1LOL | Genus

Total Genus 74

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	74
sequence length	212
structure length	204
Chain Sequence	VMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIADFKVADIPETNEKICRATFKAGADAIIVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMSHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSTRPERLSRLREIIGQDSFLISPGGETLRFADAIIVGRSIYLADNPAAAAAGIIESI

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Crystal structures of inhibitor complexes reveal an alternate binding mode in orotidine-5'-monophosphate decarboxylase. pubmed doi rcsb
molecule keywords	orotidine 5'-monophosphate decarboxylase
molecule tags	Lyase
source organism	Methanothermobacter thermautotrophicus str. delta h
total genus	74
structure length	204
sequence length	212
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date	2002-05-06

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00215	OMPdecase	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	1lolA00

3RLVA 4JTGA 4NQ1A 4HT3A 1TV7A 4JS3A 4Z1BA 4O1AA 2HS6A 4LY8A 3F1QA 3W71A 1LZOA 1EIXA 3G3MA 1VGAA 3W2KA 1Z44A 2CLLA 4GUGA 2GVGA 1OF8A 1PHWA 2B7PA 4UTTA 1YPFA 4QJ1A 3P81A 1KBIA 2YSWA 1OX6A 3C2EA 3WJWA 1R30A 4P61A 3LB0A 4MFDA 4ZQRA 4UTWC 1SO6A 4ADUA 5I3KA 4AH7A 2BTMA 4NJHA 3KVLA 2NXIA 1BWLA 2G95A 2CLIA 1R46A 4FX6M 1T0OA 5I3JA 3O16A 1LDCA 2OZ0A 3CEUA 2ATMA 3N73A 5EYWA 1KTCA 1RR2A 2FPTA 3LRLA 2CLFA 4N02A 3W2NA 3M44A 4KFOA 1NF7A 3L65A 3EKZA 4GBUA 1DV7A 2Q3OA 3ABQA 1V7YA 2ZRVA 1S5VA 4OV9A 3NQ7A 3NG3A 5F4XA 1TPVA 4WJEA 3SGZA 1HFBA 1H7WA 5TBOA 3QF0A 5DY3A 4DPQA 2C0AA 2HMCA 5AHIA 4LVBA 2NWRA 3GAKA 5GVJA 5LHEA 4ZQCA 1T8XA 4HNTA 2GJNA 4DBDA 4IXHA 1I2OA 2QUUA 2PRHA 3N3MA 5DCDA 4X3ZA 1N8FA 1NSJA 3U6WA 2FB2A 1IIHA 4NJGA 2CLOA 6ALDA 3L0GA 1TTIA 4KKXA 1R47A 2Z0IA 1T99A 4NZFA 1O5XA 3STCA 1QMLA 4BI6A 4NX5A 4IXXA 2JGYA 3VCRA 2V30A 3M9YA 4LWWA 1CX9A 1JCXA 1FX6A 1QOQA 3CHVA 2C6QA 2YR1A 5HR7A 1DL3A 5HWNA 3OEXA 3L66A 2O7SA 3TU9A 3E12A 3HG5A 3MI2A 5HUOA 1OK4A 2HS8A 1MO0A 3FEMA 3GXPA 4JTSA 4TO8A 5D05A 4FX8A 4WXZA 3QRHA 3WK3A 5CZTA 4NT0A 