1KV5A

Structure of trypanosoma brucei brucei tim with the salt-bridge-forming residue arg191 mutated to ser
Total Genus 94
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
94
sequence length
249
structure length
249
Chain Sequence
SKPQPIAAANWKCNGSQQSLSELIDLFNSTSINHDVQCVVASTFVHLAMTKERLSHPKFVIAAQNAIAKSGAFTGEVSLPILKDFGVNWIVLGHSERRAYYGETNEIVADKVAAAVASGFMVIACIGETLQERESGRTAVVVLTQIAAIAKKLKKADWAKVVIAYEPVWAIGTGKVATPQQAQEAHALISSWVSSKIGADVAGELRILYGGSVNGKNARTLYQQRDVNGFLVGGASLKPEFVDIIKATQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The importance of the conserved Arg191-Asp227 salt bridge of triosephosphate isomerase for folding, stability, and catalysis
pubmed doi rcsb
molecule keywords triosephosphate isomerase, glycosomal
molecule tags Isomerase
source organism Trypanosoma brucei brucei
total genus 94
structure length 249
sequence length 249
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date 2002-01-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00121 TIM Triosephosphate isomerase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1kv5A00
4A2RA 1EA0A 4K37A 2TSYA 4ZQMA 2CZEA 3HBLA 2W6RA 2FDSA 3R13A 5CPLA 1QO2A 2X1TA 2FJKA 4UFLA 1W3NA 4MLJA 4JS3A 4FB7A 3MMTA 3W1RA 4DO4A 1SZNA 4NNCA 4CLMA 4OQVA 1F6KA 4O1BA 4M6PA 2CLIA 3L9CA 1OX6A 3TW7A 4DO6A 1LM1A 3O8AA 3SGZA 3NYZA 1W5OA 1CW2A 3BW2A 1XBXA 3LHTA 1SUXA 3THAA 1SR9A 4UR8A 1AG1O 4ONVA 2LLEA 3MUXA 3P62A 2GQ8A 1O5KA 2OT0A 5EY5A 1K8XA 1OF6A 3L5MA 2ZZ5A 1RQHA 3HPSA 4JTIA 5I3IA 1H7PA 4WY0A 5LNUA 3MW7A 3BLIA 2C1HA 5HUPA 3TMQA 1THFD 3PB2A 2ZRWA 1B57A 3DXIA 1TJPA 4ZQCA 4XTIA 2YPIA 2Q8LA 4FX6M 5E1QA 3NQ6A 1XI3A 1W0MA 3FYPA 3TQKA 1X7FA 2B7PA 2JKPA 4MKNA 4UIOA 2QCDB 5FF2A 2ZQ0A 5L9FA 5HUOA 1ML1A 2OMAA 2ZZ4A 3R89A 3ZWSA 2WSQA 1L9WA 2CZ5A 2WNZA 4FNUA 3G1VA 1G7VA 5DBUA 5LGZA 3OG3A 2OT1A 2PE4A 5CSSA 1I2QA 1AW2A 5F4WA 3S6DA 3GDTA 3TH6A 4UTTA 2BTMA 2ZRVA 3DZ1A 1VCVA 3W1XA 2Y7EA 1SW3A 3BPWA 3C2VA 4M6QA 2WV8A 2CFFA 5F1VA 2Y7DA 3EXSA 1TSIA 1LLZA 1KW1A 2JKAA 4FHAA 4UTMA 3LCGA 1YPFA 2R8WA 5C5YA 3FKKA 4JX4A 1QMLA 3SZ8A 3N34A 5AB3A 1Q6LA 4UTHA 4CQ8A 