1LOQA

Crystal structure of orotidine monophosphate decarboxylase complexed with product ump
Total Genus 81
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
81
sequence length
209
structure length
208
Chain Sequence
RLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGRIIADFKVADIPETNEKICRATFKAGADAIIVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMSHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSTRPERLSRLREIIGQDSFLISPGVGAQGGDPGETLRFADAIIVGRSIYLADNPAAAAAGIIESI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structures of inhibitor complexes reveal an alternate binding mode in orotidine-5'-monophosphate decarboxylase.
pubmed doi rcsb
molecule tags Lyase
source organism Archaea
molecule keywords orotidine 5'-monophosphate decarboxylase
total genus 81
structure length 208
sequence length 209
ec nomenclature ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date 2002-05-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1loqA00
2ZA2A 3EXRA 3G1AA 1YXDA 3WJSA 3G1SA 1JUKA 3CTLA 2PURA 1P0NA 4FNSA 2WV8A 3MMTA 2G97A 3PB2A 2C18A 1TO3A 1VPXA 2NXGA 4HT3A 4Y9AA 4QJ1A 1G4TA 2ZTJA 1CI1A 1OJXA 1FWTA 1ONRA 2VC6A 3BLFA 4RZ6A 4FO4A 2A7PA 2FB2A 3EKZA 4GRSA 4EWND 1SO6A 4FX7A 3TE9A 3MI6A 4NNAA 1FBAA 5DN1A 1XBYA 3TXZA 3C2FA 5C2XA 4TR9A 3WJZA 1JCMP 1VCVA 3INPA 4WD0A 1F5ZA 3NM3A 4XBSA 3HMJG 2C0AA 1YXCA 3HQ1A 4KFOA 2QCCA 3G8EA 4FNUA 3LCLA 3UXAA 4UFLA 1X7FA 2ZZ4A 2XFWA 4RR4A 1NFBA 3JS3A 4AVFA 3OIXA 1A53A 1T99A 4DPPA 4Z1BA 3NR0A 3STGA 3DKJA 3ZR4A 1U5JA 3TJLA 1TQJA 3QW4B 3A21A 3G1FA 3S42A 4G1KA 4HPXA 4X3ZA 1OF8A 3OVPA 2A4AA 1NSJA 4ZQPA 2TPSA 3PWAA 3O8AA 2H8ZA 4HSOA 4KFPA 3KAOA 4RK8A 5K3VA 1R2TA 1JCLA 3QJAA 2CWNA 3N34A 3QRHA 3UD6A 3G1HA 3QSTA 4GUFA 1W5MA 1EIXA 3UWZA 3H54A 1KLZA 1ZALA 1GEQA 3F03K 1K8YA 1Y0EA 5I3JA 4CCDA 2QCMA 3NQ6A 2TSYA 3K30A 3N19B 1VHCA 4WY0F 2X1TA 1AL8A 2QF7A 5AYZA 2J9ZA 4I7UA 1KW1A 4M7SA 1OVDA 2GQAA 2J6XA 2H90A 3G3MA 4TMCA 4FNRA 1THFD 3TAKA 1B4KA 1OYCA 3T44A 2OZ0A 1LOQA 4MVAA 2ZQ0A 4EF8A 1WDWA 3GXTA 4LRSA 1EUAA 4JTJA 3LLDA 2FFCA 4JD4A 3PAJA 3N14A 4NX5A 3VNDA 