1ML1A

Protein engineering with monomeric triosephosphate isomerase: the modelling and structure verification of a seven residue loop
Total Genus 96
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
96
sequence length
242
structure length
241
Chain Sequence
SKPQPIAAANWKSGSPDSLSELIDLFNSTSINHDVQCVVASTFVHLAMTKERLSHPKFVIAAQNAGNADALASLKDFGVNWIVLGHSERRWYYGETNEIVADKVAAAVASGFMVIACIGETLQERESGRTAVVVLTQIAAIAKKLKKADWAKVVIAYEPVWAIGTGKVATPQQAQEAHALIRSWVSSKIGADVAGELRILYGGSVNGKNARTLYQQRDVNGFLVGGASLKPEFVDIIKATQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Protein engineering with monomeric triosephosphate isomerase (monoTIM): the modelling and structure verification of a seven-residue loop.
pubmed doi rcsb
molecule keywords TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
molecule tags Isomerase
source organism Trypanosoma brucei brucei
total genus 96
structure length 241
sequence length 242
chains with identical sequence C, E, G, I, K
ec nomenclature ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date 1996-09-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00121 TIM Triosephosphate isomerase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1ml1A00
3CEPA 3Q2DA 1T99A 1KTBA 5BW6A 2QDHA 2Y7DA 2NX9A 5LZLA 3G0UA 5LNUA 1K02A 5HNRA 5FEWA 2ISSA 2OJPA 1EB3A 3U6WA 4XKYB 1PHWA 4GFSA 5D2XA 1OFPA 4NZJA 1FDYA 2A7NA 2JGQA 4GWEA 2GJLA 1JUEA 4MYXA 5I3HA 3S5ZA 4FNTA 4OE7A 3GNDA 3P80A 3V75A 5CSRA 1R47A 3R2GA 4ZQOA 3SFKA 3A24A 3MW7A 5KSWA 1BEUA 2DU2A 3IEBA 4XUGA 2B4GA 3T4CA 4BR1A 3QQ1A 4UXDA 3TE9A 1S3HA 2O7QA 3NM1A 1LDCA 2J24A 4ICNA 1JULA 2VFIA 1QOPA 2ZRYA 3UZJA 4R34A 4E2DA 3O06A 4ML9A 3EXRA 3C2FA 1Z48A 1K8XA 3LCFA 3OVPA 2R91A 3GIYA 3W70A 2GQ9A 2BSLA 4Z1AA 4O11A 3QF0A 3L5AA 4TX9A 2WPBA 3H54A 3S5YA 3W7MA 2VXNA 1X8FA 2P0OA 4O28A 4PEKA 3OVQA 3R12A 1YTDA 4JYEA 4UTWC 4FEZA 3P5ZA 3B4UA 2DP3A 2NXGA 2Y89A 5EPDA 2TPSA 1TV7A 2WNZA 4JD4A 5I3JA 1GOXA 1ZJIA 1TREA 3HPZA 4R53A 4WJEA 3W84A 2YPIA 1VJIA 4UTHA 2H3DA 4BK9A 4UCGA 3PSVA 1FXQA 2E1DA 4JIQA 5AHEA 1JUBA 2YCEA 5IBXC 2Q8ZA 1R46A 3G18A 5D2TA 1GVRA 1EP2A 2PCQA 4MZ8A 4LU0A 2NV1A 2JKPA 4NNAA 4S1FA 