1ML1A

Protein engineering with monomeric triosephosphate isomerase: the modelling and structure verification of a seven residue loop
Total Genus 96

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
96
sequence length
242
structure length
241
Chain Sequence
SKPQPIAAANWKSGSPDSLSELIDLFNSTSINHDVQCVVASTFVHLAMTKERLSHPKFVIAAQNAGNADALASLKDFGVNWIVLGHSERRWYYGETNEIVADKVAAAVASGFMVIACIGETLQERESGRTAVVVLTQIAAIAKKLKKADWAKVVIAYEPVWAIGTGKVATPQQAQEAHALIRSWVSSKIGADVAGELRILYGGSVNGKNARTLYQQRDVNGFLVGGASLKPEFVDIIKATQ

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
EMPTYTI4 (215-218)S1 (7-11)S3 (60-64)TI5 (225-228)S2 (38-43)TI1 (57-60)AH2 (45-54)AH3 (70-86)S4 (90-93)AH4 (96-101)AH5 (106-119)AH7 (138-152)3H1 (156-161)S5 (122-127)AH9 (200-205)S6 (162-166)TI2 (168-171)TI3 (169-172)S7 (208-210)S8 (230-233)AH11 (241-248)TIV1 (211-214)AH10 (218-224)3H2 (235-238)AH6 (131-136)AH8 (180-198)TII1 (171-174)AH1 (18-30)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Isomerase
source organism Trypanosoma brucei brucei
publication title Protein engineering with monomeric triosephosphate isomerase (monoTIM): the modelling and structure verification of a seven-residue loop.
pubmed doi rcsb
molecule keywords TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
total genus 96
structure length 241
sequence length 242
chains with identical sequence C, E, G, I, K
ec nomenclature ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date 1996-09-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00121 TIM Triosephosphate isomerase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1ml1A00
1RQBA 4K6AA 3W9ZA 4WY0A 1XCFA 4M19A 3W1UA 4X2RA 1KM5A 3T4CA 3NGJA 1SW0A 1X8FA 3I65A 3C0JA 3DHFA 1GWJA 3EXRA 1LDCA 4WOZA 2J27A 3A5VA 3N3MA 3M5VA 4JTGA 2X30A 1SFJA 3NZRA 4M6VA 3W7GA 2ATSA 4K8EA 3NOEA 3UYCA 3BW3A 2PCQA 3NQMA 2OMAA 4CCCA 2V81A 2YGYA 3BV4A 3PWAA 5ABTA 3HG3A 3MYPA 5E0KA 3DZ1A 1G67A 1PHWA 3G1FA 5AHLA 3UPBA 3P81A 1H63A 3GYEA 3HMJG 1W3NA 5IBXA 