1MQQ | Genus

Total Genus 284

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	284
sequence length	675
structure length	675
Chain Sequence	GYEPCWLRYERKDQYSRLRFEEIVAKRTSPIFQAAVEELQKGLRSMMEIEPQVVQEVNETANSIWLGTLEDEEFERPLEGTLVHPEGYVIRSDVDDGPFRIYIIGKTDAGVLYGVFHFLRLLQMGENIAQLSIIEQPKNRLRMINHWDNMDGSIERGYAGRSIFFVDDQFVKQNQRIKDYARLLASVGINAISINNVNVHKTETKLITDHFLPDVAEVADIFRTYGIKTFLSINYASPIEIGGLPTADPLDPEVRWWWKETAKRIYQYIPDFGGFVVKADSEFRPGPFTYGRDHAEGANMLAEALAPFGGLVIWRCFVYNCQQDWRDRTTDRAKAAYDHFKPLDGQFRENVILQIKNGPMDFQVREPVSPLFGAMPKTNQMMEVQITQEYTGQQKHLCFLIPQWKEVLDFDTYAKGKGSEVKKVIDGSLFDYRYSGIAGVSNIGSDPNWTGHTLAQANLYGFGRLAWNPDLSAEEIANEWVVQTFGDDSQVVETISWMLLSSWRIYENYTSPLGVGWMVNPGHHYGPNVDGYEYSHWGTYHYADRDGIGVDRTVATGTGYTAQYFPENAAMYESLDTCPDELLLFFHHVPYTHRLHSGETVIQHIYNTHFEGVEQAKQLRKRWEQLKGKIDEKRYHDVLERLTIQVEHAKEWRDVINTYFYRKSGIDDQYGRKIY

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

publication title	Crystal structures of Geobacillus stearothermophilus alpha-glucuronidase complexed with its substrate and products: mechanistic implications. pubmed doi rcsb
molecule keywords	ALPHA-D-GLUCURONIDASE
molecule tags	Hydrolase
source organism	Geobacillus stearothermophilus
total genus	284
structure length	675
sequence length	675
ec nomenclature	ec 3.2.1.139: Alpha-glucuronidase.
pdb deposition date	2002-09-17

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF03648	Glyco_hydro_67N	Glycosyl hydrolase family 67 N-terminus
A	PF07477	Glyco_hydro_67C	Glycosyl hydrolase family 67 C-terminus
A	PF07488	Glyco_hydro_67M	Glycosyl hydrolase family 67 middle domain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	1mqqA02
3.30.379.10	Alpha Beta	2-Layer Sandwich	Chitobiase; domain 2	Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like	1mqqA01
3.90.1330.10	Alpha Beta	Alpha-Beta Complex	Alpha-d-glucuronidase, C-terminal Domain	Alpha-glucuronidase, C-terminal domain	1mqqA03

