1L2U | Genus

Total Genus 74

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	74
sequence length	233
structure length	224
Chain Sequence	AVTNSPVVVALDYHNRDDALAFVDKIDPRDCRLKVGKEMFTLFGPQFVRELQQRGFDIFLDLKFHDIPNTAAHAVAAAADLGVWMVNVHASGGARMMTAAREALVPFGKDAPLLIAVTVLTSMEASDLVDLGMTLSPADYAERLAALTQKCGLDGVVCSAQEAVRFKQVFGQEFKLVTPGIRPQIMTPEQALSAGVDYMVIGRPVTQSVDPAQTLKAINASLQR

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Substrate binding induces domain movements in orotidine 5'-monophosphate decarboxylase pubmed doi rcsb
molecule keywords	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
molecule tags	Lyase
source organism	Escherichia coli
total genus	74
structure length	224
sequence length	233
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date	2002-02-25

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00215	OMPdecase	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	1l2uA00

1JCYA 3W7PA 3WJSA 3L0KA 2HSAA 2YGYA 1I4NA 1T96A 5DN1A 2CZ5A 4UR7A 5HQEA 3B05A 1P0NA 3LI1A 4O10A 2QR6A 3SJ3A 2QCGA 1GWJA 1VPXA 5LNSA 1PHWA 5G5IA 1Q6OA 1XUUA 1HTIA 1TPVA 4O13A 5AYXA 3Q2DA 5E1QA 4RZ4A 1ZHAA 3MUXA 5LSMA 1DOSA 3L9CA 4JTFA 4K7YA 1ZALA 1G69A 5EMUA 4KKXA 1RPXA 2QCFA 3LHUA 3EWZA 4JY8A 4MYXA 4KFPA 4X9SA 3OVPA 3EKLA 3LERA 3W9ZA 3K30A 5G1YA 4NJIA 3CU2A 1H7OA 4O0ZA 3C6CA 4AWTA 1G4TA 3FFSA 4MYAA 3LX9A 5HMSA 3TK7A 3P8IA 4O11A 2QCEA 4N9DA 2QCCA 3UWVA 3FEMA 3UZJA 3G1FA 1VR6A 1SU5A 1GOXA 3TROA 3M16A 3S1XA 1J2WA 3MO7A 2A0NA 4UFHA 4GUIA 2EHHA 2J9XA 3B8DA 1EPXA 3N2XA 4E0CA 4JYFA 1TIMA 1ADOA 3QJAA 2R94A 4WX2A 5GVJA 4YLWA 3HJZA 4JYEA 1KBIA 1A5BA 3MBFA 3GAKA 3PAJA 1DHPA 3CLMA 4TIMA 4P61A 3TMQA 1R30A 3R5EA 3G1DA 3THAA 4A2RA 3EWYA 2JKPA 5K4XA 1T0OA 4HNUA 4UTMA 4JTKA 2RFGA 3NAVA 3UWYA 3NQ6A 4UMBA 4O54A 3STGA 3QM3A 2ZTKA 3VKJA 4NT0A 3SGZA 3NM1A 2CLLA 2A21A 1AW2A 3W7KA 1SZEA 3OBKA 1GG1A 1H63A 1TSIA 3EWUA 3IGUA 1THFD 1V7YA 4OWGA 2QKFA 3G8RA 1OYCA 1GYLA 5C55A 3E9AA 3W7CA 3W2JA 3UZ5A 4ZQCA 3EWXA 3OA3A 4HNNA 2VC6A 2VEKA 1NF7A 5DELA 3I6RA 1AW5A 2JKEA 1DJQA 5KINA 1TREA 3EX3A 3OVQA 1L9WA 