1BKSA 3LTYA 2Y89A 5FF3A 1M7OA 3TE9A 5EMUA 2GQ8A 3UXDA 3W70A 5F2LA 1OK6A 1WA3A 2R94A 1X6UA 3W7NA 4EF8A 2QCDB 4Q32A 1DOSA 5CZ0A 3PS7A 5D05A 4RZ5A 1WQ5A 1SZEA 1TJPA 1TPB1 3CQ0A 1JULA 1O95A 2DZSA 3UD6A 3VI2A 2J9YA 3UPWA 3NNTA 2NLIA 4Z1CA 2CZEA 4WXYA 3G0SA 2WNNA 1T96A 1G7VA 2CZDA 3IGXA 4O18A 1OFPA 6ALDA 2Q3OA 2ZDRA 2YR1A 4AHQA 3W1NA 1JCYA 3WK2A 1AG1O 3MJYA 3KOFA 3TIMA 3LCLA 1ICPA 3OVPA 3GZ3A 3TMQA 4RCXA 3M1ZA 2OZ0A 4WQ6A 5HINA 4LVAA 4AF0B 4LS2A 4MZYA 3ATYA 1PE1A 3I7RA 3BPWA 2QCCA 2FDSA 3QYQA 3QW4B 4O54A 1XKYA 3IGSA 5C55A 3HGSA 1EPXA 3KRZA 2V5LA 2ATMA 1K03A 3EXTA 4OGZA 1FDYA 3NYZA 4XBSA 5F2MA 2CZ5A 3BGJA 3NQ2A 3N14A 4IMFA 4UR8A 1THFD 4PODA 1XBZA 3GDKA 2C15A 2VKZG 4DF2A 3TQKA 4HT3A 3C2FA 2ZRVA 1KM3A 3M7WA 3QRHA 1Z44A 4O11A 2NV2A 3B04A 3W74A 3ZR4A 5K4XA 4FX8A 1UASA 3NQ7A 2JGQA 5TBOA 3LCWA 1U83A 4OQVA 1KM6A 2PRMA 3UNDA 2CU0A 4UFHA 3YPIA 5D09A 2A7PA 3BG9A 2Y7DA 4N6FA 5I3KA 2HTMA 2EKCA 4MVAA 3EB2A 3VFLA 3LCXA 3IEBA 4IQLA 3LRKA 4Z08A 3NPUA 2WNQA 3N34A 3QM3A 3IVSA 5HULA 5HNRA 4I7WA 2V9DA 3ABSA 1GTHA 1GQNA 3LXCA 3QW3A 3MHGA 5AHIA 4H4IA 3MWAA 2ZBTA 4O12A 3P80A 4OWGA 3IIZA 4NX0A 1QCWA 3OVRA 1KA9F 1TCDA 1TPVA 4FXSA 4QNEA 3CB8A 4ZMGA 1TPDA 7TIMA 4FNTA 1YLVA 5FESA 3GDTA 1Q6QA 3TFXA 4NJIA 2ABBA 2W6RA 3TROA 2B4GA 4LY8A 3H53A 1ME7A 3PG8A 1GVOA 3L65A 3M44A 1LRQA 1W31A 1OFBA 4ORIA 3DH7A 1OFDA 2VXNA 3F1QA 1XL9A 3WJXA 5FEXA 5BW6A 1IXNA 4UNLA 3C3NA 1HUVA 3W7CA 5EA9A 3NR0A 3BW4A 4LV4A 4BF9A 3R12A 3KVLA 2Y7FA 3SZ8A 4OU1A 3M5ZA 4DXVA 1PV8A 3PY2A 1K7EA 4DELA 3ZFHA 4O14A 2R91A 1OX4B 1QPOA 2FIQA 2HS8A 1C29A 3DBPA 3N19B 1F6KA 1JCLA 2ZRZA 1TPUA 2BLEA 3E49A 2QCGA 1DKWA 4JX5A 2WNZA 3W87A 3PUOA 4NT0A 3EWBX 1OK4A 3GNNA 3LV6A 4JEQA 4L4MA 4K7YA 3SFKA 2BTMA 4EIVA 2WPBA 1Y0EA 2TPSA 1WOAA 4JTHA 3NM3A 1TB3A 3OBKA 3LRMA 6TIMA 4O1CA 3GDMA 1F2JA 4CCDA 1KFLA 3NQAA 2QAFA 3SR7A 5LZLA 1SR9A 5LNSA 2P1FA 4JYEA 4AHOA 4YL2A 4XZ9A 3E9AA 4JN6A 1ZAIA 4JNMA 1SO6A 1Z41A 3NQDA 5K3VA 1F76A 2WOQA 3M41A 4MLRA 4MYXA 2QCMA 3O6YX 4KWWA 4P61A 4MLJA 4FXRA 3O16A 1RZMA 4IX2A 2B7PA 