1MO0A

Structural genomics of caenorhabditis elegans: triose phosphate isomerase
Total Genus 95
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
95
sequence length
257
structure length
257
Chain Sequence
STSLYKAGLTRKFFVGGNWKMNGDYASVDGIVTFLNASADNSSVDVVVAPPAPYLAYAKSKLKAGVLVAAQNCYKVPKGAFTGEISPAMIKDLGLEWVILGHSERRHVFGESDALIAEKTVHALEAGIKVVFCIGEKLEEREAGHTKDVNFRQLQAIVDKGVSWENIVIAYEPVWAIGTGKTASGEQAQEVHEWIRAFLKEKVSPAVADATRIIYGGSVTADNAAELGKKPDIDGFLVGGASLKPDFVKIINARSTA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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connected with : NaN
molecule tags Isomerase
source organism Caenorhabditis elegans
publication title Structural genomics of Caenorhabditis elegans: triosephosphate isomerase
pubmed doi rcsb
molecule keywords Triosephosphate isomerase
total genus 95
structure length 257
sequence length 257
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.2.3.3: Methylglyoxal synthase.
pdb deposition date 2002-09-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00121 TIM Triosephosphate isomerase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1mo0A00
3SY5A 1Q6LA 4FIRA 4LS1A 1FDYA 4PEKA 2QCFA 3P80A 1JQVA 1TV5A 1MZHA 3GNDA 1X8FA 3NL5A 1H60A 3LV5A 2A21A 3BW3A 4N4QA 1I4NA 3W7DA 3L65A 4LVBA 4DF1A 1DORA 4LC8A 3AJXA 1HL2A 1YTDA 2Z2UA 5FEZA 4WXZA 4LS0A 2BXVA 5CSSA 4MOZA 3LHZA 3OVRA 5EY5A 2X1TA 4O13A 3QPYA 1GYNA 1EX5A 5AHEA 5DCBA 5U7SA 4KFOA 1TPEA 4IMDA 1WQ5A 4NJKA 3ZFHA 1A50A 1X1ZA 4IPJA 1F7BA 4UTIA 3HPSA 5HJLA 5AFDA 4HNTA 3GIYA 4O50A 1UASA 2V5BA 4OGZA 1LLZA 4JTJA 3Q2DA 1EWEA 4GUGA 2F7FA 4NT0A 3STFA 3H55A 5IM51 3NDOA 3G22A 3QW4B 1LCOA 3HB9A 3W76A 3T55A 5CKSA 4IWWA 3LXAA 5CPLA 4UIOA 3SZ8A 3W72A 4DBDA 5D05A 3UPBA 2ISSA 3P8JA 3E9AA 4K6AA 2NX3A 4A21A 5G2HA 5D30A 4Y9AA 3INPA 1JUBA 1K8XA 2C1HA 2H6RA 2WO5A 4WD0A 1XBYA 3NPVA 3PY2A 2WPBA 3NO5A 3WJSA 5CZ0A 3S5OA 4RKAA 1TO3A 5AN7A 2NUXA 2ATMA 4JR5A 5D37A 3LERA 2NZLA 5HWMA 5D04C 4GE8A 3BLEA 2ZZ1A 4RZ5A 2JKAA 2NX1A 5LGXA 1TJPA 1KM2A 1GG1A 1Q3NA 1W3IA 1M7OA 1NSJA 4AHPA 1F74A 1SSGA 3G0UA 4FNRA 3LCXA 4KFPA 2DZXA 3A9IA 2Y88A 3KHJA 