1M7P | Genus

Total Genus 91

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	91
sequence length	246
structure length	246
Chain Sequence	RKYFVAANWKCNGTLESIKSLTNSFNNLDFDPSKLDVVVFPVSVHYDHTRKLLQSKFSTGIQNVSKFGNGSYTGEVSAEIAKDLNIEYVIIGHFERRKYFHETDEDVREKLQASLKNNLKAVVCFGESLEQREQNKTIEVITKQVKAFVDLIDNFDNVILVYEPLWAIGTGKTATPEQAQLVHKEIRKIVKDTCGEKQANQIRILYGGSVNTENCSSLIQQEDIDGFLVGNASLKESFVDIIKSAM

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Isomerase
source organism	Plasmodium falciparum
publication title	Structures of Plasmodium falciparum triosephosphate isomerase complexed to substrate analogues: observation of the catalytic loop in the open conformation in the ligand-bound state. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Triosephosphate Isomerase
total genus	91
structure length	246
sequence length	246
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date	2002-07-22

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00121	TIM	Triosephosphate isomerase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	1m7pA00

2A7PA 1W5OA 2YZRA 1VHCA 4MKNA 5LSMA 3P74A 1M6JA 4EVZA 3C8FA 3KRZA 4LU0A 2ZYFA 2W6RA 3U8GA 4NJIA 1H50A 2FPVA 3W7KA 4BI5A 3S42A 5LNUA 1GTEA 1NF7A 1SW7A 4S1FA 5LZLA 1EEPA 2Y7DA 3B04A 3EKLA 2H8ZA 3VFLA 1OJXA 1VCVA 3P84A 4CQ8A 3EX6A 1PS9A 3NQ2A 4XKYA 1K7XA 5EMUA 4X9SA 5F4WA 3W1RA 5DELA 3M1ZA 3N2XA 3P67A 4UFMA 2X1UA 4LV9A 4DPQA 1OHLA 4AH7A 3GLCA 1I2PA 3MHFA 4UC5A 4O1DA 2YGYA 5K9DA 1EP2A 1XBYA 1WXJA 3DKJA 1Y0EA 4MOZA 5HMSA 1YTKA 1L6YA 2X1RA 4K37A 3MI6A 1SSDA 5HR7A 4AB4A 2ISSA 1I4NA 4LUJA 1SO3A 1ZAJA 2B7OA 2ZBTA 3B05A 5FEZA 3TV8A 5F4SA 1VLWA 1PV8A 1TPB1 2DZXA 3W70A 1LRQA 4K8EA 1BTMA 2ZZ3A 3I7RA 5IBXA 5HINA 3G8EA 4CNPA 3P80A 3VCRA 2W79A 4QSHA 1KV8A 2FB2A 3THQA 1JCJA 4UTHA 4ZZ9A 3N3MA 5FF2A 4LT9A 4OV4A 4A21A 1G7VA 1OYCA 4NXKA 4YMZA 2D73A 4XTIA 2C14A 4UTTA 2CLOA 3Q2DA 3RK8A 1JCNA 3GX9A 4O28A 2ZTKA 1DJQA 4HPXA 3FIGA 1DV7A 1TPWA 4LY8A 3PUOA 3KVKA 1LBMA 1GZGA 4O16A 5FF4A 2QAFA 4OT7A 3H53A 1LYXA 3BARA 1H62A 5C54A 1W3IA 3DI0A 3TK7A 4ZQRA 1JQXA 1TPDA 4R34A 4WY0B 3TQ0A 3ZR4A 2YSWA 4LRTA 2F7FA 4WX2A 