1L6YA

Crystal structure of porphobilinogen synthase complexed with the inhibitor 4-oxosebacic acid
Total Genus 112
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
112
sequence length
323
structure length
322
Chain Sequence
TDLIQRPRRLRKSPALRAMFEETTLSLNDLVLPIFVEEEIDDYKAVEAMPGVMRIPEKHLAREIERIANAGIRSVMTFGISHHTDETGSDAWREDGLVARMSRICKQTVPEMIVMSDTCFCEYTSHGHCGVLEHGVDNDATLENLGKQAVVAAAAGADFIAPSAAMDGQVQAIRQALDAAGFKDTAIMSYSTKFASSFYGPFREAAGSALKGDRKSYQMNPMNRREAIRESLLDEAQGADCLMVKPAGAYLDIVRELRERTELPIGAYQVSGEYAMIKFAALAGAIDEEKVVLESLGSIKRAGADLIFSYFALDLAEKKILR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase
source organism Escherichia coli
publication title Species-Specific Inhibition of Porphobilinogen Synthase by 4-Oxosebacic Acid
pubmed doi rcsb
molecule keywords PORPHOBILINOGEN SYNTHASE
total genus 112
structure length 322
sequence length 323
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.2.1.24: Porphobilinogen synthase.
pdb deposition date 2002-03-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00490 ALAD Delta-aminolevulinic acid dehydratase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1l6yA00
3L65A 1I2NA 1W5OA 3KXQA 2CFFA 4LUIA 3LTPA 8TIMA 2TMDA 3PVFA 3NL2A 5AHFA 4OBTA 4WY0A 4LVGA 1JQXA 1SUXA 3MW7A 1H7RA 1Q6RA 3IIOA 1SO4A 4N6EA 3HQ1A 4KKXA 4O18A 1NEYA 3W7IA 3TFCA 4TX9A 4MZ8A 1I45A 4HNNA 4Z0SA 2FIQA 4PL1A 3O05A 1JRBA 1H63A 1QOPA 1HO1A 3G1FA 3B05A 1J2WA 2ZZ7A 3CC1A 5AOUA 4IGHA 1W37A 2O7QA 3KVJA 4DELA 2ABAA 2CWNA 3QSRA 2WSYA 4WY0F 1C8VA 4S1FA 3GXPA 3TDFA 1R47A 1ZHAA 2BTMA 1W5NA 3C3NA 2NX9A 2ZBTA 3NGJA 2NXIA 5KTLA 1KFLA 3SW6A 2C13A 3G1SA 2RDUA 1RZMA 3QMSA 3NPXA 4NVTA 4HNVA 1TSIA 1HO4A 3MP4A 3G1XA 1EP2A 3BG3A 2EAWA 1W3TA 3QZEA 1V5XA 4LC8A 4WY0B 3LHWA 3MWAA 4HSNA 1CX9A 3AJXA 3NQCA 3NZ1A 1OYAA 1KFEA 3BK0A 2NV1A 3TJXA 4K8EA 3W1QA 1M7PA 4TMBA 4AWSA 1EP1A 2TPSA 3F4NA 3N9SA 4P61A 5CZ0A 3W84A 1E51A 2CZDA 2WO5A 2DZWA 2J27A 2ZRVA 3CEPA 1B57A 1ME9A 2RH9A 2Z6IA 1R46A 1T0OA 3HIJA 4PL2A 4GWEA 1RPXA 3EKZA 4YCOA 4ADSA 3BW4A 3GB6A 3HB9A 5I3KA 1A5BA 3UY8A 3LCGA 4OT7A 3VKJA 2JK2A 2CLHA 4QNEA 3C4UA 4E0CA 4UTWA 4MY9A 