1M7O | Genus

Total Genus 92

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	92
sequence length	246
structure length	246
Chain Sequence	RKYFVAANWKCNGTLESIKSLTNSFNNLDFDPSKLDVVVFPVSVHYDHTRKLLQSKFSTGIQNVSKFGNGSYTGEVSAEIAKDLNIEYVIIGHFERRKYFHETDEDVREKLQASLKNNLKAVVCFGESLEQREQNKTIEVITKQVKAFVDLIDNFDNVILVYEPLWAIGTGKTATPEQAQLVHKEIRKIVKDTCGEKQANQIRILYGGSVNTENCSSLIQQEDIDGFLVGNASLKESFVDIIKSAM

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Structures of Plasmodium falciparum triosephosphate isomerase complexed to substrate analogues: observation of the catalytic loop in the open conformation in the ligand-bound state. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Triosephosphate Isomerase
molecule tags	Isomerase
source organism	Plasmodium falciparum
total genus	92
structure length	246
sequence length	246
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date	2002-07-22

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00121	TIM	Triosephosphate isomerase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	1m7oA00

3B0UX 4WY0F 4DPPA 1CI1A 1JJKA 1O94A 5E93A 3QSTA 3E49A 4O50A 2DZTA 1TPC1 3FA5A 4FXRA 3W1XA 3DHDA 4OV4A 3IGSA 2EGZA 3B06A 4MJMA 4JN6A 3N9SA 4UFHA 3S5OA 4K8EA 5EPDA 2Y61A 4O15A 3E96A 2NUXA 2GJLA 2ZA2A 4EF8A 3NEVA 3S1UA 1M5WA 1YTDA 5KINA 3WK3A 1KM6A 3W1UA 1G4PA 2QUUA 5AN7A 3T40A 5AYYA 5EMUA 1OF8A 3JRKA 4LVGA 3O6CA 3NL2A 2X1RA 3M47A 1SO4A 1DBTA 2ZZ2A 3S1WA 2XN1A 4PC8A 1KFCA 1E51A 4N9DA 3R8RA 3N3MA 4FIRA 1JCXA 3F4NA 2H3BA 3PSWA 1G7UA 3SR7A 5MHBA 3L5AA 4N4QA 3USBA 3V75A 1W5PA 2J6XA 4PL2A 3TROA 1A5SA 5F4WA 3HO8A 2JGYA 2A4AA 1GTEA 3DXIA 3INPA 3L0KA 4UTMA 2E6YA 5DN1A 5I3HA 4FX6M 1I8JA 3N2XA 4MPQA 3HB9A 3W1QA 3Q37A 1HO1A 2QUVA 3TMQA 1TPEA 4FO4A 5TBOA 3W22A 1DV7A 4CQ8A 4UFLA 3IIZA 2I1OA 5I3KA 1XUUA 4UMAA 1LBLA 4DQWA 3NM1A 3STEA 5HWMA 5I3GA 2C0AA 1GOXA 3NDOA 4E2DA 4O16A 3C6CA 2FB3A 5AC6A 2YPIA 1TO3A 1KM1A 1W8SA 3DU0A 1W37A 3I68A 4HKPA 3TDFA 1I2PA 3EKLA 2NV1A 1LOQA 4EIVA 2WPBA 2QJHA 2AAMA 2QCLA 1L9WA 3HGJA 3W88A 1NAL1 2YCEA 2E6FA 5AHNA 1LORA 1QAPA 3IVSA 4K8HA 5G4WA 1W3NA 1O60A 3TXVA 2EPHA 2B7OA 4JTLA 