1LRQA

Aquifex aeolicus kdo8p synthase h185g mutant in complex with pep, a5p and cadmium
Total Genus 92
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
92
sequence length
263
structure length
263
Chain Sequence
EKFLVIAGPCAIESEELLLKVGEEIKRLSEKFKEVEFVFKSSFDKANRSSIHSFRGHGLEYGVKALRKVKEEFGLKITTDIHESWQAEPVAEVADIIQIPAFLCRQTDLLLAAAKTGRAVNVKKGQFLAPWDTKNVVEKLKFGGAKEIYLTERGTTFGYNNLVVDFRSLPIMKQWAKVIYDATGSVQLPGGLGDKSGGMREFIFPLIRAAVAVGCDGVFMETHPEPEKALSDASTQLPLSQLEGIIEAILEIREVASKYYETI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Function of His185 in Aquifex aeolicus 3-Deoxy-D-manno-octulosonate 8-Phosphate Synthase
pubmed doi rcsb
molecule keywords KDO-8-phosphate synthetase
molecule tags Lyase
source organism Aquifex aeolicus
total genus 92
structure length 263
sequence length 263
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.5.1.55: 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase.
pdb deposition date 2002-05-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00793 DAHP_synth_1 DAHP synthetase I family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1lrqA00
5BNKA 1F05A 1MXSA 1TPH1 2C6QA 4HT3A 5D38A 3TA6A 3CC1A 4GUFA 3W1NA 3LHUA 4MUZA 3W72A 4N02A 2J9YA 2O7SA 3L67A 4DELA 4K7YA 1DQXA 3GDMA 2Z6JA 2R94A 1YYAA 2HS6A 4N9CA 3L0KA 2GOUA 4CLMA 3CM4A 3NL2A 1YTDA 3KVKA 5DCEA 1XCFA 1JUEA 4JDYA 1B9BA 1H1YA 2GVLA 1JCXA 4O1DA 2VFGA 3IRDA 1DJQA 4WOZA 5LNWA 1TPC1 1XM3A 4M6VA 3S8HA 4WX2A 3LRMA 1VQTA 3TKFA 4M19A 2RDTA 5D09A 5AYYA 2A21A 4LUIA 3DXIA 2C19A 2J6XA 4FNRA 5HUPA 1KBIA 2Y88A 3C2VA 5AHNA 4CCCA 4B5NA 2FPTA 5FF7A 5C54A 3L5MA 2FJKA 1GG0A 3W1MA 4Z0SA 1S3HA 2XN2A 3LLDA 1JRBA 3TK7A 2WO5A 3PY2A 2FIQA 3N2XA 3NQ8A 2Y6ZA 5K9XA 4BR1A 4O4WA 5AC7A 3TXVA 5D05A 4K8HA 2QAPA 3W6YA 2WJZA 4OU1A 1GTHA 1TQJA 2Z6IA 5DXYA 2EF9A 1G4EA 4ADTA 5I3IA 4Q32A 3S1UA 1T99A 3BPWA 3NPUA 4EF8A 3EX6A 3ABRA 4LS2A 1LTDA 2EPHA 5F4XA 2B7PA 1TIMA 2H3BA 3DU0A 5FEZA 4DO6A 4JTHA 1YDVA 3MP5A 4JD4A 4Y9AA 3W2UA 4AWTA 4GBUA 3A21A 1ME9A 4N4QA 4L4LA 2Y70A 3C56A 4LOCA 3QQ1A 2NZLA 3O6DA 1PHQA 1DBTA 1PCKA 4LWWA 1OYAA 3E49A 4HNTA 4UC5A 4UFMA 1F76A 4S1FA 