1M6JA

Crystal structure of triosephosphate isomerase from entamoeba histolytica
Total Genus 94
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
94
sequence length
260
structure length
260
Chain Sequence
GAGKFVVGGNWKCNGTLASIETLTKGVAASVDAELAKKVEVIVGVPFIYIPKVQQILAGEANGANILVSAENAWTKSGAYTGEVHVGMLVDCQVPYVILGHSERRQIFHESNEQVAEKVKVAIDAGLKVIACIGETEAQRIANQTEEVVAAQLKAINNAISKEAWKNIILAYEPVWAIGTGKTATPDQAQEVHQYIRKWMTENISKEVAEATRIQYGGSVNPANCNELAKKADIDGFLVGGASLDAAKFKTIINSVSEKL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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connected with : NaN
molecule tags Isomerase
source organism Entamoeba histolytica
publication title Structure and Inactivation of Triosephosphate Isomerase from Entamoeba histolytica
pubmed doi rcsb
molecule keywords Triosephosphate Isomerase
total genus 94
structure length 260
sequence length 260
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date 2002-07-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00121 TIM Triosephosphate isomerase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1m6jA00
1W54A 1MSSA 1PCKA 2OX1A 4K38A 4RV8A 3C52A 3P62A 3LHYA 4LT9A 3W86A 1A5SA 3F4NA 8TIMA 4N9CA 2FTPA 3STCA 3O1NA 3C2RA 2R14A 4OGZA 3N9SA 1FXPA 1YXDA 1N7KA 2FPVA 5LKYA 2TSYA 3LCLA 3WFAA 2HSAA 3TC7A 1JQXA 2H3BA 2J9XA 3PF3A 2QDGA 3S1VA 4Z08A 1W3TA 4UTMA 1NF0A 2V5LA 3QH2A 3N2MA 4C1KA 1TV7A 1AW2A 4UTTC 4DQWA 3L0NA 1XDMA 2HTMA 4O53A 3NO5A 3G8RA 1KV8A 1A5BA 1FDYA 1MEWA 1X7FA 3HB9A 1KM4A 1SUXA 2JKPA 4IQLA 2JBMA 3N9RA 5IM51 2ZRUA 2KZHA 2Q3OA 3V1PA 4O1BA 1Z41A 4MLRA 2Y7FA 3DU0A 1OF6A 3SECA 3VE9A 3W1MA 2E1DA 2EF9A 2WSYA 2NXGA 4MY8A 1H5YA 3NQMA 3W7OA 3RLVA 3W23A 1EWEA 2W6RA 1MEHA 1BWLA 2ATMA 2DORA 1OFQA 3S5NA 5AC7A 1MEIA 1OF8A 4KFPA 1RV8A 3VKJA 1YTDA 3NQ6A 3IGUA 2YSWA 1KFLA 3W70A 4FNUA 4IPIA 3W73A 4O12A 2G97A 2V30A 5C2XA 3NPXA 1DKWA 1JCYA 1I2RA 4CQ9A 4YWIA 2PE4A 