1L6YA

Crystal structure of porphobilinogen synthase complexed with the inhibitor 4-oxosebacic acid
Total Genus 112
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
112
sequence length
323
structure length
322
Chain Sequence
TDLIQRPRRLRKSPALRAMFEETTLSLNDLVLPIFVEEEIDDYKAVEAMPGVMRIPEKHLAREIERIANAGIRSVMTFGISHHTDETGSDAWREDGLVARMSRICKQTVPEMIVMSDTCFCEYTSHGHCGVLEHGVDNDATLENLGKQAVVAAAAGADFIAPSAAMDGQVQAIRQALDAAGFKDTAIMSYSTKFASSFYGPFREAAGSALKGDRKSYQMNPMNRREAIRESLLDEAQGADCLMVKPAGAYLDIVRELRERTELPIGAYQVSGEYAMIKFAALAGAIDEEKVVLESLGSIKRAGADLIFSYFALDLAEKKILR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Species-Specific Inhibition of Porphobilinogen Synthase by 4-Oxosebacic Acid
pubmed doi rcsb
molecule tags Lyase
source organism Escherichia coli
molecule keywords PORPHOBILINOGEN SYNTHASE
total genus 112
structure length 322
sequence length 323
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.2.1.24: Porphobilinogen synthase.
pdb deposition date 2002-03-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00490 ALAD Delta-aminolevulinic acid dehydratase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1l6yA00
3TXZA 5C54A 2QDGA 2NV2A 3BPWA 3W1RA 3LCHA 4J9JA 3NOEA 2DZXA 4ADTA 4TR9A 1SZNA 1Z41A 3G8EA 1H63A 5EY5A 3C52A 1Q3NA 4O1AA 2GJLA 2Q3RA 4CQAA 1YADA 3W7KA 1WOBA 3A22A 3W2MA 1NAL1 1EP1A 2J88A 3H55A 3LI1A 1PCWA 4JX5A 5CGQA 4GC4A 2GJNA 1YXCA 2GUUA 1G7UA 2NWRA 3H54A 4IXXA 3FKRA 3W7NA 2WSQA 1MZHA 3S9YA 2J9XA 4FX8A 4JN6A 4NXSA 5CSSA 3W7JA 4UTWC 4S2CA 2V0TA 4DO4A 1F76A 3TW7A 3SSJA 3CIWA 3NZRA 3M5VA 3MI2A 3N2XA 1QAPA 3GDRA 4PL2A 3GXPA 3FEMA 5TQLA 4IMEA 4IX2A 1XXXA 4LS1A 1OX6A 4JTGA 3W1AA 2Y70A 1FY6A 2EHHA 5H2ZA 1LRQA 3GLCA 3UWVA 1W3TA 1WX0A 4DO6A 2GVJA 3A9IA 2VEIA 4O15A 3G22A 4K38A 1RZMA 5K9DA 3EWZA 3LBMA 2ZRYA 5I3HA 3FA5A 3G0XA 3LOTA 4W9TA 1D3GA 1F6PA 2FTPA 3LM7A 1FQ0A 1FWNA 1WAUA 3MJYA 1IXPA 4N9EA 2WO5A 2B7OA 3STCA 4RV8A 1PL9A 4MYXA 1I45A 3Q2DA 4BR1A 2QJGA 1QDSA 2Y62A 1SZGA 1RQHA 2X2GA 1KM6A 4LTSA 1LM1A 5IBXA 3Q37A 3QYQA 4ZQPA 2V5BA 4IQLA 4DF1A 3WK1A 3TFCA 1PV8A 2UV8G 3TQ0A 5AN7A 1LZOA 3PSVA 3QMTA 4CQ9A 4KFNA 3TE9A 1JRBA 