2DZUA 4GUIA 2Y63A 1K8YA 3QW4B 4N9EA 3E0IA 4A2SA 3TJXA 4O57A 4IUOA 1DBTA 1KTNA 3NQGA 3W2NA 3OA3A 1OJXA 3QJAA 4L4MA 2GQAA 2OZ0A 3HPXA 3FEMA 1C29A 1F7BA 5K9DA 1O95A 4A21A 3LBMA 1SZNA 1A5CA 4BI5A 3O16A 1K3UA 1PCWA 3E02A 1KV5A 4OHQA 3TU9A 4JDBA 2ABAA 2XN0A 4O1BA 3TSMA 5I3FA 1JVNA 1G6CA 4LVDA 3CU2A 3P82A 4WUIA 1OF8A 3G24A 1F6PA 1YDOA 2E5BA 2CLOA 1ZCOA 2ISWA 1XI3A 1W3IA 3R13A 4O0ZA 3W7NA 3NO5A 1MSSA 2TSYA 3P84A 4AHOA 2FB3A 1A5SA 4A29A 2XN1A 4GJ1A 4MY9A 1OK4A 1WBJA 1LRQA 1TO3A 3FS2A 4LNYA 3CIXA 4UR7A 4UFLA 1P4CA 6TIMA 4TIMA 1KFKA 1AL7A 1QOQA 3IIPA 4GC4A 1VQTA 5AC7A 3UY7A 4IPIA 5AHFA 3A5VA 2QJIA 3AJXA 3MBDA 4CQ9A 1SW0A 3FYOA 3O6DA 2QCEA 4FX6M 4RZ5A 4XWUA 4LVAA 1WAUA 1W5OA 3DFTA 4MLRA 3BGJA 3G1DA 3C0JA 4NU7A 4QAIA 1ME8A 1QMLA 2V9DA 1YXYA 1G69A 3C61A 4O15A 4UFHA 3LB0A 1ADOA 3NQ8A 1IXQA 3KX6A 4QSHA 1I2RA 4IWWA 4MUZA 3PUEA 5U7SA 3VCRA 3NQMA 3ZFHA 1AK5A 5A8GA 3MHGA 4HNUA 1Q3NA 4ZVJA 3VKJA 3B0UX 3I7SA 3F03K 1FUYA 3LCHA 1XBYA 5GVJA 4FNQA 4MJMA 2B7NA 3STCA 2RDUA 2NUXA 4GXMA 1QPOA 4NJGA 4M6PA 1ZAHA 1AG1O 4NZFA 2GVLA 3KRSA 1EUNA 3WJSA 4ZQMA 3HIJA 5AN7A 1PV8A 3GVGA 2DJLA 1GJPA 4GUFA 4X22A 2OMAA 1X1OA 4O17A 2V5LA 3TSBA 4AWSA 2YGYA 4CCCA 4TMBA 4JNMA 4UNKA 5AHIA 3OVRA 3BGGA 3Q37A 5G2HA 4XTDA 1KM2A 5D02A 4FIRA 4O1DA 3W1QA 4AAJA 5KTLA 1FWNA 2ZZ6A 3STFA 5G4EA 3KFTA 3KRUA 1AW2A 1I2QA 5D09A 4CCEA 4OV9A 5CZJA 2GVGA 3KVKA 3BLEA 4AWUA 4K39A 1VPXA 3M47A 4O54A 5D2YA 5LNRA 1ICSA 1H1YA 2FPVA 1KM1A 3DZ1A 1RQEA 2NWSA 7TIMA 4QQ3A 5EMUA 5DBTA 3E12A 3FIGA 1AL8A 3N9SA 1KLYA 2JK2A 3EXSA 4N6EA 1TTJA 2V82A 4K7VA 1JJKA 1TPDA 1DOSA 3R8RA 3S6DA 4UMAA 5D38A 3W88A 3LBCA 1SFLA 3H53A 4MYAA 5D04C 4MFEA 1SO3A 1EX5A 1IIGA 1SU5A 5C2XA 1GVSA 2ZZ4A 3IIVA 5AYZA 3TKFA 4LT9A 1CX9A 3W1TA 3W1NA 3QSRA 1LLZA 3RK8A 1SFJA 3QZEA 2JKAA 2QCCA 3OBKA 3W7JA 2YR1A 4GRSA 3TC7A 3CT7A 3PB0A 1IF2A 3UNDA 3WK2A 3RNDA 4EF9A 2G95A 1GG0A 1WYIA 1H61A 1P1XA 1M5WA 4K8EA 3O07A 1NFBA 3NG3A 4JTLA 5D30A 4Z1CA 3NNTA 4Q4KA 3NXFA 3W2JA 3UXDA 1NVMA 2CLMA 3NR0A 2V2DA 2QAFA 2ZRZA 3GAKA 1GTHA 3QEZA 4DO6A 3TH6A 2DJXA 1S5TA 3O6YX 2X1TA 3W7KA 2CU0A 3W9ZA 3W76A 3I7RA 5TBOA 4X2RA 1XBXA 1OG0A 5ABTA 4BWLA 4YLWA 5DELA 2BXVA 4UTTC 