1L9WA

Crystal structure of 3-dehydroquinase from salmonella typhi complexed with reaction product
Total Genus 87
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
87
sequence length
252
structure length
252
Chain Sequence
MKTVTVKNLIIGEGMPKIIVSLMGRDINSVKAEALAYREATFDILEWRVDHFMDIASTQSVLTAARVIRDAMPDIPLLFTFRSAKEGGEQTITTQHYLTLNRAAIDSGLVDMIDLELFTGDADVKATVDYAHAHNVYVVMSNHDFHQTPSAEEMVSRLRKMQALGADIPKIAVMPQSKHDVLTLLTATLEMQQHYADRPVITMSMAKEGVISRLAGEVFGSAATFGAVKQASAPGQIAVNDLRSVLMILHNA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Lyase
publication title Comparison of different crystal forms of 3-dehydroquinase from Salmonella typhi and its implication for the enzyme activity.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 3-dehydroquinate dehydratase aroD
total genus 87
structure length 252
sequence length 252
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 4.2.1.10: 3-dehydroquinate dehydratase.
pdb deposition date 2002-03-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01487 DHquinase_I Type I 3-dehydroquinase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1l9wA00
4O11A 1ZJIA 5D02A 5FESA 5FEZA 3QZEA 3QEZA 4O14A 3C0JA 1S3HA 4FNUA 3W1NA 1JCYA 5K9DA 5BOOA 3NQ2A 3S5OA 3W22A 1Z44A 1KLZA 2BWGA 3C2EA 4Y9AA 3DFNA 1ZHAA 3LHWA 2VEMA 1C29A 1X7FA 1HL2A 4YCOA 4X3ZA 5FF0A 4AWUA 1H1ZA 3GNDA 4AB4A 4R53A 1SO4A 2F84A 1DJQA 4JS3A 4JNMA 2LLEA 5D37A 3H53A 4ICNA 5LNRA 4LVGA 1FWNA 3M5XA 1DOSA 1ML1A 3LOTA 4U28A 3N9SA 1XUZA 1XM3A 4WZHA 3W1MA 3NL2A 4FXSA 4XKYB 1LBLA 1KFEA 3P7YA 2VKZG 3N3MA 2OT0A 3EX4A 2Y63A 3PULA 5GVJA 3CIXA 4DQWA 3W86A 5CSSA 1TTPA 1GVFA 3TC7A 5DELA 2Y7GA 3W7MA 2QF7A 4O13A 4ORIA 3C2RA 1OHLA 3NNTA 4A29A 5E0KA 2NWRA 3WJSA 1QOQA 1Q6OA 2C6QA 2ABBA 3C2FA 2ZA1A 1J5TA 1XBYA 3W7GA 1AW5A 4CCEA 5IM51 1SW0A 4LV4A 1H51A 3BG3A 1B4KA 3IIVA 1B9BA 2EKCA 3SR7A 2RDTA 3ATZA 4CQAA 2NUXA 2PC4A 5C2XA 3K30A 1G7VA 2A4AA 3UXDA 5FF4A 2VOMA 4LY8A 4CCCA 3H55A 2B4GA 4C1KA 1B3OA 3W76A 3G1SA 4GUIA 1DORA 1LOLA 4LT9A 3W1LA 2WO5A 1EP1A 2QCFA 4WQ6A 3M7WA 2X1TA 3LB0A 3MMTA 5H91A 3GKFA 1FWRA 4IGHA 4XBKA 2ABAA 2Y89A 4AWTA 2V9DA 3L0KA 