4O1DA 3LOTA 1G4SA 2ZYFA 2QCFA 4PODA 1HUVA 3SSJA 4BWLC 4RXGA 1P0KA 4U28A 5E0KA 4LOCA 3P62A 4O19A 3GDTA 1K3UA 1O4UA 4KWVA 1DQXA 1FUYA 3UWVA 4WD0A 1IXQA 4CQAA 5F2GA 3HG3A 3EX1A 3M0ZA 2WKJA 1F7BA 2A2IA 5AHNA 4JEQA 3ABOA 3W7KA 1PHQA 2B0MA 3MJYA 3W1UA 3A9IA 3GKAA 5LKYA 3TSDA 4AWUA 4EF9A 3S5ZA 1F6KA 1SSDA 3WJYA 5K9XA 3QW4B 1AMKA 3MMTA 1IXOA 3LRMA 2FB3A 4JD4A 4ORMA 1LOQA 5C55A 3MHFA 1LROA 3QRHA 3NQAA 4JICA 3TX9A 1VC4A 3IVTA 2ZZ2A 5CPMA 2F84A 2OZ0A 1PCKA 3IIVA 2HTMA 2QJIA 3KRZA 3G8RA 1XL9A 4O17A 1QO5A 3VI2A 3NM1A 3EEGA 2ZZ5A 3W2LA 4IXHA 3CHVA 4OV4A 3L0NA 1JUKA 1MEIA 3LCIA 3NM3A 4I7WA 5FF3A 4CQ8A 4H6KA 3EXTA 3W7QA 3QYQA 3W9ZA 3KRSA 4OU1A 3L0GA 1TTPA 1OFEA 1TPWA 4MIMA 1F2JA 5F2IA 3L5LA 4MLJA 1N55A 3N73A 2TRSA 1ONRA 3CU2A 4AAJA 1WAUA 3N34A 3C61A 3W1LA 3NL5A 4NJGA 3T55A 4QQ3A 3ATYA 1IIGA 1TV8A 4PTNA 3V1PA 3L2IA 3LBCA 2E6YA 3CM4A 1VYPX 2OT1A 1L6WA 3DI1A 2V2CA 3GR8A 4UTKA 3ZS4A 2ZZ1A 3HBLA 5F1VA 1FXQA 2G96A 4PCFA 1YDNA 3THQA 1MEWA 3M16A 3FJ6A 1GYNA 3Q2DA 1C9DA 4N9CA 3I7QA 1SFLA 5HQEA 3T7VA 3MHGA 3HMJG 3OIXA 3RMJA 2Q3RA 4JY8A 5G5IA 3SI9A 3OHIA 4JIPA 1WA3A 3H53A 3P5ZA 3LDVA 5TBOA 3RLUA 3AO0A 1SZEA 1LDCA 4FF7A 1X6UA 3IGSA 1AL7A 4LV4A 5A8GA 1GQNA 4O0KA 5D38A 2ZRUA 4FXRA 3USBA 4R33A 3TSBA 3DAQA 3NEVA 1GVQA 1IXNA 4UTTC 3OVRA 4POCA 3NQ2A 3TROA 1FDZA 3FIGA 1QPOA 3GX9A 4E2DA 3W7NA 3GDRA 3PBVA 2A0NA 4UMCA 4ZZ9A 5D2XA 1W3NA 3C52A 3ATZA 3LRKA 3CPRA 5KMYA 3PG8A 1XBXA 3E02A 4W9TA 3FYPA 1EWEA 2B7OA 3NYZA 4UMAA 3W7GA 3INPA 1SO3A 4JX4A 3W2JA 3Q94A 4A2RA 4DXVA 4UFIA 1TPH1 1ME7A 4BWLA 3W7EA 4O50A 2J88A 1G4PA 2H3DA 5L9FA 1OFOA 2Y62A 3GLCA 1J5TA 3F03K 3JR2A 1F73A 5CSSA 3W7MA 1FWWA 4ZQCA 5F4SA 3UWZA 5G4WA 1KM3A 3G1VA 1LRNA 4E38A 2NWSA 2Y85A 3PULA 1F76A 4N4QA 3GAYA 1QDSA 3FEMA 1TREA 2ZRXA 1VH7A 3UNDA 4O53A 5CZTA 4MJMA 1FDJA 1VHNA 2DJLA 4K6AA 4OGZA 3G24A 1NF7A 2GPTA 4FNTA 2GVLA 5K3VA 4WXYA 2BX7A 3STEA 1PIIA 5D05A 3I68A 3SR7A 1TPEA 3NL3A 3BPWA 3NQGA 4CNOA 4EIVA 3G3MA 3TQ0A 2X1SA 2FPVA 1H62A 2NUWA 3NXFA 1JRCA 2Z2UA 4UTLA 3EWBX 1KLZA 1QPQA 3W1RA 5D33A 1SW7A 1ZCOA 4HT3A 1LLWA 3HGJA 3KHJA 5E93A 2PRHA 4LS1A 1J4EA 1WYIA 3G0UA 2DZSA 3S5NA 2EGZA 2QJHA 1OF8A 3TA6A 