1M7P | Genus

Total Genus 91

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	91
sequence length	246
structure length	246
Chain Sequence	RKYFVAANWKCNGTLESIKSLTNSFNNLDFDPSKLDVVVFPVSVHYDHTRKLLQSKFSTGIQNVSKFGNGSYTGEVSAEIAKDLNIEYVIIGHFERRKYFHETDEDVREKLQASLKNNLKAVVCFGESLEQREQNKTIEVITKQVKAFVDLIDNFDNVILVYEPLWAIGTGKTATPEQAQLVHKEIRKIVKDTCGEKQANQIRILYGGSVNTENCSSLIQQEDIDGFLVGNASLKESFVDIIKSAM

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Structures of Plasmodium falciparum triosephosphate isomerase complexed to substrate analogues: observation of the catalytic loop in the open conformation in the ligand-bound state. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Triosephosphate Isomerase
molecule tags	Isomerase
source organism	Plasmodium falciparum
total genus	91
structure length	246
sequence length	246
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date	2002-07-22

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00121	TIM	Triosephosphate isomerase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	1m7pA00

2B0MA 2ABAA 4DO6A 3KOFA 3DU0A 3NYZA 1KV8A 4WZHA 3E02A 4QNWA 2X1TA 4YCPA 3DFNA 1T0OA 3DZ1A 5AHFA 1H7OA 1H7NA 2DZUA 2Z0IA 3ABRA 4DF1A 4FNPA 1TJPA 5D2WA 2OCZA 1A5AA 3GX9A 1OX4B 5AYXA 4Z08A 3BLIA 1LM1A 2CLLA 2NXIA 4NZFA 2VFDA 4EOUA 3U2OA 1XXXA 4R53A 1VCFA 4FNSA 2E6FA 3TC7A 2V5LA 4O53A 3GXNA 4HN4A 5EMUA 2ZA1A 3UY8A 5AOUA 1RQBA 2YX0A 4H3DA 4Y8FA 1F6PA 1OABA 4HNTA 1J4EA 4JYEA 1TTIA 1G4TA 1ZFJA 1ICQA 3DFOA 3S8HA 4MFEA 3W7GA 3LCLA 5H91A 2VFGA 3IGSA 1R2TA 4EWND 3WFAA 3R13A 3LHVA 4DPPA 4POCA 4N2YA 4R34A 3DBPA 4M6PA 1SO3A 3GNDA 1AK5A 1R2RA 2WQPA 3I6RA 3CQ0A 2V30A 4MYXA 2J9YA 2ZZ3A 5CSRA 3WK0A 3USBA 4UTTA 1K02A 1VCVA 1ZAHA 1SSDA 4GWEA 4FX8A 3DFPA 4ALDA 4FX7A 1SFLA 1BTMA 1OYAA 2CLEA 2TRSA 1JJKA 3BLFA 4XBKA 1ZNNA 2GVLA 1K8ZA 1I2OA 3W75A 1ZJIA 4DF0A 4S1FA 1LTDA 3RFAA 2PRHA 1OFEA 4E38A 