1M04 | Genus

Total Genus 187

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	187
sequence length	499
structure length	499
Chain Sequence	DRKAPVRPTPLDRVIPAPASVDPGGAPYRITRGTHIRVDDSREARRVGDYLADLLRPATGYRLPVTAHGHGGIRLRLAGGPYGDEGYRLDSGPAGVTITARKAAGLFHGVQTLRQLLPPAVEKDSAQPGPWLVAGGTIEDTPRYAWRSAMLDVSRHFFGVDEVKRYIDRVARYKYNKLHLHLSDDQGWRIAIDSWPRLATYGGSTEVGGGPGGYYTKAEYKEIVRYAASRHLEVVPEIDMPGHTNAALASYAELNCDGVAPPLYTGTKVGFSSLCVDKDVTYDFVDDVIGELAALTPGRYLHIGGNEAHSTPKADFVAFMKRVQPIVAKYGKTVVGWHQLAGAEPVEGALVQYWGLDRTGDAEKAEVAEAARNGTGLILSPADRTYLDMKYTKDTPLGLSWAGYVEVQRSYDWDPAGYLPGAPADAVRGVEAPLWTETLSDPDQLDYMAFPRLPGVAELGWSPASTHDWDTYKVRLAAQAPYWEAAGIDFYRSPQVPWT

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

publication title	Aspartate 313 in the Streptomyces plicatus hexosaminidase plays a critical role in substrate-assisted catalysis by orienting the 2-acetamido group and stabilizing the transition state. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Beta-N-acetylhexosaminidase
molecule tags	Hydrolase
source organism	Streptomyces plicatus
total genus	187
structure length	499
sequence length	499
ec nomenclature	ec 3.2.1.52: Beta-N-acetylhexosaminidase.
pdb deposition date	2002-06-11

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00728	Glyco_hydro_20	Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain
A	PF02838	Glyco_hydro_20b	Glycosyl hydrolase family 20, domain 2

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	1m04A01
3.30.379.10	Alpha Beta	2-Layer Sandwich	Chitobiase; domain 2	Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like	1m04A02

1BPLB 4W84A 2D2OA 3U5YA 4JCLA 4D1IA 3WIJA 4CN4A 1HKJA 3SCRA 4UFLA 4PCSA 4W88A 3VGBA 2VT0A 3MUZ1 1XV8A 1W9VA 4CN6A 2QHAA 2ZICA 4AC1X 4GXPA 1JF5A 2GDUA 4Z2GA 2VMFA 1UH3A 5DFAA 3A3HA 3UR7A 4AISA 1JZ7A 1Q6CA 1NWUA 2W91A 3ZJKA 1XSIA 4F66A 3OB8A 5AC5A 1KB3A 1NQ6A 4CD7A 1E5JA 2W92A 2Y24A 5FL0A 2OSXA 3D3AA 1TVPA 1MWOA 1BVNP 3VILA 1EOKA 2PF0A 1H0GA 1BFNA 1XYFA 4PTMA 3KE0A 4JIEA 1Y7VA 1JXJA 1N82A 2XJ7A 1KGXA 3IAPA 4DWSB 3VX0A 2VX7A 3N13A 2WPGA 2IXVA 4BS0A 3UESA 1AQHA 2VTFA 2J47A 3CUIA 1CGVA 1W2VA 1QNQA 