1M04 | Genus

Total Genus 187

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	187
sequence length	499
structure length	499
Chain Sequence	DRKAPVRPTPLDRVIPAPASVDPGGAPYRITRGTHIRVDDSREARRVGDYLADLLRPATGYRLPVTAHGHGGIRLRLAGGPYGDEGYRLDSGPAGVTITARKAAGLFHGVQTLRQLLPPAVEKDSAQPGPWLVAGGTIEDTPRYAWRSAMLDVSRHFFGVDEVKRYIDRVARYKYNKLHLHLSDDQGWRIAIDSWPRLATYGGSTEVGGGPGGYYTKAEYKEIVRYAASRHLEVVPEIDMPGHTNAALASYAELNCDGVAPPLYTGTKVGFSSLCVDKDVTYDFVDDVIGELAALTPGRYLHIGGNEAHSTPKADFVAFMKRVQPIVAKYGKTVVGWHQLAGAEPVEGALVQYWGLDRTGDAEKAEVAEAARNGTGLILSPADRTYLDMKYTKDTPLGLSWAGYVEVQRSYDWDPAGYLPGAPADAVRGVEAPLWTETLSDPDQLDYMAFPRLPGVAELGWSPASTHDWDTYKVRLAAQAPYWEAAGIDFYRSPQVPWT

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

molecule tags	Hydrolase
source organism	Streptomyces plicatus
publication title	Aspartate 313 in the Streptomyces plicatus hexosaminidase plays a critical role in substrate-assisted catalysis by orienting the 2-acetamido group and stabilizing the transition state. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Beta-N-acetylhexosaminidase
total genus	187
structure length	499
sequence length	499
ec nomenclature	ec 3.2.1.52: Beta-N-acetylhexosaminidase.
pdb deposition date	2002-06-11

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00728	Glyco_hydro_20	Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain
A	PF02838	Glyco_hydro_20b	Glycosyl hydrolase family 20, domain 2

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	1m04A01
3.30.379.10	Alpha Beta	2-Layer Sandwich	Chitobiase; domain 2	Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like	1m04A02