3CEUA 3HF3A 4ZQMA 4S1FA 1K8ZA 3LRMA 5U4NA 4XUGA 3OA3A 1QOQA 3NGJA 4MZ1A 3FYPA 2G95A 4O4WA 1FY6A 3TQKA 4N9DA 2E77A 2NWRA 3B4UA 4FEZA 3T40A 1ME7A 3WK0A 1OYBA 5K2ZA 3A23A 3M5VA 4DO5A 3YPIA 4UTTA 5FEPA 2A6NA 3LCGA 4Q33A 3VCRA 1QPRA 2CLLA 5G4EA 1GVRA 3GDRA 3NM1A 4UFKA 3C61A 2EHHA 1NAL1 3H54A 2X2GA 4UTJA 3FJ6A 3S5YA 5DCDA 1FDZA 3LI1A 1VYSX 5MHBA 4IOTA 3TMQA 3UXAA 1FCQA 2CLOA 3TAKA 1EWDA 2ZZ6A 3N73A 1YDVA 3FLUA 5CG7A 4QITA 4OWGA 2A4AA 5FF7A 1IXNA 3QSTA 3BV4A 3EWBX 1TPFA 2GQ8A 4JX5A 2WSYA 1KLYA 2ZZ3A 4O19A 4JDBA 2WJZA 1G7VA 7TIMA 3G1XA 1G69A 3EWUA 2QCDB 5SWUA 3DBPA 1RR2A 3GVGA 4R53A 3SW6A 1SO4A 4RXFA 3W7CA 1VCFA 2OCZA 4ZMGA 4YMZA 4RLIA 4A2SA 3W07A 4AWUA 4DF0A 1A5CA 5LKYA 3NNTA 5BNKA 4CCDA 3G1VA 1KM1A 4OV9A 4MYAA 3TKFA 2QCMA 3V1PA 3W71A 1OJXA 1TCDA 4UTMA 3GKFA 4XTDA 1VJIA 1H50A 2AQWA 1ZHAA 3N2XA 4N4PA 3W7IA 1IGSA 2C13A 2VFGA 4PH6A 2NXHA 2ZA3A 1W37A 3W1QA 1XCFA 3S1XA 3UWQA 1H1YA 2H3DA 3PB2A 1L6WA 3VI2A 1FWTA 3C2VA 2XN2A 1Q45A 2V2HA 4MY9A 5K9CA 1DV7A 4IMEA 3P7YA 1WYIA 5DN1A 1HTIA 1WBHA 2ZCGA 1DBTA 4K8EA 4Z0JA 1LORA 1THFD 3TNOA 2OT0A 2GJNA 3FEMA 4DBEA 3LHYA 2YYUA 5H2ZA 1VHCA 3DI0A 3IIVA 1IXOA 3MWAA 4X2RA 3W88A 3BLIA 5AHIA 4OE7A 2C14A 3KRSA 1FCBA 3N19B 4P61A 3PULA 2CLKA 6ALDA 3MP3A 3GNNA 3KRZA 3SJ3A 1EPXA 4Z1DA 2QCNA 2ZTKA 1DKWA 1GTHA 3CU2A 5ABTA 2CLFA 3WK3A 5KZEA 5AHMA 1VCGA 1P4CA 3P81A 1LROA 5HUPA 5D02A 4UTKA 1XBXA 1X1OA 5CZSA 1SZFA 4MZ8A 5EMUA 1V5XA 2C16A 2ZRUA 4GFSA 4CNNA 1LOSA 3BW4A 4O0KA 3C4UA 3DFPA 3FKKA 1J2WA 3P8IA 3K30A 1FQ0A 3C3NA 1VC4A 3FJLA 3IEBA 4AWSA 4N6FA 1GZGA 4N6EA 3BVJA 3QSRA 3W2UA 3W83A 3NQFA 3W7NA 4MUZA 3G3MA 3LX9A 4HPJA 4PA8A 1F73A 2JK2A 1VCVA 3DGRA 3NQMA 3DU0A 1R2TA 2EKCA 4JYEA 1A5BA 1GVOA 3LCWA 3MHFA 3G0SA 3W2MA 2QR6A 3BPWA 2C15A 3TSBA 1PCKA 3A21A 4AF0A 4PL2A 5TIMA 5HNRA 3DHDA 3OIXA 4JNMA 2FPTA 2GVGA 1O95A 2ZRYA 2E6YA 2DZWA 4A22A 3I7QA 1TREA 4O17A 3GX9A 2E6DA 2DZSA 4MJMA 4UR7A 1QPOA 3W7EA 4LW7A 4FXRA 4K38A 2V8ZA 3P5ZA 5C5YA 4UNLA 1LYXA 4R33A 4DXVA 1OFOA 1OG0A 2V2CA 3UY8A 1Z42A 1OX5A 4WX2A 2NXGA 2R91A 4XQ6A 2GPTA 2RKXA 3B03A 4E0CA 1UB3A 4PFMA 2DZUA 1I2PA 2QJGA 5EL1A 3NR0A 1QPNA 1B4KA 4YL2A 2VKZG 1KM0A 1GEQA 