1N7KA

Unique tetrameric structure of deoxyribose phosphate aldolase from aeropyrum pernix
Total Genus 93
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
93
sequence length
234
structure length
234
Chain Sequence
PSARDILQQGLDRLGSPEDLASRIDSTLLSPRATEEDVRNLVREASDYGFRCAVLTPVYTVKISGLAEKLGVKLCSVIGFPLGQAPLEVKLVEAQTVLEAGATELDVVPHLSLGPEAVYREVSGIVKLAKSYGAVVKVILEAPLWDDKTLSLLVDSSRRAGADIVKTSTGVYTKGGDPVTVFRLASLAKPLGMGVKASGGIRSGIDAVLAVGAGADIIGTSSAVKVLESFKSLV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase
source organism Aeropyrum pernix
publication title The First Crystal Structure of Archaeal Aldolase. UNIQUE TETRAMERIC STRUCTURE of 2-DEOXY-D-RIBOSE-5-PHOSPHATE ALDOLASE FROM THE HYPERTHERMOPHILIC ARCHAEA Aeropyrum pernix.
pubmed doi rcsb
molecule keywords deoxyribose-phosphate aldolase
total genus 93
structure length 234
sequence length 234
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.1.2.4: Deoxyribose-phosphate aldolase.
pdb deposition date 2002-11-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01791 DeoC DeoC/LacD family aldolase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1n7kA00
3TH6A 3WK0A 4DEFA 4O1AA 3FIGA 2X1UA 3BG9A 4N4QA 1YDVA 1THFD 1KM4A 2V2CA 4MPQA 7TIMA 1YPFA 2V5LA 3MYPA 3KRSA 4CLMA 1M6JA 1VQTA 4OV4A 6ALDA 1JQVA 3TCEA 4PCFA 3GYEA 5AOUA 1AL7A 4FB7A 1M5WA 2NXHA 4QQ3A 3W3OA 1KV5A 3C52A 3W6YA 1KTNA 1F76A 1XC4A 3C0JA 1Q6LA 3GB6A 3W84A 1W3IA 1ADOA 3FYPA 3IGUA 1TPEA 1BWLA 3PWAA 2OT0A 2GVLA 4HSOA 4B5NA 3T4CA 2WSYA 4RV8A 3DGRA 4LW7A 4Y6GA 3CTLA 1TREA 3PB2A 3T55A 1FQ0A 1R2RA 5CG7A 3IIPA 4S2BA 4XTIA 3RFAA 2V2HA 2A2IA 1RVGA 1T99A 2GUUA 1TPWA 2O7SA 3LHVA 3STFA 4WZHA 1W5MA 1LLWA 3NQ7A 1OK6A 3G1DA 5CGQA 3HO8A 2YZRA 2VFEA 4PA8A 1ML1A 3VNDA 2R91A 3GDLA 3W2JA 3IGXA 1KTBA 4X2RA 1JCYA 2ZTKA 5LGXA 1SQ7A 2E09A 3BPWA 3LHZA 3S1VA 1HUVA 4O0ZA 2W0UA 5SWUA 1FDZA 3B06A 2CZ5A 1KBJA 4JNMA 1OF6A 2VEIA 