1LP6A

Crystal structure of orotidine monophosphate decarboxylase complexed with cmp
Total Genus 72
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
72
sequence length
213
structure length
204
Chain Sequence
MDVMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIADFKVADIPETNEKICRATFKAGADAIIVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMSHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSTRPERLSRLREIIGQDSFLISPGETLRFADAIIVGRSIYLADNPAAAAAGIIES
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structures of inhibitor complexes reveal an alternate binding mode in orotidine-5'-monophosphate decarboxylase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords orotidine monophosphate decarboxylase
molecule tags Lyase
source organism Archaea
total genus 72
structure length 204
sequence length 213
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date 2002-05-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1lp6A00
1GEQA 4HNUA 3DHDA 3BW3A 3B04A 4O0KA 4ZZ9A 3WFAA 4PTNA 2QUVA 2Y62A 3HQ1A 3NPVA 5D03A 3F1QA 1XL9A 4FF7A 4Y9AA 2J6XA 2QAPA 2YSWA 4LU0A 4MJMA 3GXNA 4OV4A 1VJIA 4GUHA 3F4NA 3S5YA 4OGZA 4M7TA 1LOLA 1AG1O 3IVSA 1GG0A 3W87A 3W74A 4MZ8A 5DY3A 4ZVJA 3VE7A 1TPC1 4NJKA 4LNYA 1H51A 4JTJA 2J9XA 3M0ZA 3NPUA 1JRBA 1I2OA 1QOPA 1R46A 3B8DA 1I4NA 3PUOA 1VLIA 1WAUA 4AHPA 4JIQA 3IVUA 3M41A 4EF8A 2Q8ZA 3ZR4A 1G69A 4IMEA 2I1OA 2Q8LA 3W2KA 2ZRZA 5C55A 4U28A 3NZ1A 2A5HA 5D2WA 1DL3A 4A2RA 1HUVA 1NFBA 4MYXA 4O4VA 1FWNA 2QCCA 4MOZA 4K38A 2EF9A 3F03K 4IGHA 1WOBA 3OVPA 3QQ1A 4AWTA 6TIMA 1EP1A 1P0NA 1YDNA 4JTLA 3NPXA 1VYRA 1DJNA 1QWGA 2GJNA 3P8IA 1LRTA 5DCEA 3G1AA 4HNNA 1KM4A 3RMJA 3KVKA 2FB3A 1FCUA 3L21A 3TSDA 1LLZA 1QNVA 3KAOA 4DBEA 1KLYA 1PHQA 3OBKA 5K2ZA 3A24A 2ZRYA 2D73A 1VH7A 1Z48A 1IF2A 3I68A 1QOQA 3ZS4A 3B03A 3G3DA 5CZTA 4FNSA 2A6LA 3ABRA 3P61A 1OX5A 4Z0JA 3TW7A 3DI1A 4ICNA 3PBUA 5F2LA 4DO5A 1FXQA 1DOSA 3NPWA 1C8VA 5AYXA 3SJ3A 3NQEA 2FLIA 2DZPA 1TREA 5TQLA 1CW2A 1GOXA 3PUDA 2NX9A 3S5OA 4S2BA 1T0OA 1W8SA 2TSYA 4Q33A 3W1MA 1M5WA 3U8GA 3W76A 3DFQA 4N6FA 2CFFA 1LCOA 