1M04A

Mutant streptomyces plicatus beta-hexosaminidase (d313n) in complex with product (glcnac)
Total Genus 187
50100150200250300350400450050100150
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
187
sequence length
499
structure length
499
Chain Sequence
DRKAPVRPTPLDRVIPAPASVDPGGAPYRITRGTHIRVDDSREARRVGDYLADLLRPATGYRLPVTAHGHGGIRLRLAGGPYGDEGYRLDSGPAGVTITARKAAGLFHGVQTLRQLLPPAVEKDSAQPGPWLVAGGTIEDTPRYAWRSAMLDVSRHFFGVDEVKRYIDRVARYKYNKLHLHLSDDQGWRIAIDSWPRLATYGGSTEVGGGPGGYYTKAEYKEIVRYAASRHLEVVPEIDMPGHTNAALASYAELNCDGVAPPLYTGTKVGFSSLCVDKDVTYDFVDDVIGELAALTPGRYLHIGGNEAHSTPKADFVAFMKRVQPIVAKYGKTVVGWHQLAGAEPVEGALVQYWGLDRTGDAEKAEVAEAARNGTGLILSPADRTYLDMKYTKDTPLGLSWAGYVEVQRSYDWDPAGYLPGAPADAVRGVEAPLWTETLSDPDQLDYMAFPRLPGVAELGWSPASTHDWDTYKVRLAAQAPYWEAAGIDFYRSPQVPWT
50100150200250300350400450400300200100
050100150Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
source organism Streptomyces plicatus
publication title Aspartate 313 in the Streptomyces plicatus hexosaminidase plays a critical role in substrate-assisted catalysis by orienting the 2-acetamido group and stabilizing the transition state.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Beta-N-acetylhexosaminidase
total genus 187
structure length 499
sequence length 499
ec nomenclature ec 3.2.1.52: Beta-N-acetylhexosaminidase.
pdb deposition date 2002-06-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00728 Glyco_hydro_20 Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain
A PF02838 Glyco_hydro_20b Glycosyl hydrolase family 20, domain 2
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 1m04A01
3.30.379.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Chitobiase; domain 2 Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like 1m04A02
