1MQPA

The crystal structure of alpha-d-glucuronidase from bacillus stearothermophilus t-6
Total Genus 272
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
272
sequence length
677
structure length
669
Chain Sequence
AGYEPCWLRYERKDQYSRLRFEEIVAKRTSPIFQAVVEELQKGLRSMMEIEPQVVQEVNETANSIWLGTLEDEEFERPLEGTLVHPEGYVIRSDVDDGPFRIYIIGKTDAGVLYGVFHFLRLLQMGENIAQLSIIEQPKNRLRMINHWDNMDGSIERGYAGRSIFFVDDQFVKQNQRIKDYARLLASVGINAISINNVNVHKTETKLITDHFLPDVAEVADIFRTYGIKTFLSINYASPIEIGGLPTADPLDPEVRRWWKETAKRIYQYIPDFGGFVVKARPGPFTYGRDHAEGANMLAEALAPFGGLVIWRCCQQDWRDRTTDRAKAAYDHFKPLDGQFRENVILQIKNGPMDFQVREPVSPLFGAMPKTNQMMEVQITQEYTGQQKHLCFLIPQWKEVLDFDTYAKGKGSEVKKVIDGSLFDYRYSGIAGVSNIGSDPNWTGHTLAQANLYGFGRLAWNPDLSAEEIANEWVVQTFGDDSQVVETISWMLLSSWRIYENYTSPLGVGWMVNPGHHYGPNVDGYEYSHWGTYHYADRDGIGVDRTVATGTGYTAQYFPENAAMYESLDTCPDELLLFFHHVPYTHRLHSGETVIQHIYNTHFEGVEQAKQLRKRWEQLKGKIDEKRYHDVLERLTIQVEHAKEWRDVINTYFYRKSGIDDQYGRKIYR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystal structures of Geobacillus stearothermophilus alpha-glucuronidase complexed with its substrate and products: mechanistic implications.
pubmed doi rcsb
molecule keywords alpha-D-glucuronidase
molecule tags Hydrolase
source organism Geobacillus stearothermophilus
total genus 272
structure length 669
sequence length 677
ec nomenclature ec 3.2.1.131: Xylan alpha-1,2-glucuronosidase.
pdb deposition date 2002-09-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03648 Glyco_hydro_67N Glycosyl hydrolase family 67 N-terminus
A PF07477 Glyco_hydro_67C Glycosyl hydrolase family 67 C-terminus
A PF07488 Glyco_hydro_67M Glycosyl hydrolase family 67 middle domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 1mqpA02
3.30.379.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Chitobiase; domain 2 Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like 1mqpA01
3.90.1330.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Alpha-d-glucuronidase, C-terminal Domain Alpha-glucuronidase, C-terminal domain 1mqpA03