1QW8A 3WEMA 2VZUA 1V02E 3CUFA 7TAAA 4UCFA 4JCMA 2GJRA 1XD0A 3W25A 9CGTA 3WQVA 2VUYA 5JIPA 3GXFA 2PWHA 5D8WA 2CBVA 3OIHA 3ARPA 5DT7A 4LGXA 4C7DA 4J3UA 4GQQA 2EPLX 2ZX9A 1EIBA 1I1WA 2WXDM 1UOKA 2O9RA 4AD5A 1ISZA 4XB3A 1RP8A 4BA0A 3PTKA 4FMVA 2GK1A 2EBNA 3AOFA 4CD4A 2VX5A 4CU8A 5LA2A 4OIFA 1OGGA 5IDIA 1XSJA 1DEDA 3EYPA 4GQRA 3L4UA 2A3EA 4WLCA 4UOQA 5CJ5A 4JFTA 1OGBA 2E8ZA 2Y5EA 1KQZA 3RPMA 1W1PA 1YHTA 2CESA 3BGAA 3VGEA 1A3HA 2AMGA 4WKAA 3WDJA 1JFXA 1ISWA 1QHPA 1C8QA 1VBRA 3IJ8A 1UWSA 2O9OA 1TCMA 3AMCA 4HOWA 1ZBVA 3JUGA 2HVMA 3VD4A 3QHMA 2XSBA 4UQCA 2FDMA 1DWFM 1VAHA 4PMQA 3BAIA 4ZEPA 4B3KA 4AWEA 1EO7A 1WE5A 2UY2A 3QR3A 4IUGA 3PZQA 4W5ZA 1CTNA 3VUPA 1WO2A 4UTFA 5I23A 4ATLA 4JHOA 2ZXDA 5A2AA 5CLWA 2YLAA 1UH4A 2PWGA 3QOKA 4P7NA 3NSXA 5AC4A 2W4XA 4AZHA 4AZCA 4D6CA 2FH6A 1TMQA 3F5KA 1BQCA 2E0PA 2D22A 4OUEA 1G01A 4MB5A 2OWCA 3D5HA 4U5KA 3L4VA 3VINA 1JZ5A 3AMLA 1XYZA 2J25A 4BQ4A 5IXEA 1GW1A 3UG4A 4QLKA 2DQXA 2VR4A 5BXTA 3WNKA 1BTCA 1E1EA 2BS9A 4RL3A 2WK2A 1GQKA 2W67A 3T09A 3WF4A 3BLKA 5D9MA 5IHSA 1ECEA 4MNLA 5AYIA 4D6HA 4DUXA 3WUFA 4A4AA 4ZXOA 1E4MM 1GPFA 4P8UA 1W1YA 1B2YA 1W1TA 2JE8A 2J7CA 2WMIA 3GH7A 3GYCA 2ZUTA 3N18A 3VD5A 4UQDA 5A95A 4FK9A 1B3VA 1R7OA 2DEPA 1CECA 2WLZA 4YN5A 5BYWA 3F5LA 2X8RA 1BYCA 5E0CA 1ISXA 1C90A 4CD6A 3MMDA 2XFRA 4GI6A 3SCVA 1XCWA 3GZAA 1U33A 2DH3A 4J27A 1LWHA 1GUVA 2QV4A 2WANA 1XH2A 5A69A 2D1ZA 1B9ZA 1XHGA 1HJXA 2CEQA 5CGTA 3VDCA 4P8XA 2FGZA 4ACZA 3AJ7A 3GDBA 3TONA 4BCEA 1E6XM 1W91A 1CENA 3LPOA 1CLVA 1K9EA 2PWEA 4D6IA 3WD1A 4AD4A 2WKLA 1A47A 1EH9A 5I78A 5HPOA 1BG4A 4F79A 1PX4A 4MJ4A 2EPOA 2ZX5A 1QNSA 3AIRA 4M1RA 3UR8A 1V0NA 1NWRA 4JZ5A 2YBTA 1GQLA 4KGJA 1C8XA 2CBUA 5A94A 4PN2A 4JFUA 1M7XA 3RJYA 1CXEA 1J0JA 3PBGA 3BCFA 3ZMRA 1BYDA 1LF1A 1E70M 3CHFA 1D7FA 1ISYA 3WQ5A 1PX3A 4TVUA 3GXDA 4F9DA 4V2XA 3AHYA 4JFWA 2D20A 3W6MA 3MANA 5D9PA 3AS2A 2PC8A 3VD9A 3WSUA 2VR5A 3RIKA 1C92A 3BSHA 2FGLA 4Q7NA 4QLLA 4N0RA 1GQIA 2WSKA 5KZ6A 1S46A 3FHAA 2J8GA 3K1DA 2PWDA 4PTWA 4C7GA 1TVNA 4XZWA 1H09A 1UWQA 1M01A 2G41A 3CPUA 4GI9A 1FOBA 1FH9A 2MANA 2VVSA 1LJYA 1E15A 1M04A 3L4YA 1BLIA 3SCUA 1CXHA 3POHA 1H1NA 3SUVA 4NZCA 1ZJBA 2E3ZA 1CGYA 3WL0A 1PX8A 1W9DM 