4M7SA 2ZA1A 1X7FA 4S2BA 2DZWA 4IWWA 1UBSA 1U5JA 2X2GA 3PG9A 4O8RA 1SO3A 2YYUA 5G2WA 1OX5A 3TC6A 3FA5A 1B57A 2Y6ZA 3M5VA 2CZ5A 3UWVA 3QPYA 3UNDA 4X9SA 2V8ZA 3C4UA 1QNVA 3DFTA 3DKLA 3TC7A 4UR8A 1F76A 3N2XA 3PUOA 3LDVA 5TQLA 3N2MA 3A22A 5LGXA 3HBLA 1LBMA 3GVGA 3NQDA 1ICQA 3W7LA 2FPVA 3P5YA 1UCWA 3B03A 3RMJA 2TSYA 2HSAA 3NL2A 4H4IA 1ZENA 1JJKA 4ZQNA 1WDWA 2QJIA 1RVGA 4UTJA 5TIMA 3TQKA 2X1RA 1LM1A 3LM7A 4JGDA 2J9YA 5ABTA 2VFIA 1OFBA 3NA8A 3N9RA 1KFLA 4AEOA 3S6DA 4AWUA 3GDKA 1XKYA 4XZ9A 3RNDA 3SECA 3PB0A 1G67A 1PS9A 1D3GA 5CPNA 3QEZA 2GVJA 4LW7A 3EWXA 2RHGA 3D0CA 2CZEA 3VE9A 1HTIA 4JNMA 1TRIA 4WX2A 2ZTJA 3LTYA 4GUFA 5K7JA 5D09A 3TW7A 3NQ6A 3BW3A 5H2ZA 3LV5A 1CW2A 4ZVJA 5CSRA 5DXXA 4JEQA 2J6XA 1H60A 4WZHA 3BPWA 3B06A 3H54A 3GZ3A 2JKEA 5LNWA 1TCDA 4O15A 3RLUA 3UPWA 1ZY9A 1YLVA 2E6YA 1XXXA 2H8XA 3NQMA 3RK8A 3B8DA 2EHHA 3BLIA 4O19A 1ADOA 1IXQA 1OYBA 1OJXA 1GT8A 3W70A 3UXDA 4QM1A 2JKPA 5HR6A 2QCMA 2TMDA 4R53A 1H7NA 1PVNA 3GKFA 1UASA 3ABSA 5EA9A 3T4CA 3W1RA 1WOAA 4IX0A 3ZWTA 5U7SA 3EB2A 1H7RA 3G0UA 3HGRA 3P82A 3MI3A 3ANYA 3SJ3A 4PL1A 4GUIA 2C15A 1W3NA 4O10A 2DZXA 3PF3A 1CI1A 2C3ZA 2QDGA 4IQLA 4B5NA 2WOQA 1L9WA 3G1XA 4XQ6A 4O4VA 1GPWA 3NQVA 4LS1A 4CCDA 4GWEA 3EWUA 3UY7A 3TNOA 4OGZA 2X1UA 4MZ8A 3QPZA 1H62A 1SO4A 4BK9A 4UFJA 2QAPA 4WOZA 1W5NA 4FNPA 1KTBA 1GG1A 4JX4A 5E1QA 1EEPA 4HSOA 4QNEA 3PVFA 1ML1A 3C2FA 2Y85A 2A4AA 1TRDA 2AQWA 4FIQA 1F6PA 2AAMA 2FFCA 2OT0A 3LERA 1PHQA 4MZ1A 1RZMA 3IRDA 4WOQA 3B0VC 5IM51 2C16A 3M16A 1M6JA 2VEPA 4N9EA 1YXCA 1G7UA 3C61A 3P60A 1TV8A 2VFEA 3P61A 1SFJA 2B4GA 3W1UA 1XBVA 4Y9AA 3QSRA 4AHPA 1U83A 2YFOA 3HJZA 3TQ0A 4DPPA 4MLJA 4IMEA 2ZZ1A 3W23A 3LHYA 1SZEA 3FS2A 1W0MA 2EPHA 1JQVA 4FNSA 2NUYA 3PY2A 3DFSA 1OVDA 4MYXA 1QPOA 5CG7A 3EEGA 1Q3NA 4UTLA 4TX9A 1Z42A 3PM6A 5KITA 3TCEA 1DVJA 3G8RA 1G6CA 1TREA 2H6RA 1AW5A 2NV1A 2Q8LA 1GVOA 5G1YA 1H1YA 2QCCA 2WNQA 1K7XA 3W7PA 3UPBA 4QAIA 3ABOA 1WQ5A 4ORMA 3PULA 4BWLA 4QNWA 2WSRA 5D2VA 4LVGA 4JTFA 1VCGA 3R12A 5A5WA 5DLCA 1KV8A 1KM2A 1LBFA 1VZWA 1O60A 3S0CA 4K8EA 2YW4A 4UC5A 1BKSA 1GVSA 3PB2A 5K4XA 3TDFA 3CEPA 4IMCA 4LV9A 2ZRXA 3BARA 