1LROA

Aquifex aeolicus kdo8p synthase h185g mutant in complex with pep and cadmium
Total Genus 90
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
90
sequence length
263
structure length
259
Chain Sequence
EKFLVIAGPCAIESEELLLKVGEEIKRLSEKFKEVEFVFKSSFDKANRSSIHSFRGHGLEYGVKALRKVKEEFGLKITTDIHESWQAEPVAEVADIIQIPAFLCRQTDLLLAAAKTGRAVNVKKGQFLAPWDTKNVVEKLKFGGAKEIYLTERGTTFGYNNLVVDFRSLPIMKQWAKVIYDATGSVQLPGGLGGMREFIFPLIRAAVAVGCDGVFMETHPEPEKALSDASTQLPLSQLEGIIEAILEIREVASKYYETI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Function of His185 in Aquifex aeolicus 3-Deoxy-D-manno-octulosonate 8-Phosphate Synthase
pubmed doi rcsb
molecule keywords KDO-8-phosphate synthetase
molecule tags Lyase
source organism Aquifex aeolicus
total genus 90
structure length 259
sequence length 263
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.5.1.55: 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase.
pdb deposition date 2002-05-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00793 DAHP_synth_1 DAHP synthetase I family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1lroA00
4UTUA 2Y7GA 4IMEA 3SSJA 4HPJA 4Z1CA 3V75A 2XN0A 3TXZA 3HPXA 2J88A 4CQAA 3LERA 1YADA 3TR2A 3W7RA 3N3MA 4ADSA 3M44A 3NO5A 4J9JA 1TPC1 1CW2A 4FNTA 5BMWA 5HR6A 2Z0IA 1XKYA 1GVSA 4HHPA 1SW0A 3QYQA 4CLMA 4GBUA 3T44A 4ORMA 3W1QA 4UTTA 3GAYA 3SJ3A 5F4XA 3EKZA 2EKCA 1F2JA 3QRHA 2AQWA 3EEGA 1SW3A 5CGQA 1I2OA 3C61A 3W1PA 1M5WA 1YDVA 5DY3A 1W8SA 3P8IA 2NX9A 3T78A 5U7SA 2WO5A 4RZ6A 1XDLA 4O54A 3F4NA 4YMZA 2W0UA 3M5ZA 4OGZA 3W7IA 1TPEA 1ME8A 3HBLA 1IXOA 2C13A 1FCBA 1DJQA 2JKAA 3NA8A 3O16A 3TAOA 1A5SA 1Z48A 4WUIA 4FNQA 2X1RA 3BLEA 2YX0A 2QCHA 4G1KA 4LWWA 1GYNA 5DCDA 4TMBA 3TIMA 3ELFA 1PVNA 1X1OA 4JTTA 3CM4A 4K39A 2HSAA 3P5YA 1JCNA 4AEOA 2YSWA 2ISVA 4D2JA 4PTNA 2GUUA 4BR1A 3B03A 2GQ8A 2A85A 5D2WA 3QFEA 4UIOA 1OX6A 3UWVA 2ZRVA 1JR1A 4RK8A 5CZ0A 3QJAA 