1V0LA 1I1XA 1HKMA 2V3EA 3ZR6A 2J8FA 1DTUA 5A8MA 4DM1A 5DT5A 1HVXA 3T0AA 4TX8A 3F5JA 3BMVA 5A8OA 5BWFA 1BF2A 1H3GA 8A3HA 3TA9A 3N12A 2WZEA 4QAWA 2YJQA 3GH4A 2G3JA 2ZUUA 3TTSA 3RO8A 1B3ZA 1QI3A 1PEZA 1J0HA 2CBIA 1NOFA 5I2UA 2DT2A 3MS8A 4QCFA 3SCWA 4UZSA 2VOTA 3WEZA 3W53A 2Z1KA 4X0VA 1B1YA 5AY7A 1J9YA 4D6GA 5ABHA 1B90A 2YL5A 1V3LA 1UKSA 2J62A 1VENA 1QNRA 2GK1B 1PZ2A 1E0VA 4PCTA 1QNOA 3GNRA 2ZUVA 1WB0A 2WZIA 5GNXA 3WH7A 3OZPA 3NJ3A 1RH9A 3PZMA 1UKQA 4P8WA 1FH7A 1UD2A 2CHOA 1JZ3A 2XFYA 3BAJA 4KGLA 4AYSA 4GKLA 1D2KA 1D3CA 1GOMA 3QGVA 2J7DA 4JHZA 3UERA 1K6AA 5A8PA 4B16A 3WL1A 2PBOA 1EHNA 1CNVA 4PMVA 3PZ9A 4MJ2A 4TVCA 3AHXA 2DIJA 3F4VA 3UG5A 3NCOA 1XCXA 1V6XA 2WB5A 1JYXA 4PRWA 2OSYA 2WLYA 1PIFA 1OIMA 1G1YA 3U7BA 4PUDA 4BZYA 2F8QA 1XH0A 1HVQA 4UFMA 1W32A 3THDA 3AZRA 5DMYA 2PWFA 1HJQA 3EDDA 3L4TA 1WZMA 1E6NA 4AZCB 4NF7A 2WM0A 2JIWA 3EDJA 3O2LA 4M80A 3MSDA 1O7AA 1H2JA 3RMEA 1SFSA 3N1AA 3WFLA 2X09A 1Q6EA 3A6OA 3W6LA 3AMDA 4HA1A 3GXMA 2AOSA 2WC3A 1H0IA 1OM0A 1QPKA 5E0FA 2DDXA 3AIUA 4LYRA 3IJ9A 1GJUA 2WMJA 3SCOA 1HX0A 3WNMA 2NT0A 2WWDA 1JI2A 2VRQA 5CGMA 3WQ8A 4W7WA 2E40A 2PB1A 4PMUA 2WMIB 1UKOA 4PMNA 3RDKA 4DM2A 1TE1A 4KH2A 3PZOA 4Z2HA 2D3LA 4LQ1A 2EXOA 3K8KA 3ZOAA 1OIFA 4QP0A 1HIZA 1BYAA 1CXFA 2WNWA 2BHZA 1OT2A 4C91A 1JD7A 2F61A 1AQ0A 3THCA 4WJXA 4YHGA 1UWUA 1PBGA 2WMHA 1ZU8A 4TX6A 4CUCA 2XUCA 5CPQA 3AS3A 2WVVA 4ACZB 3PZUA 1MFVA 1HKKA 1DHKA 2BY1A 4W8AA 4UQ9A 1VB9A 1CGUA 1UR8A 1E73M 2QF8A 1OBAA 3FY1A 5A6KA 2ZUSA 3VIFA 2YOCA 3A4AA 3O9NA 1KXVA 2XSAA 2CYGA 2BVYA 2ZXAA 5EFDA 5I3DA 1WZLA 3RJXA 1ZB5A 2XTKA 2WC4A 1IZJA 4U5IA 1BGGA 1MQQA 1CEOA 4R27A 2WBKA 3ZQ9A 3VTRA 4J3XA 5AYBA 3W0KA 4H8HA 2WYSA 2WVSA 4GO8A 4KWUA 5FOOA 3G6LA 1L8NA 2O92A 4GI8A 3OBAA 4W85A 2Z1SA 3ZIZA 1JZ8A 3OGSA 4TVDA 3BAYA 1E5NA 4CU7A 4JL1A 2XPKA 1U2YA 1SYTA 2ZIDA 4D72A 3W27A 1IV8A 4AIEA 1E1FA 1H49A 3AHVA 5BCAA 1QBBA 5BRQA 3DYPA 3WENA 1MQRA 1GZJA 4RE4A 3ZO9A 1UR1A 1C93A 3PZVA 4J28A 2ZOXA 4IISA 3U7VA 3DECA 1B3WA 1US2A 3FXYA 2XVLA 1E6PA 1MYRA 2EJ1A 1ZL1A 1JDAA 3WBEA 3KL5A 1F4AA 1ZBKA 2WKGA 2CITA 3CZJA 2C7FA 1WDQA 5I79A 1QVBA 2WHKA 4PMRA 2VL4A 3AXHA 2WHJA 2W66A 4QLJA 1CGXA 3MMUA 1NP2A 2YA2A 1KR0A 5HXMA 