1LROA

Aquifex aeolicus kdo8p synthase h185g mutant in complex with pep and cadmium
Total Genus 90
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
90
sequence length
263
structure length
259
Chain Sequence
EKFLVIAGPCAIESEELLLKVGEEIKRLSEKFKEVEFVFKSSFDKANRSSIHSFRGHGLEYGVKALRKVKEEFGLKITTDIHESWQAEPVAEVADIIQIPAFLCRQTDLLLAAAKTGRAVNVKKGQFLAPWDTKNVVEKLKFGGAKEIYLTERGTTFGYNNLVVDFRSLPIMKQWAKVIYDATGSVQLPGGLGGMREFIFPLIRAAVAVGCDGVFMETHPEPEKALSDASTQLPLSQLEGIIEAILEIREVASKYYETI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Lyase
source organism Aquifex aeolicus
publication title Function of His185 in Aquifex aeolicus 3-Deoxy-D-manno-octulosonate 8-Phosphate Synthase
pubmed doi rcsb
molecule keywords KDO-8-phosphate synthetase
total genus 90
structure length 259
sequence length 263
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.5.1.55: 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase.
pdb deposition date 2002-05-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00793 DAHP_synth_1 DAHP synthetase I family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1lroA00
2Z0IA 3ZS4A 1Q45A 3C2OA 3LXAA 4ZQOA 4Z1DA 1K7FA 3WK3A 1SUXA 2BLEA 3TCEA 4N9EA 2PURA 4UR7A 4AEOA 2YDAA 1I2QA 5G2HA 5FF2A 5TQLA 4JX5A 1TV7A 4A22A 1KFJA 2QDHA 3E49A 2QCNA 3PUEA 4O4WA 4K8HA 1R2RA 2X1SA 3NOEA 3GX9A 2GQ9A 2YXGA 3DFOA 4O18A 1DV7A 1I2PA 2NZLA 2ATMA 3W7EA 2IQTA 2Y7FA 3NQ8A 3W7CA 4LWWA 3P8JA 4NVTA 3BLEA 2B0MA 4LUIA 2ABBA 3VE7A 3W1UA 2KZHA 4R7JA 4H6KA 3G1DA 3MI6A 2NX3A 1HO1A 4FNRA 2HTMA 4QISA 3S1UA 1QPOA 3W2LA 1AK5A 4MY9A 2B7QA 2ZDRA 3O07A 3M0ZA 2CZFA 3HGJA 5A8GA 4OV4A 4GUJA 2DZPA 1VGAA 1THFD 4M19A 3NL5A 4NU7A 5ABTA 3N19B 2FPVA 2E5CA 1NSJA 4ORIA 5F2IA 2QAPA 4JTJA 1VQTA 2VEMA 3PUOA 1J4EA 5FEZA 5FF7A 1EP2A 2CZDA 3PULA 3NZRA 3TSMA 1VLWA 1WXJA 1JRCA 1HFBA 4IPJA 5F2MA 4MZ8A 2C16A 5HUPA 3VI2A 4BFAA 5LGXA 4PCFA 2Q8ZA 1XUZA 1QO2A 1QO5A 