3KVLA 3NEVA 1WBJA 4K7VA 1QDSA 3EXTA 4FNTA 2QUTA 1KM0A 5CPMA 2QJIA 4DBDA 3HGOA 4K37A 4LVBA 5D30A 2ISSA 5AYZA 4BI6A 1TRIA 4UFHA 4HKPA 3K30A 4JD4A 3NM1A 3EKZA 1XBVA 4O19A 1EX5A 4DO6A 2C0AA 3SGZA 3G22A 4NX5A 2YCEA 4UNLA 5BMWA 3GDRA 4MUZA 3B8DA 2QKFA 3TNOA 5AHNA 5FEXA 1OYAA 4XTDA 3MYOA 5EA9A 1ZENA 2NXIA 3P81A 3ATYA 5AHEA 3W73A 1LYXA 1H7WA 2WO5A 2ZYFA 1GVQA 4RJEA 3BLEA 1TTIA 3EWUA 1H62A 1VRDA 3O05A 1JVNA 3M1ZA 1VR6A 1JULA 3PY2A 1P4CA 1T96A 2RH9A 4DF1A 4FX8A 1X1ZA 2GVGA 3GZ3A 3WJYA 3QJAA 1QNVA 4N9BA 2VEPA 2E6AA 1EEPA 3P82A 3UWZA 2GQAA 3HB9A 4K38A 1TV5A 4Y8FA 4AF0A 4JDYA 3CLMA 3NL2A 4O10A 4RLIA 5E1QA 1IF2A 4OQVA 3LBMA 1PCWA 1JUEA 1LP6A 3M5VA 5F1UA 4YWIA 5F2LA 3HGSA 1SZNA 4GUIA 1WOBA 3G8RA 5G4EA 3BLIA 3HG5A 1GVOA 3L65A 1MXSA 1W31A 3EX6A 4FEZA 4GE8A 2AQWA 3QSRA 3S0CA 3OEXA 4N02A 2YPIA 2P0OA 4UTKA 1FCUA 1DHPA 1WA3A 2Z6JA 3TW6A 1L2UA 4XBSA 3I68A 1RQEA 3HPXA 3Q94A 1TV7A 2Q8LA 5DN1A 1ZALA 4MFEA 3CPRA 4A3UA 1SUXA 4UTWA 3AO0A 3F4WA 3VI2A 4I7WA 1OG0A 2DZWA 1H63A 4ALDA 4UTWC 1NSJA 5C55A 3THAA 4LV9A 3I6RA 1W5PA 2RHGA 3LV5A 4MIMA 1SO3A 1K03A 1WV2A 3RNDA 1RD5A 2X2GA 2ZZ2A 3FEMA 2CLLA 3LBCA 3A24A 3KFTA 2CFFA 3TA6A 4MKNA 1OF8A 1KTCA 3UXDA 1FX6A 1E51A 3G3MA 4HNNA 4K7YA 4QNWA 3W7PA 5J5DA 2Y61A 3W7EA 2DZPA 4EWND 3IVSA 1LBMA 2RKXA 4FO4A 2A4AA 3N9RA 1TV8A 1UBSA 3QFEA 4JTTA 4LT9A 1CI1A 2ZBTA 3NGJA 3TJLA 4IX2A 5D04C 1ZAJA 1K8ZA 1YXYA 4BI5A 5KZMA 1TTPA 1FY6A 2VFDA 3O07A 4EOUA 3TQ0A 2ZA1A 2CU0A 1LORA 3UWWA 3C2OA 1JCNA 1G4EA 3M9YA 3DXIA 3P67A 3QPZA 3QRHA 3NR0A 1GT8A 1OJXA 1WOAA 4MOZA 4WY0F 1Q45A 3NQMA 4O4VA 2EF9A 2FB2A 1YTEA 3LLDA 3M0ZA 2LLEA 4PH6A 3I65A 3TFXA 1ICQA 2A7RA 2VENA 3QYQA 3TK7A 4E2DA 3G1XA 5I3FA 3M47A 2ZZ1A 3C4UA 3NO5A 3GDKA 3W7KA 2ABAA 1OHLA 4DELA 1Z42A 4UTLA 4WOZA 3TFCA 1TIMA 5G5IA 3QMTA 3RF9A 3LCLA 3M41A 2XFWA 3LX9A 1FWSA 3DFNA 2E68A 4W9TA 5J5RA 1S5WA 4M19A 5CPLA 3VFLA 2B7QA 3P60A 4K39A 5KINA 2I14A 4GUJA 2P10A 2V9DA 1Q3NA 1LM1A 