2QHAA 3MSDA 1DWFM 3A4XA 3VNYA 1E6XM 3AXHA 1PBGA 4LXFA 1UR9A 4WJXA 7TAAA 4B16A 1TE1A 2ZWZA 1JAEA 2YA2A 2BXZA 2VX6A 2BV9A 2YA1A 1C91A 1JZ2A 1E0VA 5KEZA 3BSHA 4EK7A 2X8RA 4KMQA 3OIHA 2VNCA 2DSZA 3LPOA 2WC4A 3GM8A 2XWEA 1B30A 1EH9A 1PIGA 7CGTA 2J74A 4ZE5A 2FH6A 1QI0A 3QHMA 2VR5A 2G4FA 3DYPA 1WO2A 2A3HA 2WC7A 4P7QA 4ACYA 4B9YA 3SCWA 1D3CA 2AOSA 3LPGA 4TX8A 4F79A 3PZUA 2EPOA 3EDEA 1EHAA 1KXVA 1LG2A 2ZX9A 3WMSA 2GVYA 1GJWA 1ZB5A 3CUJA 1KGWA 4AZCB 1E3ZA 3SCNA 1NOWA 2EQDA 1RD6A 3PTKA 1XGZA 2D23A 2BY1A 2EPKX 3L4TA 3GTNA 3AQUA 1DWGM 1PEZA 5IXEA 1OIMA 3WEMA 2X0YA 5I5RA 4J7RA 1TR1A 4PSRA 1FP9A 1GZJA 2DQXA 4U2ZA 1PZ3A 1H49A 1FHLA 1G0CA 1VFMA 4D6HA 1UR4A 1EDQA 2XVPA 3OB8A 3DHPA 3CUGA 1TCMA 4UFKA 3AROA 3EYPA 3RM9A 1NWTA 2XHYA 2JALA 4GZJA 3VD7A 5I2UA 2XSAA 4CVWA 1M04A 4PCSA 3NDZA 1JZ8A 1HJSA 3PZMA 3SCQA 1C93A 3CZGA 3DYMA 1GQIA 3CZ8A 3IAQA 4MADA 5JIWA 4HZ7A 3VVGA 5D8WA 2CBJA 2Z1KA 3W25A 4PMXA 3MMUA 1V6YA 3FN9A 1QW8A 4F66A 2VC9A 2ZUVA 1ZJAA 3AIBA 4Z2JA 3VGHA 2DT3A 4UNIA 4CN4A 1IV8A 3K46A 4BQ3A 1WB0A 1IT0A 1QW9A 4OUEA 1XCWA 3TONA 2VT0A 5TD4A 1X6LA 4GQRA 2EXOA 5HBFA 2ZUSA 2XG9A 3VIMA 8A3HA 3OZPA 3AZRA 5A8MA 3VMOA 2X05A 3WIJA 2WHJA 1J0KA 2Y4SA 1WCGA 2VZVA 1PJ9A 3GH5A 3WKZA 3KWXA 2XPKA 2CESA 4W84A 3VNZA 1VENA 5I77A 3UG5A 2WWDA 4AZBA 4CN1A 1G5AA 4BA0A 2DSUA 5BWFA 2JIWA 3VX1A 1HKKA 3SCPA 3MV11 1UG6A 1V3KA 4A4AA 1LJYA 1KB3A 1UQYA 1SFSA 1X6NA 4W8LA 2PB1A 5CGTA 3APGA 4GI9A 5IDIA 4WKHA 5E6ZA 5CPQA 3VDHA 2X09A 5A6JA 1GQKA 4X9YA 4N42A 3WQ4A 5BCAA 1JI1A 1EIBA 1C7SA 3B9EA 2WNWA 3W6LA 1WZMA 4TVDA 4YPJA 1RPKA 2UY2A 3CMGA 4QLKA 1WDPA 5LA0A 2PWEA 3L4UA 4X0VA 3ARUA 4CVUA 1Q6EA 1QBBA 1E73M 2V38A 3RMEA 1SMAA 2XFYA 3BAKA 4QLLA 2CXGA 4OOUA 1EDGA 1U2YA 3ARQA 4U31A 2XSBA 1XHGA 2CETA 3G6LA 2X1IA 2V3EA 3AICA 2DSKA 5JBFA 3FW6A 3NIYA 5D9OA 1CPUA 1VB9A 3AIRA 3VM5A 1HJXA 4J3UA 1XV8A 1ZBKA 4HOZA 2ZXQA 1EDTA 2J7FA 5EB8A 1CTNA 4PTMA 3TOPA 4UZSA 1E9LA 1UZ4A 3GNOA 4UQBA 2PC8A 4UQEA 2EBNA 4PEEA 3WUFA 2G3JA 1TFVA 4EE9A 3GH4A 3RILA 1HJVA 5CZKA 4DUVA 4E2OA 2Z1SA 3WENA 4HOWA 1UD3A 1WP6A 1W1TA 2VCBA 1S46A 1XD1A 3NJ3A 2OSYA 