4MFDA 1VCGA 1UUOA 4Y8FA 1MZHA 1WDWA 4OBTA 1K8YA 1H7OA 1LTDA 1KFKA 2EKCA 4Z08A 4IUOA 3AJXA 3W7OA 2C19A 3H54A 3NZRA 4L4LA 4KKXA 4O17A 5J5RA 3VKJA 2QF7A 2FTPA 1LM1A 3NO5A 3DZ1A 3ATZA 2ZTKA 4N9DA 3LHUA 2Y7GA 1G67A 4HPXA 3DFTA 2NUWA 1DVJA 3DFNA 5TIMA 2V2CA 3C52A 2ZRUA 1O60A 1AW1A 3LHZA 3I7SA 5G1YA 2QCFA 3LHYA 2J88A 3TX9A 3U2OA 3L65A 1YTKA 3IGSA 4PL1A 5EKYA 1FDYA 3CC1A 2GUUA 2BLEA 5LHFA 5FF7A 3W7NA 1HL2A 3THQA 1O95A 1RV8A 2TYSA 3GLCA 4IXXA 3C2EA 2V5LA 4R53A 3TQ0A 2HS6A 4LTSA 5DXYA 2Y89A 3C56A 3NOEA 3LTYA 1YDOA 2JKPA 1F7BA 3DKJA 3LTSA 4CCDA 4JD4A 1KBIA 2KZHA 2Z1BA 3STCA 3D0CA 3VFLA 2G96A 4N4PA 5BMWA 1D9EA 1WQ5A 2OZ0A 3W7QA 1PV8A 1W3TA 4UMCA 3SIZA 3BW4A 3HG2A 1YDVA 4LVGA 1FDJA 2H3DA 1Q3NA 2ZZ1A 2B7OA 3WK0A 1A5AA 4WOQA 2PCQA 3TE9A 4HIBA 2RKXA 3G0UA 4UTTA 3PY2A 5KMYA 3O15A 3Q58A 1U5JA 1BKSA 1UJPA 5G2WA 3W22A 1H7RA 1VHNA 2RDWA 2CLEA 1RD5A 1GQNA 3OA3A 2GPTA 1ALDA 4UTMA 4JEQA 2VEMA 1KM5A 3SR7A 3SI9A 1GG1A 1TO3A 4Z1AA 3FJLA 4O52A 4AEOA 2YX0A 4HSNA 2VOMA 3TJLA 2GOUA 1TQJA 5K9CA 5EL1A 3PG8A 4KWWA 1BWLA 3JS3A 2WKJA 4RCXA 1LBFA 1MEHA 3ZFHA 4N9EA 3S5NA 1GVFA 5EA9A 1NSJA 1FX6A 1TTJA 4KFPA 4XTDA 3ABOA 3NXFA 1PCWA 4JTEA 1K8ZA 1N7KA 4IPJA 4BI6A 1OX4A 4NX0A 4S1FA 4ZQMA 3G1SA 2VC6A 4AF0A 5D30A 5AHFA 2QUTA 3EX1A 1W5OA 2CZDA 3S42A 1KFBA 4Y96A 2DP3A 1FDZA 3DFSA 3O6YX 3PB0A 3RLVA 3W7CA 3CHVA 4I7WA 3FEMA 5LKYA 4KFNA 2P1FA 4K6AA 1FBAA 5FESA 4BWLA 3FYOA 3IIPA 3BG3A 3LCIA 2F84A 3Q37A 2ALDA 2VKZG 3W6YA 1XBXA 3KRUA 5F4XA 3LTPA 2ZRXA 3L2IA 3GNDA 2BZNA 4JTHA 1ML1A 1H1ZA 4JIPA 5I3JA 5A5WA 3WJXA 1DQXA 4DO4A 3C2VA 4XUGA 3EX4A 1TSIA 1L6SA 2X16A 2EPHA 3CLMA 3L5AA 3OVRA 5FF4A 4PEKA 3STEA 4NNBA 2R94A 3G1XA 4Z1CA 1BWKA 3C2FA 4O13A 5A8GA 1TIMA 4N2YA 1G4SA 2JBMA 3BPWA 2E68A 2A1YA 1QAPA 3A9IA 1J5TA 1K8XA 2E77A 4YLWA 4JX4A 1OG0A 3A5FA 3W7DA 1WX0A 4BFAA 1LRQA 3EKZA 3KFTA 3NM1A 3SGUA 3W7JA 3BV4A 3LGEA 1PL9A 2CZEA 4O4WA 2ZTJA 4PL2A 1SO5A 4JYDA 4IPIA 5J5DA 4EVZA 2G5WA 2DJXA 4UTJA 3M7WA 3IIVA 3DHFA 3MBFA 3QJAA 3G22A 1G4TA 3V75A 4RV8A 3THAA 5G2HA 4GJ1A 3MW7A 2E6DA 5DCDA 3ATYA 1ME9A 2A6NA 3UXAA 3PS7A 3F4WA 3BLIA 3PAJA 2FDSA 