1M6JA

Crystal structure of triosephosphate isomerase from entamoeba histolytica
Total Genus 94
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
94
sequence length
260
structure length
260
Chain Sequence
GAGKFVVGGNWKCNGTLASIETLTKGVAASVDAELAKKVEVIVGVPFIYIPKVQQILAGEANGANILVSAENAWTKSGAYTGEVHVGMLVDCQVPYVILGHSERRQIFHESNEQVAEKVKVAIDAGLKVIACIGETEAQRIANQTEEVVAAQLKAINNAISKEAWKNIILAYEPVWAIGTGKTATPDQAQEVHQYIRKWMTENISKEVAEATRIQYGGSVNPANCNELAKKADIDGFLVGGASLDAAKFKTIINSVSEKL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Isomerase
source organism Entamoeba histolytica
publication title Structure and Inactivation of Triosephosphate Isomerase from Entamoeba histolytica
pubmed doi rcsb
molecule keywords Triosephosphate Isomerase
total genus 94
structure length 260
sequence length 260
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date 2002-07-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00121 TIM Triosephosphate isomerase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1m6jA00
1TJRA 4TIMA 5DY3A 3W7NA 1PL9A 3NQGA 1NFBA 5I3KA 4HNUA 3VE7A 3TR2A 1F73A 4Q4KA 2FLIA 3E12A 4QISA 5AHMA 1OFBA 1RQEA 1H5YA 1VR6A 4O8RA 3LI0A 3MBFA 4LV9A 1VS1A 3GR8A 1QMLA 1XDLA 1JUKA 1GTEA 3W1NA 3IIPA 3EX2A 2NXIA 3PS7A 1DORA 3PBWA 3CEUA 3W7CA 3VI2A 1XBZA 2DP3A 2QJGA 4IPJA 3GAKA 4YWIA 2YGYA 1X7FA 3LBCA 1LLZA 1FXQA 3GIYA 3T4CA 3A9IA 1LM1A 3NAVA 4OE7A 4LV4A 2EAWA 1SFJA 1G4EA 3W70A 2E6DA 1K8ZA 3GVGA 4O54A 1UJPA 5F4SA 3OHIA 5CZ0A 4G1KA 3W2UA 3L2IA 3G18A 1XXXA 3Q94A 2CW6A 3B06A 4UUIA 2ZBTA 3KX6A 1U83A 2V2CA 3GNNA 1K8XA 1H7NA 1KFEA 1QFEA 1A53A 1TPEA 3W6YA 3KVKA 3C56A 2JK2A 1TRIA 3MBDA 4BR1A 1T99A 4A3UA 4RKAA 3HMJG 2Z1BA 4O17A 1C8VA 5D2VA 2XN2A 1EWEA 4UTTA 5LNSA 1EUAA 1H61A 2G96A 4TU1A 5KZDA 2ZZ7A 1VYRA 3VFLA 1ME9A 3M5YA 3RFAA 4K7VA 2ZA3A 4IXXA 5CZSA 2EF9A 1TPVA 5F4WA 3PR2A 4E0CA 4FX6M 3BVJA 4JTLA 5EPDA 2CZEA 3HIJA 2GOUA 4UFMA 1K02A 1SUXA 3CQ0A 3W1UA 1FWNA 2E68A 3W1MA 2J9YA 3W1QA 1K8YA 2EGZA 2JBMA 4GBUA 4KFNA 1F05A 4QITA 3W84A 5DCDA 1WXJA 4PCFA 4UNKA 1G7VA 1OF6A 1WYIA 2Y7DA 4A29A 4CNPA 3ZWTA 4UIOA 5DBTA 3FKRA 3BV4A 