2YDRA 1GOIA 3BAYA 4EANA 4M29A 1JYXA 1CXLA 4TUFA 3MV01 1ISXA 2V38A 1HVXA 1I75A 4HMEA 3VD5A 3GXIA 5DO8A 4LYPA 4AXNA 3AFBA 1UH4A 2EPNA 4W86A 2VT0A 2UY5A 3MMUA 2JE8A 4JZ5A 4PMQA 3ZMRA 3ZSSA 3WN6A 1PEZA 1E9LA 1E6SM 5IXEA 3LPPA 3A6OA 1LWJA 4M56A 3AYSA 3EDDA 1G1YA 3SIMA 3WD3A 5C71A 1G9HA 4DUWA 3L4XA 3BGAA 1GHSA 2VURA 3T2OA 1JDAA 3CH9A 4AZGA 2VCBA 3VMNA 2DH2A 4H04A 5A6AA 2DPEA 4A4AA 3MUAA 2WHKA 1MQRA 3VU2A 1V08A 1VAHA 3ARPA 3APGA 2DEPA 2AOSA 1RH9A 3D3AA 4XZWA 3RPMA 2D0GA 1CPUA 4PMYA 1CGYA 2V3GA 3WDIA 3KWXA 3WMSA 4IPLA 2ZX6A 2GDUA 1QI4A 2ZXQA 1H4PA 4UZUA 1XHGA 2A3CA 2GJRA 3WD1A 3AS0A 2W5FA 3QHOA 2ZOXA 2ZWYA 3ZR6A 3ARTA 2YA0A 5FKYA 1GW1A 2JIEA 1QI2A 2YA2A 4V27A 3M07A 1UD3A 3KEHA 3WDJA 4YHGA 2G8ZA 2HVMA 1E4NA 1ZBWA 5E6ZA 5D4YA 2W4XA 3NUKA 2Y2WA 1QHPA 4GXPA 1W3KA 4J27A 1KXQA 2WM0A 4TX8A 3B9DA 3N15A 2WHLA 5HXMA 3VGBA 1UZ1A 3GM8A 1U33A 2OSYA 3S2CA 3ZOAA 3WH5A 2BS9A 3DYPA 3N12A 1QW8A 1US3A 3EBVA 3WH8A 4DM2A 3GYCA 1H2JA 4ATDA 4K68A 4JCLA 5A2CA 2E9MA 1GHRA 1WDQA 3BAJA 4GI9A 4GKLA 3BAIA 1VFMA 1KGXA 4TVCA 2E0PA 4PTWA 1L0PA 4FK9A 4UQBA 1BSIA 3DECA 4CCDA 3OGSA 1CBGA 1EXPA 3PTMA 2WVTA 3CUJA 1JAEA 3N9KA 1W9VA 4D72A 5I3DA 1CGUA 1Q6CA 2JEPA 1XH0A 3OGVA 3G6LA 1UR4A 3KL0A 4M24A 1C7TA 2OYKA 5D9MA 2PWGA 3K1DA 2DIEA 2WVVB 2JIWA 3ARRA 2NW0A 2V5CA 3NIYA 2EPLX 3I3DA 1C92A 4PSPA 3VDBA 1E70M 4LXFA 3RO8A 3W37A 1IZKA 3AMDA 3CUFA 1QNOA 1KXHA 5EBAA 4N0RA 4W7VA 5D9NA 4LPCA 1I1WA 4S3KA 2E8YA 4OKDA 1V02E 4OIFA 3W29A 1OGGA 2WAGA 4OJYA 2VCAA 4GI8A 1KCKA 4JHOA 2CERA 1RD6A 1WDSA 1JFHA 2GK1A 1V6XA 1E15A 1J0YA 1V6UA 4HPHA 1WCGA 3VVGA 1UR8A 2WSPA 4TXEA 1DWHM 5A6SA 2Z1KA 3EDFA 4PMVA 2D24A 1C8QA 1HIZA 1WAWA 3RMEA 2YA1A 1ISYA 3F5KA 3SCOA 1W9BM 2BFGA 5HPOA 4QDMA 3ZJKA 1BAGA 1J10A 1JYWA 2NSXA 3GNOA 1E3XA 2VL4A 4Z2LA 4W7WA 4EE9A 3VIGA 3PZGA 2XVGA 1WP6A 4B15A 4TTGA 2E4TA 4U2ZA 2WHMA 4U3CA 4UCFA 4FLQA 1KB3A 2CHOA 2WVSA 2XYLA 3F5JA 5EFFA 5IFTA 3AZTA 3VIKA 3OLIA 3ZJ6A 1ITXA 1LQ0A 3BC9A 2J62A 2WMIB 1B1YA 2IUZA 3W28A 3EMZA 1JNDA 1GCYA 5E6YA 1QHZA 1S46A 2YKKA 3AXXA 1H41A 1BG9A 4Z2HA 2VC9A 1KFWA 1HT6A 1M53A 2VZSA 1UOKA 4CD5A 4JL1A 1PIFA 1K6AA 3ECQA 1KGWA 4P8VA 1C3FA 4CD7A 1KXVA 2BY1A 3UERA 2ZUNA 1JI2A 