1M04A

Mutant streptomyces plicatus beta-hexosaminidase (d313n) in complex with product (glcnac)
Total Genus 187
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
187
sequence length
499
structure length
499
Chain Sequence
DRKAPVRPTPLDRVIPAPASVDPGGAPYRITRGTHIRVDDSREARRVGDYLADLLRPATGYRLPVTAHGHGGIRLRLAGGPYGDEGYRLDSGPAGVTITARKAAGLFHGVQTLRQLLPPAVEKDSAQPGPWLVAGGTIEDTPRYAWRSAMLDVSRHFFGVDEVKRYIDRVARYKYNKLHLHLSDDQGWRIAIDSWPRLATYGGSTEVGGGPGGYYTKAEYKEIVRYAASRHLEVVPEIDMPGHTNAALASYAELNCDGVAPPLYTGTKVGFSSLCVDKDVTYDFVDDVIGELAALTPGRYLHIGGNEAHSTPKADFVAFMKRVQPIVAKYGKTVVGWHQLAGAEPVEGALVQYWGLDRTGDAEKAEVAEAARNGTGLILSPADRTYLDMKYTKDTPLGLSWAGYVEVQRSYDWDPAGYLPGAPADAVRGVEAPLWTETLSDPDQLDYMAFPRLPGVAELGWSPASTHDWDTYKVRLAAQAPYWEAAGIDFYRSPQVPWT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Hydrolase
source organism Streptomyces plicatus
publication title Aspartate 313 in the Streptomyces plicatus hexosaminidase plays a critical role in substrate-assisted catalysis by orienting the 2-acetamido group and stabilizing the transition state.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Beta-N-acetylhexosaminidase
total genus 187
structure length 499
sequence length 499
ec nomenclature ec 3.2.1.52: Beta-N-acetylhexosaminidase.
pdb deposition date 2002-06-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00728 Glyco_hydro_20 Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain
A PF02838 Glyco_hydro_20b Glycosyl hydrolase family 20, domain 2
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 1m04A01
3.30.379.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Chitobiase; domain 2 Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like 1m04A02
5CG0A 1OIMA 3CHFA 4EE9A 4OZOA 2PBGA 2BY0A 4X0NA 4IM4A 3D3AA 2D3LA 3QHOA 4GZJA 3BH4A 5M5DA 4D6IA 1O6IA 3WQ5A 3O6AA 1JD7A 1E6PA 1W1PA 2OWWA 4JKKA 4PRWA 2CETA 2E3ZA 3RMEA 3MUAA 4IISA 1UD3A 1MFUA 4Z2IA 4WSJA 4C91A 4W86A 1FH8A 1B3YA 3B9EA 4MADA 4FLOA 1PZ2A 4J3SA 1CXIA 2YIHA 2RGLA 5HBFA 2PWHA 1E15A 2EPMX 