1KV8A 2QUVA 3LCWA 1T96A 3E96A 3DFTA 3DFQA 3NL2A 4FB7A 4N9BA 2R8WA 2DZTA 2YW3A 3BPWA 5AHEA 3NAVA 4NXSA 5D30A 4MJMA 4NXKA 1H1YA 2WNZA 3IIPA 4UTLA 2ZTKA 3RU6A 1GVQA 2V5LA 1YPFA 1TSIA 1H7OA 2W6RA 2VKZG 1ZJIA 3L5AA 3PAJA 3LV5A 3TW7A 1OHLA 2ZRXA 2J9YA 1H7XA 2DP3A 2PCQA 1I45A 3PG9A 3QPYA 2VFGA 3EXTA 2OCZA 3A5VA 1YYAA 1GG1A 1OX4A 3NGJA 3BO9A 5AC8A 1EEPA 3FKKA 3GDKA 4MIMA 3IGSA 3NQ6A 1TO3A 2PC4A 5IBXA 2GJLA 4IUOA 5G2WA 2QUUA 4EF8A 1AL7A 3O6CA 1H7NA 3OVQA 2YW4A 1Q6QA 3OEXA 2I1OA 1ZY9A 3I7QA 1U5JA 4GUIA 4PL2A 1TPEA 1F05A 1F73A 1UUMA 5FEPA 1J2WA 3GAYA 3S9YA 1XBZA 2B4GA 4UTTC 1A5AA 4JNMA 1KBJA 4NQ1A 2JBMA 2W79A 1ICQA 1ZCOA 2ZZ2A 3GR7A 3IIOA 5IBXC 4ADUA 5BNKA 3E0IA 1GT8A 1NFBA 3UD6A 1A5SA 1H7PA 1I2OA 5C54A 3UWYA 2ISWA 4AXKA 2A0NA 1IIHA 4POCA 5D05A 3N14A 4JYEA 4NJHA 2QCGA 3E9AA 1BWLA 3W75A 3P5YA 4DF0A 3KHJA 3QC3A 3S5NA 4X9SA 2Y61A 1JQVA 3QYQA 1OX6A 1NF7A 4LS2A 3PUDA 5I3KA 2CZEA 3W07A 4EWND 3M7WA 4P61A 3DHDA 3L65A 1OFAA 3PC0A 3EWBX 5C55A 1SR9A 3AJXA 2E6AA 4PL1A 4PFMA 3RK8A 3I7SA 2FLIA 1RD5A 4IGHA 3QMSA 4CCEA 1KFLA 3TFXA 4R33A 4TIMA 4JTSA 1NVMA 1P1XA 4UTUA 4NJGA 5LZLA 1LOLA 2QF7A 1EB3A 3T78A 3STEA 3EXRA 3LXBA 4TX9A 4RJEA 2BTMA 1VPXA 3PBUA 3W9ZA 3W1AA 4NJIA 1M6JA 1FXPA 4JTUA 4LVAA 4CNNA 1TQJA 3T7VA 4DBDA 3GYEA 4JIQA 3AO0A 4HNVA 1KM5A 5D03A 4O17A 1UCWA 3LV6A 3W72A 4DQWA 1ZAJA 5C2XA 4XUGA 1FCBA 4YCPA 3OIXA 1W3TA 4GC4A 3EB2A 4R34A 2NUXA 5HQEA 1VHCA 1QMLA 1WDWA 3M1ZA 2NX1A 1G6CA 3Q37A 4UUIA 4MVAA 3HBLA 3LGEA 1TV8A 4NNAA 1KTBA 1W5OA 1OFOA 1O95A 2V2CA 3UWUA 1JRBA 1YXCA 2NV2A 3MP5A 4FF7A 1QCWA 4A2SA 4K39A 3SJ3A 3SFKA 3CIWA 2DJLA 1AG1O 3NM3A 2DZVA 3MWAA 3O15A 4XQ6A 4BR1A 3LRMA 1KLZA 3MP4A 4ZQMA 3GR8A 1OFDA 1UJPA 3PVFA 2VENA 4HN4A 2Q3OA 1LYXA 4PC8A 3W1XA 3SIZA 4J9JA 4JTKA 3KVMA 1F5ZA 1Z41A 3Q2DA 4DF1A 1WV2A 3M5YA 5D2XA 4UFHA 1YTEA 1VC4A 1H62A 4WZHA 2E6DA 3EXSA 4NNCA 4AHOA 3KXQA 1SZEA 5A5WA 1VJIA 2JKEA 3HIJA 4Z1AA 1G7VA 3MUXA 4WXZA 