1MXS | Genus

Total Genus 75

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	75
sequence length	216
structure length	216
Chain Sequence	LSMADKAARIDAICEKARILPVITIAREEDILPLADALAAGGIRTLEVTLRSQHGLKAIQVLREQRPELCVGAGTVLDRSMFAAVEAAGAQFVVTPGITEDILEAGVDSEIPLLPGISTPSEIMMGYALGYRRFKLFPAEISGGVAAIKAFGGPFGDIRFCPTGGVNPANVRNYMALPNVMCVGTTWMLDSSWIKNGDWARIEACSAEAIALLDAN

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__056010518318149__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__056010518318149__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1MXS/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__056010518318149__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"056010518318149","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1MXS/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__056010518318149__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfb9b662dc6e558c6b29661/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfb9b662dc6e558c6b29661/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfb9b662dc6e558c6b29661/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cfb9b662dc6e558c6b29661/pdb.gz): 164 ms

reading 216 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

216 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 46 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:215});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
publication title	Structure of 2-keto-3-deoxy-6-phosphogluconate (KDPG) aldolase from Pseudomonas putida. pubmed doi rcsb
molecule keywords	KDPG Aldolase
total genus	75
structure length	216
sequence length	216
ec nomenclature	ec 4.1.2.14: 2-dehydro-3-deoxy-phosphogluconate aldolase.
pdb deposition date	2002-10-03

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF01081	Aldolase	KDPG and KHG aldolase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	1mxsA00

