1KTN | Genus

Total Genus 100

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	100
sequence length	250
structure length	250
Chain Sequence	MTDLKASSLRALKLMDLTTLNDDDTDEKVIALCHQAKTPVGNTAAICIYPRFIPIARKTLKEQGTPEIRIATVTNFPHGNDDIDIALAETRAAIAYGADEVDVVFPYRALMAGNEQVGFDLVKACKEACAAANVLLKVIIETGELKDEALIRKASEISIKAGADFIKTSTGKVAVNATPESARIMMEVIRDMGVEKTVGFKPAGGVRTAEDAQKYLAIADELFGADWADARHYRFGASSLLASLLKALGH

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__072293047678549__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__072293047678549__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1KTN/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__072293047678549__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"072293047678549","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1KTN/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__072293047678549__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfb7fd3019e703262e281de/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfb7fd3019e703262e281de/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfb7fd3019e703262e281de/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cfb7fd3019e703262e281de/pdb.gz): 1194 ms

reading 250 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

250 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 21 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:249});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Structural genomics, lyase
source organism	Escherichia coli
publication title	The 1.5A crystal structure of 2-deoxyribose-5-phosphate aldlase rcsb
molecule keywords	2-deoxyribose-5-phosphate aldolase
total genus	100
structure length	250
sequence length	250
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 4.1.2.4: Deoxyribose-phosphate aldolase.
pdb deposition date	2002-01-16

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF01791	DeoC	DeoC/LacD family aldolase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	1ktnA00