1BWKA 4OU1A 2DZSA 3TUUA 2AQWA 5DBTA 2FB3A 2E6AA 1OF8A 1XDMA 4JGDA 4NNAA 2BX7A 4WY0A 4A2SA 2VEIA 3W2UA 4MY1A 2FTPA 4O8RA 3N19B 4EVZA 5F2GA 2WQPA 3P8IA 1FCQA 2C16A 3PY2A 1T96A 4GUJA 1A53A 3TFCA 3W7DA 1CW2A 3NM1A 3YPIA 5L9FA 2CU0A 1OFPA 2VENA 3CU2A 3LHVA 2R91A 2V2CA 2RFGA 4JTIA 2QCDB 1I45A 1WX0A 1QWGA 3GVGA 4Y96A 3NL3A 1K7XA 5KZDA 3P60A 3EWXA 3W6YA 4AEOA 1JUEA 4LS0A 4QNEA 2CLMA 4GJ1A 4PL1A 2DZUA 1O5XA 1OYCA 3NM3A 3PBWA 3QC3A 4DF2A 2X2GA 4GNJA 8TIMA 3TSBA 3EXRA 4ZL1A 4UTLA 3N34A 4QAIA 1KM3A 2FQIA 4FX6M 5G1YA 3NL6A 3W83A 3O15A 5K7JA 2QJHA 5DXYA 1XI3A 3MW7A 1FBAA 3DFOA 5DLCA 1A5CA 4ZMGA 4NJGA 5BRBA 3ANYA 1IGSA 1QPRA 3B06A 4A21A 2FJKA 2HMCA 1TPUA 3CEPA 3BW4A 1TJPA 3W1QA 1OX4A 1GQNA 5HNRA 4RLIA 4M7TA 4IXXA 1R2RA 1WOBA 2B7OA 3DU0A 3ZR4A 1HO1A 1XDLA 3KRUA 3G1XA 1JQVA 3B04A 2CLLA 2A7PA 3UYCA 3HMJG 4JDBA 4UTKA 2B7NA 4MJZA 1TCDA 4DPPA 3NGJA 5HWMA 1SZFA 3O05A 4N2YA 1OX5A 3R2GA 4L4LA 1YTEA 3P5YA 4RJEA 4IMFA 3SGUA 2C3ZA 3GDTA 1AG1O 1KM2A 1P1XA 3SI9A 3E12A 1GT8A 5K4ZA 1W37A 3C2OA 5K3VA 5HWJA 1KBIA 4I7VA 4M6PA 4OWGA 3SZ8A 1YTKA 3G1YA 3W84A 3LCWA 5D38A 1SSDA 3DFSA 3TQ0A 1XKYA 3IRDA 5BMXA 2J27A 5I3IA 5LSMA 4O52A 1F05A 1U5JA 3GR7A 4R33A 2O7QA 1XL9A 2Z6IA 3NQAA 4MZ1A 3EWUA 3THQA 3BPWA 1WA3A 1TQJA 5AN7A 1BKSA 4HSNA 4PTNA 5CKSA 1P5BA 4E38A 2ZBTA 1XCFA 3W9ZA 5CZTA 3QMRA 1LORA 3W7PA 4ZZ9A 1FQ0A 3PG8A 2QAFA 1R2SA 1F5ZA 2CFFA 4YCPA 2GJNA 3NQEA 3QPZA 1R46A 2DU2A 1UB3A 4FIQA 1L6WA 4UTIA 1GG0A 3HQ1A 1TPEA 2VEPA 3GXTA 4WXZA 1UJPA 3MBFA 3W7OA 3LXAA 3QFEA 1GTHA 1ZAHA 3NZ1A 4BI6A 1Z41A 4LU0A 1JUKA 3QYQA 3LHYA 2R94A 3W87A 1XBZA 1KTNA 2QUVA 5LNSA 2H3BA 4ORMA 4PODA 2H90A 1K8XA 1RD5A 3LERA 5ABTA 3PG9A 1IIGA 1QMLA 2Z1BA 3DKLA 2GQ9A 3TIMA 3NDOA 4MY9A 3LRMA 3MHFA 4GBUA 4P2VA 3B05A 1FXQA 1HTIA 4MIMA 4PC8A 2CZFA 3MI2A 1EP2A 4JX6A 1DVJA 3W75A 3B0VC 2TYSA 4EWND 1LROA 4ZQPA 4RXFA 4O18A 1F74A 3G1DA 3G3DA 1W5NA 2XN0A 3G8EA 2A21A 3HJZA 2A7RA 2R14A 3UWZA 3M5YA 5HWNA 5G2WA 1H63A 2V81A 3DI1A 1H7OA 4Z08A 2Q8LA 2VFIA 2DJLA 3PB2A 2O7SA 3P67A 3UNDA 3LCGA 1XXXA 4UFHA 4K7YA 1TIMA 2PE4A 3STEA 2W6RA 4Z1AA 3W2MA 1QNVA 3QSTA 1Q45A 3RU6A 1Q6LA 3U8GA 4MYXA 1J4EA 4R7JA 1PIIA 