4AF0A 4NNBA 4PL2A 1HO4A 1KM2A 3RF9A 3GVGA 4NJHA 4ADSA 2QCNA 4LVFA 4LUJA 1TJRA 4FEZA 2DZPA 2Y6ZA 3OIXA 3NXFA 2CW6A 4QM1A 1LOSA 3S1WA 3FOKA 3W2UA 1EA0A 1MO0A 4S2CA 2VFEA 2WNQA 3IGXA 3QQ0A 3TE9A 4AB4A 2WNZA 1UJPA 1S5TA 4HNTA 1F76A 4MY8A 3C2OA 4LU0A 1VLWA 2R14A 1XBZA 3P67A 2C16A 5D2YA 4IX0A 2A85A 4R7JA 4X22A 1FUYA 4UFJA 5HJLA 4RLIA 2YFNA 4OE7A 4JYDA 1RZMA 3NQ7A 2PCQA 3SIZA 4N2YA 2ALDA 3B0UX 3EWBX 3TU9A 1SSGA 3NA8A 3NPUA 4RJEA 1H1ZA 4DF2A 4Q33A 1WDWA 3C2RA 3NGJA 3QEZA 4AHQA 4UFLA 3TKFA 3MW7A 2V0TA 1H62A 3MWAA 4MFEA 1M7PA 5FF2A 3P7YA 5BRBA 1LCOA 4UNKA 3BG5A 1HG3A 3I7SA 3L2IA 3MJYA 1GYNA 3M5XA 1FWTA 4Z1BA 1GQNA 4FNUA 1K3UA 4WD0A 3SW6A 3TXZA 4A2SA 2V9DA 3CPRA 4QSHA 4IOTA 3STFA 1W5NA 5BOOA 3NQAA 1OX4A 3QPZA 2Y62A 5LKYA 4M5PA 3TH6A 3DZ1A 4O15A 3S0CA 1I45A 3IEBA 4CQ9A 5TIMA 5TQLA 4RK8A 1A50A 3UWQA 3PUEA 4RR4A 1HO1A 5F4XA 2W0UA 3B0PA 1J5TA 3GX9A 3M43A 2NWSA 3G1YA 3SECA 4GUFA 3N2MA 3DI0A 3W7HA 1WBHA 2G96A 4QIUA 3CHVA 5FEWA 3EB2A 1FCVA 1S5VA 2NXIA 5I3JA 2C19A 4R33A 2NX3A 2X16A 4HNVA 3MI6A 4ZMGA 2FPVA 3EXTA 4HIBA 1YPFA 1MZHA 3M7WA 2GPTA 3W74A 3EX4A 1SO6A 3L5LA 2DZXA 4NX5A 2VELA 4IMDA 1PL9A 1DQXA 3C61A 3TQ0A 1KV5A 1KM0A 1W54A 1DL3A 3DHFA 4UTKA 3U6WA 5HUOA 1W3NA 1JCNA 1HUVA 1K7XA 3ELFA 3O8AA 2ISWA 4D2JA 1A5CA 1X7FA 4K37A 2J6XA 3AO0A 2E6FA 1NEYA 4N6EA 4YCOA 3DFNA 3S9YA 3DAQA 3N9RA 3PBVA 4POCA 1XC4A 2WKJA 1W3IA 1K7FA 2PE4A 3GNDA 1SR9A 3G3DA 4Y9AA 1PV8A 1JRBA 3IIOA 5HWNA 5IBXC 2YYTA 3NO5A 3W1NA 5DCEA 3CIXA 3PM6A 4ALDA 2QCLA 2YW3A 2Q3OA 5HWJA 3QMSA 2ATMA 3WJWA 1FWNA 4FHAA 3SR7A 1K7EA 1CX9A 1BKSA 1KFEA 3KFTA 3VCRA 3KXQA 4AXKA 1G7UA 2QDHA 4IX2A 5LHEA 3LV6A 5AC6A 1CW2A 2C15A 4FF7A 1L6YA 3M0ZA 8TIMA 1VH7A 4XUGA 5G4EA 1T99A 2YXGA 1NVMA 1TCDA 3LV5A 2DZVA 2J24A 2FTPA 2PURA 5AN7A 3RU6A 5D02A 3NQFA 4OV9A 3NL2A 1NSJA 2Z2UA 2WV8A 2ISSA 5CPMA 2X1UA 4TMBA 2A2IA 1DV7A 2ZRUA 4Z0JA 3OEXA 2KZHA 3HIJA 5F4WA 1QMLA 1IXQA 5BMWA 1JRCA 3P60A 2CFFA 4GBUA 4IWWA 3R89A 1SO5A 1W3TA 1U83A 1FWSA 4S1FA 3E12A 5H2ZA 5BW6A 2CLKA 2BLEA 3LCLA 5EBUA 3B03A 4UTTC 4Q4KA 3CWNA 4LRTA 2W6RA 1KW1A 5A8GA 4ZQMA 4HSOA 4RZ6A 1G67A 