4MY1A 1HG3A 4CQAA 3FOKA 4GNJA 1AMKA 1G4TA 3IIOA 2OZ0A 3TE9A 4UMCA 3NAVA 3TFXA 4LVFA 4AWSA 2ZRVA 3TV8A 3FKKA 4NJJA 1W8SA 2DZWA 3D0CA 4O18A 5CKSA 1W5MA 4JIQA 1O5KA 4A3UA 3DFNA 2FDSA 4Y96A 4YCPA 3W1XA 1KM0A 4NT0A 5HWMA 3KRSA 3WK3A 1LYXA 2F84A 1YLVA 1Q3NA 3QEZA 5BOOA 2TPSA 4LOCA 1MXSA 3C2VA 1VS1A 4IXHA 3LV5A 1GYNA 4C1LA 1F6KA 3LLDA 2C16A 1FWWA 3FS2A 1NVMA 2ALDA 4RZ6A 3HBLA 1H61A 5DBTA 3N34A 4FEZA 4EOUA 2D73A 4WY0F 1H7XA 3L68A 3STFA 5K3VA 4LUJA 3M1ZA 1FXQA 3W2LA 4X9SA 5C6MA 5BRBA 3HPXA 3QRHA 4N02A 1SO5A 3CWNA 3SJ3A 1U5JA 4KWWA 1DBTA 1JJKA 5BMWA 1AL8A 3UXAA 3CC1A 4WZHA 4HNTA 2QF7A 4JTIA 3W6YA 1IXPA 2Y7EA 3W1NA 1IXOA 5LNWA 3MBFA 2QCLA 1OFOA 3ZFHA 3M41A 4P2VA 3M44A 4OHQA 4ZQMA 1XBXA 4D2JA 3W1PA 4JTKA 1ME8A 3GDKA 4NJKA 5KZDA 4MFEA 1QO5A 5K4XA 4AEOA 4K8EA 4NNCA 5FEZA 5D30A 3L65A 3M5VA 5A8GA 4CNNA 4KKXA 3QFEA 4Z1BA 4MZYA 3W7DA 3E9AA 1LRTA 3BW2A 3QPYA 2BSLA 3LHUA 4X2RA 5DY2A 4CNOA 1C29A 4JDBA 4KWVA 5AOUA 1G67A 3BO9A 3DI0A 4TMCA 3BK0A 3P80A 5G4WA 2ZYFA 5LNRA 3NL5A 1YPIA 3FYOA 3W7JA 4YLWA 1SO6A 3LCXA 3KHJA 2P0OA 4A22A 1NFBA 3P5ZA 2Y62A 4QIUA 1LRNA 2V2DA 4JR5A 1WDWA 2E5DA 5HUOA 1WYIA 2FIQA 2Y89A 2E68A 4IXXA 4WQ6A 5G5IA 3UWUA 2E6YA 1R46A 3RFAA 2ZFAA 1TTJA 3GZ3A 3W7GA 3OG3A 3QW4B 3W1LA 3R89A 1DJQA 2G95A 2VFDA 2V0TA 2HS6A 1T96A 3P74A 3PULA 4LC6A 1XXXA 3B0VC 2A0NA 5FF2A 1CI1A 1ZNNA 3W2NA 3TR2A 1JCJA 1ICPA 5KZEA 1N55A 1F74A 3T44A 4RXFA 3TROA 3WJZA 3G1XA 5C54A 5H2ZA 4GUGA 2C1HA 3B0UX 1A5AA 3KFTA 3LI0A 3NL3A 3LCFA 3G0UA 4RJEA 2W79A 2QCEA 5C55A 1VH7A 4LW7A 4JYEA 1G6CA 3CQ0A 1G4EA 4FF7A 1R30A 3MYOA 3IVUA 1G7UA 5BW6A 1AK5A 4LVGA 3SIZA 5LHEA 3E96A 3NL6A 1DQXA 5FESA 1R2RA 1VCVA 2ZTJA 3CEUA 3SGUA 2ABBA 3FKRA 4MPQA 3W2MA 3M9YA 3I7RA 3IEBA 4NNAA 2P10A 3DKJA 5LNSA 3OHIA 3TKFA 2DZXA 2QAPA 3ZWTA 4AHQA 3L21A 4BR1A 1FDZA 1KLZA 2GPTA 4Q33A 1ME7A 4ICNA 4H6KA 2TYSA 1W5QA 2CFFA 4B5NA 5LGZA 1BEUA 4OU1A 2EAWA 3ABQA 1W56A 3PSWA 4I7VA 3FJ6A 3NQVA 4R33A 