1MEI | Genus

Total Genus 114

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	114
sequence length	482
structure length	351
Chain Sequence	AKYYNEPCHTFNEYLLIPGLSTVDCIPSNVNLSTPLVKFQKGQQSEINLKIPLVSAIMQSVSGEKMAIALAREGGISFIFGSQSIESQAAMVHAVKNFKAHNELVDSQKRYLVGAGINTRDFRERVPALVEAGADVLCIDSSDGFSEWQKITIGWIREKYGDKVKVGAGNIVDGEGFRYLADAGADFIKIGIGGGSICITREQKGIGRGQATAVIDVVAERNKYFEETGIYIPVCSDGGIVYDYHMTLALAMGADFIMLGRYFARFEESPTRKVTINGSVMKEYWGEGSSRARNWSFEEGVDSYVPYAGKLKDNVEASLNKVKSTMCNCGALTIPQLQSKAKITLVSSVSI

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Crystal Structures of Tritrichomonas foetus Inosine Monophosphate Dehydrogenase in Complex with Substrate, Cofactor and Analogs: A Structural Basis for the Random-in Ordered-out Kinetic Mechanism pubmed doi rcsb
molecule keywords	INOSINE-5'-MONOPHOSPHATE DEHYDROGENASE
molecule tags	Oxidoreductase
source organism	Tritrichomonas foetus
total genus	114
structure length	351
sequence length	482
ec nomenclature	ec 1.1.1.205: IMP dehydrogenase.
pdb deposition date	2002-08-08

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00478	IMPDH	IMP dehydrogenase / GMP reductase domain
A	PF00571	CBS	CBS domain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	1meiA00

2FDSA 3LHUA 3TQVA 4YL2A 3KAOA 4NZFA 1WX0A 3HMJG 3U8GA 1K7FA 1LOLA 3WJXA 3T4CA 2J9XA 3M5XA 1S3HA 3NQFA 1FWRA 1IXQA 5HNRA 1R2TA 5KZEA 5E1QA 1Y0EA 1QNVA 3P74A 2GOUA 2OMAA 4O28A 4IQLA 1W0MA 1UB3A 1TPC1 1R2SA 1OX4A 3EWZA 1C29A 1SO3A 3NO5A 3PB2A 1XUZA 3DENA 3EX6A 2B0MA 1QO5A 2Z0IA 2RDTA 4FF7A 4WOZA 1XM3A 3MW7A 2Y7DA 2Y62A 1ZNNA 3PG9A 4UTTC 3U2OA 1Z48A 3SECA 4C1KA 1WBJA 3E12A 5FF7A 5D02A 1GG0A 4PCFA 4JX6A 4X3ZA 3EX2A 1Z41A 4RX0A 3STCA 2ZTKA 2B7OA 1EIXA 3MI6A 4OGZA 4PODA 3N34A 1OX5A 1DQWA 4AAJA 4YCOA 4Q32A 3NQMA 4UTWC 1JULA 3TC7A 1KM1A 4OQVA 5F4WA 2PC4A 3G22A 5K2ZA 3W7IA 2PRMA 1MEWA 4XTDA 3RF9A 1WA3A 1TCDA 2Z2UA 2VFEA 4UR7A 1D3GA 2ZZ4A 4K8HA 5K9XA 3DHFA 3MHUA 2BSLA 5HUPA 1WAUA 1DJNA 3GYEA 3TSBA 4O12A 3TC6A 4JEQA 1CI1A 3L5LA 4AHPA 4TIMA 3YPIA 2E77A 2ZA2A 3VFLA 2J27A 2OZ0A 3PULA 3TAOA 4G1KA 3M16A 2ZA3A 4LV9A 4O18A 3U6WA 4JYDA 2OJPA 2JBMA 1X1ZA 4IMCA 3FA5A 