1LP6A

Crystal structure of orotidine monophosphate decarboxylase complexed with cmp
Total Genus 72
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
72
sequence length
213
structure length
204
Chain Sequence
MDVMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIADFKVADIPETNEKICRATFKAGADAIIVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMSHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSTRPERLSRLREIIGQDSFLISPGETLRFADAIIVGRSIYLADNPAAAAAGIIES
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structures of inhibitor complexes reveal an alternate binding mode in orotidine-5'-monophosphate decarboxylase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords orotidine monophosphate decarboxylase
molecule tags Lyase
source organism Archaea
total genus 72
structure length 204
sequence length 213
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date 2002-05-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1lp6A00
4ZZ9A 4FNUA 5HNRA 1F6KA 3NZRA 1L9WA 3S6DA 3WFAA 4RZ5A 3C3NA 1L6SA 3P74A 5FESA 3QPZA 3OIXA 4K6AA 3R89A 3O6CA 2QCCA 4M7TA 3STCA 2KZHA 1PVNA 4CNPA 2GJLA 3HO8A 4EF9A 4UFJA 2B4GA 5D04C 1W5NA 4UTWA 1KTNA 3GDRA 4O50A 4O4WA 5K4ZA 2A0NA 3P61A 5FF0A 3U6WA 3P60A 1ONRA 4UNKA 2C14A 4XBKA 3U2OA 1MEHA 2GOUA 4BR1A 3L5AA 1G69A 2XN2A 2QAPA 3UXAA 3SR7A 2FJKA 1TRIA 4IJBA 3PWAA 4JTUA 2WKJA 3R2GA 3FJ6A 1KFKA 2XN0A 1H60A 2C1HA 1ZAIA 2Q3RA 3LTSA 2C15A 4MLRA 1SUXA 3HG4A 2QCHA 3G0UA 1VR6A 4DF1A 1OX6A 3NNTA 2YPIA 3CC1A 3GR8A 4O0ZA 2NXGA 1H51A 3W1LA 4O1AA 3S42A 3S1XA 4X2RA 1XUUA 5I3JA 3MJYA 1ME7A 3DHDA 2Y7EA 3MHFA 1GWJA 3QSRA 4AEOA 4WZHA 1KW1A 3NQVA 4NQ1A 3NQ2A 3G0SA 5CKSA 4N6FA 3TE9A 3LCXA 3QJAA 3W70A 3N14A 3G1SA 2CFFA 1DKWA 4X22A 1VYPX 1XBYA 1XDLA 3NM3A 3TQ0A 1F73A 1TO3A 3L5MA 3SGZA 3NGJA 2BXVA 4MZYA 3LV6A 3DBPA 2CLEA 4M6VA 1QR7A 1S5WA 2PURA 2GVLA 4Y96A 2FB3A 2E5BA 3LBCA 1P0KA 