4JN6A 3MBFA 3FIGA 2PRMA 3DZ1A 3LLFA 3DHFA 3UWVA 5AC8A 2YYTA 4UMBA 1EWEA 3QMTA 3O15A 2QCLA 5F2MA 2QDGA 4AMAA 4DEFA 4RXGA 1AMKA 1OABA 1JJKA 1VHNA 4C1KA 1THFD 3VKJA 1KTBA 3T44A 1YPFA 2A5HA 4RZ4A 1VYSX 5A5WA 3UPBA 3VI2A 1FWNA 3A22A 5CPMA 2QUUA 1WYIA 3MHUA 1VH7A 3MUXA 4RZ5A 3TR2A 1LZOA 3QF0A 5IBXA 4NXSA 1VYRA 3NOEA 1M7OA 4LC6A 1PV8A 2J24A 3ZWSA 2H8XA 4OHQA 1FWTA 4TMBA 1EUNA 1SZFA 3QPZA 3PG8A 1KTCA 2ZZ5A 4N9EA 5K9DA 5KZMA 3PB0A 4MY8A 4QNWA 2YPIA 5FEXA 3S0CA 4QM1A 3SJ3A 1QOQA 3O05A 1TRIA 4LY8A 5U4NA 1H7XA 4FIRA 4H4IA 3DBPA 4TIMA 1GEQA 1EWDA 3EX3A 4CNPA 1OFPA 4M7TA 3T78A 1FXQA 3M47A 3IEBA 1I4NA 3NA8A 2RDUA 2V81A 2WKJA 3PF3A 3T55A 2V9DA 1KM0A 5I3HA 4GWEA 2HS8A 2QCEA 3ABSA 4GC4A 2ZA1A 1H1ZA 2EAWA 5D04C 3G0SA 4I9AA 1OFEA 8TIMA 3L21A 3HPSA 3OIXA 2TPSA 4DBEA 2GQ9A 3G0UA 1TV8A 1R46A 1ONRA 3S5NA 4YXGA 1FDJA 4IX0A 3RF9A 2QUVA 3HJZA 1PS9A 4K36A 1O95A 3CT7A 3HPZA 1HO4A 3SECA 2DZWA 2NX3A 3M5VA 4IOTA 2BSLA 2BWGA 2QCMA 4PL1A 4QSHA 3G22A 3DKJA 2OT1A 1D9EA 2DZUA 3CEPA 4RX0A 3LXCA 3NQEA 1Q3NA 1Z41A 5HWNA 2PC4A 2AGKA 4HSOA 4RKAA 2Z2UA 4TMCA 5CG7A 5CZ0A 6TIMA 4MIMA 2E77A 4MOZA 1FWSA 4ZMGA 3W86A 1OFDA 3LHYA 2ATMA 4I7VA 4PCFA 4EF9A 3NQAA 4K39A 4IUOA 4UTTC 1F5ZA 3E0IA 3LHZA 3P7YA 3T4CA 1VCVA 2B0MA 1MEIA 4OT7A 3W70A 4BI7A 1K7XA 5TQLA 4N9DA 3L5AA 1FBAA 2VEMA 3TV8A 2CFFA 1P0NA 3ELFA 3LGEA 3S6DA 3BVJA 4UFIA 3TAOA 2BZNA 1TQXA 3GZ3A 5G2IA 4YMZA 3LV5A 3G18A 4FIQA 3W7HA 4XBKA 1O94A 5LHFA 3SW6A 2W0UA 4XBSA 5D2WA 3EXRA 2ISVA 4N9BA 2TYSA 3WK2A 4HN4A 3PUDA 5D2VA 1TREA 4KWVA 2NXGA 2PE4A 4YWIA 3G3DA 5U7SA 1AL8A 1DL3A 4OV4A 1SW0A 1ZAIA 2GQ8A 3L66A 3EX1A 4ZQMA 1S5VA 3BK0A 4UTTA 1SW3A 3VE9A 1XKYA 1OFAA 3VCRA 2A0NA 1FY6A 4Z1AA 3Q37A 1QO2A 2NV2A 3R12A 4WJEA 4EIVA 3EKLA 1N7KA 1IXPA 5DBUA 5EPDA 1SUXA 3BLEA 2C3ZA 4L4MA 3THAA 5KTLA 4G1KA 1W56A 2QCHA 4O8RA 1UBSA 3ATYA 4O1AA 4AHOA 3BG9A 3A9IA 3S42A 4UFLA 2E6AA 5FEWA 3SZ8A 3DFTA 4MYAA 3DFNA 4IMFA 2ZBTA 5HQEA 2P0OA 3P5YA 1P0KA 4R7JA 2FDSA 2V2DA 3KX6A 3P62A 3NPVA 3CHVA 1ZALA 1TPFA 1I2OA 1KV8A 1ZHAA 3E96A 2C13A 4P61A 1MO0A 3CU2A 3NQ7A 1V7YA 5EBUA 2R91A 3BLFA 2YSWA 2ZA2A 4AEOA 2VC6A 4KFNA 4NJKA 2VEKA 1RVGA 1QFEA 