3O06A 5EKYA 4MY1A 3TW6A 1F6KA 4AXKA 4NX5A 1TPH1 1B3OA 3SIZA 3LHWA 4C1LA 4S2BA 1KFLA 3H55A 5D2YA 5LKYA 5DY2A 1D9EA 1M7PA 4N9EA 4HNVA 5A8GA 3BLFA 2XN1A 2NZLA 3E9AA 1AMKA 3HGRA 4WY0F 1SSDA 1GG1A 3NL6A 3HBLA 3SI9A 3C3NA 4AMAA 4RCXA 4ADUA 5I3GA 5I3HA 1KM2A 4UC5A 2QCNA 3G1DA 4UTJA 3PULA 3UZ5A 1X1OA 3LDVA 1LORA 1OG0A 2E5CA 3BO9A 3CLMA 2A6NA 5AYZA 3FKKA 2FQIA 3NL5A 3T78A 1QAPA 1CX9A 5F2IA 1W0MA 3F4NA 3LM7A 5EYWA 2DJXA 4JYEA 4Y8FA 3SGZA 3KAOA 5G2IA 5E93A 5BOOA 1L6YA 4UTHA 3MUXA 5EBUA 5LHEA 4NJGA 4EF8A 2FPVA 1TCDA 4NXKA 2YYUA 3B0PA 1OFPA 5D03A 3PVFA 1MSSA 1XKYA 1SW0A 3W7EA 2WNNA 1PHWA 1D3HA 2Y6ZA 4MJZA 4O10A 3PSWA 1TV5A 1W5QA 3G0SA 3DH7A 3EWZA 3UPBA 1DBTA 1OK6A 3HG3A 2QF7A 4UTUA 5F2LA 2V81A 4O1CA 1TPFA 3GYEA 1V7YA 4K36A 4FXSA 3S1XA 3QQ0A 4DBDA 3ZS4A 5AC7A 1EP1A 3ABSA 3PB2A 3UWWA 2Y85A 4JIPA 3D0CA 1KM6A 1S5VA 3DFTA 4MUZA 2PURA 2WJZA 3CPRA 1G67A 4LVAA 4O15A 2QCHA 1FDYA 3NQAA 1IXNA 1JR1A 4DPQA 4WY0B 1TPUA 2ZYFA 4UTMA 2GVLA 4YL2A 1SW3A 1SZFA 2I9EA 2TMDA 3NM1A 1LDCA 4CNNA 3P74A 4LVGA 4DEFA 1H60A 4LW7A 1ICPA 4E2BA 1NF0A 4JN6A 5G1TA 2VELA 1J2WA 3A22A 4XQ6A 2OT0A 4I9AA 4LVDA 5IBXC 1ZALA 4W9TA 3GB6A 1A5BA 3NPVA 4H3DA 1XI3A 2HSAA 4AWSA 2NWRA 4UTWA 5LNRA 2CLOA 3G1HA 1FCVA 2D73A 1THFD 2NX3A 4IUOA 2CZFA 1VZWA 4HKPA 1DKWA 3STGA 4KKXA 1W3NA 4PA8A 1W3TA 4MY8A 2RDWA 3CU2A 3DI1A 3W7PA 4ML9A 1TSIA 1F6PA 3IIOA 2ZZ5A 4FHAA 2NV1A 2A7PA 2Y63A 1QO5A 4UR7A 5J5DA 2C3ZA 3ABOA 3TMQA 3C2EA 4JTKA 5K9DA 3W7JA 3TCEA 4JYFA 4TX9A 4XWUA 4X9SA 3NQ2A 2Y7EA 1A5SA 1AL8A 3VKJA 1RPXA 4O1DA 5G2HA 3B0VC 1TB3A 3QF0A 1IGSA 4N4PA 1ALDA 3Q58A 4B5NA 4NX0A 1N8FA 1ZFJA 3TAKA 2EHHA 2P1FA 3JS3A 1HUVA 3QH2A 3WK0A 4JGDA 3W1XA 3RK8A 3TAOA 1WA3A 2A21A 3STEA 4LVBA 1HTIA 3L0GA 8TIMA 2OMAA 3TA6A 1G4PA 1SZEA 1VJIA 1SO6A 1WQ5A 1L9WA 4ZMGA 3WFAA 2AGKA 3IRDA 3HGOA 2BSLA 5G4WA 3W83A 1QPRA 3QC3A 4LVFA 2I1OA 3LTYA 4RXFA 5AC8A 5DCEA 2Z0IA 1GVFA 3LI1A 3O07A 4FIRA 2ZA2A 1LYXA 5K3VA 4XUGA 3LB0A 6ALDA 2V82A 3DHDA 2DZTA 4GUHA 2P0OA 3SR7A 2IQTA 4UMAA 2VFIA 1DJNA 3KRUA 3JR2A 3WJWA 2VFHA 3CWOX 4O57A 3V75A 3GDMA 1W3IA 1FQ0A 4CLMA 2VFFA 2TRSA 1JCMP 3A5VA 4O4VA 4TR9A 