2YFOA 4MYAA 3O6CA 4CQ8A 1PIIA 3C56A 3HGRA 4B5NA 4YCOA 3VCRA 3UD6A 1H7NA 1ME8A 3N3MA 4JTTA 4MFDA 4WY0A 3QQ0A 3TNOA 1W5QA 3EWUA 3W73A 1IIHA 1YTKA 3ATYA 3GKFA 5D09A 4O12A 4O18A 3TDFA 2E6FA 2A7NA 1GTEA 2A5HA 4UNKA 2QCNA 3W7PA 5D30A 5DN1A 2NUXA 1QFEA 2RHGA 3NPXA 3P5ZA 4YWIA 1XUUA 4WOQA 2DJLA 3PC0A 4LC6A 1X6UA 1SO3A 2G96A 3E02A 3AO0A 2TYSA 4IWWA 4MJMA 4O13A 5K2ZA 2QUVA 5D2XA 4UNLA 4FNSA 3LHVA 2J9YA 2CLFA 4UFJA 5FESA 4Z0SA 3QW4B 1ZCOA 3GNDA 2BXVA 5CSRA 4OQVA 1OX4A 1JCJA 2CLLA 2A85A 3KRSA 4R53A 3BO9A 3H53A 4WJEA 4O4VA 4NZJA 3NNTA 3FFSA 3W1MA 3DKLA 1A5AA 1KFCA 1XL9A 5KTLA 3QSTA 4KFOA 1G4TA 2V30A 3LCGA 4Z0JA 2ABAA 4M7SA 2E68A 5K3VA 2R14A 1JCMP 3B0VC 1C29A 5LNSA 4HNVA 1FCBA 4K7VA 5K4XA 3B05A 1K03A 3S6DA 4M6VA 3PBYA 4GUJA 3DZ1A 5TBOA 4K36A 3L2IA 3P8JA 2PC4A 1VPXA 5CZ0A 3LBCA 4O53A 4JS3A 1KTNA 3LHTA 3KRUA 3FYOA 4UTWA 3W7HA 5KMYA 4O0ZA 4WD0A 3DKJA 2VENA 4A22A 2QUUA 4RXFA 3ZR4A 4IUOA 3PR2A 1GYNA 3IIZA 1TSIA 3ABQA 3LHYA 3W7CA 1Z44A 5AHLA 4AWSA 5FEPA 4I9AA 1KFLA 4ORIA 3OIXA 5HR7A 2ZZ1A 5L9FA 1VHNA 1LOSA 2R91A 3THAA 1W54A 3QW3A 1SQ7A 3F4WA 1GVOA 1W5OA 4MLJA 3LRLA 3RK8A 1RQEA 3O6DA 3S1VA 5CG7A 4AHOA 4H3DA 4BI6A 5KSWA 4UC5A 4CNNA 2ALDA 3TKFA 2PCQA 2QCEA 3PUDA 1K8ZA 1OYBA 3DFOA 4XBSA 4AH7A 3NQVA 1W1ZA 1E51A 5F4WA 3CEUA 1BWKA 3O06A 4O14A 3IGSA 1UUOA 1HO1A 3NQMA 5EL1A 3UWQA 3TSMA 1N55A 2P10A 3KFTA 1R2RA 4JTHA 3CT7A 1OABA 3LLFA 4RK8A 1ZAHA 4AXKA 1WYIA 5AHFA 2ATMA 3W6YA 2X1SA 3PUOA 2PURA 2VOMA 4YXGA 3SZ8A 3S5ZA 2ZA2A 1OVDA 5DBTA 2QCDB 3KVJA 1ONRA 4Q33A 3W2KA 5HULA 3W87A 3PS7A 1SU5A 1GYLA 1H7XA 1P4CA 4H6KA 3NZ1A 3S42A 4U4MA 3P81A 4WQ6A 2ZDRA 4M19A 3LTYA 2CLIA 3C8FA 2X1TA 2E09A 3L67A 3TC7A 4DPPA 1GJPA 2TPSA 3TR2A 2V81A 2ZRWA 1A50A 5EKYA 2DORA 2PRLA 2GOUA 4OBTA 2HS6A 1RR2A 2G5WA 1W3IA 1LOLA 1ZNNA 3LCIA 1W8SA 3RU6A 1OFBA 1DVJA 1OFQA 3PAJA 4BF9A 2YSWA 3MHGA 4OV9A 3TK7A 3MUXA 4UTIA 3CEPA 4OU1A 4FHAA 4LVBA 2CZ5A 1TREA 2VELA 3DHDA 3KVKA 5D05A 2YPIA 3P84A 5G4WA 2BX7A 4ADUA 2ZZ6A 5F4SA 2B7PA 1QPQA 3F4NA 2E5CA 2CLMA 4K7YA 5D2VA 4JEQA 4MFEA 3CM4A 2JKEA 2DJXA 5LGZA 1QPOA 1H51A 1LYXA 3PWAA 3V75A 4Y96A 2AQWA 1G69A 4X3ZA 4MY8A 3MI3A 3C0JA 2YGYA 4RX0A 3K30A 