1EWDA 1HUVA 5CKSA 3P82A 3UWVA 1C9DA 2QCFA 5G2HA 1KFKA 4PFMA 4Z1CA 4RLIA 1PHWA 5GVJA 1GVRA 5D38A 4Y96A 5HWNA 3OHIA 1WXJA 2NLIA 4QQ3A 1YTKA 3VFLA 4QNEA 4MLRA 4MJMA 2X1RA 1X1ZA 1SFLA 4JY9A 1Z42A 2QDGA 4RZ4A 3HG5A 1DKWA 3QQ0A 5CZJA 5SWUA 4M6VA 4O12A 1TTPA 2NX3A 3IRDA 3QPZA 3B0PA 4UTLA 1ZFJA 5H91A 3KVKA 3BG9A 2QUUA 3LBMA 4M7TA 1O60A 2WNNA 4N6FA 3STFA 4LVFA 5KZEA 4M19A 1IXNA 3NQCA 1SO3A 3TC7A 3HGSA 1SW0A 3PBVA 3L0KA 4BF9A 4JIQA 3FFSA 3IVSA 4A3UA 1K8XA 3MBFA 2V81A 3WJYA 1Z44A 4XZ9A 1TV5A 1QO5A 5HNRA 3W7KA 4UNKA 3LTPA 4M6QA 2VEKA 1RVGA 3N2MA 1RZMA 2V30A 2E5DA 5D03A 1LROA 3BGJA 4MZYA 5KZDA 5EKYA 2Z6JA 3O06A 1RPXA 3TQKA 1ADOA 3DGRA 2C13A 1PV8A 3O63A 1DQXA 3QSRA 1XUZA 2NZLA 3LDVA 1LBMA 3E9AA 4KWVA 4HNTA 3W85A 3IGSA 5E93A 3M44A 1PCWA 1K03A 2QAFA 3DI0A 4FXRA 3R12A 2E68A 3TXVA 4O15A 5F4SA 3TROA 5I3GA 5BMXA 4CQAA 3HGOA 1FY6A 4N02A 4LS2A 1DBTA 2HTMA 4QNWA 3BK0A 1AW2A 4O1CA 3OA3A 3BPWA 2Y7FA 4RV8A 1JRCA 3NA8A 4C1LA 3G24A 3GVGA 2XN0A 1JJKA 1SUXA 2FQIA 1D3HA 1TPDA 1W54A 1L6WA 3FYOA 2ABBA 1OFBA 4QSHA 4DO5A 1MEIA 3F1QA 3F4WA 4FNTA 2NUXA 3LRKA 1FDZA 3L21A 7TIMA 1W56A 2CLMA 4KFNA 1W31A 2CW6A 4GWEA 3W7RA 1Q6QA 5CPLA 1QOQA 3AJXA 3BLEA 3W1XA 5K2ZA 1ICPA 2F7FA 5DXXA 4JTEA 4RKAA 1IXPA 3A22A 1SSGA 5EBUA 3NZRA 3RU6A 5CSSA 3C4UA 4N9CA 4Q33A 1XC4A 3DFPA 1FCQA 2JKEA 3W7LA 2QUTA 3NG3A 3MO7A 3SZ8A 3W1NA 1YPIA 1PCKA 3GDTA 3QF0A 4LV4A 1VLWA 4DPQA 2VEMA 4YWIA 2FDSA 1JVNA 3NAVA 4O4WA 2R91A 4WXZA 1H7PA 2DP3A 1SQ7A 2I14A 3LV5A 2I9EA 3R13A 2OJPA 1G4EA 1K7XA 5FF0A 4PL2A 4MFEA 3NQGA 4IXXA 1OX5A 3DKLA 1TJRA 1PHQA 2RH9A 1P0KA 1P1XA 2ZYFA 3E96A 2ALDA 1NEYA 3DFNA 4XKYB 4AHPA 1L9WA 4HKPA 2ZTKA 1KLYA 3P84A 4KKXA 3EX3A 3UZ5A 1HG3A 4Z1AA 4AHOA 3NQMA 3T7VA 2BWGA 5TQLA 1LBFA 3CEUA 3P74A 4XBKA 4Y6GA 1OFPA 4GXMA 4Q32A 3UPBA 2W79A 2J24A 3FS2A 2V5LA 3CM4A 1H5YA 5FF4A 1TJPA 1YLVA 1LCOA 1DORA 3W7IA 5FEWA 4RX0A 5K9CA 3PG8A 3GXPA 5CPMA 5AYXA 4LWWA 4AF0B 2GVLA 4N6EA 4JN6A 1H7NA 1SW3A 3MHFA 4O0ZA 5DY3A 2FPTA 2ZDRA 1SPQA 3IIXA 1X6UA 4IMEA 1TQXA 3ABSA 2Y88A 4UTKA 4MYXA 1Z48A 3W1RA 3G8RA 1QPRA 3I7QA 3NL5A 4JTHA 3LRLA 2JK2A 3RLVA 3S5OA 1OK4A 