4UFJA 3KFTA 4G1KA 4X9SA 1LYXA 3GDMA 3PUEA 1HFBA 3RF9A 3LX9A 3UWQA 3EWYA 4AVFA 1Z44A 2EF9A 1R2RA 3NZRA 3VNDA 4I7UA 4LRSA 2VFIA 3S42A 4RJEA 5EBUA 1GPWA 2CLIA 5K7JA 1BWKA 2YYTA 3FA5A 3I6RA 1EWDA 5DY2A 1IGSA 1WOAA 3E96A 4MOZA 5AHIA 1MO0A 4JN6A 1Q6OA 3H55A 1OX4A 3G3DA 4NJKA 3W1XA 5DCBA 3UYCA 3U2OA 2VEIA 2ZA1A 2A7NA 4IOTA 4GUFA 2OMAA 4N9DA 5AC8A 2ISWA 2D73A 3TXVA 5J5RA 5EMUA 2V30A 4O14A 1TCDA 4PFMA 4QAIA 3HJZA 1ICQA 1UUMA 2F7FA 3QQ1A 1KM6A 4M7TA 1I2PA 2H8XA 4MY1A 1G67A 2G97A 2ZRYA 4DF0A 5LNSA 1D3GA 4JTGA 2Q8ZA 4MVAA 3W1MA 3B06A 1FBAA 2DZTA 3R12A 2QF7A 1DOSA 3BGJA 4UCGA 4DQWA 3O1NA 3TV8A 4RZ5A 3LRLA 3W7CA 4MFDA 1SQ7A 1UB3A 3C6CA 4Z1AA 1CI1A 3H54A 4O1CA 4JGDA 1B4KA 1R2SA 2QUVA 1I2QA 1OX4B 3NQDA 2KZHA 3EB2A 3GDLA 3LI0A 3TXZA 1GVSA 3DFPA 4RR4A 3TW7A 3W7JA 3RFAA 1H7NA 2NUXA 1YPIA 3P7YA 4RLIA 3BARA 4LRTA 5LNRA 4S2CA 4JS3A 1PS9A 3KVLA 5TQLA 3VE9A 4JTHA 1SZFA 3KAOA 4JXCA 3BLIA 2YYUA 4NNAA 3TKFA 2B7NA 3UPWA 5AFDA 3WJSA 4FNQA 4WX2A 4CCDA 1B3OA 3YPIA 2RDTA 1CW2A 1S5TA 2E1DA 4UFHA 2ISSA 2NX3A 4BF9A 1FQ0A 4RXFA 3ABRA 1G7UA 5D37A 3HGRA 3MP5A 3OA3A 4R34A 2R94A 1T8XA 3LLFA 4NU7A 3O63A 3M6YA 5FF2A 4UFKA 1QCWA 1PV8A 4UNKA 4CNNA 2CLKA 3WK2A 3W73A 1G4EA 1YXDA 3LHYA 1AK5A 2XN1A 3A21A 3DHDA 1QFEA 4MLRA 3Q37A 4LVFA 3VFLA 3W1NA 3O6CA 4NZJA 1WX0A 1RQEA 3L0KA 3P5YA 5I3JA 2I1OA 1X1OA 3C2EA 4AHQA 3SJ3A 5KSWA 2G5WA 5BRBA 1XDMA 4HHPA 4AXKA 5HJLA 2R14A 4WOZA 3LXAA 4YLWA 4JX5A 1TO3A 2NV2A 3MI3A 1AG1O 1UJPA 5H2ZA 2C6QA 5FI8A 3DGRA 3TUUA 2ZZ6A 1DHPA 2H6RA 3LV5A 1F05A 3NG3A 1UBSA 1O5KA 3TR2A 3CWNA 5BNKA 3I65A 4XTIA 1KTBA 1W8SA 1XCFA 1QPRA 2E6FA 2RKXA 1NAL1 1ZAHA 4LWWA 2XN0A 4LVBA 1DV7A 2IQTA 3IVUA 3UXAA 3B4UA 2Y7DA 5IM51 2E5DA 2Y7EA 4L4LA 2CZEA 3N9RA 5FEWA 1VPXA 3DHFA 5EPDA 1A53A 3NAVA 2V5LA 3GR7A 2O7SA 4IX2A 4X2RA 2V2HA 4BK9A 3KOFA 4JTKA 3HPXA 3CTLA 1TRIA 4HIBA 5AB3A 3QW3A 4M7SA 1M5WA 1VZWA 1Y0EA 4Q33A 4O1AA 3TSMA 3MO7A 3EX6A 2QDHA 3HG5A 2A7RA 1EA0A 2NXGA 3LCLA 2C3ZA 3QPYA 5EKYA 2BSLA 4UFLA 1I2RA 5K2ZA 3W7RA 2AQWA 3GXTA 3EWXA 2QCNA 2B4GA 2NX1A 4ZVJA 2P10A 5HNRA 1FWNA 2HS8A 3GYEA 4M6PA 1GEQA 3GZ3A 2FB2A 1XC4A 1EIXA 4LW7A 3M5XA 1PE1A 4O28A 1RQBA 2YFOA 2A6LA 