1M6JA

Crystal structure of triosephosphate isomerase from entamoeba histolytica
Total Genus 94
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
94
sequence length
260
structure length
260
Chain Sequence
GAGKFVVGGNWKCNGTLASIETLTKGVAASVDAELAKKVEVIVGVPFIYIPKVQQILAGEANGANILVSAENAWTKSGAYTGEVHVGMLVDCQVPYVILGHSERRQIFHESNEQVAEKVKVAIDAGLKVIACIGETEAQRIANQTEEVVAAQLKAINNAISKEAWKNIILAYEPVWAIGTGKTATPDQAQEVHQYIRKWMTENISKEVAEATRIQYGGSVNPANCNELAKKADIDGFLVGGASLDAAKFKTIINSVSEKL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure and Inactivation of Triosephosphate Isomerase from Entamoeba histolytica
pubmed doi rcsb
molecule keywords Triosephosphate Isomerase
molecule tags Isomerase
source organism Entamoeba histolytica
total genus 94
structure length 260
sequence length 260
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date 2002-07-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00121 TIM Triosephosphate isomerase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1m6jA00
3PUOA 4LTSA 2JKEA 3T7VA 2WJZA 2WNQA 1DHPA 4N2YA 1K03A 3UPBA 4JTUA 1MSSA 2ZFAA 4FHAA 2ALDA 2B0MA 3LRKA 2ZRYA 4TMBA 4LU0A 2G5WA 1XBXA 5HJLA 3UWWA 2AQWA 4MLRA 1JQVA 4UC5A 3TAOA 1SO4A 4JD4A 2ZCGA 2R8WA 3TFCA 1KM0A 1RQEA 4HSNA 1VCFA 4CCCA 3TQVA 4HKPA 4KKXA 3HPZA 1SO6A 2DJXA 2DZPA 3NDOA 2Y63A 4O10A 5FESA 2R91A 2FQIA 3RLVA 4EF8A 4N9BA 3K30A 4JEQA 3TIMA 3TCEA 3TC7A 3BLFA 2P1FA 3CC1A 4BI6A 1PCKA 4GRSA 3OA3A 1YPFA 5FEPA 5MHBA 1W5PA 3MHUA 4OT7A 3MBFA 2GQ9A 4Q32A 5AHLA 2QR6A 1GT8A 2FB3A 3TR2A 4MY1A 3W7MA 6ALDA 4IXHA 5ABTA 5FF0A 1XBZA 2YW4A 4MJZA 4ZMGA 1R2TA 3GR7A 1UUOA 5HUOA 4AXKA 4PC8A 3IIOA 3E0IA 2F84A 4AF0B 3SI9A 5EY5A 2RDWA 1SR9A 3HOJA 1ME8A 3N9SA 1VRDA 5C55A 1VCGA 2VFIA 1OFPA 3S1WA 4JTKA 3S5ZA 1S5WA 4UTWC 3TMQA 1UB3A 2CZEA 3W75A 2E5BA 2QJHA 4GUGA 1GPWA 1H5YA 4MZYA 5FF2A 3TE9A 4QQ3A 1KM4A 1P0NA 3PF3A 1L6YA 1PS9A 1EP2A 1QWGA 1UUMA 4RZ6A 2FPVA 3F4WA 5G1TA 2E09A 3C2FA 3GDMA 5LGZA 3WJZA 3TW6A 4MFEA 4GUJA 4UMBA 3I7RA 4CQ8A 3E02A 2EHHA 3M5YA 1QPRA 4FB7A 3G0UA 2FB2A 4J9JA 3ZWTA 2YDAA 5G2IA 4NX0A 2H90A 2WKJA 4ICNA 4N9DA 5DN1A 