3LHYA 1H7XA 3GDKA 4EIVA 4UUIA 1Q6RA 3MP5A 4OQVA 1NAL1 2A85A 1TMHA 3CQ0A 3B03A 1ME9A 1MSSA 4E2DA 2R14A 1J4EA 2C6QA 1S5WA 5G1TA 3N2XA 4IMGA 3UNDA 1DQWA 4NZFA 3G18A 1UUMA 2E77A 1GTHA 2ISWA 2E5BA 3NPUA 3E49A 1QNVA 2NV1A 1GYNA 1G7UA 3CEPA 3LCXA 1QPNA 3G1XA 1EEPA 2Y63A 4AWUA 1BWLA 1AW1A 1GG0A 4B5NA 1BTMA 3ZS4A 1FXQA 3OBKA 3LCHA 4O14A 5LNSA 3NDOA 4JGDA 3KRSA 4EOUA 4WZHA 2TMDA 2DZSA 2CFFA 4DF1A 5IBXC 2H3DA 2JBMA 2C1HA 5AHNA 2A6NA 3NOEA 4R7JA 3S5NA 2QCHA 1WBJA 1RD5A 2PRHA 1XDLA 3LCWA 4E0CA 4FHAA 1KM5A 3QFEA 2ZZ6A 4UMAA 4Z0SA 1H50A 3G0SA 2Y7DA 3I7RA 3GNNA 3CPRA 3TUUA 4E2BA 3LHWA 1RR2A 4NUWA 3IGXA 4IQLA 1KTBA 1SSDA 5HINA 1JCXA 1DOSA 1UJPA 3USBA 5TIMA 1JCNA 1ZAJA 1YDNA 3NL3A 1TPC1 3D0CA 4N9EA 1W3TA 3DHFA 4CCCA 3W1AA 2DZVA 4FIQA 2Y6ZA 1N55A 5FEZA 3G1YA 1VQTA 4OU1A 1ZNNA 1TREA 1F7BA 2V2DA 3M5YA 4NNCA 3W86A 3ATZA 1G4SA 4BI5A 4UTWA 1J5TA 5EPDA 3P5YA 1FWWA 1MEHA 4QISA 2FB3A 2E6FA 1WBHA 1VHNA 4TMBA 5AHEA 3W1LA 1DL3A 3PSVA 2Z2UA 1LDCA 3E12A 3EX2A 2WO5A 4R33A 2Q3RA 2OT0A 5BOOA 4BI6A 2EKCA 1NF0A 3C0JA 4IWWA 3W76A 4UTJA 2YYUA 1IXOA 4MY1A 8TIMA 5F2MA 3FYPA 5C54A 3GYEA 4P61A 3W2UA 1OF6A 4I9AA 3WK3A 4YCOA 4CNOA 4R34A 1G4PA 3TQ0A 5A8GA 2WSQA 3RF9A 5F2LA 5D2XA 3ABQA 3SJ3A 4AF0A 3PBWA 1VC4A 1Q6LA 2P1FA 1FCBA 3W2LA 2JGYA 3TU9A 1XBVA 3DFQA 5AHMA 1P5BA 2HMCA 3R5EA 3WJWA 1W3NA 1V7YA 5D2VA 1FWSA 3BG3A 3QM3A 5AC6A 3B8DA 3GXNA 3PUOA 4JDBA 2A6LA 2NX9A 1M7OA 2QJGA 2ZZ3A 3H55A 4CCEA 4IMCA 5KINA 2V82A 4LVDA 5G1YA 1EP1A 2YGYA 3NQ2A 5FEPA 4LS0A 1OFDA 3C2OA 3QW3A 2NWRA 2JKAA 3HPZA 3A5VA 2EF9A 4HHPA 4AMAA 1GT8A 3PVFA 1H7OA 3LX9A 1LM1A 2B4GA 2PCQA 3DXIA 1NVMA 4N9DA 1NF7A 3W1QA 3TKFA 5KSWA 2V2CA 4BWLA 3CU2A 3WK2A 3B4UA 2B7QA 2YYTA 1K02A 2ZCGA 1B3OA 3L67A 4LC8A 5DBTA 3UWQA 4UTHA 3C61A 4OT7A 3EKLA 3S8HA 2TRSA 4LU0A 1KV8A 1OFOA 1FQ0A 1TTIA 2UV8G 3Q37A 4U28A 3G3DA 3GZ3A 3TK7A 3GKFA 3L66A 4NJHA 1TRIA 5DBUA 3TW6A 3PBUA 4ZQOA 1VYPX 4JIPA 3MBDA 2QAPA 3NPXA 2OCZA 4OGZA 2NV2A 1KM6A 1ALDA 3IGUA 3OEXA 1OYAA 4DQWA 3MHGA 3CIWA 1F74A 4O18A 1RQBA 4NXKA 3W2KA 3S9YA 3PULA 2WQPA 4RXGA 4UFIA 4NNBA 5LZLA 2ATMA 1KM3A 1VCFA 4TIMA 3LBCA 1QFEA 