1LT8A

Reduced homo sapiens betaine-homocysteine s-methyltransferase in complex with s-(delta-carboxybutyl)-l-homocysteine
Total Genus 117
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
117
sequence length
361
structure length
348
Chain Sequence
KGILERLNAGEIVIGDGGFVFALEKRGYVKAGPWTPEAAVEHPEAVRQLHREFLRAGSNVMQTFTFYASEDKGQEVNEAAADIARQVADEGDALVAGGVSQTPSYLSAKSETEVKKVFLQQLEVFMKKNVDFLIAEYFEHVEEAVWAVETLIASGKPVAATMAIGPEGDLHGVPPGEAAVRLVKAGASIIGVNCHFDPTISLKTVKLMKEGLEAAQLKAHLMSQPLAYHTPDANKQGFIDLPEFPFGLEPRVATRWDIQKYAREAYNLGVRYIGGCCGFEPYHIRAIAEELAPERGFLPPASEKHGSWGSGLDMHTKPWVRARARKEYWENLRIASGRPYNPSMSKPD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Betaine-homocysteine methyltransferase: zinc in a distorted barrel.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase
source organism Homo sapiens
molecule keywords BETAINE-HOMOCYSTEINE METHYLTRANSFERASE
total genus 117
structure length 348
sequence length 361
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.1.1.5: Betaine--homocysteine S-methyltransferase.
pdb deposition date 2002-05-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02574 S-methyl_trans Homocysteine S-methyltransferase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.330 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Homocysteine-binding-like domain 1lt8A00
1Q7ZA 1Q8AA 4M3PA 1Q7QA 1Q8JA 1UMYA 5DMMA 3BOFA 1LT7A 5DMNA 1LT8A 3BOLA 1Q7MA 5DMLA 4CCZA 1Q85A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2VR4A 3S4TA 2ZUNA 1A5KC 3GHSA 4C6NA 1OG6A 3CU2A 4AEOA 4L80A 4JTKA 5XINA 3JRKA 5DMLA 4Z1YA 3AYRA 3PFRA 3WQPA 4DJEC 1LJYA 1RD5A 5FI8A 5G2WA 3W7QA 3CHCA 4LFYA 1SW7A 1BXNA 4WXYA 4AVOA 4R3UA 3WLRA 1PDZA 5FF3A 5HWJA 4DF0A 4JTUA 4GQQA 3ZIZA 5EMUA 1JZ8A 2OO0A 1SGJA 1W9BM 3UG8A 1WXZA 3ZWTA 3WH5A 1BVZA 2VT0A 5E9XA 2VUNA 1OX4A 4DJDC 5D2TA 3EWDA 1H7NA 3STFA 2HPIA 2V82A 4PTMA 1NWSA 4WUIA 4X0VA 1IT7A 3TK7A 3W75A 1UWIA 1UZHA 5AC7A 4GUJA 4TIMA 3WH8A 4P61A 