1LZO | Genus

Total Genus 89

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	89
sequence length	246
structure length	246
Chain Sequence	RKYFVAANWKCNGTLESIKSLTNSFNNLDFDPSKLDVVVFPVSVHYDHTRKLLQSKFSTGIQNVSKFGNGSYTGEVSAEIAKDLNIEYVIIGHFERRKYFHETDEDVREKLQASLKNNLKAVVCFGESLEQREQNKTIEVITKQVKAFVDLIDNFDNVILVYEPLWAIGTGKTATPEQAQLVHKEIRKIVKDTCGEKQANQIRILYGGSVNTENCSSLIQQEDIDGFLVGNASLKESFVDIIKSAM

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Structure of the Plasmodium falciparum triosephosphate isomerase-phosphoglycolate complex in two crystal forms: characterization of catalytic loop open and closed conformations in the ligand-bound state pubmed doi rcsb
molecule keywords	Triosephosphate Isomerase
molecule tags	Isomerase
source organism	Plasmodium falciparum
total genus	89
structure length	246
sequence length	246
chains with identical sequence	B, C, D
ec nomenclature	ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date	2002-06-11

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00121	TIM	Triosephosphate isomerase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	1lzoA00

5FF3A 3M6YA 1U5JA 2DJLA 1YXCA 1CX9A 4NJJA 2ZZ2A 2Y7GA 1H5YA 1WDWA 4UFHA 3T55A 4IQLA 2ZCGA 3LOTA 4FNQA 1KFKA 3V1PA 2JGYA 1Q45A 2X1TA 2V8ZA 1N8FA 3DKJA 4A22A 3S1XA 2YFNA 4R53A 3W70A 4I7WA 2E6DA 5HUPA 3LERA 1R46A 4FIRA 4ZQOA 3W7DA 4ALDA 1KM5A 2ZA1A 4WOQA 1S5VA 2CLKA 3LM7A 1YDNA 3KOFA 4H3DA 3LHZA 1FX6A 3W7JA 1I2RA 4IMCA 4J9JA 1ICSA 4K37A 2O7QA 2GQ8A 5LZLA 2ZZ4A 3CPRA 5D30A 3W73A 1YYAA 5G1TA 2Z6IA 2WKJA 3G8EA 3N3MA 3GYEA 3M47A 1TPEA 3SGUA 2QCCA 4KWVA 1OFAA 4Y96A 3UPWA 2HMCA 1VCGA 5HMSA 4RZ5A 3W7HA 2PC4A 4ZL1A 1F6PA 2XFWA 1FWWA 5H91A 2XN2A 1FY6A 2OT1A 2NUXA 5D38A 4ORIA 3GIYA 4OT7A 3IIOA 1WYIA 