1LROA

Aquifex aeolicus kdo8p synthase h185g mutant in complex with pep and cadmium
Total Genus 90
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
90
sequence length
263
structure length
259
Chain Sequence
EKFLVIAGPCAIESEELLLKVGEEIKRLSEKFKEVEFVFKSSFDKANRSSIHSFRGHGLEYGVKALRKVKEEFGLKITTDIHESWQAEPVAEVADIIQIPAFLCRQTDLLLAAAKTGRAVNVKKGQFLAPWDTKNVVEKLKFGGAKEIYLTERGTTFGYNNLVVDFRSLPIMKQWAKVIYDATGSVQLPGGLGGMREFIFPLIRAAVAVGCDGVFMETHPEPEKALSDASTQLPLSQLEGIIEAILEIREVASKYYETI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Function of His185 in Aquifex aeolicus 3-Deoxy-D-manno-octulosonate 8-Phosphate Synthase
pubmed doi rcsb
molecule keywords KDO-8-phosphate synthetase
molecule tags Lyase
source organism Aquifex aeolicus
total genus 90
structure length 259
sequence length 263
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.5.1.55: 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase.
pdb deposition date 2002-05-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00793 DAHP_synth_1 DAHP synthetase I family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1lroA00
3FA5A 1WQ5A 1XXXA 3W1UA 3HIJA 4AB4A 3NNTA 5BRBA 2Y61A 5CSSA 2ABAA 2UV8G 5KZDA 4HN4A 3NQAA 2QJGA 5AFDA 1QOPA 1PIIA 2JKAA 3L67A 1RQEA 4IXXA 1GYLA 3M5VA 3GR8A 4UFMA 4K37A 2B0MA 1Q3NA 4O19A 3S1XA 3A22A 2W79A 3CB8A 4HHPA 4O14A 3TIMA 2QUVA 4A22A 1L9WA 3LTSA 1JCMP 3E49A 3Q58A 4DO6A 3DI1A 2O7SA 2CLLA 3G8EA 1KFEA 1WXJA 1SSDA 3NA8A 1EP2A 1HFBA 3STCA 1EX5A 2Z6JA 5KINA 4A3UA 6ALDA 1B3OA 2B7PA 4O0ZA 2Y7GA 5BW6A 1UASA 3TW7A 1GVOA 1TPC1 2IQTA 2FDSA 4E0CA 2O7QA 5F2MA 2ZA2A 2FPVA 4UFHA 2ZCGA 5J5RA 2H6RA 1YDOA 3I7SA 3UYCA 3B05A 3HGOA 5D32A 2Y7FA 2WSQA 3LCGA 5K2ZA 3BW2A 3PC0A 1AL8A 1W3IA 3GNNA 1SZNA 2F84A 1JUBA 3TQKA 2YFOA 2F7FA 3BLEA 1TV7A 4O54A 1DHPA 3P82A 4R34A 3QYQA 4LOCA 2WNQA 2H8ZA 3TU9A 2ATMA 4K8EA 3DFSA 2V2CA 3FFSA 3W2NA 1KBIA 1XBVA 4XKYA 3MYOA 