3TNOA 3UWUA 1VCFA 4ML9A 4GUHA 3P67A 1T96A 4IMEA 2R14A 5AHMA 1W3TA 3I7QA 1KFLA 3P81A 4GNJA 3STCA 4DO5A 1OX5A 3LB0A 3NZ1A 3B4UA 4UTUA 3SR7A 3CB8A 1H5YA 3N9RA 2Y61A 5AHLA 3NG3A 3W7JA 1DBTA 4BI5A 2YW4A 4UC5A 1H1YA 2QCFA 1XBYA 1Z41A 3MI2A 3OVQA 3QMRA 3ATZA 4RXFA 1WV2A 1EP2A 3HB9A 3NOEA 3LV5A 2W79A 5DY2A 4DELA 4YL2A 1G4EA 2YFOA 2GJLA 4IX2A 1PCWA 4WXZA 1F74A 1UJPA 4M19A 3W7OA 1QPQA 4UTLA 3KVJA 1D3HA 4N9CA 3W7MA 1DOSA 3T40A 4OT7A 1V7YA 1RPXA 2ZBTA 3TSBA 3W7DA 2YDAA 4UMBA 1KM3A 1RV8A 4ADUA 3M6YA 1QDSA 2G97A 4IGHA 3R5EA 3PB0A 3S1XA 3B0PA 2Q3OA 1LDCA 3M43A 2QCGA 1ZJIA 1N8FA 2ZTKA 2E5BA 2PC4A 3GXTA 4MPQA 2XN0A 3WJXA 1EEPA 4PL1A 1OFAA 2ZZ3A 3G1XA 2PRHA 4CQAA 3W2UA 3P8JA 1N7KA 1PV8A 3T44A 3W9ZA 1W54A 1KTNA 1XXXA 4PFMA 2DZTA 1YDNA 4UCGA 4AHOA 1A50A 1IF2A 2R94A 4BWLC 1QFEA 1TMHA 3CLMA 3PBWA 5D32A 3VNDA 1SFJA 2Z2UA 3W7KA 4ZQOA 2GVLA 3QH2A 4GXMA 1YDOA 3DHFA 4DPQA 2ZA2A 4M7TA 2UV8G 4FX8A 4QISA 1LOLA 3M9YA 3HPZA 2ZRXA 4AEOA 2H8ZA 4PC8A 1LORA 3L0NA 4FXRA 3THQA 1TRIA 1XM3A 1VQTA 3G1SA 1T99A 2V30A 3K30A 3QC3A 4PTNA 1W5NA 2H3BA 2VEPA 4S2CA 3VFLA 1Q45A 3KRUA 3G0SA 2DJXA 4ZVJA 4G1KA 1OJXA 4N9EA 1Z44A 3FEMA 2AQWA 1G4TA 1SO3A 3PM6A 1OABA 1JUBA 1I8JA 4JGDA 3IGXA 1KV8A 2PRLA 4LRTA 3CU2A 3CT7A 3L0KA 4FXSA 5CGQA 1YXCA 1W1ZA 5DY3A 3DAQA 5CPNA 1M5WA 4QQ3A 3TK7A 3W1UA 5C2XA 4N4PA 3LXCA 4YMZA 4E38A 3ABRA 3LOTA 5FF3A 3U6WA 4NJJA 3FIGA 3YPIA 4LC8A 1JQXA 3TCEA 4DPPA 1X1ZA 3ELFA 3LHUA 1W5QA 4EF8A 5K9CA 3A23A 5AYYA 1VHCA 4DF1A 1VS1A 2VFFA 4JYFA 3W1PA 5AFDA 1UB3A 3D0CA 1P4CA 3TKFA 3BW4A 3L2IA 5AC6A 4HNNA 3KVKA 1JCNA 1Q6RA 3I7RA 1PIIA 2X1SA 2NLIA 4ADSA 1FDZA 2IQTA 1EPXA 3QW3A 2I1OA 3W1LA 3W7CA 4O54A 3B05A 1D9EA 2V5BA 4R7JA 3UZJA 2P1FA 5CZSA 2NWSA 4MYAA 5DCEA 3SGUA 1JUKA 3OEXA 3IVTA 4O4VA 1K02A 1TPVA 1FWWA 1TPUA 3HGJA 2XFWA 2HS6A 1GYNA 3E49A 4RR4A 1GQNA 1W5MA 3A9IA 3EWUA 1GPWA 1FUYA 4N02A 5I3HA 1HL2A 2QCMA 1B3OA 5LSMA 3S1WA 3LCXA 5ABTA 3PUEA 2VOMA 5A5WA 3PG8A 4MUZA 3RNDA 3O6DA 3A24A 3HO8A 4GWEA 1HO4A 2YW3A 2NWRA 1JQVA 1SO5A 3NQ8A 1QAPA 4IXXA 4JN6A 4DEFA 3V1PA 2Z6JA 1I2OA 4J9JA 4JYEA 3A5VA 1I2RA 4HKPA 4AAJA 3Q94A 4CNNA 2QR6A 4FNSA 