3GDKA 3DKLA 4LUJA 4AF0B 1O94A 4ORMA 2TSYA 1R2RA 3LCXA 5EY5A 5K9CA 5D2XA 4JICA 2YFNA 1KFKA 4LWWA 1JR1A 1I2QA 5F2LA 4RKAA 4WXZA 1J4EA 1CX9A 2ZYFA 3HG4A 4HNNA 5HINA 5L9FA 4WY0F 2A0NA 3KVMA 1T8XA 3LHWA 1FUYA 5AHNA 2EF9A 2O7SA 3NQ2A 1QPQA 4Y96A 4DBDA 4Z1DA 2Y7GA 4UTUA 3NL3A 4HNUA 4LT9A 5I3JA 1EPXA 2JKAA 3NQ6A 5T26A 4NXSA 4LRTA 1LOSA 5E0KA 4GNJA 4NJIA 2YGYA 4H3DA 1DKWA 2R91A 5LGZA 4O13A 5HMSA 3W7EA 2FJKA 3STGA 3TSMA 3W7DA 3GAYA 1LTDA 5C55A 3GDTA 3CLMA 3MBFA 4KKXA 3VI2A 4RZ4A 1NVMA 3QFEA 1P0KA 3TIMA 4Y9AA 4O16A 4JTEA 4S2CA 1H7OA 1F05A 4M7SA 4A3UA 3HBLA 2JK2A 3OVPA 4UTKA 1KM2A 2RDUA 3RLVA 2YDAA 4C1LA 1GQNA 2E5DA 1DVJA 5LHEA 4FNQA 3CTLA 4FNRA 1GVQA 1NEYA 2DZXA 4MJMA 1JCYA 1KM6A 3AJXA 4WQ6A 4O11A 2QCDB 3Q2DA 5IBXA 4DF0A 5G1YA 3GXNA 3L0GA 3O06A 4LVAA 4RZ6A 4YWIA 1UJPA 4DPQA 2VENA 5HJLA 1VHCA 2TPSA 4QITA 4EF9A 2W0UA 1TTQA 5CZ0A 1FDJA 4LVDA 2V5LA 4UTLA 4NX0A 4E0CA 3HG2A 1H62A 4JTKA 1SZEA 1LDCA 3M5ZA 1H5YA 5KZMA 3BG5A 3LXBA 2EHHA 2R8WA 2YFOA 6ALDA 1YPFA 3QEZA 3CIXA 1H51A 3HGJA 1KBIA 2P0OA 4MFDA 1EB3A 2QJGA 4JY9A 2ISWA 1ZFJA 4UIOA 2QCGA 5DN1A 3N73A 1OABA 2ZZ2A 1K02A 5D30A 2ZZ1A 1F76A 1V7YA 3V75A 4WUIA 3M7WA 1ZHAA 1B9BA 1Z44A 2X1RA 4O17A 4Y6GA 1GVOA 2NX3A 3EX4A 3M47A 3UD6A 4DXVA 3QZEA 3NQ7A 3KVKA 2WJZA 1GYNA 2EGZA 3IRDA 3T55A 1I2RA 5D2YA 3INPA 1VYRA 2OT1A 1VPXA 1K3UA 1GWJA 4GXMA 3EX3A 3FKRA 3TQKA 2CLOA 5GVJA 3BARA 4EOUA 3NM3A 3GNDA 1ICSA 1NFBA 3V1PA 3ZWSA 2VFDA 3S5OA 4GRSA 2VC6A 1TTPA 1GTEA 3N2MA 1QWGA 1F6KA 4H6KA 1TRDA 4TO8A 1OFAA 3G1YA 4OV4A 2ATSA 3PUEA 2XN2A 1OFOA 1QOPA 4AWTA 3LTPA 1C9DA 3LX9A 1GVFA 4TU1A 3GDLA 5CPMA 3WK1A 3LHYA 1T99A 3TH6A 3A5FA 3C8FA 1S5TA 4CCDA 1A5AA 2C14A 1QO2A 3NQGA 2CZ5A 3HIJA 1LCOA 3EKLA 1QPNA 2C3ZA 3MJYA 2YXGA 3S1WA 4LS2A 1PS9A 4NT0A 4QISA 3DFPA 3QMTA 2X1UA 4BFAA 4ADUA 3RMJA 3PY2A 3ATZA 3SI9A 4H4IA 3EEGA 4MY8A 5G4EA 3O63A 4FNSA 4UFIA 2BX7A 3ATYA 1NF0A 4LC8A 4IPIA 4JTJA 4N6EA 1FWWA 1H60A 2PRLA 2WNZA 5LNSA 4AVFA 1TB3A 3W74A 1N8FA 2X30A 3OIXA 1X7FA 1SPQA 3LV5A 3GZ3A 4E38A 3LM7A 1GOXA 4MY9A 3P67A 3LBMA 2FQIA 4A29A 3TXZA 2QCLA 4ML9A 5D33A 1G4PA 1F2JA 5EYWA 3W84A 5FESA 4LU0A 3HG5A 5LNUA 4PTNA 1X1OA 3H55A 4NNBA 2GJLA 3TFCA 3UWYA 