1LT8A

Reduced homo sapiens betaine-homocysteine s-methyltransferase in complex with s-(delta-carboxybutyl)-l-homocysteine
Total Genus 117

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
117
sequence length
361
structure length
348
Chain Sequence
KGILERLNAGEIVIGDGGFVFALEKRGYVKAGPWTPEAAVEHPEAVRQLHREFLRAGSNVMQTFTFYASEDKGQEVNEAAADIARQVADEGDALVAGGVSQTPSYLSAKSETEVKKVFLQQLEVFMKKNVDFLIAEYFEHVEEAVWAVETLIASGKPVAATMAIGPEGDLHGVPPGEAAVRLVKAGASIIGVNCHFDPTISLKTVKLMKEGLEAAQLKAHLMSQPLAYHTPDANKQGFIDLPEFPFGLEPRVATRWDIQKYAREAYNLGVRYIGGCCGFEPYHIRAIAEELAPERGFLPPASEKHGSWGSGLDMHTKPWVRARARKEYWENLRIASGRPYNPSMSKPD
5010015020025030030025020015010050
020406080100Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
AH1 (13-19)TIV6 (268-271)EMPTYAH11 (278-291)S1 (23-24)AH2 (29-36)AH3 (47-51)TIV1 (40-43)TIV2 (41-44)AH4 (53-66)TII2 (299-302)S3 (117-122)AH6 (126-130)TIV3 (79-82)TIV4 (80-96)S4 (155-161)AH7 (134-151)TVIII1 (161-164)TI2 (192-195)TI1 (188-191)S5 (181-185)AH10 (221-237)TVIa1 (266-269)S6 (212-216)TVIII2 (210-213)O2 (217-219)3H1 (261-263)TI3 (253-256)TI4 (257-260)AH13 (341-345)S7 (243-247)AH12 (304-318)TI5 (264-267)3H2 (272-274)TIV7 (293-296)TIV5 (267-270)S8 (295-296)3H3 (323-327)3H4 (334-337)AH5 (96-112)AH8 (164-176)AH9 (198-207)TII3 (330-333)O1 (73-75)TII1 (75-78)Updating...
connected with : NaN
publication title Betaine-homocysteine methyltransferase: zinc in a distorted barrel.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase
source organism Homo sapiens
molecule keywords BETAINE-HOMOCYSTEINE METHYLTRANSFERASE
total genus 117
structure length 348
sequence length 361
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.1.1.5: Betaine--homocysteine S-methyltransferase.
pdb deposition date 2002-05-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02574 S-methyl_trans Homocysteine S-methyltransferase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.330 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Homocysteine-binding-like domain 1lt8A00