2A7NA 4Y90A 2FPTA 3KVMA 1LDCA 5DXYA 3ATYA 4UFIA 1X1ZA 3LHZA 2A6NA 2C6QA 4E2BA 2WNQA 3S6DA 1OFAA 1TPUA 1OK4A 3P7YA 1OFPA 3EWUA 1ZHAA 4RCXA 1IIHA 1LOLA 1FDJA 5HMSA 1FX6A 1SW3A 1MZHA 2QJHA 3LHWA 4GJ1A 3KRZA 4LUIA 3NM1A 1EIXA 3CIXA 4G1KA 4DBEA 4E0CA 1WQ5A 3TDFA 1H63A 4TR9A 2QKFA 4S2BA 3SZ8A 5I3GA 5LGXA 5FF7A 2ZCGA 2CZFA 2XN2A 3P8JA 5CPNA 1KTCA 1QFEA 1GYLA 4O15A 4BK9A 2A7PA 3CTLA 2JKEA 3C61A 2B7PA 4K7VA 3NQCA 1PV8A 4IX0A 2A2IA 3TMQA 4QISA 4PEKA 3CHVA 3G1FA 4TX9A 1U83A 3NGJA 4HPJA 1SFJA 5HR7A 4N9DA 4JDYA 2TRSA 1K02A 1HO4A 1WX0A 3ELFA 1H7NA 1WOAA 4JX5A 3W1TA 1KM6A 3BLEA 3TK7A 1P4CA 5I3IA 7TIMA 3S8HA 2Y7GA 3W2KA 3TFCA 2BWGA 1EUNA 1QOQA 3GNNA 1ZY9A 1BTMA 1H1ZA 4N6EA 2H6RA 1GPWA 1W5NA 1XI3A 1JCXA 2Z1BA 4WUIA 3NQAA 3PVFA 1YDOA 2VFEA 1QMLA 3GB6A 5K7JA 4K6AA 3NZ1A 5TBOA 4LC8A 1PE1A 1SZEA 1JCLA 1K03A 3C3NA 1P5BA 5H91A 4UR7A 1LLWA 4UC5A 1H50A 4ADTA 1R2SA 3OVRA 5F2LA 1JQVA 5DCDA 4UMAA 4UTLA 3ABOA 3QZEA 1P0KA 3MO7A 4RX0A 5AB3A 4ZMGA 5EA9A 4UTHA 3IVSA 3N3MA 3HF3A 4CCEA 3I68A 2X1RA 1LTDA 2EGZA 3TMLA 3STGA 1ZFJA 2CLOA 1UB3A 3ZR4A 3LLFA 1C8VA 3R2GA 3HPZA 3NZRA 5HULA 1JUKA 5AHMA 1D9EA 1VCGA 2NLIA 4JX4A 3NQFA 1B3OA 1IGSA 5EMUA 3G3DA 3NQ7A 4RKAA 5HINA 5BNKA 1J4EA 4KFOA 5FF3A 1SW7A 1HO1A 1SW0A 2XN1A 4WXYA 4N9BA 4QNWA 1GT8A 1TRDA 2FB2A 2J27A 4O1AA 4HNVA 2AAMA 3ABSA 4JYFA 3ATZA 3E02A 4RLIA 5I3FA 3VNDA 1J2WA 1Q6RA 4LS1A 3G8EA 1FWRA 1TREA 3LERA 3UPWA 3N2XA 2DZTA 3DFSA 3GXNA 3FJLA 3UPBA 4UFMA 2PCQA 4ZQNA 2DJLA 5F4WA 1B57A 3PB0A 4FX8A 5I3HA 5DXXA 4HSNA 3TSBA 4LRTA 4DPPA 1LCOA 2Y85A 1QNVA 3QMTA 1O4UA 3P81A 4WOZA 1GVFA 2C15A 1AW1A 4DF1A 4UNLA 1LLZA 4QNEA 1A53A 4PL1A 1EP3A 1X6UA 1LROA 3M6YA 4MZ8A 3HG3A 3BVJA 1F2JA 1IIGA 1RVGA 2A1YA 2RHGA 3GX9A 2YFOA 4FX6M 2ZBTA 2YW3A 1YADA 1YPFA 2EHHA 5F4XA 3RK8A 2VFGA 3I65A 5EY5A 1TPDA 3NNTA 2I9EA 3QYQA 4YCOA 3TSMA 4MVAA 1I2NA 1FWTA 4FHAA 4UTWC 5KZMA 1H7WA 3M5YA 4CNPA 2CLKA 3LXCA 4PC8A 2BZNA 4CQ8A 3P61A 2B7OA 3HQ1A 