4NJKA 1SQ7A 2E6AA 1TPC1 3LI0A 2RH9A 3W7LA 3TAOA 1KTCA 3ZWSA 4RXGA 4NX0A 3GKFA 1T8XA 1KW1A 5G2HA 4O4WA 2BWGA 3L67A 2HSAA 3M16A 4CNPA 4JTEA 3W1XA 2OT0A 2GQ9A 4HIBA 3TU9A 2Y7GA 1SZEA 1Z44A 1LOSA 3L68A 3S1VA 3W6YA 2IQTA 3TJXA 3QSTA 4UTJA 5E93A 1F76A 4NZJA 3RLUA 4ZQRA 3IVSA 3U6WA 1RZMA 3GXPA 3HPSA 5D38A 4JX5A 4QSHA 1WOBA 4ORIA 3TMQA 2ZBTA 3QW3A 1EPXA 5EBUA 5U7SA 1JUKA 1L6SA 3NVTA 1W5OA 1B3OA 3GKAA 1ICPA 1LRTA 2Y62A 2CZEA 4LV4A 2Z2UA 1G4PA 4JDBA 4JGDA 3G1YA 2H8XA 1V7YA 1S5VA 4JTTA 2H6RA 4ONVA 3W87A 1H7XA 5KITA 2B7NA 3VNDA 2QCEA 5F1VA 3G1FA 4JICA 3P74A 4UTWA 4P61A 3RK8A 2VFFA 4EIVA 1M6JA 5J5RA 3W2MA 1WBHA 2QCCA 2HS8A 4FIRA 2Z6IA 4NX5A 4IJBA 2V82A 3A23A 3I68A 1S5WA 2E77A 4BK9A 2AGKA 2F84A 3M7WA 5TIMA 2NUWA 4DBEA 3N9SA 5U4NA 2B7PA 3W2LA 1OK4A 4LS1A 3SFKA 2J9ZA 4CCEA 4BFAA 2QCLA 2C19A 1MEHA 3MI6A 1P0NA 3P67A 3VFLA 1I2NA 3CT7A 1H7PA 2QCFA 3UXDA 2P1FA 3DENA 1TTJA 3MW7A 4RJEA 4I7UA 5CPNA 3C56A 5HWNA 1JCLA 4M5PA 3NL3A 3VCRA 4JXCA 4MZ1A 2UV8G 4GE8A 4GNJA 4JY8A 2ZFAA 4WOQA 1L6YA 4X9SA 3O63A 5F4SA 1DQXA 3W7QA 2VFIA 5IBXC 2X1RA 4OE7A 4U28A 3LBMA 4L4MA 2RDUA 5LNUA 3EX3A 4FXSA 4JN6A 5K3VA 4UMCA 5E1QA 2O7SA 3DAQA 2CLFA 2R14A 1OFPA 3QW4B 4AEOA 3E9AA 1KFJA 3NQAA 1X7FA 1X1OA 4IGHA 3PB2A 5DBTA 4S2CA 2WO5A 4LNYA 4LVBA 3C2RA 4BI5A 4AWSA 1N8FA 3L0KA 3BW2A 1P5BA 4YMZA 2WNQA 3NPXA 4PL2A 2ATMA 1YYAA 4IMEA 3P84A 5DY3A 4JEQA 1N7KA 2ISWA 1GVRA 1AMKA 1FDJA 5C55A 1YDOA 3FS2A 3L21A 2DP3A 3WK1A 4RR4A 1TV8A 1GZGA 2QDGA 4A3UA 1GT8A 1FBAA 1KA9F 2Y85A 3GDTA 5F1UA 2Q3OA 3LRKA 5AN7A 3HG2A 5FEWA 1ME7A 1K8YA 1SZGA 1K7XA 1JCYA 1KFCA 5K4XA 3HIJA 1OFQA 3NQGA 2DZTA 4O0KA 4QM1A 2YFOA 3BVJA 4LOCA 4XBSA 1VYSX 4A29A 5D32A 4ZL1A 3FYPA 5BW6A 3IIVA 3QPYA 1HL2A 5BMWA 4ORMA 4IQLA 1XI3A 4N02A 1QWGA 3HJZA 1YDVA 4DO4A 1OF6A 2V81A 3G3DA 4H4IA 2ISVA 4MOZA 1OHLA 4NJIA 1XDLA 3OEXA 1K3UA 3C4UA 4JTHA 5SWUA 3KVKA 2ISSA 1VLIA 1O5KA 2QCDA 3UWZA 3GVGA 1QFEA 3FEMA 1Q45A 