4D2JA 4UFKA 4O11A 4CNPA 3QF0A 3VKJA 3N9SA 3NPWA 4PC8A 5K9DA 3GXNA 1EPXA 2EAWA 2NV1A 2Y7GA 3QQ0A 3W23A 1TPC1 4AHPA 4GUGA 4GRSA 3HG4A 3E96A 3NL3A 2X1SA 5EL1A 3IEBA 2QEZA 1OFDA 2A7PA 2RDUA 3MO7A 2F7FA 1H5YA 3LGEA 2C14A 4FNUA 3B0PA 2DZSA 3LRKA 3L5LA 2OZ0A 2BWGA 1PIIA 4HN4A 3ABQA 5K7JA 3FLUA 3ZWTA 5C5YA 2QAFA 4HIBA 4JXCA 4LS1A 2X1TA 4IXHA 5LSMA 4N6FA 4IWWA 3P84A 1F2JA 3W86A 1M7OA 3GK0A 1EUNA 3L0KA 1LBFA 3L0NA 4NXKA 2B7NA 1ALDA 2V30A 1B9BA 3RLVA 5HWMA 1Q6RA 1P5BA 3SGUA 3E9AA 4MJMA 2QCFA 1ME8A 4QAIA 4JTJA 3ATZA 3QW4B 3LB0A 1ZCOA 4ADTA 4UTTA 1SR9A 2D73A 4UXDA 2FIQA 2ZRVA 3ANYA 3PVFA 4GNJA 5EPDA 4ZQRA 4RXFA 4IGHA 4DQWA 3STEA 3BARA 3LCGA 1JJKA 5IBXA 4UTTC 3DENA 2QUVA 4TX9A 1VLIA 4JTLA 5LNRA 3W1LA 4LC6A 4UR7A 4M7TA 3W7RA 4E38A 5K9CA 3LI0A 3ABRA 5IBXC 4IJBA 3BG5A 4O53A 4HNVA 2OMAA 4WJEA 3NQ2A 4Y9AA 3FFSA 4A2RA 4CCCA 3MBDA 4I9AA 3DKJA 3KX6A 4PTNA 2A1YA 2V81A 2JBMA 3TX9A 1TMHA 3PUOA 3P8JA 1F7BA 1CW2A 3PUEA 3LHWA 4OWGA 1PCKA 3IV3A 3C8FA 3N2MA 1TTQA 1GG1A 5D38A 3GR8A 1QO2A 4GWEA 5D32A 1XDLA 4IMGA 1IXNA 2XN1A 2J9ZA 1SSDA 3C56A 3STGA 3H54A 2JGYA 3VE9A 1T0OA 4BFAA 3PM6A 3INPA 1W3NA 1U83A 3UY7A 4LS2A 3SY5A 3WJSA 4UMCA 5CSSA 4ZVJA 1AG1O 1Z44A 4HHPA 4IMEA 1NFBA 1O94A 4N6EA 1W56A 4HPXA 2WNNA 3UQNA 5F4XA 4JY9A 2E77A 1VYRA 3GR7A 3NQDA 5LHEA 2ZRUA 3GXTA 1B4EA 4JGDA 5DY3A 4TR9A 1X1OA 3O63A 1FDJA 1FCQA 1S3HA 3EWXA 4NJJA 3G0XA 4C1KA 3NQFA 1QFEA 4ML9A 4BI7A 2QR6A 2Y7FA 1FBAA 2NUWA 3RMJA 4FXSA 4UFIA 5DY2A 2Y70A 3S5OA 2NWSA 4PL1A 4XZ9A 1TQJA 2H8XA 1O95A 3W88A 4NX0A 3BK0A 3G1FA 4HSNA 3V75A 3P62A 4O17A 1F74A 5F1VA 3TW7A 1W5OA 3IIXA 2R94A 4ORMA 2O7QA 4UTHA 3S5ZA 5F2MA 2ZTJA 5D03A 4YXGA 1XBYA 3W7HA 5FF3A 3S6DA 3W2LA 1GZGA 5EMUA 3P61A 1G4TA 3SZ8A 1W37A 1PE1A 1FWRA 2ISWA 3N2XA 2NX9A 2PE4A 4O14A 3O8AA 5E0KA 5KSWA 2OJPA 3SECA 3UD6A 4WXZA 2KZHA 4UTUA 3S1XA 1GJPA 1HO4A 1F05A 3HGRA 4ORIA 2W79A 3QW3A 3CC1A 2CZFA 3OVPA 4DF2A 3ZFHA 1DV7A 1ICPA 4O54A 1XUUA 