4A2RA 1QWGA 1TB3A 1UASA 1AK5A 1GOXA 3KXQA 2B7OA 1H7WA 1KFJA 3W2JA 3GDKA 4O12A 4Z1DA 1EPXA 4PODA 1L6YA 2Y63A 2VFEA 3I6RA 1T8XA 3G1AA 1KM1A 1HTIA 5KZDA 3PM6A 3SFKA 3OEXA 4JTEA 2EHHA 3R8RA 3OA3A 3O6CA 3R5EA 1SSGA 1OX4B 5DCBA 4PH6A 1GVOA 2ZRZA 3FYPA 1PL9A 3W1RA 4XUGA 1MEWA 5G4EA 2A7NA 2EGZA 3KRZA 4O1CA 4ZQCA 3C4UA 4UUIA 1DORA 2V82A 5AHIA 1Q6QA 2YR1A 1FXPA 1I2RA 5CPNA 2ZZ2A 3WJYA 1IIHA 1EP2A 5FI8A 2ZZ3A 2V30A 3G1YA 3W75A 3M6YA 5G2WA 1JCYA 2VEIA 1RPXA 3W1PA 3N2MA 2VENA 4NJIA 1ZFJA 4FX6M 2ZRWA 5AB3A 2H6RA 3FOKA 2HTMA 3STFA 4CCEA 5BW6A 1V5XA 1ICSA 3L5LA 3LCLA 3W1XA 4NU7A 4EOUA 3HPXA 3P81A 2DP3A 3MYPA 2A7RA 5C2XA 3PS7A 4U28A 5CZJA 2WSQA 2QCCA 2ZDRA 3LXBA 2H3DA 1KLZA 4ALDA 2B4GA 3G1SA 4FNQA 4PA8A 3KOFA 4LVAA 2I1OA 3I7RA 2QJHA 5D37A 1TSIA 1B4KA 4JEQA 4E2BA 1OFQA 1A5SA 4FX8A 3KRSA 5F4SA 5F2LA 2TRSA 2FQIA 2VFHA 2E5BA 1AW5A 1H60A 1ALDA 3BG5A 1SO5A 4AHPA 4C1LA 2DJLA 2RKXA 3KVLA 3LCHA 1Q45A 3LB0A 4KKXA 3LCWA 3P84A 4FNUA 3GVGA 2A6NA 3QZEA 4UFHA 3TW6A 1KW1A 3A24A 4ZZ9A 3LX9A 4H6KA 3G0XA 2FPVA 5DELA 3BG3A 4UMAA 3TNOA 3UWUA 3QSTA 5KMYA 3GXNA 1JR1A 2QF7A 3HO8A 3QH2A 2OJPA 3HBLA 3USBA 3TFCA 3QC3A 4M7SA 4UTWC 3PG9A 3UYCA 4UTLA 4NXKA 2PRHA 3G8EA 1KM5A 4FNPA 4O52A 1L6SA 1VGAA 3M44A 1W5QA 3HB9A 2YFNA 1ZCOA 3C0JA 4AF0A 4ONVA 3PSVA 4DO4A 1GT8A 1WBJA 3O1NA 4NNBA 3NQFA 3EX2A 3S9YA 3M5YA 1LLZA 1B3OA 4XKYB 3PVFA 2CLKA 1I2QA 4GNJA 3THQA 1XBVA 4MY1A 2YCEA 5K7JA 1QDSA 1LRNA 3ZR4A 3W3OA 2YGYA 3HGSA 1KBJA 3DFSA 3L68A 5D03A 3NM3A 3QEZA 1KFCA 7TIMA 3V1PA 4UTWA 5DXXA 1O4UA 3B0VC 3WK1A 5FF0A 2VOMA 1GYLA 3HGOA 3D0CA 3R13A 5LGXA 4LVFA 3VE7A 2ZZ7A 4WUIA 2V2HA 1LOQA 1OX6A 3JS3A 3EXTA 2QCDB 4R53A 3RU6A 1FCBA 4K37A 3W85A 3QW3A 1VS1A 1PCWA 3GLCA 5D30A 1DVJA 3TUUA 4RJEA 4Z1BA 3W7IA 2NWSA 4AVFA 1T0OA 3WK0A 3SI9A 4RCXA 1QPNA 3KHJA 4XZ9A 3TC7A 2DJXA 1GVFA 4N6EA 3BLIA 1EA0A 4NX0A 2G96A 4HPXA 3W2NA 4ORIA 3M5XA 1YTEA 3STEA 3OVPA 4GXMA 4I7WA 5G4WA 1H51A 2BTMA 1ZJIA 3P60A 5IBXC 4E38A 4OBTA 1X1OA 5CPLA 4O15A 3O63A 3IGUA 4OV9A 3CEUA 3NXFA 5DY2A 5HWJA 3W7RA 2TSYA 3QMSA 4BI6A 1OFOA 3LM7A 3NL3A 1G4TA 1FCVA 4UR7A 2Q3OA 3MBDA 1LM1A 5D2XA 3W07A 1AL7A 4AWSA 2RHGA 1SFLA 3CTLA 