3BOFA 3BOLA 1Q85A 4CCZA 1Q8AA 1Q7MA 1LT8A 1Q7QA 5DMNA 5DMLA 4M3PA 1UMYA 1LT7A 1Q8JA 1Q7ZA 5DMMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3N13A 2TMDA 2FHBA 1V6TA 4GBDA 4DZIA 1DJHA 5IFPA 3MHUA 1O1ZA 3T6CA 2GFTA 3V1PA 2JKAA 2QPXA 3CUZA 1CNVA 3AHYA 4EWND 4JDYA 1A3XA 4K7YA 2E6FA 4ZB5A 1GKQA 1FWBC 3ZVHB 1JL8A 2A0NA 5G1YA 4KEZA 4EACA 1Q4NX 5LNWA 2VGGA 4U5IA 1UZ1A 5AKQA 3NEHA 3W81A 1UKOA 3F2DA 4HA0A 3FGCA 4UR7A 4XBKA 1ADDA 3FJ4A 2FGZA 4LFYA 3DG6A 3WUBA 1GONA 1UB3A 4CNUA 1KQYA 4Z42C 1FA2A 4ACYA 3TAOA 3AMDA 2Y89A 4AF0A 1OX4A 5GJPA 2WPGA 4X61A 3CT2A 3GDBA 4TVDA 1UZ4A 2JF7A 2NV9A 2EXOA 4FS9A 1XL9A 3VXGA 3CGTA 2ZYFA 3C8FA 3M1ZA 2QUUA 2BWGA 4IMDA 4LCRA 1ZPTA 3G3DA 4O1AA 5PTDA 3W82A 4XK2A 1NWSA 4YPJA 4F79A 3E0FA 3JZEA 1U83A 5A2BA 3SUSA 2YOCA 4UTKA 3MUCA 4PUKA 2YW4A 3N3TA 3K5XA 3U2ZA 1D9EA 2E1DA 2QUVA 3PBUA 1SJDA 3KBWA 5LZLA 2PDCA 1U2YA 5AOUA 2VT0A 4AY8A 3DI0A 1H09A 3CUHA 4CN4A 1GJPA 5I77A 2Y4SA 1RUSA 3EX6A 2CLHA 2XTKA 3CHEA 4WDUA 3WQOA 2PS2A 1A80A 1U5HA 1WOBA 2P50A 4BQ5A 5F1UA 2XGBA 3PUDA 2CITA 4F0HA 4AHQA 3T9PA 3V7PA 1XG3A 2ZZ4A 2CLEA 1I2QA 2YGYA 4QSFA 1M3UA 4DXVA 4R85A 3WDHA 4PUUA 1LWJA 4DRSA 2H3DA 1UWQA 2PWHA 3VPLA 5I5RA 3BLEA 5D38A 4Z1YA 5CKSA 2RDTA 3M5ZA 5D8WA 3NZ1A 4ONVA 1JPMA 3N04A 3EWYA 3HGOA 3F5JA 3EWWA 4PC8A 3VKJA 1Q2RA 5K9CA 1CX9A 5FEXA 1J0JA 4KGLA 4B5UA 3S1VA 3PAOA 4LUJA 1AUSL 4B3ZA 2ZBTA 4ATWA 3CLWA 3KTSA 5FAGA 2BY3A 2BVYA 2A3CA 4JY8A 3PBYA 3EOOA 1FCUA 1KV5A 3R13A 4DUOA 2QPSA 2YA1A 3VVGA 5I09A 5MF5A 4KH2A 3M0KA 3KCOA 3WO8A 3U2CA 4OV4A 1R3WA 1JNDA 3ARQA 3MI2A 3AU2A 3APTA 2A85A 1XJBA 4DELA 1TJ2A 4NYYA 3N15A 3VIOA 4UMCA 1PDZA 3UWWA 5EMMA 5JVLA 3C2OA 3AROA 1KM5A 3LBCA 1SO6A 3OVQA 3CL6A 4P2VA 1GEQA 3TYBA 3R7MA 3IK4A 2EQDA 1RVGA 2V9DA 4XUYA 3H23A 2X1IA 1XDJA 1FCBA 2YCKX 3MCOA 4TVUA 1UA3A 1ZJAA 4JEJA 4RJEA 4CQAA 1E6NA 