1V7YA 4BWLA 1T99A 3DBPA 3TXZA 1B4KA 3NXFA 4O0KA 4R53A 3QSRA 1ZAHA 3BPWA 4PH6A 4BI5A 2QCHA 4ONVA 2H8XA 4DBDA 1EX5A 4JEQA 4AH7A 3NPWA 2VFHA 5L6UA 1S5TA 3W88A 1XUZA 2Z0IA 5LSMA 1XBVA 5HJLA 3WJXA 4DO4A 1SQ7A 2X1SA 4JNMA 3MHFA 3B4UA 1LBLA 3L66A 3B04A 4MKNA 1OVDA 1OHLA 2JKAA 1TV5A 5GVJA 3GR7A 2YW4A 1H7RA 3EWWA 3PM6A 1HUVA 3NQEA 1RQEA 3M5ZA 4LWWA 2ZZ3A 3PBVA 3G18A 4P61A 5DCBA 3B8DA 3A23A 3P67A 3BG9A 4M5PA 1K8YA 3HJZA 2GQAA 1OX5A 2J9YA 4UTIA 3GKAA 5FEXA 2Q3RA 4O57A 3GK0A 3LDVA 5G1TA 2X1TA 4MYAA 4Z0JA 2E6DA 4UFJA 1SR9A 2WNZA 4FNQA 5T26A 1VZWA 2Y88A 4L4LA 5ABTA 2QR6A 3NVTA 3RMJA 2NX1A 4O13A 1G4PA 3IIZA 4EIVA 1KFBA 1KV5A 3SSJA 1LM1A 1AL7A 3L5AA 4N2YA 4O1DA 5G1YA 2BX7A 1ZALA 4DO5A 3NQ2A 1UASA 2FJKA 4NUWA 4NZFA 5D2WA 5AC6A 3GAKA 1VHCA 4XBKA 5D2XA 3KOFA 2GVLA 2YDAA 5LZLA 1KBIA 3HMJG 4XTIA 2XN0A 2NUXA 2V9DA 1RPXA 1W3NA 2NV2A 2E5BA 2G96A 3O6CA 1OYCA 3ZWSA 5D2VA 2E5CA 3LI1A 4UTKA 1NF7A 3MBDA 3BLFA 1G4SA 5K9DA 2QAFA 1XBYA 2RH9A 1GG1A 3IV3A 1TPH1 4JS3A 3BLIA 2J6XA 3NOEA 5CPOA 5F2IA 5BMXA 5K9CA 1T0OA 2QDHA 4O11A 4N9EA 1GG0A 3BW4A 4ADUA 1DOSA 4K36A 3W7CA 1KFCA 3M5XA 3UZ5A 3OBKA 3IVTA 1RD5A 1VCFA 3LB0A 5FEWA 2ZZ5A 3WK1A 1I45A 5D37A 1GVOA 3UXDA 2FPYA 3UWWA 5FF0A 2UV8G 5DBUA 1VQTA 3W87A 3ZS4A 3FFSA 4IPJA 1EUAA 6TIMA 5CSRA 2WOQA 3E12A 1TPFA 1F7BA 1GOXA 4JTFA 1OFEA 1VC4A 1XKYA 3W7LA 3FA5A 1S5VA 1SSGA 4GFSA 1SZFA 3RLUA 1NSJA 4LRSA 1JCNA 1OYAA 2Q8LA 4I7WA 3TNOA 3TJXA 1H60A 4GC4A 4HT3A 3B05A 1LOQA 1DORA 2Z6JA 3PWAA 1Y0EA 3LX9A 2AGKA 5DLCA 2RDWA 4K39A 3MI3A 1VYRA 5A5WA 4O10A 4UR8A 4K37A 3QJAA 3HGJA 2JGQA 2NUYA 2C18A 3THQA 5DN1A 3W84A 3CIWA 1SSDA 4FXRA 4Z1AA 3NPVA 3GXTA 1PS9A 3GKFA 4O8RA 5CZSA 1EP2A 4ML9A 5L9FA 4J9JA 1QPOA 2GUUA 1YYAA 1ICSA 2A6LA 4YL2A 4DO6A 4N4QA 2V2CA 2G5WA 4GUJA 2YFNA 2V5BA 4UTWA 1KFJA 4WXZA 1YDVA 4O17A 4Q4KA 2DZVA 1F76A 4XKYB 2HS8A 3R13A 1WXJA 1UJPA 4X3ZA 1L9WA 4PCFA 5AC8A 2VENA 3BARA 5J5DA 2QCCA 2ZZ2A 1O5XA 1OG0A 5IBXC 