3MP5A 3C0JA 3LHTA 4OU1A 1GVQA 4XKYB 5D33A 2A85A 3NQCA 4E38A 3W1PA 1L9WA 1LLWA 3UPBA 4N4QA 4K7VA 5D2XA 4NX5A 4AAJA 1HTIA 1SR9A 5FF3A 3MYPA 2NXGA 5AB3A 4LRSA 2A2IA 1AMKA 2PE4A 3NEVA 3NR0A 3W1XA 1H7PA 2RDTA 1TB3A 1ZALA 4FIRA 1I2PA 1H7NA 1VZWA 4BK9A 1FWWA 3W07A 4ZMGA 2CU0A 1TV8A 1XI3A 3S1VA 3M5YA 4AVFA 4NU7A 1O5KA 3OVQA 2HS8A 1RVGA 1DKWA 1SPQA 3TMLA 1VCFA 5LHEA 3QPZA 1FWTA 3W7GA 2ABBA 4W9TA 3TUUA 3N19B 3R5EA 1SO6A 4ORIA 1KFEA 1RQBA 2VEIA 2E6YA 2XN0A 2VXNA 3N9RA 1KM1A 2TPSA 1D3HA 2X1UA 3JRKA 1DORA 3QW3A 5CPNA 1I2RA 1KFLA 3H55A 4QITA 3W2NA 5DCBA 4O50A 3KXQA 3UPWA 1MSSA 1M7OA 4QSHA 1Z41A 1ZY9A 5F2MA 4NQ1A 4GUGA 3BG9A 4MUZA 5CZ0A 2QJGA 4S2CA 1H5YA 3EEGA 3LCGA 4HNTA 2ZQ0A 4BI5A 2OT0A 1TMHA 2WNQA 4O1CA 2CZFA 3ZWTA 3R2GA 4OV9A 2V5BA 2WO5A 4PCFA 1LROA 2JKAA 2QUUA 3NNTA 5KZMA 2E5BA 1WA3A 2Y85A 3KRSA 4Z1DA 4WJEA 1A53A 4JNMA 4X9SA 1W3NA 3E0IA 5AN7A 4TU1A 4XWUA 3W7IA 1L2UA 1FY6A 2DJLA 1Z42A 2EGZA 2Y63A 2DZVA 1QMLA 3B0VC 2FPTA 1H7XA 4OQVA 4IOTA 4XBSA 1W0MA 5BW6A 2CLFA 2PRMA 1LZOA 1N8FA 3LXAA 4UCGA 4WY0F 5HMSA 1A5SA 4E2BA 1VCVA 4UC5A 1QO5A 2FQIA 5I3FA 1OFAA 2ATMA 3KVJA 1PIIA 4AWSA 3TAKA 2PRLA 3IV3A 3N14A 3UWYA 4FIQA 3T40A 4ADSA 5L9FA 3LHWA 3WK3A 5HINA 2YZRA 1LBMA 1JCXA 2A0NA 4HKPA 1G4EA 3FLUA 1SO3A 3MUXA 4K7YA 5D02A 5TBOA 2DU2A 2XN2A 4OHQA 1Q45A 3S8HA 3BGJA 4JX6A 5F4WA 4H3DA 3W72A 2ATSA 1R2RA 1TPEA 2W79A 1UCWA 1SW0A 3I7RA 3G3MA 4MLRA 3HGOA 1KM0A 4YWIA 3TJXA 3K30A 2BSLA 3LM7A 1G4PA 5CKSA 1T96A 3TH6A 4LVBA 3PG9A 1H63A 2Z0IA 3GYEA 5HUPA 3IEBA 3MMTA 2AAMA 2Y88A 2VFGA 1R47A 3B05A 3QQ0A 5K3VA 3G8RA 1I8JA 3H53A 1VPXA 1IGSA 1OK4A 2Q3RA 1NF0A 5KITA 3TR2A 1XC4A 3I7QA 4MLJA 3FFSA 3A22A 3QFEA 1JCYA 3N73A 5CZJA 1AK5A 2GQ8A 4RXFA 3W86A 2RDUA 2P10A 1K03A 1X8FA 3WK2A 3QMSA 2NZLA 3NQ2A 5DBTA 2A21A 3EXTA 1JCJA 1W1ZA 1YPIA 1YTEA 2E6AA 3E9AA 1UUMA 1AW2A 1SW7A 1GVRA 5EBUA 3RU6A 1CI1A 2ZZ5A 1A5BA 1EP2A 3W73A 1SZGA 3TAOA 4JYFA 1LYXA 1QPQA 1QPNA 3SFKA 2Q3OA 3I6RA 1H62A 1EUAA 3OG3A 4JTTA 5LNRA 3GB6A 2C6QA 2XFWA 4K36A 5AC6A 3A23A 1LRNA 3G1HA 2GQ9A 1ICPA 1C29A 1EIXA 3NGJA 4R33A 1EPXA 1LOSA 3QYQA 5HR7A 3QRHA 1F74A 