1LOL | Genus

Total Genus 74

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	74
sequence length	212
structure length	204
Chain Sequence	VMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIADFKVADIPETNEKICRATFKAGADAIIVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMSHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSTRPERLSRLREIIGQDSFLISPGGETLRFADAIIVGRSIYLADNPAAAAAGIIESI

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
source organism	Methanothermobacter thermautotrophicus str. delta h
publication title	Crystal structures of inhibitor complexes reveal an alternate binding mode in orotidine-5'-monophosphate decarboxylase. pubmed doi rcsb
molecule keywords	orotidine 5'-monophosphate decarboxylase
total genus	74
structure length	204
sequence length	212
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date	2002-05-06

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00215	OMPdecase	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	1lolA00

3UWVA 1PV8A 3THQA 1KM2A 4GXMA 3RNDA 1SSDA 1W37A 5FF2A 4HT3A 4JY9A 4RZ5A 2OJPA 4JIPA 3M9YA 4RCXA 1GVSA 3IRDA 4LV4A 1OFOA 4IJBA 4YLWA 1H60A 2VFEA 3GR7A 3UWYA 1WV2A 5AHNA 2ISWA 2RH9A 4N9EA 3LHWA 1LLZA 3NAVA 3W7QA 2RHGA 1AL7A 1FWTA 3LTSA 3LDVA 3U6WA 2AAMA 2V2DA 5K4ZA 2C14A 2BZNA 4NVTA 1H63A 5KZEA 5E0KA 4HPJA 1ADOA 3CU2A 2FFCA 4I7VA 2OCZA 4DO6A 2NX3A 4EOUA 2VEKA 4UMBA 1F74A 4MVAA 3NA8A 1GTEA 4O17A 3T78A 1QPRA 2CLIA 2NXGA 3G1DA 3CPRA 1OK4A 1A5CA 2WNQA 1N7KA 4OBTA 1VS1A 2EF9A 5HR6A 3TUUA 1F2JA 3HF3A 3P84A 4XZ9A 4BI7A 2FB2A 5F2LA 1B4EA 4Y6GA 5BNKA 1G7VA 1U83A 2DJLA 3G1XA 5K9CA 5KINA 4UR7A 3GVGA 3PBUA 5FF0A 3RK8A 3NZ1A 5DBTA 1OX6A 4PA8A 3RF9A 5LGXA 5HWNA 2VEMA 1FWWA 1I2PA 3GNDA 2V2HA 3OIXA 2Z0IA 1ZY9A 3BO9A 1QCWA 1K7FA 2RKXA 4UIOA 5EYWA 5E93A 2E5CA 4WJEA 3W71A 1UB3A 1SFJA 3B0UX 3O15A 3G1YA 4NNBA 3EXTA 3TR2A 3EWWA 4L4LA 4TMCA 1EUAA 