4ZQPA 5CSSA 4TO8A 1JRBA 4U28A 4K8HA 3VCRA 2YGYA 3W1RA 1Q45A 3JRKA 3NG3A 5G4EA 3QC3A 3BV4A 1OABA 5D2TA 3BG5A 1OFRA 3A21A 4FIQA 4UTUA 1BKSA 5KITA 2GJNA 4NX0A 4ORMA 3G22A 2CLIA 2RKXA 4XBSA 3PG8A 5KSWA 2YPIA 3WK2A 1S5WA 3LRLA 4CCCA 3G0XA 2VXNA 1KTNA 3QF0A 1W0MA 3R5EA 1SU5A 3CPRA 3PAJA 4MFDA 2H8ZA 2VEMA 2QUVA 4AHOA 3A22A 4NJGA 4NX5A 5EKYA 1YTKA 3TC6A 1VPXA 3EB2A 1F73A 5EL1A 1OJXA 4PL2A 1OX4A 4IMDA 1RQBA 1AW5A 4W9TA 3NR0A 3CU2A 1VYSX 3Q37A 3HG4A 3SW6A 3IRDA 3SI9A 1EEPA 3PB2A 3HO8A 1Q6QA 4QM1A 4QJ1A 1J5TA 3G0SA 1W37A 3LRMA 2VKZG 1SZNA 4AVFA 3PBUA 3G1SA 2YR1A 2E6FA 1TSIA 4BWLC 3EX4A 1R47A 2YYUA 3N73A 4E38A 5J5RA 2CW6A 3H54A 3OVQA 4M6VA 3GDRA 3NQ8A 3MP5A 5AYYA 1TCDA 2Y63A 5HNRA 1R2TA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1W54 A;  2OX1 A;  1ONE A;  4RV8 A;  4R27 A;  3C52 A;  2P76 A;  3PPF A;  1A5S A;  8TIM A;  4FOJ A;  3STC A;  1Q4N X;  2VZT A;  1FXP A;  2PZN A;  5LKY A;  1WAW A;  1BXB A;  2TSY A;  1AZ1 A;  4LUS B;  3UGR A;  1AQH A;  1AQM A;  3PF3 A;  2QDG A;  4UTM A;  3QH2 A;  4C1K A;  5EMY A;  1VEP A;  1XDM A;  2J74 A;  1TE6 A;  1V3J A;  1A5B A;  3T8Q A;  1FDY A;  1MEW A;  1X7F A;  9XIA A;  4IQL A;  2JBM A;  3TWA A;  1V03 A;  2XIB A;  4OUI A;  2VRK A;  4MM1 A;  2Y7F A;  1V7A A;  3SEC A;  1S2T A;  2QDE A;  3DUG A;  1T8Q A;  2EF9 A;  1WDS A;  4RW3 A;  5LIU X;  4H2H A;  3W23 A;  3QFW A;  2W6R A;  1CB2 A;  1MEH A;  1WB0 A;  4OJY A;  5JMU A;  5EB8 A;  1OFQ A;  1KWG A;  5FJP A;  4FXJ A;  1RV8 A;  3SUR A;  3VKJ A;  1IYX A;  1YTD A;  2D69 A;  2YSW A;  5DQP A;  1J5S A;  5IFP A;  4FNU A;  3W73 A;  4IQE A;  1EBG A;  2V30 A;  3NPX A;  1LG2 A;  1DKW A;  3VIF A;  1I2R A;  4UQB A;  2WXD M;  1A5K C;  3QY8 A;  5E09 A;  1IEI A;  3SCS A;  1AMK A;  4WDX A;  3NAV A;  4U5I A;  3C3U A;  1NOF A;  3TFX A;  5A8P A;  1JI1 A;  3M7S A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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