4UFLA 2DZXA 3UD6A 4HNUA 1QNVA 3IIOA 4JDYA 1JCNA 1TB3A 2ZDRA 4KWWA 1PE1A 1I2PA 3L2IA 4MYXA 4NJGA 3O15A 4ALDA 3EXRA 2AQWA 4OV9A 2C13A 3S1UA 1HTIA 1DQWA 1H1ZA 4UFIA 5LHFA 3W2UA 2VELA 4EOUA 5KZMA 5D02A 1EP2A 3EWYA 1SW3A 3O8AA 1DJNA 3O6YX 4R34A 1Z42A 1W3TA 5CZTA 1ZHAA 1JR1A 3PG9A 2FTPA 3HGSA 2YYUA 4I7VA 3HGJA 4N4PA 3W1PA 1H50A 1VLIA 1B4KA 3NOEA 2CLMA 2BSLA 1OYBA 4RV8A 4PL1A 3EX1A 3STEA 3W7RA 1KFBA 1O4UA 1R2RA 1RQHA 4M6PA 5CSSA 3SJ3A 2WSYA 3W73A 3EXTA 3TFCA 3MBFA 3W85A 2ZA2A 3TCEA 2E77A 3D0CA 3PSWA 4RZ6A 3P8JA 3NQ8A 3KRUA 1WA3A 4K36A 3RMJA 1I2RA 2GVGA 5CPNA 4NZFA 1YTEA 4LC8A 1JCJA 1RVGA 2BZNA 3L68A 4JTSA 3L9CA 5I3KA 5U4NA 3W1UA 2I14A 2E6YA 2V2HA 2ZFAA 3QZEA 2VFDA 2B7NA 5LGZA 4LT9A 2NUYA 5AC6A 1W31A 4N2YA 3P7YA 1OX4B 4DO5A 3TX9A 3HGRA 2QJHA 2YDAA 3R5EA 1IXNA 4ONVA 4LW7A 1GTHA 3NPUA 2P0OA 1BTMA 4TO8A 4JTEA 2CZ5A 2AAMA 1GJPA 2G96A 3EWUA 3W71A 1WOBA 3IVTA 2QCLA 3MHGA 1B57A 3TQVA 5LHEA 1LBMA 3G8EA 2WNZA 2ATSA 1DV7A 4UTWC 3TJXA 4AWUA 2HS8A 2ZZ4A 4OGZA 3DHFA 2CLOA 4DO6A 1XKYA 1TV7A 5FF2A 1VQTA 1BKSA 1WXJA 3BW3A 4UMCA 4RR4A 1HFBA 3GKAA 5DCDA 1W3NA 4UFMA 3PR2A 5H91A 3S1WA 4ADUA 5AOUA 4O4VA 2WSRA 2YGYA 3KHJA 3VFLA 1X8FA 3QEZA 2DZPA 4NNAA 1L2UA 1W54A 3M47A 5D2YA 4UFKA 5DBTA 5AHFA 5E93A 3OVPA 4KFPA 4RZ4A 2QCDB 5BOOA 5DY3A 4UUIA 4NX5A 1I4NA 3DXIA 4CQAA 1OYAA 4QNWA 2Z6IA 3OG3A 3DENA 2A6LA 4O0KA 2A7RA 4ICNA 4OWGA 2A7NA 1S3HA 1BEUA 1OFPA 4MIMA 4JN6A 3ATYA 3M7WA 3LLFA 4UTHA 2CWNA 2BWGA 4U28A 5DY2A 4UC5A 1PS9A 3NQFA 1S5TA 2EF9A 2DZVA 4AMAA 3S1VA 1FDZA 2QCMA 1TPH1 4O28A 5G5IA 1RQBA 1VHNA 4YMZA 1N55A 4Z08A 3TV8A 4Y6GA 1SSDA 4O19A 1J4EA 5F2IA 2EHHA 2WJZA 4Z1BA 4QAIA 4MPQA 4HNNA 5EA9A 3IGXA 2H3BA 4NVTA 3W7CA 1EA0A 3TXZA 1G4TA 5EL1A 1E51A 3UQNA 3CB8A 3FYOA 4Z1CA 4XTIA 2A2IA 2E6AA 1OG0A 3LI1A 3CM4A 1IXQA 3N9RA 1RD5A 2W79A 3NQ7A 5C5YA 1YXYA 5AHLA 5HUOA 3W75A 2H90A 1YDOA 2I9EA 4O16A 2YR1A 1SZGA 3C2EA 4AHOA 1F05A 3NQMA 