4R3UA 3PS7A 2PDXA 1MWOA 2YCLB 1R2TA 3H24A 4OJYA 1OFAA 5EPDA 3ARPA 1FVPA 1NF7A 1R3QA 1YTDA 4IJBA 1M04A 2YR1A 3DFHA 4JEQA 1WDRA 3W7PA 3T08A 2A79A 3BL3A 1UH3A 1R47A 1JR1A 4S1FA 1EUNA 1UP0A 3AIWA 4D8LA 3MJMA 2WZEA 1KFEA 1MO0A 5D30A 2VDGA 4DO5A 1V6VA 1UWSA 4AIOA 4DBWA 3H7UA 3NQDA 4GE8A 2OMAA 5IFTA 1IXNA 2VR4A 4W8BA 5AHEA 4AZ6A 3KBMA 1GOKA 4PRWA 1RVKA 5ECUA 2NSXA 4N0RA 3N3MA 3AHTA 3DHDA 2P0OA 1R3RA 1UKPA 4LYKA 3JZUA 1OK6A 5IBXC 1W1IE 1GCYA 1WAWA 1AK5A 2YZRA 2BBFA 1VJZA 4M6VA 5GJMA 2YDAA 3W6MA 5BW6A 2CW6A 1QOQA 2W67A 3KRSA 1Z41A 1KXHA 1A0DA 4AMAA 3M64A 1I9CB 5A6KA 2RKXA 4UTJA 1EHAA 5CBBA 4FLQA 4PL2A 4LYQA 3WJSA 3WQWA 4J3ZA 3NFUA 5EL1A 4FR1A 3QLDA 5I23A 5MHBA 3TTEA 1VBJA 3V3WA 4FLRA 5IOBA 4L4OA 4XZ9A 4QQ3A 3E2SA 4PL1A 3S6DA 4OU1A 3WD3A 4XD6A 3L4UA 1V0LA 4JY9A 2NV2A 4C1LA 3NO3A 3SN0A 4YVXA 3QZ6A 4S3BA 3CWHA 2WHKA 3Q37A 1MMFA 3K4AA 3HFTA 4HZ8A 3KZPA 2BLEA 1KNWA 3HA1A 5D8ZA 1P7TA 5CC6A 3PZOA 1JPIA 3LB0A 3N1AA 4AHOA 5I3HA 3IVSA 3UY7A 5AYYA 2Y2WA 1EWDA 1UR1A 4I6KA 4GMEA 2G4FA 3WEMA 3BLKA 3R11A 3NQBA 3PJUA 3OZYA 1R30A 3AQUA 1W1A1 3GB6A 1G4SA 4IM4A 1PZ2A 1EEXA 1LRTA 2VEIA 2YCIX 4GY0A 2I17A 2PDPA 3NNTA 4JIQA 5E0KA 3CUGA 3N11A 1K4GA 4GX8A 1ML1A 1PZ0A 1JYWA 1GVIA 2AL2B 6REQA 2MANA 3I6EA 4U33A 4UQBA 3LNMA 3B9EA 4LOCA 4YNGA 3MUIA 1IHIA 3L9CA 2YCEA 3C2RA 2YXOA 4IQDA 2PMQA 4H9MA 3V35A 3KW3A 4R34A 5D32A 3DYMA 3UPWA 3WUFA 4GK8A 1JF5A 5AC5A 2C0HA 2ZCGA 5CC3A 2WK2A 5A6BA 1FHDA 3OZMA 4RKAA 2V5JA 1TMHA 2X2GA 4GOAA 5FF4A 4LYRA 1D7KA 4M29A 2OTDA 4F0KA 1HT6A 1QI4A 5TBOA 4R53A 1LT7A 3M44A 1QTWA 3ABZA 3WD2A 3VU2A 2UY5A 3W1PA 4IMGA 2RAGA 4ZTXA 2C0AA 2OG9A 3MSGA 1UD3A 4PMJA 5FACA 2WYSA 3QYSA 3TQ0A 3QJAA 1TV4A 3I7QA 1REQB 4LVBA 1JUBA 4NYUA 3KRBA 4JBRA 2NXIA 2VELA 2OX4A 4KWSA 4PZVA 1F3XA 3H70A 1V5XA 2EPMX 1TJ1A 3BOFA 1SW7A 2FJUB 3BARA 3ZJ6A 3LN3A 5HMEA 3G1FA 3FYPA 1KFBA 1HG3A 4RDWA 3TYEA 2ZA1A 1K9DA 1ALDA 1ZAJA 1EC9A 1W1YA 3VC6A 3QFWA 2NUWA 4EXAA 3DG7A 1NSJA 3FHQA 