3Q37A 3NQ2A 3HG4A 3EXRA 1NF0A 3UPWA 3LCHA 2GVLA 4GE8A 4CCDA 2NLIA 2DZTA 1RV8A 3PB2A 5D05A 4I7VA 1QCWA 1FWWA 2ZA1A 1VZWA 1YDOA 3EX1A 2YFOA 2EKCA 1HFBA 2CZEA 1GJPA 3C0JA 4GRSA 1ME7A 1PHQA 3OG3A 3M47A 4LVBA 3U2OA 4MY9A 5EPDA 4ZQOA 1SO3A 3LCWA 4JTJA 4ZQPA 3ZWSA 3G1AA 2E5CA 4XZ9A 3ZS4A 3UYCA 1OABA 1XBXA 3HOJA 3W2NA 1YTDA 1IIGA 2DORA 1W5QA 2XN0A 2W79A 1ICSA 3NQGA 2DZUA 4CNNA 3EX6A 5CZSA 2CU0A 3OVRA 1SW7A 4MVAA 1VC4A 5FF4A 3T55A 7TIMA 3QSTA 2A1YA 4N9EA 3W1AA 2C13A 2YW4A 4AWSA 5IBXA 4JTSA 1TPH1 4R53A 1GPWA 4LY8A 2BX7A 4G1KA 2C0AA 3W7JA 1PS9A 4YCPA 4DELA 1KTCA 2EGZA 1GZGA 3QH2A 3G3MA 4NXKA 4NUWA 3DU0A 2E5DA 5F1VA 1MEWA 4OQVA 5CGQA 4JTTA 4MZYA 3TFXA 5HWMA 3W3OA 4PH6A 3L0NA 1PVNA 1LP6A 4XTIA 3TIMA 5AHMA 5FEPA 3TQVA 3N9SA 1Y0EA 3UNDA 4GNJA 1OFAA 4JY9A 3WK3A 3LOTA 3P74A 1QPRA 5CSSA 1VYSX 3TCEA 3HB9A 4O1BA 3MI2A 3W1UA 5EA9A 3WK1A 1ME9A 3IVSA 5DCDA 3GDLA 3BO9A 1ICPA 1H61A 2RH9A 1JCJA 4O28A 3GKFA 4XKYB 3PSWA 4K8HA 1R46A 2Z0IA 3AJXA 1C29A 1SFLA 3M1ZA 4UTTA 1WQ5A 1GVRA 3FLUA 3LRLA 4M6PA 2Z6JA 2ZRWA 2YPIA 3GAYA 3M5ZA 4FXRA 3P61A 2NUXA 3CM4A 4OBTA 3BLFA 3KAOA 3QQ1A 1AL8A 3UWWA 3TJXA 5BMXA 4OT7A 1KTNA 2I14A 5AYZA 2A6NA 2X1SA 3NPXA 2E5BA 4XQ6A 2WNNA 2VENA 3MMTA 2ZQ0A 1IF2A 4WY0F 1TB3A 2EF9A 2ZFAA 3NR0A 4ZQNA 3NQDA 5K7JA 1RVGA 3LCXA 1H7WA 1KM3A 3Q58A 1RQBA 4JIPA 3NQVA 4CQ8A 2QJIA 4MZ1A 4OU1A 2QUVA 5G1TA 2I1OA 3G1SA 3LBCA 3O06A 3RFAA 3M44A 4MIMA 4CCCA 1C9DA 3DKLA 3WJXA 2WPBA 3W71A 2GUUA 4K7VA 1WOBA 2FB2A 2C3ZA 2TMDA 2Y61A 3S6DA 2FJKA 4NJJA 2V5BA 5DY2A 4UFIA 1A5AA 3GR7A 3W1RA 3DFSA 1SSDA 1P5BA 3H54A 5I3IA 3W7RA 1IXNA 1XDMA 1XBVA 2QEZA 4I7UA 2GJLA 4FIRA 1Q6QA 5KZMA 1I2QA 4X2RA 3CWOX 2HS8A 4CNOA 1OFPA 3NPWA 4WZHA 4E2DA 5HNRA 3KRSA 4NJGA 1XI3A 3GK0A 4U4MA 3RLUA 2UV8G 1JCMP 1V5XA 3W7GA 1AMKA 3TFCA 4MLRA 3W22A 3P80A 1YXYA 3CIWA 3IVTA 3N3MA 3M5VA 2A7RA 2OMAA 3L66A 2B7QA 1ONRA 4DXVA 3TC7A 3G1VA 4O1CA 4Y8FA 3ZFHA 4AMAA 1DKWA 1OYBA 4RV8A 4RXFA 2DU2A 2GQ9A 1LBFA 3G1XA 1OF8A 3HF3A 3E96A 2Y85A 2V5LA 3DFQA 1DJNA 4MFDA 1R2SA 5DCBA 1B4KA 3O16A 3C56A 5HUPA 1SZNA 1W0MA 1LTDA 2FLIA 3GYEA 3CEUA 2C18A 1WBJA 