5HMSA 1OVDA 4H4IA 2YW3A 3W2JA 4N6EA 2QEZA 3EKLA 4LRTA 5G5IA 3I7RA 1GVFA 2H3BA 1K7XA 4JTKA 1VH7A 3S0CA 1KLYA 3OVPA 1XDLA 2VFDA 4A21A 2Q8ZA 3Q37A 1D3GA 1QNVA 3DU0A 4PTNA 2CZFA 3BLIA 4HNTA 1MO0A 3GKAA 1W5MA 3F4WA 1B4EA 1V5XA 5CZSA 1YDVA 1J2WA 3L5AA 1W5NA 4ADUA 2WNZA 3NZ1A 2QR6A 2CFFA 1YPFA 5C6MA 3TW6A 1I4NA 3IIZA 2J6XA 5BMXA 1H7WA 1M7PA 2NV2A 4IX0A 4IX2A 5FF7A 1L2UA 2DJXA 5D2VA 4J9JA 3BG3A 1FQ0A 2BWGA 4MOZA 4NU7A 1A53A 4X2RA 1GOXA 3GNDA 3P61A 1R47A 1OFOA 1TMHA 3HPSA 3UNDA 5LZLA 1L6WA 4M7SA 2JBMA 1XC4A 3G0XA 5HJLA 3EX3A 4DO4A 3L0NA 4PL2A 4ICNA 3UWZA 1X7FA 2X1TA 1TQJA 4A2RA 3S1VA 1RZMA 3N19B 3PAJA 5HUPA 1VCGA 2QCLA 3LB0A 4QIUA 3B06A 1LM1A 3NM3A 1S3HA 1GQNA 5LHEA 4MYAA 1K7FA 4IMDA 4R33A 1WV2A 1OJXA 2E09A 3W2LA 2WSYA 3GK0A 4MUZA 5D33A 3A5VA 3BGGA 3W2MA 4UTHA 3DKLA 4OT7A 5AHFA 3EWBX 4QM1A 1TRIA 3E12A 2CLFA 4N9DA 5LNVA 3T78A 4GWEA 3TCEA 4HNNA 4O17A 3NQMA 3DI0A 1QPOA 5GVJA 1G7UA 5ABTA 1W54A 4OQVA 3LX9A 1VR6A 3MYPA 2BXVA 1H51A 2NUYA 3ATYA 1ML1A 3KRUA 4TU1A 5I3HA 4EWND 4O28A 1KM0A 1G4TA 2CLMA 2FFCA 5U7SA 1JR1A 2X1UA 3C2VA 2FIQA 2E6DA 1XM3A 2FB2A 2WO5A 4S2BA 4LVAA 3PF3A 5D09A 2GVJA 1TV5A 1GZGA 3JS3A 4NT0A 4IJBA 4HPJA 3TX9A 2Y70A 1OX6A 2ATSA 5DN1A 5CZJA 1TJRA 3V1PA 2OZ0A 4ZQPA 5I3JA 3EX1A 5CPOA 4OV4A 4RZ5A 2A7RA 3MHUA 2A4AA 2PCQA 1PV8A 3W70A 5DBTA 1SO4A 4XWUA 4LV4A 1A50A 3P62A 3LCFA 3PBWA 3N9RA 1GG1A 3EKZA 3USBA 1B4KA 3CIWA 3M44A 4XTDA 3AJXA 1GYNA 3MHGA 1CI1A 3NL2A 5K9CA 4E2DA 3MO7A 3DZ1A 5LNWA 2BLEA 4ZMGA 4NXSA 3MP3A 2EPHA 3N3MA 5AYYA 4MZYA 3WJYA 2NUXA 3FYPA 2YSWA 2C19A 4CNPA 3NL3A 1DOSA 1GTHA 3CIXA 3CT7A 4AEOA 3I65A 3S1UA 2PRLA 3W7LA 4BFAA 2HTMA 4EF9A 3TXVA 2PURA 2ZQ0A 4LVDA 3UPWA 3IIXA 1KFKA 3M16A 4EF8A 1LBFA 2DORA 8TIMA 3LHVA 1ZHAA 4UTJA 4WY0B 4HNUA 1BWLA 4CLMA 3O1NA 1LOSA 4UTWC 4JNMA 3QC3A 2EHHA 1G6CA 2GQAA 2DZSA 3B0UX 2NXHA 4YCPA 4JEQA 1P4CA 1QOQA 4MFEA 3LM7A 2X16A 1KV8A 2BZNA 2J9XA 3DFQA 1AMKA 3PG8A 4JDYA 4IMCA 