2NZLA 3LHTA 4UTKA 1D9EA 2PRLA 3GB6A 2C6QA 3W23A 1AMKA 1DV7A 1WA3A 1TPC1 3TW7A 2Q8LA 3EWZA 3QQ0A 3BG9A 1YPFA 3L0KA 2X1UA 3W75A 1Q6QA 1DJNA 2YXGA 4JTJA 4EF8A 3JS3A 1OYAA 4EIVA 1ZENA 2ALDA 5E93A 1UB3A 4O4WA 5BMXA 1XL9A 2RH9A 4EOUA 2IQTA 4HNNA 1JR1A 2ZQ0A 1LROA 2J27A 2PRMA 4LVBA 3M1ZA 1X1ZA 3LCLA 1LLWA 2LLEA 2ISVA 4R33A 4XZ9A 3SJ3A 1QDSA 3EX2A 2CZFA 2Z6IA 1LOLA 3LI1A 4JGDA 1NF7A 2QCGA 2VFHA 3SY5A 1TPFA 4HSNA 4HN4A 1C9DA 4D2JA 1FQ0A 2GOUA 3Q94A 1G7VA 1VC4A 2Y7GA 2HSAA 4LVGA 1H7PA 3QMSA 3E96A 3GXTA 4IMFA 3GLCA 1GVQA 3QFEA 2QJGA 4UFKA 2E6DA 4IMEA 1K8ZA 3LCIA 3W73A 1GZGA 4MJZA 1VH7A 1ICPA 3NPUA 1MZHA 1DKWA 3OEXA 3LHWA 3DKLA 1LCOA 3M16A 2VELA 4AHPA 1MO0A 5DXXA 4B5NA 4PCFA 5EY5A 2R14A 3PSWA 3P8JA 2I14A 4FXSA 3LM7A 5AC6A 1F73A 1W5NA 4IMGA 4JDYA 1KFBA 2X30A 1TRDA 3EWXA 4O50A 1TYGA 4NX0A 1YPIA 2JBMA 1HTIA 4O8RA 3LDVA 4K38A 1GEQA 2NWRA 4C1KA 1ZHAA 3GKAA 4XBKA 1KFCA 1RV8A 1QNVA 5CG7A 5LSMA 4MLJA 3G1YA 3GAYA 4ALDA 3OHIA 3UQNA 3UD6A 4C1LA 1P0KA 3EX6A 2YDAA 2VEPA 1I2PA 3EX4A 4TMCA 3PF3A 5E1QA 3B05A 1V5XA 1ICQA 4FX7A 1VCVA 3O6CA 1DJQA 3ATYA 2H8XA 4H3DA 3TDFA 3LHVA 3PAJA 3G3MA 1KW1A 4PL1A 1WDWA 2OT1A 4I9AA 5HR7A 2HS8A 3UPBA 4ZL1A 2E6YA 5D2WA 4UTIA 3AO0A 1HO4A 1RPXA 2NXHA 3CB8A 3GKFA 3NQ2A 2C3ZA 2BLEA 1X6UA 1H1ZA 4N9BA 2ZRVA 1LBMA 1W5PA 4HPJA 1W5MA 2AQWA 3L0NA 5C55A 1FDJA 1VHNA 1G4SA 1OABA 1WBHA 3JRKA 5AB3A 2R8WA 3ZR4A 1F2JA 3T55A 3F1QA 2OT0A 1M6JA 4DELA 3GR8A 1KA9F 3MO7A 4EWND 4JS3A 3LHYA 4Z08A 1UUOA 1ZALA 1HO1A 1JCXA 2Q3OA 3FFSA 3UWYA 3LXCA 3TXZA 1LORA 5F2MA 4CNNA 4JTFA 2V2CA 5EL1A 5J5DA 1CI1A 3CPRA 4JY8A 1QCWA 3I65A 1XBZA 5AOUA 4Y8FA 3SECA 1RD5A 4XTIA 3CC1A 1VRDA 2W0UA 1LRTA 5H91A 5LKYA 3ZS4A 4UFJA 4YCPA 4QNWA 4NUWA 3W1MA 4UIOA 1N7KA 2FDSA 3W71A 1TRIA 2V30A 3W3OA 2QUUA 2CLEA 4MIMA 4FNPA 5F4WA 3GDRA 1KM4A 1H51A 1XC4A 2ZZ5A 2OCZA 5CZTA 3N9RA 1KBJA 1JQXA 1SW3A 4WXYA 4YWIA 3DFQA 3QYQA 3EKLA 3CHVA 1VLIA 5BOOA 4JEQA 3N19B 4KFPA 4RX0A 1Z44A 4LWWA 1DQWA 3HBLA 4OQVA 3O8AA 5CPMA 1KLZA 4AXKA 3B06A 3TNOA 1YLVA 3PM6A 3L68A 3H55A 2ZRUA 4IMCA 4IMDA 2R94A 3LGEA 4W9TA 3I68A 4GUHA 3TX9A 4S2CA 4HPXA 4MOZA 3USBA 1EA0A 3FOKA 1LBFA 3I7QA 4HSOA 3F4NA 2RKXA 1KM6A 4ADSA 