1LRT | Genus

Total Genus 109

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	109
sequence length	358
structure length	338
Chain Sequence	AKYYNEPCHTFNEYLLIPGLSTVDCIPSNVNLSTPLVKFQKGQQSEINLKIPLVSAIMQSVSGEKMAIALAREGGISFIFGSQSIESQAAMVHAVKNFKRYLVGAGINTRDFRERVPALVEAGADVLCIDSSDGFSEWQKITIGWIRDKYGDKVKVGAGNIVDGEGFRYLADAGADFIKIGIGGGSICEQKGIGRGQATAVIDVVAERNKYFEETGIYIPVCSDGGIVYDYHMTLALAMGADFIMLGRYFARFEESPTRKVTINGSVMKEYWGEGSSRARNWEEGVDSYVPYAGKLKDNVEASLNKVKSTMCNCGALTIPQLQSKAKITLVSSVSIVE

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Crystal structure of a ternary complex of Tritrichomonas foetus inosine 5'-monophosphate dehydrogenase: NAD+ orients the active site loop for catalysis pubmed doi rcsb
molecule keywords	INOSINE-5'-MONOPHOSPHATE DEHYDROGENASE
molecule tags	Oxidoreductase
source organism	Tritrichomonas foetus
total genus	109
structure length	338
sequence length	358
chains with identical sequence	B, C, D
ec nomenclature	ec 1.1.1.205: IMP dehydrogenase.
pdb deposition date	2002-05-15

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00478	IMPDH	IMP dehydrogenase / GMP reductase domain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	1lrtA00

2JKPA 5DBTA 3DZ1A 1F2JA 3NM3A 1W31A 4Q4KA 3TSDA 4EVZA 2W6RA 3CPRA 3NVTA 1VYSX 2FJKA 2C18A 3UQNA 3S42A 5C6MA 4O28A 2DZWA 2NWSA 2Z2UA 3GXPA 3C3NA 3PBWA 3W7NA 1SW3A 2HS6A 2BX7A 3THAA 3OG3A 5FI8A 2LLEA 3CM4A 3LGEA 1ZJIA 3MWAA 4QIUA 3EWYA 1GOXA 1VPXA 1SW7A 2NX1A 2YYUA 3DFNA 3DH7A 4UFLA 3E9AA 2JBMA 3BLEA 3G0SA 4N9BA 1H60A 1P0NA 4Z1AA 3QZEA 1LM1A 4XUGA 3SR7A 1FY6A 1NAL1 1VHCA 1HG3A 1OG0A 1MXSA 3P5YA 1OK4A 3KVJA 4LC8A 4ZL1A 1ONRA 3IIOA 4OU1A 1F74A 3G1YA 3T4CA 1SO6A 3EX3A 4JY9A 1P4CA 3FA5A 3P80A 1PE1A 1G4EA 2ABAA 2P1FA 4DBDA 3NQVA 1YLVA 3GZ3A 1W8SA 5DCDA 3NR0A 4KFNA 2X1RA 4UMCA 4RZ5A 1K03A 3PBUA 4M5PA 3N19B 3HPSA 1KFBA 2OT1A 1PVNA 1D3HA 3LBMA 4QSHA 5D2WA 4MJMA 4GFSA 1DBTA 4ZQCA 3P84A 3LHWA 1R30A 4A2SA 1KLYA 3SIZA 4C1LA 2H6RA 3TAOA 2CZEA 1LBFA 3ABOA 5A5WA 1HUVA 3C2OA 2NV2A 1TQJA 2Y70A 3M1ZA 4WY0F 2CLOA 3W2UA 4FXSA 4ZQPA 2O7SA 4BI5A 3AJXA 1ZAIA 3BW3A 2PRHA 3ZS4A 2Z1BA 4IMDA 2Q8LA 3BLIA 