3WF1A 2OYKA 2VX4A 3RM4A 3W25A 4AMCA 4Q22A 3CZ8A 2XVKA 3LPGA 4GZIA 4WJXA 3SCSA 1US3A 2YLAA 1UKQA 4U2ZA 3GNPA 1GJUA 4MNLA 4MJ2A 4UFMA 2VR5A 5FD0A 3BAJA 4MAVA 1E4NA 1V3JA 4RE2A 4Z2JA 2DH3A 1HP5A 2GJRA 4W87A 1WZKA 2DGAA 1GQLA 2V3EA 4CVUA 1OGGA 2DSWA 4UFHA 3IANA 7TAAA 3AROA 3MSDA 1UWUA 3EDEA 2W91A 2RGMA 1OGBA 1S46A 1B90A 2VZOA 2W67A 4P7OA 3VIGA 3G6LA 3VUPA 5HPOA 5A6JA 1QI0A 1B30A 1QNQA 2DSZA 1B2YA 3KL5A 1JI2A 2G4FA 1D2KA 3ZMRA 3KZSA 3ZR5A 4Z2HA 5BXPA 3RM8A 4E4PA 4W8BA 1CGVA 3T2OA 3VM5A 2W66A 1H3GA 4LQ1A 3F5KA 4M56A 2F8QA 3WUFA 3ARPA 3AISA 3CMJA 1UD2A 3SCNA 2DSKA 4GO8A 1YQ2A 1H49A 5BRQA 4D1IA 4D71A 3OIHA 1MXDA 1WB0A 4WLCA 2AMGA 3M46A 1C3FA 4EK7A 3FN9A 2VC9A 4CN6A 2XG9A 1DWJM 4R5EA 4HA4A 1CZ1A 4AZ6A 1OWQA 1C92A 2ZUWA 5FOOA 4PMZA 1MW1A 1BG9A 3ZQ9A 1TFVA 3GBDA 1BFNA 3LPFA 2D0FA 3W0KA 1FHLA 1J0ZA 3PZUA 1DWGM 1R7OA 1B0IA 3TTYA 4ACYA 4PN2A 2VZSA 3OLDA 4TVDA 3VMOA 4XB3A 2F2HA 2YL6A 4UQ9A 1ZS2A 2EPLX 1KCLA 1NWSA 2WBKA 4W88A 3U57A 4F9DA 3SCOA 2WMIA 5GQBA 1MQPA 5BRPA 4RE4A 1WP6A 5IFTA 2IXUA 2DPEA 3VIOA 1ZBKA 1ODUA 2XVNA 4W7WA 7CGTA 3AIEA 4U3CA 2ZXDA 4WKAA 4PMQA 1WCGA 4C90A 3WDPP 3CZLA 4H04A 1B3XA 2NW0A 4JKLA 1CEOA 4HA1A 1DHKA 1UR0A 1VBUA 3ECQA 3K8KA 4P8VA 2ZWYA 2WSPA 2CHOA 1M7XA 1GUVA 1HJWA 1E43A 3ARVA 5DT5A 3ZIZA 1JD9A 1DWIM 3I3EA 3AIRA 2V5DA 5HPCA 2DH2A 1VJZA 3K4DA 4GI6A 4FF5A 1OD0A 9CGTA 3GH4A 5CPTA 1FP8A 1CGYA 4QLLA 3VGEA 1CBGA 4B16A 5A6AA 5BWFA 4KH2A 4WF7A 2E8YA 3GTNA 5A2BA 1IT0A 3IK2A 3EMZA 1HJQA 5I24A 3WDHA 1E56A 1G94A 1J18A 1CDGA 2XVPA 1HJVA 4MNJA 2X09A 5ABFA 5JIWA 2X8RA 1U2YA 4HU8A 2Q8XA 4HPGA 4FLQA 2F61A 3WUGA 2WYSA 3N11A 5CQ1A 1EDTA 3VD9A 2NT1A 4ATLA 1JF5A 3VMNA 2ZIDA 4TUFA 1JI1A 5JIPA 4Z2KA 2ZUSA 4B3KA 3VD7A 1E6NA 2ZUNA 8CGTA 3AXHA 3EMQA 2OSWA 1VFFA 3NJ3A 1WDPA 3PZIA 5GNZA 5E0FA 4TTGA 4WKHA 4BQ5A 5E6YA 6CGTA 1GVIA 3FY1A 2BVYA 2D20A 2CBJA 4UOJA 4PSRA 1UQYA 1VEOA 1GOQA 2ZX7A 1XSJA 2W63A 5CPSA 1J0JA 4HMDA 2WCSA 4F79A 1BVZA 4M8UA 1KXVA 4UQBA 1TE1A 3WNMA 3U7VA 1R85A 4DWSC 2XJ7A 1V02A 4AD0A 4FK9A 1HJSA 1W3JA 1ISVA 1E5JA 5I5RA 2WCAA 