4WY0A 1F73A 2GJLA 3HB9A 4WZHA 7TIMA 1T8XA 4XTIA 1CX9A 2CLIA 1AL7A 1KM6A 3G1DA 4RZ6A 3R8RA 3MP4A 5C6MA 3DFPA 1O4UA 3L67A 4FNRA 2CLOA 4RK8A 3E96A 3HOJA 5LNWA 3VE9A 4YCOA 2ISWA 2YDAA 1FWSA 2QCMA 1RZMA 1HFBA 1TQXA 1NAL1 3W75A 1PCKA 4DF1A 4NXKA 1ICSA 1NVMA 1EUNA 3BK0A 4O19A 3M5XA 3MP3A 4CQAA 3M47A 3W70A 2R14A 3PSWA 4E0CA 3SW6A 1HO4A 4O18A 4FX7A 2C14A 1SQ7A 1T99A 4O0ZA 4K37A 4ZQNA 4UNKA 3TQVA 4A22A 1FUYA 1PE1A 4MYAA 3LX9A 3TC6A 1PHWA 3T4CA 4J9JA 4E2DA 3HF3A 3NQDA 4UXDA 3QSTA 3UD6A 4CQ8A 2I14A 2B7PA 1NF7A 3KVLA 4FO4A 3LI0A 5AHMA 4UFHA 3QW4B 1OX6A 2NXHA 1SUXA 5MHBA 1VRDA 4PODA 5FF2A 3GDRA 5L6UA 4FNPA 3BLEA 4FXRA 1MEWA 1OFBA 1XUZA 3VCRA 5FI8A 3SSJA 3TCEA 3LBCA 1KM2A 2FPVA 2ZZ2A 5DELA 2B0MA 2QCGA 2VEKA 3BG5A 1SW3A 1B57A 1DV7A 1KBJA 2FJKA 2J9YA 4HPJA 4Y90A 4LS1A 3S1WA 3EWYA 3LI1A 2E09A 1XDLA 3M5VA 5LNSA 5IBXC 5FF0A 6ALDA 4O1DA 1ZJIA 4O54A 3KRZA 2JGYA 1H60A 4UTWC 4HT3A 3O6DA 4ALDA 5KZDA 2O7SA 2OMAA 1JQVA 3EX6A 1OABA 5F1UA 1B9BA 4WY0B 4HN4A 3MBDA 1QCWA 1P5BA 3YPIA 3M5ZA 3B0PA 3IGUA 4U4MA 3NQ6A 3TNOA 4LVFA 2CLMA 5AHLA 1Q6QA 4O11A 3LERA 4QAIA 3BO9A 1QFEA 3LRLA 1F2JA 3UQNA 2GQAA 3GAKA 3W2LA 2NX3A 3EWBX 4JYEA 3TFXA 3UYCA 3M16A 1IIGA 4IJBA 3LBMA 3PM6A 5HULA 4DXVA 1OFDA 3EXSA 4YL2A 4M6PA 2CLHA 2FPYA 3NG3A 3UWWA 3GKAA 4GC4A 3TV8A 1JUBA 1W5MA 3C4UA 4HNVA 2V9DA 5FEZA 1SSGA 3EWUA 5F2IA 3NQFA 5DY2A 1OYCA 1Q6OA 1KTCA 3TMQA 4MFEA 1K02A 3W7HA 5BMXA 4LRTA 1FCQA 2JK2A 1JVNA 1GWJA 3DBPA 1JULA 4CNNA 1K3UA 1OFEA 3TK7A 4QNEA 4AH7A 1V5XA 5F4SA 4DPPA 3LCHA 1EX5A 2JKEA 2WNZA 4EF9A 3G0XA 3CEUA 2BXVA 3KX6A 1JRCA 1TPH1 1P1XA 3NL5A 3P74A 4UR8A 1QR7A 1WBHA 2Y61A 4NJGA 1ME7A 3STGA 3L0KA 5CG7A 5I3GA 2J24A 3G24A 1XBZA 4ZQRA 4O53A 1SZEA 1XM3A 3TIMA 1XCFA 4O10A 1F6PA 3LHVA 4UFIA 3CIWA 2WOQA 5LSMA 4FX6M 3CU2A 3LXCA 1TPFA 4MPQA 2TRSA 4IXHA 3TSBA 2V30A 2OCZA 4FNQA 5D37A 3GDKA 2Y7EA 1VHCA 2J27A 1OFQA 3LDVA 3N3MA 4ORMA 3QC3A 1ZAIA 2VFDA 4UR7A 1Z44A 1ONRA 3LCWA 4DQWA 5LNUA 1M6JA 5HQEA 4GE8A 3FKKA 5KSWA 2VFFA 1I2QA 2V81A 4Q32A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 3IIX A;  4N02 A;  4CNO A;  1GYL A;  3TC7 A;  