1R47A 5CZTA 3TQVA 3N2MA 1FWNA 3GK0A 2J88A 4B5NA 3IIVA 4K8HA 4ADTA 1Z41A 1RV8A 1H1YA 3PBYA 2Y62A 1FWSA 1P0NA 3CQ0A 2A4AA 4CCEA 3EXRA 2NXHA 5E1QA 4NUWA 1WOAA 1NSJA 2C1HA 3LBMA 1W3NA 3QPYA 2ZRUA 4JYEA 4XTIA 1TPFA 4LT9A 4O1DA 3ZFHA 4C1LA 4R53A 3KHJA 2PC4A 2J27A 2X30A 3RLVA 1AG1O 1FQ0A 4MFEA 2IQTA 1L2UA 3TQ0A 1O60A 1AW2A 1TQXA 4MPQA 5G2HA 3S0CA 1TPWA 1KA9F 3KAOA 3RU6A 3NOEA 1WA3A 3W1TA 2Y70A 3WFAA 1PHWA 1L6SA 4YXGA 5AC6A 3KOFA 1FY6A 1TV8A 3VE9A 4CNOA 1EP1A 3DHFA 1EA0A 1GQNA 4Y8FA 1RQHA 1OFEA 1IIGA 4QJ1A 4A3UA 3UZJA 1VYRA 4NX5A 2DZVA 3DZ1A 3NQ7A 5BOOA 3N14A 1PVNA 2X2GA 1OG0A 2NV1A 2QCDB 2H8ZA 3UWQA 2ZA2A 5K2ZA 1RZMA 3TXVA 1ICPA 3JS3A 5DELA 2ZRZA 3FKRA 4Q32A 2O7SA 3G3MA 2BXVA 4MY1A 5EBUA 4UFKA 4KKXA 3DENA 1YPFA 4RZ6A 1MSSA 1G4TA 4UUIA 1DQXA 1R30A 2ZZ2A 3MHGA 3R13A 1O95A 3U2OA 1H61A 5D30A 2GVJA 3HO8A 4FEZA 3IVUA 1NEYA 3CC1A 1JULA 4OV4A 1VYPX 2VC6A 2P0OA 4EVZA 4ZZ9A 3USBA 1FCUA 3O6CA 2PURA 2Y88A 3QMSA 4MIMA 5LSMA 4JIQA 5DCDA 4K37A 3P5ZA 4I7UA 2YCEA 2YX0A 3CIWA 4PTNA 5K4XA 5LNWA 2EPHA 2CLFA 4JTUA 1EIXA 1SW3A 2RDWA 3DI1A 1TCDA 1ALDA 5H91A 1U5JA 4TIMA 1TMHA 4UFMA 4X22A 3OBKA 3M7WA 4LC6A 5CPNA 3PUDA 4M7TA 1YDNA 4M6PA 4Z1BA 1OFPA 2QCNA 4JX4A 3OVRA 4BWLC 1AK5A 2CZEA 1UCWA 4LVAA 3A22A 3R2GA 2UV8G 1W54A 4YCOA 3BGJA 5F2GA 1G7UA 1LZOA 2ZQ0A 1WOBA 2V5BA 3BVJA 5F4XA 3G18A 4LNYA 3S5NA 4HN4A 5DY3A 3LOTA 3V1PA 1IIHA 4FNQA 1KFEA 5DCEA 4JNMA 3P8JA 3SIZA 3LGEA 2CZ5A 4AXKA 3TV8A 1XL9A 1J4EA 2CLEA 4ZQMA 3LLFA 3GKAA 4MYXA 4UTWA 1PCWA 3GR8A 2WNNA 2CLHA 2QUTA 3M0ZA 1F76A 3UXDA 1SSGA 2I1OA 3L5MA 1KTNA 1LRTA 3P67A 3SR7A 2D73A 3VE7A 3TA6A 4HNVA 2YGYA 4JN6A 1K8XA 2HSAA 5EL1A 1P5BA 1D3GA 3IEBA 1W31A 4KFPA 3NM1A 5LZLA 1B4KA 4H6KA 4ZQPA 2QCCA 1H1ZA 4DPQA 1MEIA 3HJZA 4DO5A 4ZQOA 1O4UA 4LY8A 3NPXA 2YDAA 3DHDA 4UMCA 1QDSA 1DV7A 1R46A 2VFGA 4H4IA 3OEXA 4UNKA 3W7MA 1Q3NA 1F6PA 3IIPA 4GJ1A 1Y0EA 3AO0A 4M5PA 3OVPA 1ZFJA 1G67A 4FNRA 1JVNA 