1JCNA 2H8XA 3INPA 1G7UA 1GVRA 1X6UA 4B5NA 1PCKA 3MI2A 5C54A 1TREA 4UTKA 1AG1O 2ABAA 3HGSA 3B04A 3PY2A 4UC5A 3OIXA 3VE9A 5HR7A 4UTUA 3NQFA 2O7SA 4DO5A 4DO4A 4Y6GA 1G7VA 4MYAA 4NNBA 4HNVA 3W3OA 4HHPA 1OYCA 3NGJA 1JVNA 3W22A 4ZQOA 4M7TA 5E1QA 3T55A 2FPYA 2VC6A 3TX9A 1DVJA 2G96A 5LGXA 1QO2A 4ZQMA 1ICQA 3OVQA 1B3OA 5LNVA 3I7SA 2E09A 4FX7A 3L0KA 4NVTA 2CLFA 2WNQA 2GQ8A 4JXCA 4MPQA 2B7OA 5D2TA 4HPXA 1ICSA 1K8YA 1BWKA 2DZPA 2CLIA 3HPSA 3TH6A 3A22A 4DBDA 1TJPA 4E2BA 3BLEA 1TPDA 1OG0A 4LRSA 5LZLA 2Y7FA 3ABRA 3RLVA 1GTEA 1OFDA 4MFEA 1RPXA 1TSIA 4O18A 2J9XA 3QF0A 5LNRA 4HKPA 1A50A 2WKJA 3DHDA 4PCFA 3ZR4A 1N8FA 1SQ7A 4A2SA 3PBYA 3M5ZA 5LHEA 1SU5A 5AC6A 4DBEA 4ZL1A 1OFAA 1PHWA 2ZTKA 3W86A 3IIOA 1ZJIA 1ME7A 1RD5A 1KFEA 1YPIA 3RU6A 3HMJG 3C2EA 4M6QA 1BKSA 1OVDA 2F7FA 4W9TA 1GVSA 1W5OA 3I65A 4NNAA 3EKZA 3EX2A 5FEPA 1N55A 2VEPA 4WXZA 3TQKA 4C1KA 3W7NA 3IGXA 4CQ9A 1X8FA 3MWAA 1ZCOA 4XZ9A 5DCDA 3F03K 5AYYA 1R47A 4WQ6A 5FF3A 4WOZA 2TMDA 4RR4A 1K02A 4NU7A 3W9ZA 3DFTA 5E0KA 1QMLA 3E96A 3OVRA 2O7QA 4FEZA 2A7PA 3EXSA 3PAJA 4QJ1A 1H5YA 1U5JA 2QDHA 4LW7A 2YR1A 1PIIA 1YADA 1XKYA 1KM6A 1ZAJA 3N19B 3QSRA 3UWZA 1UJPA 3PM6A 3MJYA 3LBMA 4M7SA 4FNTA 1NF7A 4AHOA 3OVPA 4O0ZA 4IMEA 2ISWA 2KZHA 4GNJA 2EPHA 3NL2A 2CLOA 2ZQ0A 3RMJA 1QPNA 4MKNA 2G5WA 3KRUA 4MVAA 1OHLA 4UTMA 1I45A 1VLWA 3GK0A 1CI1A 3FJLA 1KFJA 3MI6A 2Z6JA 1WQ5A 5D37A 2EF9A 2ZCGA 5I3JA 1YTKA 5D30A 4KFNA 3W1PA 3CU2A 3LCGA 4R53A 2VEKA 3TC6A 4LVGA 3PSVA 1FX6A 5CPMA 3W7PA 3HGJA 3P80A 2VELA 4POCA 3DKLA 1WBHA 3OBKA 5F4SA 3QC3A 2A1YA 3LV5A 3LLDA 3O06A 4O1CA 1MXSA 1K7FA 3CEPA 3O6CA 3M47A 3P84A 2E5BA 1PE1A 4Z1BA 3DAQA 4A29A 1TRDA 3OG3A 1M6JA 4ZQPA 3FIGA 4GE8A 1C29A 2TRSA 4JX6A 2HTMA 4UFLA 3W74A 2V5LA 2C0AA 2Y63A 3NQ2A 2NWSA 3TU9A 2CLLA 3S5NA 4JYFA 3S1XA 1P4CA 6TIMA 4C1LA 3C2RA 5EBUA 4FNSA 3GIYA 1XXXA 4XKYA 2YX0A 4O4VA 3W85A 2YSWA 3C61A 2V8ZA 1QO5A 4NJIA 4XUGA 3TFCA 3LCFA 1W3TA 3QMTA 4JS3A 4BFAA 2NUXA 1PHQA 3W7MA 3JRKA 1A5AA 1EA0A 1JUEA 3QFEA 3IEBA 3R2GA 1T0OA 1SW7A 4H6KA 1TTPA 5J5RA 1GJPA 3BGJA 2J88A 2JK2A 3C4UA 1TQJA 2FB2A 3F4NA 1L6WA 1YDNA 3VNDA 4ORIA 4JTFA 4RKAA 1QCWA 3B0VC 3U8GA 3USBA 1SSGA 3VKJA 