1ML1A

Protein engineering with monomeric triosephosphate isomerase: the modelling and structure verification of a seven residue loop
Total Genus 96
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
96
sequence length
242
structure length
241
Chain Sequence
SKPQPIAAANWKSGSPDSLSELIDLFNSTSINHDVQCVVASTFVHLAMTKERLSHPKFVIAAQNAGNADALASLKDFGVNWIVLGHSERRWYYGETNEIVADKVAAAVASGFMVIACIGETLQERESGRTAVVVLTQIAAIAKKLKKADWAKVVIAYEPVWAIGTGKVATPQQAQEAHALIRSWVSSKIGADVAGELRILYGGSVNGKNARTLYQQRDVNGFLVGGASLKPEFVDIIKATQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Protein engineering with monomeric triosephosphate isomerase (monoTIM): the modelling and structure verification of a seven-residue loop.
pubmed doi rcsb
molecule keywords TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
molecule tags Isomerase
source organism Trypanosoma brucei brucei
total genus 96
structure length 241
sequence length 242
chains with identical sequence C, E, G, I, K
ec nomenclature ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date 1996-09-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00121 TIM Triosephosphate isomerase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1ml1A00
2Y63A 1FBAA 1ONRA 3KHJA 3DGRA 3QW4B 3Q94A 4MFDA 2GJNA 4YMZA 3H54A 3O16A 2FPVA 4HNTA 3NL3A 3HG5A 4K8HA 2C14A 2EGZA 1YDVA 3KAOA 5D2YA 4O11A 2GVLA 4FXRA 3S1VA 3L21A 3EX2A 4XTIA 3UPWA 3W7RA 3LRMA 5EPDA 4WY0B 4MPQA 5BNKA 3JRKA 3QH2A 2A7RA 2FPYA 3LX9A 2G97A 2VFEA 1K03A 3OBKA 3EKLA 1K8YA 3NQ2A 4HNNA 1EIXA 4E0CA 1K3UA 3ELFA 1EWEA 5CZSA 4H6KA 3YPIA 4OT7A 1UUOA 2ZZ7A 4RV8A 2GQAA 4GRSA 1XDLA 3QMSA 3TFXA 1SSGA 4AHPA 3L5LA 4UNKA 4J9JA 4L4LA 4JTHA 5BW6A 1DL3A 1DOSA 1QO5A 4Q32A 4Z0JA 5DLCA 4KFPA 5LKYA 2Z2UA 2H90A 4FO4A 1LBMA 3HO8A 1T0OA 3M47A 4NQ1A 2AGKA 5BMXA 4AF0B 4RXFA 4ADSA 1VYSX 4I7WA 3O6CA 4C1KA 2C6QA 4FHAA 1G6CA 1KW1A 3W1LA 1TPUA 4GUJA 2NUYA 4PA8A 2OT0A 2VEIA 4UFIA 1M7OA 1LYXA 3RNDA 2ISSA 5DBTA 1FCUA 3WK0A 