4A3UA 1I2RA 2QCGA 1A5AA 4O53A 1AW2A 1R2SA 4JYFA 1A5BA 3N14A 1WA3A 2E6FA 5KZDA 4LU0A 1SZFA 1HO4A 5AC6A 3SZ8A 3O6CA 5H91A 3FFSA 3EXSA 3EX1A 4ADSA 2H3DA 1OFOA 5AYYA 4GRSA 3PR2A 3W1AA 2ZA2A 2VFDA 2C19A 1TMHA 2ZRYA 2ZZ5A 3NNTA 4Y8FA 1Z48A 4OT7A 1BTMA 4WUIA 2QCNA 5FF0A 4NJKA 3R8RA 1ZHAA 3I7SA 3PBYA 3ZWSA 1B4EA 1EP3A 2X16A 1P5BA 1MZHA 4PFMA 3LV6A 2E1DA 2WJZA 4UXDA 1G4PA 2X1SA 1TTJA 1RQBA 1RPXA 1YYAA 3TMLA 1EPXA 5AHFA 2YGYA 5F1VA 1H7OA 4WY0B 1J2WA 2CLHA 3NM1A 3C2OA 1A50A 1NAL1 1VRDA 4RX0A 4N6EA 3PSWA 1PCKA 4WY0A 1KV5A 3CTLA 4BFAA 3RU6A 4K7YA 1EWDA 2EF9A 2P0OA 3THQA 4LVAA 1TJRA 3HO8A 3LOTA 1I45A 1TQJA 3CWNA 3LTSA 5KZEA 1KM1A 3KVJA 2QJHA 3EWBX 2V5BA 3UWZA 1W54A 4RCXA 1YTEA 4MLRA 4UMBA 1K02A 1L6WA 3QMSA 1R2TA 2DP3A 1YPIA 1QO5A 3NPXA 1W5QA 4JN6A 3NR0A 3KX6A 3USBA 2W0UA 3EWWA 3QH2A 4UCGA 3QMRA 2PURA 3G1HA 4IGHA 4JTTA 1DJNA 5J5DA 5DCEA 1L2UA 2RDWA 3HPSA 3T55A 1XI3A 3E02A 1K8YA 4Q33A 3BVJA 2BX7A 2A7PA 1FBAA 2JKAA 1XDLA 1LCOA 1Q6OA 1WBJA 3IVUA 4FNQA 4MYAA 1SSGA 3S5OA 3GAYA 3L2IA 3W7RA 3P67A 4NJIA 4QISA 5CPOA 2E77A 4YMZA 2ABBA 5AHLA 3NAVA 4TR9A 1OF6A 3LLFA 3WJYA 1NEYA 1EA0A 2H90A 3TAOA 3Q94A 5FESA 4RKAA 4IPIA 5LZLA 4ADTA 5J5RA 3MBFA 3NEVA 3W1XA 5IBXA 5D37A 1W37A 4NXSA 2QDHA 2WSYA 3V1PA 2ZA3A 2WV8A 2Z1BA 3LCGA 4AHQA 2QKFA 3EXTA 3KHJA 2E5BA 2GUUA 2A2IA 1O4UA 4Z08A 4KFPA 3UWWA 1ZNNA 3MWAA 4JTHA 4O18A 1I8JA 3G3DA 5AYZA 2FLIA 3LLDA 3DENA 3W7DA 1P4CA 3INPA 3KVMA 1FY6A 3TJLA 4OWGA 3P8JA 3G24A 3BGGA 3U8GA 2VEMA 3P5ZA 2GQ9A 1YDNA 1TSIA 5D2YA 3EWZA 1QO2A 3OVPA 1YDOA 2GPTA 3A5FA 3BG9A 2OMAA 3B04A 4LRTA 4ORIA 3C2RA 1ZFJA 4O54A 1HL2A 3FJ6A 2CFFA 4L4LA 1IXOA 4M6PA 3G8EA 3WFAA 4A2RA 4Z1AA 2ZZ6A 3C52A 2ISVA 1W3TA 4JXCA 2YW3A 1UJPA 2ISSA 3O6YX 4E2BA 1ONRA 1RQEA 2V0TA 1NF0A 4W9TA 3LHUA 3EX2A 4M7TA 1F05A 2C13A 4M6QA 1GJPA 3LX9A 5CKSA 5L9FA 1MEHA 3AJXA 4PTNA 4R33A 1QR7A 3GIYA 4UMAA 2ZBTA 3KRUA 2C18A 3MP5A 4FF7A 2Z6IA 3W1TA 3CB8A 1K03A 3O8AA 3W7QA 3NDOA 2NWSA 2J9ZA 1TPH1 3GLCA 4Y6GA 3VNDA 1TPDA 4K37A 3A9IA 1VLWA 5DCBA 2YYTA 2LLEA 3AO0A 3L5MA 3W2UA 3STFA 3T40A 3QMTA 5AB3A 4WY0F 5CGQA 3OBKA 4QQ3A 3HG2A 4DF2A 1LROA 2NV2A 