2FPTA 4OWGA 1GVQA 4O1CA 3OVPA 1QOPA 3N19B 1X8FA 5EYWA 1F6KA 4EF8A 6ALDA 3W74A 3KVJA 4MZ1A 5HWMA 1H63A 3MYOA 4DO5A 1IXNA 1YDOA 4A22A 4P61A 3NL3A 1MEHA 2CFFA 2FB2A 3NGJA 4FNSA 5D02A 1KM2A 1LDCA 2ZRXA 3N73A 1P1XA 3U8GA 5IM51 3WJWA 4H6KA 1GVOA 3EX3A 3HGSA 2ZZ2A 3M43A 1UCWA 5DLCA 1N8FA 2RDTA 4QIUA 5F4SA 3DFSA 4DEFA 4WX2A 3HG4A 1XI3A 1TB3A 4KKXA 3FYOA 4MIMA 3FJLA 4JD4A 4K37A 1W31A 2NUYA 5E93A 3NXFA 2ZZ4A 2YW3A 3FJ6A 2EGZA 1EUAA 2IQTA 1H62A 3TCEA 4XKYA 3DENA 1HTIA 5FF7A 5FEXA 3IV3A 3NDOA 5K4ZA 3NPVA 3QW3A 4ZQCA 2BSLA 4IPJA 3QW4B 1KM6A 3W7PA 2VFEA 3ZFHA 3UZ5A 4HN4A 4AWSA 4WJEA 2BXVA 2CW6A 1W54A 3DHFA 3QF0A 4FIQA 4YXGA 3N9RA 4R7JA 4UFMA 1EB3A 2H3DA 2H6RA 4ICNA 4CCDA 4NXSA 2QCDA 2WSQA 4UMBA 1H60A 5AB3A 5BNKA 5D05A 3NQDA 5D2VA 1Z41A 1D9EA 3S0CA 4LT9A 1KA9F 4RX0A 4IUOA 2FDSA 3W2KA 3ABOA 3M1ZA 3MWAA 1W3NA 3H53A 5HUPA 4RXGA 4ADUA 5U4NA 4YCPA 3L2IA 1B9BA 1O60A 3G24A 3PBUA 4BWLC 1W5MA 1JJKA 2EHHA 3CEPA 3W23A 4CQ9A 2R91A 3EKLA 1FWRA 3W1NA 4N9EA 1XXXA 3LCFA 1SW7A 3HPSA 2DJXA 4IQLA 1JQVA 3CLMA 3A5FA 1WBJA 2GPTA 4IXXA 4DF1A 3HQ1A 3TFXA 1DHPA 2ABAA 3WK3A 3CIWA 3GAKA 4Z1AA 3F1QA 1SFJA 2FB3A 1IGSA 2QCGA 3RLUA 5J5RA 2CLIA 2QKFA 3DAQA 2YR1A 2CLMA 3TKFA 3N2MA 4QISA 3W7HA 2QCEA 4JIQA 5K2ZA 1ZJIA 4RR4A 1WAUA 1XUUA 3KRZA 4CCCA 3L68A 1RQEA 4RLIA 4DBEA 2H8ZA 1K3UA 5LNVA 2ATSA 5A8GA 4ADTA 3LXCA 2QEZA 2R94A 4Y96A 3LTPA 3SGUA 4WY0B 2TMDA 1DOSA 1EPXA 4R33A 1MEIA 3WJSA 3D0CA 2Y7DA 3OVRA 1XBXA 5DXXA 1XDMA 1PHWA 3GDTA 2WKJA 3OIXA 1OX4A 1AW2A 3KOFA 4AWTA 3W71A 3TH6A 3L66A 3W7MA 4K7YA 3TU9A 1XBYA 3C6CA 1VH7A 2C19A 3B0VC 3BVJA 5HWJA 1H7PA 2DJLA 3F03K 3FYPA 5F1UA 3WJYA 4NZJA 1SO6A 2KZHA 2X1UA 1LROA 1G67A 3DZ1A 1TPDA 4IJBA 2FQIA 4KFNA 3P7YA 3W83A 1FWNA 1JCYA 3THAA 5LKYA 3GK0A 2GOUA 4MVAA 3EWUA 3W07A 1G4PA 2BTMA 5AC7A 1QOQA 4FNUA 1A5BA 2RFGA 3OHIA 5EY5A 2ZDRA 2P0OA 3QPZA 3KXQA 4JTUA 3PM6A 2WJZA 3TSMA 1U5JA 3VE9A 2CU0A 5CPMA 3THQA 3B0PA 1WX0A 1GG0A 