1LDCA 3NXFA 4IX2A 3MO7A 2NV1A 1UB3A 5LNUA 2C3ZA 2GQ8A 2QKFA 4LU0A 3KRZA 3NAVA 1RR2A 5FF2A 1H7WA 3O16A 3HBLA 5G2IA 3N2MA 5TBOA 1VYPX 5G1TA 3TSMA 3W3OA 1XI3A 2A21A 1IF2A 3TQKA 5HINA 1VZWA 3W1AA 5FESA 3OVRA 2FFCA 5HR7A 5D02A 3N2XA 1TIMA 1WV2A 3HGJA 3G18A 2X30A 3TE9A 2BLEA 5C5YA 1F6PA 2X1TA 2Q8ZA 3P82A 3L9CA 2C1HA 4X22A 1I2NA 1ICQA 2E68A 3NQ8A 8TIMA 1QAPA 1P1XA 4NU7A 2ZDRA 1L9WA 3HGOA 5CZSA 1ZY9A 4Q32A 2PC4A 3CLMA 5BMWA 2VFIA 5H2ZA 4AWSA 4WOZA 2E09A 2H90A 1Z41A 4IWWA 5LNVA 3HIJA 2QJIA 1F5ZA 3ABRA 1OFBA 1GJPA 3IIPA 1VC4A 1TREA 1HO1A 3W7QA 4CQAA 1SSGA 3QQ0A 3VCRA 3WJWA 3OIXA 3BVJA 3Q37A 3RLUA 4BK9A 3O6CA 4LVAA 3W7KA 4E0CA 4IMFA 3B03A 4LRSA 1QPNA 3W76A 4NJJA 3W2MA 3MI6A 2VENA 3LXBA 4FNTA 3IEBA 1JUBA 2D73A 1XKYA 5EPDA 3FYPA 3EX4A 3HO8A 3LCXA 3ZWSA 4M19A 3GXTA 1AK5A 1JRBA 1X6UA 3BGJA 4K7YA 3LHTA 3NOEA 4RJEA 1I4NA 1UUOA 3DGRA 4J9JA 3U2OA 2BTMA 2FPTA 4AHPA 2VFDA 1G4PA 2I14A 1L6WA 3SY5A 4AVFA 4LY8A 2X1UA 3QYQA 4QQ3A 1K7FA 3TCEA 5D37A 1QO2A 3G1VA 3LTSA 3R2GA 4UNKA 3HG4A 1PV8A 3L0GA 5KINA 3TU9A 1QPOA 3DXIA 1VHNA 1J5TA 1OVDA 5IBXC 2XN2A 4N9EA 4UR7A 3TQVA 1TTJA 1AL8A 1AW5A 1JCLA 1H7PA 5EBUA 3W7JA 1KBIA 3W72A 4MPQA 3CU2A 5E93A 5GVJA 2BZNA 3G1DA 2B7OA 4FX6M 1G7UA 3GKAA 2YZRA 1IGSA 3G24A 3TIMA 3EXSA 1JCMP 3QRHA 2R8WA 5HUOA 2G96A 3RK8A 1NF7A 4WX2A 3NEVA 1YTDA 3PSWA 3PWAA 2QEZA 3RFAA 4JEQA 4Z0SA 1DORA 1QPRA 1VLWA 3LRMA 3W7IA 1LLWA 3E02A 2Y6ZA 3GB6A 4CLMA 5U4NA 2ZTKA 1XL9A 1KFLA 3W87A 4DPPA 4YXGA 4WY0A 4CNPA 3RU6A 3E49A 1T96A 2QCDB 5F2MA 4M7TA 4HNUA 2YR1A 3P8JA 1NVMA 4EF8A 2DORA 4A29A 2J9ZA 3GAYA 3W6YA 2JKAA 2A7PA 3EWUA 4GXMA 1VRDA 3NM1A 1FDJA 4NXSA 4RZ6A 5G2HA 3HG2A 3T78A 3KXQA 2P0OA 4K6AA 1Y0EA 3ZFHA 1ML1A 1TPVA 3CIXA 1VYRA 4PL1A 1XDMA 2E77A 1DVJA 3KVKA 4M6VA 1TMHA 4XTDA 4MFDA 1P0KA 3LLDA 3WJZA 4G1KA 4K8HA 3W88A 3IVTA 1W3TA 3VNDA 1UUMA 1ZAHA 3DFTA 3MHGA 1GYNA 3GR7A 3E96A 4O16A 3W1NA 3V1PA 1KLZA 5LNRA 2JK2A 5AC8A 4WXYA 3O8AA 1I2OA 1NEYA 4FHAA 4I7UA 2CFFA 2JGYA 4QNWA 3SGUA 1OFEA 3HGRA 1HL2A 5D04C 3UXDA 4KKXA 4O13A 3HGSA 3C56A 2J88A 4HNVA 4JY8A 1GVOA 3P8IA 4HSOA 3IIVA 4PODA 1QO5A 3W7EA 1SZGA 2V5LA 1EP2A 3FS2A 3W83A 4DF1A 4R34A 4R33A 1DOSA 1W5NA 4O1AA 