4BR1A 4O0KA 3TSMA 3EXSA 5HUPA 3TW6A 1Y0EA 2KZHA 4N9EA 1RR2A 2NX1A 4K8HA 4WUIA 1VCGA 1UUOA 1DV7A 5LZLA 1MEWA 4H3DA 3O1NA 3WJYA 3LM7A 3NVTA 1RZMA 4JTGA 2QAPA 3QW3A 3GXNA 1QAPA 1PE1A 2FLIA 3AO0A 4PA8A 4UC5A 4IMGA 1TPC1 4AHQA 3NOEA 2JKEA 5C55A 4IQLA 4D2JA 1XUUA 4HNTA 2FFCA 3HGOA 2NV1A 1ZFJA 3W2KA 2Y7DA 1TPB1 3G3MA 4M6QA 4ZQNA 4XBSA 4M19A 5G5IA 3W7QA 1TMHA 1JCNA 5F2IA 3UY7A 1YPIA 2ZFAA 3FKRA 3IVTA 3HO8A 1KV5A 3E9AA 3N73A 4AHPA 4O50A 1LLWA 4TX9A 1MXSA 3HG5A 5L6UA 1ADOA 4H4IA 1IXQA 4UMCA 1GVQA 2IQTA 2VEKA 3LHTA 4DPQA 3FA5A 3Q58A 5BNKA 2E6FA 1K8YA 3GDLA 2C14A 3GX9A 2ISSA 3FKKA 4O4WA 5D30A 2PURA 4CQ9A 3NEVA 4UFJA 3TX9A 1QO2A 5AYYA 3EWYA 1XFBA 3IIXA 3W7CA 4NJJA 4LVBA 1W1ZA 3GDRA 2NX3A 2RDUA 4U4MA 3O6DA 4O16A 3LBMA 1QCWA 4OBTA 3Q2DA 3HPSA 5KITA 3MHUA 3NZRA 3TC6A 3EWWA 2W79A 4O1DA 2JGYA 4FO4A 1MEIA 4UNKA 1G7UA 2E6DA 5I3FA 4OGZA 2GVGA 2W0UA 4FB7A 3QF0A 3W70A 4N9CA 4Q33A 3O16A 3TR2A 3Q37A 1VRDA 3O63A 3C6CA 4Y6GA 3IGSA 4RX0A 2CLIA 3STFA 1OJXA 3FIGA 4LUJA 1FUYA 1DJNA 1S5TA 4O12A 4N02A 3TAOA 4I9AA 3W23A 4YWIA 2G95A 3GDKA 1AL7A 1J2WA 2JGQA 2ISWA 2XFWA 1G4TA 2EHHA 3OVRA 1KA9F 4YMZA 5G4WA 3VFLA 4FF7A 3B0UX 3N14A 3UWUA 2QDHA 4AF0B 3PWAA 3TKFA 3OHIA 1VCFA 1SO3A 5LKYA 4KKXA 1FWTA 1H7XA 3T78A 2QUUA 4UR8A 1VH7A 5AYXA 2V5BA 4WX2A 1L2UA 5EKYA 2WOQA 5D2YA 3W1PA 2FDSA 1JULA 3I65A 3VE9A 1BWLA 3NA8A 4AVFA 3CLMA 4JX5A 1QOPA 3GZ3A 4KFPA 3KOFA 3PSWA 1CX9A 4UMBA 3VCRA 1LM1A 1TB3A 5D03A 5AC8A 1B57A 3GNNA 4JX4A 1FDZA 5AHFA 4WJEA 3ZWSA 4N6EA 4A3UA 4UTMA 3CM4A 2QJGA 1JRCA 1XBXA 2NXGA 4EIVA 4NU7A 4WY0F 1YTDA 3E96A 4UTUA 3HGJA 3TMQA 4DF1A 3KRZA 4Z1CA 1KFCA 1FX6A 1I2NA 3LCXA 3L5LA 1I2OA 3EX6A 4RKAA 5FI8A 5E93A 1GEQA 1S5VA 1E51A 1I4NA 1W31A 1FDYA 3A22A 2JKAA 3HPXA 2XN2A 1H7WA 1SO6A 4MOZA 1H7PA 1DL3A 5AFDA 3LGEA 3S42A 3LI0A 4L4MA 3IVUA 4BI7A 4MFEA 1P4CA 3GIYA 2B7QA 4ADUA 1FCUA 3LRLA 5LNWA 2DP3A 2V82A 2OZ0A 1KBJA 2B0MA 3B8DA 2V2DA 2J6XA 2GJLA 4AAJA 2EF9A 2ZZ7A 4O28A 3IGUA 2J9ZA 3P62A 4JR5A 1MZHA 2PRLA 2YW3A 3G0UA 1YXCA 3PB0A 4HNNA 3IEBA 3R12A 5E1QA 4XZ9A 3UWQA 5AHMA 1F7BA 1HFBA 1VLIA 1P0NA 3CT7A 2YXGA 3G1VA 4MJMA 1WDWA 3KVJA 4A2RA 1F73A 3P80A 3IIPA 3W1UA 