1MXSA

Crystal structure of 2-keto-3-deoxy-6-phosphogluconate (kdpg) aldolase from pseudomonas putida.
Total Genus 75
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
75
sequence length
216
structure length
216
Chain Sequence
LSMADKAARIDAICEKARILPVITIAREEDILPLADALAAGGIRTLEVTLRSQHGLKAIQVLREQRPELCVGAGTVLDRSMFAAVEAAGAQFVVTPGITEDILEAGVDSEIPLLPGISTPSEIMMGYALGYRRFKLFPAEISGGVAAIKAFGGPFGDIRFCPTGGVNPANVRNYMALPNVMCVGTTWMLDSSWIKNGDWARIEACSAEAIALLDAN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure of 2-keto-3-deoxy-6-phosphogluconate (KDPG) aldolase from Pseudomonas putida.
pubmed doi rcsb
molecule keywords KDPG Aldolase
molecule tags Lyase
total genus 75
structure length 216
sequence length 216
ec nomenclature ec 4.1.2.14: 2-dehydro-3-deoxy-phosphogluconate aldolase.
pdb deposition date 2002-10-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01081 Aldolase KDPG and KHG aldolase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1mxsA00
2E6YA 3TK7A 1UBSA 3PVFA 5AC7A 3P5ZA 3P8JA 5I3GA 1VLWA 4BWLA 1RZMA 1OFBA 3GXTA 3GIYA 2QUTA 2G97A 1H7NA 4QJ1A 3CPRA 4TU1A 4O19A 3VFLA 1TJPA 5DCEA 1SZNA 4NXKA 3G3DA 1OFPA 1JCMP 3M5XA 4UFMA 1KTNA 4JR5A 3FEMA 2A6NA 1K7FA 2ZRXA 2QCNA 4O53A 4KFNA 3OVPA 4JTJA 1M6JA 5AHMA 1P4CA 3R8RA 3W73A 2CLKA 4MKNA 3O8AA 1O60A 3YPIA 4CNPA 1KM5A 1ZY9A 2TPSA 1NFBA 3W7GA 5FEWA 2CLFA 2G95A 3GKFA 3CU2A 3DKLA 3F03K 2QJIA 3O6CA 1GTHA 1H1YA 2HS6A 4S2CA 3C0JA 3QW3A 1FCBA 1KM6A 1X7FA 1LRNA 3LERA 3QFEA 2B7NA 4AAJA 1ZALA 2GVLA 4UFHA 4B5NA 1WA3A 1NF0A 1YDOA 1G4TA 3K30A 1BEUA 4Y6GA 1DJQA 2OZ0A 3KVJA 2ZZ6A 3IVUA 3HGSA 2W6RA 3NXFA 6TIMA 1D3HA 2C19A 3EWZA 4RZ4A 4L4LA 3HBLA 3LHUA 4FIRA 4FNRA 2VKZG 1X6UA 5F4XA 5AOUA 2TYSA 4G1KA 4LU0A 1WBHA 2HMCA 1LDCA 3NVTA 4TR9A 3STCA 3W2JA 4AWSA 1OX5A 1QPQA 4MYXA 3QEZA 2E6DA 3W1QA 3B05A 1RQEA 2VFGA 3LCWA 3BG5A 3TIMA 2ZRYA 5F4SA 3W7JA 1SQ7A 3W7EA 