4GBUA 4NXKA 4DXVA 4JYDA 2VEMA 4M7TA 5LNWA 2A5HA 1XCFA 3S9YA 1G4EA 3HG2A 3M5YA 4MZYA 1OFEA 3K30A 3QC3A 3BG5A 4BI6A 1P5BA 2YFNA 3A21A 3MP4A 4IX2A 4LUJA 2HTMA 3KRZA 4WY0B 4LS2A 3I6RA 1OFOA 4ZQNA 1JCJA 4LY8A 5TIMA 3VE7A 1V7YA 2WJZA 4JTSA 4U4MA 1YADA 2TMDA 5EBUA 1T96A 5CKSA 2E77A 1GQNA 1PHQA 4UTMA 3PBYA 1XUUA 3QRHA 1SZGA 2B0MA 2NX3A 1GWJA 3B04A 4RCXA 2WSRA 3P74A 4AWTA 3M0ZA 3SZ8A 1D3HA 3G1AA 1TTQA 3DFPA 3EX1A 4FNUA 2C19A 4NX5A 5KINA 3MHFA 3IGUA 3B0PA 5HINA 3CWOX 2VC6A 1F76A 3W07A 3NA8A 5HJLA 3TQVA 3SGZA 5J5RA 4NJKA 5G2IA 3NQAA 4X9SA 1K7XA 3LTYA 3LLDA 2VFGA 2G5WA 1W0MA 2F7FA 2YX0A 4LTSA 2W79A 3NQDA 3LLFA 3N2MA 3PBVA 3TQ0A 5DCDA 3NQCA 1B57A 2ZCGA 3CEUA 1FCUA 1WQ5A 2WNNA 4KWVA 3B03A 5C54A 4WX2A 3FKKA 1EP3A 1LZOA 2ZTJA 2E09A 1NEYA 1R30A 1QFEA 4O14A 1EP1A 3BPWA 5KZMA 1FCVA 3NGJA 1SPQA 4UTWA 2C15A 3W1XA 3PR2A 3HF3A 4Z0SA 3HB9A 3NZRA 4WD0A 1OX5A 2NLIA 4M6QA 4JTEA 2B7OA 1UUMA 1RVGA 1WOBA 5H2ZA 3ABQA 4KFNA 1KV8A 1S5VA 5D2VA 1AW1A 1A5BA 1L9WA 4Y9AA 3C6CA 3TA6A 5KZEA 2H90A 3ZWSA 1GYNA 1OFBA 5IBXA 4HHPA 4HT3A 4AB4A 4CQ8A 2QCNA 3QSTA 5BMWA 4QNEA 2C13A 3PBUA 1VCGA 3O15A 3L5MA 5LGZA 3W85A 4DF2A 4TU1A 3N73A 4NNBA 4E0CA 5CGQA 3G1HA 1SUXA 3TCEA 1EPXA 5G1YA 3G1XA 2WO5A 3GDTA 1YDNA 2TRSA 4ADTA 5CPLA 2ATSA 4CCDA 3MI3A 2PE4A 1QPRA 1BWLA 2G96A 2TYSA 4QITA 2VFDA 4NQ1A 3D0CA 4RKAA 4PA8A 5D03A 3WJXA 2FIQA 4UNLA 3QW3A 2EF9A 4N9CA 4YCOA 1TPUA 4O0KA 3MYOA 4RZ4A 3DENA 1F74A 2DZXA 1BWKA 3S1WA 1QAPA 2X1RA 3PG8A 1H5YA 3TAKA 3P62A 4YXGA 3W72A 3MHUA 1ME9A 4IPJA 3HGJA 1QR7A 2J9YA 4O13A 1DHPA 1TJPA 4HNTA 3MJYA 1VCFA 4M6VA 3C4UA 4A2RA 3U2OA 1TTPA 3TK7A 1UJPA 1D3GA 2RDWA 3TMLA 1ZY9A 3N3MA 1EIXA 1U83A 2A85A 1TJRA 2GJNA 1UASA 1PCKA 2QJHA 3C2OA 1I4NA 2QCFA 1GG1A 1E51A 5HULA 1Q6RA 3C2EA 4BF9A 1FWTA 4I7VA 5KZDA 4LVFA 3DI1A 3NPVA 1SSGA 3E9AA 3ABRA 1MEIA 3DAQA 4N9DA 1GVOA 3P5YA 3W1RA 2E5CA 2Y7FA 3TW6A 1G4PA 1O94A 3MI6A 3HPSA 3THQA 1ML1A 1VR6A 2DORA 3GNNA 1G4TA 3FA5A 4ZQRA 4RXGA 1N55A 5SWUA 4FB7A 3GDKA 4O18A 4QIUA 3CIWA 1EEPA 2Y6ZA 1WV2A 3L65A 1H7OA 3MYPA 5LNSA 1EWEA 1OVDA 3G8EA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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