3WJYA 5I3GA 4MY1A 3TQKA 4AAJA 2JGQA 4FO4A 1RV8A 2A0NA 2ZFAA 3W2NA 3G24A 4NNAA 1NF0A 3MW7A 2VEPA 1PHWA 5F2IA 4UFKA 1AW5A 4GRSA 4UTUA 3HMJG 5FEXA 4AHQA 4CLMA 3SI9A 2EAWA 2Z2UA 4DEFA 5H91A 3TAKA 2E5DA 2VC6A 4UMCA 5EPDA 4S1FA 3VI2A 1L9WA 5C55A 5BMXA 1JRCA 3G3DA 4NNCA 2OZ0A 4MLRA 4WOZA 2WKJA 2XN0A 5BOOA 2E6AA 3GVGA 1A5CA 3GK0A 3QEZA 1MEHA 1RQBA 2Y63A 4Z1DA 3G0UA 3OA3A 2XN2A 4ZMGA 5DCBA 3HG3A 3DXIA 2A6LA 5FF0A 4MKNA 3GAKA 1B57A 1CW2A 2A7RA 1O94A 2I14A 3UZ5A 2B7QA 4CNPA 3TROA 1GOXA 4MZ8A 4N4PA 3UWWA 3NXFA 3A5VA 3M5YA 1LOQA 3LXBA 2V5LA 2NXGA 5FF7A 2A21A 1M7OA 3NPVA 3NG3A 4UFMA 2H6RA 3CLMA 4N6EA 3G18A 3V1PA 4O54A 1SO6A 2ZRXA 2NUYA 5HUOA 3GAYA 1GEQA 3GKAA 3HPZA 1F74A 1W5NA 4TU1A 5HMSA 2ZZ2A 3W22A 4CNOA 1EEPA 3W7OA 1YPIA 4AWTA 2LLEA 2E1DA 1HFBA 1L2UA 3HBLA 4O28A 2JKPA 3M9YA 4HPJA 1ZHAA 3MO7A 2E6DA 3RF9A 1J2WA 2Z0IA 4RZ4A 3A21A 1AL7A 3R12A 1G4EA 3TFXA 3NL2A 1F6KA 3TC6A 1TPWA 1X1OA 5GVJA 2WPBA 4Z1CA 3CPRA 3W83A 2OJPA 4OE7A 3L68A 3BLIA 1OFOA 3W1LA 3HB9A 4TO8A 2DZWA 1LRNA 3VFLA 4Z08A 4ORMA 5G2HA 3QRHA 1B9BA 5EBUA 3CHVA 2C3ZA 1DV7A 3W1QA 1UB3A 4UR7A 5LSMA 3LHZA 2CLOA 4UTLA 2Y7DA 3T55A 4IMCA 5AYZA 1KM1A 2FQIA 4NVTA 2TRSA 1KW1A 3FOKA 3L66A 4NX0A 1XUZA 4JTIA 3NGJA 1TJPA 1L6YA 3EWBX 3W7EA 1JULA 4BFAA 2F84A 5KZDA 1TTJA 4FNTA 5F2LA 1TV8A 2E5BA 1WA3A 3NQFA 4PC8A 5CPNA 3PG8A 2VFEA 3MP5A 3UPBA 4UTTC 5BW6A 5DELA 4TIMA 2OX1A 1FCVA 1OK6A 3B06A 4YMZA 1H7PA 4PCFA 3NQ2A 3SR7A 3W72A 3PBWA 3C2OA 3LRKA 2B4GA 3ABRA 4AF0B 4K37A 1TPFA 4JYEA 2NUWA 4JTSA 1LDCA 4LU0A 5D04C 2NXIA 3R13A 3NO5A 4LRSA 3BG3A 3SJ3A 3W86A 2ISSA 3HIJA 1ME7A 3MI6A 3FYPA 4H4IA 3CIXA 4LT9A 5F1VA 1JCYA 3O6YX 3MBFA 3STEA 3W2JA 5CZTA 4NJGA 1XCFA 4JX4A 3TSDA 1WBHA 5LNVA 3NQ7A 4BK9A 2QEZA 1B4EA 1VCGA 1X8FA 2RKXA 1VH7A 2H3DA 3BW3A 5HINA 2D73A 3TSBA 2FB2A 1GWJA 3P8IA 4YLWA 4EF9A 2CZFA 1H61A 4HN4A 5HQEA 2QCMA 1IIGA 4XKYB 4ML9A 3E12A 3NQ6A 1A53A 2Q8LA 1A5BA 2Q8ZA 2PRHA 4OWGA 1FWSA 1P0NA 6ALDA 3W9ZA 3JS3A 3QSRA 3PVFA 4OGZA 1ICSA 1MO0A 1TPH1 1DORA 2W79A 8TIMA 5D2WA 2NX1A 3ABOA 5LHEA 3PF3A 4UCGA 3UNDA 4M7TA 3W85A 3A24A 3BGGA 2YW3A 1U83A 3DBPA 1W5PA 1R2SA 4OT7A 3MWAA 2AGKA 3LHUA 4Z1BA 5K7JA 1I2PA 