1WNOA 4JCLA 3RIKA 4M29A 2UY3A 4IPNB 4ACZB 3MMDA 2AOSA 5A1AA 2CKSA 3LPOA 2XGBA 4AIOA 1UR2A 1TA3B 1MXGA 4AIUA 3UETA 1CXHA 1PIGA 4NRRA 1A47A 3ZJ7A 1EH9A 3DYOA 3VNYA 1I1WA 3N18A 5IXEA 2G8ZA 1J9YA 1VFOA 3N15A 1GHRA 5JBDA 1E6RA 2WVTA 2EO7A 3L4ZA 2QPUA 2Y8VA 2D0HA 4HMCA 2D23A 5CLTA 1EQPA 5F7UA 4BS0A 3PZVA 4AY1A 5E6ZA 2PI6A 3VPLA 4PUDA 1H2JA 2VX6A 5A8NA 2Z1SA 5BYWA 4GI8A 1UQZA 3KL0A 3AHXA 1VIWA 1EDGA 4J7RA 4X0VA 3DHPA 2QV4A 2BHUA 2WZEA 1VEPA 1KBKA 3ARYA 4QLJA 2G41A 3W26A 1JZ2A 4QP0A 3WF0A 4WK9A 4KGJA 2J74A 4W85A 5CPQA 2BY1A 5GNYA 3BSHA 4UFIA 2DT2A 4EAMA 2A3BA 2ZUMA 2JFEX 3L2MA 1FFQA 4W8LA 4Y7EA 1J0IA 2PF0A 1K9FA 2W62A 1AQ0A 1FHDA 2Y4SA 1J0YA 2WVUA 4H7VA 4H8HA 3TTOA 3ZT5A 3AZTA 1WZLA 4JFTA 5DO8A 4AZ5A 3LMYA 3NCOA 3W37A 1RH9A 4PCSA 3IJ7A 2DT3A 3L4XA 2DDXA 3VILA 1KWKA 3PTQA 1W2VA 2EPKX 4W93A 2VJXA 3APGA 3CUJA 1IV8A 3CUHA 4CN1A 2UY2A 1CXLA 1UZ1A 1EIBA 2EQDA 3TTQA 2PWGA 4UQDA 4ZEPA 3BLPX 4TX8A 2VRJA 2XFYA 3CUGA 1VAHA 1V6YA 1VJSA 5A6KA 2YLLA 3T0DA 3UG4A 2VQUA 2Z1KA 3WH7A 1UKSA 1E6SM 1DEDA 1ISWA 7A3HA 4KMQA 5A3HA 4B9YA 1UUQA 3CHEA 1KQZA 5ABEA 5D9NA 3EDDA 1HL9A 1GW1A 1ITXA 1C7SA 1CXKA 2C7FA 3AHVA 3OGRA 4ZE4A 2B31A 4DWSB 4XV0A 1V6XA 1QW8A 3EYPA 4QCEA 2W4XA 1R8LA 3BC9A 1HT6A 1JGIA 3PZGA 5DEZA 1BGGA 2JEPA 4D1JA 5D9PA 2BV9A 2EXOA 2GDVA 4JHOA 5E09A 2XVLA 1VB9A 4CVWA 3GH5A 1G1YA 3VDCA 1GJWA 1XCXA 1KR1A 5IDIA 2TAAA 3CZEA 1LG1A 1PX4A 1KCKA 1QNSA 2WMJA 2GJXA 1OT2A 1DTUA 4R27A 3OLEA 3VD4A 4HOWA 4A3HA 1PZ3A 1PAMA 4A4AA 4M81A 3SCRA 3VKKA 5KZ6A 2DIEA 4LYQA 2CKRA 2WM0A 2ZX5A 1GQJA 3BMWA 4YHGA 5GNXA 4DWSD 3WH9A 6A3HA 1Q6EA 4AZCB 2WHLA 6TAAA 1NOWA 3GYCA 1Q6GA 2CYGA 4PMNA 3VM7A 3OBAA 1F4AA 3EDFA 5LYRA 1UKOA 3VIHA 1QVBA 1A3HA 4OBSA 3EMCA 1BYDA 1TVPA 4JFWA 3VINA 1LG2A 1M01A 3AMDA 4J27A 4L4PA 3DYPA 1TMQA 1V02E 1XH1A 3L4TA 2WWCA 1MQRA 2A3HA 1UR4A 4GKLA 1CNVA 3VIPA 1XC6A 3MMUA 1U33A 3OZOA 4XX6A 3VDHA 2WANA 4JL2A 4P7RA 3AMGA 4HP5A 3AXXA 1W2PA 2WMIB 3ZJ8A 3VNZA 5BXSA 3AICA 1E72M 2D24A 2GDUA 1XSKA 2J7EA 2FHBA 3AZRA 4KRTA 3WL1A 1H09A 4V28A 1TVNA 1AQMA 4NF7A 4CCEA 2ZX9A 