5D2VA 1EB3A 3Q2DA 1VGAA 3WJZA 3QF0A 5HMSA 1E51A 5EYWA 3SI9A 3JR2A 2NUYA 5FF0A 1W31A 1JCYA 1FY6A 4JTFA 2DJLA 2HTMA 4O1AA 1TB3A 2OJPA 4NNBA 4Z1DA 4Q33A 5LNRA 3N9SA 4JICA 3W22A 3EKZA 3SW6A 3B8DA 4JTGA 4WY0F 3G1HA 1QNVA 1ZHAA 3PAJA 3WJSA 4QAIA 3MYOA 3LXAA 3LCWA 4QITA 3IVSA 2GUUA 3QM3A 1ZALA 4JTTA 1H7WA 3NM1A 1DKWA 1FDJA 4FF7A 5CPOA 3GAYA 3VI2A 1BWLA 1TO3A 4BI7A 2VEIA 4POCA 1FCQA 4NJIA 1F05A 1R2SA 3GB6A 1GVQA 1J4EA 3P60A 4HT3A 4UFMA 4TO8A 4ZL1A 2DU2A 5E93A 5G4WA 1TV8A 4LU0A 3GXNA 3NPVA 1KM1A 3NL2A 3CEPA 3NQMA 5HULA 2EGZA 1VPXA 3TUUA 1K8YA 3G0XA 4BWLA 3N3MA 1MXSA 2QUVA 3PC0A 3QEZA 1HG3A 1UUMA 4K38A 1OFRA 5D30A 4R34A 2NUXA 4UXDA 1WAUA 1XDMA 4O17A 5K4ZA 4O1DA 3CM4A 2QF7A 4GE8A 2ZYFA 5IBXC 4TX9A 5D2WA 3LLFA 1OK4A 3LHYA 1FWTA 3A22A 1YDVA 4K6AA 4X9SA 5DXXA 1NVMA 5HNRA 4HNVA 5D04C 1GZGA 1H51A 2WNNA 1NSJA 3U8GA 1HO1A 1YTKA 4FO4A 3P5YA 3EWWA 4PL2A 3B06A 3FFSA 3G1DA 3GYEA 4O18A 2RH9A 1O4UA 3EX6A 4O50A 4Y90A 2A2IA 5DN1A 3GLCA 1Z48A 2Q8ZA 1KFEA 5F2MA 1LP6A 2VFGA 3NQAA 3HG5A 1TJRA 4GUIA 2TPSA 2NXGA 3G18A 3NQVA 1X6UA 3UWZA 1JCMP 4UMCA 5MHBA 1ZY9A 4AHQA 3TU9A 2H3DA 1VR6A 2PRMA 3W1NA 2NXHA 1P1XA 3C6CA 3HG3A 3C8FA 3W2KA 1JCJA 3FA5A 4MFDA 3QPZA 5D37A 4MYXA 4A2SA 1TPWA 2QAPA 2YGYA 2NX3A 3TMLA 3PSWA 1DQXA 2WJZA 1LYXA 1D3GA 2ZZ2A 4JX5A 3MI6A 1I4NA 1AL7A 5HWNA 3USBA 3GVGA 4NUWA 3C3NA 3F03K 3I7SA 2ABBA 5SWUA 3UYCA 2YX0A 1CI1A 1C8VA 3O1NA 5LGXA 3C0JA 3T78A 5LNVA 3TAOA 2GQ9A 3UWWA 2G96A 3QW4B 5EKYA 2QEZA 1H7XA 3R12A 3W7NA 2GQAA 4LVGA 3F4NA 3NQEA 1GWJA 3ZS4A 1IXQA 4AH7A 4ADTA 3W7LA 3HGRA 3EWBX 3C56A 1GVFA 3BGGA 2H6RA 1ZFJA 4Z1CA 3PULA 2EAWA 3MHFA 4GUFA 3BVJA 3M5XA 3S42A 1MZHA 3DFOA 5CZTA 1MEWA 2CWNA 4WQ6A 1DJQA 3P84A 1SO6A 3QSRA 1GT8A 1G69A 1DVJA 2CZFA 1CX9A 2V2DA 4LWWA 5G5IA 1GJPA 3W84A 5K4XA 1ZAIA 3P74A 3N2XA 4ORMA 4JD4A 4XWUA 3BG5A 5F1UA 1U5JA 3NR0A 1NF0A 5L6UA 1KA9F 5DLCA 2JGYA 2DORA 3LI0A 3NQGA 3S5NA 3PBYA 2CZDA 3MWAA 3F1QA 1T8XA 3M44A 2QJIA 1OFDA 2PCQA 4JTEA 1KM2A 3NQDA 2QDHA 1WX0A 1XC4A 4MY8A 4XBKA 3W1QA 5BNKA 2C0AA 4UUIA 1C9DA 5K7JA 5BMWA 4LS1A 2X30A 5AHFA 5D03A 2X16A 1B4KA 3M5VA 3WK0A 3STGA 4IPJA 4TIMA 