2CLMA 1Q6LA 1SZFA 4LV4A 4RXGA 4Z1CA 2QKFA 4OQVA 1LYXA 3UWYA 1TTQA 2ZFAA 3GZ3A 4N6FA 4CCCA 4GWEA 1QO2A 1H50A 1H7XA 2YFOA 1FDJA 1FDZA 1OJXA 2CLIA 2QCEA 3SIZA 4H4IA 2EKCA 3NO5A 1VCFA 2CLFA 1F5ZA 3C8FA 3W7NA 3KVJA 3CM4A 1TPDA 3PG9A 4XTDA 3W23A 3N19B 1TSIA 4RV8A 1C8VA 1SW0A 4O1DA 3O05A 3O07A 3CTLA 5D37A 4BWLC 4IPIA 1R2TA 1W31A 3M43A 5F4SA 4O54A 2QCHA 3WJSA 3KVLA 1UCWA 3MHFA 1FWNA 3UZ5A 1W1ZA 1UUOA 1KTCA 3L66A 5I3IA 1KM5A 1WBHA 2CLHA 1PIIA 1PV8A 1WAUA 3L0GA 3WFAA 3P67A 4FB7A 4QISA 3THAA 1YADA 1SUXA 4XZ9A 3DI1A 3VKJA 2VEPA 5DXYA 4Q33A 4MLJA 5HULA 4LNYA 4FIQA 2BTMA 1F73A 2RHGA 1OF6A 1UUMA 4NNCA 3LRMA 2VFIA 4GUJA 3STGA 2B7NA 3TSMA 8TIMA 4JTGA 4BI7A 3KRSA 1TB3A 3M9YA 4HNTA 4MKNA 5DELA 2R91A 3S5NA 4YCOA 3GDMA 2QAFA 3HF3A 2CW6A 3DBPA 4TR9A 2Z6JA 2G96A 3W7CA 1K7EA 4UFKA 1W0MA 2C15A 3BGJA 3L0NA 3ABSA 2GVLA 1GT8A 3FOKA 4U4MA 2JKAA 1YXDA 1J5TA 4K39A 5LNRA 4Y9AA 3W2MA 3BVJA 2VEMA 3HG3A 3CPRA 2YDAA 3MI3A 1RR2A 2WNNA 4O53A 3W1RA 1TRDA 3IGUA 3NQCA 1VR6A 4ZQNA 2RH9A 3OEXA 5CZSA 2WQPA 2ZQ0A 2QEZA 3LV5A 1VYRA 3FYPA 4ONVA 4I7VA 1O5XA 3NYZA 3G3MA 5F1UA 3EXRA 4OWGA 3CHVA 1IF2A 1G69A 4MJZA 3TNOA 3S5YA 4AWSA 4M5PA 3NVTA 4O13A 2J9ZA 3A9IA 1YYAA 3W1TA 2TPSA 3M44A 3QMRA 4S1FA 4M7SA 3KXQA 1DOSA 1GVFA 3HGSA 3I7QA 3UWUA 1X1ZA 2E6DA 1LRTA 2A6NA 3L68A 3LRKA 2G97A 2E5CA 1X8FA 3DFSA 3FKRA 3OA3A 3S1XA 3S42A 4POCA 3DKJA 5KTLA 1A50A 2CLKA 1W3IA 1K8YA 1XUZA 2D73A 2I14A 1I2QA 4WOZA 3TKFA 3NOEA 3R5EA 2JGQA 3W85A 2V8ZA 4XKYA 3W7MA 3RFAA 3VCRA 4O8RA 5FEWA 5LHEA 2Y70A 2G5WA 1I4NA 1L6YA 4MZYA 3W70A 4Y6GA 2OT1A 3W1MA 4MYXA 1LDCA 3EX4A 3GR7A 1PVNA 4X2RA 1S5TA 3IEBA 1KFEA 2Q8LA 4D2JA 4AHPA 3TXZA 1D3HA 1VHCA 3O16A 5D2WA 4WQ6A 1GG0A 1MZHA 3SI9A 3LCGA 3PBUA 4GBUA 1KW1A 3CEUA 1Q3NA 2CLEA 2V30A 3Q58A 4UUIA 3I6RA 1FCUA 2V5BA 1OFAA 1C29A 3PAJA 5BMXA 1KTNA 3LHZA 5AHLA 1VJIA 1T8XA 3ZWTA 3UY7A 4I7UA 4PH6A 4NUWA 4NX5A 1B9BA 4CNOA 3TH6A 3A23A 2QCFA 1LTDA 3M5XA 2A0NA 3LTSA 3TQ0A 1OX4B 3CWNA 4EWND 5K9CA 2DORA 1KV5A 3PF3A 1TV8A 2CZDA 1NF0A 4OGZA 4UMCA 3QC3A 4H3DA 3L65A 5LKYA 3W7RA 3IIOA 3UD6A 2FB2A 2GJNA 4HSOA 3CB8A 2DZSA 4PA8A 3LCXA 4WXYA 3ZR4A 4ZQRA 1G4SA 3C52A 5HWJA 4NXSA 