3W1LA 3GIYA 5AHIA 2NUWA 3C2FA 2NX3A 1F7BA 3DENA 2YFNA 4OT7A 1OX4A 2I1OA 1RQEA 2WJZA 2FDSA 3MHUA 1THFD 4H3DA 4I7VA 3S6DA 1X1ZA 3LCGA 2WKJA 1L6YA 3L2IA 1TTPA 5I3IA 3RF9A 3O6DA 5LGXA 3L5AA 4JIQA 1RQBA 3DHFA 1H50A 4K38A 3DFPA 3G22A 4LS1A 2WO5A 1GPWA 4HIBA 4O14A 2AQWA 2W0UA 4NNAA 1XXXA 4NQ1A 2BSLA 1YDVA 1TRDA 4FIQA 3W1XA 4QISA 1V5XA 3T7VA 4NXKA 2OMAA 3INPA 4MJZA 3NL2A 1RD5A 4MLRA 3T44A 1KA9F 2QAPA 1QMLA 3G3MA 4O1CA 2F7FA 2R91A 1OFOA 5FF0A 4NT0A 3W1QA 1MZHA 3A22A 4N9DA 5EKYA 4AWTA 3GDLA 4K8EA 1TTIA 5D33A 4HSNA 2CLIA 1VCVA 3PR2A 1S5TA 3L65A 3LRKA 3GDTA 2B7QA 3A24A 4JTSA 3NQGA 5T26A 1W37A 4D2JA 3O6YX 4FNUA 3C2VA 4KWVA 3QC3A 4NUWA 5U7SA 5C54A 1TPDA 4MUZA 2ZA1A 5HWJA 4JTLA 1LYXA 2QCFA 2R14A 3F03K 3KFTA 3VI2A 1NF0A 2ALDA 3LRLA 5K2ZA 3CB8A 1LLZA 3G0XA 3SJ3A 2VFFA 5TIMA 1R2TA 4PH6A 5HMSA 3NQEA 1I8JA 3MYPA 3M9YA 4UTJA 3DFQA 5BRBA 3C0JA 4UTWA 1OJXA 3QJAA 1B4EA 3M41A 2TPSA 4ONVA 2E1DA 3GXNA 3OEXA 1FWSA 3C2RA 4UFKA 1SO4A 3NQ6A 3ABSA 2ZRXA 3MBDA 1W3IA 3OA3A 1JUEA 2ZZ4A 3I7SA 4JX4A 4OE7A 3TUUA 4ORIA 4JYFA 4RLIA 1LTDA 3OHIA 2A6LA 1MO0A 1XDLA 2GQ9A 1VCGA 1SZFA 5K7JA 1PCWA 4FEZA 2DZVA 3WJYA 2WQPA 4N9CA 1W5QA 2PE4A 1A53A 1WYIA 2CLFA 5DXXA 3FLUA 5EYWA 4JNMA 1ALDA 1AMKA 1H1YA 3O06A 4QNEA 3PM6A 5F2IA 4HT3A 1PL9A 1XBZA 2J27A 1SUXA 1M7PA 4UTMA 3GDRA 1JCXA 1LROA 1YTEA 3C8FA 1K7EA 1ZFJA 1EWDA 1ZHAA 1DQXA 3EXRA 2TSYA 2C14A 3NDOA 5EA9A 2GVLA 3LM7A 3CT7A 2V8ZA 3UZ5A 3LXAA 3TXVA 2VC6A 5D05A 1B9BA 1UJPA 4DO6A 1O5XA 2CZDA 2V5BA 1VLIA 5E1QA 3M5VA 1O94A 1O5KA 3ABQA 3O15A 5FF3A 3GVGA 1KFCA 2TRSA 3DI1A 4R7JA 1W5PA 2CU0A 1YADA 4TO8A 3B8DA 2VXNA 4O4VA 3PF3A 2WNZA 4CQ8A 1OX6A 4Y90A 3JRKA 4O19A 5DBUA 4RX0A 4IXHA 2OZ0A 3FEMA 4A22A 4RV8A 1BWKA 2JKEA 4AHOA 1TPWA 4QAIA 2QCLA 3UD6A 1WDWA 4M6QA 3TAKA 2E5BA 1OFQA 3MI3A 2GPTA 3O1NA 1D9EA 5AC7A 1K8ZA 1DQWA 1W3NA 3M5ZA 4ML9A 2V0TA 3DAQA 1EA0A 2X2GA 3HQ1A 4A21A 4N6FA 1XC4A 1TV5A 1C29A 3M6YA 4MKNA 2ZZ7A 4MZYA 3L5LA 3LCIA 3TX9A 1GG1A 3PSVA 4ZZ9A 3SECA 3W1UA 5I3JA 4UFJA 3U8GA 3S9YA 3N9RA 1ME9A 4MFEA 1R46A 5HQEA 2H8XA 4PTNA 3F1QA 3UWVA 2RHGA 2DZTA 4IPIA 5KTLA 4UTLA 4HNTA 2Y7GA 3P5ZA 5D30A 3FOKA 4AAJA 3GLCA 3M0ZA 3TSBA 4BFAA 5C55A 4O10A 