3QSTA 4UTIA 3W74A 1FQ0A 2DP3A 3W1AA 3W70A 3C2RA 1PE1A 3TC7A 3UXAA 4M5PA 4JTKA 3W7RA 5FEXA 2A7RA 2E1DA 3L5AA 3MBDA 2QCNA 2E5DA 3CQ0A 5J5RA 1XCFA 4O0ZA 2XN1A 4MY1A 4W9TA 3IIPA 4JIQA 5AYZA 5I3KA 1TPC1 1KM5A 2NZLA 2Y89A 4JIPA 3N19B 2GJNA 2QCLA 3UWQA 5KITA 2VFIA 1IGSA 3W83A 2E6FA 4Y8FA 3HJZA 3KRZA 3RK8A 1UUOA 3FYOA 2A4AA 3VE7A 2GOUA 3NDOA 1FWSA 4AWTA 3BW3A 2X1UA 3NXFA 3OIXA 2ZRZA 2H90A 3TFXA 3SSJA 4Z1AA 3RFAA 3PY2A 1W56A 2YYTA 6TIMA 3EB2A 4Z0JA 1M6JA 3LTYA 4FEZA 1SSGA 3LRMA 2XN2A 3HIJA 4LT9A 4PODA 3BLEA 1OK6A 3EX4A 1F73A 4P61A 4LW7A 4P2VA 2CLHA 4JTLA 1PHWA 1HTIA 2V0TA 1LBLA 1W5PA 2A7NA 1TQXA 1FXPA 1A5BA 2C16A 3L67A 1JULA 4TMBA 4OV4A 4LVBA 1PS9A 2OX1A 5IBXA 4OBTA 1M7OA 2ISWA 4O14A 4DXVA 3TIMA 5G4EA 4FIRA 4HIBA 4N2YA 2VFEA 4X3ZA 4DBEA 1LBFA 1TPEA 3EWYA 4RV8A 1YXYA 3IGSA 5HWJA 4JR5A 2DZSA 3SJ3A 5EMUA 3MBFA 5H2ZA 1RR2A 1F76A 2A0NA 3P61A 2CLLA 3W71A 1GVRA 2V5LA 5D2YA 2A1YA 5CZJA 5AOUA 2RFGA 5AYXA 4ZQRA 5F4XA 2GPTA 3ANYA 3UZ5A 2J9XA 2BZNA 4NT0A 3HOJA 2YYUA 1S5VA 2TYSA 4K8EA 1SO4A 1F5ZA 2Y63A 3EWXA 1KBJA 3UNDA 3TC6A 4A29A 3W7PA 3Q37A 3GNNA 1SW7A 2ATMA 1PCKA 1EWDA 1NAL1 4LV4A 2E5CA 1F2JA 3TQVA 3O15A 4NXKA 4O8RA 2WPBA 2GVGA 1EIXA 1A5AA 4ZZ9A 1F7BA 2ABAA 3CC1A 1X1OA 5LHEA 1K7FA 2OZ0A 3FLUA 3L68A 1QO5A 3G24A 4WUIA 2D73A 2ISVA 1ICPA 1QPNA 1DJNA 5G2IA 3IVUA 1N55A 5K9XA 4O4WA 3UWYA 4DF2A 1FX6A 2ZCGA 3PVFA 4A22A 1KFKA 1ZNNA 5HJLA 1L6WA 1FWNA 4FNQA 4LS2A 4AWUA 1VHNA 4D2JA 1YTEA 3UY7A 1G4SA 1XUUA 1ZAHA 5DXYA 1BTMA 3KRSA 3PF3A 4CNOA 5H91A 3G22A 3W07A 2G95A 1QWGA 5U4NA 4NZFA 1XKYA 4WD0A 3NL3A 3DFQA 3GX9A 1PL9A 1TTPA 1S5TA 5E0KA 2V2HA 3GR8A 3CWOX 2HSAA 1VZWA 2YFNA 3EX2A 4FNPA 4IJBA 1R2TA 1PVNA 1IXOA 1TCDA 1EP3A 2EPHA 3B04A 3S9YA 4EIVA 1YXDA 3GIYA 4WY0B 3W87A 1K7XA 4NX0A 3GKFA 1LTDA 2QCHA 1WA3A 1OFOA 3EKLA 3HG4A 1A53A 3ATYA 3LBCA 5BRBA 4Y96A 2ZFAA 3TR2A 3C2OA 4JTJA 3P7YA 2QAFA 5KINA 2V8ZA 1VYRA 5D05A 5CPMA 1RVGA 3KAOA 5D38A 3LTSA 5FEZA 2VFHA 2I9EA 1TPH1 3GDLA 3W2NA 3DGRA 5DBTA 4RLIA 1GVSA 1GOXA 1ICQA 3NZRA 3BARA 4E0CA 4QM1A 3S5YA 1AL8A 4PA8A 2WNQA 4AXKA 1L2UA 2WOQA 3O16A 1DV7A 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 