1LROA

Aquifex aeolicus kdo8p synthase h185g mutant in complex with pep and cadmium
Total Genus 90
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
90
sequence length
263
structure length
259
Chain Sequence
EKFLVIAGPCAIESEELLLKVGEEIKRLSEKFKEVEFVFKSSFDKANRSSIHSFRGHGLEYGVKALRKVKEEFGLKITTDIHESWQAEPVAEVADIIQIPAFLCRQTDLLLAAAKTGRAVNVKKGQFLAPWDTKNVVEKLKFGGAKEIYLTERGTTFGYNNLVVDFRSLPIMKQWAKVIYDATGSVQLPGGLGGMREFIFPLIRAAVAVGCDGVFMETHPEPEKALSDASTQLPLSQLEGIIEAILEIREVASKYYETI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Function of His185 in Aquifex aeolicus 3-Deoxy-D-manno-octulosonate 8-Phosphate Synthase
pubmed doi rcsb
molecule keywords KDO-8-phosphate synthetase
molecule tags Lyase
source organism Aquifex aeolicus
total genus 90
structure length 259
sequence length 263
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.5.1.55: 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase.
pdb deposition date 2002-05-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00793 DAHP_synth_1 DAHP synthetase I family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1lroA00
3P84A 2X2GA 2QCHA 1B4EA 1H62A 4LRTA 2V2CA 1BWLA 2ZYFA 1H60A 3C4UA 3LXAA 1BEUA 1N7KA 4Q33A 3ZWSA 4FX6M 4K7YA 4N9DA 2F84A 3L68A 1Q3NA 4NJHA 3UY7A 2CZEA 3KRZA 3TSDA 3M5ZA 4LOCA 5CSRA 4K39A 3L21A 5H91A 4GXMA 3JRKA 2YSWA 5E1QA 2FFCA 1VYSX 4OV4A 5CZTA 4DBEA 2NUXA 3OHIA 1HG3A 4GE8A 1TTJA 5CGQA 4NNCA 1P0KA 2X16A 5HJLA 3MI6A 3G24A 3CB8A 1JQVA 3NL5A 1OX4B 3QSRA 1P0NA 5J5RA 1JUKA 2TSYA 2Y88A 1XL9A 4O0ZA 2GQ8A 4O50A 3KOFA 1YDNA 4DXVA 4I7VA 1O5XA 4CNOA 2XFWA 3BW2A 4UNLA 3HF3A 3BLIA 1IIHA 1GPWA 4R34A 1D3GA 1I2PA 4CCCA 3E12A 2YW4A 4CQ9A 2ZBTA 2QF7A 4HSOA 3S5YA 1ZAJA 3KVMA 2ATMA 2LLEA 2FPYA 2C0AA 5BRBA 4RZ5A 4NXKA 1BKSA 4LNYA 4O16A 4GUGA 3N14A 4GWEA 5FEWA 3C56A 3W70A 3SGZA 1OABA 2J6XA 1IXQA 3I68A 3GDMA 1DJNA 5BNKA 4E0CA 2WV8A 2F7FA 2CLHA 4LVBA 3O6CA 4YXGA 2C3ZA 