1BWKA 2RKXA 2CLFA 2P10A 4FXSA 5HJLA 1D3GA 4M6QA 4U28A 4Y96A 2C13A 2RDUA 3PG9A 4M6PA 2V81A 2ZZ4A 2XN2A 1GWJA 3NM3A 2NXGA 4JY9A 3LLFA 5E1QA 3NR0A 4I7UA 3I6RA 3HPZA 4NZFA 2OJPA 5D33A 3TQVA 3EWWA 4UMBA 4UMAA 3CWNA 4M6VA 3UWUA 4HNNA 4KKXA 4AWUA 3OEXA 1KM6A 3TSBA 2C15A 3I7SA 4PODA 2BSLA 5D04C 4IMGA 2H90A 5G2HA 2R91A 1ME9A 2ISVA 3BLEA 1TPVA 1JRBA 4ONVA 5DY3A 3CWOX 4ADUA 3M0ZA 2NWRA 1KM5A 3M5XA 3F4WA 3AO0A 4NU7A 3NQ8A 4O1BA 2Y7FA 4RK8A 1Q6OA 5G5IA 1KBJA 5FF3A 2V0TA 3EXSA 1SR9A 1H60A 2VEIA 3DFTA 3FOKA 4MY1A 3EWXA 3MW7A 3TX9A 5DXYA 3STFA 5K2ZA 2O7SA 3LCHA 1THFD 2C19A 3OVQA 2GOUA 3LGEA 3UWYA 5DCDA 1JCLA 5G2IA 1I2OA 3NOEA 3GXNA 4UXDA 1C29A 1HL2A 4GFSA 3WJXA 1ONRA 4CQ9A 3S5YA 3M9YA 4HHPA 2B7PA 1OYBA 2HMCA 4GWEA 1L2UA 4O4VA 4KWWA 3CPRA 3HG5A 1QFEA 1YYAA 3TR2A 1VH7A 1B9BA 3G18A 2YFNA 2Z0IA 1QNVA 3CC1A 5C6MA 3BV4A 3EKZA 3E12A 4OQVA 1Z44A 2WSRA 4ML9A 4IXHA 5DCBA 3C6CA 5FEPA 3FS2A 3P8JA 2A0NA 3HB9A 1ZAHA 1VQTA 5HWJA 2BWGA 2EPHA 3LTSA 2GQ8A 1YXCA 5DY2A 2CLKA 2A4AA 3A21A 1Q6QA 1K8ZA 2Z2UA 4LUIA 3C2OA 3W7MA 3E02A 3DKLA 1TPEA 3DFSA 2QCDA 1KM4A 1PL9A 1Z48A 3NPUA 4FX7A 3P5ZA 4PL2A 1EWEA 1UUOA 4GUGA 3PG8A 3SJ3A 2E5CA 4JYFA 3P7YA 3IIXA 5CSSA 1MZHA 5AFDA 3ZFHA 1F73A 1ZFJA 2DZPA 1LTDA 4HSOA 4OU1A 3C0JA 3NQGA 4OV9A 4Y90A 3W7DA 3SIZA 4TMCA 3W1AA 2J27A 4EIVA 4JN6A 2VOMA 4G1KA 4O12A 3TC6A 4H6KA 3I7QA 2J6XA 2BX7A 3LCFA 3B06A 2V82A 3QEZA 3RLUA 1QCWA 1IIGA 1P0NA 3LV6A 3M5ZA 1HO4A 4BWLC 3NPWA 1RZMA 3NPVA 3CT7A 1LDCA 1L6WA 1R2TA 1UB3A 4IMFA 1S3HA 4WJEA 2Q8LA 3LTYA 3L65A 2Q8ZA 1F74A 3W88A 3W7EA 5CZJA 2TMDA 2NZLA 3M5YA 4MZ8A 2ATMA 3WFAA 2Z6IA 5CZTA 4Z0JA 4YCOA 2FB3A 1KM1A 3W22A 3S8HA 1QR7A 3LBCA 4RZ6A 4QM1A 4I7VA 3V75A 4LW7A 1EP3A 1VRDA 3NQFA 1XFBA 3HF3A 3O06A 3CLMA 3EX1A 2CLHA 2VENA 1KFLA 3HGSA 1P4CA 3DHDA 5F2LA 4DXVA 4O50A 3S1VA 3HOJA 1X1ZA 1GG1A 1N7KA 3BG9A 1XL9A 2CZFA 3MP5A 4KFOA 3TW7A 3CIWA 3W7QA 4O0KA 3ELFA 1R47A 2KZHA 3NA8A 4Q4KA 5BOOA 3ABSA 1ZNNA 5KTLA 3CB8A 1UUMA 4JXCA 1B4KA 1EIXA 2A6NA 1WV2A 1C8VA 4JX5A 2DZWA 1UJPA 3NL5A 4TU1A 3KVJA 4NNBA 1WBJA 4FF7A 2FQIA 4PEKA 1OK4A 3G1DA 1FXPA 2NUYA 3N34A 4LS2A 4LS0A 1VC4A 4N6EA 4N02A 4RZ5A 5F1UA 2OZ0A 