3W2JA 3B0UX 1KV8A 1SSGA 4RK8A 2FPYA 3IRDA 1LLZA 2F84A 3OEXA 2ZZ6A 3W7OA 5F2GA 4CLMA 1CX9A 5J5RA 4N9EA 1W3IA 2V8ZA 1EUAA 3FKRA 4NU7A 5CZJA 3NDOA 4BWLC 1L2UA 2GJLA 3UY8A 1A50A 3TXZA 3U8GA 1EA0A 3FOKA 3S8HA 1IXPA 3GK0A 5D37A 2VFGA 3BK0A 3SY5A 3C2VA 1FXPA 4WOQA 1W0MA 1VYRA 1LCOA 1H7PA 4OV9A 2QR6A 4CNOA 3QF0A 1VYPX 4GBUA 3O06A 4AB4A 3L5AA 1SO5A 1EUNA 3ELFA 1D3GA 1M7PA 2Y63A 3ATZA 5D2YA 4AEOA 2X2GA 4UR7A 2J9XA 3OHIA 3P82A 3UZ5A 1XDMA 2TRSA 1ICSA 3DXIA 5EPDA 3CPRA 3C61A 3T40A 3ZS4A 3WJWA 3LCFA 1B4EA 4Y6GA 3S1XA 4N2YA 3NEVA 1MEWA 4MJZA 4O0KA 4GUJA 2PRHA 4UFJA 4IMDA 1GPWA 4HN4A 1ZAJA 5CPLA 3KRSA 3LLDA 3W7HA 4UTJA 3TW7A 1Q6RA 2ZYFA 2C13A 3TR2A 1NVMA 4TU1A 1AW2A 3QFEA 4PL2A 2PE4A 3VE9A 3TUUA 2QKFA 3TJLA 2RHGA 3FJ6A 3HG2A 1LBLA 2E5BA 2PURA 2CLOA 3W85A 1DQXA 3RK8A 2ISVA 1GYNA 4PC8A 3C2RA 1RQEA 3TW6A 5K9XA 2ZZ2A 3A24A 3FS2A 4IPJA 5C54A 3KXQA 1FXQA 4MOZA 5SWUA 2E6FA 2NZLA 4LRSA 3K30A 4AAJA 2C1HA 2NXHA 1J4EA 1E51A 3F03K 3KVJA 2ZRUA 4O1AA 2ZA2A 3NL6A 1Z42A 3S5NA 4X3ZA 1VZWA 3MYOA 1UB3A 4K36A 3VKJA 3QMRA 3W86A 1KTNA 1KTCA 4LU0A 4M6QA 1SFLA 1OG0A 1KFBA 2NXGA 5AYXA 1OX5A 4QISA 1R2TA 5FEZA 4BK9A 4JDYA 3TSDA 5L6UA 1QFEA 3G3DA 4LC6A 5BMWA 4DQWA 1RVGA 2G96A 2YYUA 1I45A 2NWRA 5DCBA 3PM6A 5D33A 3LRLA 4N9CA 1LZOA 1FCUA 3EX1A 5AHEA 1LLWA 4IUOA 4R33A 1EP1A 5KZMA 2YYTA 3W07A 1VCVA 3OVQA 2GVGA 1W5OA 3QEZA 1BTMA 4QITA 3LLFA 2VEPA 2H8XA 3W1RA 3GKAA 2JK2A 3DAQA 3VNDA 1ME8A 5EL1A 5HWNA 3RU6A 3EWZA 1YDOA 3HB9A 4MJMA 2J24A 1IF2A 2YPIA 5DLCA 1XUUA 3EXSA 4A21A 1OX6A 4BI6A 2QUVA 2FPTA 1R46A 3QMTA 4JY8A 3B0VC 4RXGA 3GR7A 2Q8ZA 5EY5A 3FKKA 1JRCA 5AN7A 1QPQA 3VCRA 2QDHA 1MSSA 3WK3A 4RV8A 1HL2A 4S1FA 3W7KA 2V0TA 2NUYA 1P1XA 5E1QA 3EKZA 4LS1A 3OA3A 3NO5A 1NEYA 2GQ9A 3ANYA 5MHBA 4XKYA 3GKFA 4ZL1A 4CNPA 4QNWA 1ZHAA 3BARA 1W37A 1GVQA 3Q2DA 2WSQA 1DL3A 2QCFA 4ZVJA 2RDTA 2EF9A 4LC8A 1FDZA 4JTTA 1AW5A 3BG3A 4UFIA 4O4WA 4WZHA 4XKYB 5HUPA 1TPFA 5KTLA 4YCPA 1EWDA 4JGDA 2B7QA 2AAMA 5E93A 4DBEA 1JCXA 1VJIA 4FX7A 3V75A 2VFDA 4PL1A 1UJPA 2RKXA 1WBJA 3O6CA 1V7YA 3GAYA 