5A8QA 4TXEA 1UD2A 4D6FA 1E0VA 2RGLA 3EDKA 3AS1A 3MSGA 2QLYA 3WNLA 3MO4A 4GO9A 1S46A 4GINA 2V5CA 1UG6A 5A1AA 2X09A 1FP9A 2RGMA 1UYQA 2CERA 4WIWA 3A4XA 1E4LA 2QMKA 4ZENA 4QLKA 3OZOA 3AYSA 4OJYA 4AZBA 1B1YA 2UY2A 4CKQA 4MPKA 1E4IA 1OIFA 1G9HA 3N17A 1HIZA 1GJUA 5AYBA 2J7CA 4JFWA 3ARRA 1XGZA 5FOOA 3ZJKA 1CPUA 3BAYA 4CCCA 4C90A 1GOOA 1MW0A 2W62A 1CGXA 1H5VA 1BGAA 3HMCA 5HPCA 1E5NA 2WKGA 1DTUA 4H8VA 4JKLA 1V03A 3WF1A 1W1TA 1E5JA 1J12A 3FHAA 4AZ7A 4P8UA 2ZE0A 3WSUA 1WB0A 2J8GA 3THDA 4R27A 4UZSA 3AMGA 1DWJM 1ZS2A 2NT1A 4KRTA 1G5AA 1VFUA 3MANA 3DHPA 2VT0A 4HZ8A 2OYLA 1JG9A 4IPNB 1G0CA 3VDCA 4P8XA 2OWCA 4CD4A 1K9FA 2XWEA 4JIEA 3U7BA 1VFMA 2WMIA 5DO8A 4WKHA 4FF5A 2HVMA 1WDRA 1I1WA 1B90A 3U57A 1QI0A 1V3MA 1OIMA 2BFGA 1PAMA 3VIFA 2BNJA 2OSYA 1OT1A 4PMNA 1C3FA 2E4TA 1CGVA 1UA3A 3CMJA 4CN4A 5TD4A 3I3BA 1LG2A 1VBRA 1RPKA 1LWJA 3VIMA 1KB3A 3O9NA 4DWSC 5ABFA 4J3TA 3ECQA 4DWSA 4HZ7A 1QNRA 1Q6EA 4M81A 4TVCA 1QI2A 1L8NA 4MB1A 1A47A 3EBVA 3WD1A 1MXDA 3PZOA 4OBSA 3AXXA 2V3EA 3VD4A 4CUCA 3CHEA 4FK9A 5E6YA 4AD4A 4TX8A 4BF7A 3NIYA 4QDMA 3CUIA 1HKJA 1M53A 2D3NA 5E0CA 1MQQA 3GXFA 2CETA 3W53A 1FA2A 2VRQA 5A2CA 3AQUA 3GDBA 1Q6DA 3W27A 1H4PA 1H1NA 3ZR5A 1CYGA 2X1IA 5BROA 1UWIA 5JIPA 3KL0A 4AEEA 3W37A 2W5FA 4AIEA 2X2YA 3WEZA 1CXIA 3EDEA 5F7UA 1QI3A 1R7OA 3LPPA 1HJVA 3F4VA 3BSGA 2ZUSA 4J3SA 3VDHA 4UOZA 4ZE5A 1OCQA 3TTOA 2IXVA 3S2CA 2CIPA 3RIKA 3WKZA 2G41A 2DGAA 1E6PA 1J11A 2VR4A 3ZT5A 3GXIA 3QHNA 1JFHA 1HP5A 2HISA 4U2YA 4TVDA 1R7AA 5D8WA 3AIVA 5BXPA 3KE0A 3WBEA 4HMEA 3PZUA 4Q22A 1GNXA 5C8BB 1PIGA 1DP0A 4UQAA 3VIJA 2Y24A 3ZJ8A 1NWUA 1UHVA 4B16A 1EOKA 1UUQA 2GJXB 1ESWA 1LLOA 4DUVA 1QHOA 1EOMA 1P6WA 3OG2A 5D9NA 2WVVB 3GBEA 4M8UA 1DWFM 1QBAA 1Q6GA 2VJXA 1JNEA 1M7XA 4UZUA 1KR0A 1B3ZA 2EPOA 4MB3A 3L4YA 4CCEA 4JL1A 1ZU8A 2ZXQA 1BHGA 1CECA 1JNDA 1ZBWA 1BQCA 3ARQA 1H2JA 1E3XA 3RJXA 4MB5A 2Y5EA 3AMKA 1E0WA 1UWUA 3W26A 4CN1A 3W29A 2WPGA 1OBAA 4BQ2A 4B3KA 3BCDA 5EB8A 4LGXA 4OBRA 1US2A 3VTRA 1V0NA 3AIRA 4AEFA 1Q4NX 3VM7A 1CXEA 1XC6A 1GPFA 4HA1A 5JBDA 3WUFA 2CESA 4NSBA 2JFEX 1ECEA 4GZJA 3WIJA 3MKKA 3AIQA 1XYZA 1NOFA 4CU6A 3T2OA 2BHZA 3IJ9A 5FL0A 2WWCA 4W7UA 1C93A 2G3MA 4BA0A 2XGBA 4F66A 1BG4A 1TG7A 3GNOA 1QVBA 2OWXA 1JZ8A 4B3LA 2VI0A 4P7RA 4AC1X 2FH6A 1VRXA 4GO8A 1VFFA 3WL1A 4XB3A 2YLLA 2ZIDA 4Z2KA 5A6KA 2B31A 3K4DA 4WJXA 1V02A 3VIKA 