1L6YA

Crystal structure of porphobilinogen synthase complexed with the inhibitor 4-oxosebacic acid
Total Genus 112
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
112
sequence length
323
structure length
322
Chain Sequence
TDLIQRPRRLRKSPALRAMFEETTLSLNDLVLPIFVEEEIDDYKAVEAMPGVMRIPEKHLAREIERIANAGIRSVMTFGISHHTDETGSDAWREDGLVARMSRICKQTVPEMIVMSDTCFCEYTSHGHCGVLEHGVDNDATLENLGKQAVVAAAAGADFIAPSAAMDGQVQAIRQALDAAGFKDTAIMSYSTKFASSFYGPFREAAGSALKGDRKSYQMNPMNRREAIRESLLDEAQGADCLMVKPAGAYLDIVRELRERTELPIGAYQVSGEYAMIKFAALAGAIDEEKVVLESLGSIKRAGADLIFSYFALDLAEKKILR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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connected with : NaN
molecule tags Lyase
source organism Escherichia coli
publication title Species-Specific Inhibition of Porphobilinogen Synthase by 4-Oxosebacic Acid
pubmed doi rcsb
molecule keywords PORPHOBILINOGEN SYNTHASE
total genus 112
structure length 322
sequence length 323
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.2.1.24: Porphobilinogen synthase.
pdb deposition date 2002-03-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00490 ALAD Delta-aminolevulinic acid dehydratase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1l6yA00
3S5NA 1H7NA 2WPBA 1H1YA 3MMTA 4AF0B 1W5OA 1ZALA 2C15A 4M7TA 2WJZA 3TCEA 1R2RA 4E2DA 3LGEA 3UD6A 3M43A 1KM2A 2FFCA 3GNNA 3W73A 5IBXC 2DJXA 5G2HA 1WAUA 4JTIA 3MP3A 4NU7A 5MHBA 1EWEA 1C9DA 3CT7A 4UFIA 2HTMA 3W7HA 2WSYA 1YTDA 2EHHA 2VFIA 4L4MA 3OEXA 3EX3A 5HWJA 3B4UA 5EMUA 3H54A 4MY8A 1GG1A 1GT8A 2FLIA 4GUJA 4LS2A 4OV9A 1XDMA 4GUGA 2VXNA 1VPXA 1JVNA 4ZQNA 1OFOA 3LCXA 5G1TA 1OX6A 4GUFA 4X9SA 4UTTA 1DHPA 1NF7A 2C14A 5AHFA 3QSRA 4LVBA 1VHNA 5K9XA 1DJNA 4H3DA 1O4UA 5C5YA 2QCLA 3B05A 3Q2DA 5G2WA 2AAMA 1SO6A 5F4WA 4O54A 1XCFA 1KM3A 4UTWA 5D33A 1UB3A 1BTMA 5HQEA 3W84A 2EKCA 3USBA 1FWNA 1F2JA 3S5OA 3MUXA 4ZQMA 1TTPA 2YSWA 3GDLA 2CZEA 1SZFA 5F1UA 2KZHA 1FUYA 5IM51 4Y6GA 3UPBA 2B7PA 1OK4A 1KLYA 1GZGA 1QCWA 3KRSA 3PY2A 1TIMA 1SZGA 2BWGA 5D32A 4LC8A 2V2DA 1W5NA 3BPWA 2HMCA 3KVJA 2A2IA 2QDGA 2QJIA 4M6VA 2Y63A 1PV8A 1XI3A 5AHLA 2BSLA 