5CKSA 2GQ8A 3Q58A 3W2MA 3C52A 3K30A 1SO4A 4CCCA 3P82A 2NV2A 2C18A 4ZQRA 3HPSA 3PUOA 3O05A 4HNTA 2C16A 3ABRA 1I8JA 4WZHA 4N9CA 3DI0A 3G1SA 4UNKA 1N7KA 4MPQA 3LOTA 1LROA 3PM6A 4QSHA 4XUGA 2NXHA 8TIMA 4AB4A 2C19A 1H7PA 3QSRA 1GTHA 2VFHA 1DL3A 1XL9A 3QSTA 3CU2A 4YMZA 1GZGA 2YX0A 1H7RA 1FX6A 1M7PA 3O1NA 4JTIA 3M1ZA 4N6FA 3S1VA 3NQDA 4NJHA 1H1ZA 1I2PA 1VLWA 4JX4A 3EX1A 3DHDA 3MI3A 1FWSA 4A2RA 4FO4A 1VQTA 3B06A 4MLRA 2NZLA 4OWGA 3SZ8A 3SR7A 2DZUA 1FBAA 2ZZ3A 3QW3A 3TE9A 2RH9A 2Z6JA 3P5ZA 1SW0A 3UNDA 4IUOA 2NWRA 3IVTA 1ADOA 3M5VA 2G96A 2QR6A 1TV8A 3QRHA 2NXGA 3M9YA 2C1HA 2CZFA 1QR7A 4IMEA 2GQ9A 3L5AA 4UR8A 4O19A 3NZRA 1SFLA 1SZFA 1HO4A 1J5TA 3T78A 3NPXA 4MLJA 1GYLA 4A22A 3W1NA 1KV8A 2NX9A 5KITA 1W5QA 4PEKA 2H3BA 2NXIA 1YXYA 1TPB1 1VZWA 1HFBA 4DEFA 4CNNA 3W9ZA 1WQ5A 2GVGA 4AH7A 2CLMA 3KHJA 1KFEA 2ZRUA 1GT8A 1PCWA 4JN6A 2C15A 3P81A 3W88A 4MOZA 1A50A 5DY3A 1JCNA 3ABSA 4BWLA 3C2RA 2F84A 1AW1A 1AG1O 1VJIA 3CIWA 2VFGA 1I45A 3H54A 3LCLA 2B4GA 1B4EA 2ZZ7A 4X2RA 3TJLA 5LHFA 2YR1A 3E49A 3TMQA 3G0UA 4GUHA 5BMWA 2QCNA 4ZQOA 1M5WA 4LVFA 1FCQA 1U83A 2ZBTA 5F2IA 3W1PA 4UMBA 5G4WA 4HSNA 2V8ZA 3B0PA 5KINA 3CWNA 1OFEA 5TBOA 3W2UA 1JRCA 2ZRXA 3DXIA 1LRTA 1TREA 4WXYA 5K9DA 5CZTA 3A5VA 3MWAA 4BF9A 3S1XA 2Y7EA 2ZQ0A 3DH7A 2Y61A 3NNTA 3PBUA 4RCXA 5F4SA 2QF7A 2A7PA 2C6QA 1K8ZA 2AQWA 2Q8LA 1AL8A 1VS1A 3EWUA 3W1QA 2CLIA 3IEBA 2ALDA 3PS7A 1EEPA 3CPRA 3MUXA 4UTJA 3PUDA 1ZENA 3B4UA 3QQ0A 4O50A 3THAA 1VCVA 4FX8A 3C2VA 4FHAA 4RV8A 4ALDA 4NX5A 4RXGA 4JTFA 1JCJA 3RLUA 4FX6M 2NUWA 4O14A 1RV8A 3I7SA 1TPDA 3G1AA 2H90A 1LYXA 4MZYA 3NQ8A 3W6YA 2G5WA 3OBKA 5EBUA 4NU7A 1G7UA 1H50A 1WOAA 3ZR4A 1D9EA 4O1CA 1TPWA 2VEIA 2E1DA 2WPBA 3PG8A 1JJKA 1LRQA 1KFCA 1XI3A 5DBUA 1UUOA 3S5ZA 4MZ8A 4XTIA 3EWBX 4IXXA 3IIOA 1PL9A 3LI0A 3W22A 3GXTA 5AN7A 3ZWTA 3LGEA 2ABBA 3LHTA 1PIIA 1W54A 1O95A 4O1AA 3AO0A 3HOJA 1XKYA 4FXRA 3P8IA 4UTMA 3BV4A 4NNAA 1B57A 1W3NA 3OVQA 3T40A 1EWEA 4JNMA 5IBXC 3UWWA 4HSOA 2WSYA 1W31A 3KRSA 3CC1A 2QUTA 1ZY9A 4E2BA 4PA8A 3WK3A 1Q6QA 4Y8FA 2CLFA 3VE7A 1PV8A 4R34A 5I3IA 1WOBA 3QQ1A 4KFOA 3P60A 1EP3A 2AAMA 3W7GA 5AYXA 5CGQA 1L9WA 4HHPA 1SO5A 1IXPA 1THFD 4DF2A 1ME8A 1PVNA 4QM1A 2KZHA 