3TMQA 4TMBA 2CLHA 1W8SA 3MYOA 5K7JA 3TXVA 1YYAA 2ZA3A 1Z41A 3TDFA 2AGKA 3STEA 3H54A 5CG7A 1QNVA 5F2MA 5I3GA 4ICNA 4MJZA 4MJMA 2W0UA 3ELFA 3OHIA 1VQTA 3SGUA 2GJLA 3MUXA 3G1DA 3V75A 3SR7A 1OK6A 5CPNA 5KZDA 4DEFA 5D04C 3UWYA 3GR7A 3NQDA 3O6DA 4PA8A 3W2UA 3B4UA 3EB2A 4WD0A 4N9CA 4MLJA 2OX1A 4M19A 4RXFA 4EWND 5TBOA 1UUMA 1VHCA 5AHEA 3Q2DA 3DBPA 1G4SA 1K03A 1LLZA 3HIJA 3CPRA 2QCDA 4AXKA 2CWNA 4TU1A 2X2GA 2H6RA 2NUYA 2QR6A 4MY8A 4UFKA 1FWTA 3NQ8A 1W5NA 1VRDA 3A5VA 3SFKA 3EKLA 4Y90A 3DI0A 3A5FA 2BWGA 3NL5A 3W7DA 5I3FA 4MIMA 2RDTA 1Q3NA 2Y89A 3GDTA 1JUKA 1DJQA 3FEMA 3TKFA 4NT0A 1TPEA 3EWBX 1GG1A 1KV8A 1DKWA 4XTIA 4O14A 5DLCA 4HSNA 3G18A 1ADOA 3EX1A 4YMZA 3GNNA 2VENA 5DBUA 2CW6A 1EWEA 1H7OA 2DZUA 3HPZA 1DORA 1G6CA 1ML1A 4L4MA 1GVQA 2VFFA 1NFBA 1L9WA 4IXXA 4GUFA 3UWVA 5TIMA 1KFBA 1RR2A 2RDUA 2ZYFA 1TTJA 3ABOA 1JCYA 1FUYA 3GXPA 3B0UX 4XTDA 1H7NA 2TYSA 3RK8A 3LHTA 3PB2A 3WFAA 5G2WA 1TV7A 3TAOA 4JEQA 4RCXA 1WBJA 4UFJA 1KM4A 2NX9A 3G1VA 1OFBA 1AL7A 1W5PA 1ME8A 3QMRA 2QUUA 1GVOA 1XUUA 4PL1A 3W7OA 1ZNNA 2GVGA 4MZYA 1TTQA 3NR0A 3BLIA 1X1OA 2Q8LA 5CZSA 3SGZA 3LERA 3MBDA 2B4GA 2NXGA 5CPLA 2JKEA 2BXVA 4O1BA 3D0CA 2EHHA 3S5ZA 3HQ1A 3TR2A 4YCOA 3M44A 3KFTA 1D3GA 4IGHA 2BTMA 5CZJA 3G24A 5F2GA 1GT8A 1LOLA 3LTSA 3UD6A 3SSJA 3GDKA 3PG8A 4QIUA 3FOKA 5DN1A 2C16A 2W79A 5F4XA 4ONVA 2Y61A 4JIPA 4NX5A 3FJ6A 3ANYA 3GDRA 4PC8A 3PUDA 3OEXA 3LHZA 1LBFA 3IVTA 1B4EA 1LDCA 4JIQA 3HG2A 2H3DA 2Q3RA 3NXFA 1AMKA 2R8WA 2V0TA 4O50A 1FWWA 3LHUA 5C5YA 3NQ7A 2WSYA 1H62A 4K38A 2ALDA 2OT0A 4LS0A 3IGSA 3UPBA 2RDWA 3LDVA 4UMCA 4DO6A 1OFEA 3O15A 4X9SA 2XFWA 4GUJA 1LZOA 1A5SA 3M43A 1QOPA 1TV8A 2OJPA 1JCLA 2XN0A 1XBVA 2E1DA 3KX6A 1P0KA 2OCZA 3U2OA 3N2XA 2DZXA 4N6EA 3KXQA 3CT7A 3B0PA 4OWGA 3P62A 3R5EA 3QPZA 4GRSA 2ABBA 4GUGA 4MZ8A 2XN1A 5K9CA 1NAL1 2Y70A 1B4KA 3S6DA 3BW3A 5KZMA 3NOEA 1DL3A 4NJHA 3I68A 1OFRA 3CEUA 1Q45A 3QSTA 3FYOA 4PEKA 3W1LA 1Q6QA 3G8EA 4FNUA 3LRLA 3SI9A 5F2LA 5G4EA 4OV4A 1KTBA 3LBCA 1VYPX 4O8RA 4BWLC 3E9AA 3DENA 2QJHA 3GR8A 5BRBA 3TC7A 3BV4A 4UTTA 3W23A 5HR6A 3N34A 5KSWA 1YTEA 2ZRWA 3CIXA 4AVFA 1JCMP 3NVTA 4M6VA 3P60A 3UNDA 3TK7A 4IX2A 1K8ZA 1K8XA 