2ZA2A 3DHDA 2TRSA 1GTEA 3EEGA 2ZYFA 4FO4A 1KM5A 3Q94A 5KSWA 3P5ZA 3P82A 1H60A 4EOUA 1D3GA 1XL9A 3TAKA 1JQVA 4O1DA 4L4LA 3TW6A 2YYUA 2RDTA 3LTPA 3NQMA 3LXAA 1WOAA 4O53A 5LGZA 3A5VA 5FF0A 1BWLA 3G24A 2ZZ6A 1DORA 2FPTA 1X6UA 3P81A 2WOQA 4JNMA 2QCDB 3BGJA 3G0XA 2ZRZA 1FQ0A 2CZFA 3VFLA 1LBLA 4AF0B 5LNVA 4BFAA 3PB0A 5AFDA 3W7NA 1FXQA 2HMCA 3STEA 1SZFA 1LROA 2ABAA 4MZ8A 3PC0A 1YXDA 2J27A 1SQ7A 4DBEA 2E68A 5CPNA 4JTLA 2AQWA 4AHPA 4ICNA 2WSRA 4FNQA 4IQLA 1VLIA 1FWRA 3W85A 3M5YA 4LVAA 1YXCA 4BWLC 3HGOA 3USBA 5AOUA 2Q3RA 2Q8ZA 4O12A 3W7EA 1F7BA 3TW7A 3BW2A 2NXHA 3KRUA 2Y7DA 5LNWA 1KFBA 2PC4A 5T26A 3W1PA 1LDCA 1LRQA 4WXYA 4R34A 1GVSA 2X30A 2V2CA 3MHGA 3SFKA 2YR1A 3MYPA 2Y63A 4DO4A 5D2XA 1KFCA 2FPYA 2VEMA 2ZZ2A 3THQA 1GVFA 3BV4A 1JQXA 3G1HA 3W87A 3A23A 4MUZA 1VYPX 3RLVA 4MPQA 3LHWA 1SW3A 5HINA 1Q45A 2CLFA 2NXGA 1VGAA 1LORA 1Z44A 3ANYA 3O05A 1VQTA 1YPIA 5AHNA 3G22A 3W1QA 1VHNA 3W2KA 3VE9A 3PY2A 5DY3A 4HPJA 3A22A 4N4QA 4UTHA 2B7OA 3BK0A 2C14A 2E6YA 1EUNA 1UB3A 1T8XA 1JVNA 3PBUA 1GVQA 1WX0A 1OG0A 5D32A 4UR8A 5AB3A 3LXBA 4MLJA 1JCXA 4NVTA 1PE1A 1KFKA 4DQWA 5DXXA 3TSMA 4UMCA 4WXZA 1RD5A 1QFEA 4JDYA 4FX7A 4QITA 3O07A 2DJLA 2CZDA 1AG1O 3B06A 4UTLA 3NQEA 1SZGA 1LRNA 1TQJA 3R13A 1RR2A 1OHLA 2I9EA 5AHIA 4BK9A 1G4PA 3B4UA 3P8JA 1LZOA 4LNYA 3DENA 3SSJA 1A5SA 2ISVA 3ABOA 1LRTA 4GFSA 4JTUA 1A53A 2EPHA 2PRHA 4DPPA 1IXOA 5ABTA 2DJXA 3GXTA 2B7NA 4I9AA 3W6YA 3M6YA 1MSSA 3NPVA 3TSDA 1QNVA 5I3KA 1B4EA 3E0IA 2O7QA 3HPXA 1PIIA 3QPYA 1O94A 4LS1A 4RX0A 2H6RA 1VCGA 2NV1A 4X3ZA 1NAL1 2LLEA 1QR7A 3MBDA 1Q6RA 3GXPA 1W31A 1KLZA 1P1XA 5D30A 4O14A 4BWLA 4PC8A 3CB8A 4FNSA 3NZRA 4NNAA 1FCBA 3LHYA 2GQAA 5D04C 4HSNA 1Q3NA 4Z0SA 4DEFA 1L2UA 4EF8A 3LLFA 3GIYA 3W88A 3LGEA 5AC8A 3QZEA 1LBMA 1XUZA 1H1YA 5I3FA 4JS3A 2ZRXA 4LOCA 3R12A 1LOQA 5HR6A 1SUXA 1H51A 2V2HA 1MEIA 1EX5A 4JTHA 3WJYA 4TO8A 2YZRA 2P1FA 4PCFA 2VKZG 4NQ1A 4LUIA 4FIQA 1BEUA 1VCFA 1QDSA 1S5WA 3C2VA 4B5NA 1RQEA 2O7SA 3UY8A 1O95A 4K36A 3GDMA 1U5JA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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