3M1ZA 2YFOA 2CLHA 2P10A 3KXQA 3KRZA 4I9AA 2R91A 3EX6A 3ATZA 4UXDA 2C6QA 3UPBA 3BV4A 3PVFA 4BF9A 1P4CA 5CGQA 1GVQA 3E49A 1UUMA 3HOJA 1A5CA 1NSJA 2ZZ1A 3CLMA 5E0KA 5TIMA 4DXVA 4JTGA 1PHQA 1YYAA 4E2BA 3GIYA 4IMGA 2RKXA 1RR2A 3NPWA 1K7XA 2NX9A 2J9ZA 2VFGA 3PBWA 3W2NA 4N6EA 2HSAA 1Q6RA 5IM51 1VHCA 4TMCA 2B7OA 3NR0A 4N9EA 1UBSA 2E5DA 4ZQRA 1KM2A 4LUJA 5DCEA 3SSJA 3O16A 1SZFA 1XI3A 3QC3A 4XKYA 2X2GA 5HMSA 3O07A 1EP3A 3W7DA 3M43A 3TUUA 4LV4A 1OFDA 1VJIA 3GXNA 3W83A 1YTDA 1FXPA 2YCEA 2ZRYA 3W76A 4FO4A 3T55A 2W0UA 1F5ZA 3PM6A 2ZRZA 3CWOX 3HB9A 3NQGA 1LBLA 3PC0A 1KM6A 4E2DA 2CW6A 3HJZA 4FIQA 4CQ8A 4K39A 5K9CA 3G22A 3WJXA 1XBXA 4IPJA 3TJLA 1RV8A 4A2RA 5J5DA 3MUXA 2ZA1A 3LCIA 3M5ZA 4RX0A 1WBJA 3HPXA 2J9YA 4AWSA 4K7YA 1EP1A 5BMWA 1JCYA 1KA9F 1UASA 4CLMA 1N7KA 1ZFJA 1Z41A 3MBDA 4LS1A 3JRKA 2NX1A 3FKKA 4PL2A 3RLVA 1W5OA 1SU5A 1YDVA 2YX0A 4ADSA 3CQ0A 1FWRA 3THAA 2Y62A 5FEXA 1OF6A 3NXFA 3QYQA 1OFBA 3WK0A 5C55A 1H7WA 4TIMA 2Q8LA 1P1XA 3U8GA 3DFQA 3RF9A 4O13A 4JTLA 3ZFHA 2X16A 1TTIA 3TIMA 1LBFA 2J6XA 4N9DA 3P5ZA 3LXAA 2V5BA 3B06A 4TMBA 2JKPA 1ADOA 1F7BA 1YTKA 3SFKA 1EX5A 4HSOA 4LRSA 3EX4A 5D03A 3FLUA 1GOXA 4GUJA 1TQJA 2HMCA 2V0TA 2VXNA 3QRHA 3BARA 4FIRA 4S1FA 1GVRA 2NZLA 5DN1A 1T0OA 4AWTA 2FPYA 3QM3A 2VEKA 3MI3A 4MJZA 1KTBA 1DQXA 2C16A 1FBAA 5I3FA 5D05A 4ZQNA 3KX6A 4ORMA 2NWRA 5U7SA 2E6DA 2FFCA 2EKCA 3QQ0A 5D09A 4BI6A 3LHVA 1LOSA 2OJPA 2RHGA 1VYSX 3I7QA 1K7FA 3A5VA 3T44A 1AW1A 1LRNA 1OFRA 4FNSA 1KBJA 3F1QA 1XL9A 3EKZA 3HMJG 3IRDA 4LC6A 3RK8A 3MYPA 1FWWA 2WQPA 1A53A 3SIZA 3W87A 4K8EA 2TPSA 3LBMA 4L4MA 3VNDA 4I7UA 3B0VC 2QCGA 2G95A 3Q2DA 2RDUA 5CZSA 5AYZA 2ZRVA 4RLIA 3G24A 1JRCA 1I2QA 1W1ZA 1ZALA 4FNPA 5G1TA 5EY5A 3B8DA 4DF2A 2A5HA 4OQVA 3LCWA 4NJHA 1G4SA 3HG3A 4IOTA 2YYTA 3MYOA 4LVAA 2ATMA 2QAFA 1AG1O 1ZAJA 2TMDA 4WY0B 1SW7A 2Z6JA 3DZ1A 3EWWA 2TYSA 5K3VA 1OF8A 4JR5A 3C61A 3NL6A 4LS2A 4AXKA 3GDMA 3G1DA 2E6FA 