5LGXA 4UTJA 1OX5A 3KXQA 3MBDA 3KVKA 1VH7A 3EEGA 4JD4A 3M5ZA 1L6WA 5ABTA 2VFHA 3MO7A 2QCGA 4O57A 2Z1BA 2QKFA 2Z6JA 3DU0A 2DZSA 3CQ0A 1IXOA 3GR7A 1SFLA 1Q6LA 1ALDA 5G5IA 4RZ5A 4CQ8A 4JTKA 1M6JA 4KWWA 3UWQA 3QPZA 4NXSA 2C0AA 1I2OA 3PB0A 2X1TA 4MVAA 4LS0A 2G97A 3TQKA 4AHQA 3R8RA 1U83A 2ATMA 3TKFA 3W1TA 3VE9A 2E5CA 2ZQ0A 5KZDA 1R30A 2JKEA 2C16A 4YMZA 3QW3A 4DPPA 5CSRA 2YFOA 3IGXA 2AGKA 3TAOA 4JX5A 4Y9AA 2NLIA 4JX6A 3QQ0A 4O4VA 1AW5A 5HINA 3LX9A 5E93A 4MY9A 3NM3A 4DF0A 3QH2A 5G2IA 1H62A 3LCWA 2QUVA 4WY0F 3TJLA 4DXVA 2NXGA 4HNTA 1TPWA 3L0GA 1YXCA 1T8XA 3L21A 5D04C 4J9JA 4FNRA 2ZRZA 1O60A 3BLIA 4YL2A 1ICQA 1G4SA 5D2TA 2RDUA 1KBJA 4NX0A 3T44A 1DJQA 1GVRA 1JULA 5BMWA 1ICSA 2Y7EA 5AYZA 4I7VA 3VKJA 4POCA 1F74A 3QM3A 3DENA 3PUOA 2FPTA 1G69A 3G0UA 5D2YA 5AC6A 2ZBTA 3FLUA 2Y6ZA 2FB2A 4UUIA 3UWWA 2CLIA 2NXHA 3FFSA 1Q6QA 4N4PA 4IPJA 4EF9A 3SR7A 5AFDA 3ZFHA 4GUIA 3O6YX 3EX4A 2PE4A 4MFEA 4O52A 1OG0A 3W7CA 3WK3A 4FNPA 1JQXA 4AH7A 3HO8A 1Q45A 3KVLA 3MHUA 3LI0A 1A53A 3A21A 5CPOA 1WV2A 3RFAA 4GC4A 1TPVA 4LUIA 3LBCA 2NXIA 3OVPA 3STEA 1QPNA 1NEYA 4ZQOA 4LV4A 2Y62A 1TO3A 3W83A 5CPMA 5DCBA 1JCMP 3DAQA 4UXDA 5LGZA 4ZQRA 4JTLA 1G7UA 4CCDA 2QCFA 1MEWA 4JR5A 3SGUA 2A5HA 2F84A 1QFEA 3PBYA 5FF7A 1L6SA 1VR6A 3TA6A 1X1OA 3UY7A 2WQPA 2TPSA 4IXHA 2BX7A 3I65A 4XBSA 3S5YA 3TJXA 4U4MA 2X1UA 4R34A 3TAKA 4RLIA 1A5CA 2IQTA 2ISWA 4K39A 2YFNA 3OHIA 1S5TA 3NL2A 4EVZA 3F1QA 1SO4A 4P2VA 2ZA2A 1EP1A 3G24A 3W7KA 3PSWA 3NG3A 4JNMA 4FB7A 2RFGA 4JYDA 4O17A 2QAFA 1KM4A 3E0IA 4HKPA 5KTLA 3LXCA 4XTDA 1LRTA 2RDTA 2QUTA 3TR2A 1KFLA 1UUMA 2OX1A 2PRMA 1GVSA 1PE1A 3C2RA 1AG1O 3W3OA 4TMCA 3M9YA 4MY1A 1ZHAA 1WA3A 1S5WA 4HSNA 1H7RA 3LCLA 4NNAA 4ZQPA 2Y7FA 2ZYFA 3O6DA 1QO5A 4LRSA 2A6NA 4I9AA 3IVSA 1LOQA 2A7PA 1G4PA 1FWTA 1NVMA 3T40A 1DORA 1RPXA 1VYSX 2VFEA 3DXIA 3O07A 1SZNA 3W7JA 5HR7A 2PURA 1LORA 4O13A 3O1NA 4LWWA 2J6XA 3OVQA 1TQJA 3NZ1A 4WOZA 3VNDA 1BEUA 3LTPA 3S5ZA 1VS1A 1A5BA 2DP3A 2V2HA 3DKLA 1J2WA 4N2YA 4LVFA 3UQNA 1L9WA 5KZMA 2HSAA 3TW6A 1AL7A 1GVOA 5LKYA 2DZWA 4ZZ9A 5LNSA 3HMJG 3HPSA 3W1AA 3DFTA 1B57A 1D9EA 3BARA 3W2NA 4N6EA 4PEKA 3M44A 3EX2A 4PCFA 1GVQA 2TSYA 1EA0A 3NO5A 