1EWD A;  1RQH A;  2OT1 A;  1YAD A;  5K7J A;  3P62 A;  2QAF A;  1K7X A;  2ZRW A;  3L5L A;  2V0T A;  3UWQ A;  1OF6 A;  1D3G A;  4I9A A;  2VFE A;  1DQW A;  3TA6 A;  2QKF A;  5DLC A;  3W7L A;  1KFJ A;  5U7S A;  4JX5 A;  4LC8 A;  1YLV A;  4MY9 A;  3INP A;  2QCL A;  5F2G A;  3GR7 A;  1KFC A;  4O8R A;  5D09 A;  5I3K A;  3ANY A;  1S5V A;  1LP6 A;  4O1A A;  3TKF A;  2LLE A;  4JY8 A;  2O7Q A;  1KA9 F;  8TIM A;  2J9Z A;  1ZCO A;  3W71 A;  4CCE A;  2B7Q A;  4GUI A;  2DZS A;  1N55 A;  3IVT A;  3N34 A;  4XZ9 A;  3RLU A;  3DU0 A;  2F7F A;  4JGD A;  2YGY A;  1TV5 A;  3VI2 A;  2YFN A;  4UTL A;  4OWG A;  4PH6 A;  1V7Y A;  4K8H A;  2EHH A;  3GXT A;  2CWN A;  3QPY A;  4NNC A;  4O14 A;  3S9Y A;  3N2X A;  2NWS A;  5K9X A;  1WYI A;  1FCV A;  2PRH A;  3QM3 A;  1UBS A;  3TSM A;  5DN1 A;  3LRM A;  3NDO A;  3HBL A;  1S3H A;  4R34 A;  3W1R A;  3LCL A;  3QSR A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 1M41 A;  1V3J A;  2PC8 A;  3N11 A;  3SQS A;  3MJM A;  3W25 A;  2QPX A;  4ZO9 A;  1JDA A;  4O0K A;  4ZZ9 A;  4MHB A;  3T6C A;  2WB5 A;  2QUV A;  2CLP A;  3HQ1 A;  3NPV A;  3SQL A;  1RJP A;  3F1Q A;  1RXO B;  4FF7 A;  2J6X A;  4PB3 A;  2QAP A;  4LU0 A;  4MJM A;  2I57 A;  4BQ4 A;  4MNJ A;  3VO0 A;  3ART A;  2OZ3 A;  2PLM A;  2WC4 A;  4ZFC A;  5A6S A;  3VMO A;  1A4M A;  1CGW A;  4V1X A;  2X8R A;  3WQ4 A;  2W61 A;  3RME A;  3CAQ A;  1XSK A;  4JTJ A;  4HBK A;  2BAS A;  2J9X A;  3M0Z A;  1TZ9 A;  3W26 A;  3SUS A;  2F8Q A;  4M29 A;  3WNN A;  3PUO A;  2HVO A;  2PDG A;  4WJ8 A;  4AQL A;  3M41 A;  1PYF A;  2Q8Z A;  1PX3 A;  1E9Z B;  3C5Q A;  1EYE A;  2ZRZ A;  1DL3 A;  4A2R A;  1NFB A;  4EE9 A;  4L65 A;  3RX2 A;  3AQU A;  4XZN X;  2QCC A;  4AVN A;  4H04 A;  3SRD A;  3DC0 A;  6TIM A;  3VIG A;  1VYR A;  3VKC A;  4P8X A;  1XYC A;  4LB3 A;  2NQZ A;  2GJN A;  2AMG A;  3BZJ A;  2DSW A;  3G1A A;  3WQ6 A;  2FB3 A;  5HDR A;  1QNV A;  3KAO A;  1V93 A;  1PHQ A;  4AD3 A;  5A6B A;  4HN8 A;  5CXP A;  3RIK A;  3ARX A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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