3RFAA 2VEKA 5I3JA 3R89A 3BG5A 1JCXA 1UBSA 1JRBA 3E49A 1B9BA 1GQNA 2I9EA 2VFDA 4JY8A 3W7CA 3HB9A 5EPDA 3OA3A 2AAMA 4DO6A 4N9EA 4PL1A 3TJXA 3AO0A 2CLKA 4ZVJA 3HGSA 4O57A 1JVNA 2OZ0A 3GVGA 3L0GA 4Y6GA 4OE7A 1C9DA 1OVDA 4QISA 1RPXA 4LW7A 2RDWA 4JN6A 4IMCA 3I7SA 2NX1A 5DY2A 1O94A 3LCWA 3CM4A 4IPJA 2E5CA 3C6CA 3NZRA 2ISSA 2TPSA 4BI6A 1EA0A 3TNOA 5HUPA 2ZTKA 4GUJA 3FKRA 1T96A 3G1DA 4WXYA 4IWWA 1XFBA 4MJZA 4PL2A 3W88A 2Z0IA 3OVPA 3W2MA 6TIMA 3QMSA 3H53A 3WJWA 1VZWA 2C18A 4QSHA 3W86A 3QPYA 5GVJA 3W84A 1L6SA 3TIMA 4MYAA 4NJKA 3W1RA 4DPPA 1YLVA 3CIXA 1FCBA 4HKPA 4JTFA 3F4NA 3QC3A 3LERA 4O1CA 3PSVA 3O8AA 4FHAA 3HMJG 2CU0A 3C2FA 2VOMA 3NPUA 3NQGA 3GDLA 1UUMA 4N02A 3HG3A 4JY9A 4YWIA 4AWSA 3DI0A 4UMCA 3EWUA 5HWJA 3N9RA 1RZMA 3W72A 1BWKA 1EUAA 1LROA 4AXKA 1Q6QA 2GJNA 3DZ1A 5LNRA 3BLEA 1O95A 3EB2A 4HIBA 3DKLA 2NUYA 3G1XA 4NT0A 3Q37A 1FWRA 5DY3A 5D09A 3LX9A 5BMXA 3UZJA 1VH7A 4U4MA 1EB3A 1EPXA 3M5XA 1A5BA 3IRDA 3C2OA 5G2WA 3UD6A 3CU2A 5AHIA 5BOOA 4BFAA 3CEPA 3LTYA 2ZFAA 3LXBA 4X9SA 3NPWA 1ZENA 3TDFA 2CLOA 1J5TA 3CC1A 1KV8A 2DU2A 3IEBA 5LGXA 3PAJA 3LTPA 1XM3A 2W0UA 5E0KA 1RQHA 5CPMA 4S2BA 1SR9A 2RH9A 3RK8A 4O28A 3TKFA 3W22A 4JDYA 3P60A 1VC4A 3QJAA 4JNMA 4LT9A 2QCDA 2PC4A 3NDOA 4ZL1A 1SSDA 3STGA 3M7WA 1A50A 2Y7FA 1QAPA 3HPSA 4UTIA 5DELA 5DCEA 1N55A 2YYTA 2ABBA 2Z6JA 1KM0A 3EX6A 3LHYA 4PC8A 5EMUA 1EWDA 3ATZA 4TIMA 3R2GA 2C16A 3NQVA 4MVAA 2OT1A 3M5VA 2RFGA 3P8IA 3HJZA 2DZSA 5LHFA 4KKXA 3B06A 1DOSA 1OFAA 2VENA 4S2CA 4QITA 3R12A 2Z1BA 4IX0A 4E2BA 1SZGA 4TR9A 5FF0A 1EP3A 4KFPA 1KTNA 4IXXA 3NG3A 1M7PA 3GZ3A 1H5YA 4FNUA 5DXXA 4EF8A 3WFAA 3NR0A 4RV8A 4XUGA 4PTNA 5K2ZA 1GTEA 4XBSA 3OEXA 4XZ9A 2FB3A 1R47A 1PHQA 1TRIA 5T26A 2GJLA 3MP4A 5FF3A 3GXNA 1DQXA 3DI1A 3LDVA 3W7RA 4Z0SA 1H7XA 2FPVA 1B4KA 5TQLA 3W2UA 4AWUA 1F5ZA 1SO3A 1RQEA 1TMHA 3EX3A 1H7WA 2HS8A 3LV5A 1K8YA 2QAFA 2WOQA 4JTGA 1C8VA 3NZ1A 4MY9A 3E96A 4O4WA 1FY6A 2OMAA 3L2IA 1FCVA 3GR7A 