2ATSA 5CPMA 5CPOA 3LCFA 2QCDA 3BLEA 4K36A 5G2IA 4AHOA 1TPDA 2A7NA 1H50A 2H3DA 2A2IA 1TJRA 3ABRA 3B0VC 3IGXA 3UWWA 2WKJA 1XDLA 3R89A 1P0KA 4KWWA 1CX9A 3MBDA 1SR9A 2XN0A 3FIGA 3BG9A 3C2EA 4AAJA 2E1DA 3LV6A 5K9XA 1LOQA 4XKYB 3SGUA 3PBVA 3GXNA 3W7EA 3UQNA 3P60A 1S5VA 4K7YA 4WXZA 1SW7A 4OQVA 5DXXA 4O0KA 1AL8A 4HKPA 4M6VA 3EWXA 4Z1DA 5LNSA 4UTMA 1FCBA 2QCGA 6TIMA 1L6YA 2C6QA 4RK8A 3S5OA 2WQPA 4GFSA 1TTQA 3UYCA 2ALDA 4GRSA 3I65A 3LX9A 2X1RA 1TSIA 4ZVJA 4CLMA 5C55A 1I2RA 2NX9A 3HBLA 3EKZA 2CWNA 3WK3A 3QH2A 4FO4A 1OFDA 2Z2UA 4TX9A 4ZQNA 3LI0A 1KFLA 1Z48A 1DJQA 5D32A 3H53A 2V8ZA 2X1TA 4KFNA 5HUOA 3F4NA 5LKYA 5EA9A 2ZZ3A 4LVBA 1F05A 4IMEA 3KRUA 1N55A 2V82A 3DFNA 1QWGA 3G8RA 2BX7A 5CZ0A 2XFWA 3S1UA 4QNEA 3HPZA 4DBEA 1I45A 1DHPA 3QC3A 3FA5A 3W7HA 1VQTA 4FNTA 3PG8A 4JTSA 5FESA 2ZFAA 4Y9AA 3CIXA 2C16A 4JICA 3HQ1A 4QM1A 1PCKA 1Q6QA 4JX6A 3UXAA 1KFKA 3NYZA 5C54A 3UNDA 1PIIA 1H7RA 3W86A 3SGZA 5LHEA 1SW0A 4LW7A 3W7PA 1XKYA 1ZHAA 3LCGA 5LHFA 1GVQA 2Y89A 1H7PA 1KM4A 3O16A 1XI3A 3TX9A 1OYBA 4XUGA 4ZQRA 2ZRWA 1DQWA 3BV4A 4MZ8A 3W1LA 4MY8A 1G6CA 1LOLA 1YXYA 2WJZA 4O28A 5U4NA 2Z6JA 2EAWA 4OU1A 4IPIA 4O18A 3ZR4A 3LHZA 4WY0F 3DXIA 3MUXA 4IQLA 2W6RA 3P8IA 3NL5A 4ICNA 3O6YX 2ZRYA 3F1QA 1OFAA 4JYFA 2ZZ7A 3CT7A 2ZZ4A 3NQAA 2VFIA 1G4PA 3TMQA 1C8VA 2J9ZA 2QCFA 4HIBA 1SO5A 3E49A 3NQGA 1NAL1 1OF8A 2BSLA 3LERA 3QM3A 3TAKA 3W2LA 3NGJA 4EF9A 1UUMA 2RFGA 3QW3A 3C2FA 5AC8A 2TPSA 5L6UA 5D2VA 1FBAA 1D9EA 3KVMA 3VCRA 3W6YA 2HTMA 4ONVA 1XM3A 1K7XA 4IOTA 5D09A 3O06A 4ZMGA 1HTIA 2P10A 4Z1AA 3W1RA 4ADSA 1GEQA 4DELA 1SZNA 5CZJA 1KM5A 2ZTJA 4POCA 3KX6A 1HFBA 3GDMA 1T96A 1WBHA 2OMAA 3MW7A 4IMCA 2X16A 4ORIA 4PODA 5HULA 3A9IA 1K3UA 1VC4A 4A22A 5I3IA 3MHUA 4ML9A 1LBFA 2WPBA 5LNRA 1NF7A 3W88A 3C52A 2CZDA 5I3KA 1RPXA 3OVQA 1ICSA 1YTKA 4HSOA 4O14A 1BEUA 3W2UA 3BW2A 3PUEA 8TIMA 2AGKA 2WSRA 4JDYA 2ABBA 3QQ0A 2C0AA 1VCFA 2QEZA 1OX4A 3TU9A 3W1NA 1OYAA 