2A0NA 1TJPA 1RR2A 4LS1A 3OEXA 2O7SA 2QDGA 5L9FA 1SZGA 1TMHA 3NZ1A 1LRNA 2V2CA 3G24A 1T96A 3C8FA 3P5ZA 1TRIA 1LTDA 2BXVA 1TV7A 2Y70A 1QWGA 3QMRA 4AEOA 2H8ZA 4HPJA 4UTHA 5AFDA 2ZTKA 2BWGA 4O4WA 4R7JA 1U5JA 3F1QA 4BWLC 4JIPA 3C0JA 1H63A 1UCWA 3QFEA 2XN1A 3UWYA 5AHNA 3TJXA 3A9IA 4EWND 3L9CA 5TBOA 3OVQA 1TIMA 2C18A 4GFSA 4MZ1A 4JTJA 2OZ0A 3M5ZA 1FWTA 2A6NA 3DHFA 4NJHA 4LS2A 3P81A 2VFIA 3PG8A 4RJEA 2WNQA 3MBDA 1MEIA 1WOBA 2OCZA 4ZQRA 4MJZA 4JDBA 2CLLA 1JCYA 1IXPA 4O17A 5G1TA 4IMEA 2VXNA 4JTFA 1AL7A 5AYYA 2VFFA 5ABTA 1EP3A 5U4NA 4Q4KA 4BFAA 3KVJA 4HSNA 3L66A 4JYDA 4JDYA 3D0CA 1H7WA 2NZLA 3EXTA 4X3ZA 4CQ8A 3TUUA 1GVQA 3NOEA 2JBMA 3L0GA 3LB0A 3KVKA 3WK3A 1NF0A 1XBVA 3S5OA 1GG1A 1SFLA 5AYXA 1Z44A 1G4EA 1UUMA 5KTLA 4UFMA 1YLVA 4R34A 3W84A 5FEXA 3NDOA 4G1KA 3GR8A 4ZQMA 1TPEA 4O1AA 2FPTA 3F4WA 3G0XA 1QCWA 3CPRA 3NQEA 3TSDA 3LCXA 4O4VA 3HIJA 1R2SA 3EX1A 4ZQNA 1M7PA 3P80A 1L6WA 3A21A 2NWRA 1QPRA 3H53A 5DCBA 3B8DA 4LC8A 4DPPA 1UJPA 2JKPA 1I4NA 3DBPA 5FESA 3HPZA 4BF9A 5AHFA 4JTUA 1N8FA 4CQAA 4NX5A 1OF8A 4OQVA 1EA0A 1WOAA 5HWNA 2PRLA 1GG0A 1X8FA 3LV6A 4XWUA 3TQKA 2WSRA 4UTKA 1VR6A 2JGYA 2JGQA 3G1FA 2ATMA 3O63A 5DCEA 2QJGA 3QRHA 4IMFA 1B57A 2GPTA 1QPOA 1UB3A 3UNDA 2CZ5A 2FLIA 1H7NA 4GUIA 1W5PA 2X1SA 3FJ6A 5HQEA 2QEZA 1Q3NA 3SFKA 3MBFA 1XUZA 3AO0A 3C2EA 1A53A 2WSYA 4N6EA 4R33A 3PUOA 4FX6M 1J4EA 1I2OA 3SSJA 4I9AA 3L2IA 2RKXA 3QF0A 4UFHA 3SY5A 3BG5A 3T7VA 1TQJA 3MYPA 3DFSA 2J9YA 4ALDA 4O18A 3W2JA 3GYEA 1YYAA 4JTEA 2C16A 5HJLA 4QSHA 2HMCA 5D38A 3WK1A 2EAWA 3R12A 3LTSA 1OYCA 3HMJG 4WXZA 3QQ0A 1VC4A 2BX7A 3MJYA 3DU0A 1U83A 1LOQA 3LBCA 4MLJA 4IUOA 2ZZ1A 3W2UA 3LGEA 2HS8A 4DELA 4UMAA 1KV8A 5F1UA 3I6RA 3NL6A 2VFHA 5FEWA 1QOPA 3N2MA 1K8XA 4JN6A 2XN0A 4Z0SA 3BGGA 4UIOA 2J9ZA 4JEQA 5LSMA 3P60A 3TE9A 1GEQA 3DFNA 1WBJA 1H7XA 1OX5A 1F74A 2R8WA 4DEFA 3UZ5A 4K7YA 3KOFA 3BLFA 1CW2A 4A29A 3I68A 3MO7A 4JTGA 5LNSA 3G8EA 3W88A 3LHYA 1FUYA 3O6YX 1EEPA 4TU1A 3W1QA 4IX2A 1XFBA 3SR7A 1FDYA 3VI2A 