1TJRA 2BLEA 1SFLA 1OF8A 2DU2A 3DXIA 3LTYA 2ATSA 3GVGA 4N6EA 3KRSA 3DFPA 3LCHA 1G4TA 5TBOA 3QSTA 4AHQA 1OFBA 4XQ6A 2OT0A 1Q6QA 2Z2UA 3TFCA 3EWXA 1LORA 1F5ZA 2Y85A 4MKNA 2A7PA 3TFXA 1Y0EA 1CI1A 4WX2A 1TV8A 2QUUA 2C0AA 2EPHA 4DQWA 1T99A 5D2YA 1TPDA 3SR7A 1EEPA 2CZ5A 3TE9A 4P2VA 3G0XA 3W1QA 4UTTA 3BG9A 4ADUA 5K9DA 1ZHAA 3QYQA 2QDHA 4CLMA 3NQDA 3TQKA 5HWMA 2DZWA 1W8SA 3NNTA 4LVBA 1EWEA 2A7NA 5CKSA 3F4WA 1XBXA 1B3OA 5DXXA 3W84A 4PFMA 4UNLA 3UYCA 2WO5A 4E2BA 1LBLA 4UTKA 5AHFA 3PC0A 1O60A 3QM3A 3KVKA 1K03A 3UZ5A 4K36A 1YDOA 3AO0A 3A5VA 3F4NA 2QCNA 4XBSA 1I2NA 1LTDA 1W3IA 1I8JA 3UNDA 5G4WA 5C55A 3HPXA 4ZQPA 4UMCA 4JTHA 3GNNA 4S2CA 3NQ2A 3S1VA 1XDLA 5L6UA 3WK1A 3ZR4A 3G22A 4MIMA 4JX6A 4DF2A 1O94A 3P7YA 2C14A 3DFTA 2WSYA 2P10A 3QPYA 3M1ZA 1MZHA 4S1FA 2ZTJA 3OBKA 2DZSA 1VYPX 1P1XA 3LRKA 1OF6A 2VFGA 2Y70A 1TQJA 3HG2A 1OYBA 3NG3A 5J5DA 1DJNA 1YTKA 5EMUA 4O14A 1IIHA 1O5XA 2CLIA 3G0UA 2VXNA 1ZNNA 1EUNA 3ZWSA 1WQ5A 1LM1A 3OHIA 3WJWA 1GTHA 2F84A 4IGHA 4M7SA 1GG0A 2Z6JA 4YCOA 3R8RA 1M5WA 1KFLA 3T78A 1WX0A 5AHIA 1S3HA 3NOEA 2GUUA 1HO1A 3W7MA 4Q4KA 1DOSA 4UFMA 1SR9A 1XUZA 3W1MA 1OFOA 4BI7A 4R33A 3KVJA 4GJ1A 1R30A 3M0ZA 4NUWA 1E51A 3NQGA 1ZFJA 1GJPA 1ZCOA 1ML1A 2QKFA 3W22A 3OG3A 1QO5A 4DBEA 3TROA 3C4UA 1XFBA 3NZ1A 4A2SA 1NFBA 3PAJA 3UXDA 1RPXA 3IEBA 2AAMA 2YX0A 4PEKA 4O13A 1AW2A 1N55A 4KFPA 2WQPA 4MLRA 3W1LA 4LV4A 5SWUA 1LBFA 3I65A 4GUFA 2BWGA 4LC6A 1GTEA 3Q37A 4HSOA 1GWJA 1HL2A 3P67A 2X2GA 2ZTKA 1JR1A 4GUIA 1WOAA 1AK5A 2E68A 1L2UA 3A21A 2VEKA 3HJZA 3W7CA 2WNNA 3CWNA 4UMBA 4DPQA 1TTQA 5H2ZA 1G7VA 1R2SA 5J5RA 3N2XA 4JIQA 3S0CA 5G1YA 2JBMA 1D3GA 4PL2A 3WK3A 2VOMA 3G3MA 3UY8A 3PBUA 1UBSA 5CPNA 4UFLA 2RDTA 3P5YA 3HB9A 4EOUA 7TIMA 5U7SA 1H7WA 4RV8A 3STFA 1QNVA 3K30A 4DF0A 4KFOA 3P80A 3WJSA 