3AZSA 4W5ZA 2DT0A 3AHXA 2GK1A 2XGBA 5M5DA 3WQVA 2A3CA 1CYGA 3K4AA 2GJXA 1R7OA 1CGUA 4U33A 1E6RA 4Q22A 3F5LA 2PWFA 3UETA 4AD4A 1BVZA 1SMDA 2V5DA 1AQMA 4S3KA 4H8UA 1GHSA 3WH8A 1VRXA 3BAWA 3K4DA 1V3IA 1H41A 1KR0A 1VJSA 2WKLA 3BAJA 4PUDA 1VBRA 1GOMA 4NZCA 1BHGA 3SIMA 3WEOA 1NOUA 1E4LA 3VU2A 1LL4A 1XC6A 2PWDA 3MMDA 4HMCA 1JFHA 3WD0A 2WCGA 3AFBA 4C7GA 1W91A 4D72A 2WHKA 5I6SA 4MJ2A 1ODUA 4MB5A 2WCSA 3PZ9A 4B3LA 1HL8A 4WLCA 1VIWA 4AD3A 3AI0A 4JFVA 5A8OA 4D1IA 2GDVA 4D6CA 2D1ZA 2VCCA 3CZJA 1TG7A 1MYRA 2WMHA 1A47A 2FH8A 2VX5A 1TMQA 1XSKA 2WZHA 4CD6A 1WDRA 1Z32X 8CGTA 1ZL1A 1WNOA 1CXFA 1J11A 1FFQA 4UQ9A 1V3LA 2GFTA 3WQ6A 1EXPA 1CECA 1UH4A 1ISVA 3WMCA 1OGSA 2OYLA 2YBUA 1UA7A 4HU0A 4KWUA 4OIFA 3WNKA 1E6SM 1K6AA 4AIUA 2GK1B 4PYSA 3WH6A 1GQJA 4WKAA 2WMJA 3MKKA 4M56A 2GJXB 4GI6A 1BPLB 5FIPA 4URIA 2A3EA 2IXVA 4F8XA 3VIHA 1ZBCA 2ZWYA 4CU7A 5AC4A 4AEEA 4QCFA 1XH1A 2YL9A 3BCDA 5I79A 3VIFA 3SCUA 4HMDA 2OYMA 3VKKA 2YA0A 3IJ8A 4MPKA 3VD5A 4JCMA 4XV0A 4FLOA 1W32A 4U2YA 1QHZA 3VIJA 1UKPA 2X0HA 5DT5A 4N0RA 1MXGA 4QP0A 1JI2A 1UD5A 4FF5A 1E15A 3WF1A 1PX4A 2QPSA 4HP5A 2XM2A 1H3GA 1O7AA 1NP0A 3WUBA 5ABFA 2VJXA 5CLWA 1KFWA 4WIWA 3W0KA 3CHFA 4OOZA 5IFTA 1KBBA 4S3JA 3OBAA 4ZENA 3N9KA 3AS1A 1DWIM 5A1AA 2UY3A 1MW0A 2J7DA 5A6BD 4P7LA 1E72M 4CCEA 1OWQA 2D2OA 3BXWA 3OGVA 4AMCA 2IUZA 2O9OA 1CGTA 3WUGA 1WZLA 2XUCA 4BQ4A 3B9AA 1ISWA 4ATDA 4W7VA 1TVPA 2BY3A 2CIPA 2JF7A 5I78A 3SEPA 4E8CA 4LYPA 2RGLA 1R7AA 4AWEA 1OT1A 3AHZA 3BLPX 4TX6A 4EKJA 2F8QA 2VUYA 3CLWA 2GJRA 1UR2A 1E70M 4IUGA 4AY1A 3BMVA 3F5JA 1UYQA 1UOKA 1CGXA 2BVDA 2VX4A 4CD7A 2WPGA 3MU7A 1SR0A 5C8BB 3U5YA 4Z2IA 4WF7A 3IJ9A 4Z2GA 2WAGA 2W92A 1W1VA 4GPNA 1OIFA 3N13A 4GIAA 1E3XA 3ZO9A 3II1A 1PIFA 3VDCA 2BY0A 3VM7A 4DUXA 2YLLA 2FGZA 3N12A 2XVLA 3VO0A 1KQZA 4MJ4A 3POCA 5ABFB 1JZ3A 2VRQA 3ARRA 1V6WA 2ZUNA 3RDKA 1QNRA 4D6FA 3VPLA 4AZHA 4AD0A 1JD7A 5FCZA 4W7UA 1BLIA 2JIEA 4AXNA 4W8AA 4RE4A 4OKDA 5D9NA 3QGVA 3ZIZA 1XSIA 2D0GA 1DP0A 2VL4A 1W2PA 3RM4A 4AZ5A 3S2CA 2CYGA 1FH9A 4W7WA 5GQBA 2Y8VA 1UD8A 