2UY4A 1KXQA 2OSXA 1JYNA 5CSYA 4PBGA 3ARWA 4GQQA 2ZUUA 1UHVA 4D6DA 1GORA 4QCFA 2EPOA 3W27A 3T08A 4UTFA 1KB3A 4GO9A 4AXNA 2V3GA 1V0KA 1CGTA 3PZMA 1B3WA 1W9DM 1TCMA 1E4IA 3IJ8A 4HMEA 3TP4A 4PMVA 1UZ4A 2ZWZA 4BQ4A 1GNXA 2J7BA 2ZX6A 2ZUVA 4URIA 1US2A 2WKGA 3RILA 1LF1A 1ZL1A 1V6UA 1G5AA 1ZBCA 4BQ2A 3WBEA 2JIWA 3GXFA 2GJPA 1NP2A 1EO7A 3NDYA 2WK2A 2DSVA 1KXTA 1W9BM 4DM2A 1W1VA 2YDQA 4PTXA 4D6CA 3OGVA 2AAAA 2D22A 5A6BD 4F9JA 1F4HA 2BS9A 4V27A 1CLVA 1TUXA 2VCBA 4GPNA 5ABFB 1M03A 3UG5A 4ZENA 3AS2A 1HF6A 1UWQA 2Y24A 3ARTA 3NSNA 4JHZA 3SEPA 3WSUA 4PSPA 4CD4A 4LPCA 3OA5A 3AS1A 5BXTA 4U3AA 2NSXA 2Y8KA 2VMFA 4MNMA 1QI4A 3UESA 1FH7A 2YA2A 5E9AA 3VMPA 2WB5A 4L4OA 3HMCA 2CXGA 2CBIA 1JF6A 3AI0A 4JFSA 2A3EA 2WC3A 3L4WA 1W3KA 1R86A 1HKKA 4UQCA 1ZBVA 1DWFM 1YHTA 1UWRA 1I75A 1JG9A 2VOTA 1UA3A 2WHKA 4S3KA 3WEZA 3W24A 4AD5A 5I23A 4CD7A 1QPKA 1Q4NX 3VGHA 1LL6A 4V2XA 4AC1X 4JAWA 1HJUA 2BNJA 3MANA 3POHA 4CU6A 3WDIA 3VDBA 1W3HA 4UOQA 5C70A 4JCMA 1PJ9A 4DM1A 1VFMA 3ARUA 2GK1A 5ABGA 1BVNP 2J8FA 4FLRA 4A3YA 1J0HA 3M7SA 1LJYA 1OT1A 3OLGA 1ITCA 3GM8A 4MDPA 2W61A 4AD3A 1HP4A 4J28A 4N0RA 4AD4A 1B1YA 1CPUA 1MW2A 3CGTA 5BCAA 3CZGA 1ZU8A 1TG7A 3K4AA 3VGGA 1VF8A 5LA0A 3WNNA 3QR3A 3IAPA 4HZ6A 3TA9A 1GCYA 3VIFA 2W92A 5A8PA 4AZIA 3WMCA 3VGBA 3CLWA 1WPCA 1CXFA 4AEFA 1XCWA 1UR1A 2PWDA 1GQKA 3WD3A 2VVSA 1NOUA 2VR4A 3ZM8A 3ARQA 3AIWA 3I3BA 5D8WA 4UFJA 2XGIA 2WC4A 4CGTA 5IHRA 1UKPA 4GINA 1VENA 2ZOXA 2MANA 5I79A 3VDAA 1RPKA 3MU7A 2NT0A 3CTTA 1M53A 4MB4A 1CIUA 3OG2A 2JF6A 1B9ZA 2WZHA 3ZT7A 2WSKA 5D4YA 4TVUA 1J10A 1D7FA 1V0LA 1WDQA 1XD0A 4CCCA 3NIYA 3AMLA 1HJXA 3N17A 1JYWA 1CLXA 3OLIA 3VD5A 3ALGA 1ESWA 1JZ4A 2WVVA 2XIBA 2XWDA 3QOMA 3ZR6A 4Z2GA 3BAXA 3AIVA 3K46A 1BF2A 1BYBA 5EFDA 3MUY1 3MMWA 3BMVA 1E5NA 1X6LA 1CYGA 3TONA 1V6VA 1R7AA 4GQRA 1LLOA 4HZ8A 1UWIA 1BG4A 3ARZA 2WLYA 4B15A 4HOXA 3SUWA 5DT7A 1FH9A 2YA1A 1E73M 5EFFA 2Y5EA 2YOCA 3F5LA 1EOMA 5JBEA 1ZJAA 3NYDA 1SYTA 4OBRA 2ZXQA 5BXRA 2DSUA 1XD1A 3ARXA 3AJ7A 3CBWA 3W6LA 3N13A 4TXEA 3ALFA 4AD1A 1W3LA 5M17A 3I3DA 1XGZA 3DC0A 