3GAYA 1GVFA 2CZFA 1FQ0A 2WNZA 5KZEA 3G1YA 2H8XA 3L68A 4RXFA 4MPQA 1XBZA 1EX5A 2CLIA 2QCCA 2CW6A 4RXGA 1VYSX 2WPBA 1S5VA 3P74A 3IEBA 4MJMA 4JIPA 1OVDA 2V2DA 3L67A 3WJWA 5G5IA 1KV8A 3WK2A 2DZWA 5FF2A 1ZENA 5CZTA 5U4NA 2VFHA 3NQ8A 2J9YA 1ZAJA 1ZCOA 3ANYA 3IGUA 2JKPA 5FF3A 4R33A 5DCDA 1YTDA 3W7KA 3W2NA 4RJEA 1FDZA 4I9AA 2NZLA 5G2IA 4LT9A 5CPNA 1TPH1 3E49A 1QMLA 1YPFA 5AC8A 1ZFJA 2YW4A 4XQ6A 3TMQA 3GAKA 5AYYA 5E93A 1QOPA 3DBPA 2BX7A 2PRLA 3CLMA 2DZTA 4FNPA 2NLIA 4ZQPA 3SIZA 3EWWA 4XTDA 2C0AA 2AGKA 7TIMA 3TW7A 2OJPA 2YGYA 4YWIA 1ZHAA 2RHGA 1YXCA 3W7DA 4ZMGA 2Q3RA 3TSBA 1W3IA 1ZJIA 2FB2A 4LV9A 3P84A 3S1XA 5LHFA 3UD6A 4QQ3A 2DJXA 3M1ZA 3PC0A 4UTHA 2J27A 5A8GA 2QJGA 1I2OA 1VS1A 3LOTA 4BFAA 3W70A 3NPUA 1JQVA 1MXSA 3MP5A 4O52A 3NAVA 2EKCA 2QCHA 1S5TA 1SO3A 1YPIA 3W23A 4PA8A 1ML1A 3WJZA 2W79A 4FXSA 2GJNA 3O05A 1FWNA 1IXNA 1W31A 3A21A 1G67A 1EEPA 3MO7A 5FEZA 5DXYA 3RFAA 2Y6ZA 1IF2A 3PUOA 5DXXA 1W5OA 1AL7A 2DZPA 2PRHA 4MY9A 1FX6A 3G8EA 3M9YA 2C6QA 4EOUA 3P8IA 2C1HA 5BMWA 3IGXA 4QSHA 2OT1A 2Y89A 3LXAA 1WAUA 5DN1A 3EX4A 1DBTA 2Z6IA 2A7NA 8TIMA 4AB4A 2OMAA 4LV4A 3W2MA 5HUOA 1V7YA 2ZRWA 1YYAA 2OCZA 3TJXA 2X16A 5HJLA 2Y7DA 4QITA 3S5ZA 4PTNA 3HG2A 1W5MA 1K02A 3BK0A 5LNUA 4FX6M 4R34A 4DF1A 3W1AA 3M6YA 1TV8A 3QSTA 3KRSA 5D33A 2A7PA 3W7OA 3O15A 3UYCA 1JJKA 3TE9A 1PV8A 1L9WA 2VFIA 3GDLA 4Q4KA 4BI7A 2I9EA 1TIMA 1VCVA 1QDSA 3JS3A 1A5BA 5I3HA 3MP4A 3KFTA 1B4EA 3O07A 4HPXA 3NR0A 4K7VA 3IRDA 3PBWA 3UPWA 2G5WA 3S0CA 4O57A 3KRUA 1G4PA 3OBKA 4UTUA 3NYZA 4NX0A 4AHQA 2QCDA 1W5NA 3GDKA 3TXVA 3W7CA 4UFIA 4JXCA 4EIVA 4UFLA 1F74A 2DZVA 1DV7A 5F1VA 3OA3A 3ZS4A 1SW3A 2V0TA 1TV5A 2DZXA 3MBFA 1C29A 4O17A 3W1MA 4JTSA 3CEPA 3C8FA 2QAFA 3QM3A 3TUUA 4XUGA 2Y62A 2A5HA 4BK9A 2YYTA 4GUJA 4M5PA 3G0XA 1OX6A 3BGGA 5C6MA 1D9EA 3UY7A 5KZMA 3B0PA 2X1UA 3W1XA 3CHVA 4GJ1A 4X2RA 3NA8A 3TR2A 5EKYA 3W76A 1VRDA 5EMUA 4KFOA 4AXKA 5AYXA 