5CGQA 1B4EA 3DFOA 3L5AA 3LI1A 4JXCA 1H1YA 3V1PA 1JCJA 1SO5A 2DJXA 3BLIA 3IV3A 2Z0IA 3FA5A 4QIUA 3ANYA 3A5FA 3BVJA 1VJIA 2LLEA 3WK0A 1BEUA 4LUIA 2QCNA 5FF7A 3PUEA 4ORIA 1EWEA 2WJZA 3KRZA 3QEZA 2EHHA 2FPVA 3ZWTA 1RQHA 2WSYA 3HF3A 3MJYA 2A5HA 4A29A 4HIBA 3SFKA 3LB0A 1GQNA 2EGZA 4XUGA 4YCPA 5MHBA 4E38A 5LHFA 4LT9A 3N9RA 3M1ZA 3BARA 2AGKA 2HS8A 3KHJA 1VZWA 1KM1A 1X1OA 1HO4A 5E1QA 2QCLA 2CU0A 4H4IA 4TU1A 4IGHA 5EA9A 4W9TA 3RK8A 5D05A 2GJNA 1FX6A 3M16A 5BMWA 1X8FA 3WJXA 1W5OA 2VEPA 1LRQA 3IIPA 3JRKA 1GOXA 3WFAA 1LYXA 5CPOA 3SW6A 1Q45A 3LI0A 3CC1A 5FEXA 5D32A 3B0UX 1FUYA 5CSRA 3W73A 5FESA 1KBIA 3M6YA 3W07A 1I2NA 3M43A 4Y8FA 3LCIA 3G0UA 4PODA 3RLUA 3MYPA 3HJZA 3DENA 1O94A 4FB7A 3HGRA 4PCFA 3PY2A 2GOUA 3C6CA 2YZRA 2A7NA 2OMAA 1KFEA 3A24A 1R46A 3VI2A 3W70A 1S5VA 3TMLA 1TYGA 4RZ5A 4NQ1A 1IF2A 2ZA3A 5AC7A 5K4ZA 1PIIA 2Y85A 5DY2A 3LXAA 3SGZA 4JX5A 1A5BA 2RDTA 3C2EA 4HSNA 1XCFA 1EB3A 1OFQA 3P7YA 3M5ZA 4MYAA 2QEZA 1W5QA 2BLEA 1W8SA 1SU5A 3W7JA 1OHLA 3M9YA 4AH7A 5KITA 2PRMA 1G69A 3EWWA 2GVJA 3W1TA 4JY8A 2YPIA 3I68A 1R2SA 1GTEA 3NPVA 4UFJA 3TX9A 3GIYA 3MWAA 4AAJA 1Q3NA 3DBPA 1GWJA 4I7VA 1AL7A 3W7GA 1W37A 3M41A 4GE8A 1UBSA 2Q8LA 3LHZA 4FEZA 3TCEA 4TO8A 1OYBA 3FLUA 4PTNA 4ZQMA 1EA0A 1MO0A 1XM3A 4ADTA 4IUOA 1I2RA 2YDAA 4OHQA 3T55A 2X2GA 1H7RA 4MZ8A 4NZJA 2VOMA 5DCEA 3LXCA 1TTQA 3W1PA 2E5CA 4NJKA 2XN2A 4MLJA 1R2RA 1F73A 2X1UA 4O28A 4BK9A 4JTGA 4N9BA 5E0KA 4QM1A 6ALDA 1WQ5A 3NL2A 4LVBA 1F76A 3M5XA 1WA3A 3IEBA 3NVTA 3CWOX 1BWKA 4LVAA 2V8ZA 5HJLA 1VR6A 3DU0A 5IM51 4UTMA 4MFDA 1CX9A 1O5XA 4O0KA 3U8GA 1DJQA 3NPWA 4R53A 4YMZA 1O95A 4MPQA 4UMCA 3HPXA 3CT7A 3HG2A 3CIXA 2Z1BA 4KWWA 1GVQA 2X1SA 3KFTA 5C6MA 4MOZA 1O5KA 3GB6A 2PRLA 4LW7A 5FF2A 5G2WA 3WK1A 1T8XA 4DEFA 1VYSX 3MP3A 5U4NA 3PG9A 1VCGA 2RFGA 4M5PA 2GQ8A 3PF3A 3RFAA 2A1YA 4ZMGA 4YL2A 1RQEA 2TYSA 3W9ZA 2QDHA 1L6SA 2VELA 2GJLA 4BR1A 3CHVA 4IX0A 3NQ7A 3TMQA 1VS1A 5LGXA 4UC5A 1OX6A 3QH2A 5LNVA 3GDMA 1DVJA 4EVZA 4AEOA 3W7EA 1JCYA 3P80A 1C29A 3B06A 2Y7EA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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