3LTSA 1QPNA 1LOSA 3DGRA 3MJYA 5DBUA 1DJNA 2HTMA 3O6CA 1JVNA 1LOQA 1WXJA 2B7NA 3IEBA 3QMRA 3A21A 2Q8ZA 4X2RA 2DZXA 3LHVA 1QO2A 3A22A 3QZEA 4YL2A 4DQWA 1E51A 4EWND 1KM5A 3GZ3A 4ZQRA 3O63A 3W72A 2ZZ1A 2Z2UA 3TDFA 4NNCA 5LGXA 1YXCA 2V81A 4JR5A 1S3HA 1TPVA 3KAOA 4GRSA 4QNWA 1ZAIA 1O5KA 2HS6A 2V5LA 3I7RA 4MY8A 4JNMA 5AYYA 1KV8A 2QDHA 3UWZA 1KBIA 3P80A 5CG7A 1TPH1 5LNUA 1LBFA 1SSGA 3U6WA 3GX9A 1LLZA 1I8JA 2CLFA 3DH7A 2ZZ5A 4N02A 1DBTA 2YPIA 2DP3A 4HT3A 3UNDA 3NOEA 4O28A 1KM3A 3UZJA 1NAL1 2YFOA 3STEA 1R47A 2HS8A 2P1FA 4JDBA 4UTWC 3OG3A 5HNRA 3C2VA 4O53A 4IPIA 4K8HA 1DORA 1K02A 1ONRA 1PL9A 4H3DA 1B57A 1KW1A 4O0KA 1A5CA 3G0XA 4CQ8A 3C2OA 5I3FA 3EWXA 5SWUA 2V2CA 4UNLA 3BW3A 3EWWA 3GYEA 1JCMP 1H61A 1JUBA 1M6JA 1TPWA 1R46A 3S8HA 1JUEA 3STGA 2RDWA 4ZVJA 2EF9A 2V30A 1LLWA 3NVTA 3EWYA 1TJRA 3NQCA 1EP1A 3W1MA 4CNNA 3QPYA 2OT0A 3QQ0A 3UY8A 3O05A 2NXIA 2H3BA 4MFEA 3M47A 4TU1A 2Q3RA 2RKXA 4UNKA 1G69A 1AW1A 2RH9A 3NL5A 4Z0JA 3ZWSA 4JX6A 3H55A 4R34A 2VEPA 2GVLA 2VEKA 1KFCA 3GXTA 4Q4KA 4O57A 4OV9A 4NUWA 4AHQA 4XKYB 3PUDA 5I3GA 2WNZA 4WY0F 2VENA 5G1TA 1ME9A 3IVSA 4LC6A 1XUZA 4MLRA 3GB6A 2VEIA 3ANYA 3W1RA 1XCFA 4ZQOA 3W1LA 4JTJA 4U28A 4N9CA 2ISWA 2QF7A 2J9YA 2X1SA 4LS2A 3CHVA 3NM1A 1K8ZA 1U83A 1ZCOA 2A7PA 4LVBA 4O15A 4WOQA 1WA3A 4M6VA 3GDLA 3R8RA 2A6LA 4EIVA 2QCDB 1ICQA 3HGJA 4AH7A 1R2SA 3LV5A 2I9EA 3DU0A 3PG9A 5EKYA 2D73A 1Q3NA 1WOBA 3LOTA 3W22A 2VELA 3CU2A 4HSOA 1LRTA 3WK1A 1H7WA 1Q6OA 3M6YA 1TPFA 1VJIA 1SPQA 1B4EA 2O7QA 2X2GA 4O4VA 4MJZA 1H1ZA 2J24A 3W1XA 4NJKA 5KMYA 2QJGA 4NXKA 4DXVA 2FPYA 3KX6A 3O07A 3M5YA 3C0JA 4LVDA 1W37A 1EIXA 3MW7A 4N2YA 3MMTA 3VCRA 4E38A 2ZRZA 3E02A 5CKSA 2B7QA 4XWUA 2OZ0A 5F2GA 3PY2A 3UWUA 4QSHA 2GJNA 3L21A 2NXHA 4A29A 3NZ1A 3TSDA 3NQFA 4NU7A 4XQ6A 4O17A 1F5ZA 3JS3A 2J6XA 2C16A 3BGGA 3TQVA 1QR7A 3CTLA 1B3OA 1OYCA 2Y6ZA 4LVGA 4HNNA 4CNPA 2QCMA 3IIVA 1KLYA 1FX6A 4Z1DA 3FIGA 3P81A 3I7QA 4JY9A 1IXQA 1TREA 