5D38A 3QM3A 4KWWA 5BMXA 2EF9A 1KV8A 3HO8A 3C2FA 3THQA 2QUVA 2ZZ7A 2QCCA 3TDFA 3GKAA 2VC6A 3DAQA 1BTMA 2J6XA 4AWTA 1KA9F 3CLMA 5EPDA 2J88A 5GVJA 3NOEA 1W54A 2ZA1A 1K8YA 5BMWA 2A0NA 2DJXA 1KLZA 4FX8A 4NUWA 1NF7A 3W1LA 8TIMA 3MI2A 4FNPA 4UMAA 1JCYA 1XUZA 3PAJA 3W1TA 3LB0A 4PC8A 2WNNA 1W56A 4NJJA 3KOFA 2V5LA 2GOUA 4NU7A 3NL6A 3STCA 1YYAA 4I7UA 2V30A 2Y7GA 1L2UA 3ZWSA 2OMAA 3UZJA 1DQXA 1X6UA 4LY8A 2JBMA 1LOLA 2YW4A 4ADSA 1B57A 1LP6A 2DP3A 3M7WA 3RK8A 5KTLA 1TYGA 3NZ1A 1GT8A 3IGUA 1IIGA 2DJLA 4K8HA 4A2RA 1KM5A 3UQNA 1SW0A 2BLEA 1WOAA 3W3OA 4GXMA 4EVZA 2FPVA 1KTBA 4ZQOA 3NL3A 2EAWA 5I3FA 3NQVA 4Y8FA 1LBLA 4NJIA 1TPDA 3VE7A 1E51A 1G4PA 2CLMA 3SIZA 1P5BA 1FCUA 3TIMA 1EEPA 4XKYB 3L5AA 1FWRA 1KM3A 3QF0A 3TU9A 2E09A 4HNUA 3PBWA 4AMAA 1YDNA 2BZNA 3G24A 3S1WA 4WOQA 3KRUA 3OVPA 1JJKA 4ADTA 4Z1AA 3L67A 1PL9A 3Q58A 3UWVA 3S1UA 3LBMA 4FNTA 3R12A 3O07A 3IVUA 4WQ6A 4WY0F 3HGRA 3TR2A 2Y63A 3HIJA 3B06A 2CZDA 3BG3A 5DBTA 3W1RA 3O6DA 1WBJA 1T99A 4LVAA 1JUKA 1YXCA 4UTLA 2Y89A 3GDKA 4MJZA 5G4WA 3NQDA 2DU2A 1JCJA 4Y96A 4GUFA 3P61A 2UV8G 1TPWA 5F2IA 3QYQA 1SO3A 3L66A 4QNEA 1K3UA 3HG4A 3EX6A 3A24A 1BEUA 3W86A 5DXXA 2PE4A 3LGEA 4UNKA 3EWXA 3QMSA 3M16A 4U4MA 3P84A 1O5KA 1EP2A 1ADOA 1VZWA 5KITA 1OFDA 4QNWA 1I2QA 2KZHA 2QEZA 1L6SA 1YTEA 1XUUA 2VELA 3L5LA 2YFNA 4QSHA 5DELA 5EKYA 3C6CA 1ZJIA 2ZQ0A 4N9EA 2B7NA 1P1XA 1YPFA 2F84A 3ATZA 5K3VA 2Z1BA 3UPWA 4JTTA 2Z6IA 3EEGA 1KTCA 3PBUA 3S5ZA 3E0IA 3P60A 3G3DA 5LSMA 1EB3A 1G4SA 2ZRZA 5TQLA 1AL7A 2OJPA 1W5OA 5AC6A 1TTIA 2I9EA 3C0JA 3O06A 1LRNA 3PVFA 3S6DA 3G1AA 3FOKA 4ZQRA 1TPB1 4NQ1A 1DJQA 3MP4A 3WK2A 3IIXA 4YWIA 3G8EA 1VH7A 2H8ZA 3L0GA 1WXJA 3IV3A 4E2DA 2TSYA 2NX9A 3N2MA 4H6KA 2BWGA 2WKJA 4B5NA 4K7VA 4ONVA 4IGHA 2ISWA 4DEFA 1TJRA 1DVJA 1M5WA 2PURA 1A5AA 1W3TA 3BO9A 5EA9A 3S1VA 3IIZA 1RPXA 3W7OA 4MY1A 3PBVA 1TPVA 2Y7FA 4O18A 3QMRA 3ABQA 3LHUA 3EX2A 2HS6A 3RU6A 5AOUA 1JCNA 5I3IA 1SR9A 4EOUA 2EPHA 1GYLA 1QOPA 5FF2A 1H7PA 1ZAHA 5CPNA 3MP5A 1P0NA 3B04A 4OU1A 2C3ZA 1B4EA 5CZJA 5D2YA 3UWYA 4O12A 2QCLA 1D3HA 1PHWA 1W5QA 4XBSA 4ZQPA 3S9YA 1UBSA 1Y0EA 2J9ZA 1PV8A 4NJHA 4NXSA 1XXXA 4J9JA 2Q3RA 4AEOA 4H3DA 1XI3A 4GUHA 