1WQ5A 4DO5A 3C8FA 3W7KA 2ISVA 3RLVA 3TUUA 1FWNA 3LCLA 2TPSA 4Z1BA 4M6PA 3LCXA 3WJXA 4HKPA 4E2DA 3PBYA 2CLEA 1L6YA 2A4AA 4I7WA 3W84A 3IRDA 4IMCA 4AHQA 3S0CA 4O1CA 3NPXA 4M5PA 1A5BA 1SZGA 3DFSA 4RXGA 3PY2A 2A6NA 3BLIA 4AVFA 1ZAHA 1F7BA 6ALDA 3BVJA 1ICPA 3B04A 5DCEA 1I2NA 1WAUA 2A2IA 2QKFA 5CZTA 5E1QA 1VCFA 2HSAA 3O1NA 4UTIA 3UY7A 1AW2A 5D32A 3HGOA 5EBUA 1DQXA 4LC8A 4DBEA 4JTLA 1FY6A 2Y63A 3TDFA 4AHPA 1GZGA 3L5LA 3T4CA 2CLIA 3C56A 1CW2A 3TU9A 4RZ6A 3LOTA 1IIGA 4IMGA 1GVFA 1FDYA 4QM1A 4BI6A 5CZ0A 2VFDA 3LCGA 1QAPA 2DU2A 3O16A 4CQ9A 4IWWA 3UNDA 4XKYB 4GWEA 3KFTA 2FFCA 1VYPX 3P5ZA 1VLIA 2WSYA 2V0TA 3L66A 4EVZA 3THQA 2X2GA 2NXGA 4CLMA 4HPXA 5EPDA 4ZQCA 1CI1A 1W31A 3GK0A 1G4PA 3PB0A 4OHQA 1QPRA 1VRDA 2P0OA 5F1UA 1K3UA 5FF3A 5G4EA 1JR1A 1LBMA 2EAWA 4FX6M 4PTNA 2EF9A 5CSRA 2C19A 1X8FA 1C9DA 3NQAA 1ME8A 3P61A 1IXNA 3HG4A 3OHIA 3O8AA 3N2MA 4E0CA 3DFPA 3A21A 1ZFJA 3QMRA 2XN2A 1TJPA 2XN0A 3QW3A 1GOXA 2QCLA 4HSNA 5HR7A 4NX0A 4Y8FA 3O6DA 4A3UA 2B7PA 4IPIA 3QFEA 1P4CA 1FWWA 3LHUA 1EUAA 4ZQPA 4FXSA 1O4UA 1LORA 3RF9A 4MZ1A 4O0KA 4M7SA 4HHPA 1L6WA 2CLKA 4X2RA 4O11A 3QZEA 1KM6A 3LTYA 4I9AA 5DXXA 1QNVA 3NEVA 4IX2A 4W9TA 1YDVA 1B3OA 3MHGA 1OYCA 3NM1A 4GXMA 3NQFA 4BI7A 1J5TA 2AQWA 1D3HA 3P84A 5H2ZA 1WX0A 4WXYA 3TV8A 4GE8A 4CCCA 5HWNA 3EEGA 3DXIA 2WOQA 2NXIA 3UXDA 3E12A 4Z0JA 3W7JA 3IEBA 3A24A 1DJQA 1JCMP 3W7MA 4TMBA 3VFLA 3DZ1A 1A5CA 3STGA 1AMKA 3KVJA 1I2RA 3JRKA 5LHFA 3R8RA 3M5ZA 4E38A 1QWGA 3U2OA 5CPNA 4AWUA 1GYLA 1KM4A 4CNPA 3T44A 3K30A 3P74A 1TPFA 3GLCA 2DORA 1TMHA 3NQ7A 3TIMA 3PBWA 3G1FA 4ZMGA 1H51A 1KFCA 4HNNA 3L21A 4WY0B 5E93A 4BI5A 5HULA 3NL3A 5L9FA 4OV9A 3PWAA 5K7JA 5LNWA 3B8DA 4GUHA 4KWVA 3GB6A 3NDOA 5AB3A 1OFRA 1X1OA 2XN1A 4ZVJA 2CLHA 2G96A 5EL1A 2V30A 4UNKA 3ZWTA 3PBVA 5D37A 1XKYA 3WJZA 1SW7A 5D2WA 1FDJA 3TH6A 3P60A 1JUBA 1JQXA 2DZUA 5EMUA 5FF0A 2RDWA 1ZHAA 1B57A 5BRBA 4O53A 1FCVA 3WJWA 4AMAA 1FDZA 3NR0A 1LTDA 1TTJA 