5HULA 5AOUA 2LLEA 1L6YA 1JJKA 5F2LA 4JY8A 3S42A 1K02A 4IWWA 1EWDA 2WOQA 5CZJA 1TJRA 5FEPA 1FDJA 3FEMA 1PCKA 3N14A 2NX3A 1XC4A 4JTFA 3MP5A 3LHZA 4AVFA 4JTTA 4JTHA 3TFXA 1RQBA 3ZR4A 1W0MA 1OFQA 3L65A 2NZLA 2QAPA 3P62A 2B7NA 2Y89A 3B0VC 4XBKA 1DQXA 2CU0A 3LDVA 4K7YA 3M5YA 1B4KA 2YYUA 1QOPA 2A21A 2NX1A 2QCCA 1W3NA 4UTTC 5EBUA 3FIGA 4GXMA 3GX9A 3W72A 3G1XA 4OQVA 1TPH1 1GYNA 4PA8A 1EP2A 1G6CA 3W7IA 3ANYA 2CLEA 3QEZA 3TROA 2X1RA 3LERA 4K37A 1R47A 3RK8A 5F2GA 4O0ZA 1JCNA 2GVJA 2H3DA 2Y7GA 2BZNA 3W7LA 5EL1A 1LZOA 1ZENA 4MFDA 5FF4A 2Q8LA 3W70A 3C4UA 2CLOA 4UTWC 4UMBA 4JYFA 3R5EA 3PF3A 2X30A 4R53A 1GTHA 3ATZA 4NT0A 4P61A 5DXXA 1YADA 2QCHA 1YXDA 2ZRWA 1A50A 2TYSA 1VC4A 1TTJA 3LHYA 4HPXA 5DBUA 3GDRA 3UWUA 3DI0A 1YDVA 1R46A 4E2BA 1YDOA 4MIMA 4TR9A 4I7UA 5CPLA 2A6LA 3C2EA 1YXYA 5L9FA 1QDSA 3KAOA 1NAL1 1WBHA 2XN2A 5AYXA 3W2MA 4ADSA 3N19B 4XKYA 2RDWA 1GG0A 4JGDA 4WXZA 3SECA 1H7XA 3L0KA 5L6UA 2CZFA 5CZTA 1KTBA 3GIYA 3NOEA 5A8GA 4FF7A 1K03A 3EKLA 1A5AA 4WOQA 3BG9A 3A22A 2EF9A 4O11A 1GWJA 3FKRA 3ZWTA 4WJEA 1DV7A 3EXSA 4JICA 3W1QA 3O8AA 2E5BA 2JK2A 3KRUA 1LDCA 3OA3A 2H3BA 3N3MA 3W76A 3LRLA 2ZZ6A 5AC8A 1W54A 3W74A 1WDWA 5LNVA 4PH6A 2GJNA 5FF0A 2Y7DA 4MOZA 3LTYA 3HG2A 1K8XA 5KINA 2YW4A 2YXGA 3UXAA 2WNNA 4AHOA 4K7VA 3N2MA 1KM0A 1V7YA 1A5SA 5HUOA 3GAYA 1Y0EA 3RLVA 1W5MA 4PC8A 3NYZA 1AK5A 3EB2A 4TO8A 2Z0IA 2E09A 4FIQA 4UNKA 3TUUA 4XKYB 5K9DA 2ZTJA 1FWSA 3L5MA 4LTSA 2YYTA 1FX6A 3C52A 2VOMA 1DL3A 3NQVA 3IVUA 2E6DA 1AW2A 3G18A 2VFDA 3W85A 4OV4A 5BMXA 1F05A 1HFBA 4AXKA 5D2WA 5E1QA 2EGZA 2UV8G 1S3HA 1VCVA 1RVGA 4HNUA 3NQMA 3U6WA 4GFSA 4NNBA 3E96A 1XKYA 3GXTA 1FWRA 4KFNA 3IEBA 1NF0A 3F03K 3W7MA 1JRBA 3IGSA 4LW7A 1M5WA 4O14A 5F4XA 3M41A 2E68A 1ADOA 1H7PA 3S1UA 2YGYA 3C3NA 6ALDA 3LB0A 1ZFJA 1X7FA 1W8SA 4JIPA 3FS2A 4AAJA 3L5LA 5DCDA 3M0ZA 3DHDA 1F5ZA 1K7XA 3LCIA 1ONRA 1W31A 4UFLA 1T0OA 4RK8A 3TFCA 4O1BA 3G1HA 1M7OA 1LBLA 3LTSA 3OBKA 3QYQA 3EX1A 3MWAA 1K8ZA 3C8FA 1YPIA 4Z1CA 4LNYA 1AL8A 1LOLA 2G5WA 5D02A 1P0NA 3P5YA 1JR1A 4RXFA 1XFBA 3W7QA 4TU1A 4WY0A 8TIMA 2E1DA 3MHGA 3GK0A 2OT1A 5FESA 3G0XA 4U28A 3AJXA 4AB4A 1ZAJA 1EUAA 4JXCA 1LBFA 3HGOA 3NPVA 