3MP4A 2B0MA 2V9DA 1U83A 5D03A 3NNTA 5L9FA 1E51A 3SSJA 1KM3A 2NXGA 3PUDA 2W79A 5C2XA 4JDYA 5CPLA 3G3DA 2C19A 2DJLA 3A21A 2FPVA 2DZXA 3HMJG 1JCJA 1TSIA 3NQFA 4LC6A 5KSWA 2HMCA 1K3UA 2AGKA 1TPH1 5AB3A 3C6CA 5D2TA 1K02A 2QCEA 3LX9A 4U28A 1VR6A 3W1PA 2ZZ6A 1QCWA 1H7NA 1JVNA 3R13A 4DELA 4LTSA 2DJXA 3GDKA 5BW6A 3QH2A 5HWNA 1VH7A 3WK0A 1LBMA 4HKPA 3RMJA 3W7PA 3P7YA 4NJKA 4BI6A 4WXZA 3L0NA 5I3FA 2ZZ3A 1BTMA 3B4UA 3Q2DA 3UWWA 3STCA 1FCBA 2A7RA 3KX6A 1OYAA 2CLMA 1G6CA 5KZDA 1PHWA 2H3BA 1W54A 2ISVA 4RXGA 1GVRA 3LCWA 1AL7A 1G67A 4JTGA 3WK1A 2WNQA 1Q6LA 3NQDA 3LTPA 3NL6A 1FCVA 2YW3A 3BARA 3W7OA 2Z6IA 4GUHA 4QM1A 1G69A 4LVDA 2WSQA 2VFEA 1TV7A 2V81A 1M6JA 3SI9A 1DJNA 1VJIA 4BWLA 3MBFA 3M5YA 5AC6A 2Y88A 4LW7A 4RKAA 4E2BA 4U4MA 5KMYA 3ELFA 2OCZA 4NJGA 5AHFA 3TV8A 4CQ9A 4JTIA 2E6AA 3PBVA 1WX0A 4LOCA 5G4EA 4MIMA 4UMBA 3SFKA 5BMXA 1WA3A 3G1FA 4S1FA 3NL5A 4UTWC 1TQXA 3M5XA 1IXQA 1H7OA 1CX9A 2FPYA 2WV8A 4XQ6A 3W7DA 4XKYA 3W86A 2GVJA 4BR1A 3FYOA 3QMTA 2VEMA 3KHJA 3Q58A 1RV8A 1Q6OA 3L66A 4XBSA 4K37A 1GYLA 1A50A 4KWWA 3EXTA 3LLFA 3CWNA 4JIPA 2Y63A 2CLLA 3TDFA 1S3HA 4UNLA 3BW4A 4NX5A 3PB2A 1GTHA 5CPOA 2NUYA 3A23A 3IVSA 2VEIA 1QR7A 1O60A 2NXIA 2Q3RA 3QMRA 4JICA 4JX5A 5HULA 5LNSA 2ZZ2A 3M44A 1ICPA 2ISWA 4O54A 3MMTA 5F2GA 1P5BA 2Q3OA 1FDZA 3E12A 4K7VA 3TH6A 4O18A 4EOUA 3C2EA 4O53A 1SFJA 1GQNA 2QJGA 2ZRVA 2E6DA 1G4TA 3VKJA 1ME8A 3R8RA 4UTTA 2QCDA 3HPZA 1JJKA 2C13A 3Q94A 3LHUA 3MJYA 3BW2A 2EKCA 1XM3A 4MOZA 4TR9A 4WQ6A 5D09A 3KVMA 3I7QA 3R12A 3S5YA 2QR6A 6TIMA 1BWLA 3IRDA 2NWRA 1YDNA 2V2DA 3QF0A 2ZBTA 4UC5A 3TJLA 3EWZA 3G1SA 3EKZA 1F73A 4WD0A 1I2RA 1B4KA 2ZRYA 4P61A 4PCFA 1QOQA 5DCEA 1H62A 3GNNA 3VE7A 4ZQMA 4MYAA 4LWWA 3R5EA 1LRQA 4A2RA 3W74A 3S1VA 1N7KA 2Y85A 3KAOA 3GNDA 3STFA 1D3GA 4Z08A 4UTHA 3ZWTA 2WSRA 5FF7A 4DQWA 2A2IA 2XN0A 4UXDA 4N2YA 3HG5A 3GR8A 3H55A 1FCUA 4Q33A 4JD4A 2GQAA 2XFWA 4ORMA 5DLCA 1LOQA 1FWRA 1A5AA 2OX1A 3UY8A 1WOAA 2VFHA 1IIGA 4LUJA 4X9SA 3S0CA 3LB0A 4YWIA 2NLIA 1X7FA 3BO9A 3W7HA 3IV3A 1UASA 5AYXA 3YPIA 2TYSA 4FIRA 4WY0B 2PRMA 3P62A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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