1N7K | Genus

Total Genus 93

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	93
sequence length	234
structure length	234
Chain Sequence	PSARDILQQGLDRLGSPEDLASRIDSTLLSPRATEEDVRNLVREASDYGFRCAVLTPVYTVKISGLAEKLGVKLCSVIGFPLGQAPLEVKLVEAQTVLEAGATELDVVPHLSLGPEAVYREVSGIVKLAKSYGAVVKVILEAPLWDDKTLSLLVDSSRRAGADIVKTSTGVYTKGGDPVTVFRLASLAKPLGMGVKASGGIRSGIDAVLAVGAGADIIGTSSAVKVLESFKSLV

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__477935765334094__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__477935765334094__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1N7K/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__477935765334094__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"477935765334094","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1N7K/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__477935765334094__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfba2392dc6e558c6b29793/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfba2392dc6e558c6b29793/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfba2392dc6e558c6b29793/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cfba2392dc6e558c6b29793/pdb.gz): 335 ms

reading 234 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

234 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 22 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:233});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
source organism	Aeropyrum pernix
publication title	The First Crystal Structure of Archaeal Aldolase. UNIQUE TETRAMERIC STRUCTURE of 2-DEOXY-D-RIBOSE-5-PHOSPHATE ALDOLASE FROM THE HYPERTHERMOPHILIC ARCHAEA Aeropyrum pernix. pubmed doi rcsb
molecule keywords	deoxyribose-phosphate aldolase
total genus	93
structure length	234
sequence length	234
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 4.1.2.4: Deoxyribose-phosphate aldolase.
pdb deposition date	2002-11-15

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF01791	DeoC	DeoC/LacD family aldolase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	1n7kA00