3I6RA 4JTJA 2X2GA 3LRMA 4CLMA 3NQGA 1B4EA 2V8ZA 2FDSA 3BG3A 4FXSA 2QJHA 3BLFA 3NQCA 1E51A 1KW1A 1T96A 3VI2A 5I3JA 2WO5A 4JYEA 4XUGA 3NVTA 1SR9A 5BNKA 4WQ6A 4DEFA 4IMGA 3BK0A 3TQVA 2FIQA 1ZAHA 2JGQA 4MPQA 3QRHA 1TTIA 3GNDA 1DVJA 2HS8A 1ZY9A 3W22A 3TNOA 4O0KA 3B03A 2E5DA 1UBSA 2FPVA 2J9XA 2ZFAA 1LROA 4JEQA 2E6YA 4YLWA 5K9CA 1FCBA 1EUNA 3RNDA 3W7DA 1QWGA 3TC6A 7TIMA 4K38A 4LS1A 5LHFA 4WY0B 1RV8A 3I7QA 3BG5A 1GPWA 3TE9A 4RV8A 1NSJA 3KFTA 3QC3A 4UMAA 1EX5A 2QJGA 2NWRA 4JDYA 4PL1A 3W07A 1UCWA 1LRNA 3HGJA 1W56A 2I1OA 3FYOA 4CCEA 4BI6A 3ABRA 2P10A 3G1FA 3NDOA 2V5BA 4M7SA 4DPQA 5LNWA 1PIIA 1O5XA 5AC7A 5FEXA 4LVDA 4DO4A 3W1PA 2V81A 1KFEA 4FNTA 1TV7A 4ML9A 1QAPA 4IMCA 4LVGA 2PRHA 1IXQA 1T99A 3PG9A 3P60A 4DF1A 3M16A 4M5PA 5AB3A 5TBOA 3LCFA 5D2XA 1GVFA 1JUBA 2ZZ4A 5D05A 5H2ZA 2GVGA 4IPIA 3THAA 3G3DA 5KITA 4CQAA 1QPOA 4BK9A 3QMRA 1AMKA 1OHLA 4O28A 2OJPA 1FDYA 5LZLA 4AMAA 1F76A 3DZ1A 3S1VA 1QR7A 5DBTA 2GQ8A 5D38A 1XUUA 1C8VA 1G67A 4C1LA 3W86A 4LU0A 3F4WA 3KX6A 2Q3RA 1KLZA 3NPWA 3TIMA 4N9DA 3P7YA 1CX9A 3G1SA 3BO9A 1OYBA 2VEMA 3EXTA 3M6YA 3TDFA 1B9BA 2J88A 1ML1A 3TX9A 4ALDA 1RR2A 5AHNA 1WOAA 4QITA 3H53A 4ONVA 4O19A 2ZRXA 3INPA 2ABAA 3RMJA 1OYCA 1OFEA 3L68A 3L66A 4GBUA 2R91A 4QIUA 4WXYA 4FXRA 2J9YA 3I68A 3TXZA 1UASA 1QO2A 5KSWA 1KBIA 3L67A 4UCGA 1OFPA 2PC4A 3MYPA 3P8JA 5HMSA 1OFDA 2XN1A 3P67A 2YDAA 3CIXA 4GWEA 4UNLA 4GRSA 4S1FA 5K4ZA 1L2UA 3NL3A 3HOJA 3SSJA 1G7VA 3TH6A 1TPC1 1KM5A 3LHVA 3E49A 4MZ8A 3IV3A 3NGJA 3F4NA 3TMQA 4RCXA 4Z1DA 5C55A 4BFAA 3U2OA 2H6RA 3NQ6A 2WNQA 4EIVA 4H4IA 1SPQA 3NQAA 4GJ1A 3MP4A 2A1YA 2VELA 4XWUA 5D30A 1H7OA 4IGHA 4JTGA 1K3UA 2QCEA 4DO6A 3FKKA 3MYOA 3DH7A 1H63A 3CWOX 3PS7A 4JDBA 5D2VA 1CW2A 3WJYA 3NQEA 3A23A 1EEPA 1QOQA 3Q58A 4MLRA 1RQEA 1OFAA 2RKXA 3SFKA 1Z44A 2V2CA 3EWXA 3S9YA 3NQ7A 3G1YA 2W0UA 2DZVA 3IIVA 1GYLA 1F6KA 1F6PA 4AWUA 4Z08A 1GEQA 3GZ3A 4X22A 2JKPA 5CZ0A 3FOKA 2ZA3A 1XXXA 4UFJA 3TV8A 1SZEA 3W7NA 3CEUA 2DZUA 3LRKA 4LC6A 3GVGA 4EWND 3W2LA 5HR6A 3P82A 4O8RA 4PL2A 2G96A 2C6QA 1G4TA 3L9CA 4FX7A 2VKZG 1VRDA 3C2OA 3W23A 2CFFA 3ABSA 5G1YA 2J27A 1VGAA 5FF3A 5FEWA 3W9ZA 3HPXA 2B7QA 3CU2A 2G95A 5EKYA 