3K8KA 4CU7A 5E0FA 3T0AA 2UY2A 4D71A 5CLWA 1GOKA 2VT0A 1CGTA 1BFNA 4V27A 3VGFA 2BVYA 1N82A 3AICA 3WUFA 1UR0A 4OZOA 8A3HA 4XB3A 4YHGA 2ZE0A 1LWJA 1J0HA 3TONA 1W32A 5A6JA 4N42A 4WF7A 1FH7A 2OSXA 2W91A 1KGXA 3OBAA 2V38A 2VZTA 2NSXA 4JFUA 2RGMA 1Q6FA 3WF2A 4TUFA 2DEPA 3HN3A 5C8BB 1UWTA 3W25A 3CHCA 2D1ZA 1J0ZA 4PMVA 4J3UA 4CD8A 2O92A 4BQ3A 5JIWA 3NCOA 2EPMX 4PTXA 4L4PA 4ACZB 4PUEA 2WHMA 2O9OA 3ALFA 1HF6A 1DWGM 3WEZA 1XD1A 4Z2HA 4S3KA 2OWXA 2WLYA 1XRVA 4AD2A 3CGTA 5M03A 1E56A 3PN8A 2NT0A 1JYWA 1E0WA 5A2CA 3M07A 2J7DA 3ARWA 3WELA 1DWAM 2CKRA 3TTYA 4BS0A 1ITXA 4JFTA 4JKMA 2XSBA 4GI8A 4M81A 3RIKA 3W28A 1XC6A 1NOWA 2WNWA 3SUUA 4J3WA 5A6SA 4M29A 4Y7EA 4GO9A 3O9NA 2CPUA 1W3KA 1JZ3A 3UR8A 4UOJA 1JF5A 3W53A 3OA5A 4P7LA 2DSWA 3AHYA 5EFDA 1BG9A 2VR5A 1C7TA 1HNYA 3T0DA 3AJ7A 5IXEA 3B8SA 4CCEA 3DC0A 3CZGA 3U5UA 4PMDA 4AD0A 2VZSA 1FFQA 3U57A 1H1NA 4TX8A 1E6XM 2Y24A 3IAPA 5EMYA 3WEOA 3WQWA 4C91A 1UYQA 3VMNA 4AZ6A 3K1DA 5A8PA 2GK1A 3T2PA 1EOKA 3ARPA 2WVUA 4PTVA 4LYRA 1J10A 4ZE5A 4HOXA 3VGEA 1ITCA 3WDHA 4JKKA 1E1FA 5I0DA 3F5KA 1JZ7A 1E5JA 5E6ZA 5I5RA 3BCFA 2YL6A 3WUGA 6A3HA 1A47A 4X0VA 4R27A 1ZBKA 2XM1A 2ZXAA 1HJSA 5BYWA 4QAWA 1LLOA 3VU2A 4UNIA 3AROA 2BVDA 4HA1A 3LPFA 2WBKA 3W27A 2D2OA 2J8FA 3N18A 1H41A 4B3LA 1WZMA 1M53A 2ZX6A 3QHOA 1XD0A 5CSYA 2J79A 4JCLA 3VGBA 5A2BA 1G9HA 3CPUA 2VCCA 3W0KA 4AZIA 1OT2A 3T08A 4ZENA 4HPHA 2FGZA 1Q6CA 2D23A 4AD5A 3A6OA 2YA1A 2J7GA 2J7HA 3A47A 1CECA 1J12A 3A4XA 1V0MA 3AIWA 1WDQA 4UTFA 2D0HA 2G41A 1EHNA 2GK1B 4EE9A 3AIUA 4J3VA 2V3DA 3WNNA 1V02A 4MTVA 1AMYA 4QDMA 4GIAA 1D7FA 4Z2LA 2J25A 3HMCA 3BSGA 1BTCA 2EQDA 1Y7VA 4M8UA 4XZBA 5A95A 1CDGA 2Q8XA 2CXGA 5DMYA 1GVIA 2YA0A 1K9TA 1RD6A 3VD7A 4MB4A 1XSJA 1VJZA 2VRKA 4CU8A 1OCQA 2VNCA 3FXYA 1PIFA 3EMZA 3GM8A 2DH2A 4D72A 3VIHA 3GXIA 1JF6A 4LYQA 3WBAA 1JL8A 4NRSA 5F7UA 1V0KA 2WKLA 9CGTA 3WD0A 2CBUA 2JF7A 1L0PA 2WZHA 3AFBA 1VBUA 3QHNA 1KXVA 1ZS2A 3N17A 5TD4A 3M46A 2W5FA 3THCA 4J3TA 1HJVA 1E73M 1UOKA 2OYMA 3PTKA 4NI3A 4DUWA 1CGXA 4LXFA 4FF5A 2BY1A 3AZTA 4ACYA 2XVLA 3VIJA 4HOZA 3K4AA 3O2LA 2CBJA 3BSHA 1TMQA 3ARZA 3WH5A 1H2JA 2Y8KA 5BRPA 2XVKA 3RM4A 5JUVA 1UD8A 2EPKX 2FGLA 5E6YA 2D20A 1GHRA 2DIEA 1JG9A 3WNMA 4F8XA 1WDSA 1UR9A 3W38A 2WWDA 4AD1A 1PZ2A 3PTMA 4XX6A 3N9KA 2WLZA 3GYCA 3IJ8A 1B0IA 1B9ZA 2QMJA 4W8BA 3VX0A 1TA3A 1W2VA 3WFZA 