3W2KA 2X30A 5AHEA 5D05A 2C18A 3GR7A 3VE9A 1LZOA 3T44A 4O12A 2ISVA 3W6YA 3C56A 2ZZ2A 3FEMA 5G5IA 4UTUA 1J5TA 3BW4A 4HKPA 1IXPA 4GUIA 2AQWA 1ME8A 1IIGA 3W7GA 1W5MA 3PSWA 1OYCA 1RD5A 3IGXA 1VQTA 2ZTJA 4O11A 1THFD 2W0UA 3W7DA 3AJXA 1XM3A 3S5ZA 4I7WA 1H62A 4XZ9A 2NX9A 2V81A 2QCLA 3QRHA 4LV9A 3GYEA 3NQ6A 4POCA 3C8FA 4HHPA 1TV8A 1LLWA 4O53A 3PC0A 3VCRA 2V9DA 2ISWA 3MWAA 1H61A 2ZRVA 4JTFA 1KM1A 3TMLA 4DEFA 3NPUA 2BZNA 3BLEA 1O94A 1FCUA 3UWUA 5EA9A 4K38A 4R34A 1FDYA 5I3IA 5KTLA 3UWVA 5TQLA 2QCDB 3KRUA 1GG0A 2CZ5A 3L5AA 5GVJA 4O54A 4Y9AA 4DPQA 2E6DA 3FJLA 3M16A 2E6FA 2DZWA 5AHMA 1TPDA 3MP5A 4O1AA 4CQ8A 3TSBA 3W1LA 4QQ3A 3GNDA 1OFQA 4AWTA 1K8ZA 4UTLA 4GJ1A 4BK9A 4GUFA 4O1BA 1MZHA 5LSMA 3PULA 4WY0A 3SGUA 2GVJA 2IQTA 5LNRA 3DBPA 4X3ZA 1KV5A 3O16A 3G8EA 4AF0A 4LV4A 4JX4A 4WQ6A 2Y70A 5BOOA 4OWGA 5BMXA 4UTWA 3TQ0A 4DO6A 4PFMA 4OV9A 3QPYA 2QKFA 2VXNA 3W7IA 5DN1A 1HO1A 1G4PA 1KM6A 2I9EA 5FEWA 3SR7A 4O57A 5EKYA 2PE4A 1W5OA 4Y8FA 1ME7A 2GVLA 2WSQA 4NJKA 4U4MA 3W76A 1SQ7A 3QM3A 4K8HA 3P60A 1X8FA 5K4XA 2P0OA 3MYPA 3L5LA 2UV8G 2HSAA 3R2GA 3CB8A 1RVGA 3DI1A 3A21A 3STFA 3GDTA 3G1DA 4NJJA 4O14A 3I7QA 3IIVA 5U4NA 4NX5A 2VFIA 1OHLA 1TPVA 3VKJA 1SFLA 1KTCA 3GKFA 1F76A 4A3UA 1P0NA 3O07A 4IX0A 4WZHA 4N6FA 1LRQA 4ICNA 4BR1A 3S5OA 2VENA 1H50A 3W1TA 4LU0A 5G2IA 3UQNA 4DELA 1UJPA 3G18A 2ZZ4A 4FB7A 1FXQA 1VGAA 1KTBA 4IUOA 1JJKA 3OVPA 4N02A 4Y96A 2JK2A 3CWOX 1G67A 1WV2A 3UXDA 1YDOA 3WJYA 2Q8ZA 5EPDA 4Y90A 5CGQA 3B0VC 4OT7A 4MYAA 5FI8A 4XQ6A 1K7EA 2A21A 4NX0A 3W07A 1GZGA 1ZCOA 3GDKA 3G1XA 4JS3A 3QJAA 5KINA 4JY9A 1R2TA 3UY7A 5LZLA 1K8YA 4UTKA 1JVNA 4DBDA 2ZFAA 5EYWA 2EGZA 5HUOA 4EVZA 3W84A 1CW2A 2Y7EA 5T26A 2NX3A 1XXXA 1FY6A 4FNPA 2EF9A 3GDMA 3B05A 4HPXA 1M7OA 2DP3A 3ABOA 1Q6LA 1B4KA 3QMSA 3R89A 3MHFA 5CPNA 2H8XA 4NNAA 3DAQA 5AHNA 3G1VA 2JGYA 1QO5A 4NZJA 3TU9A 5L9FA 4O13A 2ALDA 4O17A 1DQXA 3DFPA 1FWNA 3LHZA 3FOKA 5LNSA 1EIXA 3M5VA 2DZUA 3DH7A 1S3HA 5KZDA 4FXRA 3TV8A 2CLEA 2GQ8A 3LTYA 1NFBA 1F2JA 4HSOA 3MW7A 1OYBA 1RQHA 3W3OA 4E0CA 2NXGA 3EKZA 3SJ3A 2NX1A 3CLMA 4RR4A 3B03A 5D04C 3PWAA 3FYPA 3EXTA 2ZQ0A 4FX6M 3I65A 2A5HA 5DY3A 3W9ZA 2TRSA 1G7VA 2FDSA 5CPMA 5D09A 3SGZA 1KW1A 1VYRA 3H54A 1SO5A 1KM3A 2ZZ5A 4YLWA 1GQNA 4IMFA 4S1FA 4DF0A 2KZHA 2JKAA 3R12A 4GUJA 4EOUA 3ANYA 5K9DA 3G1AA 2V5LA 2QJIA 4MOZA 5E1QA 2CWNA 4KFOA 5KMYA 3O15A 4IMGA 2A6NA 5EBUA 4HNVA 4GFSA 5FF2A 2GVGA 3DFQA 3O1NA 4IQLA 