1H7RA 1TTQA 3S5NA 1AW1A 1S3HA 2A7PA 4QM1A 2W79A 3WK2A 4L4MA 4GUGA 1RQEA 7TIMA 1H50A 2EKCA 1Q6OA 3H55A 3DI0A 4LVFA 1TTJA 4DXVA 4FNUA 1ZCOA 3C3NA 5D05A 3EB2A 3U2OA 2H8XA 3ATZA 2V2DA 1A5SA 1M6JA 4LU0A 5F2GA 1ZY9A 1KTNA 4DPQA 3NQAA 1W8SA 3W1UA 1FWSA 1FCQA 3MP3A 1PCKA 5FF0A 4FXSA 1NVMA 3P62A 5CZJA 1KTBA 8TIMA 3N3MA 1SW7A 1W5QA 3PB0A 4UCGA 4JTSA 4IQLA 3SIZA 2C0AA 1FXPA 1LDCA 2YX0A 1GTHA 1OYAA 2V5LA 3NXFA 2NX9A 3B06A 1KLYA 4TMBA 3UWVA 4WY0A 2ZRUA 3W7JA 2DZPA 3G1YA 5BMWA 3FA5A 2WQPA 1GWJA 4OV4A 2R94A 5G4WA 2NUWA 2ZBTA 3M44A 4R53A 1X1OA 4BWLA 3QJAA 5IM51 3GKAA 4JX5A 1TPB1 2VFDA 4RX0A 1SZFA 2V2HA 3LXCA 4LOCA 4X22A 4P2VA 1ZNNA 3L65A 3DKJA 4ZMGA 5A8GA 1WXJA 3N14A 2VENA 4AWUA 1I2RA 3ABRA 4JR5A 2YFOA 3BO9A 1BWLA 4M6QA 2ZZ4A 2ZZ5A 5G2WA 5DN1A 4AF0A 4UTTC 4NJIA 4BI5A 3KRUA 3TX9A 5LHEA 4NJJA 5FEPA 1EWDA 4JIQA 3W73A 3NVTA 1O4UA 3M6YA 4YCPA 2J24A 3GIYA 2FTPA 1KFCA 1ZHAA 1FCVA 4XUGA 1KA9F 2ISWA 4M7SA 1W37A 5EMUA 4QQ3A 3A24A 1K7FA 3MMTA 4TMCA 1ALDA 1JR1A 3PAJA 2A6LA 1PHWA 2WJZA 1JRBA 5F2LA 1VLIA 3W7MA 2EPHA 5C55A 2W0UA 1H60A 3B0VC 3HG2A 1X1ZA 3W7LA 3IEBA 1S5VA 3LHTA 2TYSA 4O1CA 5K9XA 2YFNA 3W2KA 2YGYA 3VNDA 3W7KA 4OGZA 1H1ZA 3GAKA 3G1HA 3KVMA 4KWWA 1OJXA 4KFNA 3T55A 3G3DA 1HO1A 2HS6A 3EX3A 5G2HA 2GQ8A 3PBUA 3BLIA 1G4PA 3TR2A 1WDWA 2X1RA 3L5AA 5C2XA 5HWMA 4O0KA 4ADTA 3LCFA 2FIQA 4O15A 3NEVA 4CNPA 4LV9A 3EXRA 3GVGA 3PBYA 1RZMA 5D30A 5HR6A 3OHIA 2QUTA 3GZ3A 5H91A 5D09A 2DZWA 1DORA 3ABSA 4RLIA 3TCEA 5D2TA 1MZHA 4B5NA 2B7PA 2IQTA 5EBUA 1YDNA 4O16A 4TIMA 3TW7A 4IWWA 1FCBA 3LTPA 1B4EA 2QCDB 1OABA 1SZNA 3TDFA 3UY7A 3HPSA 3W23A 1JCMP 1KM0A 4M6PA 4LNYA 4ORIA 3W1RA 3NPXA 4ZL1A 2YR1A 1GPWA 2DZTA 4HT3A 4HHPA 4UTJA 2ATSA 2NXIA 3P84A 6TIMA 1PHQA 3G1SA 3LRKA 1FDZA 4O1DA 2G95A 1SPQA 2E6DA 2QJIA 5FEZA 3IGUA 5TIMA 3E12A 5CG7A 3P74A 3N9SA 2QDHA 4Y6GA 2Z0IA 1VRDA 3TU9A 2VFGA 1YXDA 3GDKA 4CNNA 1KFBA 4JTTA 5G4EA 3PB2A 3NG3A 3GXNA 1YTEA 3CEUA 3GDLA 4O50A 4UFLA 3SW6A 3MI3A 4M7TA 1KM5A 2CLHA 4DF2A 3W7PA 