4PEKA 1TJRA 4MJZA 2ISVA 5HWJA 3L0KA 3M44A 4IPIA 3NAVA 1LLZA 1ME9A 3W76A 3NR0A 4XUGA 2OT0A 3LV5A 1JCLA 2IQTA 3CTLA 3HOJA 1P5BA 1XDMA 1AW2A 2QCLA 4JYFA 3G0SA 3LCWA 4O8RA 1ML1A 4BI5A 1K7FA 4IMFA 3OBKA 4NUWA 4N9BA 3S1XA 2CLEA 1NSJA 2EKCA 3DGRA 4HIBA 3WK2A 3ABSA 4I7VA 1VCFA 1FBAA 3WK0A 4KWWA 3RLUA 5MHBA 5DLCA 3ZWTA 1TPB1 1QPRA 4ZQNA 4S2BA 2DZPA 4UFLA 3DHFA 2VKZG 2BZNA 3MBDA 3N2MA 1Q6OA 3C2FA 3WFAA 5KZEA 4JYDA 3P67A 2V8ZA 3GZ3A 3TIMA 1KV8A 1SUXA 5KITA 3O05A 1H7OA 2QCGA 3VNDA 3ELFA 3U8GA 5AHNA 1SZFA 5C2XA 3IEBA 4L4MA 3FKKA 2XN1A 1KFJA 2HSAA 4LUIA 4DBDA 1K8YA 2O7SA 4JR5A 4FNPA 3U6WA 3BARA 1GZGA 4KKXA 4WX2A 5EYWA 1EIXA 3BVJA 1JJKA 1FXPA 4Y6GA 1XC4A 4JIPA 2ZCGA 3W88A 3S1WA 5A5WA 4GE8A 1AG1O 1W56A 2RDTA 1VQTA 4JTEA 4UFIA 1SO4A 3E0IA 3KXQA 3M5ZA 5A8GA 3G1FA 1H1YA 3EWYA 3L9CA 1KM5A 2YW4A 3G1SA 5DXXA 3LLDA 7TIMA 4LV4A 1MEWA 1OFRA 3RLVA 3LCXA 3NA8A 3C2EA 3W7LA 1H5YA 5BRBA 4HSNA 3NYZA 1PS9A 3G1DA 3UPWA 2FJKA 4ZQCA 4LUJA 3TX9A 2J27A 2E6YA 1S5WA 1GPWA 2VEMA 3S5YA 3M47A 4O1BA 2FPVA 1I2NA 4NT0A 3G3MA 3N9RA 1C8VA 3TUUA 1JCXA 3I7SA 4RLIA 3P80A 4JTUA 3QZEA 2ABBA 5I3FA 4I7UA 3UWYA 1JR1A 1OF6A 1HL2A 5CZJA 3LI0A 4DELA 2DU2A 1G6CA 3PBVA 3EXRA 3LERA 3LB0A 4O10A 5TIMA 1JQXA 4DO5A 5DXYA 3LTPA 2HS8A 1KV5A 2C6QA 1V5XA 5DCEA 4O1DA 1FUYA 3HGSA 3MMTA 1LROA 1MSSA 1QO2A 3I68A 2ISWA 4N9CA 1LRTA 1TB3A 2ZZ7A 5LZLA 3MP3A 3BGJA 4JY9A 4Y90A 1SFJA 2Y7GA 3NL3A 2GQ8A 1TTIA 4RR4A 2A7PA 1G67A 3IIPA 3E96A 2YR1A 4RCXA 4NJKA 4Z1AA 2V82A 4AEOA 1QOQA 2A6NA 1I2QA 3KHJA 2H8XA 2NLIA 2VXNA 3EX1A 1YTDA 2CZEA 3B04A 4JDBA 4CCCA 3W1PA 4E38A 1YXYA 1OFPA 5D33A 5G1TA 4GBUA 3GIYA 3TJXA 3S1UA 4IMGA 1RVGA 2WQPA 2VFIA 2WNNA 4QJ1A 3QF0A 3MYOA 1IGSA 2Q3OA 3N9SA 5E93A 3P7YA 3WJWA 1IF2A 1QNVA 3B8DA 4MZYA 4EOUA 4KWVA 1FCQA 3W7DA 1MEIA 3GX9A 1OX5A 2H8ZA 4R34A 3FIGA 3WJZA 3QFEA 3DU0A 2G97A 3O63A 4UMAA 1DL3A 3FJ6A 3A23A 4YL2A 5DY3A 3GXTA 4GUGA 3M16A 1Z42A 3P62A 1LBFA 1VC4A 1C9DA 1K7EA 1YTEA 1Q6RA 3P74A 1S5TA 4ZQOA 2ZQ0A 2ZRUA 1GVSA 2WNQA 4HT3A 4NZFA 2CWNA 5AHIA 5DCDA 3UWUA 4A21A 4FEZA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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