3NM3A 2R14A 1W8SA 4BWLA 3MP3A 4JY8A 3HB9A 5AHIA 3FYOA 4NJGA 1OX6A 2FPVA 1WDWA 4XBKA 3KVMA 1TJPA 1SPQA 1XCFA 3W1PA 3QW4B 2HS8A 1A5AA 4QM1A 2DZSA 2PC4A 5LKYA 3QW3A 2J88A 1FWSA 5D37A 3KRSA 4K8EA 3L0GA 2F84A 2X1SA 4P2VA 3KHJA 4YL2A 1T99A 1KBIA 4DF2A 1SZGA 4IMCA 5HWJA 3W7EA 3MI3A 3LBMA 3E02A 3NEVA 1TCDA 2A7NA 2H3DA 3SZ8A 2V2HA 4H6KA 1SO3A 1CI1A 4GWEA 2BSLA 1DL3A 4Q32A 2NUWA 1D3GA 5G4EA 3G1SA 1TV7A 1VYSX 5D03A 1JCNA 4MYXA 4EF8A 4CQAA 3LCFA 1LBFA 1JUKA 4WOZA 5LGZA 4QIUA 1DBTA 1TPB1 2GOUA 2ISSA 4NQ1A 5K9XA 5DY2A 4HN4A 3SSJA 2BLEA 2P1FA 3BGGA 3PR2A 3RFAA 3N9SA 3HG2A 2O7QA 1I2QA 3LBCA 3P82A 3HO8A 3C52A 1L6SA 4AH7A 1IXQA 2A7PA 1W3TA 2NXIA 5A5WA 4AWUA 1P4CA 1WXJA 1KM5A 3PG9A 4QJ1A 5J5RA 1PHQA 3NM1A 1VYPX 1GOXA 3HG3A 4LVDA 3C2VA 1QOQA 4JX6A 4TX9A 1MO0A 3BG9A 1XDMA 4PL1A 4DXVA 4PC8A 1F05A 4DO5A 3W7OA 1RPXA 4IGHA 3TC7A 4UXDA 3OA3A 1B57A 2YCEA 2PRMA 4M7TA 2ZA3A 1EX5A 3QMRA 1HUVA 3MP4A 1VHCA 1QMLA 2Q3OA 2D73A 1QPOA 3PBUA 1GYNA 2Z6IA 1DQWA 1PCWA 1R46A 2TYSA 3IIXA 2XN1A 5HULA 1O5KA 3P67A 1W1ZA 5D30A 1OX4B 3L68A 3STCA 1F7BA 3W74A 1LOQA 3NO5A 4GE8A 1O4UA 4ZZ9A 1VLIA 3LHUA 1LP6A 2B4GA 4M5PA 4S2BA 5F2LA 2E5DA 1SW0A 5F2MA 4MFDA 4TR9A 4UTMA 2ZRXA 4LS1A 1JCJA 1SFJA 5G2WA 3HQ1A 2A1YA 4NJHA 4JTTA 1JUBA 3LLDA 1VH7A 5D2VA 3W88A 3G3DA 3BVJA 5CZSA 2NZLA 4K7VA 1W5NA 5CPLA 1W37A 1QNVA 4FIRA 4UFLA 3OVQA 2FQIA 4HT3A 5G2HA 1VZWA 2PCQA 1ML1A 3W71A 1NSJA 1YDVA 3E9AA 3S8HA 4MLRA 1TTJA 3USBA 3W23A 2VFDA 2V5BA 3S9YA 3HGSA 4QAIA 1OJXA 3KVLA 4CCCA 4B5NA 1PE1A 4WY0F 4WUIA 3N2MA 3TUUA 4PL2A 3L0KA 3N2XA 1JCYA 3CPRA 1R2SA 3HGOA 4TIMA 3F4NA 1MSSA 1V7YA 4C1KA 2QCHA 2DJLA 4TU1A 4RK8A 1H7PA 4O4VA 2ZRUA 1A5SA 4JTUA 3I68A 3HIJA 3VI2A 3OEXA 1YXDA 4RV8A 3RF9A 5CZ0A 3Q2DA 1FWTA 4UTWC 3M5XA 3NQAA 3MBFA 1K8XA 2EKCA 2A6LA 1OFPA 1S5TA 2YYTA 4N4PA 2QUUA 3NZRA 2V0TA 3LXBA 1YTDA 4I9AA 3WJXA 3NR0A 4CNNA 3W7QA 5I3KA 3L67A 4UFIA 4PCFA 1EA0A 3EX4A 2FB2A 1H1ZA 4LUJA 4ML9A 2WNNA 1G4EA 4GUHA 5BNKA 3OBKA 1YPFA 3JS3A 4NNBA 4OHQA 4K6AA 3MBDA 3JR2A 1HFBA 4JTLA 2YDAA 3T55A 3P61A 4R33A 3R8RA 1DHPA 5DCEA 3C61A 4EIVA 2DORA 4UMAA 5H2ZA 3W7CA 3HF3A 3EWUA 3THAA 2GJNA 1YXYA 4IMEA 2TPSA 6ALDA 4ZQCA 1AL8A 2C13A 5AHFA 4YCPA 4FIQA 3FKKA 3UWQA 3A23A 2FPTA 4O15A 1WBHA 2CFFA 5DXXA 4N9BA 4O19A 2ZDRA 1AK5A 1RQEA 3UYCA 1GTHA 4XKYB 4WJEA 3OHIA 2OX1A 3FFSA 3QYQA 4GRSA 4JYDA 3KVJA 2PURA 2Y85A 1X6UA 4GXMA 3FKRA 1C8VA 2P10A 3DZ1A 3L9CA 