4MB5A 1RP8A 1GHSA 3MUIA 1MWOA 3AZSA 3NUKA 1H11A 3GNRA 3PZQA 1OGSA 1DWHM 3AXIA 2XHYA 5CSUA 1OB0A 4P8WA 3WF2A 4MNKA 2JALA 2G3JA 4W8AA 3SCTA 3WNPA 3D5HA 3DYMA 2J62A 2CNCA 4OJYA 4AW7A 2G3MA 3T2QA 2G3IA 3AQUA 1G0CA 2OLHA 1C8QA 4AYSA 3WQ4A 5AY7A 1E4LA 3EDJA 2D1ZA 4GZEA 2OWCA 4FLSA 1OCQA 2J7GA 3A4WA 2CITA 1VBRA 3WH6A 2QHAA 3A4XA 4PMXA 3UCQA 2X05A 4AZ7A 1CGUA 1Q6CA 2XM1A 3FAXA 2WPGA 2VO5A 2CEQA 1HVQA 2GVYA 4H2CA 4U5IA 1D3CA 4PTWA 5AYBA 4HTYA 1WDRA 3VTRA 4CD5A 1C8YA 1EGZA 4U31A 4UZSA 3II1A 5KEZA 2VVNA 1GOMA 4D6HA 3FHQA 4AD2A 2GJXB 3BXWA 1R87A 4D72A 1E1EA 3THDA 2VNCA 2E8ZA 2X1IA 4CD6A 4U33A 2YL8A 2A3AA 4UFLA 1C8XA 3M07A 3S2CA 1UD5A 2WWDA 1JDCA 2XFFA 5CGMA 3ZJKA 1GPFA 3HN3A 3WF3A 4W89A 4ZXOA 5CLWA 4WIWA 1HIZA 2D0GA 3FNDA 1WZMA 3SUSA 1HX0A 1K9EA 1UOKA 2HISA 4LXFA 1KR0A 2FHFA 1Q6FA 1ZJBA 5M3WA 2J7HA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5CG0 A;  1OIM A;  3CHF A;  4EE9 A;  4OZO A;  2PBG A;  2BY0 A;  4X0N A;  4IM4 A;  3D3A A;  2D3L A;  3QHO A;  4GZJ A;  3BH4 A;  5M5D A;  4D6I A;  1O6I A;  3WQ5 A;  3O6A A;  1JD7 A;  1E6P A;  1W1P A;  2OWW A;  4JKK A;  4PRW A;  2CET A;  2E3Z A;  3RME A;  3MUA A;  4IIS A;  1UD3 A;  1MFU A;  4Z2I A;  4WSJ A;  4C91 A;  4W86 A;  1FH8 A;  1B3Y A;  3B9E A;  4MAD A;  4FLO A;  1PZ2 A;  4J3S A;  1CXI A;  2YIH A;  2RGL A;  5HBF A;  2PWH A;  1E15 A;  2EPM X;  3WF1 A;  2OYK A;  2VX4 A;  3RM4 A;  3W25 A;  4AMC A;  4Q22 A;  3CZ8 A;  2XVK A;  3LPG A;  4GZI A;  4WJX A;  3SCS A;  1US3 A;  2YLA A;  1UKQ A;  4U2Z A;  3GNP A;  1GJU A;  4MNL A;  4MJ2 A;  4UFM A;  2VR5 A;  5FD0 A;  3BAJ A;  4MAV A;  1E4N A;  1V3J A;  4RE2 A;  4Z2J A;  2DH3 A;  1HP5 A;  2GJR A;  4W87 A;  1WZK A;  2DGA A;  1GQL A;  2V3E A;  4CVU A;  1OGG A;  2DSW A;  4UFH A;  3IAN A;  7TAA A;  3ARO A;  3MSD A;  1UWU A;  3EDE A;  2W91 A;  2RGM A;  1OGB A;  1S46 A;  1B90 A;  2VZO A;  2W67 A;  4P7O A;  3VIG A;  3G6L A;  3VUP A;  5HPO A;  5A6J A;  1QI0 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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