3G1XA 1SPQA 3ABSA 3QMTA 1TCDA 1K8XA 1YXYA 1EA0A 4MZYA 2HS6A 3GDLA 2F84A 2VXNA 4K7YA 3UZJA 3GAKA 4XTIA 2C3ZA 2YZRA 2NX9A 2GQAA 1W0MA 2QJGA 2QAFA 3CC1A 1M5WA 1LP6A 3DKLA 3SW6A 2DZXA 4LC6A 4RZ5A 1JVNA 3TAOA 2FPTA 4QNEA 5KZMA 3P82A 5K4ZA 3LTSA 1O5XA 1YDOA 3G3DA 3FYOA 5EY5A 4RK8A 1EWEA 1MEHA 4AB4A 1WOBA 2Y7EA 3M5VA 1TTPA 3TSBA 4ICNA 4HNUA 2ZZ6A 5LSMA 1GVOA 3TQ0A 1GJPA 3NQVA 4CQ8A 5AHFA 3SY5A 5AFDA 4GUGA 1MSSA 2ZA3A 3EWZA 2H6RA 1YTDA 2JKAA 3BG3A 4O4VA 4ZL1A 3FKRA 1W5PA 3G22A 4BK9A 4MOZA 5HJLA 2CLMA 4MPQA 4LW7A 2H3DA 4A29A 1CX9A 2C15A 1FQ0A 4N9DA 2RH9A 2ZA2A 3KRZA 3LHZA 2BXVA 2O7SA 3L0GA 5K2ZA 3W71A 5DLCA 4G1KA 5LGZA 4JDBA 4DO4A 2C1HA 1X6UA 4JEQA 4XBSA 4LT9A 1OX5A 2H90A 3B0UX 3QQ0A 3C2RA 2E6YA 1DJNA 4WUIA 3S42A 5U7SA 3UQNA 3B05A 3IIZA 3W1RA 3W73A 2CWNA 1KFEA 1R2TA 3TQKA 3IVTA 4Z0SA 2YR1A 1SO5A 2R91A 4ADTA 1K7XA 5G5IA 1G7UA 4GNJA 1W8SA 5C6MA 3W86A 4KFOA 3DU0A 3MMTA 4ZQRA 1VZWA 3TA6A 1H5YA 3DKJA 1VH7A 2HMCA 3MHUA 1SZFA 3QRHA 4LV9A 4HSOA 2A7NA 1ALDA 5AOUA 2E68A 1BEUA 3B06A 3T55A 3W7PA 3G18A 1XBXA 3N3MA 4M6VA 3GDMA 1OFBA 2ZYFA 4Q4KA 3W88A 2E09A 1TRIA 2QEZA 3P62A 4N9CA 2ALDA 1NAL1 2J9ZA 2QCDB 2ZTJA 1TQXA 4JS3A 3STCA 2UV8G 1OFEA 4TO8A 1MEWA 2VEIA 3LM7A 2VFFA 1LRTA 3MI3A 1H50A 2J9XA 1GTEA 4QIUA 5TBOA 5FEWA 1XBVA 2JKPA 2NLIA 5K9XA 3GKFA 3O63A 2NWRA 4HIBA 2I9EA 1TJRA 4JTEA 4N2YA 2YX0A 1OK6A 1O94A 4FIQA 2V8ZA 1H60A 1VR6A 1DORA 5CSSA 3N2XA 1O60A 5AC7A 4BWLA 4JXCA 4AF0B 3S8HA 4H4IA 3TJLA 3WK2A 1MO0A 3WJYA 2X1RA 1AW1A 1JJKA 3LDVA 3SZ8A 4O57A 3M47A 3EWUA 3P67A 2A6LA 3UWQA 4WOZA 1SFJA 3TR2A 2WJZA 4QQ3A 5I3FA 1ONRA 1Y0EA 1YDNA 3FOKA 2Y88A 1Z44A 3PR2A 2FIQA 1TPDA 4MY1A 3F4NA 2ISSA 2A21A 1S3HA 3TAKA 2VOMA 3ZFHA 3S6DA 3DENA 5AYYA 1L2UA 3H55A 1UB3A 1R46A 1WBJA 4FX8A 1OYBA 1UASA 5LHEA 4FIRA 3IIVA 1QOQA 4Z1CA 2E5BA 1QPNA 2QJIA 3FJ6A 1QDSA 1F76A 2H8ZA 1GWJA 3W2JA 4WD0A 3NQMA 1SFLA 1IXOA 3G1SA 4JDYA 1GVRA 2X1TA 3PSVA 4UFJA 5HNRA 