3WJSA 2A6LA 3NO5A 3NOEA 2YYUA 5FF0A 4KWVA 1F7BA 1FQ0A 3UWVA 4DPQA 3W86A 1VCGA 1AK5A 2C16A 4TO8A 1EWDA 4DXVA 1X7FA 3W87A 5HWMA 2ZZ2A 5CSSA 4RX0A 1TQJA 1VYRA 3HO8A 2A4AA 4NVTA 3TCEA 4CQ9A 2QCDB 4HNTA 4XQ6A 4Y90A 3G0UA 1ZCOA 3GXNA 4H3DA 2YSWA 1OX6A 3CM4A 4BWLC 4NUWA 5AYZA 1FX6A 3HBLA 3GR7A 5D38A 4PCFA 3EWYA 2Y6ZA 3L2IA 3HGOA 3NL3A 5K4XA 4LUJA 3EKZA 3LLDA 3MMTA 2Y7FA 2H3BA 2G97A 2PRLA 1RQEA 5LHEA 3UPWA 4DF1A 5D03A 3H55A 4FF7A 3NQ8A 3O05A 1K8YA 1JUBA 2QKFA 4R7JA 3S1XA 3NG3A 1PV8A 5KTLA 5KZMA 3UWZA 1LZOA 1P4CA 1F76A 3ZFHA 4K8EA 2CFFA 4DPPA 2Z6JA 3NXFA 1TB3A 1TQXA 3FYOA 5BMWA 4KFPA 5T26A 2DZUA 4UTTC 4S1FA 5F4WA 5AB3A 3EB2A 5F1UA 3TXZA 5HULA 2YZRA 4BI5A 3NL5A 2R94A 1J5TA 4JD4A 1GTHA 1G67A 2CLIA 4GUHA 4OWGA 3O6CA 2ZRVA 2FPVA 4ZL1A 1T96A 3P74A 2CWNA 1TPUA 4NX0A 1IXQA 4PC8A 5LGZA 2E1DA 2CZ5A 4PTNA 3FKKA 3EWWA 3P80A 5IBXA 5I3JA 3I7RA 4MY1A 3TAOA 5CZJA 2V82A 2DU2A 4Q4KA 4FNPA 1MXSA 5E0KA 3W6YA 1TO3A 1QMLA 4HNNA 3UWQA 2CZFA 2XN0A 3OA3A 3TSBA 1PCWA 1JCJA 5C55A 3HGJA 1JCLA 2X1SA 3W74A 4YXGA 4RLIA 2QDHA 3UZ5A 1J4EA 3DAQA 1HL2A 1LORA 4O0KA 1EUNA 1LDCA 3M16A 3NQ6A 1A5CA 4MZ1A 1YXCA 4O0ZA 4RZ6A 2YYTA 3BLEA 5DBUA 1I2PA 2AGKA 1KM3A 1EWEA 2B4GA 3KRZA 4MLJA 3Q2DA 3EWZA 4ADSA 1ONRA 1LRQA 1O95A 4UR8A 5G2HA 4AAJA 3LRLA 3T44A 5D2VA 5FEWA 1TSIA 1M6JA 1WYIA 4BI7A 5DXXA 3HQ1A 4AXKA 5AHMA 2DZTA 3SJ3A 1VHCA 2ISVA 5LNVA 3IGUA 4EOUA 4IMFA 4O1AA 3SI9A 4X9SA 1PL9A 4ZZ9A 2JKEA 2QUUA 3GDRA 3LCWA 1H7WA 2DJXA 5D2WA 1FCVA 3P5ZA 1RVGA 1YDOA 3W7MA 1VZWA 4BI6A 1LBLA 1EIXA 4Y96A 1ZFJA 3W71A 1WOBA 1MO0A 1P1XA 4FXRA 3M5ZA 4WY0F 4WX2A 3IIVA 4NZFA 4P2VA 3NDOA 5CG7A 3WFAA 3GB6A 5AC8A 2Z6IA 5FF7A 1LROA 3DI1A 1YXYA 6ALDA 1BWKA 3HIJA 1JRCA 3P84A 2ZZ5A 4LVAA 3BG5A 2DZXA 4NT0A 1W5MA 4LVFA 1TTPA 2ZRUA 3W2MA 3IGXA 5I3KA 4LRTA 3W1TA 2Y70A 1WBJA 1OX4B 1R2RA 3TC6A 1VH7A 1PHQA 3NQAA 2J24A 2GJNA 2DP3A 3M7WA 3R5EA 1JJKA 4K38A 1IIHA 3QM3A 1G4TA 1SSDA 4IX0A 2NWRA 5EYWA 2RDTA 4DF0A 3KVKA 3W7KA 4ORMA 1DKWA 4Z1CA 5HWNA 3ABRA 1ZENA 1N7KA 5D2YA 3BGJA 3B06A 2YFNA 1A5SA 2ATSA 1KLYA 1NSJA 3FLUA 1XBYA 1E51A 2DJLA 4JYDA 2CZEA 4HKPA 1GG1A 3DHFA 5E1QA 1GVQA 2EGZA 5AN7A 2QJIA 2V8ZA 4X2RA 1DV7A 3ELFA 1S5WA 3VKJA 1FWTA 5D04C 2RH9A 4O11A 3NYZA 1RV8A 1HO1A 2JBMA 3NQFA 5K9DA 4MFEA 1GWJA 3I7QA 1YADA 4MY8A 3UQNA 3E49A 5J5RA 4JIQA 1W5OA 4O4WA 3W7GA 4IJBA 4JTUA 1XDMA 4YMZA 3NQEA 3R8RA 4MUZA 1LOLA 3SGZA 3EX3A 1PIIA 2X2GA 3L0KA 1QOQA 1TRIA 3OBKA 3HJZA 5HUPA 5HINA 3A5VA 1KLZA 4KKXA 4CCDA 1OJXA 1HG3A 3UD6A 1DL3A 1WV2A 3LTYA 5L6UA 2FPYA 4C1KA 4O1DA 2J9ZA 3HF3A 4LU0A 3R13A 1H7RA 4BR1A 5KMYA 