2BVYA 2DGAA 4DWSD 4M8UA 1Q4NX 3WMBA 1KWGA 1SYTA 5FD0A 1DWHM 1H2JA 4AD2A 3PBGA 2CHNA 1UA3A 1N82A 3WFLA 2Y8KA 5DEZA 1E4MM 1L0PA 3OLIA 5DF0A 4EAMA 3DHUA 3KL3A 1OT2A 1BF2A 1QBAA 3W27A 4GQQA 5BRQA 1WAWA 4P7OA 3CMJA 2PWHA 2WLZA 3KEHA 4W88A 3U5UA 3ZT5A 4PTVA 3VD3A 1JDCA 3T2OA 1KR1A 1DWAM 3B8SA 5A8PA 2CEQA 3NSXA 4UOQA 5IFPA 1J0YA 4DM2A 3PZTA 1OM0A 1PAMA 2XFFA 3ARWA 1W1YA 2J77A 5A6AA 4FLQA 3ZT7A 2O9PA 2XTKA 1GOWA 1KCKA 3VIOA 5BXRA 1E6QM 3AS0A 3FAXA 2E8YA 2UY4A 2YOCA 4QCEA 4XX6A 1E40A 1R8LA 1ECEA 3VDAA 4ATLA 5EFDA 3VMNA 5JBEA 5BROA 1KQYA 1HKMA 4P8VA 1UWUA 3GXMA 4L4PA 4CU6A 3AIEA 1HJWA 1J0HA 2W67A 4OJYA 1BGGA 1V6UA 4WSKA 4D6EA 3ALFA 4MB4A 2MANA 3PTQA 4UZUA 3WDQA 1OGBA 4GZIA 4KRTA 5GPRA 3WDPP 3CUHA 1U30A 1BAGA 2Y5EA 4BS0A 2NT0A 1W9DM 4XB3A 5GNXA 3VGDA 3WF3A 1W3JA 5BYWA 9CGTA 1B3ZA 2BHZA 3VGFA 1V3JA 1UKOA 4M81A 2J25A 2YL5A 5D4YA 1E43A 4V2XA 3UG3A 3KL0A 1JYVA 1ODZA 3VUPA 1CXEA 5M03A 1AQ0A 1VEOA 1WPCA 3EDJA 4FK9A 1KWKA 3W6MA 2ZXAA 1LWJA 2ZUMA 1J0IA 1C8QA 1KBKA 1E5JA 3RO8A 1UWRA 4ACZA 3ZJ8A 2OSXA 4YN5A 3ZJ6A 2WKGA 1WZAA 3BMWA 4JAWA 1MW2A 1MQPA 3I3BA 1R86A 2V5CA 3HMCA 2J62A 4B15A 2XVNA 4MAVA 3WELA 2JFEX 1G01A 4XUYA 5I0DA 1Q6CA 1KXQA 2CHOA 4OBSA 2A3BA 3VGGA 1W1PA 1MW3A 3AIVA 4HOXA 1ZS2A 1OINA 5FL1A 1US3A 2QLYA 3SUVA 3TTQA 3AMLA 4H8HA 1HJQA 4LGXA 4MTVA 1VAHA 2AMGA 1ZU8A 2W66A 2DEPA 3EDFA 3ARZA 2XIIA 1M01A 3N17A 3EDDA 2PBGA 2W62A 4KGJA 4PMQA 3NUKA 2E40A 2VOTA 4CUCA 4M1RA 1GVYA 2J7EA 3WQWA 3AS3A 4ATWA 1CXHA 4QDMA 5A2CA 2WCAA 3QR3A 4GINA 2VZTA 3PHAA 4JCLA 3GXFA 1VBUA 3GDBA 5BXSA 3L2LA 1IZKA 2PWGA 3W4RA 3W29A 3N04A 1HNYA 6A3HA 4HZ8A 1V0MA 2F2HA 3UR7A 1DHKA 2XVKA 1C92A 4ZE4A 3KE0A 4UOJA 1B3VA 1QPKA 3SCSA 3WNPA 2J75A 3SURA 4CD4A 4ZEPA 1E55A 3WNLA 2UY5A 1FH8A 2UWFA 2CKRA 1CGWA 1H1NA 1UR0A 2CERA 4ACZB 4JKKA 1EQPA 1Q6GA 3WNNA 1R87A 3RPMA 4X0NA 3UG4A 2VQUA 1HF6A 3TTYA 3ZR6A 6TAAA 1C8XA 4CU8A 3ZMRA 1E0WA 3GNRA 2J78A 4BF7A 1JAKA 3VD4A 2JEPA 3AMCA 1O6IA 3RM8A 4J3TA 2DH2A 3LPFA 1V3MA 3F5KA 4AZ7A 3EMQA 3SCTA 1FP8A 4P8WA 3WL1A 4EANA 4IM4A 