5AYIA 2OSXA 3V1HA 3GYEA 2V3FA 1I2PA 2VZVA 1GZGA 3A3WA 3UPMA 1PO9A 7REQB 2QHAA 1X8FA 3SFKA 4S3GA 2PWFA 4HN4A 4V1YA 1ZP3A 1CXEA 4YL2A 3VKDA 3VKBA 4IICA 3VAVA 3H4GA 4M8UA 1EIXA 3G8RA 1WCGA 4O13A 3W7QA 2Q8LA 1YPIA 4FHAA 2ZUUA 1J11A 1B3WA 4H19A 4LY4A 1W32A 4V33A 1MQQA 1OFDA 4JQ2A 3WDRA 3MB9A 3URAA 2I7GA 1OT2A 5J8LA 4HHLA 1DIKA 3WLSA 2PDBA 2EPNA 1FDJA 1YBQA 4JNZA 3FY1A 4EX4A 1XQLA 1V02E 3PP7A 2Y5SA 1F8MA 3WF3A 5CZSA 4AD3A 3E96A 1F3TA 1I0BA 5BZAA 4NF7A 4EAYA 4BHYA 1LBMA 3UESA 3ZS4A 2CZFA 2E5CA 2OEJA 4D72A 1IF2A 4B9YA 1SW3A 4UTTA 3QY7A 2XPKA 3IRSA 4W8LA 3QMRA 4R9OA 1SMDA 1F07A 2PDIA 3KLKA 2REQA 1AD4A 4JN6A 4LX4A 3NPXA 1BHGA 3HGSA 1TJPA 3W2UA 4PUNA 4JHMA 3BCFA 3M0VA 1M65A 6TAAA 1A53A 1DV7A 4G5DA 4JTDA 4A8IA 3UWEA 4YIWA 4ZE4A 2Q3RA 4BF7A 3VGDA 4PODA 3A12A 2FIQA 2UBPC 3UW6A 5DELA 3ZOAA 1S1PA 2PDMA 2X0HA 1XC4A 1GOIA 4BWLA 1Z9AA 3IIOA 3W75A 2P53A 3G0XA 3UZ5A 4JYDA 1WDDA 2J7BA 4L80A 5AECA 4O8RA 3VMOA 4HSNA 2UY2A 4TX6A 4MZ8A 1GYLA 2BVTA 2VNCA 4LVAA 4OUEA 1A5KC 5JH2A 4GY7A 4HBKA 1FY6A 3ZYZA 3IJIA 4W7WA 3GXPA 4URIA 4QGCA 4JOMA 2HMCA 1HNYA 4U31A 4W7VA 1DXFA 1Q63A 3KUMA 4KFNA 1W5OA 4J40A 3UNDA 2ATMA 3ITCA 3U5UA 2XHYA 3W22A 2PBGA 5BOEA 1OX4B 5LNUA 3T0BA 1UKSA 4RZBA 1OYAA 2OEKA 2AKZA 5TF0A 5K2ZA 3R0DA 2OQHA 2YZ5A 2E5BA 3KVMA 3L0NA 3OVRA 3ORWA 4TR9A 4MAZA 1EHNA 3HG3A 3EXRA 3V0TA 2GVLA 1GJUA 2HSAA 1VLWA 1XIMA 3STEA 2DDXA 1PX8A 3SGZA 1JZ7A 1IWBA 4WDWA 1FKXA 3QPZA 1W9PA 4N9EA 1K8ZA 2QCEA 4PFMA 1UR0A 3KDNA 1NELA 1JPDX 4NG3A 1ZZMA 4F2UA 1OVDA 1J5SA 3CYVA 2TYSA 3G0SA 3P7YA 1RHCA 2NT1A 3E2RA 5XIMA 1BVNP 4LC6A 2GUBA 4MZ1A 4GLEA 4E4UA 3O16A 3EWUA 2IKHA 1XKJA 6A3HA 3PFRA 2DQXA 2WB5A 3DGBA 4P8UA 2D2GA 3L4XA 1J6PA 3WNOA 3RRAA 4WDXA 2OO6A 5A6MA 5AHMA 1LCOA 1K8XA 4ZOBA 2OX1A 1GQJA 4AYSA 1E9YB 4GI4A 2X0SA 3BAXA 3BICA 4NJKA 2W62A 3WF2A 1BQGA 3L4ZA 1VFUA 3RN6A 3O9NA 2E4TA 2BHZA 4IXXA 4GX9A 1SZRA 1NEYA 3S1GA 1HJSA 3FCPA 4MY9A 3SSJA 3O63A 1E0VA 2GYIA 3WJYA 2GVEA 3AZRA 1Z48A 