1U5JA 3TC7A 1BTMA 2NUYA 4ALDA 5I3KA 5G1TA 1GVOA 3G1HA 3C3NA 3FYOA 3PR2A 3LXCA 4DO6A 2E5DA 1ME7A 2XN2A 1ME9A 4GXMA 4KWVA 3O06A 3OIXA 1LTDA 5KTLA 1ZAHA 2QCDB 4IUOA 2YR1A 3MHUA 1ALDA 1GVSA 4LNYA 1M7OA 2XN0A 1Q6OA 3WJSA 4FIQA 1OYAA 3D0CA 4LS2A 1EP3A 3BPWA 3IGSA 3R13A 2A1YA 4ADUA 2WSQA 1J2WA 1DORA 2Y7EA 1L6SA 2H90A 3BLEA 1PHWA 1MSSA 1UJPA 3NDOA 5D04C 3A9IA 3M41A 2GVGA 2ZDRA 3UNDA 1HUVA 4Y90A 4Q32A 5KZDA 5KITA 4PL2A 4ZQMA 3TQ0A 5C2XA 5AFDA 4NJJA 5D2XA 1VYRA 4XBKA 3TFXA 4O28A 1VYPX 4UTTA 3B04A 3MJYA 4UFKA 5D09A 1JCJA 4W9TA 4IWWA 3G24A 4AEOA 4MZ8A 1I45A 1EUNA 2ZRZA 1F5ZA 2ZTJA 4K6AA 3NQAA 4NJIA 5K7JA 3LX9A 3I7QA 3LHWA 3BV4A 1X1ZA 4JTGA 3NG3A 3HPSA 1W37A 5HWMA 3LHVA 3TMLA 1TO3A 4JTFA 4NZJA 3P82A 1TYGA 5ABTA 4JY9A 4LVAA 3SSJA 1VH7A 5HNRA 3NQMA 5LKYA 1W56A 5AHIA 2WSYA 3KVKA 1GZGA 3DH7A 5KINA 5CZSA 4JN6A 2GOUA 3PSWA 1OFAA 2ZZ5A 5CPOA 4UTTC 3PF3A 1TSIA 1OF6A 3O6DA 3N19B 3B03A 4UNLA 4JS3A 1NVMA 1I2QA 3W7RA 5F2MA 1W0MA 1OFDA 1PL9A 3LLFA 2VELA 5IBXC 4MY1A 3FJ6A 3O63A 3DKJA 3W7QA 5LNRA 4ZZ9A 3E12A 4N9EA 1OFEA 2ISSA 3UXDA 2YCEA 1VZWA 3QYQA 3CIXA 4KFPA 3MHGA 4M7SA 3IIPA 5D03A 1HG3A 3G1XA 3KVLA 1G6CA 4FNQA 3NM3A 4CNOA 4AWUA 2VEIA 5H91A 2J6XA 2BWGA 4HNNA 4DF2A 2YPIA 3LV6A 4X9SA 2HSAA 3KX6A 4JTEA 1FCQA 1W54A 2LLEA 3WJYA 5LNWA 1Z42A 3W74A 5K9DA 1QPOA 1LLZA 2FJKA 4LS0A 3NZRA 5I3JA 5FF7A 1HTIA 1GQNA 3FYPA 3MYPA 3I6RA 4JNMA 1FBAA 1OF8A 1SFLA 4RLIA 3G1SA 2YDAA 2B4GA 5HUPA 3DU0A 1BKSA 4WD0A 2X1TA 4AVFA 4EVZA 3G0SA 1XXXA 3W6YA 1YTEA 3W85A 3W84A 3QPYA 2RKXA 3GVGA 3L2IA 1WBJA 1TQJA 4JIQA 3JRKA 3UQNA 5HULA 5G2WA 1KFKA 1O95A 3SI9A 4HHPA 1KTBA 1SW0A 3DGRA 3LHYA 3LDVA 2E1DA 3TSMA 4J9JA 4IJBA 1AW2A 3Q94A 4O0ZA 4WJEA 1IGSA 1TTIA 4LY8A 2F7FA 1FDYA 1OHLA 2E77A 1JCXA 4DPPA 1TRIA 5K3VA 4JTTA 2C15A 3UPBA 4NVTA 1QFEA 2ZZ7A 3FKRA 1DHPA 5IM51 5HR6A 4DO4A 3HIJA 2GQAA 4O1CA 2V81A 3EEGA 4UTKA 1S5WA 3LI0A 1GVRA 1TPUA 3U6WA 1QAPA 