2J7GA 5A94A 3CHEA 1E1FA 4MB1A 4PUEA 4MB3A 3WFZA 1JFXA 1CXFA 1HJQA 2O9RA 4GI6A 1E72M 2YLLA 2VR4A 4U3AA 3CZKA 1W1PA 1JD7A 2WZIA 4AZ5A 5DT5A 1SMAA 4AYSA 3U7BA 1E0XA 3ZSTA 2WVVA 2WMKA 1MQPA 3FW6A 2F61A 1JZ5A 3PZMA 2OYMA 5DT7A 4D6FA 1V3JA 1GZJA 1BGGA 1NOFA 3QHNA 5IFPA 1J0ZA 3WNKA 2A3AA 1GQLA 3GXFA 2D22A 3QHMA 4E4PA 3ZJ8A 4PEEA 1LL4A 1WDPA 2PI6A 3HN3A 3SURA 2V3DA 1EO5A 3VDCA 2WC3A 1JYVA 1XC6A 5LA2A 2G3IA 4XX6A 1TFVA 4HPGA 3TOPA 1EQCA 4C91A 1J0JA 2WANA 4L4PA 5BRQA 2C7FA 1YHTA 4PSRA 3MU7A 3WDHA 1HKIA 2WMGA 3GZAA 1VJSA 3AZSA 4ZFMA 2XGIA 5GNXA 1OIMA 4BF7A 4CN1A 4W89A 2CEQA 4PMNA 3I3EA 4GZEA 2JFEX 3FY1A 2VQTA 2BY2A 1O7AA 2EQDA 2OWCA 1WDRA 3IJ7A 1UH3A 3N11A 5A6JA 4AIUA 3LMYA 4RE4A 1WZAA 3VPLA 5E0FA 3VOCA 1ZBKA 5HOSA 3PZ9A 2WHJA 2UY4A 1OB0A 5FD0A 1HJXA 4J3XA 1GOWA 1UKPA 4M82A 1JZ2A 1BVZA 2WMIA 2VTFA 4TVDA 3SEPA 1QNSA 2XUCA 5I77A 4OZOA 1UQZA 3ARXA 3CGTA 1JZ3A 5FL1A 1HVQA 1UKTA 4MB5A 2YLAA 4C7GA 3NSMA 3FHQA 2G4FA 1C91A 2W66A 4P8WA 1E3ZA 3U7VA 4R5EA 1CGTA 2AAAA 2XSBA 4P7OA 3SUTA 4PCTA 5D9OA 2QLYA 4EK7A 3K8LA 1UWQA 1UR9A 1WZKA 4HOXA 1GJWA 3IAQA 1R86A 4F79A 4AD5A 3AHXA 3VIFA 1GOMA 3AIUA 3NDZA 3DHUA 1L8NA 2W63A 5HDRA 1E0VA 1LG1A 4UOQA 3CZJA 3WBAA 1UD5A 3M46A 1QOXA 4D1JA 5M17A 3EMQA 2BVDA 1V0KA 3AIWA 1V0NA 2J78A 4ATWA 1HN1A 3HU7A 4CKQA 3OLGA 3VNYA 2WMHA 3VILA 2CKRA 1UWIA 3CMGA 4MAVA 4IPNB 1FH7A 4GIAA 1KR0A 5M03A 4JFVA 2C0HA 4BS0A 1K9FA 5C70A 3CTTA 2XFYA 3L4TA 3TTSA 1TG7A 2WSKA 1Q6FA 2VNCA 1WO2A 5I0DA 1XCXA 2X0YA 1EDQA 1D2KA 1K9TA 4J3UA 4MB4A 3IK2A 1JG9A 1G01A 1JZ8A 5BYWA 1J0HA 2VRQA 1E43A 4W5ZA 1UR1A 3VINA 1H11A 2J7FA 3BMVA 4DWSC 6TAAA 3AHTA 5ABGA 1XSIA 1WPCA 3SCQA 1ZJBA 1B31A 4BQ2A 5A2AA 4AZ6A 4WSJA 2V3FA 3QGVA 4JHZA 2J74A 1UWTA 1QBBA 1I1XA 2XPKA 1OIFA 4GZJA 1E5JA 2PWDA 5CZKA 3AHYA 2QF8A 1XD0A 4WKHA 2XWEA 3II1A 1JIBA 3DHPA 1CLVA 3VM7A 3UEQA 1W3JA 2E8ZA 4N42A 1BVNP 1R7OA 2XM1A 1TCMA 1BYCA 1UZ4A 4DWSB 4KRTA 4PMOA 2ZIDA 3WUEA 3AMCA 1QW9A 3AZRA 5BXTA 1E56A 3TA9A 2E9BA 3IAPA 4AZCB 4M81A 5CSUA 1NARA 1VFFA 3T2PA 4UOZA 1Q6GA 3U57A 1TA3B 4PYSA 1MWOA 1WZMA 1PX4A 1CZ1A 1RP8A 3BMWA 4CGTA 4AD2A 2DH3A 3L4YA 5IHSA 