3P61A 2QCGA 2FB2A 4JEQA 2ZA1A 3B8DA 3U6WA 4A29A 1CX9A 4AH7A 2C13A 2ZRVA 3HIJA 1TPEA 3GXTA 3QMTA 3UPBA 1ZCOA 2CLMA 4UTUA 2G96A 3IV3A 3A24A 3S6DA 3T44A 3P7YA 5EKYA 1U5JA 4QNWA 4NQ1A 5CKSA 3PC0A 3EEGA 4P2VA 1K8XA 4IUOA 4K8HA 4O12A 3WK2A 1LLZA 5F4SA 4JYFA 2ZRUA 2VFIA 4WY0F 1JCJA 1XKYA 2Q3OA 5AN7A 4Z1CA 1K03A 2ISVA 1C29A 1AK5A 3L66A 2ZZ1A 2DJXA 2Y7DA 1FDYA 1TQJA 1JQXA 4H3DA 3S8HA 3W9ZA 2JBMA 1TJRA 1EEPA 1LYXA 4H6KA 2NXIA 2E6AA 3O1NA 2C15A 2CZFA 4HNUA 3A23A 4H4IA 2QCEA 3P62A 2IQTA 3QW3A 3G3MA 4FB7A 4JTSA 4DF0A 2YFNA 4LUJA 2Y7GA 2A0NA 1I8JA 1R2TA 2CWNA 4A2SA 3UWQA 2HSAA 3W1PA 1A5CA 4ORMA 1OFEA 3TH6A 1GVRA 1KV5A 5HNRA 3B0PA 3M6YA 5E93A 1W5PA 2HS6A 4OQVA 3R5EA 1ZFJA 4AB4A 4RLIA 1H7NA 3C52A 3PUOA 4P61A 5HWNA 4HNVA 1JJKA 3MBFA 3W7HA 3G3DA 2A1YA 3TXZA 3L5LA 1MO0A 5FEPA 2BX7A 4Q4KA 2QUTA 2V82A 3GLCA 5LNUA 2DJLA 1GVOA 2E1DA 5EY5A 3DHDA 4UFLA 4N6FA 2YDAA 4ADTA 4ZMGA 1QWGA 1TO3A 1YYAA 3OBKA 3IIVA 5U7SA 5F2LA 3P74A 3PSWA 4HPXA 4JIPA 3UWZA 1ZJIA 2GOUA 3GXPA 3W1LA 1WDWA 3Q2DA 4K37A 1K7XA 2VEMA 4Z1DA 4LVAA 4M5PA 1YDVA 4KFOA 3G8EA 4QNEA 2NUWA 5C54A 1K8ZA 3M43A 4NZFA 4MFDA 5K4XA 4POCA 2GPTA 1IXOA 1H7RA 3PBVA 3W7PA 4IQLA 4AWTA 5CZJA 4JTLA 3V1PA 3GNNA 3TX9A 2J88A 3P82A 3B4UA 4MUZA 3OVQA 4ML9A 4M6PA 2CFFA 1ME9A 1VR6A 3QFEA 2DP3A 2E5BA 3T78A 3WK3A 4LRSA 3DENA 4R7JA 2A7NA 1K7EA 3FIGA 3KXQA 1QCWA 1I2OA 2C6QA 4LVDA 5K9DA 3SSJA 2ZRZA 1DVJA 2NWSA 1W0MA 4WX2A 4JS3A 1EP1A 3L0KA 1FDZA 1N8FA 3UNDA 3LCXA 4ORIA 4FNPA 4W9TA 4LS1A 1OK6A 5CG7A 3GDRA 4DF2A 5AHMA 3KAOA 4WXZA 5CPLA 1X1OA 3NNTA 1RVGA 3HG2A 4K36A 1WA3A 4UMAA 4O10A 2YFOA 1W54A 2NLIA 4PFMA 3EXRA 5HUOA 4RZ4A 2DZUA 1W5NA 1WX0A 3EWZA 3HGOA 3WK1A 4JYDA 1G4TA 3STFA 4Y96A 3S1XA 4NJGA 2Q8LA 1NAL1 2B7NA 4TU1A 1L6YA 2DZXA 1AL8A 4UFIA 1SFLA 1MEWA 3G1HA 4K38A 1NF7A 1HO1A 2ZA3A 3LHVA 2H90A 5IM51 4HT3A 4WJEA 4R53A 1LBLA 1Q6RA 1ICPA 3W75A 4LVGA 4PA8A 4GJ1A 1Y0EA 2FQIA 3C8FA 1TPWA 3GKFA 3W7MA 2AQWA 4Z0JA 2WKJA 