1SW3A 4NNCA 4CCCA 2VFEA 4W9TA 3G3DA 2ZQ0A 4HN4A 3SIZA 2GVJA 4B5NA 1VPXA 1PCWA 3W1UA 3W2UA 5HNRA 4AAJA 2J24A 4PH6A 3FKRA 2X1UA 3FFSA 3TIMA 2ZA3A 4O10A 5DY3A 4JYEA 1JCMP 1OFPA 1OFRA 3UPBA 5LNSA 4EIVA 1OFQA 4JY8A 3U6WA 2BZNA 3M5XA 2B7QA 3GZ3A 4OV4A 2CWNA 3F03K 5K2ZA 5CGQA 3B0VC 1D3HA 2A2IA 2B0MA 3IIPA 1QR7A 1OFEA 3P5ZA 3E9AA 6TIMA 1PV8A 3DAQA 3LCWA 4IMGA 3ZS4A 5EKYA 2FLIA 3MHUA 1F74A 2NUYA 3QFEA 5DLCA 4Y8FA 1XL9A 4UXDA 1VYSX 1X1ZA 3P60A 1DQXA 1LROA 1VLIA 4JN6A 1KM0A 3NL6A 1VYRA 2NWSA 3G8RA 1X7FA 2QF7A 3E96A 3VI2A 5AHLA 4BI6A 4N9CA 4C1KA 4YLWA 3HPSA 2CFFA 1TCDA 1YPFA 3N73A 2LLEA 1TTPA 3W2KA 4UTWC 4O1CA 5KMYA 4RCXA 5F4WA 1JUEA 1Z42A 2Q3RA 3GKFA 4HHPA 1KW1A 4LVGA 4MFDA 3W7IA 4JIPA 1OK4A 1HUVA 3IGUA 3NL5A 1FBAA 2B4GA 4UTIA 2GJLA 4LS1A 1B9BA 4FNTA 2CLHA 3R12A 2Y7DA 3MBFA 1GVFA 2ZRWA 1RR2A 1W1ZA 1KM2A 1LRTA 3W7OA 5DCBA 3SSJA 3O6CA 3KXQA 4WD0A 1F2JA 4TIMA 2C1HA 2EGZA 4DELA 3FJ6A 1SO4A 2Z1BA 1KLYA 1ADOA 3LLFA 1JCJA 3SW6A 1KV5A 5GVJA 5LHFA 2W6RA 1VHNA 2QJGA 4IMFA 3TXVA 3W9ZA 1MXSA 5AN7A 2H8ZA 2DORA 4LY8A 4ZVJA 1EPXA 4GUGA 1OJXA 1R2RA 2A7RA 1FCBA 3C61A 1C29A 2NXHA 3FLUA 4N6FA 1XCFA 5HWNA 3GKAA 2KZHA 1X6UA 5LNRA 2ZDRA 2ABBA 2VEPA 2WOQA 5G2WA 5FEWA 4AWUA 3O6DA 3TSBA 1TYGA 1TJPA 3NO5A 3CC1A 2X16A 3LCLA 1VLWA 4K8HA 3UD6A 3EWZA 1K7XA 3V75A 3ABQA 4CQAA 4UTMA 1KFEA 3W07A 5K4XA 1MO0A 3UXAA 1I4NA 1OFDA 2I1OA 3ATZA 3MP3A 3H54A 5AHMA 3WK2A 3QMTA 3MMTA 1NF0A 2A6NA 3DU0A 5TQLA 3OEXA 2FPTA 3DGRA 5I3IA 1XDMA 1VC4A 4DO4A 4O52A 1KTNA 3MI3A 1RVGA 2NX3A 3UWYA 1H7OA 1DJQA 3MI6A 1SW0A 2HTMA 3M5VA 2Q8LA 5CSSA 3PG8A 2X30A 1ALDA 2Q3OA 3HGSA 1TV5A 3QEZA 4QQ3A 3EXRA 3PS7A 1JCNA 4MJMA 3TV8A 1H7RA 5C2XA 1ZALA 3G1YA 3MYOA 3W1PA 2E1DA 3W3OA 4A29A 2GQ9A 2ZRXA 5FF2A 3IRDA 1VQTA 4HNUA 5I3KA 1WOBA 2A21A 3FS2A 2B7OA 