3HGOA 2J88A 3GXPA 3LX9A 5K4XA 2ZZ3A 4MZ8A 2B7PA 4UMBA 4FXRA 3W1MA 3W88A 4B5NA 3M16A 4GFSA 5CPLA 3EWZA 1LORA 3LHZA 1OJXA 3LCHA 5KMYA 1VLWA 2GJNA 4LY8A 1TRDA 1LTDA 4OBTA 1OFQA 3IEBA 4JYDA 3KFTA 1JUKA 3W7MA 3FA5A 4TX9A 1WBHA 4CQ9A 1H7OA 4IWWA 1QOPA 4ZQPA 3IVSA 4UNLA 1TPWA 1YXCA 2Q3OA 3DFNA 5CPOA 4DBEA 2YXGA 3E9AA 2E09A 3M9YA 3A22A 3LLDA 1ICSA 3LM7A 2NX3A 4O17A 4CCEA 3W7NA 4GE8A 5LNWA 4N02A 3W86A 1IIGA 2VC6A 1B4EA 3GZ3A 4ZVJA 4AAJA 2QEZA 4O54A 4JTTA 4OV4A 3W1AA 5FEZA 4XTDA 3W7GA 3CT7A 3PS7A 1FWSA 3TW6A 3VCRA 4DQWA 2VEIA 4IPIA 3T40A 4M7SA 1QO5A 3WJZA 3HQ1A 2CLFA 3QPYA 3OHIA 1YDNA 3LCLA 3NQ6A 3RNDA 1LP6A 7TIMA 2CU0A 4DO4A 4OT7A 2YFNA 5LKYA 2FB2A 4M5PA 1FX6A 3KVMA 4PTNA 4W9TA 1I2NA 2J27A 4OHQA 3STGA 4AHPA 2QUUA 2AGKA 4HN4A 4JS3A 3S5NA 2GPTA 4JTKA 4Y90A 4IX2A 1JRBA 1TV8A 1R2SA 1TCDA 3G1FA 3DI1A 5LSMA 3PBVA 3PBUA 1QWGA 4X3ZA 1R30A 1AMKA 1G4PA 3M44A 2RDWA 4JTIA 3C56A 2NV2A 5H2ZA 4Q4KA 4GXMA 4NU7A 4MZ1A 3MI2A 2QCEA 3NQDA 4MY1A 1X6UA 1KM1A 3G18A 4R53A 2OCZA 3OVRA 1XM3A 3OA3A 4KKXA 1SO4A 3G8RA 2FPVA 4RJEA 4UR7A 4RKAA 3W84A 4O8RA 5FF4A 3KRSA 4KFOA 4LTSA 3OBKA 1TREA 3P84A 1ZNNA 3DFSA 4NXKA 5K2ZA 4QISA 1KTCA 1J5TA 1EUNA 4ZQMA 4O1CA 1TTPA 4N9BA 3BG5A 4GBUA 2QCNA 2X1SA 5G2HA 3LRMA 4WX2A 3IVUA 3NA8A 1PHWA 3BVJA 2C0AA 5CG7A 4WXYA 4AHQA 4IXHA 1C9DA 1QAPA 2IQTA 1ZY9A 4UTTA 1R46A 5FI8A 2Y88A 3N2MA 2H8ZA 3JR2A 1OK4A 3DU0A 3GDTA 2QDHA 3N34A 2E68A 3V1PA 2R94A 5CSRA 5DXYA 3C4UA 3BW4A 4JYFA 5T26A 3C2FA 3W7PA 3DKJA 1W0MA 4AF0B 2CZDA 1H7XA 1LRQA 1ZCOA 2VENA 3TKFA 2BLEA 4DELA 5AYXA 1QPQA 1NEYA 4H3DA 3LHYA 1FCUA 2Y61A 2ISWA 1IIHA 3L21A 4LVDA 3UYCA 4JX6A 4JDBA 4OE7A 3W22A 4O10A 3E12A 1WYIA 3NL2A 3VKJA 1LOLA 4DPPA 4EIVA 1NVMA 4UTLA 3UWQA 5TQLA 1PCWA 3TMQA 1AW5A 1ME9A 2PRHA 4K8HA 3NVTA 1SZEA 1SO3A 2YW4A 5FF7A 4NJKA 1VH7A 1LDCA 3NPVA 1GYNA 3S8HA 4IMCA 5KSWA 4IMDA 4WD0A 2P1FA 4WY0F 3PB0A 1SO5A 3INPA 1D3HA 1RZMA 3EWXA 1FDJA 