3G1XA 1G7VA 2H90A 2YFOA 5LNVA 5AHMA 3G1DA 5AOUA 3W71A 3BGJA 4H3DA 3UXDA 1XXXA 1PVNA 3GNDA 5F1UA 1LLWA 3KVMA 5FF2A 4HIBA 3MO7A 1W1ZA 3EEGA 3S1VA 2ABBA 1F6KA 4NX5A 3W7PA 3RLVA 4UTJA 3LTYA 1HG3A 3C8FA 3O8AA 3FA5A 5MHBA 1W8SA 4FEZA 1W31A 1H7OA 2YW4A 1ADOA 4JY9A 2NXHA 2QCGA 4JYDA 1VLIA 5F2IA 3KVJA 2X16A 1UJPA 2NLIA 1JCLA 4OGZA 1GJPA 3GYEA 3W7NA 1WQ5A 1YXDA 1JUBA 3BW3A 1TPDA 2VFDA 4Z1CA 2TMDA 4TR9A 2R14A 2NX1A 3ABOA 2WNQA 3F1QA 3W76A 1BKSA 2R8WA 3CPRA 4XQ6A 1HFBA 4WY0F 1UCWA 3TSMA 4ICNA 5LNRA 4QJ1A 5I3GA 1H50A 1IIGA 3NPWA 2ZCGA 2RDWA 3KAOA 4MFEA 3B03A 3DKLA 3IIZA 4IMEA 4N6FA 3NQCA 3P61A 3IIPA 1GVQA 4LVBA 1UB3A 2Y7EA 4WY0A 1GPWA 2ZYFA 4LRSA 1PIIA 1TTIA 4J9JA 3IGSA 1H7NA 1H61A 1KA9F 4JTUA 2EKCA 4QNEA 3GNNA 2A7PA 5HINA 3TSDA 3W83A 2QR6A 2Q8ZA 2VEPA 1JUKA 5HUOA 3W7JA 5EY5A 1F73A 1X8FA 2CLOA 3MHFA 5CZSA 3CB8A 3B8DA 3G1HA 4O1BA 4Q4KA 3W2LA 3FYOA 4E0CA 4RXFA 4DF0A 3C3NA 4NQ1A 4UTKA 3UWQA 5K4ZA 1H62A 4UNKA 1EUAA 4FX7A 3OHIA 1IXOA 4GFSA 3QQ0A 5HMSA 3PB2A 4LU0A 5L6UA 1K3UA 1B4EA 4GUIA 2GPTA 1J5TA 3CIWA 1SZGA 3MW7A 1YTKA 1TTQA 1Y0EA 4LV4A 2ALDA 2V8ZA 4NZJA 4BI5A 3BO9A 4MYXA 2A85A 1SZNA 1DHPA 1M7PA 4MY9A 2FLIA 3TXZA 4TU1A 2QAFA 4EVZA 1LRTA 3UWWA 4HSNA 4CNNA 3UNDA 2F7FA 3BW4A 3B0UX 1SO4A 3NO5A 3SR7A 4RZ6A 1JCJA 4UTHA 4HNUA 1EP3A 2NX9A 1KFLA 5CZTA 2Y7GA 3UWZA 1TYGA 4CCDA 4GUHA 3P8JA 3TROA 3SGUA 1GWJA 3TCEA 3DFQA 1R2SA 3GIYA 5LKYA 1Q6OA 4W9TA 4O0ZA 1YPIA 5C55A 3LCGA 3OVRA 1TCDA 3V75A 2W79A 3GKFA 3ZS4A 1L6WA 2RH9A 3R89A 4N2YA 4JXCA 3SY5A 2QKFA 2BLEA 1H63A 1I8JA 3MMTA 1KLYA 2ZRUA 5EA9A 5F1VA 4RV8A 3M7WA 4CNOA 3NQGA 3CIXA 3NR0A 4ZVJA 5AFDA 1DV7A 2WPBA 3GAYA 1KM2A 3P82A 4WZHA 4FNSA 3H53A 4HNNA 3A5FA 4NUWA 1K8XA 4M5PA 3G3MA 5KINA 1WDWA 2Y85A 4JTSA 3DFPA 4MVAA 4NJHA 1KFBA 1RD5A 1H5YA 1VZWA 4LVDA 3EWUA 1P1XA 3M41A 4BWLA 4OE7A 3YPIA 3UQNA 3N14A 3RLUA 2JGYA 2FB2A 3RNDA 4MFDA 1GVRA 4JR5A 3TQ0A 3GR8A 3NPXA 1LBLA 4JTLA 3BW2A 2WV8A 3CLMA 1XDMA 3TAKA 3DI1A 2X1RA 4CQAA 3L65A 2C1HA 2CZ5A 4Y96A 1J4EA 1VHCA 1QR7A 4O11A 4U4MA 1K7FA 3KRUA 1Z44A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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