3P60A 2J88A 4O28A 3CWOX 4C1LA 4HNUA 5FF0A 3S42A 3LHZA 1Q45A 3MP5A 3O8AA 4OT7A 1TPEA 1YXDA 1XBVA 2Y7GA 1DJQA 4O19A 5F1VA 2A0NA 4WD0A 2DZVA 2QCDA 3GB6A 4GRSA 3LOTA 4O53A 1CW2A 1JR1A 1PCWA 5KZDA 3DKLA 2NXIA 4EWND 3MI3A 3W73A 4DO6A 2R8WA 3TQVA 3M0ZA 3G1SA 1NF0A 3THAA 4IPIA 4N6EA 5AHNA 4ADUA 3LCIA 4FIQA 3W2UA 3JS3A 4JY9A 4NJJA 3CM4A 4KFNA 2ZQ0A 4FNUA 1H62A 3HPZA 3VE7A 4M7TA 3KHJA 5LHFA 3TV8A 4K39A 1TV8A 1H7OA 1SZFA 4AF0A 1XBXA 3PR2A 5F4SA 4GUGA 1DV7A 3N2MA 4JIQA 1H51A 1SSDA 2HS6A 1KM2A 4EVZA 3UWYA 2DP3A 3RLVA 4WY0F 1GG1A 4S2CA 3CHVA 3HGOA 3RF9A 4UTWC 3W6YA 3H55A 5KINA 3E0IA 2QJIA 1I2NA 2B7OA 1PCKA 3TJXA 1I2QA 3NPVA 5IM51 3MW7A 2FB2A 4JTEA 1L6WA 2BZNA 1RPXA 3W71A 3DU0A 5AFDA 4XBKA 5K9CA 2B7NA 1TSIA 2A7NA 3HGRA 1OF6A 2FPVA 3W1TA 2QCHA 4JTSA 4BI5A 4WXZA 4PFMA 3S6DA 3CIWA 3M16A 4HPJA 4HNVA 1A53A 3BLEA 4FNQA 1I2PA 2P0OA 5KSWA 4FIRA 4HSNA 4WX2A 2UV8G 5L9FA 4IXHA 3QPZA 1ZNNA 4OBTA 3FEMA 4BI7A 5C5YA 2DJLA 1FBAA 2ISWA 4J9JA 1QDSA 3TXVA 2ZZ7A 5D2VA 3PBVA 4O52A 3TDFA 5A5WA 4O8RA 4E38A 2WQPA 3U2OA 3R89A 2BXVA 3NG3A 1DQWA 1B3OA 3V1PA 3MI6A 2ZRWA 2GPTA 1ZALA 4UUIA 1ZCOA 4UIOA 3OIXA 5I3HA 4CQ9A 1GEQA 1VR6A 1RR2A 3B03A 4TMCA 3MBDA 3P61A 2Z6JA 4LVBA 4CNNA 1VCFA 2A85A 3LDVA 3PULA 4MUZA 4QIUA 2DZUA 4Z1BA 3W7IA 1HO1A 1XUZA 1A5CA 4JS3A 2ZTJA 4Z1DA 1SPQA 2WKJA 2CLFA 5EYWA 4GWEA 3CIXA 3LXBA 5G2WA 1PVNA 3HIJA 3G8RA 3MHUA 1W54A 4TMBA 2DZTA 4RLIA 3SGUA 3G8EA 3O07A 1NSJA 1KFEA 3L67A 1TTPA 2OCZA 2VOMA 2XFWA 3GVGA 3INPA 5AHFA 4M5PA 5I3FA 2QCEA 1TO3A 2NUXA 3P8JA 2A2IA 4R7JA 3Q58A 4O15A 4ZZ9A 3TC6A 3NQ8A 4BR1A 5D32A 4JTKA 2H3BA 1W5NA 1F5ZA 3UWVA 5LKYA 3FA5A 1TRIA 4UTMA 1OX4A 1FX6A 3UWUA 1EP3A 4KFPA 5AOUA 2YDAA 1M5WA 4JX6A 1V5XA 2V82A 5BNKA 1L6SA 1W5PA 5BMXA 1GT8A 3A9IA 3EX4A 2QCLA 3HOJA 1SO4A 2YSWA 1F74A 4BWLA 3A5FA 5F4XA 2O7QA 4UTLA 3L9CA 4N9DA 2ZZ4A 2V30A 2YW3A 5CSRA 4ADSA 5FF2A 2X1RA 1OFOA 3W23A 3IV3A 3DFPA 1G6CA 4POCA 1NAL1 3PC0A 1TV5A 4O17A 1G7UA 1KFKA 1YADA 1FUYA 4JIPA 4JYFA 4LNYA 3STCA 1YYAA 1K8YA 4MY9A 2ZTKA 1VHNA 1WYIA 4RZ6A 3PUDA 4LW7A 2J9ZA 