3LBMA 4GRSA 4O1CA 3EWYA 5IM51 4AWTA 2VEPA 4CCEA 3KFTA 1WQ5A 2CLMA 1KFJA 1DJNA 3QMRA 3W23A 3MJYA 4FX6M 1L6SA 4K7VA 1FCUA 2WO5A 1ZALA 1MO0A 5ABTA 1MEWA 3NM1A 1AL7A 4Z1AA 2ALDA 4O15A 3HG3A 3IVTA 4WXZA 1GG0A 3STEA 4LOCA 2YPIA 4DELA 4BR1A 3KVLA 4N4PA 3C2RA 1GEQA 5FEWA 5F2IA 2GPTA 2LLEA 3V1PA 3C2FA 4JTKA 4QIUA 3KXQA 2QKFA 1I8JA 5AC6A 3C3NA 5I3GA 1ZAIA 4L4MA 4XBSA 1X1OA 1KFCA 2J88A 2E6AA 3G1VA 5E93A 3NDOA 4WOZA 3OA3A 1EUAA 4QITA 4K6AA 1LBLA 4PC8A 5EL1A 4GUHA 1YDVA 2V5LA 1DBTA 1MSSA 2FIQA 3MI2A 4JIPA 2V2CA 3SW6A 1TREA 3SY5A 4H4IA 5I3FA 4E2BA 1SW0A 5AHEA 3C61A 1GVFA 4AHQA 4IPIA 3LHYA 4UUIA 3M47A 3GR7A 4FB7A 1SFLA 2YFOA 4EOUA 3VE9A 1XBZA 4MVAA 4J9JA 1A50A 1RQBA 3IVUA 1AW5A 3N73A 2A1YA 5D03A 5K9XA 4NX0A 1GYLA 1Q45A 1VLIA 1OFQA 3SI9A 2Y62A 1OFEA 5F1VA 2XN1A 3E49A 4JDYA 1F2JA 5DBUA 3MUXA 1Q6LA 4WXYA 3R2GA 4FO4A 3UPWA 4X2RA 3W2NA 3S9YA 4A22A 1FWWA 2ABAA 3HMJG 2ZA1A 6ALDA 1LBFA 3L5MA 3LTPA 2VKZG 3W86A 4MJMA 4HT3A 3S1UA 3ZWTA 5EA9A 4BFAA 2E5BA 4Y9AA 4JDBA 4UTTC 4CLMA 2QUUA 4FX8A 2NWSA 4O8RA 1TV7A 3QZEA 3LB0A 1UBSA 5I3HA 1N8FA 4EF8A 3F1QA 2Z1BA 1XUUA 2GVJA 4AHPA 3H55A 4WZHA 3TCEA 4UTLA 3IIVA 5AHMA 5C55A 2DZVA 4WQ6A 4N2YA 5J5RA 1OX5A 2OCZA 3BG5A 4LNYA 1FBAA 3RF9A 1TTJA 1W3TA 4XUGA 2QCFA 3W2KA 3MHGA 1E51A 4ALDA 2ZRVA 3FA5A 4QQ3A 2J9XA 3YPIA 1JCMP 1P5BA 3QRHA 2P1FA 5U7SA 4DF2A 3G1SA 1K8XA 3UNDA 3NNTA 1OYAA 4MFEA 1GVQA 1D9EA 1H1ZA 1KTNA 2FPYA 3QYQA 1V5XA 1X7FA 4LVGA 1SZFA 4IGHA 1RD5A 2RFGA 1SO4A 4QAIA 3I68A 4OHQA 4ZMGA 5HWMA 1FWRA 3BK0A 3TXZA 2EF9A 1AG1O 5KZMA 2PRMA 3G1AA 3G24A 5AYZA 2E68A 2BLEA 4I9AA 3DFPA 5DBTA 3U6WA 1O95A 2A7RA 2R14A 3B4UA 3GB6A 1NAL1 1ICSA 2JK2A 5G4EA 4JR5A 4HNTA 3KRSA 3M43A 1YXYA 1A5AA 1W0MA 1OABA 3L21A 3SR7A 1TV5A 3MWAA 3NQMA 2JGQA 2P0OA 1J4EA 1YLVA 3CHVA 4NJGA 4NJJA 3A5FA 4MUZA 3UZJA 4UFHA 4AVFA 1KFBA 4O57A 4FIRA 3W9ZA 3QSTA 2E6DA 4AWSA 3T7VA 4K8HA 3N19B 3W74A 1P1XA 3TAKA 3TNOA 3GIYA 1QAPA 2J24A 1J5TA 4UNKA 4WY0A 3ATYA 1VHNA 3P82A 3QMTA 1PHWA 3INPA 4EF9A 2E6YA 1WAUA 3B0PA 3G1FA 3R13A 1OFRA 3TA6A 5K4XA 3Q58A 1XUZA 4XWUA 5L9FA 3UYCA 1XI3A 2X1TA 2YYTA 5LHEA 1A53A 2YYUA 3A23A 3W7HA 2TRSA 4JX4A 5K3VA 5LNVA 3W87A 