1EYEA 4W89A 2FGLA 2WKJA 2NSOA 2YB1A 5GNXA 1WZMA 3NXFA 4HA4A 3A5FA 2ZRVA 1PE1A 1SJBA 2DPEA 4MNLA 1XPGA 1B90A 1XBYA 3P14A 3IV8A 1W9UA 2AQOA 2HS6A 4D2JA 1DWGM 3MKCA 3CQHA 3W7EA 3UY8A 3QVQA 1A4MA 4ZO8A 1UMLA 3FOKA 2XN2A 1IXQA 4HP5A 5G1TA 1CGTA 2FPTA 3PB2A 5XINA 3P84A 3EXTA 5A8NA 3FDKA 1LL4A 4C6KA 2BY1A 3C3UA 1VAHA 4JKMA 5GJNA 1EJVC 4GGHA 5HBFA 2WM1A 3W1AA 4AEOA 3QTGA 2E6YA 1EC8A 2PA6A 2VOMA 2FTYA 5TIMA 3WLKX 3TR9A 5FEZA 3KZSA 3UCDA 3U2OA 5A69A 3PHAA 1XSIA 3TK7A 3N4EA 4UFJA 5T91A 1WP6A 2QCFA 4QBXA 4AD1A 5BMXA 1V02A 2RUSA 3RO6A 3QY6A 3KL5A 4N2YA 1MNSA 1Y8BA 1UD8A 3RX4A 5H6HA 1KRAC 4YYCA 3C0SA 1V08A 2DH2A 1YW1A 4FNTA 4IGSA 2LLEA 4UTTC 4DWSA 2QCCA 3AYVA 4PMXA 4LALA 4O10A 1JVNA 1QBAA 2HXTA 3GR4A 2I14A 1DHKA 4XB3A 4I3GA 1WB0A 3N73A 4AWUA 1KCZA 1SR9A 1POKA 3GXIA 4N7QA 2OOGA 3SN4A 3KEHA 1OHLA 1W9XA 3LI0A 3MHGA 1ENUA 3UZYA 1Z3NA 3NQEA 3THAA 4Z1AA 3AXIA 1IIHA 3DU0A 3KX6A 2RHGA 3O15A 5DANA 2UY4A 3VDHA 3PJTA 2CBUA 2VWSA 1IE7C 2F6XA 4JIPA 3TN5A 4WQ6A 4LS2A 4BWLC 4BQ3A 1P1MA 3AXKA 1A5CA 2GGJA 2JGYA 2VUYA 2D69A 2WWCA 1G0CA 4Z2GA 1DTUA 1X6LA 4Y8FA 3WF1A 1AMYA 4C6OA 4QE4A 3QKZA 3GNRA 3TLQA 1JFXA 3VOIA 1H7WA 2ZXAA 3CQJA 5DRCA 4ZE5A 4E5TA 3FA3A 2XIIA 3PZQA 3GG0A 2O9TA 3ZT6A 3BAIA 3MW7A 4K8EA 3N6JA 4LTSA 4DM2A 5EB8A 1OIMA 4ACZB 3QXBA 1M5WA 4BKNA 5HDRA 4MPQA 2J24A 2Y8VA 3I3BA 5DBTA 3LXBA 2E9LA 1CCWB 4MZYA 3VIIA 4XZNX 4M6QA 1PWMA 3NZRA 3MV01 2D0FA 2QEZA 4CQDA 4JKLA 1A5AA 3M0YA 4K6AA 2O9RA 4IGMA 2A21A 1YTEA 5ECVA 1OINA 4HSHA 4GVIA 4Q8MA 3TCSA 1SZGA 5HJYA 3VTRA 1QWKA 1DWAM 1KBLA 3MY9A 3TX9A 1Q6QA 2FTPA 1TCDA 4ZO7A 2FZMA 1T99A 3QTPA 2YL9A 1D2KA 1WA3A 5JBDA 3MMWA 4XTIA 2QS8A 4S39A 4TMCA 4ZOEA 1W8GA 4INFA 2DORA 3VI2A 1ITXA 1JCMP 5HWMA 1JZ8A 4QROA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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similar chains in the Genus database (?% sequence similarity)
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