1T0OA 3BW2A 2G95A 1ZAJA 4GXMA 2ZYFA 3FIGA 4M7TA 1KBIA 5HQEA 4HHPA 1L6SA 5D03A 3DFPA 1RV8A 2Y7GA 4O10A 3LTYA 6ALDA 3THQA 1VYPX 5LNUA 4E38A 2BLEA 2ZBTA 4JIPA 3S1VA 4LS1A 3GB6A 4JTFA 4WXZA 2V2DA 1P5BA 2CLLA 4WY0A 3G3DA 3P74A 3B8DA 4DELA 4LRTA 3IIPA 3O8AA 4QIUA 1ML1A 4HNVA 5F2IA 1FWRA 1TRIA 4UTKA 1G6CA 1H5YA 4ZZ9A 2DZWA 3NQVA 4HIBA 4O1BA 1GVOA 2IQTA 4OHQA 3PB0A 2WOQA 1KM4A 1UJPA 4L4LA 3GXNA 2QCCA 3PB2A 3HGRA 4UTTC 3KX6A 1K03A 1SW7A 1GPWA 4UNKA 1FBAA 2YW3A 1IGSA 4P61A 3BPWA 1WQ5A 4RJEA 4M6QA 1PHQA 3MW7A 4PEKA 3OVPA 1X7FA 4DO4A 4R7JA 3B0VC 4I9AA 4GUHA 3TA6A 1M7OA 4AHOA 4JYDA 2WO5A 1UB3A 3LCHA 3LTPA 2UV8G 2PRHA 2Y7DA 3L67A 4JDBA 1HO4A 3O1NA 3OVRA 1R47A 3PVFA 3ZS4A 2QDGA 1JQVA 4GUFA 4WUIA 4FX7A 1FCBA 1Q6OA 3L5LA 5K2ZA 2ZZ6A 3RK8A 3UXDA 2NX3A 5LNWA 4LS0A 3TC6A 2QCDB 2Y7FA 3W2KA 1XC4A 3P8JA 4CQ9A 3UXAA 1GVRA 2Y88A 1TMHA 1G67A 2FJKA 3F1QA 4OBTA 1JULA 3VI2A 4FNTA 3TFXA 3BLEA 4O1AA 3FFSA 1W5OA 1DHPA 5CZTA 2B7QA 2ZZ3A 3R2GA 4XBKA 5H2ZA 3WJYA 4H6KA 4RZ6A 5EY5A 1L2UA 3BG5A 4LRSA 3W75A 1MO0A 2VFFA 4JGDA 3O6DA 3A24A 1LOSA 3PS7A 2VFDA 4LS2A 2ZTKA 3CLMA 3WK1A 3R89A 3LCLA 4UIOA 4UR8A 3MP5A 2NXHA 3HPXA 1YDNA 2E77A 2CLOA 4OU1A 4UC5A 3M1ZA 5C55A 4FNQA 3HG4A 5C6MA 1F7BA 1RPXA 3GIYA 1VCVA 5AYXA 5FESA 4AB4A 1I2NA 1QFEA 3NL5A 5CPLA 3W7QA 3NNTA 1EEPA 1LLZA 4UTHA 4K38A 4XBSA 1LZOA 3DENA 1DQXA 2AQWA 5I3FA 3UWVA 2RDUA 2QF7A 2FLIA 3DFOA 1VLIA 4ZMGA 3A21A 5AC7A 3VNDA 3PM6A 5BW6A 2W79A 4FEZA 3PG8A 1OFOA 1FWTA 1KFBA 1UASA 1D9EA 4B5NA 3OG3A 5A8GA 3GLCA 4DXVA 1EWDA 2E09A 5K7JA 4ZQPA 4GJ1A 1HFBA 4TMBA 2WJZA 2ZZ4A 4ADTA 1FWWA 3W07A 4JS3A 3P60A 4A2SA 4ML9A 1FCVA 5G4EA 1OYBA 1DVJA 3GKAA 1H1ZA 1XCFA 1Z42A 3NPWA 1JQXA 5CZJA 4O0KA 3QYQA 3W2NA 3C0JA 3QFEA 1Z44A 2WV8A 1VZWA 1G4TA 5KITA 1JRCA 3WJWA 3N9RA 3IV3A 4UTLA 3HOJA 4RCXA 5DBUA 1MSSA 4UXDA 3LHWA 5HINA 4UTJA 3W71A 5HWNA 1ADOA 3GDRA 4Q32A 4WZHA 1SSGA 1X6UA 3LM7A 4YXGA 3P5ZA 5AHIA 4DPQA 1YXYA 1BEUA 3G1HA 4LC8A 1XM3A 3W7GA 3TX9A 3H54A 1XDLA 3OHIA 5LGXA 5FEZA 3TJLA 3W7OA 5D33A 3PUDA 2TMDA 1J2WA 4C1KA 1U83A 5CG7A 2VC6A 1H7RA 3H55A 1V7YA 1AL8A 2X30A 2TYSA 4R33A 1B4KA 4NJKA 1DL3A 3ANYA 3MUXA 1QDSA 4HPJA 2A7RA 