1OK6A 4UMCA 4NJGA 3TQ0A 5D2XA 4Z1BA 2X16A 3W7JA 3MHGA 1IIHA 1SFLA 5DY2A 1VYRA 4N9CA 1KV5A 3R5EA 3M43A 4XBKA 4I9AA 4IXXA 1ICPA 2YSWA 1H5YA 2YXGA 4GWEA 3CB8A 4TU1A 1SW3A 4GC4A 4CQAA 3NQ6A 3QC3A 4LUIA 1PVNA 3SECA 1TQJA 3ABSA 1TPH1 2FPYA 1H51A 4Y90A 3PUEA 4QJ1A 3W85A 3RLVA 3WJWA 3LOTA 1CI1A 2A2IA 2DZVA 2Y7DA 3CIXA 5FESA 2OT1A 3NPUA 3SI9A 4LOCA 4WXYA 3TROA 2A5HA 2PRHA 2YPIA 1BWLA 5KMYA 3EWYA 4MLJA 1F6PA 3W73A 3UWUA 3IVTA 2PC4A 1HG3A 1PIIA 3F4NA 1N7KA 2Z0IA 3KAOA 4LWWA 3BGGA 3SR7A 3LHVA 4O4VA 2R14A 1H7RA 4H4IA 4MY8A 3DHFA 3L9CA 1QCWA 4X22A 1ZNNA 3UNDA 1K7XA 2VEPA 3M9YA 4O10A 1TRIA 3ELFA 2QUUA 4IMFA 1LRQA 4DELA 4P2VA 3ATYA 1SO5A 3ANYA 4W9TA 1K7FA 2XN0A 2FDSA 3CIWA 3M44A 4EF9A 5DXYA 3GXPA 4LV9A 4DO4A 1G67A 3OG3A 3EWWA 4JN6A 2WSQA 1RQEA 3F4WA 4CQ9A 3L68A 3RFAA 3ABOA 4O28A 3LI0A 5HR7A 2P10A 3W1NA 4R7JA 2FIQA 3G8RA 5G1TA 2DZTA 2FLIA 5E1QA 1EUNA 5DLCA 4O54A 1YPIA 3N9SA 1S5WA 1S5VA 2R8WA 3Q94A 1XDMA 4LNYA 3SSJA 4YCPA 1TPC1 3ZS4A 3GXTA 2VOMA 2QAFA 2OX1A 2TYSA 5D03A 3W7HA 4JTFA 5K9XA 1T0OA 4K39A 3W7LA 3NEVA 3LCFA 1KFKA 2NUWA 3B0PA 4NZJA 1H63A 4N02A 4XZ9A 3SGZA 3NQ8A 4LVDA 4Y6GA 1SQ7A 3L0KA 2AAMA 3VFLA 5J5DA 3EX4A 1DHPA 1FX6A 2B0MA 1XKYA 5DBUA 3E02A 2YW3A 4JIPA 1R47A 3T7VA 1YTKA 1ZAIA 4JS3A 2CLHA 4S2CA 2FQIA 4JYDA 1H61A 1JRCA 4JEQA 2A6LA 1CX9A 3GLCA 4FB7A 3CC1A 2ALDA 4RV8A 1G4EA 3B05A 1OFAA 2JKPA 3N9RA 1TB3A 2HMCA 3LLDA 4JTUA 3W7MA 3M5XA 3MO7A 3C2RA 4JX6A 2VFIA 1I8JA 2Q8LA 3ZWTA 2QCGA 3M41A 4QM1A 1A53A 2GJLA 5LNWA 2ATSA 5LHFA 1F05A 4C1KA 1PHQA 4JTLA 4KKXA 3DFSA 3TCEA 3LHWA 2YDAA 1EIXA 3Q37A 4EF8A 1XBZA 1AW2A 1SUXA 3EKLA 2C18A 2ZZ5A 4LTSA 2CZEA 2FB3A 2R94A 4GUIA 2I1OA 1ZFJA 1QO5A 3KVMA 3GDMA 3JRKA 1QDSA 4K37A 3WK1A 2JKEA 4TMCA 3E12A 4FNSA 1TRDA 1JQXA 2CW6A 4M7SA 4O14A 3TH6A 3QW3A 4ZVJA 4ORMA 3VKJA 3CEPA 1VLWA 1S5TA 3WJYA 5BOOA 4O8RA 2E1DA 5LNVA 2DORA 3PG9A 4O52A 3LXBA 4X3ZA 4A29A 3GB6A 4FX7A 3M5YA 1W0MA 4I7VA 3DKJA 3W2NA 3STGA 3PR2A 4FXSA 3PUOA 4IMGA 2CLIA 2QAPA 4M19A 1TPUA 2CU0A 2ZZ2A 1TTPA 2V0TA 1VLIA 2A85A 2HTMA 4JY8A 4IQLA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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