2QHAA 2W67A 2CITA 5A94A 4E4PA 2IUZA 3WF3A 2YBTA 2GK1B 1UR4A 5CG0A 5JIWA 8CGTA 1L0PA 3BXWA 1KBKA 3NSNA 2CBIA 1JZ2A 1G94A 2VQUA 2CBJA 3M6DA 1QW9A 1FH8A 5CPSA 3CH9A 3N04A 3LMYA 1QI5A 4KH2A 3K1DA 4ATWA 1K9DA 1KWKA 3IAQA 1B3XA 3WUEA 2WVTA 1KXQA 4QLJA 2WBGA 1QOXA 4WKAA 4J27A 1Y7VA 3VMOA 2VNCA 4W8BA 2WNWA 1CXHA 1C92A 2J79A 2OSXA 2YBUA 3AIBA 5I23A 2WCGA 3VDAA 1MW3A 2DT2A 4AWEA 1W1PA 1CGWA 1W1VA 3KL5A 2FGLA 3CHDA 2WHLA 4WSJA 1Q6FA 4MAVA 2VZTA 3NJ3A 1E73M 3BAJA 4M80A 2OYKA 1VAHA 3WNOA 1E6XM 1E6SM 4J3UA 5EFDA 2F8QA 4U5IA 4W8AA 4XUYA 2VCCA 4ZXLA 1W2VA 4AMCA 1CGYA 4TUFA 4CVUA 3IANA 4C7DA 5CSYA 1WCGA 1HKKA 3RDKA 2W66A 1R8LA 1C8YA 1HJQA 6TAAA 4KMQA 3QGVA 3F5KA 3WH9A 2E8YA 1EDGA 2VOTA 3N9KA 2VMFA 2YDSA 4L4OA 1K9TA 1LG1A 2VX4A 2XG9A 3AZSA 5EBAA 4AW7A 4KGJA 1V6WA 2EQDA 2EJ1A 3AJ7A 3MMDA 1BYDA 2JIWA 1GQKA 1EQPA 3A4WA 4EK7A 2EPNA 5I3DA 4PYSA 1JI2A 1KFWA 4CD7A 1E6NA 4TX6A 3WY1A 4HMCA 2ZOXA 1KGXA 3AOFA 3SCVA 2VX7A 4PN2A 1W91A 4UTFA 1PIFA 2PBOA 4PMQA 5EFFA 4PUEA 2ZX5A 3ZOAA 1UR2A 3U7VA 2E8ZA 3VO0A 1H09A 2J78A 1OM0A 1LL4A 3BH4A 2CKSA 3DYMA 1HJUA 4AYSA 4WK9A 4OKDA 4OUEA 2ZXDA 4UFIA 1JDAA 3VIPA 3SCOA 1VBUA 1HKMA 1QNPA 3DC0A 1V3LA 4HU0A 3OGRA 2D22A 1E55A 1UOKA 3AIEA 3CHFA 3CLWA 3SCRA 4QCFA 3CUHA 3AMDA 3CIVA 4U31A 4D72A 1JDCA 3PTKA 1HVQA 1KWGA 1H49A 1WDSA 1KGWA 1OB0A 1ZJBA 3APGA 1JXKA 1CGUA 5JUVA 3ARTA 5FKYA 2C7FA 3ARZA 5I6SA 4JFTA 3ARSA 4QFUA 3WH8A 1CENA 2D0FA 1OD0A 1XD1A 1MQRA 3WFLA 2D0HA 3U5UA 3UR8A 4BZYA 2PWGA 4GKLA 4X0NA 1LJYA 5GQBA 3QHMA 3PHAA 2MANA 1GVYA 2EXOA 2O9PA 1E4NA 2ZUMA 1RH9A 1TMQA 1HP4A 1RD6A 2TAAA 3PZQA 2O9RA 6CGTA 1JYVA 3W0KA 1QNOA 3HU7A 1UD6A 1UZ1A 4CD6A 2ZUNA 1WO2A 3W82A 3UG3A 5KZ6A 5D8ZA 1SFSA 5A8PA 4PSRA 5LA1A 1UWQA 1MFUA 2VCBA 4CD8A 2GJXA 2WW5A 4LPCA 1VJSA 3BLKA 4D6GA 1MFVA 2ZX8A 3UCQA 4IPLA 2E3ZA 1WZAA 3VMPA 3FW6A 1O6IA 4D71A 3OLGA 4HA4A 4PMOA 3OZPA 4J28A 1C7SA 1PX3A 4HZ6A 3WNNA 3AS3A 1CXFA 2WMGA 2BVYA 1V0LA 3AICA 2CBUA 5HXMA 1DWGM 4U33A 3MUIA 2DSKA 3SCSA 4M1RA 4OZOA 1FOBA 5A2AA 1ZBCA 3AXHA 3W25A 3WELA 2E9LA 1U2YA 2JE8A 3VDBA 2WWDA 3PZMA 1EHAA 3F5JA 4F8XA 4AIUA 5IDIA 1JZ4A 2WK2A 5HOSA 1BSIA 2DH2A 5GPRA 2WC7A 4RE2A 3LPGA 3CZGA 4UFKA 5M5DA 4AD2A 4X9YA 1M04A 4ZFMA 3OGSA 1W2PA 3ARYA 1KCLA 2XTKA 3QOKA 2GDUA 2A3HA 4GPNA 2YA2A 2CHNA 4QP0A 2OSWA 4MJ2A 4XV0A 1IV8A 3ZJ6A 4K68A 1BG9A 4LX4A 1M01A 