1EYWA 3WQDA 1RCOB 2WC3A 3FKKA 1F74A 4PL2A 5A8MA 5KSWA 3KVLA 2VFGA 1OBAA 3AU2A 2NV1A 3PBWA 3LCXA 2BTMA 4AZIA 1MSSA 3ZSTA 1UB3A 3NXFA 1DJQA 1I2PA 1W5MA 1ITUA 4TU1A 3SUSA 4JIEA 3CPRA 4CNOA 1XICA 3TN6A 3TR2A 4CD4A 1H61A 2OFJA 4U3AA 3TH6A 1KV8A 1RQBA 2PSNA 4LBRA 2O7QA 1IR1A 3MWCA 1U1UA 2VKZG 3O8AA 3BICA 3NSNA 4KGLA 5CC5A 4KCUA 1JNDA 2J9ZA 4HHMA 1V3LA 2PDLA 3LSCA 4AXNA 3DHFA 3POCA 1LRQA 4QE5A 2RJHA 4TVCA 1IHIA 2WMJA 3OPSA 4UNKA 2Y61A 1RD6A 1DJGA 1FH9A 1V3KA 5AC6A 3DZ1A 2ABBA 1XLJA 3NAVA 1ECQA 3SSJA 4R33A 2BXZA 3H24A 5AHFA 5FL1A 4GINA 4WJXA 4C6DA 4K1WA 3UWZA 2G50A 4J3ZA 2UY2A 3LM3A 1GPWA 3KOFA 1Q13A 3KVKA 3O6DA 3E0VA 4LGXA 3RLVA 1FFQA 3QN3A 3F4WA 2TYSA 3KWXA 2AKZA 4NL1A 1MXDA 2H3BA 2OT0A 5I02A 3QHNA 5BMWA 5A6BD 3M44A 3WBEA 4KCWA 1ZQ5A 3FSUA 3O0FA 2CCRA 5HPOA 4R34A 2QQ6A 3TLLA 2Y5JA 4V1XA 3T55A 3AXHA 4I7WA 4LVGA 3P61A 1EEPA 1M03A 1GW1A 2PDXA 5FF7A 2QVNA 2OKOA 1J8VA 3VIFA 4FB7A 2ZDRA 3SJ3A 1OFBA 2WMHA 2YL8A 1A5OC 3STCA 4LYKA 4NUWA 4NAFB 2J6VA 3FV9A 4JDBA 5FEPA 4N9DA 3W7KA 1TA3B 2C14A 4LALA 2H8XA 1K6AA 1WP6A 2WZIA 1Y65A 3VX1A 1TJ2A 5FSDC 1LUCB 3LRKA 3USBA 5C2GA 4DF2A 3RRXA 4GH3A 2V8ZA 3PY2A 2DVTA 1F8IA 3UJSA 2ZCGA 5K4XA 4A4AA 3DG7A 1KA9F 3W7IA 4MFEA 3QW3A 1F4HA 4QX4A 3UY7A 2BVTA 2IUZA 3C0SA 4W5UA 1QWGA 2D23A 3HTWA 3F03K 1OCNA 4DNMA 1EO7A 2EO7A 3HGSA 5D8ZA 1T41A 2BXYA 3AHZA 3SBFA 3UW6A 1WDPA 3FLUA 2A3CA 4KH2A 2QDHA 3LHTA 1WOBA 1EIXA 3CHFA 1E6SM 1SR0A 1QRQA 1X7FA 3WNKA 2YCLB 3SW6A 3REQA 2V3GA 3MSDA 3R0DA 5DMYA 3BE7A 4IIEA 4B4HA 4B15A 1G67A 5JH1A 3QTPA 1Q7MA 3YPIA 1A0DA 1ITCA 1THFD 1S39A 3TJ4A 4IIBA 4HK7A 2GUYA 3T0BA 4BF7A 2PDBA 4E4FA 5M3WA 4E3VA 4RLIA 3TMLA 1YE6A 3O3RA 2PBOA 2I7GA 5FIPA 1C9WA 3LD5A 4KWOA 5HWMA 3TDFA 1VH7A 1TPB1 3ELFA 4XZ9A 4ATWA 4M81A 4PRTA 4UTJA 2QDEA 3BWWA 4JL1A 3ZLHA 3MUY1 3WEZA 2RDUA 3N25A 2C0HA 5JH2A 4XIMA 2JIEA 3WD4A 3WMLA 1JEZA 6REQA 1OZMA 2RGMA 3B0XA 1MXGA 2YCJA 2Q6ZA 3L4VA 4FLOA 4GC4A 3AQUA 4EPDC 4A8RA 1KBLA 1QNVA 4WRHA 4P7LA 3CUIA 3GZAA 3TQPA 1B57A 4RXGA 