1NF7A 1GJPA 3P8JA 6TIMA 5I3GA 3SJ3A 1GVQA 3GB6A 4Z0JA 2QCDB 1K8XA 1YTEA 1G67A 2PC4A 1M5WA 5CPLA 2P1FA 4ZZ9A 3CEUA 5CSRA 2VFIA 3CQ0A 1ME9A 1HO4A 4UCGA 4CQAA 3STGA 3UXDA 4O12A 3KHJA 3PG9A 3LBMA 3OG3A 1LLZA 3M9YA 2Q3OA 1DQXA 3DH7A 1XFBA 2Z0IA 1OFRA 3G1XA 2CLHA 5AHNA 1RQBA 3S5YA 4W9TA 1H61A 3W87A 1BKSA 4RV8A 4BF9A 3TDFA 4N2YA 4X22A 1S5WA 3NPVA 1XBXA 3RNDA 2C14A 3TNOA 2C13A 4FIRA 3W73A 1Q6QA 4P2VA 2OT1A 3L5LA 3PM6A 2QAFA 3D0CA 3EB2A 4FO4A 3P67A 3BW4A 2NX9A 3ABOA 4LUIA 5T26A 1GG0A 5HINA 3RF9A 1FWRA 3TJLA 4GXMA 1EWDA 2C15A 3M6YA 1VLIA 1DV7A 4Z1BA 3T7VA 2HSAA 2PE4A 4LT9A 3I68A 5AC7A 4JX6A 2DZVA 1TREA 2XN2A 3IRDA 3QFEA 4XTIA 5HR6A 3E9AA 2TRSA 2RHGA 1ICQA 3GDMA 4MZ1A 4RZ4A 1KBJA 1B57A 4HIBA 4DF2A 3L9CA 3ANYA 5G2IA 2WOQA 2J88A 2ZZ7A 4FX8A 4NNBA 2W6RA 3W1PA 2AGKA 4Y9AA 2ZTJA 3HMJG 1ZENA 4UR8A 5DCDA 4TX9A 1R2RA 1NFBA 3QSRA 2J9YA 3ZS4A 2YX0A 4LS1A 1O94A 2ZZ3A 1EIXA 3EWUA 4Y90A 2Y63A 3LXCA 5AOUA 3W3OA 3M1ZA 5CPNA 1LCOA 2H8XA 2R91A 1VPXA 1N7KA 4U4MA 1PVNA 1OX5A 3W7MA 3L2IA 2GQ8A 5FESA 1MXSA 3ABRA 4NJGA 1W5QA 2Y88A 1MEWA 4FIQA 1I2OA 4FX7A 2DZUA 3LDVA 3NPWA 3O6YX 5L6UA 1NAL1 3MI3A 1T99A 1FDYA 1VQTA 2PRHA 2RDUA 1TYGA 4M7TA 3IVSA 1HO1A 3G1FA 5HULA 3MBDA 4PEKA 2KZHA 1CX9A 4UR7A 5HWJA 2I1OA 2NLIA 2EGZA 2ALDA 4UIOA 3MI2A 5AYZA 1W56A 5KSWA 3P80A 3LCHA 5C5YA 2VC6A 3S5OA 1ZFJA 1WAUA 5EPDA 4AMAA 4NX0A 3NL6A 1W3TA 2VEKA 3LI1A 4IQLA 3H55A 1WYIA 3OA3A 3Q2DA 1F05A 3P81A 1AW1A 4XBKA 3DAQA 2D73A 4UTLA 4I7UA 1AK5A 3G24A 1RD5A 2R8WA 3TAOA 4ZQOA 2C6QA 4UTTA 5FF0A 3C2EA 4Y96A 3T40A 1S5TA 1R30A 3B8DA 3C56A 4DELA 1W8SA 4BWLA 3EWWA 1PE1A 1QCWA 3GXNA 2Y7DA 4JIQA 2YDAA 3BG5A 1FCVA 4WX2A 1KM2A 4AWUA 4KWWA 4U28A 4HSNA 1VYPX 1GTEA 4IXHA 2EKCA 1QPNA 4UFKA 2R14A 3FEMA 1DBTA 1QAPA 4MJMA 5AHLA 2Y7EA 5AN7A 1OF8A 5K4ZA 1BTMA 4K36A 4POCA 3UY7A 1JCJA 4K8HA 4CNOA 4RKAA 1S5VA 3TMLA 1PCKA 3G22A 1I2PA 4PL1A 1X8FA 3S1WA 3F03K 5KZEA 2WPBA 4KFOA 2RDTA 4AHQA 1HG3A 