4NUWA 2A85A 3TKFA 4DQWA 1JCYA 4NJJA 3QYQA 4LC6A 3G0XA 1XUUA 4YCPA 2QAFA 4U28A 3I7RA 5G4WA 3W2JA 3GK0A 3DFPA 5G2HA 4DELA 1OX4B 2ZZ4A 5D02A 1VYRA 5I3FA 2G96A 1GTHA 2Y61A 3NPUA 1HO1A 2BLEA 2QCLA 1G4SA 3ELFA 2G97A 5D04C 3LHZA 4HSNA 3IVTA 2ATSA 1ME9A 2Y7DA 5F2GA 3UWYA 3OIXA 1ZAHA 1JRBA 3LCHA 3E9AA 3E96A 1LLZA 1WYIA 4LVFA 2JBMA 2ZTKA 2A21A 1GWJA 3TH6A 1YTKA 4JTIA 2X1TA 4UTTC 3LHWA 4O4WA 4HKPA 2DJXA 5KTLA 5A8GA 1FWRA 5DN1A 2GVLA 3NM3A 1AW1A 3ATYA 2FPYA 3TMQA 1MXSA 4P2VA 3MW7A 3Q58A 1KFKA 2EAWA 3K30A 4O1BA 1VLIA 3IGXA 3GDTA 3LGEA 1MSSA 2I1OA 3W72A 1TJPA 4O1CA 2V2CA 4IMDA 1OK6A 1L6SA 3IIPA 3MHGA 2C14A 2PC4A 4S2CA 2ABAA 4O17A 2W79A 4C1LA 2DZUA 3IIOA 3IIZA 1H63A 1OFDA 3NZ1A 5HJLA 2VFGA 1LORA 5HUPA 1B3OA 1LBLA 1Z41A 1GZGA 3LHVA 1JCLA 4JX6A 4OE7A 3NPVA 2Z2UA 3JR2A 2NXGA 4ICNA 1AL8A 4TMCA 3HG3A 5HWJA 3B05A 1RD5A 3TA6A 3QSTA 4O16A 1X6UA 1M7PA 3PSVA 1W3IA 2QEZA 3HQ1A 5FEXA 4AMAA 4HPJA 4EOUA 4CCCA 1TV5A 4ZZ9A 3W7JA 3W74A 1YTDA 3QQ0A 1H61A 1AL7A 4PL2A 1FDJA 4BI7A 5K9CA 3N19B 3S1VA 1PL9A 3TE9A 5FEPA 3PAJA 4UTIA 5FEWA 1EX5A 1ZALA 5LHFA 3E49A 4LTSA 1SW7A 3KFTA 4O50A 3W7CA 4POCA 3S5ZA 1QCWA 5HULA 4ZQMA 5DY2A 3QJAA 2E09A 1KTNA 1IXNA 3HPXA 3BV4A 3MJYA 2ZRUA 5D03A 1JCJA 2A5HA 3M7WA 4O0ZA 3R13A 3LXCA 3NVTA 1VR6A 1ZAJA 4K36A 4JDYA 1YXDA 3YPIA 1FCUA 2A1YA 2QUTA 5D2TA 3P62A 4LT9A 1WV2A 5FF2A 4RLIA 1IF2A 1FCQA 2E6AA 3T7VA 1J4EA 4UTUA 5C2XA 1NVMA 1QPQA 2PCQA 4D2JA 1GVQA 2WPBA 1H7XA 3OA3A 5LSMA 4WQ6A 3W1NA 2HTMA 2NLIA 4DO4A 4BF9A 4AAJA 3A5VA 3IIVA 2CLEA 4UR7A 3G1VA 3W7HA 1H1ZA 3KXQA 4ZQPA 3A23A 3FLUA 1TPEA 1GQNA 5AHEA 3T44A 4AF0B 1EWEA 1THFD 3W7OA 4K8HA 2Y88A 2CLKA 5C54A 2B0MA 5K9DA 4UFMA 1J5TA 1VS1A 1DKWA 3DFNA 4UNKA 4PA8A 4AF0A 3PUEA 3W1LA 1TPUA 4PODA 4RR4A 3GXTA 3M6YA 1SUXA 3CIWA 4CQ8A 1N55A 1SW3A 1RV8A 1XM3A 1I4NA 4UFLA 1S5WA 1FXQA 3G1DA 5AHNA 4I7VA 3BGJA 3TSBA 3DGRA 1WOBA 2PRLA 1OHLA 3HF3A 1OFQA 3R89A 1VH7A 4N2YA 3MP4A 1PV8A 3PUDA 4GXMA 5F2MA 4IMFA 5G4EA 3CT7A 5KSWA 1XBYA 5BNKA 3M1ZA 3GR7A 4RZ4A 3G1YA 5EY5A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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