3PTKA 4MNLA 2DIJA 2CXGA 2WYSA 2XGBA 4ACZB 3SCWA 4E8DA 1ISZA 1W1VA 2WZEA 2FDMA 4ZXOA 3T09A 4W7UA 3WNMA 3TP4A 4KMQA 2PB1A 5GNZA 5A6BA 3OZOA 2TAAA 1JF6A 1HNYA 5AYIA 3RJXA 1NP2A 4CD4A 2ZUTA 3ZT6A 2O9OA 1KQYA 3BAWA 1EHNA 2WKGA 1MW2A 1CXHA 3ARQA 2J25A 3WQWA 1A47A 2XG9A 4XUYA 2EJ1A 4DUVA 1JGIA 1VFOA 1PZ2A 4AIEA 3AIVA 1AQ0A 4B9ZA 3B9EA 4HOZA 3W0KA 2FHBA 3VNZA 2XVLA 2CBUA 2ZICA 3AICA 4PUDA 3AI0A 3N18A 1V3LA 1CEOA 1XH1A 3A4WA 1B2YA 2B31A 5KEZA 2CESA 3HMCA 1EOKA 3W26A 2E9LA 1CWYA 4PMUA 1DWGM 4UFIA 4OBRA 3WDQA 3W4RA 5GNYA 4PCSA 1ZU8A 3ZJ7A 3TONA 5AC4A 1U30A 3O6AA 1X6NA 5I79A 1DP0A 4YPJA 3W6MA 3POCA 3BSGA 1M04A 2YJQA 3N17A 1V3KA 4AEEA 2F8QA 1GVYA 2CBVA 1ISVA 1HXJA 5ECUA 3GNRA 2X2YA 5BROA 2W61A 5GPRA 5M5DA 1ODUA 3THCA 1H5VA 4D6CA 1KQZA 4C7FA 4JCMA 2XVKA 5KZ6A 4MNMA 4QCEA 3BCDA 2WK2A 3RM4A 4HOWA 1AQHA 2JALA 4H41A 4WKFA 1PX3A 5BWFA 4H7VA 6CGTA 1IT0A 5DFAA 1CXEA 1UKSA 2X0HA 3MS8A 2CKSA 2QV4A 4P7RA 1G5AA 2X09A 2ZXAA 4UFHA 5BXSA 3BCFA 2Y8VA 5FL0A 3TTOA 3D5HA 1EOMA 4V2XA 1FHDA 1E6NA 4UFMA 3SCSA 3VMPA 4NZCA 3CO4A 1B3WA 4Z2KA 2OWWA 4LYQA 3FXYA 1E6RA 1VRXA 1H49A 2JF6A 5DMYA 3WEMA 1NM9A 1XD1A 3B9AA 4WJXA 4UQEA 4JL2A 4MDOA 1EQPA 1OINA 5A6LA 2CNCA 3OG2A 4D71A 4KWUA 4A3HA 3LPFA 1O6IA 3WSUA 2GSJA 4AZBA 2D0HA 2J8FA 1V3HA 2FGZA 2XFRA 4PTMA 2D3NA 4NSBA 3WELA 3PZUA 3NDYA 2D0FA 4R27A 1VIWA 3RIKA 4OUEA 1PIGA 2OWXA 1JF5A 2DSZA 1CXIA 4E2OA 5M3WA 4F9DA 3RM9A 4U5KA 3RILA 1KWKA 3VDHA 1GONA 1R7AA 1V6YA 5A8OA 1VEPA 2G3NA 4OBSA 4WIWA 4GQRA 1J18A 1OBAA 1GPFA 1JDCA 1PPIA 3WQVA 1XV8A 2DDXA 4CVUA 4BCEA 1UD6A 1E71M 1EIBA 1H09A 5D8WA 2J7BA 3MMWA 4RE3A 1XYFA 2HISA 1E5NA 2J7DA 2VUYA 5DF0A 1W9DM 3OA5A 7CGTA 4BQ4A 1F4HA 4CN4A 3W82A 4TTUA 1UR2A 4J28A 1HF6A 2VJXA 1GORA 2VI0A 4AW7A 3L4UA 3THDA 2X05A 1KGUA 4WKAA 4J3TA 3LPGA 3N13A 3GNPA 1GOQA 2WKLA 3PN8A 3MANA 1J0IA 1AQMA 4EKJA 3WEOA 3VGGA 1VBRA 4MDPA 2VRKA 2C8NA 4EAMA 4B3LA 3SCUA 1U2YA 4DM1A 3VUPA 2FHCA 2YL8A 3AMGA 4BZYA 2F2HA 3K4AA 2VZTA 2EEXA 2OSWA 4AISA 1TZ7A 3GDBA 1KBBA 3WNLA 4PN2A 1RPKA 1UQYA 1JXKA 4UNIA 2XHYA 3EDEA 2VZUA 3VIPA 4NRRA 2OLHA 2QMJA 5D9PA 1KXTA 2YOCA 3BAKA 3WL0A 1BF2A 1TMQA 