3L66A 5CZTA 3GIYA 1KM1A 3TA6A 3MI3A 4UMBA 1J2WA 3R89A 4GJ1A 4UTMA 4HNUA 3W84A 3DBPA 1LM1A 1G7VA 2DZPA 3TSMA 2NUXA 1ME7A 2Z2UA 5KITA 3BVJA 1JQXA 4XKYA 3UWUA 3BW2A 4IMGA 4MFDA 4NNCA 2QJGA 3GLCA 1L6WA 4ZMGA 1TPFA 4O1CA 4UTLA 5ABTA 3P8IA 2HMCA 3RFAA 2AQWA 4ZQPA 3SW6A 1SU5A 4HT3A 3LBCA 1TMHA 2A0NA 1HFBA 3NZ1A 2WPBA 2BZNA 5DELA 4JICA 3TQKA 4GUFA 3W70A 1DVJA 1F74A 3B03A 3VE7A 3W7HA 2C0AA 3SY5A 2VFDA 2C6QA 4WXYA 5E93A 2C14A 2ZRZA 3CQ0A 4Z1AA 3DI0A 2ZA2A 1F5ZA 3P8JA 4S2BA 4AHPA 1P0NA 3GDKA 1DBTA 4L4LA 4NZJA 3W1AA 2YDAA 1H1ZA 1TPC1 5HR7A 2BLEA 3MP5A 4X22A 1TJPA 3CT7A 4H6KA 1H50A 3LRKA 1JQVA 3T4CA 2H8ZA 4JGDA 3I6RA 3GAYA 1K7FA 2OT0A 1IGSA 3TXVA 1A50A 2B7NA 2UV8G 5GVJA 3BG3A 1K03A 1W1ZA 3G1FA 5FF3A 1PS9A 2PE4A 1LCOA 1W54A 4JTJA 3LRMA 3DFTA 4UXDA 3LHVA 3THAA 5F2GA 2B7QA 3BO9A 1TRDA 3AO0A 1GVSA 3M6YA 4O54A 3ABOA 2VFHA 3UY8A 3LHYA 2NXGA 1PHWA 5EA9A 3W2JA 3M5XA 1G4PA 4XZ9A 2PCQA 4I9AA 1X1OA 5EY5A 4JDBA 2ZTKA 1VHNA 1W3TA 1OK4A 1ADOA 1Q6LA 4ZQOA 4EIVA 1FCUA 4NJGA 5DLCA 3NQ7A 1XBZA 4QNWA 4DO6A 4QAIA 4LRSA 1TPVA 2B7OA 3QZEA 4EF9A 2BX7A 1AL8A 4UFIA 4DO4A 4A21A 1A53A 1EUAA 5FI8A 4O4VA 1GPWA 1ALDA 4MY9A 4M6QA 1JCNA 4ICNA 1R46A 3N9RA 5KZDA 3LCIA 4CCEA 2Q8LA 2ZCGA 4JY9A 1RR2A 4K37A 5G2IA 4FIRA 2KZHA 4UFHA 3M41A 5D32A 1NAL1 4MJMA 1D9EA 4OV4A 4E38A 2QUVA 2ZRWA 4LVDA 3YPIA 5K2ZA 4M7SA 3IRDA 2YW4A 4MYAA 1FCBA 1ME8A 3RMJA 4K36A 4UTWC 1OFAA 2H90A 5FEZA 4O14A 4Y8FA 1TTIA 2QCHA 1TPH1 3NQ2A 1UCWA 4WJEA 4JX4A 2PRMA 4O50A 2OJPA 2EKCA 3PBYA 3TAKA 4FNRA 1YPIA 3MI6A 4BF9A 4FNTA 4FNQA 3VFLA 1TYGA 3P67A 4JNMA 4O10A 2X16A 4JYEA 3QPYA 1ZAHA 5AHEA 1XI3A 4LC6A 1W3NA 2ZRYA 3W7EA 4JXCA 4IUOA 4AEOA 3UNDA 3LI0A 4O19A 2ZYFA 3QC3A 4TX9A 1SW0A 3EX6A 3E12A 2QCCA 3ABSA 2Y88A 3S9YA 2A1YA 5CPOA 1EEPA 4NQ1A 3CTLA 3LCGA 3U6WA 4BFAA 1JULA 1T99A 4UR7A 1WOAA 3GDTA 2CU0A 1SO3A 3PULA 3KRUA 4OQVA 3L68A 3N19B 3H53A 3PAJA 5U4NA 3O16A 1GG0A 1W8SA 2C15A 4IMEA 1MZHA 2YX0A 3KVMA 5C54A 2OCZA 3I7SA 1KM6A 1N55A 2NLIA 1KTCA 4GUJA 3W7RA 2X1RA 1ZAJA 4GBUA 3PR2A 3AJXA 4O12A 3TC7A 3OVPA 3MBFA 4RJEA 4AH7A 5LNUA 3VCRA 3MYPA 3A5FA 1TPB1 5EMUA 3QW4B 4L4MA 1I2NA 4MIMA 3W23A 3G8RA 4UMAA 5AHIA 3TROA 4AHQA 2E6DA 2OZ0A 1GEQA 1K7EA 1Q3NA 2GQ9A 4WOQA 5TBOA 3UXDA 5G1TA 3W1MA 3W76A 5C2XA 3V75A 2X1UA 3DKLA 2E5CA 5AC7A 1F6KA 2PRHA 2GOUA 3FA5A 3W7IA 2EPHA 2ISSA 2FLIA 3QMTA 4GRSA 1QO5A 1S5VA 4M19A 3UY7A 1TV5A 3PUEA 3INPA 1G4EA 5HJLA 2CLLA 7TIMA 2TYSA 2QCFA 2C13A 3LBMA 5FEXA 5C6MA 1DQXA 2EF9A 2FDSA 3KAOA 4OU1A 1UBSA 3LX9A 4WY0A 3QF0A 2C3ZA 4NJKA 2R8WA 1SW7A 4MVAA 1OYBA 4QSHA 3QH2A 5D33A 