3UQNA 4H4IA 4JTIA 3WK0A 4MPQA 3LHTA 1MEWA 3IVSA 3KAOA 2YSWA 2WOQA 4OU1A 2RDUA 2GPTA 1F6PA 1GQNA 3ANYA 3TSMA 5C5YA 5D2VA 5HULA 2A5HA 2DP3A 5I3FA 3BO9A 4CQ9A 2V8ZA 1AL7A 5H2ZA 3W7DA 1VJIA 3QPZA 4WX2A 1EWEA 1HO1A 3CEUA 3O1NA 4E2BA 2YX0A 2HMCA 1Z41A 4UTWA 3NL6A 2CZ5A 4O28A 2NV2A 3FJ6A 1OHLA 2V2HA 4O52A 3EWWA 4LS1A 4MZ1A 2J88A 2WPBA 4U4MA 4MYXA 1CI1A 5CPLA 5BNKA 5EYWA 3FIGA 3UXAA 3NZ1A 1ONRA 1W5OA 1TPUA 1EUAA 3R89A 1FWRA 3T40A 1YTDA 3I68A 3SECA 2QDHA 4PTNA 2E6YA 3PBWA 1HUVA 1Z42A 1MEIA 4AHPA 1LOSA 1H62A 4IWWA 1Q45A 3SZ8A 1TIMA 1I2RA 3L0GA 1FX6A 2QCEA 1IXNA 4JYDA 1SSGA 1W3NA 4P61A 1F5ZA 4Z0SA 3B0PA 2XN2A 5HWNA 1EP3A 1NSJA 3PY2A 1K7FA 2F7FA 1JRBA 2VOMA 5TIMA 1VZWA 4GUIA 1ME7A 5C54A 3DKJA 4DBEA 3LXAA 2BWGA 4WZHA 3U8GA 4XTDA 1PIIA 1TTPA 1H1ZA 2DORA 5LHEA 2ZZ2A 3BV4A 2HTMA 3HBLA 3WK3A 1VYPX 1EPXA 3W07A 4HHPA 3W1NA 2ZTKA 3EXRA 2ZA3A 3KFTA 3UWVA 3LERA 4UCGA 1JCMP 2DJLA 4MJMA 5AYXA 2CU0A 3LHYA 3LXCA 4JTFA 1TB3A 3KRZA 1EX5A 3LCFA 1TTJA 2GJNA 3W2NA 3C4UA 3WFAA 3LHWA 5EKYA 3NM1A 2ZZ4A 2A21A 4Z08A 3LCLA 3A23A 4RK8A 1QR7A 1Q3NA 3R13A 4A21A 2CLOA 3GDLA 3MP4A 2Y61A 5KTLA 2FDSA 1I4NA 4ORMA 1LOLA 4YL2A 3SGZA 4I7VA 2X16A 3DFQA 1JCYA 3M5ZA 1YLVA 3DZ1A 2B7PA 2ZRWA 4WOQA 4IMCA 3W1AA 3H53A 1I45A 4AH7A 3N2XA 4HNNA 1J2WA 3N34A 4UFHA 2C15A 1K7EA 1FXQA 5AHEA 3T4CA 3HO8A 4B5NA 2ZZ1A 2EKCA 2QCFA 3TQ0A 1LRTA 2Z2UA 1KTNA 4OQVA 3MW7A 1G4EA 3W88A 5A5WA 3LHVA 3O6CA 4S2CA 4FNTA 3RLUA 5AN7A 1SZEA 2DZVA 2H8ZA 3G1XA 4N4QA 1Z48A 4O1BA 3OVPA 4YMZA 5F4XA 1GWJA 1KFEA 3KRUA 3DI0A 3I7QA 3LCHA 3OG3A 4D2JA 4MZ8A 5G2HA 2ZZ7A 2Y7EA 3KOFA 1P0KA 1TO3A 2E77A 4LC6A 5F4SA 1YYAA 2E6FA 1G7VA 1PL9A 2NXHA 2CWNA 3TUUA 3STEA 4RKAA 4NNCA 5EMUA 3LV5A 5CSSA 3S0CA 2A7RA 1OVDA 4UR8A 3RFAA 2ZA2A 1H7NA 2NWSA 3GNDA 4IPJA 5CPMA 4XTIA 2ISWA 4JR5A 2VFHA 3S5NA 4ZL1A 5G4EA 3EWYA 3UY7A 4JDBA 4FX6M 4Z0JA 3PR2A 1XCFA 4WUIA 3MMTA 5D02A 3NZRA 3MP5A 3DHDA 1MEHA 1W0MA 1KW1A 5AHMA 3TROA 3M0ZA 3QMTA 1TYGA 4LS0A 3RMJA 3Q37A 3C52A 1LYXA 1JVNA 5J5RA 3GDKA 5L6UA 3CEPA 1SPQA 3TU9A 1GZGA 3UWUA 2J6XA 3CT7A 3LI1A 3NQDA 3W71A 5DXYA 5H91A 1AW2A 2JGYA 3CU2A 1OABA 1M6JA 4MUZA 