1UR8A 3JUGA 1FFQA 1BYAA 2XSBA 1XH2A 1WZLA 1NOWA 5KEZA 3VGHA 1JGIA 5A6MA 2DIJA 1E9LA 3OIHA 3T2QA 3FY1A 3BCFA 2WZIA 4U3CA 1PPIA 4UOQA 2W92A 3DHUA 1V3HA 1TE1A 4S3KA 5BRPA 2YA1A 2DSZA 2XVKA 3T09A 4MTVA 3SCQA 2PBGA 4FLRA 3IJ8A 2Z1KA 3AHXA 3SUUA 3WMSA 2FH8A 9CGTA 2XSAA 2V3FA 1BLIA 4MDOA 4MB4A 4W7VA 3VD3A 4TTGA 3FAXA 4NZCA 4OOZA 3VPLA 1BTCA 3L4VA 2GK1A 4MJ4A 2D1ZA 1V6XA 1NM9A 4P7OA 1NP0A 3SCUA 1CWYA 1UD3A 2BY0A 3MUY1 1QNSA 5DF0A 5CXPA 3WENA 2YDQA 3L4WA 4D6CA 2ZWYA 1JI1A 2EPKX 3I3EA 3NDZA 3AXIA 4XZWA 1NOUA 1QHZA 1B2YA 1J01A 2NW0A 4C7GA 4CN6A 1UKTA 2XFFA 3UETA 3W24A 2WCAA 3OLDA 5M03A 2FHBA 4GZIA 5IFPA 1K6AA 2AAAA 4AZGA 3NUKA 4BS0A 4Y7EA 1V0KA 2WMFA 1C91A 2CPUA 2J47A 4L4PA 4J3XA 1BYBA 4URIA 1XH0A 2BVDA 4PTVA 1E6ZA 3A47A 4YHEA 2DEPA 3I3DA 1EQCA 2VC9A 1EA9C 1R85A 3VINA 1B30A 8A3HA 3KWXA 3AISA 1C90A 4WSKA 4A3YA 1CTNA 4W88A 1B3VA 2D23A 1V0MA 1JD7A 4HOXA 3PZNA 3HN3A 1KGUA 1JF5A 4E2OA 1MVYA 1TA3B 4LYQA 5A6SA 1E6QM 4JKKA 5I24A 1BPLB 1EXPA 4MDPA 3WL0A 5E09A 3RJYA 4HA3A 3WN6A 4GZEA 3AS2A 3PZVA 3WDJA 4AZCA 2A3BA 2OYMA 1LWHA 2WXDM 3RM8A 3M46A 1B31A 1HL9A 4FLOA 4LYPA 2FHFA 3FXYA 3WMBA 1GOIA 1QHPA 3RO8A 2WC4A 5D9OA 2W63A 1V02E 4XZBA 4AZ5A 2EEXA 4W8LA 2ZICA 2E40A 3M7SA 4BCEA 1BF2A 1VEOA 5E6ZA 5JBFA 4PCTA 4TTUA 2ZX7A 1LF1A 2XJ7A 2Y8VA 1W3KA 4CGTA 4PUDA 3PN8A 2A3EA 4M29A 1O7AA 5I2UA 2GFTA 2EPLX 1U33A 1NWRA 1WDQA 1X6NA 1NWSA 1OGBA 2ZX9A 3GTNA 5ABGA 4JHZA 3TP4A 1W1YA 2XPKA 3PZTA 4UOJA 3VIIA 3AYRA 4HOZA 1SYTA 3VGGA 1JDDA 2X8RA 5BXSA 2BHYA 4A3HA 3OB8A 1HJWA 3AMLA 2ZX6A 5IHSA 3VD5A 3ZQ9A 1W9PA 3K8KA 4GI8A 4FMVA 2D24A 4UNIA 4ACZB 4DUWA 1IZJA 2W4XA 3GH5A 2WKLA 2A3CA 3J7HA 3EYPA 4YN5A 5I5RA 3A6OA 2YDRA 2OWWA 2CCRA 4X0VA 5ABEA 3CUGA 5DT7A 1EDQA 4NF7A 4UQBA 1E6RA 2AMGA 1UWSA 3WH5A 3CBWA 1D2KA 5D4YA 1W9VA 1UKQA 3N15A 1ISYA 3RCNA 3QOMA 1KCKA 1WKYA 2VL4A 3CHCA 1GOQA 5BXRA 4UFLA 3RM4A 1CXLA 1TVNA 2WHKA 3WH7A 5AY7A 5LA0A 3ZSSA 3AROA 5E9AA 1HL8A 2YJQA 2Q8XA 5AYIA 2VZSA 4W87A 1FH7A 1XD0A 4PTMA 3ZT7A 1PZ3A 4CU7A 3UERA 5CGTA 3MU7A 2XHYA 2WLZA 3VUPA 1JZ6A 2EO7A 1UD5A 5D9MA 2WMHA 4GI9A 1US3A 2X0YA 3WD2A 3BGAA 2V38A 1BAGA 1WPCA 3VNYA 2UY4A 2F61A 4PMRA 2ESCA 1E4MM 3FN9A 3MV11 2UY5A 1JIBA 2J74A 1VIWA 5D9PA 3WDHA 2PWFA 1F4AA 4W93A 1H41A 3W81A 1BGGA 7A3HA 4UFHA 4CU8A 2XVPA 1UQYA 3WF4A 2PC8A 4U5KA 2J7HA 3NSXA 3O6AA 5A6LA 1EHNA 4MNLA 2VO5A 