2VEIA 4AVFA 3EWZA 4DQWA 2QUTA 2WNNA 1SO3A 4LV9A 4BI7A 3TUUA 4OGZA 4JTSA 1H1ZA 3IGXA 3C2OA 1TB3A 1MSSA 3R12A 3GDTA 3BK0A 5MHBA 1GWJA 4MVAA 3EX6A 1LOQA 3WJWA 3BARA 1NSJA 3W1NA 2CLKA 2NX1A 2YPIA 4LTSA 4Y8FA 3TC6A 5DY2A 2WSRA 4QITA 2C16A 1WA3A 3FLUA 4NJJA 4Q32A 4GUGA 3PB0A 3W7EA 2OMAA 3LXAA 1KM4A 4LWWA 3H53A 4H3DA 4AWTA 1OK6A 5AC8A 1N55A 3NPXA 5AHMA 2ZZ4A 3MI6A 3B04A 2QAPA 4K39A 5KMYA 1EUAA 3LOTA 4IMFA 3W7PA 1QMLA 4IUOA 3G1HA 3IIPA 1ICSA 2E1DA 2ZZ2A 4FNUA 4NJKA 2YR1A 4MY9A 4AWSA 1WBHA 3DGRA 4N9BA 3S5ZA 1TPUA 1I2NA 4JTEA 4O50A 5G2WA 3GVGA 5C2XA 2ISVA 3CPRA 3CC1A 4S2CA 1UCWA 3M7WA 4RJEA 3LRLA 3G0SA 1WBJA 3BLFA 5DBUA 3G8RA 4UTKA 3TFXA 3GLCA 2V81A 3NXFA 3W2KA 1C8VA 5G2HA 5F1UA 3NOEA 3N2XA 1IXOA 4OU1A 5IM51 2JGQA 4LVGA 4E2BA 4WY0F 4YCOA 2DJLA 2ISSA 3W7QA 2ZDRA 3IEBA 3ZWTA 2ISWA 2VOMA 3G3MA 1QPRA 5FF4A 3KOFA 1BWKA 3EXRA 3FJLA 1GEQA 2FQIA 1M6JA 3W88A 3DFPA 1K8YA 3NYZA 4RX0A 3EWYA 5L9FA 5HR7A 1XUZA 3A9IA 4G1KA 3W7HA 1I2QA 2QCNA 2C3ZA 4DPQA 4MY1A 5F2GA 1CW2A 2E5CA 3MP5A 3SI9A 1SW3A 1JJKA 3W76A 1P1XA 3PULA 1BEUA 2HMCA 1YXDA 1OYBA 4N6FA 2XFWA 1F6KA 1OFDA 1W3NA 4PCFA 3HG2A 4LS0A 1H1YA 3LCWA 5D38A 3W83A 2NXGA 1OYCA 5SWUA 2V8ZA 4O52A 1G7VA 1ADOA 3SGUA 1J5TA 7TIMA 1PCWA 1VYRA 5D37A 4KKXA 2C18A 3JRKA 4TO8A 4YMZA 1H5YA 1K02A 3C61A 5D30A 5IBXC 3UWUA 2FLIA 5HUOA 3W84A 3QF0A 1H7RA 4GRSA 5D2XA 2ZYFA 5CG7A 3B0PA 4O53A 3TR2A 3GAYA 3TKFA 3ELFA 2NV1A 1D3HA 3BGJA 3NM1A 3QJAA 4UFIA 3UD6A 3L21A 4LY8A 5F4XA 3ATZA 1G4SA 1SSGA 5F1VA 1HTIA 1AG1O 5BNKA 3TSBA 4FNSA 2ZRWA 2BSLA 3W07A 2EAWA 2VEPA 3TH6A 1TPDA 3F4NA 3M5XA 1SFLA 3UPBA 4UNKA 3GXTA 4M6PA 1QO5A 4MLJA 4UTIA 3GR7A 3WK3A 2QCHA 3NQ6A 3UWQA 5HWNA 2FPYA 3TA6A 2A0NA 2GVLA 2TMDA 2ZZ5A 2YXGA 3TQVA 3V75A 5G1YA 4UFLA 3E0IA 3C2FA 4NXKA 2TPSA 3P74A 3S6DA 3O07A 4JYFA 4I7WA 4JXCA 4RCXA 4QSHA 4JICA 4WZHA 3U6WA 4A29A 3SY5A 3STEA 4IWWA 1JCXA 2VXNA 4X9SA 4HSOA 5A8GA 5LNSA 1FXPA 1FWWA 5D02A 4WXZA 3W1LA 