1VQTA 2GUUA 5DXXA 2PRHA 1W31A 4UTTC 3W85A 3E96A 3PUEA 5G5IA 3FLUA 1W54A 3BG3A 3C0JA 2I1OA 1NF7A 2V2CA 3GIYA 2QUUA 4MOZA 3PS7A 4HNVA 3F4NA 4JXCA 3NQCA 1NEYA 5FEWA 3HGJA 5CKSA 1H7PA 4E0CA 3CTLA 2EAWA 1VPXA 2YFNA 1KM6A 3G1SA 3BLIA 1R2RA 3PUDA 1BWLA 3VKJA 3IGSA 3G3MA 4QNWA 2ZDRA 3MJYA 4O1CA 1VYRA 3KX6A 1KM5A 4JYFA 4Y96A 4DF2A 1LLWA 1XKYA 3W7GA 4CLMA 5D04C 5I3KA 1EEPA 3LV6A 1LRQA 4JY9A 1K3UA 3C3NA 2UV8G 5BW6A 3LRLA 3ATYA 1KLYA 1KTBA 4UFLA 1UASA 2WSRA 4IOTA 1RQBA 4K8HA 1ZALA 1LDCA 1YADA 1YXDA 3TK7A 4NQ1A 1F2JA 1K8XA 3W7RA 1OFQA 1PVNA 1QDSA 3MO7A 3VFLA 4EVZA 3IVTA 3GDRA 4K6AA 1K02A 3IV3A 3TW7A 3L9CA 3TX9A 5BMXA 1ZHAA 3DFSA 1KBIA 3QQ0A 1X8FA 3THAA 2C16A 4UTTA 1OFBA 3NPXA 1QNVA 1CW2A 2BX7A 3NM3A 4ZVJA 1FDYA 2A85A 3ATZA 4JTHA 5CPNA 3MHGA 1LTDA 2Y7DA 4ZQCA 4FF7A 5F2IA 3NQ8A 1IXOA 1LLZA 1P5BA 4O50A 2P10A 2VFFA 2YFOA 5D05A 4CQAA 4KFNA 5TQLA 1KTCA 1T96A 1GYNA 1J5TA 3EX6A 4ZQPA 1VC4A 3M6YA 1RQHA 3BG5A 4NZJA 1A5SA 4TMCA 4O53A 2QJIA 4UNKA 2RDTA 3LXBA 3LLDA 4AWTA 3IIPA 1WYIA 5F2GA 3TQKA 1THFD 4LV4A 2FPYA 3DH7A 5K4XA 1WQ5A 2VELA 4Y8FA 1TSIA 4XBKA 1DVJA 7TIMA 2VEIA 3DBPA 3B05A 3TC6A 4KFOA 2Y88A 3S5OA 1YTEA 4R7JA 4CNOA 1U83A 2C1HA 2Q8LA 2C3ZA 2GQ8A 4XZ9A 5G4WA 1OX4A 4WXZA 3TFXA 5LNUA 4FNUA 5IBXA 2RKXA 4N6FA 5GVJA 3BK0A 1L6WA 4HIBA 4JDYA 4O0KA 2R94A 1ICPA 3INPA 3W3OA 2WO5A 1TPDA 3DAQA 3LTPA 4MIMA 1OJXA 3UWZA 4GJ1A 4MYAA 3PB2A 4LOCA 2VEMA 1EB3A 3QMSA 4R53A 1OYCA 1MZHA 2CLIA 3A5VA 3C2OA 4M7TA 1CX9A 3SIZA 1GVFA 1RD5A 5K9DA 1TPFA 1FCVA 3TH6A 2CLEA 2CLHA 2RFGA 5D38A 2GVJA 3PG9A 4N4PA 4DF1A 2NXGA 4N9CA 5DLCA 1JCLA 4I9AA 3H54A 1JRCA 1DV7A 2KZHA 3LDVA 3RF9A 1ZCOA 3UY8A 2QDGA 1HTIA 1TREA 5D09A 1KBJA 4O19A 3EEGA 1QCWA 3LCWA 3M1ZA 3BVJA 4WJEA 1FCQA 3ABRA 1GTEA 4UTLA 3LTSA 4ORIA 5EL1A 3C2VA 3A9IA 2EPHA 3O63A 2VFDA 3QJAA 4GBUA 1LROA 3NG3A 3LLFA 2QUVA 5AC6A 4JTEA 2VFEA 4LT9A 1A5AA 3LBCA 1KFJA 1TPH1 4ZQMA 4POCA 4YWIA 2TRSA 1I2PA 1SZGA 1N8FA 2V81A 1N55A 2V5BA 2DZSA 4UMAA 2QJGA 3G8RA 3QRHA 5AB3A 2BTMA 4H3DA 2ATSA 5EA9A 3HG4A 3NQ2A 1GG0A 3W1MA 3G24A 3NQ6A 1A5CA 3P61A 1JCNA 1FWSA 2V0TA 1IIHA 4FXRA 4NJGA 3W2UA 2A1YA 4UFIA 