1DHPA 4FIRA 4Z1BA 2ZRXA 3P74A 2PCQA 3C2VA 3FJ6A 4UMAA 1M7PA 6ALDA 1EIXA 4NJHA 3O06A 4MUZA 3D0CA 3TA6A 1W3IA 4RV8A 1WOAA 4UTWC 5AC6A 5G1TA 5LHFA 5FEXA 3M9YA 3QMSA 1ALDA 1QR7A 3S6DA 1C8VA 3CEUA 3JRKA 3USBA 1LCOA 4E0CA 2PRHA 4O57A 4ML9A 5DCBA 2QCGA 4HIBA 4Q4KA 3O8AA 4NQ1A 2BLEA 3LDVA 3NXFA 2VC6A 2VFEA 2ZZ2A 5AOUA 4N4PA 1OFAA 4UTTA 5H2ZA 2R8WA 3TXVA 2WSYA 1W5PA 2E1DA 5F4SA 4HNUA 2CW6A 3NQFA 2ZRZA 3SFKA 3NQVA 2H8ZA 5KTLA 5HMSA 1KFKA 3GAKA 1OK6A 3O6CA 2ZZ6A 5IBXC 1HO4A 4I7WA 3TFXA 3CTLA 3H54A 1RQHA 5EPDA 3KRSA 4IWWA 3UD6A 4MKNA 4RCXA 5D2TA 1K7EA 5BMWA 1VS1A 2YSWA 2E77A 3T40A 2X1SA 3QQ0A 4MZYA 3MP3A 4MLJA 4MPQA 2A2IA 3TJLA 5F1VA 2NUWA 4LW7A 3L5AA 5CPMA 3QMTA 4TO8A 3PUEA 5FF3A 1ME7A 4MLRA 2DZWA 2BSLA 3UPWA 3HGSA 2WNNA 3M43A 3OVPA 3RF9A 3G24A 3TAKA 1X1OA 2OX1A 2GUUA 3FFSA 2JKPA 5D05A 1WYIA 2GQAA 1LOSA 1GTEA 1A50A 1O94A 1NF7A 5U4NA 3LCIA 1KM1A 3JS3A 3WK1A 3RFAA 4WY0B 1SO5A 4DO5A 3HIJA 2GVJA 5KSWA 3WJZA 1OFQA 4NZFA 1NVMA 5CZJA 5G4EA 3TQVA 4HHPA 3VKJA 5KINA 1F2JA 5DCEA 4Y90A 3LTPA 2Z2UA 4NXKA 1VHCA 3NG3A 3QSRA 3W7EA 4HKPA 1LRTA 3NQMA 1Q3NA 3QM3A 1OFDA 4LC6A 5F4WA 3MWAA 1JQXA 1MO0A 3BO9A 4NVTA 3QPYA 2H6RA 2H8XA 1KFJA 3BW2A 2CZEA 2P1FA 3DGRA 3N2MA 4RK8A 5HR6A 2NXHA 1X8FA 4R34A 1ONRA 4JXCA 1U83A 1Z48A 5FF7A 3P61A 1C9DA 1LDCA 3L5MA 3S5ZA 1O60A 1F6KA 1FWWA 1TPVA 1GG1A 5F2LA 3TNOA 2G5WA 2GQ8A 1VPXA 4DXVA 2QCHA 4IPJA 5CGQA 3P82A 4PL2A 1TTQA 2NV2A 1VYRA 1JCJA 4P61A 4N6FA 3BG5A 1N55A 3BLEA 2A6LA 4ALDA 1R47A 1TPFA 3ZFHA 4BWLC 4UXDA 1OK4A 2Y6ZA 1MSSA 1EPXA 1OX4B 1JJKA 2C18A 5LNVA 1IXPA 4LV9A 1W0MA 3KXQA 1TTIA 5TQLA 1UASA 1A5SA 2NXIA 1KM0A 1SW7A 3AJXA 4N4QA 1VC4A 3IV3A 3VI2A 3ZWTA 1LBMA 3EWBX 1TREA 2P10A 3DKJA 1THFD 3O6YX 4N9BA 3PM6A 4M5PA 1LZOA 3FOKA 4GC4A 1SUXA 3W7NA 1HG3A 4GUFA 1G4EA 2I1OA 4BK9A 4LOCA 3NQDA 4XTDA 2YDAA 1KM6A 2YFNA 2X1UA 3FYPA 4OHQA 3KVLA 2GVLA 1SZGA 3SY5A 4PCFA 4NNBA 2GPTA 1VJIA 1W54A 3A24A 1KTBA 5LHEA 5AC7A 4OE7A 1YYAA 3U2OA 2VELA 3NAVA 4OV4A 1EWEA 1KLYA 3LCFA 3HG2A 3M44A 2CZ5A 1TV8A 3GR8A 1VZWA 4B5NA 2I14A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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