2TSYA 3O8AA 1EB3A 2FPYA 3W1XA 4HT3A 5F2MA 3LBCA 1IXOA 3TJLA 4UTJA 2ZRUA 1KM4A 5I3FA 1TRIA 1IIGA 1EA0A 3W7QA 4MLJA 2DZXA 4LOCA 3PBYA 1GYNA 3M7WA 2QCFA 5FEZA 3CLMA 5F2LA 4N4QA 3WJXA 3WJZA 3G1HA 2R8WA 1SQ7A 3NQ8A 1GQNA 3PUEA 2E5DA 3EXSA 2EF9A 4X3ZA 4O28A 3HG5A 3BG5A 4WXZA 3G1XA 2QR6A 3P82A 4YL2A 3IVTA 1A5CA 4QITA 1KFBA 2NXIA 3SECA 2HS8A 3LRMA 4UFIA 2ZFAA 1YADA 4BF9A 3P8JA 5AC8A 3MHFA 5AYXA 2QCDB 4NVTA 3BLFA 4RX0A 3M43A 5LKYA 1OVDA 3CQ0A 2QCDA 3TC6A 1NSJA 4XUGA 1ME8A 1QPQA 3MI2A 1ONRA 1C9DA 4LS0A 5MHBA 1G6CA 4MVAA 2C19A 4JEQA 3LDVA 1OABA 1TTJA 3FIGA 3QMRA 4GRSA 1F76A 1K02A 2NX1A 5BRBA 2F7FA 1TTIA 1D9EA 3GNDA 3HG4A 2FDSA 3LI0A 4HNNA 4HSNA 2P1FA 3U8GA 3DFQA 2Y88A 1JQXA 3L0KA 3IIXA 2E6YA 4Z08A 2AGKA 4RK8A 5D2XA 1PHQA 2YYUA 3AJXA 2J6XA 3KHJA 2ZZ1A 4TR9A 1LLWA 1UCWA 2E77A 1FXPA 1K3UA 4CNPA 2I9EA 2YDAA 3DFSA 1YDVA 4ZZ9A 1ZAHA 5EY5A 3G0SA 2VKZG 3RU6A 2BTMA 2QCMA 2DZPA 1TV7A 1R2TA 3NPUA 3DZ1A 3O06A 3A5FA 3UWVA 1QCWA 3VNDA 1P0KA 5CPMA 4NT0A 4MZ8A 1VZWA 1H1ZA 4AF0B 3N9RA 1ICPA 4JX5A 4GWEA 2QJHA 3N2MA 4AF0A 1L6SA 2WNZA 1QOPA 2VENA 1TPWA 4Q33A 3C2VA 1ZAIA 1PS9A 3LXAA 4M7TA 3NDOA 1EP2A 3TQ0A 2YSWA 1THFD 2YW3A 4DEFA 3WK0A 3IVUA 2WNQA 5CPOA 3PUDA 3EWBX 1FCQA 3HOJA 1LYXA 3MP5A 4BWLA 2O7SA 4L4MA 1OX5A 3C52A 3GR7A 3IIZA 4WJEA 4O54A 2H8XA 2QUVA 2G97A 1ZENA 1W3TA 1TSIA 1I2PA 1H7PA 4Y9AA 1UUMA 2V81A 4XBKA 5F2IA 1QO2A 1DV7A 1WBJA 3I7SA 4MY9A 1TREA 2J27A 3H53A 4QSHA 2EAWA 1TO3A 4GC4A 1YTEA 1SUXA 3OA3A 4AHPA 3BK0A 3PY2A 5BMXA 1P4CA 2C13A 1FCVA 3TMQA 2RKXA 2OZ0A 4YWIA 2PRHA 1FXQA 3T7VA 2ATMA 3OVPA 3HIJA 3CTLA 1A50A 4HPJA 1TPC1 3TJXA 3I6RA 1G4PA 3NPWA 2FFCA 2OX1A 2NLIA 2V0TA 2GPTA 2C3ZA 2QCGA 4QNEA 3LHVA 3W1RA 3B8DA 3W7PA 4CCEA 2GJNA 3C56A 2VEIA 2NV2A 4WY0B 3P62A 3W7RA 1SPQA 3M9YA 3LCIA 1Z41A 