4MZ1A 4JTUA 2CLIA 3RLUA 1DORA 3UXAA 1XXXA 4NXKA 2JKEA 1A5BA 4NZFA 3DI0A 3LCHA 5HR7A 5CZTA 2QF7A 1VPXA 3G1VA 3N9RA 2C14A 3W22A 3TA6A 4JYDA 4QQ3A 4GUIA 4E2DA 1HTIA 4MIMA 3G1YA 4RJEA 2CLKA 3EKLA 4GXMA 3CU2A 3W2MA 4LT9A 1N7KA 3SI9A 2YZRA 1ZFJA 1ICQA 3T55A 2ZFAA 1KM4A 2FB3A 3P5YA 1I8JA 2A6NA 1SUXA 1H7NA 3W1AA 5U7SA 2XN2A 4HHPA 3D0CA 4UC5A 5C6MA 3NXFA 3WK1A 3G1AA 1ZY9A 4O57A 4CQ8A 1IGSA 4RX0A 5K4ZA 4LOCA 3GNDA 2VFEA 5T26A 3PVFA 1FCBA 1VYSX 3LCGA 2WO5A 2V2CA 3O1NA 3MUXA 5LNUA 1G4PA 2ZZ3A 2VEMA 2JBMA 1LOSA 2ABAA 1ME9A 5G1YA 2GUUA 3M5XA 3G1HA 2C3ZA 1YPIA 4MYAA 1FWTA 3TAKA 1IIHA 1QO5A 3G0UA 2O7SA 4U28A 4PH6A 3HPXA 1YDVA 1MO0A 3IGUA 4NNCA 3G0XA 4YXGA 1JCNA 1OF8A 3C52A 2NX9A 4FHAA 5HQEA 3WJYA 5FF7A 2EHHA 3HF3A 3N73A 3L21A 1QAPA 4IX0A 3BO9A 2A5HA 3W7LA 1TTJA 1J2WA 4UFKA 2ZA3A 3GAKA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1GUV A;  2BBF A;  2I9U A;  2ZX5 A;  1P0B A;  2NV9 A;  1C8Y A;  7TAA A;  4X2R A;  1CBG A;  3GTN A;  1KM5 A;  4I8D A;  1N8W A;  3I65 A;  4QFU A;  4GX8 A;  4Q7B A;  1GWJ A;  5T91 A;  2J27 A;  3PJW A;  3CNY A;  3A5V A;  2GJX A;  4IJR A;  4M6V A;  3ZVH B;  2ATS A;  2NVC A;  2PTZ A;  3UYC A;  1I0B A;  2BOD X;  4G7F A;  2OMA A;  2V81 A;  1G67 A;  1PHW A;  3G1F A;  4I6V A;  5AHL A;  4MWA A;  3ALF A;  4GJI A;  2G37 A;  1BKS A;  3LTY A;  4AD2 A;  3TE9 A;  1M7O A;  4AU0 A;  1S1P A;  2HDJ A;  2WLY A;  3UXD A;  2AL2 B;  1XS2 A;  5F2L A;  1WA3 A;  3QYS A;  4LYP A;  3AS2 A;  3AUJ A;  3MO4 A;  5HDR A;  2J7F A;  1M01 A;  3NQB A;  4Q32 A;  3VIJ A;  5D05 A;  1HGY A;  4RZ5 A;  1WQ5 A;  4CU6 A;  1CLK A;  1ZRQ A;  4MDO A;  3VIO A;  3UPW A;  4KEU A;  3G0S A;  2YA2 A;  3NTY A;  1HKV A;  3V35 A;  6ALD A;  1ZS2 A;  3BJT A;  2YR1 A;  4AHQ A;  1MFU A;  3GTX A;  3WK2 A;  1AG1 O;  1GOQ A;  2V5D A;  3KOF A;  1J0H A;  3LCL A;  1YDY A;  1IE7 C;  3N04 A;  4IG2 A;  2XM2 A;  3GZ3 A;  3H12 A;  1HJV A;  1ZP3 A;  3LQL A;  1QI3 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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