1KM6 | Genus

Total Genus 81

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	81
sequence length	209
structure length	209
Chain Sequence	RLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIAAFAVADIPETNEKICRATFKAGADAIIVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMSHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSTRPERLSRLREIIGQDSFLISPGVGAQGGDPGETLRFADAIIVGRSIYLADNPAAAAAGIIESI

Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__200525136111832__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__200525136111832__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1KM6/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__200525136111832__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"200525136111832","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1KM6/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__200525136111832__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
source organism	Methanothermobacter thermautotrophicus
publication title	Mapping the active site-ligand interactions of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase by crystallography. pubmed doi rcsb
molecule keywords	OROTIDINE 5'-PHOSPHATE DECARBOXYLASE
total genus	81
structure length	209
sequence length	209
ec nomenclature	ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date	2001-12-13

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00215	OMPdecase	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	1km6A00

3L21A 1P4CA 2C19A 4UC5A 3TMQA 3FS2A 4GUIA 1K8ZA 3TQ0A 1SFJA 3W1XA 3VI2A 1YXCA 1VPXA 4O57A 3C8FA 1N8FA 5AHIA 1XI3A 3IVTA 3E02A 1VLWA 1FWSA 3PB0A 3A24A 3NGJA 1NEYA 3CTLA 2HMCA 3W1NA 1WYIA 4FX7A 4LS2A 1FWNA 4XQ6A 2CWNA 1LRTA 2VFEA 2CU0A 2C0AA 2WNNA 4PODA 4EWND 3G1HA 3TSMA 3L67A 4MYAA 3PB2A 5H91A 1QPOA 2H6RA 4RCXA 5D2TA 4X22A 2G95A 2QCCA 2VEPA 2WKJA 2J6XA 3A5FA 1QAPA 4FNSA 4K39A 5FI8A 3LRLA 2EPHA 2YX0A 4HIBA 4OHQA 1W3IA 2VEKA 3KRZA 5FEPA 3HIJA 2E6YA 5BNKA 4JYEA 3B0UX 1H7XA 4DPPA 2DZTA 1PS9A 3E9AA 4AWTA 1PE1A 2OMAA 1IXOA 2QDGA 1EUNA 4FHAA 4GRSA 4LUIA 4LTSA 3CM4A 4DF1A 4NJKA 4O12A 4Q4KA 3ZS4A 