5HOSA 4D6IA 3ZJKA 3SIMA 3MV11 4P8WA 3IK2A 4UFMA 5HDRA 5GNXA 3UCQA 1US3A 3PZOA 1HP4A 3AS2A 5EBAA 2EPOA 3W82A 4WK9A 1QHZA 3LPPA 4NRRA 4M82A 1CXKA 2WVVA 1B3WA 3CUJA 5DEZA 4WSKA 5KZ6A 4XV0A 4PRWA 1OD0A 1JDCA 1EDTA 2X0YA 4R5EA 4OJYA 2IUZA 1KWKA 2MANA 3W24A 5BWFA 1R85A 1ODUA 1W1VA 1W9BM 2PWFA 3VOCA 1QI2A 4UZUA 2V3GA 4W85A 1QOXA 1RPKA 4GO8A 2ZUVA 4H2CA 1UKPA 4ZXOA 4GZEA 3UG3A 3CUIA 1UD4A 1DWFM 1LL4A 1DHKA 3LPGA 1OGBA 1HKMA 3A4WA 1QHPA 1XSKA 2YIHA 3MSDA 3IJ9A 5JBDA 2ZWYA 1CGUA 3VM5A 1E6QM 4RE3A 5BXSA 3RMEA 1UKQA 3F5JA 3PZ9A 4HZ7A 4AZ7A 3B9DA 1OBAA 4GI9A 1CIUA 4DM2A 1ZL1A 3VIMA 1V6YA 3ZSSA 4WKAA 1OWQA 3NSXA 1QI0A 3LMYA 3SUTA 5HXMA 2EO7A 1TUXA 1KWGA 2BNJA 4URIA 1TA3B 2ESCA 3BC9A 4J27A 5ABHA 5HPOA 3WQ6A 2XFRA 4D6HA 4HMDA 1DWHM 2ZX5A 4H8UA 2OWWA 4GZIA 1VEOA 1NWUA 5FCZA 4AD3A 1MQPA 1KGUA 4E8DA 1KB3A 1BVZA 3EDEA 1FP8A 5D8WA 3B9AA 1PX3A 2VX7A 3DYOA 3AMLA 4AZCA 1C93A 1EDQA 4PMRA 4U5IA 4UR9A 5BXTA 2XJ7A 4CD7A 4CN6A 3QOKA 1EXPA 3VTRA 5BXRA 2GFTA 1UH3A 1FHDA 1OGSA 3TTOA 1UR1A 1JYVA 1S46A 3AXHA 3AXXA 1E4NA 4PMNA 4PEEA 1FH9A 2EXOA 1AQMA 4WSJA 1U30A 3VDBA 2OSWA 2NW0A 1UKSA 2E8ZA 2XVGA 5A2AA 5A6AA 1QW8A 4JIEA 4GINA 3WEMA 2WCSA 4S3JA 3W81A 2VVNA 3DYMA 1XH1A 4YHEA 2WM0A 3KEHA 4WJXA 4C7GA 5C70A 5A6KA 4GZJA 1TFVA 4CD4A 5E9AA 1BGAA 1CZ1A 1JD9A 1UG6A 3BMWA 2WAGA 4W88A 4ATWA 4W87A 1IV8A 2CIPA 4QLLA 1DEDA 1WE5A 3WENA 1M04A 2W66A 5A94A 1NH6A 5JIPA 3UR7A 2J7FA 1QVBA 2D3NA 3BAWA 1RP9A 2BFGA 4CVUA 5HPCA 2D22A 3AYSA 3WF4A 1GQIA 4BF7A 4CUCA 3SUWA 2ZXQA 3ZJ8A 3GNRA 5HNNA 3ZT5A 1OIMA 4BQ2A 1QI5A 3DHUA 4D1JA 3M6DA 3AS1A 4FLSA 1NP2A 3OGRA 1ZJBA 1W9PA 3K46A 2CEQA 3KL0A 3D3AA 2X05A 3S2CA 5KEZA 2UY4A 5A3HA 4OUEA 3SEPA 4X9YA 4AIUA 1LJYA 1V6WA 3RO8A 8CGTA 1JIBA 2XVNA 4PCTA 4CVWA 4IISA 4U33A 5FIPA 4JFSA 3FHAA 1ECEA 3PBGA 2X09A 1ISYA 4PMUA 1UQYA 1NP0A 4J3XA 3ZT7A 3TA9A 4CGTA 3MANA 3T09A 1W91A 3WNPA 3NDZA 3WN6A 1E71M 3N04A 4MDOA 3WD1A 2BY3A 4A3HA 1HJXA 4DWSC 1BQCA 1OT1A 4P8VA 4WIWA 1PJ9A 3A3HA 1ZBVA 4KGLA 5I2UA 4YPJA 1BYCA 4J3SA 1W9UA 4HOWA 3ARQA 4UFJA 3AI0A 3SUVA 1EO7A 3CBWA 1EOMA 2FHBA 