2UV8G 1JVNA 2Y7FA 3CWOX 3H55A 4IXHA 1QPRA 2E5CA 4Y90A 3EX3A 2ZZ6A 4WY0A 2E09A 4M19A 2PRLA 4IJBA 5CZSA 4HNTA 1WA3A 3C3NA 3LI1A 2YZRA 3HBLA 1NVMA 1AL8A 4UFJA 3W76A 2Z0IA 1NAL1 1H7XA 4Z1BA 4JTGA 3OIXA 3C8FA 2VFDA 1QOQA 2QCEA 1LBMA 1W5OA 3BO9A 4LVFA 5HWJA 3QRHA 4O12A 3UWUA 1MEHA 4ZQRA 4MY8A 4IX0A 3PSVA 4PC8A 2V30A 2C6QA 1BTMA 3TQVA 2VFIA 3O15A 3TA6A 1KTCA 5DY2A 1I45A 3QSRA 1TPB1 3LCXA 1J2WA 4JR5A 4WUIA 4LRSA 2QDGA 4FNSA 1KTBA 2JGQA 2CW6A 3LTPA 1R47A 2YR1A 1FUYA 4IMDA 5DN1A 2CZFA 1H62A 1QMLA 1LRQA 5BMWA 1F7BA 4Q32A 4EF9A 1UUOA 3RLVA 3NYZA 4N9BA 4GNJA 3QW4B 2Q8ZA 4GBUA 2FIQA 3W2MA 2ZA2A 5LSMA 3TH6A 2R14A 2G5WA 1IXQA 5A5WA 1RZMA 5IBXA 5I3GA 3FYOA 3KRZA 2H90A 2BX7A 3SZ8A 4D2JA 1XI3A 3S8HA 5E1QA 4UTHA 4ZQNA 1TB3A 3S6DA 3DH7A 1X1OA 4EF8A 1GPWA 2TPSA 3E0IA 3I7QA 4RZ4A 1AMKA 1BEUA 1FWSA 3PB0A 1VCFA 4O8RA 3NQVA 3BW4A 3CIXA 1JJKA 4QM1A 3HMJG 4UNKA 2XN0A 4MPQA 2TMDA 1DL3A 1XXXA 3BW3A 5EBUA 3QQ0A 3INPA 4JY9A 1AW1A 4OWGA 4LS2A 3S5NA 2ZZ7A 2Y89A 5KZMA 3QPZA 1GYLA 3TR2A 4AXKA 1H50A 3PWAA 1IF2A 4LWWA 3S9YA 2QEZA 4NJIA 3G1AA 3OVRA 3EX1A 1K8XA 3D0CA 4A21A 5E0KA 3UY7A 4XTDA 4OQVA 3PVFA 3HGJA 3W74A 5FF4A 3VE9A 3TNOA 4MFEA 3WFAA 3U2OA 1RQHA 2V2CA 2HS6A 4MJZA 3N9SA 2Y61A 2NWRA 4H4IA 3MJYA 3L5AA 4O0ZA 5D37A 1LZOA 2WV8A 3EKLA 3M5ZA 5EA9A 1XM3A 1EWDA 2QAFA 1WAUA 2YGYA 4O0KA 8TIMA 3NA8A 1DHPA 3LXBA 2Y63A 1OX6A 1GVRA 4AVFA 3VCRA 3W2LA 2DZVA 2GVGA 5HR7A 3TDFA 1TQXA 1JUKA 3CT7A 1L6WA 2RH9A 4PODA 5K4ZA 4O16A 4UTTC 2YYTA 3VKJA 1T8XA 4OV9A 5K3VA 4NJKA 1NF7A 1VS1A 4DF1A 3NVTA 3ELFA 3SY5A 3HGOA 4NJHA 3DI1A 4N4PA 3W2JA 4FB7A 3LBMA 4CQ9A 3F1QA 1SO5A 5D02A 4WXYA 1WXJA 4JXCA 3FYPA 4MUZA 2JKAA 3DFOA 4QNWA 3NL3A 3BVJA 3GX9A 3LCFA 3N14A 1TRDA 4N9DA 5LNWA 3MWAA 3MP4A 3CEUA 4UTLA 4CNNA 2A1YA 1VRDA 1J4EA 4UMAA 3EWUA 