1WYIA 3FEMA 3NO5A 4O15A 4WQ6A 4DEFA 5D33A 4MKNA 3SR7A 4UXDA 3LX9A 4QAIA 1GVSA 1LBLA 4N02A 2WNQA 2A85A 1KV5A 3HB9A 3TSDA 2A1YA 3M44A 4FNTA 3LHYA 5DBUA 3W7IA 4Q33A 3VCRA 4XKYA 2QUTA 3ZR4A 4RXFA 1G4TA 3L5MA 3MP3A 5I3HA 3B0VC 4IJBA 3W1NA 1O5KA 3LRLA 3EWXA 1XUUA 1B4KA 2TYSA 1LBFA 4FX7A 3V1PA 2AGKA 2VELA 2Y85A 1AW5A 1HL2A 3KAOA 3W7HA 6TIMA 1F2JA 3A5FA 1LRQA 1G4SA 4QSHA 1SSDA 2J6XA 3C52A 1OG0A 1Z48A 3EKLA 2C18A 2OT1A 4TMCA 2X1UA 1ME9A 3HPSA 2VFHA 1K02A 4TR9A 3UWWA 5FESA 4YWIA 5J5DA 3DAQA 3IV3A 3N34A 4RX0A 4PODA 1XBYA 3PM6A 3THAA 3L9CA 2RFGA 1V7YA 4YXGA 4ONVA 3L0NA 2Z6JA 3FIGA 1ADOA 5KZEA 4FNPA 2WQPA 3UPWA 1EPXA 3N73A 1DHPA 1WOAA 3M6YA 3V75A 1NEYA 2V2HA 4B5NA 4LRTA 3BG9A 3Q94A 4GRSA 3DI0A 4OGZA 2FTPA 3HO8A 4ZQNA 5K9CA 1H7RA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1RY8 A;  4LSB A;  1R7A A;  2ZUT A;  4L4O A;  3ART A;  3L4T A;  4L64 A;  4ZQO A;  4MB5 A;  4HZ6 A;  1SUX A;  2BLE A;  4DYJ A;  2YXX A;  1GW9 A;  2PUR A;  2XFR A;  1R86 A;  3D46 A;  3VIF A;  2IUZ A;  2PWH A;  3FDK A;  3KBJ A;  4K8H A;  1Q7Z A;  2A3A A;  4PMD A;  8XIA A;  2GQ9 A;  1PIG A;  2YXG A;  2PDG A;  4O18 A;  4FLO A;  5JXQ A;  4F2B A;  3QGA C;  4H19 A;  2QMK A;  2ATM A;  4NY2 A;  2PZN A;  2Y7F A;  2ZXD A;  1WZK A;  2D2J A;  1J8V A;  1L0P A;  4DM2 A;  1SMA A;  4H6K A;  3WML A;  1W9U A;  1XGZ A;  3UR2 A;  2PTY A;  1DJG A;  1KXT A;  1HO1 A;  3E5P A;  5B7Z A;  3GIQ A;  3AU2 A;  3AQU A;  3W2L A;  1AK5 A;  3RM9 A;  4R27 A;  2ZDR A;  3HGJ A;  4HA1 A;  3ZXW A;  4GUJ A;  3R6I A;  3EDF A;  1THF D;  4M19 A;  5I2U A;  3GFX A;  2JAL A;  2FPV A;  1PDY A;  3WZ0 E;  4JTJ A;  4H83 A;  3KL0 A;  1J4E A;  4GNK B;  4M81 A;  5FF7 A;  3W24 A;  3AIE A;  1HNY A;  1K9E A;  3FA3 A;  1C9W A;  4IPJ A;  4ERA A;  2YJQ A;  5F2M A;  5HUP A;  4L7Z A;  4BFA A;  4AX6 A;  2QUV A;  1KCK A;  3E96 A;  3G6L A;  2JEP A;  3NL2 A; 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