1VJZA 4CVWA 1E55A 1IV8A 1W2VA 2W91A 3BLPX 4FMVA 4HU8A 1GOOA 3CHDA 8CGTA 4YN5A 3DC0A 4HP5A 2D2OA 2IXUA 1UD8A 2ZX9A 3VO0A 2FGLA 3FAWA 3PZQA 2PWEA 1KBKA 4PMRA 4P7QA 2BVYA 3VIOA 1BQCA 1UKQA 4AC1X 2J8GA 3ZQ9A 1KWGA 4HA3A 1J12A 3BAXA 1J11A 1MYRA 4WLCA 3N1AA 1H0GA 3T0BA 2CPUA 3AOFA 1HKJA 1VF8A 4OOZA 4C90A 3AHZA 1LLOA 5JUVA 3GBEA 5IDIA 3CZGA 1G94A 1LG2A 4UFLA 2CCRA 1J01A 2PBOA 1W3LA 3OLEA 3OGRA 3FAXA 1SR0A 1E4MM 1W2PA 3FN9A 4W5UA 1HP5A 2G41A 5A2BA 3SCVA 1JNEA 1D7FA 1DTUA 4JKLA 1W3HA 4JFUA 3CHFA 3ZIZA 4W93A 1TUXA 3RDKA 2W92A 4D1IA 4Y7EA 1E6XM 4P8UA 1KCLA 2D23A 4MNJA 3SUVA 4LYRA 3W25A 1FP8A 2D20A 5FIPA 2BVTA 2W62A 2DSUA 3GTNA 1XRVA 3MO4A 4AD4A 3WMCA 4JIEA 4UOJA 3BXWA 3KZSA 1A3HA 3I3BA 4H8VA 3MMDA 4JKKA 3VX1A 5ABFB 1EDGA 4IUGA 4AZHA 3ARSA 1B3VA 4FLSA 4CU7A 3MUZ1 5BCAA 3G6MA 5DEZA 3ARYA 3GXMA 1W32A 1FH8A 4CUCA 3L2MA 1HKMA 3WBEA 3SUWA 5I23A 1QI5A 3T0AA 4ACYA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2YDR A;  1GOI A;  3BAY A;  4EAN A;  4M29 A;  1JYX A;  1CXL A;  4TUF A;  3MV0 1;  1ISX A;  2V38 A;  1HVX A;  1I75 A;  4HME A;  3VD5 A;  3GXI A;  5DO8 A;  4LYP A;  4AXN A;  3AFB A;  1UH4 A;  2EPN A;  4W86 A;  2VT0 A;  2UY5 A;  3MMU A;  2JE8 A;  4JZ5 A;  4PMQ A;  3ZMR A;  3ZSS A;  3WN6 A;  1PEZ A;  1E9L A;  1E6S M;  5IXE A;  3LPP A;  3A6O A;  1LWJ A;  4M56 A;  3AYS A;  3EDD A;  1G1Y A;  3SIM A;  3WD3 A;  5C71 A;  1G9H A;  4DUW A;  3L4X A;  3BGA A;  1GHS A;  2VUR A;  3T2O A;  1JDA A;  3CH9 A;  4AZG A;  2VCB A;  3VMN A;  2DH2 A;  4H04 A;  5A6A A;  2DPE A;  4A4A A;  3MUA A;  2WHK A;  1MQR A;  3VU2 A;  1V08 A;  1VAH A;  3ARP A;  3APG A;  2DEP A;  2AOS A;  1RH9 A;  3D3A A;  4XZW A;  3RPM A;  2D0G A;  1CPU A;  4PMY A;  1CGY A;  2V3G A;  3WDI A;  3KWX A;  3WMS A;  4IPL A;  2ZX6 A;  2GDU A;  1QI4 A;  2ZXQ A;  1H4P A;  4UZU A;  1XHG A;  2A3C A;  2GJR A;  3WD1 A;  3AS0 A;  2W5F A;  3QHO A;  2ZOX A;  2ZWY A;  3ZR6 A;  3ART A;  2YA0 A;  5FKY A;  1GW1 A;  2JIE A;  1QI2 A;  2YA2 A;  4V27 A;  3M07 A;  1UD3 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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