3G1DA 3L66A 4IX0A 2QKFA 4XZ9A 1JUEA 3RMJA 3AJXA 3TJLA 5AHLA 5BMXA 3M16A 2GVJA 4OU1A 4JX6A 3I7SA 3S1VA 3VKJA 3G1VA 4CCCA 5FESA 3LCFA 2GUUA 3NQCA 3CM4A 4NJHA 2ZA2A 4WQ6A 4GE8A 1VCGA 4O16A 1PE1A 4OWGA 4HT3A 3NO5A 1EIXA 3QW4B 1QCWA 2X30A 4WY0A 3DFPA 2WJZA 1KA9F 2JBMA 3M47A 5K4ZA 5CZ0A 2C16A 4NNAA 2V8ZA 3O1NA 4YL2A 3W9ZA 4CNNA 4R7JA 5KMYA 4MFDA 4IGHA 2H3BA 4GUFA 2CZ5A 4JYDA 2DORA 3T55A 4AMAA 2QCEA 4LC8A 3DENA 4HSOA 1WDWA 4NZFA 5D32A 4O4WA 1F6PA 1XCFA 3P5YA 1H7OA 4M6PA 2EPHA 2ZZ1A 4WZHA 1OABA 4HKPA 3N34A 3C61A 2FPTA 2YSWA 4EF8A 4RK8A 2V5BA 3HB9A 4LVFA 4N02A 3STEA 5TIMA 5DLCA 3NQ2A 1Z48A 2C14A 4WOQA 1DL3A 2E6AA 1H7RA 5LSMA 3N3MA 1D3GA 2DZSA 2ATMA 2FPVA 1H62A 4MJZA 5TQLA 5FF4A 2QEZA 3P7YA 1L6YA 5AB3A 1JR1A 4ADTA 2O7QA 2ZZ2A 3W86A 2RDWA 3CT7A 3IIXA 2ISVA 1L2UA 4AWTA 1K7XA 5AYZA 2Q8ZA 2QCGA 2QJHA 1A5AA 3C4UA 2R14A 3IV3A 4UTWA 4JTIA 3C52A 3C2RA 4JX5A 3NPWA 5BNKA 3EX1A 1YXDA 5CZJA 3OVQA 5G4EA 1FWRA 1YLVA 2V30A 1LP6A 1XUUA 3FOKA 1JULA 3FFSA 1EWDA 4BR1A 5AC6A 1I2PA 3ATYA 4RX0A 3WK3A 1UUMA 3S1UA 5BRBA 1NEYA 1B4KA 2FFCA 2H3DA 4K38A 4DO5A 4FNSA 4PODA 3W87A 4A2SA 4DEFA 5HWJA 3TAKA 3MI2A 4AHOA 3BW4A 1N8FA 3R5EA 4A29A 1VR6A 4N6EA 3LV5A 3CIWA 1KM4A 3SY5A 5F2GA 3PY2A 5CPMA 3V75A 1LOLA 1V5XA 3B0VC 5J5RA 4FX7A 3E96A 2I14A 4IMCA 1LOQA 1MEIA 4UTWC 3AO0A 1QO2A 3G18A 1FCVA 5D02A 4GRSA 3S8HA 2OT0A 4HPJA 2VC6A 4LRTA 1GJPA 4IX2A 4M6QA 1LBFA 3SFKA 3LHTA 2FTPA 2GQ9A 1TTPA 2R8WA 1SZGA 3PWAA 4NJGA 4IMGA 3GNDA 3VE9A 1TMHA 5CPLA 3TROA 1W1ZA 3DI1A 3W7LA 2Z0IA 3M5ZA 3L0KA 3DFSA 1VLIA 3NPXA 5FEPA 3NL6A 3NQ7A 3QJAA 3DFOA 4O1DA 1GPWA 4IPIA 3DFTA 5HWNA 4UMAA 1NSJA 2QCMA 2V5LA 5AHNA 4WXZA 4I7UA 4WX2A 2RH9A 1W8SA 3QMRA 3WJXA 2VEPA 3L21A 2CLEA 3ATZA 5BW6A 2CZDA 3HG4A 4PCFA 2Y88A 3TQVA 3TQKA 1P0NA 2YXGA 1IXPA 3NNTA 1RQBA 1RV8A 4H6KA 4UC5A 5SWUA 3C6CA 5LNVA 5L9FA 5EPDA 3GYEA 4KWWA 3UWZA 4GUIA 1YADA 3GR8A 1LBMA 3TC6A 3F4WA 