5K9DA 5E1QA 1HG3A 1YLVA 1LLZA 3Q58A 1GVFA 1L9WA 5AC7A 4IMCA 3CEUA 2BXVA 4Z0JA 3QPZA 4FO4A 3S1XA 5D32A 3EX2A 2TYSA 2Y63A 4EOUA 1JUEA 4XTDA 1KA9F 4R7JA 3CB8A 1DBTA 2YZRA 1KW1A 1A5CA 4Z1BA 5D2YA 1TRDA 4QNWA 3LXCA 1H1ZA 2W6RA 4FEZA 5DELA 3PUOA 4DF1A 1ZJIA 1WOBA 4QM1A 3ZR4A 2C15A 4MYAA 4GUGA 3P61A 4K37A 3C56A 3C2VA 1B4EA 3DKJA 5DXYA 1U5JA 2HMCA 3SGZA 1W0MA 2FJKA 1ADOA 2Q8LA 3M5ZA 4LV9A 4XBKA 4UTMA 1LRTA 1YPFA 5U7SA 3SGUA 1X1ZA 1LM1A 1AW5A 1D9EA 1LP6A 2ZRZA 3G1AA 4JYEA 1XUUA 4CLMA 3O07A 2PRMA 3TCEA 2WV8A 4KFNA 5I3IA 4FIRA 3T4CA 4Y96A 2WOQA 3IVSA 4ZQRA 4UC5A 3QEZA 1YXCA 3NA8A 1V7YA 1LCOA 2DU2A 3PY2A 4JTEA 4N6FA 4JDYA 5C6MA 1F74A 4JNMA 4XUGA 1H5YA 1KFCA 1YYAA 1SZGA 4ZMGA 2Y7FA 1H7WA 3GK0A 4JTFA 5DBUA 4ZL1A 1N7KA 1R2TA 1GJPA 3KVKA 2LLEA 5C5YA 3PB0A 3UXDA 3EX4A 3UWWA 1LOLA 5AHLA 3SY5A 4FHAA 4MY8A 5LSMA 2YFNA 4RZ4A 4LC6A 5DXXA 3A23A 5CPLA 4XBSA 1W54A 2CLOA 3DI0A 2VC6A 1JJKA 1ME8A 3R8RA 5BMXA 3LCFA 1S3HA 4NNBA 3ZFHA 4O57A 6TIMA 4DO5A 2FQIA 2NUYA 1OFPA 5CGQA 4GJ1A 1Z48A 3LXBA 2E5BA 1BTMA 1FWRA 5LNUA 5G2IA 4AHPA 1VGAA 1KM5A 3IRDA 5D02A 3DFNA 4Z08A 5HWNA 3W7PA 2B7QA 3W87A 4LTSA 1YDOA 1JCMP 4O52A 1OFQA 1KLYA 1LORA 1GOXA 3I7RA 1F6PA 2QEZA 3CQ0A 4O16A 4X22A 3W76A 3TK7A 5AHMA 4GNJA 1VLWA 1ICPA 2X16A 2GUUA 5HR6A 1XDLA 5L6UA 3BLFA 2Y6ZA 2X30A 3P67A 5AYYA 4XWUA 1NF0A 3MUXA 1LBFA 4UXDA 3QSTA 1QMLA 4O4WA 1SPQA 3W2KA 1SU5A 2R91A 5MHBA 1SFJA 3W3OA 3FFSA 1EEPA 1OFDA 3GAKA 1GWJA 3WJXA 6ALDA 2YDAA 1VJIA 3ANYA 2E6AA 2WQPA 4UTIA 2A7PA 3TAOA 3IGUA 2QAFA 4GXMA 1DORA 1JCYA 4DO6A 4DF2A 3MI6A 1FWTA 3SIZA 1RQHA 2FTPA 2EKCA 4JY9A 1N8FA 1OHLA 2OCZA 5HULA 3GNDA 2A21A 3HPZA 1YDVA 1JCNA 1WBJA 3S1VA 1S5WA 2PRLA 2A4AA 3PS7A 3SZ8A 4FB7A 1VQTA 3MYOA 4KWWA 1G6CA 3DFOA 4Y6GA 1NSJA 4DEFA 4JTIA 4IXXA 1TJPA 2FDSA 2VFDA 3G18A 5C2XA 1OX5A 1FCUA 2VOMA 2DZVA 5F4WA 2QAPA 1S5VA 3W74A 4YWIA 1OFRA 3PG9A 4IUOA 3SFKA 4N02A 4Q32A 3W7HA 2DZUA 3FKRA 3M9YA 4NX0A 3W22A 1IXPA 2C16A 4U4MA 5U4NA 2A6NA 3OBKA 3W88A 4O8RA 4ML9A 3STCA 1O95A 4AF0A 1GZGA 1OG0A 3DFTA 1GTHA 4RZ6A 3DFQA 1BEUA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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