3PUOA 1LOQA 4LOCA 4AHQA 1YDOA 3DFPA 4NT0A 1FWWA 4UMCA 4YCOA 5CPNA 5FF4A 5HUPA 4MY9A 3G1XA 1Q6QA 3G1FA 1W56A 3P81A 1D9EA 3M41A 1H7WA 3O07A 4TU1A 4OQVA 2Q8ZA 1KBIA 4P2VA 3W7RA 3GAKA 1TJPA 3TR2A 2J9ZA 4UMBA 4HNTA 1B3OA 1PVNA 1NVMA 4PH6A 1QOQA 3W7GA 2E1DA 2PURA 1GJPA 4JTTA 3GB6A 3EWXA 2X2GA 4PL2A 5HWJA 4AHOA 1TSIA 3W1MA 1F73A 1JQVA 2DJXA 3LERA 2ISWA 2X30A 4WX2A 4K7YA 3M43A 1KM2A 5AYYA 2B7QA 2QCEA 4RXGA 4IWWA 3GVGA 4UTHA 1B57A 2NLIA 2OCZA 4JTUA 3CWOX 1BTMA 3MW7A 3L66A 3P67A 5D33A 1XBXA 1XDMA 4FXRA 4QNEA 3MBDA 5D38A 5LSMA 1SFLA 3BARA 3P74A 1YTDA 2DP3A 3LHWA 4P61A 5K9CA 1VCVA 1MO0A 1IIHA 1OABA 4NJIA 4O14A 3THQA 4E2BA 3W23A 1G4PA 2VFHA 3FA5A 1W31A 4Y96A 5EKYA 1KV5A 1K8YA 4WY0A 1K7XA 3ZFHA 2GQAA 5FESA 3NEVA 3W1LA 2Y85A 1KM3A 1GTEA 4MPQA 2ZA1A 1A5SA 1GPWA 3NZ1A 3T78A 3LV6A 3TXVA 4IQLA 3LRKA 2OT0A 3F03K 2CLEA 2P10A 2GOUA 1WX0A 1EP1A 3E12A 1GWJA 1Q6LA 1BWLA 1K3UA 4U4MA 3DFTA 3UNDA 4NXKA 5BMWA 1LBLA 2ZZ1A 5G4WA 4Z08A 4IXXA 4QIUA 2BXVA 1TPWA 3L0GA 3G1SA 4M7TA 3S8HA 3S1UA 3M44A 1QMLA 1H61A 3U8GA 4Y6GA 3IVUA 4NX5A 2LLEA 2ZZ5A 3NL2A 1J4EA 1UUMA 3ANYA 3OA3A 2C16A 1M5WA 3B4UA 3QJAA 3OBKA 2C3ZA 3S1VA 4CQ9A 4YCPA 4RZ6A 2QCNA 1H1YA 1OX6A 3WJXA 2F84A 3R89A 5KITA 4CNNA 1PIIA 3CIXA 1IIGA 3W73A 5CZ0A 2A7RA 3GDRA 3BGGA 3EKZA 5U4NA 4A2SA 1VRDA 3W7QA 3GXTA 2W6RA 3MI3A 2C1HA 4N9DA 1Q6OA 2DORA 4N9CA 2ZZ3A 4NXSA 4EVZA 1V5XA 3LB0A 3ABQA 5SWUA 1W5MA 1TIMA 2B7NA 3SZ8A 3NZRA 2V2CA 3F1QA 3OVRA 4OT7A 4QM1A 1VGAA 2NZLA 4FNQA 1LBMA 3M0ZA 4Z0JA 1JRCA 3IVSA 4PC8A 4MZYA 3KX6A 2FB2A 3M7WA 2ZA2A 1WQ5A 2E68A 3HG4A 4K6AA 3TSDA 4HNVA 3UYCA 3CEPA 5HWMA 3LCFA 1SW3A 5AOUA 3S5OA 1OHLA 1TV7A 3GK0A 5DBTA 5LHFA 3USBA 3IRDA 3PBYA 4JTSA 1TPH1 4O0KA 4L4MA 3EXSA 4ZQRA 2R91A 3LCHA 2C14A 4MZ1A 3T44A 1I8JA 3K30A 1XUZA 3IGXA 4BI6A 3INPA 1R30A 3NQMA 4LRSA 3TIMA 1SPQA 3TU9A 3PSWA 2Z1BA 5AHLA 3UZJA 1QO2A 2QAPA 3AJXA 1GG0A 2PCQA 4MY8A 4AEOA 3GDKA 1PV8A 2FQIA 3ABOA 4IMCA 4XBKA 2ZTJA 2WSQA 2EKCA 1T99A 3TMLA 4Z0SA 1OYBA 1SSGA 1QR7A 3DKLA 4B5NA 3HJZA 1LM1A 5F4WA 4XKYA 1KM6A 3QW3A 1UJPA 1I2NA 1OYCA 3B03A 3C2FA 3OEXA 1OX4B 3PBVA 4IMEA 2QCHA 1AW5A 5KZEA 2YSWA 3IIZA 1XC4A 4LC6A 2HS8A 1B4EA 1H7RA 3O63A 1R2RA 