3KVMA 3DKJA 3TUUA 1O94A 4LUJA 3PY2A 5G1YA 2E1DA 2DU2A 3W70A 4BWLC 3AO0A 3M6YA 3SECA 4JTIA 1GTHA 2DZWA 1JULA 3YPIA 2JKPA 1UB3A 3NQEA 5K9DA 5LGXA 4PTNA 2PC4A 2Y7FA 3NL6A 1Q3NA 4AHPA 5LZLA 4IMCA 3IVUA 4N6EA 3FJLA 4MLRA 1QPRA 4C1LA 3MP5A 4LV9A 3HOJA 4WUIA 3O8AA 4YL2A 3B0UX 1T99A 1LBLA 4N4QA 4AF0A 4KFOA 2V9DA 5HUOA 4DXVA 5HWJA 4O16A 2GPTA 1ZAIA 4Q4KA 3GR8A 2Z6JA 3MI3A 3UWYA 3W76A 3R2GA 1KTNA 3CPRA 3NDOA 3MWAA 4FNTA 1VCGA 1XUZA 3N19B 5EA9A 4EF9A 4M6VA 1XUUA 4RX0A 5FESA 1UASA 5FF0A 4X2RA 5FF3A 5KZMA 3OBKA 1LBFA 3D0CA 3G1VA 1FCVA 5FEPA 2X1UA 4GC4A 2YYUA 1TMHA 1VJIA 4MJZA 3W07A 2V8ZA 4MLJA 2EGZA 4KFPA 5AC6A 3DXIA 1KM6A 3R8RA 3S1WA 4B5NA 4ZVJA 4O19A 3IRDA 3Q37A 3EXSA 1ZALA 3NQDA 3TROA 4O1BA 1RPXA 4XZ9A 5I3FA 2FTPA 8TIMA 4K7YA 4WD0A 5K7JA 2QCGA 3L65A 4BWLA 2RFGA 3IV3A 3OVQA 3UY7A 4IMGA 1GYNA 2WNNA 1THFD 1D3GA 4MZ8A 1MO0A 1FWTA 4AHQA 1EIXA 4GUJA 4UFJA 3SY5A 3QF0A 1DOSA 1B4EA 4WY0F 1XM3A 2AAMA 5D30A 4NXSA 1FDYA 3FA5A 4XTIA 1QR7A 2VEMA 1L9WA 4NJJA 3M5XA 3P81A 3W1UA 4JR5A 2VELA 1W56A 4K8HA 5G4WA 1QMLA 5AC7A 1DL3A 4FEZA 3B06A 4UCGA 1E51A 3TQ0A 4U4MA 3LHZA 4IXHA 4O28A 4LW7A 1YPFA 4ZZ9A 2A0NA 4J9JA 3A22A 1XBYA 2CFFA 3JRKA 3O6DA 3AJXA 1J5TA 3NZRA 3LI1A 1QPQA 3NR0A 5LNSA 3QH2A 3BGJA 4PODA 4UFHA 3TV8A 5IM51 1ALDA 3QMSA 1A5CA 3DI1A 4Z1DA 4FNRA 4JX4A 4HPXA 4O11A 4JTJA 1OFAA 2QUTA 1NFBA 2NX3A 4GRSA 2E5DA 1G67A 4MYAA 1WYIA 1EEPA 1WOAA 4GUGA 4O4VA 3WK3A 5EYWA 4LTSA 3NZ1A 5FI8A 2XN1A 2A21A 2QJIA 3N3MA 5EY5A 2JKEA 3CWOX 1DQWA 1SZNA 5AC8A 3R89A 3W1RA 3W1TA 5KTLA 4WXZA 5HJLA 4NUWA 1KBJA 1WA3A 1H60A 5C54A 5D03A 2WPBA 5L6UA 1TYGA 1OF8A 2BTMA 3IIPA 3M43A 1AG1O 2OX1A 1AL8A 1OFBA 3NQ2A 3Q2DA 4ADUA 5KINA 2FB3A 2FPTA 2GQAA 4MIMA 1CI1A 1A53A 5AHLA 3MHUA 3HMJG 4Z1BA 4O10A 1BKSA 5F2GA 2NV1A 3TX9A 2QUUA 3EWUA 3QPZA 1WAUA 5G2WA 2Y6ZA 2RKXA 2WKJA 3W86A 1ICSA 4UNLA 2CZDA 4QNEA 2JBMA 4MPQA 1NF7A 1HUVA 2VOMA 3Q58A 3W7OA 5I3KA 1ZHAA 2ZZ1A 