZSA 1W5MA 1SQ7A 3SR7A 3BG3A 3L5LA 1QAPA 3NQAA 2IQTA 3G18A 1DJQA 3W1QA 4O18A 1K7XA 2NUWA 2JKPA 5E0KA 2RDWA 4WX2A 2BZNA 3G24A 1D3GA 1YTEA 2DJXA 1KBJA 3OA3A 2OZ0A 2Q8ZA 2OJPA 2CFFA 1RQHA 5D30A 3UPWA 3PAJA 3IV3A 5D32A 3R89A 2Q3OA 3GDLA 4GUHA 4QJ1A 1DOSA 1TPB1 4RXGA 3LTYA 3LV6A 4X3ZA 1TPC1 3WJYA 3W7OA 1P4CA 4POCA 3FOKA 4Q32A 3USBA 4UTKA 4M7TA 2X30A 1CI1A 3W71A 2E77A 3LXAA 3EWXA 4TIMA 4JXCA 1DV7A 2A7RA 3UWZA 1B57A 2ZCGA 3BW3A 4UNKA 3B06A 1TMHA 3TMLA 2CLMA 3QMSA 5I3KA 3KRSA 3EX4A 4ZQNA 3VE7A 3ANYA 5D37A 1FWWA 4HN4A 3O6DA 3NR0A 2BSLA 1KM1A 3DFTA 5C2XA 3TW7A 3TU9A 5IBXC 3LCXA 2J6XA 4O0KA 1GT8A 3MW7A 1CX9A 3LBMA 3DH7A 4RLIA 4WXZA 1Z48A 2NV2A 4ONVA 3EB2A 3HG5A 1QPQA 3YPIA 3LCHA 4UMCA 3O16A 1EX5A 1TPVA 1TV7A 4LW7A 3UZJA 4HPXA 2EF9A 5K4ZA 3T78A 3W7MA 1KM3A 2FPYA 1JVNA 4IXXA 2NXGA 1P0NA 3HIJA 3FEMA 1LYXA 1A53A 3QZEA 2QCGA 3H54A 5FEXA 1MEWA 4IMDA 5AHMA 1KM5A 3M7WA 3ZWSA 1TV5A 2Y7DA 2QCNA 3L2IA 1HL2A 3SIZA 1FUYA 2CWNA 3NEVA 1EEPA 1TTJA 1H7XA 4JTEA 2FIQA 4CQAA 1QPNA 2C14A 2V2CA 4FNUA 3U8GA 4JTSA 4MYAA 5CZJA 3M16A 4M6QA 3TAKA 1LROA 3S6DA 3DFSA 3NQCA 1KM0A 2YYUA 1KTCA 3OVRA 1WOBA 3S42A 3L0GA 2W79A 4E38A 1H7OA 4N9CA 2NXHA 1THFD 5DCBA 4R33A 2XN2A 5G1TA 3C56A 3M6YA 1T99A 5HULA 3LX9A 3OBKA 4K39A 3W7LA 2CLHA 4KFNA 3QSRA 3RK8A 2ATSA 1W1ZA 2P0OA 2V5LA 1Q3NA 1JJKA 3G1YA 3S5NA 5H91A 1W31A 1PHQA 4E0CA 1G4PA 4DO4A 3HBLA 4NJKA 1TSIA 3NPUA 3TXZA 1JUKA 3THQA 3P74A 3OEXA 3LHUA 3TNOA 4JYFA 2R94A 1XBXA 4UR8A 5KSWA 2CU0A 4KKXA 5BRBA 4ZMGA 1DORA 3LTPA 4JTUA 1EIXA 1LBFA 4CLMA 1R30A 2WSYA 3DKJA 3GNDA 4S1FA 3CPRA 1VQTA 1YTDA 4JY8A 1JQVA 1J4EA 2CLFA 3FYOA 3O1NA 4BK9A 4O28A 1QO5A 4MFEA 4O53A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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1KM5A

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