3FYOA 1GTEA 3O6DA 2Y89A 3N73A 4PFMA 2JKAA 3QSTA 4AH7A 3TA6A 1O94A 1MEWA 1WBHA 4NNBA 2ZZ2A 2PC4A 2QCNA 5CGQA 1TPH1 4N9DA 5G1YA 3Q2DA 6ALDA 3DENA 5KMYA 1I2PA 2NX1A 3BW2A 3GXTA 2WV8A 4GBUA 1OFRA 4MYXA 1PV8A 3R5EA 3S5YA 1AL8A 2F7FA 1VS1A 4N9CA 2Y6ZA 5EL1A 5AB3A 1A50A 3PUDA 3PWAA 2VELA 5J5RA 1SU5A 3SZ8A 5D2XA 3HJZA 3S1XA 4CCDA 3S0CA 3ANYA 3R2GA 2D73A 2Q8ZA 5HMSA 3E96A 3TAKA 4IPJA 1YXYA 1QFEA 2C15A 1H7PA 1SSDA 2Q8LA 1LROA 1B4KA 5DCDA 3W6YA 5FF3A 5AC6A 3TXZA 3G22A 4EIVA 2E1DA 1FQ0A 1TPC1 3PC0A 4O52A 2GOUA 4PL1A 5CPLA 1ADOA 3THAA 1Z42A 1W3IA 3C6CA 3W76A 3EX4A 3IIPA 1OK4A 3M9YA 3CIXA 1R46A 3O07A 1JUEA 4LVBA 4ICNA 3CIWA 3W1XA 2NV1A 3FKKA 5K7JA 4Q33A 2C13A 3HGJA 4ZQOA 5E1QA 4MY9A 5D02A 3QSRA 3BARA 3NPWA 3L0NA 1DJQA 4O1BA 2H6RA 4JY8A 4O13A 1JCXA 5LNRA 1TPFA 4HIBA 4NVTA 2DZSA 4JTKA 1JQVA 1F73A 4AAJA 3DH7A 1W0MA 2DZUA 3CWNA 1ZAIA 2C1HA 4E2BA 4LVAA 1QPQA 3MHGA 3N2XA 3WJSA 4AHQA 1Q45A 2AAMA 3HBLA 1XBXA 1KM1A 3DKLA 3WJYA 4UTTA 3W07A 3L68A 4U28A 3F03K 3CLMA 1UBSA 1OFEA 3W2NA 3LLDA 5K9DA 2B7OA 2TPSA 3GDTA 1I2NA 3N9RA 2QCFA 4LV4A 3G1XA 3VE7A 3O1NA 5DY3A 4M5PA 5LNWA 4FNRA 3CB8A 5DXXA 1VQTA 1KLZA 5FF4A 3TXVA 1L2UA 4LRSA 1VHCA 5BRBA 4PCFA 1J2WA 3S42A 3W22A 3O8AA 3QW3A 2YCEA 1VJIA 4NZJA 2E5BA 5D2VA 4IXHA 3MUXA 2DORA 4QITA 1ZAHA 1SUXA 4MZ8A 2FDSA 1YXCA 1VH7A 1NSJA 1OX4B 4FX8A 4GWEA 4HNVA 2RDWA 4ML9A 4Y8FA 3E9AA 2Q3OA 3FKRA 4MY1A 3QM3A 2E6YA 5D04C 4N9BA 1ICPA 2ABBA 2OJPA 3NQFA 1DVJA 1JULA 1LOLA 3UZJA 4UC5A 4Y9AA 4PODA 2ZFAA 2J9XA 3UWWA 4A22A 2QKFA 4EOUA 5CSSA 2QF7A 5A5WA 1G7UA 3LERA 4K39A 3A5VA 2DZVA 1DBTA 1RPXA 3ZR4A 5CSRA 3W9ZA 5K4ZA 2RDTA 1VYPX 3S5ZA 5K9CA 1LRTA 3GK0A 3SI9A 3CC1A 4PL2A 2BZNA 4UFJA 4ZVJA 3GAYA 5LGXA 5CKSA 2YPIA 4LTSA 1YPFA 1GQNA 4HPXA 3GB6A 3IIXA 4OE7A 3PBWA 1O5XA 1OK6A 1XDMA 1W54A 3FLUA 3EWXA 3E02A 1G4TA 5T26A 3P8IA 5LGZA 1EX5A 4HNUA 4AVFA 1H51A 1NF7A 1OG0A 3IGSA 3DFQA 5DBUA 1KBIA 2ZRXA 3C2OA 2QAFA 1ME7A 4XBKA 2O7QA 1PCWA 3MWAA 1FXQA 1KM3A 1O5KA 4P61A 4GE8A 