3PVFA 5D04C 4FXRA 4S2BA 3P61A 1FXQA 1C9DA 3GB6A 3R5EA 3DFSA 3PG9A 1ZJIA 4M19A 1O5KA 1RD5A 2B7PA 2NUXA 1TO3A 3G0UA 2E09A 5D05A 3GKFA 4PCFA 3LBCA 3GXPA 1HUVA 2FDSA 4J9JA 1HO4A 2V81A 3O63A 4UC5A 2QR6A 3H54A 1JCJA 3NL6A 4IX2A 1G4EA 2WNZA 4C1KA 4FNUA 2PRMA 3LHTA 3NVTA 4LVFA 4JEQA 3IGSA 1BWLA 1OFBA 3E02A 4MJZA 4QITA 1YYAA 3KRSA 3P80A 5C2XA 1QPOA 3IVTA 1LLWA 3OA3A 2GJLA 3OG3A 3KVJA 4ZL1A 2VFDA 2OZ0A 5U7SA 3PB0A 3W76A 3ABOA 2RDTA 4CNNA 3UWUA 4AH7A 3W1UA 1XUZA 4QNWA 3EX2A 3TW7A 1X8FA 1SO3A 3L0NA 3R8RA 3W73A 3SECA 3GDTA 3C2VA 1ML1A 4NQ1A 3BK0A 2X1UA 4LS2A 5D37A 3L67A 1TPC1 2GQAA 5F4SA 4JTHA 1W5OA 5G2WA 2Y85A 3M6YA 2QAFA 3HGSA 2WSQA 4MJMA 5AYZA 4EF8A 3TFXA 1T0OA 4JY8A 3FYOA 1AMKA 3KVLA 1DL3A 4XBSA 3FLUA 2GJNA 3ATYA 4BI5A 1J2WA 1LM1A 2C15A 3HIJA 1VRDA 4IMDA 4FNPA 4WZHA 3I68A 2DZXA 4BWLA 1JCYA 3P7YA 2J6XA 3LCIA 3RLUA 4D2JA 1SFLA 2NWRA 1LBMA 4N9DA 4IWWA 2JKPA 2YZRA 2A0NA 4ADUA 2F84A 5K3VA 2HMCA 3E9AA 4RKAA 3NQ6A 4FX6M 5EMUA 3KFTA 3DFOA 3EEGA 3P74A 4BFAA 3NQ2A 4LS0A 2E6YA 1GVOA 2YW3A 5A8GA 5KITA 1SO4A 3M44A 4NJHA 4H3DA 3LHYA 3WJZA 2J9XA 4YWIA 1LCOA 3STFA 3ABSA 2GVGA 4NZJA 2J24A 3FS2A 4N02A 2ZZ1A 4N9CA 1JCXA 4RV8A 3KRZA 4DO4A 4NNAA 3NL3A 4MYAA 3CM4A 1SZGA 3W7NA 4AWSA 3W70A 3INPA 2NUYA 4L4MA 4O50A 3B04A 3GYEA 5GVJA 2A7PA 5D03A 4N9BA 2QCHA 5F2MA 2WOQA 5J5DA 4R7JA 4MUZA 4AF0B 4N4QA 3W1XA 4JTFA 3F4WA 1KBIA 3DKLA 1W56A 3LCHA 1QO5A 2AQWA 3DGRA 2DZSA 3HPSA 4E2DA 3WJSA 2G97A 4TMBA 2PCQA 3PAJA 5D2YA 3GDRA 1RVGA 1YTDA 4JS3A 4O12A 3L21A 2FQIA 2B4GA 3QQ1A 4O4VA 4U4MA 3TH6A 1VLWA 3PSVA 3TJLA 3BW3A 2ISVA 3SFKA 2F7FA 1THFD 2GUUA 1A5SA 5HINA 3L68A 3NEVA 1GG1A 3MP5A 3EWUA 1V5XA 3HG4A 4GUJA 4MFDA 4JD4A 3G1SA 2FPTA 3EXSA 3LRKA 1PE1A 3WJXA 1SPQA 5BW6A 5KMYA 5CKSA 3LM7A 3PBWA 7TIMA 1A5AA 3LXBA 3I6RA 4RXFA 4X3ZA 3PWAA 2Y7FA 1FDZA 5CSRA 4NJJA 2ISSA 2VKZG 5D38A 3FJ6A 2TMDA 3GAKA 2V9DA 5HMSA 5LGZA 3DU0A 1GYLA 3W7LA 2YFNA 2R14A 