1UJPA 2TYSA 4RKAA 5LNWA 3UNDA 2ZRWA 3M5VA 1SW3A 4O1DA 1WBJA 2J6XA 4O18A 3KVLA 2A4AA 2GUUA 1I8JA 2E68A 1V5XA 3GXTA 5E0KA 1J2WA 3L2IA 3EX1A 4Q32A 4K37A 4MY8A 3M5YA 3LRLA 4UTTC 1W3TA 2NXHA 1Z42A 3BPWA 3STFA 2NUXA 2FB2A 3TE9A 4WXYA 1QNVA 3T44A 4E2BA 2BXVA 2DZVA 2Y70A 3N2MA 3INPA 1JCMP 4ADSA 1W5NA 2CWNA 1BWKA 4LS2A 2Y7EA 1GQNA 2FQIA 1GVSA 2C13A 5D02A 5K2ZA 4PCFA 4AAJA 2ZQ0A 1O60A 1PS9A 5HINA 3MJYA 5HMSA 2ZCGA 3S1XA 1LYXA 1IXQA 2A7PA 3OIXA 3PBYA 3ELFA 4JTKA 4JS3A 3KRSA 2VEKA 1TJRA 5HR6A 3NQMA 1C9DA 4OV4A 1U83A 1JQXA 5I3GA 2ZA3A 4FIQA 1KFEA 1XBZA 4KFNA 4ZQMA 3LM7A 2JKAA 1HG3A 3CEPA 5KZEA 1XFBA 1SW7A 1TCDA 5D04C 4YLWA 5TBOA 4A22A 3A9IA 4UTIA 4XKYA 4IPIA 1R46A 5K9XA 5CG7A 3BG9A 1XBXA 3H55A 5D09A 2VEPA 3NO5A 3P62A 1JRCA 4UTWC 4S2BA 1PVNA 1TTQA 3W1QA 4OV9A 2X16A 1GTEA 1L6WA 3QMRA 3GDLA 4HHPA 3MUXA 1LDCA 2QKFA 1IIHA 3W1LA 2QEZA 3CB8A 3W23A 4PH6A 1F2JA 1TO3A 3NPVA 4RZ6A 1ZCOA 2A2IA 3NPUA 1GG0A 4LY8A 5BMXA 3W7KA 1MEWA 4E0CA 1KM3A 2NWRA 5FF4A 4DBDA 4PFMA 1O4UA 4RK8A 2HS6A 3PG9A 2A7NA 1VZWA 1OVDA 1ONRA 2X2GA 3CM4A 3O1NA 3A21A 2Y89A 2NWSA 4L4LA 4I7VA 1TREA 1OK6A 1KM5A 5DCBA 5AHNA 1EX5A 1T96A 3CTLA 3TSDA 3W84A 4DELA 2PRLA 2GJNA 5HUPA 2H3BA 1JCJA 4UFKA 4AHOA 1FWNA 3G1XA 3TQVA 1HO1A 3HB9A 1LLWA 2Z1BA 1AW2A 2E09A 5DCDA 3UZ5A 3W9ZA 2C3ZA 3S9YA 1Q6RA 4UR7A 1QPNA 4N6FA 5LHFA 3HGRA 3W74A 1DBTA 3ZFHA 1OFDA 3W7MA 1ZY9A 3C0JA 3THQA 3UXAA 5D05A 4MUZA 3B4UA 1OYCA 3HG3A 4O8RA 3QEZA 7TIMA 3QZEA 4TR9A 1I2PA 4ADTA 1MEIA 4WY0A 4JY9A 1TPWA 4UFMA 5H2ZA 1NF0A 5AHMA 3DKLA 5AYYA 2QCDB 3W2JA 1KM1A 3LX9A 3UZJA 3C8FA 3A5VA 1LORA 2FDSA 5L9FA 1I45A 1KV5A 1Q6QA 2V5BA 3TSBA 3F4NA 3A24A 1W37A 2QCNA 1I2RA 3PG8A 1H1YA 4MY9A 1R2SA 2F7FA 1H5YA 3M47A 3BW4A 3GYEA 4R7JA 4N9CA 3G0XA 3S5NA 2R94A 3LCGA 1NEYA 1RQEA 1JUBA 2RDWA 1YPIA 3KX6A 2FPYA 1W3IA 3TR2A 1KM2A 1C8VA 1EUNA 3ABQA 4ICNA 3W1NA 4AF0B 2FFCA 4NNCA 1SO5A 3N14A 3FKRA 1TQJA 1K8XA 3G1DA 3LTPA 