1E51A 1ZALA 3RFAA 4WXYA 4JY9A 1W5PA 2A1YA 2YGYA 3W1MA 4WUIA 4JTUA 3C2RA 1IXPA 3G1SA 3NDOA 2ZA3A 2ZBTA 3AO0A 2CW6A 3EX4A 3T44A 3TV8A 1OFEA 5KZMA 1FCQA 3C8FA 4TIMA 3OEXA 3H54A 3E02A 3UXAA 4QNWA 1FWSA 2VELA 3EX2A 2V5BA 3W6YA 5BOOA 2V0TA 3HQ1A 4JS3A 2PRMA 3SFKA 3W86A 1H60A 3PUDA 1JRBA 4DBDA 4RXFA 5D05A 3ABSA 5K9DA 1KTBA 4Z0SA 3OIXA 3CHVA 4PA8A 4O1AA 1Y0EA 5DXXA 4O16A 1GVSA 3BW3A 1I8JA 3A21A 2YFNA 2YYUA 3NO5A 5F4SA 3LHYA 1NF0A 1JQVA 1H7PA 1ZY9A 3LRMA 1R2TA 1JQXA 3NQ8A 1H7NA 5CPMA 2QCGA 1LTDA 1O5XA 3W7NA 3TFCA 4JN6A 3W7CA 3EXTA 4O0KA 3NAVA 3BO9A 1SO5A 5G1TA 3ZR4A 4LW7A 4C1LA 1XL9A 5CZTA 1PL9A 5DELA 3THQA 3N2MA 2NX3A 4LUJA 4AH7A 1KA9F 1HUVA 4JTHA 3HGRA 4JD4A 3HGJA 3RMJA 2AAMA 5FEZA 1OF6A 4CCCA 1OX4A 3DFTA 5EYWA 5I3KA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3W1U A;  3NNT A;  2Y61 A;  3MKV A;  4CEU C;  3NQA A;  1TZ9 A;  1QOP A;  3GH7 A;  4L9Z A;  1GYL A;  3M5V A;  4UFM A;  4DJE D;  1G1Y A;  2WSK A;  4GI9 A;  2EKG A;  3A22 A;  2W79 A;  4IFK A;  2W5F A;  2HVN A;  3TIM A;  3CXO A;  4QEH A;  3E49 A;  2F6K A;  3Q58 A;  4IP5 A;  3KTC A;  3H21 A;  5JIP A;  3A4A A;  3CAW A;  1EX5 A;  1H0G A;  5LA2 A;  1W91 A;  5A6A A;  5KIN A;  1TR1 A;  6ALD A;  4LUT A;  2A3A A;  3H4X A;  1GVO A;  5BXT A;  1DWG M;  2WVV A;  4UFH A;  3K13 A;  1UQZ A;  2X2Y A;  1E5N A;  4JQ2 A;  1ISZ A;  1DXF A;  4Q8T A;  3I7S A;  3SAZ A;  1MVY A;  1B2Y A;  5CJN A;  2ESC A;  3GS6 A;  2VVN A;  2R82 A;  3CMJ A;  3ZJK A;  5K2Z A;  4PRW A;  3BW2 A;  3NXL A;  1AL8 A;  3ME3 A;  1IHI A;  1NOW A;  4R27 A;  3GNN A;  2F84 A;  1JUB A;  3E2S A;  2YFO A;  3BLE A;  3DHU A;  1DHP A;  1XLL A;  3JUG A;  3WLT A;  3P82 A;  4US6 A;  4R34 A;  3W25 A;  3LD5 A;  2H8Z A;  1P7T A;  1VRX A;  3ARW A;  2I57 A;  1KBI A;  2IPG A;  2OX4 A;  3MYO A;  3WLI A;  2MAN A;  3I10 A;  4JIR A;  3UA3 A;  4AD2 A;  1VH7 A;  3N2B A; 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