3HQ1A 1B9BA 2QUUA 5DBUA 3P67A 3MI3A 3NQ6A 2DORA 1A50A 4MKNA 5TIMA 4DPPA 1EIXA 5T26A 4A2SA 5CG7A 2ZZ3A 2VFDA 3SJ3A 1FCUA 1TTPA 2QCDA 4WD0A 3NR0A 4GUJA 3NZRA 3MMTA 3S5YA 1EPXA 3W86A 5D04C 5I3FA 1YTKA 3MI6A 3QSRA 3M5XA 2B4GA 1CI1A 2JKAA 4UMBA 4N6FA 2PRMA 1KLYA 3L68A 3R12A 2C14A 3JRKA 2Y61A 3L5LA 4QNWA 1BWLA 3TSBA 3CIXA 1SW7A 4YCOA 1WOBA 3NPUA 4M5PA 5G2WA 1ICQA 3QYQA 5KTLA 4ZQMA 3LHTA 4JTHA 3OBKA 4WOZA 5E1QA 4LT9A 4NVTA 2J9XA 4YXGA 4I7WA 5CGQA 1FX6A 1KTNA 4IX2A 2WSQA 2Z6JA 2R91A 1VQTA 1YYAA 1WOAA 3LGEA 3C2OA 4YLWA 5HMSA 3DFQA 4R33A 4KWWA 2PRHA 2WOQA 3M41A 3B8DA 3OA3A 4IMCA 1RZMA 4JEQA 4EWND 2A2IA 1NSJA 2J27A 3TK7A 3BG9A 4JDBA 2H3DA 4MPQA 3QFEA 4LU0A 3NYZA 3P8JA 3DENA 3EX3A 3M47A 3MYPA 4OQVA 5D37A 4RXGA 4LRTA 4N4QA 1IIGA 2X2GA 1Q6RA 3EKLA 3W22A 1Z44A 5GVJA 1K7EA 3E49A 5D32A 1S3HA 1OABA 3NOEA 4IMDA 2ZFAA 1I45A 1R30A 5C5YA 1GZGA 4RLIA 3RNDA 3FEMA 3LRKA 5DXXA 1KFKA 3GK0A 1QPNA 3W7OA 3WJZA 3PB0A 2OCZA 4XTDA 4OHQA 2Y7GA 2CLEA 1LOQA 2DZSA 3HOJA 3L0KA 5K9XA 1LP6A 1Z41A 2YYTA 5HNRA 1OX4A 5BNKA 2Q8LA 3KXQA 3U8GA 4PFMA 1I2OA 5D02A 4FF7A 5KITA 3C52A 4IX0A 4MLJA 3W1PA 3QMRA 2BX7A 2HS8A 4GUGA 2QJHA 4LS1A 1TRDA 2B0MA 3MHUA 3UXAA 3TUUA 1OYCA 4Z1AA 4Q33A 2GVJA 1H63A 4J9JA 5LZLA 4OU1A 1TJPA 3C2FA 4JTFA 3M6YA 4Z0JA 4WXYA 1N7KA 3ATZA 2ATSA 3CB8A 4U4MA 3CC1A 2V2HA 4K7YA 4BWLC 1LRNA 1VYPX 4PL1A 3NO5A 4R7JA 5AYXA 1U5JA 4JYDA 3DBPA 3W07A 1FWTA 4FNQA 3W1TA 3V1PA 1W5NA 4O0KA 3A23A 2ZCGA 1H7RA 5FESA 4O28A 1FY6A 3BARA 5CSSA 3W7IA 4OGZA 2JKEA 4A22A 4ZVJA 2FPYA 3TROA 5K4XA 1HO1A 1X8FA 2Y89A 1B4EA 3U2OA 1K7FA 1VCVA 2CZDA 1YXCA 1HL2A 1TPDA 2BLEA 1RV8A 1AK5A 3LHZA 4JTJA 1JQVA 4UFIA 1JCLA 3RLVA 1DQWA 1LOLA 3IIXA 4PC8A 1E51A 1P5BA 2ISVA 1YDVA 5CPLA 3W7GA 4LTSA 3W75A 3FYOA 3BW4A 3IIZA 4LUIA 4O4WA 2QCCA 3NZ1A 3UWUA 3R2GA 5FF2A 3TQVA 2VEKA 1XL9A 1MEWA 1I2NA 4P2VA 5L9FA 3LBMA 5DN1A 2VFGA 1KFCA 4NNBA 2B7NA 3OEXA 1DV7A 4FO4A 2A1YA 3QJAA 5K7JA 3IVTA 1AW1A 1BEUA 2WKJA 5A5WA 1KM0A 3TQ0A 2ZRYA 1KV5A 1AW2A 5ABTA 3B0UX 3A24A 2A7NA 2NLIA 4ORIA 4OV9A 2Y62A 2C15A 3T40A 3USBA 1FCQA 3BG3A 4IMEA 4Y90A 3PUOA 2H90A 4JD4A 4RZ6A 2GQAA 3LLDA 4HHPA 