4LVFA 1W5PA 3W85A 3C0JA 2C6QA 1C8VA 4MJMA 4K37A 1W3NA 1EWDA 4OU1A 3W83A 4E2DA 1GZGA 1L9WA 2E09A 2WPBA 5G4EA 1I2RA 3W3OA 5D03A 1ZNNA 2NV1A 4UR7A 3PSVA 3N73A 2WJZA 4Q33A 1VYRA 1FDYA 2B7OA 3KXQA 4UFLA 3H55A 4S2CA 3EX6A 2W0UA 3CPRA 4FEZA 1OFPA 3DKJA 4MY1A 1ZALA 3DENA 3GZ3A 2WSYA 1JJKA 1W5QA 4IX0A 1THFD 3EB2A 1TRIA 1CX9A 3RNDA 1I2QA 4ZQPA 3SECA 5H2ZA 4H6KA 1I2OA 5FF7A 3W87A 4JYDA 3B04A 3VKJA 2H8ZA 4O4WA 5I3IA 3A23A 1UBSA 4OWGA 4HNUA 3SI9A 4TMCA 4XTIA 3QMSA 1J2WA 4O1BA 1H7OA 2HSAA 4UTTC 4UTWA 4RV8A 4RLIA 3UPBA 5LKYA 4KWVA 3QFEA 1RV8A 5DCEA 2ZRZA 2P0OA 5EY5A 3BW2A 2TRSA 4IGHA 4MOZA 2DZVA 5DY2A 5IBXA 2VFDA 4CLMA 1TPEA 4OV9A 4UTLA 3W84A 3WK3A 1TJRA 1HG3A 3NDOA 3F4WA 1JUBA 3IIPA 4AWUA 1TB3A 3NYZA 1SZGA 3UD6A 4GXMA 4Z1BA 1LDCA 3W7LA 2O7QA 3W1RA 3LI1A 4NZJA 1KFBA 3PS7A 5KSWA 2E6AA 3QQ0A 4LV4A 4EIVA 3L68A 3CQ0A 2RKXA 1YXDA 3FYOA 3OHIA 2RHGA 4QNWA 3HGOA 4POCA 3KOFA 4LT9A 5HNRA 3W7OA 3FOKA 1L6YA 4JGDA 5CZJA 4N4PA 4GE8A 1NF7A 1TMHA 2DZPA 5TBOA 4M7SA 4FNPA 3P84A 3O06A 2H3BA 5BOOA 3GNDA 2YW4A 4OV4A 1Z42A 4CCDA 2BZNA 4O1DA 1ME8A 4JTLA 3HGJA 1ZFJA 3HG3A 1QPRA 3W6YA 1DKWA 3TC6A 4ZQOA 3Q2DA 3EX4A 3S0CA 1DJNA 1FWTA 3NQAA 3VFLA 5KZMA 3A5VA 4IPJA 5MHBA 4N6FA 2X1UA 5D37A 4GUFA 4HPXA 3DFOA 4XUGA 5AHEA 5G2WA 1PHQA 1LP6A 3LHZA 1DORA 3U6WA 1ZENA 3W88A 3SFKA 4WXZA 4RZ4A 1EB3A 5DXYA 3GDMA 3UWYA 3PM6A 3TX9A 2VELA 1SO6A 1G7VA 3UY8A 3NPVA 4S1FA 3QSRA 4ZMGA 4QSHA 4FO4A 3UWQA 3O6CA 4FIRA 2VC6A 1OFQA 1OG0A 1KFLA 4TO8A 4R53A 4YMZA 3QC3A 4JTIA 4OGZA 4NVTA 3HPXA 3CU2A 1TCDA 2Y7DA 4ONVA 1ALDA 1TO3A 2H90A 3TCEA 2C15A 1XFBA 1SZEA 1UASA 3N34A 1GT8A 3TK7A 2CLMA 1OVDA 2YDAA 2NWSA 4IMGA 5CPOA 5G5IA 3GXNA 4PCFA 2AAMA 4E0CA 3EEGA 1G6CA 2GJLA 5D30A 3I68A 3LHVA 1O5XA 4ADSA 4FF7A 1SW7A 1MXSA 4ADTA 2WNZA 3L65A 1T96A 3R5EA 5C54A 1DL3A 3UWWA 1RZMA 1HTIA 5G2IA 5C2XA 5CSRA 1YPFA 4RR4A 5F1VA 3UY7A 5BRBA 3W76A 3GR7A 3G1AA 2EGZA 1QCWA 2RDTA 2AQWA 3LCLA 4O8RA 1YTEA 3LTYA 3EWYA 2Y63A 1OYAA 2BWGA 2TMDA 3LXAA 1VH7A 3NNTA 5HMSA 3TXZA 2G96A 2NXGA 3HPSA 4LVBA 4ZQNA 4W9TA 3HG2A 1R2SA 4A3UA 1SQ7A 2CLFA 3BW3A 4JDYA 3L5LA 3NQEA 3S6DA 4PL1A 4L4LA 4EF9A 3WFAA 3N19B 3QW4B 5J5DA 4OE7A 5KINA 3NXFA 3AO0A 