1SFSA 4ATDA 1EEXA 5A6TC 3UGRA 4PMQA 3RLUA 3THDA 4PRWA 3CB3A 4ERAA 3NGFA 5BU9A 3EX3A 2F2HA 5T26A 3PC0A 1CDGA 3ABQA 3CTTA 2XVGA 3KBWA 3C2FA 3DUGA 4ADUA 1MFVA 1V8EA 1DJHA 2C13A 3NQCA 1H41A 3FA5A 2I5GA 2J13A 1RA0A 2X7WA 4JTFA 3SM0A 1EWDA 4UFMA 1RH9A 4YHGA 5EB8A 3BOXA 3BOFA 4A3UA 5G4WA 1UBPC 1DXFA 5CPTA 4BKNA 2F6XA 3U9IA 3URBA 1TMQA 4Q8OA 2BGNE 2CLIA 5KZDA 3C6CA 2NXGA 1OFQA 4NX0A 1KBBA 4C6MA 3V1HA 3T0DA 4IMDA 3R0UA 3N11A 4XZLX 3W37A 1UWSA 1TJ1A 4CQCA 1P0EA 2OLAA 3NZPA 3IV3A 3THUA 1G1YA 2FZ9A 3ZT5A 2E6DA 3QH2A 2PDJA 3N73A 2ZE0A 1BEUA 1UD6A 3UVAA 1E1FA 1P0BA 2BASA 4GCAA 1PIFA 3UY8A 1BKSA 2NX1A 3C8NA 3CLMA 2G41A 2NX3A 4M7TA 1W3HA 3BMXA 3QQWA 4O18A 1GQNA 1KQZA 5BNKA 2Y7FA 1YBQB 1MEIA 1W1PA 4ZODA 4GQRA 5C9WA 5E09A 1VZWA 1CXIA 1UROA 2EGZA 4FOKA 1TZ9A 1RK5A 1R3WA 4E2OA 3BAKA 4F0MA 3TX9A 4J27A 3QJAA 5AYZA 1EC9A 4JTDA 5KITA 3GAYA 2Y88A 3PBVA 2G95A 1E72M 3DGBA 4K37A 4O14A 5AOUA 1HKKA 4IG2A 4BWLA 5TQLA 3BCDA 3CQ0A 4JYFA 1SJBA 2XGZA 3VE7A 3W81A 4LF2A 5C2XA 2W66A 4UMAA 3LZ3A 4KESA 3EZ4A 1BAGA 1Q2RA 1JAEA 1UKPA 1SMAA 4IUOA 3LPOA 2J7HA 3NL5A 3MP5A 3LBMA 1X7IA 1E40A 3GNXA 1LTDA 2R94A 3WY1A 2OLSA 1OJXA 1S2VA 3RMEA 1K7EA 4QFUA 2C1GA 2A2IA 3DKLA 1E51A 3GKAA 2E6AA 3QW4B 4MIMA 3UFYA 1SJCA 4WEVX 3VIPA 4EPKA 2CU0A 2CYGA 2NVDA 4XZBA 3C61A 1R2TA 3AALA 4HP5A 3ABZA 2NQHA 1UD8A 1I2NA 4MAVA 2POZA 1O66A 1OY0A 2FPTA 2PRLA 4PULA 1SQ7A 1KR1A 1EDTA 3I7QA 2CC0A 4FXRA 4GHRA 3B8IA 2FIQA 2QUMA 3UXAA 3WDRA 3CWOX 4KFPA 3ZJKA 4ZMGA 3OTRA 4BEQA 4BJHA 4Y9PA 3N1AA 3TN4A 4F0KA 2ZTKA 5HR6A 3ZMRA 3V5CA 2Z1VA 1J12A 4I5XA 3BLEA 4LEFA 3V1PA 1PB0A 3E2QA 3E9AA 5G4EA 4A2SA 2DVXA 1XLBA 3DBNA 1TKKA 5CBBA 4NI8A 3C4UA 2B7QA 4S3DA 4LAMA 2X7VA 3GY1A 3WFAA 4O11A 1VBUA 5AHMA 4K8EA 3R8RA 4QDWA 4RZBA 3S9IA 5XIAA 2A3HA 4IQDA 4E0CA 2X05A 3M5VA 3R10A 5JIWA 1R9XA 2OEMA 4DWSD 1Q7QA 5A3HA 1GOXA 3NQ2A 4Q4PA 4ZL1A 1R47A 1XLIA 2J75A 4S3EA 4RE3A 2PDYA 3CWNA 4MF4A 1ZSXA 1ZGDA 1XSJA 5KMYA 1EJXC 3AXXA 1XF0A 3BDKA 2VM8A 2QULA 3IJ8A 2A21A 3TC3A 4NAFA 