3MHFA 4PTNA 5A8GA 1LTDA 1C9DA 3W7IA 1X7FA 3LLFA 1F73A 3UZJA 2QAPA 5GVJA 1OF6A 4PFMA 4CQAA 4LVAA 1W31A 2Y6ZA 1J4EA 1SFJA 2DZSA 5KZEA 1CW2A 4TIMA 4IWWA 2GPTA 2ZZ4A 3P61A 3N9SA 4Q32A 3VCRA 3S9YA 1W3IA 4J9JA 1UBSA 2ZZ7A 1ZENA 1GTHA 5D09A 1LLWA 1BEUA 4AHPA 3ZFHA 5K4XA 3HOJA 2DORA 4LC8A 3TSDA 3AO0A 4QQ3A 1SO3A 5BMXA 1DHPA 3GB6A 3T7VA 2QCCA 1DQWA 4AWSA 3TNOA 2QCHA 1C8VA 5D2WA 3ZWSA 3MBFA 3ZS4A 1KFCA 1HFBA 1XBXA 1SFLA 4OBTA 5CSSA 1L6YA 2A21A 1G4EA 5KMYA 4AMAA 3GVGA 2C14A 3KHJA 3IIPA 2V5BA 3BLFA 2CLKA 2QCGA 4WXYA 3GXTA 3W75A 1NEYA 4JNMA 5FF0A 1GYLA 2E6FA 2TPSA 4JTJA 1GVFA 2QJGA 2QJIA 4O12A 4DF2A 1H1YA 3HF3A 4JN6A 4LS1A 5K4ZA 3L5MA 1OJXA 5U7SA 3TJXA 4UMAA 4IX0A 1P5BA 4AF0A 3HO8A 2FJKA 2WV8A 3W70A 3WJYA 1F2JA 3W1QA 3LXAA 3PB0A 2WJZA 2CZ5A 1GZGA 3LOTA 4OE7A 1T99A 3F1QA 4CLMA 3M7WA 1OFOA 3W07A 2Y62A 4LV9A 2UV8G 2DU2A 3OA3A 4O4WA 4MYXA 1F6PA 2BSLA 3CHVA 4BI6A 2ZZ6A 5E93A 1WX0A 1I2NA 3MP4A 2YXGA 1HO4A 1GEQA 2NX1A 1XBZA 4JTGA 1UUOA 3PS7A 4Z1DA 3M6YA 3WJZA 1GPWA 2DZVA 1SZFA 3SZ8A 1JQXA 3TW7A 1T96A 4RX0A 3HB9A 3GKFA 2DZWA 5EYWA 2X1RA 4IPJA 5DCBA 5D38A 4I7VA 3C52A 3LCWA 2Y7EA 1KLZA 3EX3A 3STFA 3NZ1A 3QW4B 3B06A 1AW2A 1IXPA 2HSAA 3N3MA 4I9AA 1LRTA 4N9BA 3HPXA 3R8RA 5EKYA 2DZTA 4UTWA 4NUWA 4LU0A 1KM5A 4I7WA 4K39A 3TFXA 1KFLA 2E77A 3PWAA 5K3VA 3NQAA 5G1TA 4UFHA 4GC4A 1GOXA 3Q94A 2YGYA 3GDLA 3GYEA 1PV8A 5EMUA 3HGRA 1SUXA 2CZDA 4O0KA 1VH7A 4RZ5A 4KFOA 5H2ZA 4HSOA 1JULA 4UCGA 5FEZA 4GUIA 3S1UA 2ZTJA 2JGQA 3FFSA 2XN2A 5D2XA 2VFGA 3FLUA 2IQTA 1TMHA 3DZ1A 5AHIA 3PULA 4FNPA 1EP1A 4WY0B 3NEVA 2GUUA 1FWNA 4QNEA 5IBXA 4LY8A 2J27A 2EKCA 2FDSA 1H7PA 2V82A 1WOAA 3EXRA 3HBLA 5G5IA 3G1SA 2QKFA 1LP6A 1WYIA 2ZZ5A 1TIMA 1SW0A 2X16A 2GQ9A 3CM4A 3VE7A 3KVMA 4QM1A 3L21A 4IUOA 4LV4A 7TIMA 2F84A 4FO4A 4ADSA 3IIVA 1HTIA 1VYSX 4EF8A 1VR6A 4CNNA 4KFPA 1I2OA 4LUIA 4XBSA 1JCJA 2E6AA 3C2FA 4OU1A 4PODA 4UTTC 3SY5A 5HULA 2V2DA 4FX8A 1F6KA 2A4AA 4DXVA 4NJGA 3E02A 4N4QA 4JTLA 3CIWA 3WK0A 5AN7A 2Y7DA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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Chain Sequence

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