4Y8FA 3VI2A 5AHFA 4WY0B 1IGSA 3BG9A 4N4PA 2E68A 1K7FA 1WAUA 1W8SA 2PCQA 2V5LA 3W7GA 1H7PA 3P80A 1FXPA 1R2RA 3SW6A 1NF0A 3PY2A 4RCXA 1ZAHA 2EAWA 4UFJA 2QKFA 1R46A 2QCCA 1SZNA 3P67A 4DF1A 2ZZ3A 1G4EA 1CW2A 4LY8A 2ZA2A 2E5DA 2DZVA 3EWBX 4UXDA 1QFEA 1SSGA 4AF0A 4O53A 3M44A 1QPRA 4JX5A 2QJIA 3MYPA 5CPNA 5AC7A 3HGRA 5HWMA 3LCLA 3PS7A 5FF4A 1YTEA 5AOUA 4NX5A 4FEZA 4PCFA 1ZAIA 5FI8A 4MLRA 1GWJA 3G0UA 1UASA 2JKPA 1OFQA 3KVJA 3TROA 5I3GA 3LLFA 4X22A 5KMYA 1I4NA 4UR7A 2Y62A 4JXCA 1JUEA 2GQ9A 4XBKA 2YGYA 3W2LA 2WO5A 4ONVA 1S5VA 3W87A 3N19B 4FNRA 4MLJA 5C5YA 4UTJA 3NPXA 3LI0A 3JR2A 1TCDA 4O52A 4NZJA 3NYZA 3HPZA 3Q58A 1WOBA 2ZRWA 3K30A 3SGUA 4Y90A 5KITA 1O4UA 1TQXA 4OT7A 4L4MA 2E6YA 2PE4A 3ZFHA 5EYWA 4CNNA 3TAKA 5AC8A 3DFSA 2E6FA 1QMLA 3CTLA 4AAJA 1V5XA 1YADA 3LBMA 4CCEA 1LRNA 1PV8A 1KBJA 3T4CA 4BF9A 1SW3A 4GUHA 2FPTA 2V2DA 2W79A 4S1FA 3TW6A 3G0XA 3T55A 1ALDA 3QQ1A 1GVQA 1VCGA 3ABOA 1TPH1 5KINA 3E0IA 3IIXA 3E02A 2CZDA 3WJYA 5F2GA 3NL3A 1OG0A 3MI3A 3MO7A 1PCWA 2J24A 1G7UA 5LHEA 4A22A 4WZHA 3IVSA 3F4WA 1TTPA 2NWRA 2V30A 2Y6ZA 3EX2A 4G1KA 5G4WA 5SWUA 3LRLA 4FIRA 1YPFA 5D03A 2RDUA 4GNJA 3W7JA 4OV9A 4JX6A 1Q6OA 5G2IA 1IIGA 1DQWA 5D2TA 3FYPA 1X6UA 5CZSA 1A5SA 3KX6A 2I14A 2VC6A 1TPUA 4BK9A 3R13A 1DHPA 4IMFA 4HNNA 1XBVA 3PB2A 4LS2A 4C1LA 2YW3A 4O15A 5I3KA 3M0ZA 3SY5A 3L5AA 2O7QA 1XBXA 2V8ZA 2ZZ6A 3UPWA 3UXDA 1VPXA 1G7VA 3GAYA 2PURA 1XDLA 1P1XA 1X1ZA 2ZZ2A 3TQ0A 2VKZG 3NQAA 4N2YA 3A22A 3BARA 3GDKA 4ZQRA 5D04C 2O7SA 3V75A 3KHJA 3PM6A 2DZPA 4WD0A 3LTSA 2G95A 3TFXA 3ABQA 3QSTA 5D2VA 3W7NA 1XUUA 2B4GA 2YXGA 1JULA 3USBA 1VS1A 3MP5A 1VHCA 3HBLA 4Y9AA 4UCGA 1F74A 1K02A 4O17A 3SI9A 5LNWA 1YPIA 4JD4A 1UUOA 1MZHA 4FX8A 1GJPA 3M5YA 3S1VA 1PS9A 1R2SA 3TC6A 4YMZA 1UJPA 2E09A 5DLCA 3GX9A 3N34A 1I2RA 3NVTA 3N2MA 1OX6A 4GUIA 2ZRYA 2VEPA 5F4WA 4RK8A 5I3FA 1GYLA 3R8RA 2ZCGA 1AG1O 4PEKA 5LNSA 3LLDA 3M1ZA 4LV4A 1TB3A 2BWGA 2GQAA 2R8WA 2EF9A 1AL7A 1DJQA 