3LDVA 1U5JA 4CQ9A 4Y6GA 4FXRA 3NL2A 2A85A 2Q8LA 3W7EA 3MHFA 4LVAA 1TQXA 2YSWA 4WX2A 5CPOA 3B0VC 1P1XA 3TA6A 3DGRA 3GNNA 4UNKA 1X1ZA 1EWDA 5D37A 4RXFA 2EHHA 2EAWA 2HMCA 2CU0A 3NGJA 3OVPA 5D2XA 4ZMGA 1WXJA 1AL7A 3QMTA 2NLIA 4NNAA 4RLIA 1IIGA 2FLIA 5KZDA 5AB3A 1TSIA 4O1AA 1ADOA 2EKCA 4A2SA 3CC1A 3G1SA 3STGA 5HNRA 3LXBA 3W2UA 3GDKA 4OHQA 3TDFA 3ZS4A 3ZWTA 1JCXA 4UTUA 3TXVA 3N9RA 2LLEA 2TPSA 3BV4A 4TO8A 1MSSA 4RV8A 1M7PA 3LTSA 1TPEA 1P4CA 2VC6A 1VYRA 2VEIA 3QQ1A 1TPDA 4GFSA 4CLMA 1TPUA 2QJGA 1Q6LA 3P7YA 4A21A 2GVJA 1ME9A 4NJGA 3S5YA 3W7HA 3NQ7A 1RR2A 4C1KA 4CNOA 1GJPA 1FWRA 1TIMA 3LV6A 3V75A 4LT9A 1DKWA 4O15A 1RD5A 3HGOA 2C15A 4QIUA 4K6AA 1L2UA 1VR6A 3DFTA 1I2QA 5I3HA 1F73A 1B57A 1SO6A 5LSMA 3UWQA 3TQKA 4AXKA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1V5X A;  3GXT A;  5E0K A;  3L2I A;  4Q32 A;  4DVO A;  3AIV A;  3UCQ A;  2PPG A;  5DML A;  1Z42 A;  3BPW A;  3STF A;  4B5T A;  4HPN A;  1HJW A;  1QNV A;  3T44 A;  4E2B A;  2BXV A;  1ZJA A;  3VZX A;  4ADS A;  1BWK A;  4LS2 A;  1V77 A;  4XV0 A;  4LF2 A;  3I3D A;  3D46 A;  1C7S A;  2C13 A;  4LAZ A;  1E9Z B;  3FW6 A;  4NF7 A;  4L6O A;  2ZCG A;  1LYX A;  3E38 A;  1IXQ A;  2WKL A;  4D1I A;  5T9B G;  4CD4 A;  1GVI A;  2DT0 A;  3THD A;  3VA8 A;  2H9A A;  4FA3 A;  4JS3 A;  2VEK A;  1DJX A;  4LEF A;  5HR6 A;  3NQM A;  4AEE A;  2EPK X;  4I6K A;  1C92 A;  3ITV A;  3M4H A;  2ZA3 A;  4FIQ A;  2DIK A;  3V1H A;  3H2A A;  3LM7 A;  3NZQ A;  1C8Y A;  4U3C A;  1UIO A;  4S3E A;  2BVD A;  4LAM A;  3VGD A;  5KZE A;  4K1W A;  3AHZ A;  1POK A;  1SW7 A;  5D04 C;  4YLW A;  5TBO A;  4UTI A;  4QXI A;  1DTN A;  3AAL A;  1R46 A;  2WJE A;  5K9X A;  3CB3 A;  2J78 A;  3OA5 A;  3GU2 A;  2Z2A A;  3RPT A;  3IAR A;  4UTW C;  2J74 A;  2QLY A;  3QY7 A;  4CD5 A;  3N9K A;  3B8W A;  3QMR A;  3OB8 A;  3W1L A;  2NSO A;  2QEZ A;  3CB8 A; 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