5D2WA 1IGSA 1GYLA 4IPJA 4OHQA 1H7OA 4PODA 2PRMA 4AWUA 4GXMA 4LY8A 3YPIA 3THQA 1XI3A 4O57A 1QPOA 1GVSA 5AFDA 2OX1A 4FX6M 3NXFA 2QCDB 5ABTA 2YYUA 4UTIA 4WUIA 5D09A 2ZRZA 3DFSA 1FUYA 2QF7A 4UNKA 5HMSA 1HL2A 5DCBA 1LTDA 4TMCA 3AJXA 1FCBA 1ONRA 4N4PA 5D37A 4GUHA 1KM2A 1UUMA 2YSWA 1ZFJA 4R53A 1QAPA 5LHFA 4Y96A 4ICNA 2JKAA 2Z1BA 1L6WA 4LVFA 3MP4A 5CZTA 5E93A 5DXXA 3E02A 1WX0A 1L6SA 3H55A 5H91A 1KM5A 1VZWA 3EXSA 1GQNA 2Z2UA 3FS2A 3FA5A 3LXAA 3MI2A 1TPVA 1KA9F 3NZ1A 2C19A 4G1KA 4AHQA 1H50A 1EB3A 2UV8G 1SU5A 1UB3A 3L2IA 4HNUA 2ZZ4A 3EWZA 4FNRA 4OV9A 3W7IA 1YDOA 3G3DA 3L9CA 1RV8A 3Q37A 2HS8A 2RDTA 4O8RA 1OX4A 2GJLA 1QPNA 2Y7DA 4TMBA 4Q4KA 2X30A 2Q3RA 5HQEA 5KZDA 3UWVA 1SSGA 3M16A 3W7GA 1FXQA 3OBKA 1AMKA 2WKJA 3P8IA 1LRTA 2FPYA 4CCDA 3GDTA 2CLFA 3DH7A 3W2UA 4JDBA 2I1OA 3QM3A 3PR2A 3FYOA 3S5NA 3SW6A 1LROA 3WFAA 1SFLA 3B03A 3EXRA 2DJLA 3WK3A 4QM1A 1H7RA 3G24A 4M6QA 1TPUA 2HMCA 1UASA 1R47A 3HIJA 4RCXA 3O06A 3I7SA 4WXYA 2DZTA 5FI8A 3E0IA 4OU1A 1RQHA 1WYIA 1I8JA 2C1HA 2GQ9A 4LOCA 2ABBA 1WXJA 5H2ZA 3KHJA 1TSIA 2R8WA 3MBFA 4LV4A 4Z08A 5C2XA 4JTFA 1OVDA 1MO0A 1HO1A 3GKAA 1IIGA 4C1LA 5I3HA 2ATSA 4LVDA 1XFBA 1LBLA 2H3BA 1VC4A 3WJXA 4ADSA 3R12A 1VHNA 2CLMA 5LNUA 3EX2A 2ZCGA 2C15A 3IIZA 4KFOA 1KM1A 3NQAA 3IVUA 4X9SA 4ZQPA 4XWUA 4N9CA 4Z1BA 4ZQOA 3W1MA 5HWNA 4AVFA 4KWVA 3LHYA 1N55A 4NXSA 3SIZA 1PS9A 3G0UA 4OE7A 3BV4A 4AMAA 2JKPA 3NQGA 3KXQA 3D0CA 3P5YA 1P1XA 4Y90A 2E5DA 3PF3A 3TR2A 2RDWA 2WSQA 4JY8A 4PL2A 1VYPX 5DCDA 1A5BA 3NZRA 1QMLA 2ZFAA 2Q3OA 1TQXA 1OFEA 4UIOA 5DBTA 2NUXA 2YYTA 1NF0A 1KLZA 2J9XA 3CM4A 3O1NA 4UR8A 8TIMA 3TUUA 3PBYA 5FF4A 4LS0A 6TIMA 4OBTA 5CKSA 3QH2A 5AC7A 2VEMA 1GVRA 1OX4B 3TXZA 3LCHA 4FNSA 4I7VA 4RR4A 3HG2A 4ZQNA 3M5YA 2GQ8A 3W71A 4O4WA 5T26A 4MYXA 5K3VA 3TE9A 2AAMA 2Y62A 3BGGA 4MJZA 3BO9A 1TCDA 1HTIA 4OGZA 4WOQA 1A53A 3PS7A 1QCWA 4TU1A 3ELFA 4XUGA 4CNNA 3EEGA 1AW2A 3W1TA 5K4ZA 3UNDA 2DU2A 4BR1A 3MJYA 2A85A 4FXRA 