1ML1A 2JKAA 1TYGA 3QPZA 5G1TA 3L5MA 3G8RA 5K9XA 2BZNA 1PIIA 2X1UA 3S5ZA 3TUUA 4UTMA 4JX4A 1TRDA 1F6PA 5EBUA 8TIMA 3H54A 3IGXA 1T0OA 4C1KA 3MI2A 2YZRA 1KFKA 4HSNA 2E6DA 5DXYA 5DBUA 4QM1A 1QPQA 3TW7A 1J4EA 4WUIA 4O8RA 3EWYA 4ZQPA 2PRHA 2WSRA 4UFKA 1KM4A 1Z41A 3NQFA 3CWNA 1LZOA 1VQTA 1OFBA 3O6DA 4D2JA 2R91A 1ZHAA 1DORA 4UNKA 3FLUA 4FNSA 4LWWA 4PODA 4ZZ9A 3G1YA 1VRDA 3D0CA 5MHBA 4NNBA 3A21A 1W56A 4FIQA 2TRSA 1KA9F 3N9SA 1AW1A 3LHUA 1UCWA 3CQ0A 3NQ7A 1PCKA 3FYOA 1P5BA 3LBCA 3RLUA 3PVFA 2CW6A 5CSSA 2GUUA 4CQ8A 5KZMA 1RD5A 3I6RA 1E51A 2XN2A 2TYSA 3G1FA 1Q6LA 1F73A 1SU5A 1QR7A 5D30A 2NZLA 5LNVA 4XTDA 3GYEA 3M9YA 5D2XA 2QEZA 4GRSA 1G6CA 3QH2A 5HINA 3VFLA 1D9EA 2QCNA 3UQNA 3BPWA 4M6QA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2PDF A;  1FH9 A;  1B4E A;  4ENL A;  1TEL A;  2V2C A;  2GUY A;  1CYG A;  5A2A A;  3C4U A;  4Q33 A;  4DUW A;  4FX6 M;  2XM1 A;  1S38 A;  4I9M A;  3M5Z A;  3IRS A;  3AWN A;  4GXM A;  3JRK A;  1K77 A;  2OYK A;  1D8W A;  5HME A;  4OV4 A;  5CZT A;  3OHI A;  3CAQ A;  4XIS A;  3DG6 A;  1EJ7 L;  3V36 A;  3M0M A;  1WDD A;  1JZ8 A;  3DN5 A;  4HU8 A;  4NNC A;  1P0K A;  1PX8 A;  2XHY A;  1DJZ A;  2WM1 A;  3MI6 A;  2J62 A;  3P93 A;  4PMO A;  2VGI A;  4L61 A;  4L9Z A;  1JUK A;  2TSY A;  3RM8 A;  3ZR6 A;  4B3K A;  5TD4 A;  4PTD A;  2GQ8 A;  5DT7 A;  4O50 A;  1P0D A;  3IPW A;  1FHU A;  1ISW A;  4UNL A;  4ZGY A;  3HUR A;  4LAM A;  1VBR A;  3HF3 A;  1OC7 A;  4H04 A;  2XFY A;  1GPW A;  1XC6 A;  1QI4 A;  4LAU A;  3K5X A;  2P53 A;  4GUG A;  5FEW A;  4FF5 A;  1OAB A;  1AJZ A;  4HQV A;  3TYZ A;  1JL8 A;  4GIS A;  3GUG A;  3IUD A;  4TXE A;  3WLM A;  3AIQ A;  3VNJ A;  1J9Y A;  3RFA A;  2VEK A;  1JCX A;  2ON3 A;  1SZR A;  1B9B A;  3B0X A;  2E25 A;  3FXG A;  3TA9 A;  4JY8 A;  3W7C A;  5EPD A;  1NAR A;  2XH4 A;  2XZ7 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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