4Y96A 1FDJA 3P67A 4JTUA 1R2RA 1OK6A 3FJLA 4JDYA 1XC4A 3LTSA 1T8XA 3B4UA 4RZ5A 1J4EA 2A85A 4ZQNA 4ZQOA 2BSLA 4PC8A 5H2ZA 3NM1A 3S9YA 2VENA 5F2IA 1K8YA 2RDUA 1U83A 2WSRA 2NX9A 1XBXA 4DQWA 1FWWA 5EL1A 5TBOA 3RNDA 4GBUA 4YMZA 1PCWA 1YXYA 4LW7A 3ZWSA 4O1BA 1WYIA 4H3DA 4NXSA 3QSRA 4P2VA 2NV1A 3SZ8A 5CKSA 1EP1A 3RF9A 3INPA 1OJXA 1TJRA 1I2NA 2DP3A 1KFEA 1Y0EA 4Y8FA 4AH7A 1QNVA 3DHFA 3KOFA 3A23A 3KAOA 1TQXA 1OX4A 4TMBA 3VI2A 2YFOA 3QH2A 3EXRA 3W2LA 4JICA 2FPYA 1KFJA 3GKAA 4OE7A 1DOSA 3NL3A 4K39A 1TPVA 4MLJA 3QRHA 1I2RA 1MZHA 1N7KA 3HQ1A 3LTYA 4Y9AA 3GXNA 3RLVA 3W72A 3LI1A 4L4MA 3LCGA 1JVNA 3LCIA 4U28A 3NQFA 4ZL1A 2ZZ3A 1QPNA 3USBA 5L6UA 1F76A 1OYCA 3BVJA 3IIVA 1A5CA 1KBIA 3TAOA 3SJ3A 3QPZA 5A5WA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1TVP A;  1UBS A;  4DWS D;  3B4Y A;  5AC7 A;  5CEW A;  3WNN A;  4EKJ A;  1A4L A;  3P8J A;  2V5J A;  2Q01 A;  3ZT7 A;  3GIY A;  3VKA A;  3NUR A;  4TU1 A;  1S2C A;  3VD9 A;  5DCE A;  2BXZ A;  4NXK A;  2D2J A;  1JCM P;  3M5X A;  3IGH X;  4ZE5 A;  4JR5 A;  4BS0 A;  1OQF A;  2HE5 A;  2F8Q A;  4KFN A;  2WJE A;  1M6J A;  5CPQ A;  4B92 A;  3AIW A;  3GHS A;  3W73 A;  3BMV A;  1FWE C;  2WHJ A;  2GYI A;  4F8X A;  1D3C A;  3GKF A;  3SUR A;  2EJ1 A;  2QJI A;  1WZM A;  3RPD A;  1GTH A;  1H1Y A;  4FF5 A;  1EBH A;  4NIL A;  4AIE A;  4UQC A;  1TE6 A;  1GQL A;  4PMN A;  1NDY A;  4GZI A;  2YCL A;  1XLH A;  4QTG A;  1G4T A;  4Y6G A;  3WUB A;  3AWO A;  2XFY A;  3KVJ A;  3NFU A;  2ZZ6 A;  3S6T A;  1HJX A;  3HGS A;  3NDY A;  3V5O A;  4L4L A;  1GYM A;  1MNZ A;  4NF7 A;  3CZK A;  2R6O A;  4DUW A;  2HMC A;  1LDC A;  3ICJ A;  4J2M A;  1Z3N A;  2Z00 A;  4TR9 A;  4DNM A;  3GVR A;  3BLD A;  3W1Q A;  3MKC A;  3DEQ A;  1RCX B;  2VFG A;  3LCW A;  3TIM A;  5FD0 A;  3ZJ6 A;  3W7E A;  1JND A;  1O68 A;  2WNZ A;  5AYI A;  5BXT A; 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