3EXRA 2ZZ7A 5F4XA 3CPRA 4PODA 4YLWA 2YW3A 1M5WA 3OVRA 2VFEA 3KX6A 3QPZA 1KBIA 3CEUA 1Q6QA 1W3IA 1FDZA 2D73A 3O07A 1A5AA 1VR6A 1OG0A 4PH6A 2HSAA 2QAPA 5DBTA 1BEUA 1QOPA 2DZWA 2RHGA 5A8GA 4JTGA 3G22A 4IPIA 1SO4A 5HMSA 3I65A 3W1RA 3QW3A 4MKNA 1N8FA 4Z1BA 3VE9A 3C56A 3MP4A 3WJYA 2NWSA 1C9DA 2E6YA 4DELA 2ZQ0A 3N9SA 4LOCA 1WA3A 1OFPA 4BWLA 1T8XA 2G95A 1DORA 3RLVA 1C29A 3G1HA 3A23A 5G1YA 1YPFA 3CWNA 3MWAA 4RZ5A 2A85A 3A22A 3USBA 1EP2A 3PM6A 3LTPA 3ANYA 2Z0IA 3DFPA 3QMSA 1GOXA 1D3HA 3W2LA 3KRSA 4DEFA 1JUKA 3TIMA 1IXNA 1G7UA 3S1UA 3OIXA 1OK6A 3BLIA 3WJWA 2EAWA 2B7PA 4UTTA 4JX6A 4YCOA 2TMDA 3P61A 2V5LA 3N2XA 2A7RA 3NQVA 5FEPA 5DXYA 5LGXA 1I4NA 1FXQA 5H91A 1KTNA 4GUIA 2QCLA 3C6CA 5A5WA 3EX2A 2Q8ZA 3EX4A 1YXDA 3W2KA 4FNUA 4QNEA 4ZVJA 1XKYA 1QPQA 2W6RA 2DORA 1LBMA 4O17A 1GVOA 2E77A 2Q3RA 3UWWA 1KTBA 1W31A 3F4NA 1P5BA 4E2BA 1HO4A 1KV8A 2NXHA 3PWAA 2WSQA 1ZY9A 3W83A 3F4WA 1GQNA 3K30A 1XBXA 3W1UA 1WX0A 4O8RA 1FWWA 3T40A 1JUEA 1UUMA 1QR7A 3W2NA 2QJHA 2NV1A 2YCEA 2A6NA 2FB2A 3BG9A 5LHFA 4UFLA 3S5OA 4ZQNA 2Y85A 2QCGA 1RQBA 4PFMA 4CNPA 1GYNA 1XM3A 2NV2A 5FESA 1PVNA 3FJ6A 3DZ1A 4O1BA 3W72A 1Y0EA 4NU7A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 2NVC A;  1AZ1 A;  5A6A A;  1XDM A;  2OR2 A;  1XD0 A;  1B3W A;  4MUZ A;  1LOL A;  3DEQ A;  2X2G A;  1R9Z A;  1QOQ A;  3HJZ A;  1S2A A;  5HIN A;  2CXE A;  3MZN A;  3CYV A;  3HPF A;  2OVL A;  1KLZ A;  4DWS A;  2X2Y A;  4U2Z A;  3ONB A;  4WF7 A;  2ZX8 A;  1JCT A;  4ZOD A;  3LNM A;  4XIS A;  2CET A;  4JIH A;  1HIZ A;  3IAQ A;  3LTY A;  3FDK A;  5EMK A;  1XYC A;  2J9Z A;  2ZC1 A;  4HNO A;  3A4J A;  1H7R A;  3R13 A;  5GJN A;  5KMY A;  3M0H A;  5CZT A;  3GIY A;  4RUB A;  2GK1 A;  1J2W A;  4GJ1 A;  3KWX A;  2VRQ A;  1X97 A;  1G7V A;  3TSM A;  2QVN A;  3CZ8 A;  3GTI A;  1RHC A;  1ME7 A;  4F79 A;  3ANU A;  5FSD C;  4JFS A;  2FHF A;  5KIT A;  3SFW A;  4EKJ A;  1VEM A;  4XSL A;  2Z29 A;  3SJN A;  1JQX A;  3E2S A;  3UWU A;  4N42 A;  3FND A;  3GNP A;  1BSL A;  1O1H A;  1YE6 A;  1L6W A;  4ZMG A;  3W37 A;  2Z28 A;  4YVX A;  3LZ3 A;  3RFA A;  2DIJ A;  3SW6 A;  4IM4 A;  2Z1W A;  3HJE A;  2A0N A;  1YIX A;  3GTX A;  4JKK A;  2WPB A;  3CUI A;  3CZJ A;  1UWT A;  5DEL A;  1V0L A;  1P0E A;  1EJ7 L;  4I6V A;  1PX8 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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1N7KA

Total Genus

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Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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