4E2DA 5F4SA 1L9WA 4I7VA 5FF0A 1KV8A 1VH7A 1OK6A 3P8IA 3THQA 3PUOA 4TX9A 5D2WA 2R91A 3IGSA 2JKPA 4QJ1A 4ZQMA 4ZMGA 1ZAJA 2PURA 1XBZA 3GDLA 4JTKA 1G4EA 4O1BA 4K6AA 3GDMA 4BR1A 5LNUA 4BK9A 3T44A 5FEXA 5HULA 5AB3A 3M16A 1SZFA 3FJLA 3KVMA 1XC4A 4TMBA 3E49A 1GG1A 3R2GA 4K38A 1B4EA 1G7UA 5D05A 3HGRA 3MHGA 3KFTA 6ALDA 4O1AA 2BXVA 1QAPA 3QMSA 3PSWA 4MYXA 2FB2A 4NX5A 3LRLA 4Z0SA 1AW5A 3L5LA 1H60A 1SZNA 2H3BA 1HFBA 4LTSA 1W5NA 4TMCA 5AFDA 3GXNA 1HTIA 1KM3A 3QW3A 3LXCA 1LDCA 5C6MA 3DI0A 1LOQA 4FO4A 1XUUA 3W23A 2XN1A 1VHCA 2R94A 2EHHA 4LRTA 4KKXA 3B06A 2J9YA 4FNUA 3E02A 1PVNA 4PL1A 3N19B 3B0UX 1S5TA 3L66A 5KSWA 1MSSA 1BKSA 1QWGA 1EP3A 3KAOA 3NEVA 3DKLA 2G96A 2QUTA 4JTSA 2TRSA 3W75A 4FEZA 2E5BA 3UZJA 3ZWTA 2ISVA 2ZRZA 4AEOA 4AB4A 4C1LA 4HIBA 2A4AA 4YCPA 4IOTA 2W79A 3CB8A 3EB2A 3W7LA 4LW7A 1Z48A 3L65A 2DJXA 4QIUA 1G67A 1GT8A 3UWZA 1EP1A 4JDYA 2C18A 1P0NA 3SFKA 4AH7A 3IV3A 3STGA 5I3HA 2CLFA 3LHYA 1QFEA 1IXPA 1SW7A 4O17A 1KLZA 2V5BA 5E93A 1Q6RA 1SFJA 3EX4A 1JCYA 1TPH1 5ABTA 1Q3NA 4LUIA 3O6YX 2C16A 3R13A 1ME7A 4OU1A 1B57A 4WOZA 3NQAA 1YLVA 3ABRA 2VEMA 1SZEA 3GAYA 4AHOA 4OGZA 3PG9A 2E6FA 5FF7A 3TKFA 3T4CA 1M6JA 1JCLA 2QCHA 2ABAA 3IIVA 4QAIA 1JQVA 3EKZA 4NNBA 4O1DA 5F1UA 2AQWA 4K7YA 1FWNA 4Z1AA 2RHGA 2IQTA 4FNRA 5KITA 3O16A 3L2IA 3BGJA 2VC6A 3SGZA 3O05A 4FXSA 1U83A 3OVQA 4DBDA 2V2DA 4BFAA 3G24A 5DCEA 2CLEA 3JRKA 5C54A 2PCQA 4WY0F 1GZGA 1Q6OA 1FWRA 3M5YA 4E38A 4JYFA 4MY1A 1FCUA 5BW6A 1GVQA 1WV2A 5D09A 4JTIA 5CSRA 3B04A 2OCZA 2JK2A 4O18A 4O4WA 1ICQA 1K8ZA 3A22A 4UCGA 2V2HA 3JR2A 4NU7A 5BOOA 1PL9A 3B4UA 4LNYA 2A85A 4P61A 3UWQA 1OHLA 4JYDA 1H7NA 3NQ7A 2A6LA 3FOKA 4RLIA 4XKYB 3W86A 2OMAA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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