1QPNA 3BW4A 5H2ZA 1G4SA 3EEGA 3B03A 1F05A 3W7EA 2HSAA 1MXSA 1W3TA 4TX9A 1VCVA 1OFOA 2AQWA 1PVNA 2C3ZA 3ATYA 4MY8A 1FY6A 4Z1AA 2B7QA 3CTLA 3STFA 3LV5A 1P5BA 4YWIA 2HTMA 3VE9A 2QJHA 2FFCA 4WJEA 3OIXA 3RU6A 4AWTA 3TH6A 3U8GA 2A7NA 3ZFHA 3SECA 3RF9A 3EWWA 1LLWA 4PH6A 3TSBA 2H3DA 3EWZA 3ZWSA 1BWKA 1C29A 2CW6A 2VEPA 4W9TA 4Y90A 4UMBA 4ZQPA 3MI6A 4MUZA 4JD4A 5L6UA 2YYUA 4NX0A 1WA3A 4A2RA 4JGDA 2PCQA 2JK2A 1ICQA 2QCDA 4A21A 2ABAA 4GXMA 1S5TA 3PG9A 2ZRYA 3P5YA 2YSWA 1KV5A 2P1FA 3W7OA 3DFOA 3PVFA 1QO2A 4MIMA 3LCIA 4K6AA 2J6XA 3TKFA 3UWZA 3T40A 3SGUA 1JJKA 3NQVA 5AHLA 3PUEA 3UWUA 1HUVA 5F1VA 1QOQA 3FIGA 1YADA 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 1PII A;  3TAO A;  4CCE A;  4FIQ A;  5AYZ A;  4WUI A;  5DXY A;  3WJW A;  4LVD A;  3HGR A;  3INP A;  3NNT A;  4DF0 A;  4JX4 A;  3PS7 A;  3BK0 A;  3LRL A;  3TSM A;  5FF2 A;  3RFA A;  1OFP A;  2QCG A;  2J27 A;  4OU1 A;  3P82 A;  2CLM A;  3TW6 A;  1V5X A;  4QNW A;  3NR0 A;  1R30 A;  1F2J A;  3L5M A;  3THQ A;  3GX9 A;  3EWU A;  3RMJ A;  1CX9 A;  4PTN A;  1JUB A;  4Z1B A;  2ZRW A;  4WOZ A;  2NV2 A;  1DHP A;  4FNP A;  1IXQ A;  1SFJ A;  4FEZ A;  1GVR A;  3UWQ A;  1DQW A;  4QJ1 A;  1OFB A;  1RQB A;  3G18 A;  3WJZ A;  1P4C A;  3PY2 A;  4UR8 A;  5DEL A;  3I65 A;  3W75 A;  1LZO A;  1T8X A;  1EPX A;  4UR7 A;  4NXK A;  3M0Z A;  1BTM A;  3N19 B;  3B04 A;  2A21 A;  3PBV A;  3N34 A;  1JRC A;  4LY8 A;  2F84 A;  4MJM A;  4UTW C;  3UPB A;  2A85 A;  3PR2 A;  4LWW A;  3G1A A;  2B4G A;  4O0Z A;  2YDA A;  3W1P A;  1LOS A;  3EXS A;  4UMC A;  3AJX A;  3W2L A;  1I45 A;  3B0U X;  4LUI A;  1B3O A;  3QMT A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 1FWH C;  1HW6 A;  1UOK A;  4MB4 A;  3GU1 A;  4IIG A;  1XLF A;  5CAK A;  4MFD A;  3V18 A;  1RCO B;  2GJN A;  4DLF A;  2WVV A;  4HNT A;  4XZI A;  4L80 A;  1R9Z A;  2C14 A;  1V08 A;  3GNP A;  2HEJ A;  4S3D A;  4H19 A;  4GJJ A;  4B4F A;  4XTI A;  4UOQ A;  4XZL X;  2I7G A;  3CZK A;  5A8M