4AD1A 3IWPA 1QASA 2EXOA 2V5KA 4KIRA 3SAZA 3HG5A 3SEPA 3QR3A 1TA3A 3NDOA 2V2CA 3PK7A 3EAUA 1MRQA 4FF7A 3LCIA 1GPFA 3NL2A 1QHOA 1KBJA 3U0HA 2I5IA 2QJIA 2X1TA 4JHOA 3G1DA 1V79A 3RK8A 1MFUA 4CU8A 3T09A 3TZFA 3VNYA 1KRMA 2VZSA 4HZ6A 2PU1A 2E0PA 3WQWA 3W7PA 3ABRA 2OO6A 3AHXA 4S3BA 4MB3A 4WDWA 3KHJA 3WCZA 4JN6A 1XCFA 4CQ8A 5LIKX 2NQ5A 1S5NA 3GFYA 5C9RA 1EPVA 3QY7A 1E3XA 2GPTA 3W74A 1YPIA 4MKVA 2PWGA 2XN2A 1MUMA 4L56A 3R1ZA 1B90A 4AF0B 3OZMA 1R3TA 3EDEA 2IW0A 3L0KA 1V03A 4A21A 3N3TA 1MZRA 3QY6A 1S5VA 1QAPA 3DFTA 2R24A 3OBAA 4QJ1A 5BOOA 1POKA 3WLQA 3AISA 4X63A 2BSLA 4HJWA 3W7EA 3W26A 1T6MA 2VOTA 2X0HA 3L68A 2GDQA 3LTYA 2DJLA 3C56A 3CL7A 1LBLA 2YCLA 3MDWA 4R5EA 3MMUA 2HCVA 1YNQA 8XIMA 3IAPA 3PUEA 1IIGA 1KFKA 1FDZA 2E77A 3VNLA 3WJZA 4RL3A 1RV8A 2VENA 3MWAA 1KNWA 4G6CA 4JBRA 5KZ6A 2XFWA 3UCDA 4LCSA 2HMCA 4HHLA 4M7SA 1EXPA 2PLKA 4O0QA 2KX9A 1UC4A 4CCCA 3N04A 5K9DA 2XH2A 1JYXA 3R7MA 1QR7A 3MANA 4BEUA 3SY5A 1UWRA 2D3LA 3CT7A 3UZWA 5D8WA 3VZXA 3GHRA 1TPUA 1XRFA 1PZ3A 3WQEA 1ONRA 3VD3A 4CU6A 2XVLA 2ZZ1A 3LHYA 8A3HA 3EWUA 5AC8A 1HNYA 1UKSA 2XH7A 2PTDA 2DSZA 1QWKA 3AIVA 4JCLA 4QR6A 4XD6A 1B4KA 4AD0A 3PF3A 2XH0A 2DV0A 4NASA 1TZ7A 1Z41A 2C1IA 2ESCA 4I8YA 4W8AA 2CBIA 1BFNA 2DEPA 1ZP4A 2Y2WA 4AVNA 1EJTC 1UWUA 1U33A 3WDPP 4XTIA 4KW2A 4I7UA 3AO0A 5DT7A 2DZWA 1I75A 5GNZA 3RM8A 1S2AA 2FFIA 2DZXA 3BLLA 4B16A 5ECVA 3MO4A 2W61A 2DQWA 3BG5A 2YXOA 2G4FA 1UWTA 3EWBX 7ENLA 3G22A 2NZLA 4DO5A 3CAKA 4GLEA 2FTYA 4CU7A 3BLDA 3TFCA 1B3ZA 1XW8A 3H8AA 5F2LA 3RGTA 3VZZA 3P8IA 3VDAA 2AKMA 4Y9AA 3TTSA 1CLKA 4GVIA 2NQ9A 2W62A 4JNMA 3QKEA 3DENA 4WOQA 5E0CA 5CH9A 4L65A 1F8MA 4K7YA 3MKCA 3TSDA 2X42A 2WSKA 4YN5A 1QHZA 3PJTA 1F3XA 3LHUA 1OQFA 1XLGA 4DIAA 2Y7EA 1U5HA 1PL9A 4EVZA 4JOMA 3W7RA 4N7QA 1JDEA 4IIDA 1ONWA 1J6PA 4BA0A 3K8KA 1KKRA 3UGVA 1G4TA 4FR6A 2E9MA 4YTSA 3PFMA 1NDVA 4JYDA 3M5ZA 5I79A 2PB1A 4GFIA 1GEHA 2ZZ5A 3B8TA 3IIVA 2Z1SA 5I03A 3OG2A 5D02A 1XDLA 3UJFA 1KCZA 3S8HA 1HJUA 4Q4MA 1H5YA 1YBQA 1KGUA 2ZUMA 