3SFKA 3DHDA 3Q37A 1ZFJA 3LCIA 3LGEA 3L2IA 1JR1A 1SSDA 4O0ZA 3VFLA 1ADOA 2VFHA 1KLZA 3NXFA 4BI7A 3F03K 3PVFA 5C2XA 4XUGA 1KFCA 5IBXC 4FXSA 1LTDA 1KFBA 3IGSA 3W2UA 1DJQA 5AC6A 2YFOA 3NAVA 3QMTA 5K2ZA 3I7RA 3EX1A 4Z1BA 1LLZA 3UPBA 3W22A 3LRLA 3DFSA 1ALDA 3MUXA 2EAWA 4M6QA 4MZ1A 3MHGA 2QAPA 2WOQA 5A8GA 2DZPA 1Z41A 5LNVA 3W1RA 1SZNA 1TB3A 5DBTA 5FF7A 4UTTC 3ABSA 4WD0A 1KM2A 2FJKA 4QITA 4JIQA 3IRDA 1ZAIA 1YADA 1FDZA 3W86A 2E09A 3TH6A 2NUYA 3NQEA 1RZMA 2OT0A 4IMDA 3HGJA 3SI9A 3HG4A 4DPPA 3TQVA 2Z6JA 2OCZA 1O5XA 5CSSA 1FCQA 5FEPA 5MHBA 1B4EA 1XBVA 4AVFA 1EP3A 4DO4A 1LORA 3GXPA 1VCGA 2YW3A 5BMWA 3ATZA 4RJEA 3LHTA 4JYEA 4BWLC 5HQEA 1EUAA 3KAOA 3GIYA 4RZ6A 3P8JA 4I7UA 3LCXA 4NU7A 4TMCA 1T0OA 4UR7A 1KM4A 3KRZA 3F1QA 1U83A 1DJNA 3CHVA 1HTIA 2CLHA 2WNQA 1OFOA 4IOTA 1KFEA 5KSWA 3C2RA 3G1FA 5TIMA 1PCKA 2DZVA 1LRNA 4UFJA 3FJ6A 1GYLA 1TYGA 1G6CA 4O10A 2V2CA 3TSMA 2VFFA 5C54A 2RKXA 3G22A 3TDFA 1U5JA 3A9IA 2VEPA 2W6RA 2QEZA 5ABTA 4GC4A 4ZQNA 2G95A 1IGSA 5I3JA 2WSRA 1MEIA 4FX8A 4JTIA 3P8IA 2V82A 3BGJA 3P81A 4A21A 4HNTA 5L6UA 3P7YA 1TTPA 3N9RA 1K03A 4LUIA 3KX6A 1H60A 1HG3A 1LBLA 1XBYA 3B8DA 3H53A 4Z1CA 3IVSA 4RXGA 3L21A 2Y7GA 5IM51 3IIOA 2HS6A 1KFKA 4JICA 3U2OA 2Q3RA 1QFEA 2XFWA 2ATMA 2Y7DA 3TR2A 1TRDA 2NLIA 1YLVA 1TPWA 2TSYA 4N6EA 1T96A 1W56A 3C3NA 2E1DA 4A2SA 1PV8A 3W85A 4ADUA 3ABQA 5F2GA 2X1RA 1NAL1 3LCHA 1GEQA 2YPIA 2R94A 3WK0A 2GPTA 3NOEA 4Z1AA 2WNZA 1OFDA 4NVTA 1JCMP 1ONRA 3PS7A 5FEXA 3ELFA 4YCOA 3BPWA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1EB3 A;  2XWD A;  2VKZ G;  1W3I A;  2CLK A;  4RLI A;  5C7H A;  5FKY A;  4YTR A;  4DIA A;  4QEE A;  3S6D A;  2C0H A;  2CET A;  2R1L A;  4LWW A;  5SWU A;  3RHG A;  3E0I A;  4CQ9 A;  5CBI A;  3WYZ A;  1L9W A;  4S38 A;  1DWI M;  3B06 A;  3T0B A;  1SW7 A;  4F0S A;  3S2C A;  1EYW A;  3IK4 A;  3NNT A;  3OGV A;  4LS0 A;  4IPL A;  1GZ1 A;  1T5A A;  1M01 A;  1ICP A;  1ADD A;  1TPU A;  2EJA A;  2J7H A;  4J2M A;  4LT9 A;  2RDW A;  3TKF A;  3U6W A;  3VAB A;  1KTN A;  1NP0 A;  2Z2U A;  3CHC A;  3IJL A;  4OQV A;  4LYP A;  2YBV A;  1W54 A;  4DUW A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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1MXSA

Total Genus

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Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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