3J7HA 3CGTA 1EOMA 1JG9A 1UR9A 7A3HA 3T0BA 3MMWA 3ARUA 3ZSTA 1CPUA 3SUTA 2A3AA 3AIWA 2DSUA 4P8VA 3VIIA 3WFZA 1XRVA 2EQDA 2FH8A 5A8NA 1SMAA 4EE9A 3OG2A 3M6DA 5ECUA 1XGZA 1US3A 1HT6A 3L4XA 3PZNA 4E2OA 4E8CA 1CGWA 1M53A 5DF0A 3QHOA 5A6JA 2CETA 2WVUA 3BAXA 2DGAA 1EDTA 1X6LA 4NI3A 2X1IA 1UUQA 1KBBA 1FFQA 3S2CA 3GBDA 4OOUA 4CD8A 2A3BA 1KXQA 1J0ZA 4GZJA 1H11A 1VJZA 4M24A 2ZUWA 2VCBA 4UQBA 2WAGA 1WDSA 1XSKA 3WQWA 3U5UA 1ISVA 1V0KA 3B8SA 1V08A 1UD5A 4PMOA 3EMQA 2DT3A 2JALA 1TR1A 4LXFA 3MUAA 1UD4A 2XWEA 1VEMA 2Y8VA 1QI0A 3K8MA 1V3HA 2NW0A 3ZR5A 4XX6A 3SUWA 3WDRA 3WELA 5IHRA 3A47A 3SEPA 2WMGA 4OZOA 3OLIA 1CDGA 1E4LA 2VI0A 3VIJA 1TZ7A 4H41A 3WH9A 1ITXA 1GQJA 1C7SA 4PTVA 3SUUA 4DUWA 1NP0A 6CGTA 1CLXA 4C90A 1J0IA 4J3TA 1B31A 4W93A 4UOZA 2JF6A 2G4FA 2J75A 3UG3A 4H8VA 3WDQA 4U3CA 1J0YA 3WUBA 1R86A 3K4AA 4YPJA 1PJ9A 3HN3A 1HJSA 3WF2A 3T2OA 5EB8A 2YA1A 3B9EA 4PMYA 3O6AA 3OLEA 1UA3A 4D1JA 1VF8A 1R87A 4M81A 4K68A 1Q6FA 1QW9A 1C8YA 4A3HA 1E4NA 1H4PA 2CKSA 1E6RA 2BHYA 3W26A 1K9FA 4AZBA 1UKTA 2VQTA 1HN1A 3VIOA 3AZSA 1Q4NX 1EDGA 3BMWA 3CZKA 1Q6GA 3VMPA 5JBDA 2X0HA 4U33A 1ESWA 4AY1A 3ARXA 2YL6A 1LLOA 2EPKX 2WHMA 1DWAM 4L4OA 4WKHA 4XZBA 2VURA 4WSKA 2CCRA 2WVVB 3L4WA 2WC7A 2UY5A 3VKKA 3HJEA 3CZ8A 3VIMA 1FHLA 2ZUMA 1Z32X 3BH4A 3IK2A 4RE2A 1DWJM 4WIWA 5D9NA 5IFPA 3W81A 3UETA 5DO8A 3CZGA 3VM5A 3UCQA 3TTQA 1TA3A 4NRRA 3VGHA 2CERA 1LL7A 4URIA 4AZ6A 3GNPA 5CSYA 1V02A 2VQUA 1OB0A 2G8ZA 1GNXA 1WNOA 3BSGA 2FHFA 1GONA 3K8LA 3VDAA 1JGIA 1GCYA 3ARSA 1DWIM 1JZ4A 1GHRA 2VX4A 1JAKA 4M82A 2D23A 3HMCA 4HU8A 1J11A 5EFFA 4V27A 1FP9A 3AICA 3WF1A 1QI5A 4TTUA 1C7TA 2UY4A 2VRKA 3VNYA 4D6EA 1E3XA 4QFUA 1NWSA 3T2QA 3OGVA 4LPCA 1LG1A 3PZIA 3NDZA 3WH6A 1GVIA 2ZWYA 5GQBA 3ZJ8A 1KCKA 3AXXA 2XVGA 3GBEA 4HMDA 3IANA 3BXWA 2E9LA 3W4RA 3CLWA 2VNCA 2ESCA 2C0HA 2J79A 2X05A 3WKZA 3W82A 2WCGA 3KZSA 4AZ7A 1G5AA 3DHUA 1GOIA 5KEZA 1ZBWA 1AMYA 4IPLA 3BC9A 4J7RA 2VVNA 5A6BA 1ZS2A 4OOZA 4N42A 1KR1A 3CMJA 1TG7A 1IZKA 1JFHA 2ZWZA 2D0FA 2E9BA 3M7SA 4CKQA 4UFIA 4BQ2A 1E0WA 1CGTA 2RGLA 4FF5A 4HU0A 3MV01 1JXKA 1W3LA 2JIEA 3WNNA 3VMNA 3PN8A 2X2YA 3VGFA 3OZOA 3ZT5A 1CYGA 4GIAA 1EA9C 1JNEA 1WCGA 3VPLA 5FL1A 2JEQA 2DSKA 