1TPB1 3KOFA 2YDAA 5G1TA 4CQAA 3S9YA 3NPVA 3U8GA 2NWRA 1I2NA 5AHIA 2NX1A 2EGZA 1FXPA 2HTMA 2Y85A 4MZ8A 3L68A 1F6KA 4LRSA 1LRNA 3QC3A 4L4LA 2ZA2A 3KVKA 1VHCA 3FJ6A 3VCRA 1SO6A 3W7MA 1YYAA 1X8FA 1PHQA 2TYSA 4MFDA 4E0CA 1DQWA 2DJXA 1VCVA 5I3GA 4O1DA 4AXKA 5U7SA 2Q8ZA 2A6NA 3GAKA 2VKZG 4CQ8A 3A23A 3HBLA 1K3UA 4IMCA 1MEWA 3S1UA 2B0MA 3LDVA 1JCJA 4IPIA 2AGKA 1QOPA 1A50A 4QSHA 5DCEA 3HJZA 1C29A 2FPVA 4LVAA 5KITA 5K9XA 1YLVA 3GKFA 2V82A 1OYCA 3DHDA 4AWTA 1A5CA 4MY9A 3I7QA 4DF0A 1XKYA 2WSRA 3NPUA 3QZEA 4M6VA 2XN2A 3WJWA 1VCGA 1UCWA 3MWAA 1WBHA 3JS3A 4HNTA 1VS1A 4L4MA 4P2VA 4UFMA 1BWKA 1G6CA 1GVFA 3KRZA 4A29A 4ZMGA 5HJLA 1UUOA 1TJPA 3BW2A 3EX3A 2YR1A 3W1UA 5AHMA 4K6AA 4O52A 4GFSA 2PCQA 1OFOA 2W6RA 4JTGA 1KFJA 3P5ZA 5DELA 4NT0A 4RK8A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 2QNE A;  3HN3 A;  1IT0 A;  1TPU A;  2JIE A;  4B91 A;  1R47 A;  4GH3 A;  4TXE A;  3E0I A;  3TTE A;  2XFR A;  4OU1 A;  5E9A A;  1TZ9 A;  5ABF B;  1MNZ A;  1AQM A;  4KW2 A;  4AZ5 A;  1MW2 A;  1V0L A;  3MQT A;  4D6D A;  2XSX A;  3MBF A;  4JTF A;  3CS2 A;  1HO1 A;  4GXW A;  1B54 A;  2ATS A;  3G2G A;  4LYP A;  1XIG A;  4S3E A;  3U57 A;  1P0D A;  2CLM A;  2DDX A;  3M7S A;  4PUJ A;  5D9P A;  3NQA A;  1K6A A;  4X9S A;  4ZQP A;  1ZP3 A;  4XWU A;  4N9C A;  2HRW A;  4PN2 A;  1JPH A;  2E9M A;  4YNG A;  3TJI A;  4AVF A;  1AD1 A;  5DMM A;  3LHY A;  1HZY A;  3QKE A;  4F79 A;  1UH4 A;  4OE7 A;  3NQG A;  3TYE A;  4A3Y A;  5DF0 A;  2QQ6 A;  2IKI A;  1REQ A;  2I7G A;  4G9P A;  1E55 A;  3P5Y A;  2E5D A;  2J77 A;  1BG9 A;  3DEQ A;  2ZE3 A;  3TR2 A;  2WKG A;  4U3A A;  1E9Y B;  2G3M A;  2DW7 A;  4BQ3 A;  1A5B A;  1UKS A;  1ISZ A;  2XIM A;  3BSM A;  4IID A;  2Q3O A;  3CAV A;  4JIR A;  4UIO A;  3RX2 A;  3GD6 A;  4F2U A;  1A5K C;  1NF0 A;  1RH9 A;  3CM4 A;  3O1N A;  3TUU A;  3GRI A;  4LS0 A;  5CKS A;  1B90 A;  1Z6K A; 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