1D3GA 2ZBTA 3EKLA 3EXTA 1DHPA 5DN1A 3QF0A 3KVMA 1JRBA 1JCYA 5G1YA 4AB4A 4Z1DA 4JD4A 4UIOA 2QKFA 2J9YA 2YYTA 2TPSA 1W1ZA 2QJGA 2Y7EA 1J5TA 1KW1A 3TC7A 1G67A 3VNDA 4JY8A 3GKFA 3W1TA 1AW1A 3G0SA 3MHFA 4JIQA 3M5VA 3MJYA 3G3DA 2QCFA 3O8AA 8TIMA 4O1AA 1F2JA 5ABTA 3KRUA 2ISSA 1MZHA 4O13A 1Z48A 3STGA 1YYAA 1CW2A 1KTNA 3I7RA 4WJEA 3NL3A 1TTJA 2BX7A 3FJ6A 2FTPA 4I7VA 2CLHA 5G2HA 3RFAA 3TQVA 3GLCA 3BVJA 1TYGA 5CPMA 1FX6A 3GDTA 2ZRVA 4IXHA 1H7NA 1OFBA 3UQNA 3DH7A 1OFDA 3KRSA 4MYXA 1VZWA 1GVFA 1MEHA 1ZHAA 2EF9A 3KVKA 2QCLA 3I6RA 3BPWA 4LWWA 2WSRA 1NAL1 3NQ2A 3MI2A 4JICA 3EXRA 2JBMA 3NAVA 2V5BA 2ZRYA 1YPIA 4U28A 5AC6A 3W7NA 1SUXA 4GNJA 4AAJA 1H50A 3GNNA 2Y7FA 1WOBA 1R46A 4O17A 5FF0A 4JTGA 1G69A 3MP3A 3W1PA 3HGSA 2XFWA 3LHUA 2ZZ2A 1SO3A 1WV2A 1TREA 1JULA 3C2EA 3G1YA 1RVGA 5DCBA 1C29A 2E6FA 2YCEA 4AVFA 3L9CA 4M19A 1WBJA 3TNOA 3DHDA 3NOEA 3NQDA 1F74A 3FKRA 1OFAA 4HNNA 3KHJA 3O15A 3PVFA 1KLYA 2B0MA 3T40A 5AC7A 3W7DA 1W37A 1YTKA 5CKSA 1FCBA 3MP4A 3T7VA 3NQ8A 3M47A 2GQ8A 1XXXA 2G5WA 5F2MA 4FNUA 1AMKA 3FEMA 1FCUA 5AB3A 1GG1A 4JX4A 4NNBA 2ABAA 3A21A 3W22A 3SR7A 3DXIA 2Z2UA 1AL8A 4FB7A 1FQ0A 2I1OA 2YYUA 1C9DA 3LCWA 3CHVA 3FIGA 1DBTA 2DZSA 5TQLA 4O1CA 4DELA 2NUYA 3B06A 3FLUA 3W9ZA 1D3HA 4O10A 1F6PA 3M1ZA 1DVJA 1RQBA 2NXIA 5LGZA 1VHNA 2NUWA 4XWUA 5D2XA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1XLL A;  4TIM A;  4AYG A;  3AU6 A;  1ONW A;  1SO5 A;  2WW5 A;  2JIE A;  1CIU A;  2WAN A;  5EL1 A;  2V8Z A;  1WO2 A;  3VE7 A;  3DCP A;  4PMY A;  3VDA A;  1TKK A;  3CUX A;  3UCD A;  3BG3 A;  3DZ1 A;  3RX3 A;  1I45 A;  1RBL A;  2XH0 A;  4E38 A;  4A22 A;  5M1T A;  5G1T A;  2H9A A;  1JDF A;  2V82 A;  3WL1 A;  1Z9A A;  4W8B A;  1W9X A;  3WUB A;  4WSH A;  3QST A;  3LA4 A;  5A6A A;  2O7S A;  2VGB A;  4PFH A;  4ZO8 A;  3W00 A;  1QWG A;  5K9D A;  4QIS A;  2ZX9 A;  4JQA A;  2O9P A;  4RXF A;  4IPP A;  5AYX A;  3BGJ A;  1QBB A;  2J7F A;  1DWF M; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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1KM6A

Total Genus

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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