5JIWA 2UY3A 1V6YA 3SUSA 2CBJA 1EGZA 3LMYA 2NT1A 4AXNA 2FHCA 5CLTA 1KXHA 1KWGA 1OINA 1W9XA 1OD0A 5A6AA 2VZVA 3W38A 2V3GA 1FHDA 1WDRA 2VX6A 1HNYA 4P7RA 2J7FA 5IFTA 1UZ1A 6TAAA 1JNDA 1OGSA 1UYQA 3AS1A 3FW6A 2J74A 3WNLA 2GDVA 2GJXA 3EMCA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 3T08 A;  4AZI A;  3T0D A;  4W8B A;  5FKY A;  2RGM A;  5A6L A;  4UFK A;  4B9Y A;  1XH1 A;  3VU2 A;  2XYL A;  2WBG A;  4AW7 A;  1GOO A;  5E6Z A;  4AEE A;  1BGA A;  1ZBC A;  3ZT7 A;  3AI0 A;  2V3F A;  1X6N A;  1ZJA A;  1GHS A;  1JYV A;  3SCS A;  1GOK A;  3B9A A;  1QNP A;  2D0G A;  5EBA A;  1QHZ A;  3WY1 A;  2W5F A;  2XVN A;  1UD3 A;  2J78 A;  4Z2L A;  1JD9 A;  5ABE A;  4J3W A;  1W9U A;  2DPE A;  2VCC A;  4M8U A;  5HBF A;  3VIK A;  3WN6 A;  1G9H A;  2CKR A;  2J7G A;  1QI4 A;  1KFW A;  2W61 A;  3SCQ A;  1QI2 A;  4ZE5 A;  2VCA A;  4U31 A;  5CQ1 A;  1H5V A;  3IAQ A;  2VO5 A;  4FLR A;  2BVT A;  3AIB A;  1FFR A;  5HNN A;  1GOR A;  3E1F 1;  1JZ2 A;  2GFT A;  4P7O A;  1OCQ A;  4CU6 A;  2YDQ A;  2QMK A;  1MXD A;  1L0P A;  1R7A A;  4U3A A;  5EMY A;  2VJX A;  4UFJ A;  5C70 A;  3N17 A;  3GXI A;  3TP4 A;  1GOQ A;  2J7B A;  1OWQ A;  1UQY A;  3FN9 A;  1MFU A;  4X0N A;  4DWS D;  3WDI A;  3WQ6 A;  1XC6 A;  3NDY A;  4MNM A;  1SR0 A;  2Y2W A;  2EPN A;  4H8U A;  3AMG A;  2AAA A;  2DT0 A;  5A6B D;  4PMZ A;  4AD1 A;  5CPS A;  5E09 A;  5A2C A;  1VIW A;  2XGI A;  4JKM A;  2J4G A;  4U2Y A;  4LYQ A;  3AMK A;  4ML4 A;  3L2L A;  4D6D A;  1Q6D A;  4UFH A;  4HPG A;  4PUE A;  3OLD A;  4HZ6 A;  4UNI A;  4L4P A;  1KQY A;  1OSE A;  1VBU A;  5CPT A;  1HJU A;  1EO5 A;  4PSR A;  1I75 A;  4HPH A;  4CCC A;  4CVW A;  1BAG A;  5M5D A;  1J0K A;  4JAW A;  4RE3 A;  3BAK A;  3WNO A;  2D3N A;  2VRJ A;  1E71 M;  4F9J A;  5LYR A;  5I0D A;  3EDE A;  1JI1 A;  1JDC A;  1V0M A;  1XD1 A;  2UWF A;  3RM9 A;  1G0C A;  4GPN A;  3KL3 A;  1UWR A;  1LL4 A;  4HOX A;  2BY3 A;  5A1A A;  1ITC A;  1VRX A;  2HIS A;  3ZT6 A;  4KMQ A;  3POC A;  2Y4S A;  3TTY A;  4WKF A;  4CGT A;  4WF7 A;  4MNJ A;  1HP5 A;  1KGW A;  2WHL A;  2WMF A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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