3NQDA 4R33A 3L0NA 2G97A 1I2QA 1QPQA 3G3MA 2YR1A 1VPXA 3NEVA 1FDYA 4K39A 2A5HA 3PF3A 3W7OA 1BKSA 3I65A 5AHIA 1TYGA 1EPXA 3PB0A 8TIMA 4CNOA 1ME8A 1M5WA 3TMLA 5BRBA 4IX2A 5LGXA 3SSJA 4Z1CA 2VEKA 3PULA 3BGGA 2BXVA 3T55A 1JRCA 4MYXA 3T40A 2Y7GA 3NAVA 5LNSA 3GAYA 1LCOA 2QF7A 3EWBX 3W7NA 5AB3A 3ATZA 2C6QA 4IOTA 5EY5A 4LC8A 2TYSA 3TJLA 4TO8A 3S1WA 3EEGA 3LCXA 1ZHAA 1X8FA 4R7JA 2QUVA 3VNDA 3QW3A 4UR7A 1JUEA 1ML1A 4O53A 3OHIA 4GC4A 4JTLA 4LVFA 4ICNA 4Z08A 3N2MA 4AEOA 2V30A 3IGUA 1RV8A 3LRKA 1TPH1 5AHFA 3TH6A 3S0CA 1I2RA 5LKYA 5T26A 1GOXA 4RZ4A 5DLCA 4DF0A 4QNEA 1VGAA 3NZ1A 1NFBA 5CPNA 3R12A 1AW1A 3UWZA 3HJZA 1CI1A 4DO4A 1KM3A 1PVNA 2V2DA 1JVNA 5BMXA 1ICQA 1TJRA 2E5DA 3W7LA 1ADOA 2OX1A 3L0GA 3CEUA 4UR8A 2WSQA 3HO8A 2PCQA 1PE1A 3C56A 3L67A 4DBDA 2YW4A 3LI0A 4ZQPA 4JTJA 1H7NA 3O1NA 2VFHA 2J9ZA 4AMAA 5LNWA 4O14A 2ISWA 3G0SA 1ZENA 2HTMA 2B4GA 2QCMA 3DFQA 3C4UA 1QO5A 2WJZA 2DZUA 1XC4A 2ZZ6A 3S5OA 4UTIA 5D32A 3EXTA 2GJNA 2FJKA 5A5WA 1W3NA 1FX6A 1I45A 3F03K 2ZRYA 4M19A 2V2HA 2ZRXA 2Y6ZA 2WNQA 3L68A 4R53A 3W2MA 1JR1A 4JTGA 5FF7A 1Z42A 5AHNA 3JS3A 1DKWA 1QDSA 5EYWA 1WBHA 3OVPA 2I9EA 1OX4B 3C2VA 2B0MA 4FNPA 4IXXA 1AK5A 4RR4A 2RHGA 4E0CA 1O5KA 2DJLA 3N9RA 4LTSA 2PRLA 5HNRA 5AN7A 1HO1A 5EBUA 1F6PA 1GJPA 4TIMA 5D02A 2DZTA 4LS1A 2GVGA 3G8RA 3LLDA 3W7PA 2J9YA 1H7PA 1IF2A 3QSRA 4H3DA 5CKSA 4OWGA 4XQ6A 4IMEA 4JY8A 3L5LA 1TPFA 3DENA 3VKJA 4NJKA 1W8SA 3ABQA 6TIMA 3GAKA 1WA3A 3UQNA 2Y7EA 3TC7A 1P0KA 3P60A 4UTWC 3VI2A 4NJHA 1VCFA 3HGOA 2WV8A 3CTLA 3GDMA 1YTEA 3R89A 1ZJIA 2W0UA 3SFKA 3UWVA 3DH7A 1SUXA 2QJIA 3FFSA 1QWGA 4JTTA 1SW3A 3FKRA 2O7QA 2C16A 3S5NA 1R2SA 5KSWA 1HTIA 1KFKA 3LHZA 4OBTA 3VE7A 3BLFA 3EX4A 4IMCA 4IJBA 5G4WA 2BZNA 1H1YA 1XCFA 5I3JA 3PWAA 4HNVA 2Y70A 1KW1A 3M44A 3OBKA 4MFDA 4NXSA 3BW2A 2ZRUA 1LORA 3WJYA 1WOBA 1NEYA 4RXFA 5KINA 1TPC1 2ZQ0A 3IGXA 4PL1A 1KFEA 3EWZA 1G4EA 1L9WA 1LOSA 4AXKA 1S5WA 1XBVA 4NNAA 4BI7A 1VYPX 1GVOA 3O8AA 2X1SA 5K4ZA 4AF0B 3O6YX 2YX0A 3D0CA 5A8GA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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1M7PA

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