4PC8A 1H50A 2I1OA 5G4EA 2DZUA 2ZRYA 5CZTA 3IGXA 4NJGA 4UCGA 3TXVA 5BOOA 4P2VA 3B8DA 1W3IA 2VXNA 1BWLA 3BARA 4GUHA 2E6YA 4RXFA 1ZALA 3HPZA 1QAPA 4U4MA 3T7VA 3GKFA 1QO5A 2TSYA 1SR9A 1WQ5A 4DPQA 1AK5A 3PB2A 2WOQA 3Q94A 2JGYA 4LS1A 2GVGA 4JN6A 5DCEA 4DBDA 1VC4A 5C2XA 3MYPA 1KFBA 3BG5A 3S1VA 2DORA 3QEZA 1LP6A 1BEUA 1Z42A 4IX2A 1FUYA 3BG3A 5K4XA 1H1YA 1K03A 3PSVA 4PFMA 3HMJG 2ZA2A 1VPXA 3P74A 5K9CA 1OFDA 1PCKA 5G5IA 1VCVA 1I2PA 1ML1A 5L9FA 2OT1A 2YXGA 1PE1A 3NQ6A 2E6FA 4FNPA 3ABQA 5G2WA 1FCUA 4O10A 1HO1A 3G1DA 4O14A 1W5OA 1TV7A 4K38A 2QUTA 1A50A 3TW6A 1RD5A 2TPSA 4LTSA 2VEMA 4TR9A 1Z44A 5BRBA 4NNBA 4IOTA 4LVFA 4GUGA 3YPIA 1HL2A 2CZEA 1J5TA 5T26A 1KTBA 3W7GA 4GE8A 3DXIA 2ZA3A 4A2SA 1I2QA 5F2MA 4NZFA 2P10A 5HR7A 1AL7A 3MI3A 3LCLA 5LZLA 4FXSA 3DBPA 2DZVA 1IIHA 1W0MA 1EWDA 1EA0A 1C29A 4K6AA 3TJLA 4N4QA 1GZGA 4WD0A 5C55A 5HINA 3C2FA 2J9XA 1TRIA 3ABSA 4XUGA 3ZWTA 1YDNA 1SSDA 1VCGA 5D2TA 4JTIA 3VNDA 2E09A 2B0MA 4PL1A 4AHOA 4LRTA 2W79A 3NQGA 2YW4A 5CZSA 4UFLA 3MP5A 4UFHA 3NQ8A 3QC3A 4XBSA 5F1VA 3LBCA 5G4WA 2LLEA 4UTIA 2CLOA 3NL2A 3BGJA 3JRKA 3JR2A 3VKJA 2E6DA 1HFBA 1GJPA 7TIMA 1I45A 3B4UA 1KLZA 1UASA 4X9SA 5HQEA 4GNJA 5HUOA 4IWWA 3VFLA 1YLVA 1Q6RA 1BWKA 5AHMA 4ALDA 4FB7A 1FDZA 4L4MA 1SO4A 1UJPA 4UFJA 1V7YA 4RCXA 2VOMA 4NNAA 5AHEA 5BW6A 1PS9A 2QCNA 1K7XA 1LCOA 2BWGA 3KFTA 4A3UA 2DU2A 3W73A 3PC0A 5FEPA 3L65A 2FPVA 1TPUA 5CPNA 3OBKA 1TSIA 1S5VA 1G4SA 3L0NA 3UXDA 3G0SA 3L0KA 4LUIA 3HGRA 3M5VA 1B4KA 3LBMA 4MOZA 2W6RA 1ZENA 3G0UA 2PC4A 1Q45A 2NV2A 3B0UX 3W2LA 3WJXA 1LOLA 5K3VA 1GEQA 4JTHA 3L5MA 1LORA 3A5VA 1HO4A 2NUWA 3NQEA 5D30A 3LLFA 5CPLA 1MZHA 3W2MA 2V0TA 4MZ8A 3RLVA 5LHEA 3QQ1A 1MSSA 3S5ZA 5K9XA 2C3ZA 3P67A 3TNOA 3C52A 1I4NA 3TV8A 5D32A 3DI0A 5AHLA 5TIMA 3S6DA 3W84A 5KINA 2PRMA 1SUXA 4B5NA 3CPRA 4Y9AA 2YZRA 4WZHA 2GJLA 4O13A 3NR0A 4M6PA 4BI5A 3LB0A 3TC6A 3HG3A 5E0KA 4QAIA 4OU1A 2G97A 1TMHA 5FF3A 1V5XA 3KVKA 3SZ8A 2QUVA 