1WBHA 3N34A 5I3IA 5C6MA 3P62A 2CWNA 3L67A 4NQ1A 4ZQCA 2JGYA 3OIXA 3W3OA 3Q37A 2QR6A 3PBVA 5D30A 3W7HA 1T8XA 3KRSA 4ADTA 3TX9A 2YFOA 4UTIA 3R8RA 1LBFA 2AQWA 4IMFA 1QPQA 1JUEA 3F03K 4ADSA 5MHBA 1FCBA 1VH7A 3W88A 3EX4A 3N3MA 3NGJA 3ATYA 1G7UA 4XBKA 2DJLA 4IGHA 3EXSA 4NJHA 2ZRZA 1TTQA 2JKPA 3W1AA 2ZTKA 2B7QA 4HIBA 2GJLA 1LRTA 4AHOA 3TKFA 1WDWA 1YTEA 3LOTA 4GUIA 3BG5A 3HB9A 1UUOA 4DBEA 5EY5A 4YMZA 3ABQA 3M44A 2R94A 4OWGA 2VC6A 4Z1DA 4E2DA 2UV8G 2VOMA 1A5CA 1ML1A 3LX9A 4BI7A 4NZFA 3L0NA 2A85A 3A5FA 3L5AA 1YXYA 3MP3A 3W2NA 2ZDRA 5K2ZA 2EKCA 1ZAIA 4N9DA 3O6YX 1PE1A 3G1YA 3MP4A 4Y9AA 2C16A 1DVJA 1KLZA 2YR1A 1OVDA 3NNTA 1QOPA 1KFJA 5HULA 1FDZA 1ONRA 3S5NA 3HGSA 3TV8A 3MHGA 4IWWA 2C6QA 3IGXA 3QRHA 3SSJA 2YDAA 3LRLA 1TPB1 4AAJA 3LV6A 1F5ZA 1BWKA 5F2GA 3NQ8A 2F84A 3DFNA 3MHFA 1Q6LA 1KW1A 3W2LA 2RDUA 3CM4A 2NX1A 5U4NA 4O1BA 4MZYA 3UD6A 1R47A 1Z48A 5E0KA 3M7WA 3C2RA 4HSNA 3T44A 3RU6A 5EA9A 3L21A 1QNVA 4RJEA 4CCCA 1RR2A 1IIHA 1W56A 5HWJA 5AN7A 3QMSA 4WXZA 1VGAA 1TREA 4GFSA 4LUJA 3WJSA 5AYYA 4UNLA 4HNTA 2FTPA 2TYSA 3N9SA 4DQWA 4HPJA 2NXGA 2WSRA 1O5XA 2O7SA 3PUDA 1TIMA 3M43A 4JXCA 1F76A 4NNAA 3KVJA 4FNSA 1V5XA 2BTMA 4EIVA 5G4EA 4EF9A 2V9DA 1P1XA 3GKFA 1TPC1 4O19A 3GDTA 3R89A 1P0NA 1M7OA 1OFEA 3G8EA 3THQA 3QEZA 5HWMA 3HO8A 3W1RA 3B4UA 1T0OA 3OVRA 5CPMA 5AOUA 3W7DA 1H62A 3P82A 2QEZA 4IQLA 1PHQA 1R2SA 4FEZA 3WK2A 5KZEA 5HQEA 4QQ3A 4O18A 5AB3A 4S1FA 4JICA 3GDLA 1JCNA 4RK8A 1GOXA 1FUYA 2DZVA 1DL3A 3WK3A 3LHVA 4QNEA 2BXVA 2CLKA 1FDJA 1KTCA 4ZQOA 5AHNA 2G97A 4TMCA 2ISWA 2W6RA 4HNNA 4JTIA 4JTSA 4RR4A 4NT0A 1SU5A 3NL2A 1S5TA 1XUZA 2B7PA 3PBUA 2ZRUA 4QSHA 3GX9A 3W74A 2VXNA 3P80A 2FDSA 3GNDA 4BF9A 4QM1A 3UQNA 1GYNA 4JY8A 3UZJA 1Z42A 2HMCA 2WSYA 3PC0A 3IGSA 3O16A 1L6WA 2TPSA 5H91A 1H50A 5D2XA 2ZTJA 1TYGA 3STCA 3QW4B 3TFCA 3PBYA 3MO7A 2YW4A 3C6CA 1GYLA 1FBAA 1JCXA 1KM5A 1XM3A 2DZXA 2C13A 3DZ1A 3P81A 3TDFA 1TQJA 1OX6A 3N9RA 3LHUA 3H53A 1KA9F 5AFDA 4K8HA 2PE4A 4KFPA 2X1SA 3HPSA 3GXPA 1J5TA 4NU7A 3NQMA 4P61A 3BGJA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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