A;  2VDG A;  3RM9 A;  2G97 A;  1K03 A;  3OBK A;  2ZDS A;  4UCF A;  2YOC A;  4W88 A;  2G4J A;  3FEQ A;  1AUS L;  4OT7 A;  3H2M A;  4RV8 A;  3N4F A;  4GRS A;  2QYG A;  2PTD A;  1QW7 A;  2ZX6 A;  2VNC A;  4AHP A;  3EOS A;  2D1Z A;  1EL3 A;  3WLM A;  4JTH A;  2VL4 A;  5CBI A;  4IPL A;  3E0L A;  3OBE A;  5DLC A;  3UXI A;  2Z2U A;  4FO4 A;  1LBM A;  4NQ1 A;  4KCW A;  2AGK A;  4AF0 B;  2G3I A;  4U33 A;  4RXF A;  1IR1 A;  3IJI A;  3VIN A;  4DI8 A;  1OIN A;  3GH5 A;  4C1K A;  3WUG A;  2D22 A;  4FR6 A;  2C6Q A;  1KW1 A;  3DUG A;  4R88 A;  4ZOC A;  4AZ7 A;  2NUY A;  2OT0 A;  1H2J A;  4YVP A;  1LYX A;  1E73 M;  4L7Z A;  5T8G A;  3RND A;  5FSD C;  1FCU A;  4MWA D;  3M0J A;  1RR2 A;  2QDG A;  5BOF A;  1SZG A;  1EJT C;  3BCD A; 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 2XIM A;  3K1D A;  4HN4 A;  2GDV A;  4NHV A;  4ZTY A;  4RKA A;  2PRM A;  2I9E A;  2WHK A;  1EGZ A;  1W9X A;  2GUU A;  3G0S A;  2INF A;  3USZ A;  2P8B A;  2PLM A;  4PMO A;  4YNG A;  1Q66 A;  1VEO A;  2W91 A;  3LOT A;  3W85 A;  4F0H A;  4AVO A;  2PMQ A;  2HRW A;  2V5K A;  3AHX A;  4NZ3 A;  3UQN A;  3HF3 A;  1U5V A;  1Y0E A;  1TTI A;  5EFD A;  1UWT A;  4AZ6 A;  4G7E B;  1MVY A;  2BY0 A;  5AYZ A;  4WUI A;  1UD2 A;  3WH9 A;  1GKR A;  8XIA A;  3B8V A;  4JKL A;  3PS7 A;  1S1R A;  3SBF A;  5GPR A;  2PWF A;  4JQ1 A;  1E6N A;  3A64 A;  2QT3 A;  1KR0 A;  1OFP A;  2QCG A;  3P82 A;  2CLM A;  3VGH A;  1XJB A;  3TW6 A;  5C2G A;  3T09 A;  1GGO A;  1VBJ A;  3SRD A;  3H2F A;  3R8G A;  2ZUU A;  4QNW A;  1CT5 A;  1R30 A;  3ARU A;  1F2J A;  4R7O A;  3L5M A;  1QHZ A;  4AZH A;  3OBA A;  3GX9 A;  1KWK A;  4GIN A;  3QR0 A;  2NV2 A;  4M81 A;  4WOZ A;  3ZVH A;  2MUC A;  3FAX A;  4LYP A;  3H7V A;  3OP2 A;  3QPE A;  3S9I A;  4E3V A;  4QLL A;  4AFY A;  2J7H A;  3C86 A;  1LZO A;  5IDZ A;  1VBH A;  1HX0 A;  1UD4 A;  1R3Q A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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