1G94A 2EEXA 3T0AA 4PMVA 5AY7A 3FNDA 2WMKA 1GORA 5A2BA 3NCOA 1JNEA 4ZXLA 1ISXA 1KGUA 1NWRA 3PZQA 4MDPA 1NOFA 2W91A 1JDAA 2G41A 2W61A 5KZ6A 2CPUA 1MFUA 4CCDA 3CZKA 3SUUA 1W9XA 4RE2A 1RH9A 2XFRA 3TTSA 2J7GA 2WMFA 4LX4A 2HISA 1XYZA 5A6KA 5A3HA 3UERA 1EOKA 2YDRA 1VEPA 2ZX7A 1P6WA 1M03A 4BCEA 3ZQ9A 1V03A 1FOBA 4UQDA 4OZOA 4J27A 2BFGA 2OSWA 3AXIA 1EO5A 1NWUA 2CKSA 3MS8A 5C71A 3GNPA 4M80A 5E6YA 3N1AA 3OLGA 3OGSA 4DUWA 1B31A 5CSUA 1X1NA 1NQ6A 2VMFA 3AIUA 1H11A 2WANA 5ECUA 4R5EA 1E5NA 1VF8A 2EO7A 1JF5A 4K68A 1UUQA 2ZX8A 1J01A 3MMWA 1V6XA 3K8LA 1HT6A 5HDRA 1QI4A 2GJPA 1XH0A 1EQCA 4U5KA 3U57A 1BFNA 1OD8A 3DC0A 4HPHA 4MB1A 1CLXA 1CGYA 3BSGA 5AYBA 4TUFA 5D9MA 3WD2A 1MQRA 4MNLA 4JZ5A 2TAAA 3AYRA 2Y2WA 2OYKA 1CWYA 3MV01 3PTMA 3BLKA 2FHFA 1YHTA 3WF4A 4YHEA 4BQ5A 1JZ4A 1PX3A 3JUGA 5CJ5A 5CPSA 3BAXA 4J3XA 4V28A 1QVBA 1NP2A 2E9LA 3AXXA 1M53A 1HIZA 5A8QA 4TTUA 3SUTA 4CD5A 2X2YA 2D20A 3SCRA 1CDGA 1BGAA 3GBDA 4JKMA 1J9YA 1H0GA 1W9UA 3IAPA 3WY1A 1J0JA 4CKQA 1BYAA 1XRVA 3M6DA 4PCTA 4CGTA 4AZGA 3L4WA 4Z2KA 4E4PA 5A94A 2ZXDA 2WVSA 3ARVA 1JNDA 1I1XA 1GOKA 4P7RA 3CGTA 4D6GA 3L4VA 3OGRA 1D7FA 3VIKA 2VX7A 4GO8A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 3MSG A;  4PMZ A;  1RP9 A;  1C3F A;  3WDJ A;  1BVN P;  5BXP A;  1IZJ A;  1VEM A;  3VX0 A;  3ZJ7 A;  4HME A;  2DIJ A;  4PMU A;  3O9N A;  4AIS A;  3D5H A;  2WC3 A;  1JGI A;  1ESW A;  3CBW A;  5A69 A;  1QI3 A;  1MVY A;  3WN6 A;  3ARX A;  1KXH A;  3QOK A;  2BNJ A;  1F4H A;  5CG0 A;  1ZJB A;  1QHP A;  3A6O A;  3VIG A;  1LG1 A;  2CCR A;  1BSI A;  3N18 A;  1JDD A;  5F7U A;  4P7N A;  4J3V A;  5EFF A;  2DPE A;  4W8B A;  2FHC A;  5I24 A;  5BRP A;  2DT1 A;  4AEF A;  1C7T A;  2EJ1 A;  5D9P A;  2EPN A;  1Q6D A;  2VZU A;  3A4A A;  3VIP A;  2JEQ A;  3QOM A;  2PI6 A;  5DO8 A;  1KCL A;  4AZC A;  1JYN A;  1R85 A;  2RGM A;  3TP4 A;  4AYS A;  3VD9 A;  5AC5 A;  4NF7 A;  1B2Y A;  5A6L A;  3OZO A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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