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 2OT0 A;  3QQ1 A;  3CEP A;  4OBT A;  3LBM A;  1W3T A;  4RJE A;  4RZ6 A;  3CIW A;  4MYX A;  5FEZ A;  5K4X A;  1I4N A;  2NUX A;  5A5W A;  4AF0 A;  1RZM A;  1ZNN A;  4UR8 A;  2FPY A;  3GR8 A;  2DJL A;  3LHU A;  2FJK A;  3R2G A;  4NJK A;  2Y85 A;  1Z41 A;  4FX8 A;  3N34 A;  4FIR A;  1TRI A;  1TV5 A;  5CKS A;  4YWI A;  3EWZ A;  3DI1 A;  1N8F A;  4ADT A;  3MI2 A;  2YZR A;  1XDL A;  4ZMG A;  1ME7 A;  5I3H A;  4Q4K A;  3T7V A;  3S6D A;  3WJS A;  3TQ0 A;  3NNT A;  3U8G A;  3V1P A;  4NQ1 A;  5BOO A;  1BWK A;  3VCR A;  1TPU A;  4UFM A;  5KMY A;  4MKN A;  4N4Q A;  4FNQ A;  4DF2 A;  2CWN A;  4A2S A;  1ZAI A;  1V5X A;  4HHP A;  3UWZ A;  4IX2 A;  1P4C A;  1DKW A;  2PRL A;  2Q8Z A;  4WX2 A;  1YYA A;  4Y90 A;  1FY6 A;  1XM3 A;  3G1D A;  1DBT A;  4LT9 A;  1PL9 A;  3CC1 A;  1VZW A;  1THF D;  3DHF A;  1OFB A;  2BXV A;  2QCN A;  3W75 A;  3E9A A;  2DZX A;  1UUO A;  2XN0 A;  3O63 A;  4A22 A;  3GLC A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 3R7M A;  1K4H A;  2WPB A;  4AF0 B;  1ZPT A;  4E8D A;  2XUC A;  4IIS A;  4M7T A;  4FP1 A;  1US0 A;  1R2R A;  1DJH A;  3LGE A;  4DAI A;  3UD6 A;  4DJE D;  4H6E A;  4XO7 A;  2FZ8 A;  2FFC A;  1Z6K A;  3V0S A;  1QW9 A;  1RBL A;  3MSD A;  2J7G A;  4YYF A;  3W7H A;  3MTW A;  3OU8 A;  1YTD A;  1CGW A;  5HWJ A;  3A4W A;  1FWF C;  1CDG A;  3H54 A;  3WUG A;  1QVB A;  2FLI A;  2FJU B;  4BKN A;  4LS2 A;  4GUG A;  1TWW A;  1JDA A;  4ZQN A;  3DX5 A;  3WKZ A;  4NSB A;  2DY3 A;  4FR6 A;  5G1T A;  3U9I A;  4GUF A;  4X9S A;  3VDG A;  3GY1 A;  2HVN A;  3BMX A;  3ART A;  1EPV A;  4HJW A;  3TTE A;  1E4L A;  3QSR A;  4LVB A;  4XK2 A;  1VHN A;  1XWY A;  2EG6 A;  3W25 A;  5HDR A;  4AY1 A;  4RV3 A;  3B05 A;  3K46 A;  3Q2D A;  5G2W A;  2AAM A;  1SO6 A;  1X7I A;  5FAC A;  2C91 A;  2BOE X;  2FYM A;  4M80 A;  2CER A;  5GPR A;  4CQC A;  2PWD A;  1KM3 A;  3WD3 A;  3BLL A;  1UB3 A;  4LF1 A;  1IZK A;  3BC9 A;  3S5O A;  2PDN A;  5JH1 A;  5LIW X;  2IXV A;  1YX1 A;  3I6E A;  5T9B G;  1SZF A;  5F1U A;  2Z4G A;  1GZG A;  3H6O A; 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