4M7TA 3N9RA 5EPDA 3TKFA 3B0UX 3BW3A 3LTYA 3NXFA 5D05A 1P1XA 3NM1A 1JVNA 3MP4A 4FB7A 5E93A 4LC6A 4ZQCA 3WJYA 2JGYA 3ZS4A 4IX2A 1SW7A 5H91A 1ZJIA 3S9YA 3UQNA 4NNCA 5AHIA 3IIVA 1QDSA 1JUBA 4JX5A 3LXCA 3LCFA 4EVZA 3TW7A 4JTLA 4IWWA 4HPJA 4P61A 2QUVA 4OBTA 5ABTA 3STFA 3UY7A 5HWJA 3H53A 2QCEA 4PH6A 3FS2A 1KA9F 3DFSA 3W1LA 5KSWA 4UMAA 3GDRA 1OFPA 5LKYA 1GJPA 5G1TA 3M44A 4N9BA 4DBEA 2A6LA 1CW2A 1OFQA 3W2LA 2QUUA 3CM4A 1LM1A 1YADA 1G4SA 2BZNA 5CZJA 2GVLA 2DZWA 3GB6A 4ZZ9A 4K36A 5FEZA 3LBCA 4XQ6A 1IXNA 1MEHA 4O0ZA 3TDFA 1IF2A 3TUUA 4UFMA 5F1UA 3HQ1A 4XKYB 5EL1A 2QCFA 2ZTJA 1G4EA 2V30A 3VKJA 2J88A 1DV7A 4LVBA 4JTHA 1LBLA 3QM3A 1UUMA 3W23A 3TSDA 1WV2A 2FPVA 1OYAA 3W86A 3OG3A 3G3DA 4FIRA 4O52A 1TTJA 1EWDA 1ZAHA 1A5SA 3G1XA 4PL2A 3O6YX 1FCBA 4GFSA 1DQXA 1W5OA 2A2IA 1DHPA 3S0CA 3W2NA 2ZFAA 4R53A 1R30A 4TMBA 3DFQA 2WSQA 2WNQA 4N4PA 3I7RA 3MHFA 3O16A 4O54A 3I6RA 4X22A 4JDBA 2YPIA 2X1TA 4ADSA 2HTMA 1SSDA 1OFBA 2EKCA 1FCUA 5F1VA 4O0KA 3NQCA 3E0IA 1K03A 3UXAA 4YCPA 1QMLA 4TR9A 4UFLA 1YYAA 3BO9A 3GKFA 3S42A 1S5WA 2GJNA 3A9IA 1EA0A 2YZRA 3IVUA 3NEVA 2TYSA 5AHEA 4AWUA 1ONRA 2ZZ5A 3O15A 1YDNA 3TA6A 1YDOA 5FF3A 3SIZA 3OHIA 3NQVA 4GJ1A 4FEZA 1N55A 2Q3RA 3TR2A 1NAL1 3C6CA 5DCEA 3JS3A 2PRHA 3TNOA 5J5RA 1T0OA 4WJEA 3QMSA 3UYCA 2V0TA 1PHQA 3M6YA 5DLCA 5CSSA 4LOCA 1PCKA 4MJZA 1LLZA 3FJLA 4Z1AA 1YDVA 4PL1A 3W7CA 4NJKA 3QC3A 4UC5A 2PCQA 3TQ0A 4ZL1A 1H63A 1JQVA 2HSAA 2ZRZA 2WKJA 4JTUA 3DFNA 4NJGA 1K8YA 1OK6A 1SZNA 3O8AA 3Q37A 3GDMA 3R89A 3BK0A 4BI7A 3NQEA 4GC4A 4CLMA 3GAKA 1EP2A 5CPLA 3L21A 3SJ3A 1FWTA 4GUGA 4XKYA 1OHLA 2CLHA 1TIMA 2XN0A 3IIXA 3IIZA 1LBFA 2CWNA 4HN4A 3P8JA 3LV6A 3E9AA 1ICPA 4P2VA 2X1SA 3DU0A 3N9SA 3P61A 4JXCA 3HB9A 1XDMA 1KM4A 3O6DA 3G8RA 4DPPA 2W6RA 3PSVA 2WQPA 3W1XA 3CT7A 1B4KA 1XCFA 3VCRA 3BGGA 2ISSA 2Y89A 4MY1A 3W73A 2QCCA 4CCEA 4D2JA 1O5KA 1O5XA 1LRNA 1UCWA 3DAQA 3QYQA 2V5BA 3PBVA 3IGSA 2RKXA 1H1YA 4CNPA 1AW2A 3PR2A 1AW5A 3SFKA 3G18A 2A7NA 3KRUA 2YYTA 1Q6OA 5DELA 1GPWA 1QAPA 3UY8A 3EKZA 4BWLC 3NOEA 1KFJA 1P4CA 1QPRA 1SQ7A 1ME9A 4BK9A 1G6CA 1OX6A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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