1TQJA 1IIGA 5TBOA 3OVQA 3HF3A 5CZSA 5F2MA 1YPIA 4O11A 1X7FA 3M41A 3I6RA 4UFJA 2A2IA 1OYAA 3W2MA 5LNRA 4MY9A 3CB8A 1RR2A 2GJLA 4QNEA 3HPXA 1C8VA 1JJKA 3R8RA 1XUUA 2QCHA 3ZWSA 4TO8A 5DY3A 2C6QA 1SUXA 3B4UA 3TAKA 4IMGA 3O16A 3GXPA 3D0CA 5HWMA 4LUIA 4UIOA 5E0KA 4O57A 4DBDA 3W83A 3VE7A 2NWRA 1RPXA 3EX4A 3GXNA 3RK8A 5E93A 4IPIA 2YYUA 3GB6A 2ISSA 4O13A 1EA0A 3W23A 4WY0F 3PSVA 1ZNNA 4FX8A 3L5MA 3FEMA 2Z6IA 1EP1A 4FEZA 3P60A 5G1YA 3P5ZA 4X9SA 4DPQA 3SW6A 1IXPA 2YPIA 4WY0A 3QW4B 1DKWA 4GC4A 2GQAA 3NQ7A 5BOOA 4FXSA 3W7PA 4XKYB 2CZDA 1KFCA 1WOBA 2VC6A 1BKSA 4UFKA 4QM1A 3RU6A 2YCEA 1OK6A 3NQFA 4IUOA 2RH9A 1LP6A 3MHFA 4O1AA 3GAKA 4O0ZA 4JIQA 2W0UA 4QISA 2PURA 3M9YA 4CCEA 1S3HA 1XBVA 1N7KA 3QSTA 4CNNA 3O15A 4NVTA 3NPVA 3QEZA 4UTKA 1F05A 3GLCA 5D2YA 4LS2A 5F1VA 5HNRA 3Q2DA 4HPJA 1O4UA 4H6KA 2TSYA 3L21A 1HO4A 2NX3A 5EPDA 3A24A 4Y6GA 4PH6A 1H7OA 1HFBA 4Q4KA 5C6MA 1M5WA 1G6CA 3KVLA 3PBYA 4Z1DA 2V82A 2EF9A 1GJPA 1H7XA 1QFEA 3QFEA 3MUXA 2B7NA 2ZBTA 4L4LA 4HSOA 4ALDA 3EWXA 3HMJG 4R33A 1FCBA 5KZMA 3EWUA 2LLEA 3LCIA 3GKFA 1KM3A 4MLJA 1BWKA 2EGZA 1R47A 5F4WA 4S1FA 1W3TA 1NAL1 3DFOA 1Q6LA 4K37A 1G4PA 3OVRA 4DF0A 5AHFA 3EX1A 2Y70A 3R2GA 2TMDA 4NXSA 2ABBA 1TV5A 3N3MA 1LORA 2FIQA 3NL5A 4JTSA 4FNQA 4IXXA 4AWUA 2H3DA 2QCDA 3B0UX 1WXJA 3NAVA 4K7VA 4K38A 1FDZA 5LNVA 3EXTA 3W73A 1W8SA 1W5QA 3SJ3A 4Y9AA 2Q3OA 4FX7A 1QO5A 1ADOA 3C2EA 3QQ1A 4LVGA 3MBDA 1ME9A 1KM1A 1TPWA 3S1UA 1OF8A 3UD6A 1W1ZA 1E51A 3B03A 4OGZA 3NQAA 5T26A 3TMLA 3KVJA 2IQTA 4LRSA 1W37A 4K7YA 2FPTA 1OFRA 5CSRA 2Z1BA 3PAJA 3SSJA 3P82A 3W7HA 1TTIA 1I2QA 2PRLA 4JX4A 1K7XA 3L68A 5K3VA 1FWNA 4E2DA 3W72A 1YDVA 2QAFA 3DFPA 3NPUA 1V5XA 4JTGA 4G1KA 5CGQA 3GKAA 1SO3A 3TXVA 4LW7A 3NQGA 5G2WA 2E6AA 4OWGA 4WD0A 3N73A 4K36A 1H63A 2B4GA 3WK2A 5D2TA 1RVGA 5D2XA 4ZQRA 3W7OA 3GZ3A 3W7LA 1TRIA 4LVFA 1TTQA 5LNWA 3T78A 3FOKA 3W70A 3GX9A 3HPSA 1OX4B 3P80A 3G18A 4EIVA 1B57A 5LSMA 1NF0A 3M5XA 4LC8A 1OG0A 1WV2A 3G1YA 1JCJA 3VI2A 4ZZ9A 3N19B 4BFAA 4LY8A 3FKRA 1Q6QA 4IMDA 5EBUA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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