2XFWA 4NNBA 1TQJA 2ISVA 1GVSA 3UPWA 3PUEA 2OT0A 1H7NA 4PODA 3M5ZA 2RDWA 2A5HA 1V5XA 2FTPA 1JUEA 1TIMA 3NZ1A 3NXFA 1DKWA 2QCNA 2ZZ1A 1BKSA 3ZWSA 3UWQA 3TR2A 2YYTA 3TQKA 4NNAA 4IXHA 5SWUA 3HMJG 3EB2A 5G2HA 2GQ9A 3U6WA 1AW1A 3GR8A 3NQMA 3HG5A 3C4UA 3LHTA 1FX6A 2BXVA 2B4GA 2X2GA 4O17A 4Y8FA 1H61A 5L9FA 2NXGA 5J5DA 1ICSA 3P62A 3NM3A 3UWZA 2VXNA 2NX1A 4LVBA 3SFKA 4JYFA 1QR7A 3C2RA 4AH7A 4O28A 4LUIA 4YL2A 3HJZA 4DBEA 5IBXC 1RQEA 1G4EA 1FUYA 5DY2A 1EP1A 4JYEA 1ICPA 5D04C 2XN0A 1OVDA 4QNWA 1MEWA 3BLIA 3GDKA 4AF0A 1S5VA 4MFEA 3M5YA 4YLWA 1H7PA 3NQEA 5DCDA 3ATZA 7TIMA 5G2IA 5DY3A 2RFGA 3GDTA 1P1XA 2GQAA 3GXTA 3GX9A 4LU0A 1JRBA 2H90A 1IIHA 4GUGA 1BTMA 3RNDA 3E12A 3W7KA 1SZEA 4JIQA 2CFFA 4NX0A 3FLUA 3OBKA 5EKYA 1TV5A 1AMKA 2C1HA 4MIMA 1I2OA 2BWGA 3RU6A 2FQIA 1YXCA 3T55A 5K4XA 4C1LA 3BLFA 1ALDA 1FCQA 1W54A 1L6WA 2JKPA 4IMEA 3EX2A 3W74A 3EWWA 4TU1A 3M7WA 3W1PA 4AAJA 2KZHA 5F2LA 2ZDRA 3BW4A 1M7PA 3E9AA 3G0SA 3G24A 3M0ZA 5HUOA 2RDTA 3VE7A 1IXNA 5CGQA 2Z0IA 4BI6A 3NPXA 4LW7A 1EA0A 1F2JA 2H8XA 1VGAA 2QCGA 3CC1A 3NQAA 4GNJA 4O14A 4FNSA 2VKZG 4WJEA 4JTJA 4CCDA 1K3UA 1PL9A 1W5QA 3GNDA 4GE8A 4RLIA 3DFNA 1ZJIA 1TYGA 2VEKA 3QQ0A 1NVMA 4AMAA 5LSMA 4FXSA 4PTNA 2GVGA 3CWOX 4UTUA 3DKLA 3LCWA 3NA8A 3ATYA 2DZVA 4KFOA 4WX2A 1EP3A 1XBZA 2J27A 3K30A 3PBYA 1OX5A 1R30A 3DZ1A 5D02A 4RR4A 3E02A 1DQWA 3HPZA 4JNMA 2A85A 4N9EA 2VENA 1OFQA 1K02A 2JKEA 3QW4B 3GNNA 2NV2A 4N2YA 1GZGA 1LCOA 3BG3A 1YLVA 3GVGA 2VFHA 3G1YA 3LI1A 3L21A 3BV4A 3EEGA 1AL7A 1OK6A 1JR1A 5EA9A 1RVGA 1PCWA 4Y96A 4UFIA 2HMCA 4KFPA 3NG3A 5C54A 4A22A 1KLYA 3Q94A 3P8IA 5HNRA 1QOQA 5K4ZA 3LLFA 4K37A 3C56A 4A2RA 4HN4A 1KFKA 1PS9A 2C3ZA 4Z1DA 3SZ8A 1EUAA 5LZLA 2Y62A 5HJLA 1UBSA 3P82A 1O5KA 4LTSA 1RQHA 1HG3A 5CPMA 3C2VA 2ZA3A 1D3GA 5BRBA 3PBWA 3W84A 5G2WA 5H91A 3W2UA 1AG1O 3W6YA 4ADSA 1Y0EA 4JTUA 3BW3A 1SO6A 3KRZA 3F4WA 3QEZA 3MWAA 4IWWA 5EYWA 1LP6A 1OYAA 2BZNA 1Q6QA 3BGGA 4KKXA 3C61A 4MY1A 4RKAA 4J9JA 4JTHA 1EIXA 1ZY9A 1Q45A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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1M7OA

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