4NXKA 5BMWA 1TTJA 3QW4B 3BW4A 3LTPA 3DKJA 4WQ6A 3PULA 3G0XA 4XBKA 4YMZA 5AYXA 3L66A 2NLIA 4O19A 5DLCA 4O10A 5AHEA 3EWBX 2JBMA 1Q6OA 3NQ8A 4JR5A 4K6AA 1IXPA 2V5LA 3FJLA 3G22A 3T4CA 3NR0A 1KTCA 3P82A 5F1VA 3NNTA 3LCWA 3N9RA 1XXXA 3G1HA 5A5WA 4GNJA 1YXDA 3U8GA 1L9WA 4XTDA 4JTLA 1W3TA 3C4UA 2ZYFA 4NJKA 3NQDA 2JGYA 4P2VA 3B4UA 1KV5A 1QNVA 2FJKA 4LRTA 1B57A 4O54A 2H90A 3TIMA 3M41A 3WK0A 3N34A 3Q37A 1HL2A 4JTEA 3QYQA 1B9BA 1DOSA 3W7CA 4Z0JA 5AYYA 4CQAA 4E38A 4R34A 3ELFA 3NPVA 1Z42A 3HG5A 3NPWA 4JTJA 1QPQA 1M5WA 1W0MA 1EEPA 1RQEA 4LUJA 5HUPA 1UBSA 3K30A 3QMTA 4QQ3A 1RR2A 3T55A 5FF3A 1IXQA 2GVLA 5FF7A 4K8EA 2JKEA 4A2SA 4RJEA 2ZTKA 3W83A 2GQ9A 3ANYA 3FOKA 2BLEA 2FIQA 1S3HA 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4LVDA 3BARA 1W1ZA 3Q58A 4HNTA 2VOMA 4NU7A 1OF6A 1VHNA 2DZUA 1WDWA 3QJAA 1IF2A 3QMRA 1DVJA 3LI1A 3M5YA 4JTKA 3UPWA 1VCVA 3IIOA 3SJ3A 3M43A 4EWND 3T7VA 2CLOA 1ZAIA 3UY7A 3HGJA 3DFPA 1E51A 2ATMA 4LUIA 1A50A 2O7QA 5K9DA 2V30A 4N4PA 4KWVA 1OABA 4MKNA 5KTLA 2VXNA 1EP3A 3B06A 2DZPA 2BTMA 3I7SA 4Y90A 2YW4A 5D33A 1MEWA 1O94A 1QR7A 3T40A 4W9TA 1G69A 1K03A 2CFFA 3JR2A 3IVSA 4FHAA 4KFOA 3L0GA 4MY9A 2YPIA 5HNRA 4O0ZA 3WJYA 3C6CA 3YPIA 5FEXA 3S5YA 3GNNA 3W2KA 4IMGA 1XUUA 1X1OA 4UFJA 4WUIA 3TK7A 3L5LA 1TYGA 3TROA 3P5YA 3LHUA 3B0PA 2YFOA 4GUIA 3W2NA 1JQVA 3LXAA 3W3OA 3TW6A 1QPNA 3LLDA 3LCLA 1I8JA 4DPPA 3R12A 4N6FA 3TQKA 1M6JA 4IXXA 3B03A 1OFQA 5T26A 4U28A 1R2TA 4AVFA 4DEFA 1FUYA 1LORA 3O6DA 1TREA 4DF0A 1LDCA 2NX1A 5CGQA 1K8YA 4DQWA 4Y96A 4P61A 1P1XA 3NQEA 2TSYA 3TC6A 4YL2A 5G1YA 3HGRA 4A2RA 3VNDA 4AMAA 4BK9A 5BMXA 4LWWA 3EX1A 4FF7A 1H7NA 4UMAA 3TJXA 3W07A 2ZZ6A 3TNOA 4OE7A 4K7VA 3FFSA 2ZDRA 2R94A 1UUOA 3NM3A 2I9EA 4ALDA 4M7SA 1G4SA 3L65A 3SZ8A 5LNVA 1OHLA 1W5PA 2QCLA 5HJLA 3VI2A 3W9ZA 4S2CA 1YADA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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