2UWFA 1ZB5A 1EIBA 2VCAA 4JAWA 3WFZA 4F79A 3W4RA 2F2HA 3WEMA 3T0AA 1UZ4A 1EO7A 5A3HA 3SUWA 1KR1A 4ATLA 4W7WA 4RE3A 4PRWA 2PB1A 5EMYA 3VOCA 3LPFA 2WANA 2DT3A 5A6BD 3BAXA 1Z32X 5FD0A 1GOKA 1XSIA 4WF7A 2VZUA 3WDPP 4J3WA 2GJRA 3VIOA 4BQ5A 5I78A 1SMDA 1XYFA 1UKSA 1PJ9A 1E56A 1HJXA 2GVYA 2XUCA 2WM0A 4YPJA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 1V3J A;  1JF6 A;  2CYG A;  3D5H A;  3CZE A;  4WLC A;  3BLP X;  1CEO A;  4AD5 A;  4M56 A;  1UD4 A;  3BAK A;  3NYD A;  4TOQ A;  4Z2I A;  1J0I A;  4MNK A;  4JCL A;  3VNZ A;  3VX1 A;  4FLQ A;  2QPU A;  2BS9 A;  1Q6C A;  4AZC B;  1FH9 A;  4PSP A;  1JD9 A;  3UES A;  4F9D A;  1UKO A;  2BY2 A;  2YL9 A;  3VD9 A;  3EMZ A;  1NQ6 A;  2VUR A;  2WMK A;  1J0J A;  4JFU A;  2YKK A;  1A3H A;  4UR9 A;  1GHR A;  3SUS A;  1C8X A;  3M07 A;  3CUJ A;  2PF0 A;  4HTY A;  1VEN A;  4M82 A;  3RME A;  2DT0 A;  1X6L A;  5CJ5 A;  2GSJ A;  4ATD A;  1AVA A;  2ZUT A;  4DUX A;  4W84 A;  4Z2G A;  2JIE A;  4UQ9 A;  2DPE A;  4MAZ A;  5DMY A;  1H3G A;  4D6E A;  1JL8 A;  3EMQ A;  2E9M A;  3MUA A;  3W6L A;  3VGD A;  1ITX A;  3PTM A;  3B8S A;  3A3H A;  3T2P A;  3GM8 A;  1CXK A;  3SCN A;  1IZK A;  1BFN A;  3GNP A;  2BY1 A;  3TOP A;  3GXM A;  2VRJ A;  3CUF A;  3BSH A;  4ML4 A;  7TAA A;  4NRS A;  4HP5 A;  3G6L A;  5DEZ A;  1GQJ A;  3ZJ7 A;  5BRQ A;  4RL3 A;  5A8N A;  1HKI A;  3WD0 A;  4HOW A;  1OSE A;  1TZ7 A;  4H7V A;  1E70 M;  3GZA A;  3WEO A;  2QMJ A;  5I79 A;  5HBF A;  2BVT A;  4Z2J A;  4LYR A;  2CEQ A;  1LQ0 A;  3MV0 1;  3VIG A;  2XVG A;  1TFV A;  4DM1 A;  3WBA A;  1GW1 A;  1V3K A;  2J7G A;  3GH7 A;  4AZ6 A;  1XRV A;  2VZV A;  1J0H A;  3ARP A;  3ARU A;  1ISW A;  4S3J A;  3UEQ A;  2YL8 A;  3T08 A;  4EAM A;  2Y8K A;  4HU8 A;  2BHU A;  1N82 A;  1ZL1 A;  2D20 A;  3SUT A;  1UR9 A;  2XFY A;  2Y2W A;  1BYC A;  4AIS A;  4H41 A;  1TA3 A;  1HN1 A;  4ZEP A;  2GJP A;  2NT0 A;  2WSK A;  3CZL A;  2XII A;  3K4A A;  1W9X A;  4CD5 A;  5CQ1 A;  3VGF A;  3WDQ A;  4PMV A;  4C91 A;  5A69 A;  3KL3 A;  2XIB A;  2DQX A;  3SCP A;  2YOC A;  2YLA A;  1DWI M;  3UG5 A;  3POH A;  2G3I A;  2J62 A;  3N12 A;  4IUG A;  2PWH A;  2VQT A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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1M04A

Total Genus

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