2WVTA 3Q65A 1AK5A 5H8MA 3AS3A 4RR4A 4DBSA 5H8PA 4WKHA 1HZYA 1E71M 3TQVA 3K13A 3WL0A 1T40A 2OGJA 4X61A 4IPPA 3LGGA 1NQ6A 2WOQA 3N29A 3VKCA 4AIUA 3CV2A 1AA1B 2Q02A 3JVAA 3APYA 5FEWA 4JXCA 1B0IA 2FZNA 1H7RA 2OYMA 2TRSA 1R3YA 3CBWA 4W9TA 2R14A 1VCGA 1H7WA 4PMUA 1X97A 1Q8JA 1QCWA 3TSBA 4ZTXA 9XIMA 3POHA 3T42A 4MSSA 3ATZA 2WBKA 3KOYA 3RIKA 1XLEA 2LLEA 2NLIA 2D2JA 3A9IA 2GSJA 2IPFA 4S23A 4M6VA 4OGZA 4CNPA 1XLHA 3VABA 3ANYA 2GVEA 2POTA 4GKTA 3CC1A 2CBUA 4WKAA 3WDJA 1LG2A 1ITXA 2YR1A 2VL4A 3SUTA 5GNXA 3KLLA 2YDQA 1W9UA 3LZ5A 2PP0A 1JQVA 3AIEA 3PAJA 3UA3A 3SRFA 1FX6A 1FWGC 3QM3A 3CQKA 1JZ4A 1WO2A 1FWCC 3VCNA 4OVXA 4YYFA 3T78A 3NOYA 2YSWA 3GD6A 3VIJA 4PTWA 3MYOA 1VLWA 1E56A 4KERA 2PWVA 2IQTA 2FKPA 1VFOA 4JCMA 3K8LA 4QCFA 4ZB5A 4AZHA 3GXDA 2C3ZA 2XU2A 1SZFA 3PBUA 1EBGA 3G0SA 5F4XA 5FCZA 3E96A 4W7VA 1ZRQA 3S5ZA 2QGYA 3QVQA 3W1UA 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 1PXG A;  2OQL A;  1PTG A;  3KWS A;  4IHC A;  3TIM A;  3ITY A;  1YNP A;  3BJT A;  3R12 A;  4LYQ A;  3KW3 A;  4ZEP A;  1KWG A;  1LCO A;  1XWY A;  4GUI A;  2ZRW A;  3NZR A;  2PGF A;  1CXE A;  3WQ6 A;  3FXY A;  1X38 A;  4A8L A;  1I9C B;  3WFZ A;  1KB3 A;  1CEO A;  4LBS A;  4LUT A;  1AW1 A;  1XIE A;  1EXB A;  4W84 A;  5C55 A;  2PDC A;  1UKQ A;  1KFL A;  1P0N A;  3GXP A;  4GRS A;  3W29 A;  5CC3 A;  4B9Y A;  2AQW A;  3V35 A;  1UOK A;  1O1H A;  4MJ4 A;  1GOK A;  3BJF A;  3VM5 A;  1AD4 A;  1KM3 A;  2FGZ A;  3SGU A;  2AQV A;  3ZJ6 A;  4REQ A; 
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 1Q7Z A;  1Q8A A;  4M3P A;  1Q7Q A;  1Q8J A;  1UMY A;  5DMM A;  3BOF A;  1LT7 A;  5DMN A;  1LT8 A;  3BOL A;  1Q7M A;  5DML A;  4CCZ A;  1Q85 A;
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similar chains in the Genus database (?% sequence similarity)
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similar chains in the pdb database (?% sequence similarity)

  
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