1GVFA 4AVFA 3DKJA 5AC8A 4MZYA 4HNVA 3LXBA 2YGYA 1H7NA 1GTEA 2NWSA 4FO4A 4MLJA 4ZZ9A 4KFOA 1Q6QA 4AF0B 3LHZA 4MY9A 3HGOA 4JGDA 2YDAA 3HG2A 1DV7A 1FY6A 4FIRA 1KFJA 2A21A 4QNEA 3NAVA 3PS7A 4Y90A 3PULA 4O1DA 5G1YA 1UUMA 2X1TA 4DF2A 3R2GA 3NQMA 1TTQA 4X3ZA 3P61A 1OFRA 2NZLA 3NQ2A 3ZS4A 5C6MA 3BW2A 4MY1A 5K7JA 4O11A 2R8WA 3G1FA 1WYIA 3G1HA 4OV4A 4BWLA 3LI1A 3CEUA 1FWTA 3G22A 2RHGA 1KFEA 3IRDA 5FI8A 3BK0A 5AHFA 5H2ZA 1GOXA 1DQXA 1I2NA 1KFLA 3NPUA 4A21A 4LU0A 3MP4A 3FKKA 3LV6A 4HNTA 3IIXA 2ZYFA 2OX1A 4BK9A 2WV8A 3LI0A 2V2DA 4S2CA 1IF2A 3EXSA 3UY7A 2CLEA 3TMLA 2A7RA 4W9TA 2QAPA 1BKSA 1UUOA 3BPWA 4S2BA 3L5LA 3W6YA 4LRSA 1XBZA 4A2RA 1F05A 4YLWA 3F4WA 1UBSA 2C6QA 1DKWA 1T8XA 2NX1A 3LTYA 4JYDA 3W7EA 5HMSA 3QM3A 4JICA 4R53A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3WLO A;  4LJ3 A;  1UWQ A;  2BHZ A;  4AZC B;  3EEZ A;  4CQA A;  3N3M A;  5CPS A;  2FHC A;  4R88 A;  1U5H A;  3GIQ A;  1V02 E;  1CW2 A;  4FNT A;  4F2T A;  2ZX8 A;  3M46 A;  1XKY A;  4HHP A;  1SW0 A;  4BY3 A;  3FXY A;  3QV9 A;  3ZIZ A;  1TV4 A;  3EKZ A;  1SW3 A;  3ZJK A;  4JEJ A;  3W1P A;  1YDV A;  3P8I A;  1NP0 A;  2XIO A;  1B54 A;  4RZ6 A;  1XLJ A;  3A64 A;  4O54 A;  4YMZ A;  1FWE C;  3W7I A;  1KRC C;  1FCB A;  1DJQ A;  3NA8 A;  1QPK A;  3O16 A;  3KBM A;  1K4G A;  1E5N A;  3GNR A;  4GVI A;  2YX0 A;  3U7B A;  4QLJ A;  4M24 A;  1CDG A;  5DCD A;  1JDC A;  1PVN A;  1X1O A;  3B9O A;  1U30 A;  4AMC A;  1JCN A;  3DHU A;  3N15 A;  2YSW A;  4UOZ A;  4K3Z A;  2ISV A;  1SFS A;  5CSY A;  1V3M A;  5D2W A;  2XGB A;  2HE8 A;  4X0N A;  2ZRV A;  1PB0 A;  2V3E A;  1XQK A;  1BYA A;  4HHL A;  2FPT A;  2X40 A;  4IP7 A;  4O1C A;  4WGH A;  2G3M A;  3OVP A;  1X8F A;  4J4K A;  1TG7 A;  1HNY A;  5FJU A;  4BQ3 A;  2VX4 A;  4DBU A;  4RE2 A;  3W74 A;  2CBI A;  5HWM A;  3PPH A;  4M1B A;  4NG3 A;  1JXJ A;  1MEH A;  4FNS A; 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