4JL1A 1FA2A 3GTNA 3WDJA 5ECUA 4B16A 2WXDM 3SCPA 5A8QA 4J28A 4KH2A 4B9ZA 4PMZA 2WCAA 2WWCA 1W3HA 3WDPP 4NF7A 4H8VA 3WSUA 3AMCA 1JFXA 3M7SA 4BCEA 1J0YA 2F2HA 2G3MA 3CO4A 6TAAA 3UERA 2VO5A 2YJQA 3L4YA 3N11A 4HU0A 4BZYA 2IXUA 4H8HA 4MDPA 1E70M 1UWRA 2BY0A 1E3ZA 1MW0A 5BXPA 1F4HA 3VX1A 3VO0A 2WZEA 3WDQA 3RPMA 2XIBA 4MNJA 4KGJA 3KE0A 2GJPA 4TXEA 4MJ4A 1AQHA 2J75A 3UG4A 3SCVA 4H41A 1UWQA 1R8LA 3CLWA 4DWSA 2D24A 2UY5A 3L4VA 2V3FA 3HJEA 1HX0A 2UY3A 7A3HA 1HVXA 2CITA 3VNYA 2C8NA 1C90A 4P8XA 1JDAA 2DGAA 1VFFA 2XM2A 4P7RA 1FP9A 1GOOA 3CUGA 4AD4A 4D6EA 2QPSA 2E4TA 5CG0A 3HU7A 2DT0A 3EMQA 4QLJA 2DIJA 4C90A 2A3AA 5D8ZA 2J74A 4BQ4A 2BHYA 2BY2A 2ZICA 2AAAA 4XZWA 4AIEA 4EK7A 1HKJA 3SCTA 3UG5A 1CLVA 3BH4A 1VB9A 2FH8A 3SCOA 2JFEX 2JEPA 2PI6A 1GQLA 1B3XA 1H11A 1O7AA 5CQ1A 3TOPA 3CZKA 1ODZA 3CMJA 2BVTA 4CN1A 2XWEA 3E1F1 2A3BA 3WUBA 2PF0A 1KQYA 5DT7A 1UUQA 1UD5A 1V0NA 1OINA 2TAAA 3D5HA 1IT0A 4CCDA 1AQ0A 1UQZA 2XSAA 2WMHA 2DSVA 4ATDA 1R7AA 3T0BA 3AHTA 4OKDA 1CLXA 2YL8A 3MUZ1 4HPGA 1E6ZA 3UESA 1J0JA 1QI3A 3GDBA 2XTKA 4N0RA 4DWSB 2E3ZA 3WD3A 2OLHA 1XH0A 3L4UA 5BRQA 1QW9A 1BSIA 2WPGA 3VIOA 2G3JA 4BA0A 3MO4A 4JFVA 1TZ7A 2EPNA 1FH8A 3FHQA 2ZIDA 3VD4A 1C3FA 1BYDA 3CUHA 1BF2A 1NWSA 3W4RA 2OWCA 2ZX7A 2ZX9A 2WSKA 1GOQA 1MFUA 1CGVA 3VGDA 1O6IA 3WY1A 2D0FA 1V08A 1H4PA 4ATLA 1MWOA 4MAZA 2V3EA 1SMAA 3AMDA 3OGSA 2WC3A 2Z1SA 3SCUA 2J62A 4AW7A 1W9DM 1WZAA 1GPFA 3NIYA 1SR0A 4PSRA 4MNKA 3WQ4A 3CUFA 1YQ2A 4B3KA 1SMDA 1GCYA 2VTFA 3VM7A 5CGTA 1E72M 4NSBA 1NWRA 2G3IA 4AC1X 4Z2JA 2XHYA 1TVPA 4HMEA 1WB0A 4TVCA 4QCFA 3SCWA 4AEEA 2C0HA 1KXHA 5M3WA 2DDXA 1DWJM 4LQ1A 4ZFMA 3ZJ7A 1CGWA 3VKKA 5IHRA 1IZJA 5GPRA 4MNLA 1Q6EA 3BGAA 5JBFA 4BQ5A 2D3LA 3WF3A 3N1AA 2WMIA 3W37A 1FHLA 1KR0A 2C7FA 1W9VA 4FMVA 4AZBA 4CD5A 1C91A 1GHSA 4AIOA 1V6XA 3PZTA 3AIBA 2W61A 1WDRA 1WPCA 1W9XA 1X6NA 5A1AA 1W3JA 1WP6A 2W92A 4EKJA 1CYGA 2A3EA 3W6LA 4Z2KA 1LQ0A 1JD7A 4JCMA 2J78A 4UFIA 1CENA 4H04A 1V02E 2WMKA 3L2MA 1K9EA 5AC4A 4F79A 3EDFA 2WMFA 5LA2A 1V3KA 4IM4A 5DF0A 1HL8A 3MUAA 2ZXBA 1PPIA 1ZBCA 5I24A 3ARTA 4HZ8A 3VD9A 