3UZJA 4JTFA 3W7IA 1BWLA 3W7LA 1VS1A 4NJIA 4ZL1A 4FNRA 1A5AA 1DL3A 4O1DA 3A9IA 4IMEA 1L6WA 1F74A 4MY9A 1NFBA 1HO4A 4ORIA 1TPB1 4MFEA 1N8FA 2PRMA 3P8IA 4OU1A 4RXGA 1XDMA 4TR9A 4R7JA 4PH6A 4AH7A 3QF0A 2VEPA 4O57A 3L0GA 4NNBA 4IQLA 2WNQA 5DLCA 2DZUA 1OYCA 1I8JA 4LWWA 3BO9A 5HWJA 1KM3A 3G1AA 1NF7A 2QKFA 2JGQA 2G5WA 1IGSA 2DJXA 3CIWA 3HBLA 4HIBA 4MY8A 3KVJA 4XQ6A 3HG5A 3IGSA 2Y7FA 2CLLA 1UCWA 8TIMA 1P0NA 1OFOA 4QNEA 2Y70A 3C8FA 3CU2A 3EWBX 3GNDA 2B7QA 3A24A 5LNUA 1GYLA 3LHUA 1H7RA 3NDOA 4R33A 5F4SA 2VFIA 1TJRA 1OFEA 2NLIA 4FX6M 3F03K 1Q6LA 1XXXA 3TU9A 1O94A 4DEFA 1K8XA 3NO5A 1TPUA 4LRTA 4LS0A 2V30A 1AL8A 1M7OA 1YXDA 2V82A 3TDFA 1OVDA 4XWUA 2DP3A 3B04A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3W28 A;  4W8B A;  4HA3 A;  4V27 A;  3L12 A;  3LNP A;  3C3N A;  3P74 A;  4OKD A;  3AIR A;  1D3C A;  3OIX A;  4K6A A;  4H1Z A;  2GJL A;  3WEZ A;  2E9M A;  1K77 A;  4R7O A;  2B4G A;  1W5N A;  3I4K A;  1KTN A;  3NUR A;  3ICJ A;  1S2C A;  3N25 A;  2ZVI A;  4B3L A;  3B9A A;  1RVK A;  2E7F A;  2YCI X;  7TAA A;  3UXA A;  3S6O A;  2FJK A;  2X40 A;  1JZ6 A;  4IJB A;  1TWZ A;  1KFK A;  5KZ6 A;  7XIM A;  1H60 A;  3U4A A;  8RUC A;  1K70 A;  2XHY A;  4MLR A;  3REQ A;  4ERI A;  3TTS A;  1VR6 A;  1DE5 A;  3ALG A;  2GGG A;  3NNT A;  4IQD A;  2HCV A;  3LK6 A;  3C0Q A;  1H51 A;  3W1L A;  3ARR A;  1XIS A;  1V6T A;  1CLX A;  2OU4 A;  2Y7E A;  3MHF A;  4BKN A;  4B5V A;  4AEO A;  3VOJ A;  2HK0 A;  3UYI A;  2QQ6 A;  4FXJ A;  1KW1 A;  3VGB A;  2EG8 A;  3W53 A;  4CNS A;  3G0S A;  3WEO A;  3R11 A;  3G1S A;  4QLL A;  3L4X A;  2XIS A;  2YJQ A;  4M6U A;  1FHL A;  3OBE A;  4LEQ A;  2Z1S A;  3NM3 A;  4CEU C;  3MZN A;  3LPF A;  3VA8 A;  3WLJ A;  5CJ5 A;  1QR7 A;  4JNY A;  2VZO A;  1Y5X A;  3LBC A;  4XIS A;  1WUF A;  3RLH A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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