4LUI A;  2JGQ A;  1ZEN A;  3GK0 A;  1OFE A;  4FIQ A;  4LOC A;  4O28 A;  3LV6 A;  4Q32 A;  2GVJ A;  3PBV A;  3PWA A;  3G1A A;  4OGZ A;  1Q6O A;  4WJE A;  2J9Y A;  2A5H A;  3FKR A;  3FOK A;  5AHI A;  4L4L A;  2QCE A;  4OU1 A;  4XKY B;  1YAD A;  4H6K A;  3IIX A;  3ABQ A;  3QPY A;  2WKJ A;  4UFH A;  3G8E A;  3KFT A;  3M47 A;  3DKL A;  1H60 A;  4TR9 A;  1R2R A;  1KTC A;  1UAS A;  3NAV A;  3B0V C;  2RKX A;  5F2G A;  1VLW A;  1XL9 A;  3GKA A;  5F2I A;  4UTJ A;  3CEU A;  1VYP X;  3KVM A;  4ALD A;  4EVZ A;  4O10 A;  4CCC A;  4LVF A;  2VEL A;  4CQ9 A;  5I3F A;  1O5X A;  1O94 A;  1G4P A;  4LRS A;  3VE9 A;  4IXH A;  3CPR A;  4HPX A;  1LRT A;  3O6Y X;  2QCC A;  4MOZ A;  3AJX A;  1T0O A;  3T4C A;  3W72 A;  5KSW A;  5KZE A;  1XUZ A;  4UTW A;  4L4M A;  4JTH A;  4LVD A;  4IMD A;  4O1C A;  1KM4 A;  2R91 A;  3CHV A;  3P80 A;  3MP4 A;  3WK1 A;  4TU1 A;  3HG2 A;  4UR7 A;  3A5F A;  3N2M A;  5G1Y A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 4WRH A;  2FZ8 A;  1VFH A;  2OXN A;  4W84 A;  1IEX A;  4K37 A;  4AVN A;  2WJF A;  3WIJ A;  5CPL A;  1TX0 A;  3SCR A;  1W3N A;  3MMT A;  3VGB A;  3UCD A;  4DO4 A;  3T07 A;  2BGN E;  1F6K A;  1GZ1 A;  4M6P A;  3SY8 A;  4AC1 X;  3TW7 A;  1JF5 A;  4Z2G A;  4QRN A;  1LM1 A;  3BJS A;  2ACS A;  2VMF A;  1S5N A;  1UH3 A;  3UNT A;  3A3H A;  1AFS A;  1AG1 O;  3HQO A;  4AIS A;  7PTD A;  4YYC A;  1Q6C A;  2W91 A;  3UVI A;  3E6E A;  4HBK A;  4GGH A;  2Y24 A;  5FL0 A;  4JTI A;  2OSX A;  3N25 A;  3D3A A;  3MW7 A;  4DHG A;  1MWO A;  2C1H A;  1XRF A;  3TMQ A;  1EOK A;  1THF D;  4US6 A;  1H0G A;  1T6M A;  2ZRW A;  5CC6 A;  1B57 A;  4ZQC A;  4RV3 A;  1Y7V A;  2FGB A;  2X0S A;  3T6C A;  4YS1 A;  5E1Q A;  1KGX A;  4LAZ A;  3FYP A;  3TQK A;  4DWS B;  4MG4 A;  2B7P A;  4RPP A;  1AQH A;  2QCD B;  1ML1 A;  1CGV A;  1QNQ A;  1PDY A;  2CZ5 A;  3CO8 A;  1V02 E;  4WDU A;  4KPL A;  3VAB A;  2RAG A;  2GJR A;  4NIR A;  1AW2 A;  3GDT A;  3PAO A;  9CGT A;  2BTM A;  1FHU A;  1XYC A;  3GXF A;  5FJU A;  2CBV A;  2HCV A;  2WV8 A; 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