2CETA 4TVDA 2ZUUA 1Q4NX 3VDAA 1LF1A 1HJQA 5A6MA 2CCRA 1JDDA 2BXZA 3CHEA 2WVSA 1V6VA 4Q7NA 2ZWZA 3L2LA 1NOUA 2X0HA 3F5LA 5LA0A 4IUGA 4PYSA 3MMUA 1QBBA 1ESWA 4UQ9A 4D6GA 4PBGA 1QHOA 4HU8A 2CESA 3VDCA 3OG2A 3FAWA 1JXKA 1ISVA 3RM8A 3GBDA 1MFVA 4M24A 4MAVA 1W2PA 2WHKA 2W4XA 3GNPA 1HKKA 2PC8A 4HMCA 2FHFA 2WMIB 4UQBA 4QLKA 3OB8A 6CGTA 2WK2A 4KRTA 3SURA 5DO8A 1J01A 3MMDA 4AISA 3EDJA 4OBRA 2BHZA 1WAWA 3MKKA 1GOMA 5A69A 4WKHA 4HA4A 2VI0A 2VC9A 3ZJ6A 2BXYA 2WMGA 1GOWA 4U2ZA 1JYXA 1EGZA 1W1PA 1UKOA 1JI2A 2A3HA 1LL7A 2VZUA 5GNZA 5ABGA 3T2OA 1J11A 3WH9A 2XGBA 3OLDA 4ZXLA 2VCBA 1UR4A 1M7XA 3AS0A 5LYRA 1EIBA 3OZPA 3PZNA 2XIIA 1BYBA 3WD4A 2O9TA 3WBEA 3L4TA 4GI6A 4W8AA 1LG2A 5FD0A 1BGGA 1D2KA 2J7CA 4F66A 3AOFA 2GDVA 2WVVB 3LPOA 3N13A 4W7UA 1KGWA 1E1EA 3VPLA 1UH4A 4U3AA 2GJXA 3K8LA 1UH2A 1VJSA 2VQUA 3S6TA 4D6CA 4M1RA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3K8K A;  4CU7 A;  5E0F A;  3T0A A;  2UY2 A;  4D71 A;  5CLW A;  1GOK A;  2VT0 A;  1CGT A;  1BFN A;  4V27 A;  3VGF A;  2BVY A;  1N82 A;  3AIC A;  3WUF A;  1UR0 A;  4OZO A;  8A3H A;  4XB3 A;  4YHG A;  2ZE0 A;  1LWJ A;  1J0H A;  3TON A;  1W32 A;  5A6J A;  4N42 A;  4WF7 A;  1FH7 A;  2OSX A;  2W91 A;  1KGX A;  3OBA A;  2V38 A;  2VZT A;  2NSX A;  4JFU A;  2RGM A;  1Q6F A;  3WF2 A;  4TUF A;  2DEP A;  3HN3 A;  5C8B B;  1UWT A;  3W25 A;  3CHC A;  2D1Z A;  1J0Z A;  4PMV A;  4J3U A;  4CD8 A;  2O92 A;  4BQ3 A;  5JIW A;  3NCO A;  2EPM X;  4PTX A;  4L4P A;  4ACZ B;  4PUE A;  2WHM A;  2O9O A;  3ALF A;  1HF6 A;  1DWG M;  3WEZ A;  1XD1 A;  4Z2H A;  4S3K A;  2OWX A;  2WLY A;  1XRV A;  4AD2 A;  3CGT A;  5M03 A;  1E56 A;  3PN8 A;  2NT0 A;  1JYW A;  1E0W A;  5A2C A;  3M07 A;  2J7D A;  3ARW A;  3WEL A;  1DWA M;  2CKR A;  3TTY A;  4BS0 A;  1ITX A;  4JFT A;  4JKM A;  2XSB A;  4GI8 A;  4M81 A;  3RIK A;  3W28 A;  1XC6 A;  1NOW A;  2WNW A;  3SUU A;  4J3W A;  5A6S A;  4M29 A;  4Y7E A;  4GO9 A;  3O9N A;  2CPU A;  1W3K A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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