1N7KA

Unique tetrameric structure of deoxyribose phosphate aldolase from aeropyrum pernix
Total Genus 93
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
93
sequence length
234
structure length
234
Chain Sequence
PSARDILQQGLDRLGSPEDLASRIDSTLLSPRATEEDVRNLVREASDYGFRCAVLTPVYTVKISGLAEKLGVKLCSVIGFPLGQAPLEVKLVEAQTVLEAGATELDVVPHLSLGPEAVYREVSGIVKLAKSYGAVVKVILEAPLWDDKTLSLLVDSSRRAGADIVKTSTGVYTKGGDPVTVFRLASLAKPLGMGVKASGGIRSGIDAVLAVGAGADIIGTSSAVKVLESFKSLV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The First Crystal Structure of Archaeal Aldolase. UNIQUE TETRAMERIC STRUCTURE of 2-DEOXY-D-RIBOSE-5-PHOSPHATE ALDOLASE FROM THE HYPERTHERMOPHILIC ARCHAEA Aeropyrum pernix.
pubmed doi rcsb
molecule keywords deoxyribose-phosphate aldolase
molecule tags Lyase
source organism Aeropyrum pernix
total genus 93
structure length 234
sequence length 234
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.1.2.4: Deoxyribose-phosphate aldolase.
pdb deposition date 2002-11-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01791 DeoC DeoC/LacD family aldolase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1n7kA00
1LBLA 4PC8A 4UTJA 4R53A 5CZ0A 1RPXA 3DFSA 1UJPA 1AW2A 2PCQA 2A7RA 3OG3A 5HNRA 3IIVA 3P82A 3OEXA 3B0VC 5G2HA 6TIMA 1I2QA 4JTFA 4KKXA 1O60A 1H1ZA 3W70A 4R7JA 1RQEA 3BARA 1GG0A 4O8RA 4PL2A 5E93A 4HN4A 4AEOA 1TPVA 3W7MA 1QNVA 3EX4A 1DL3A 1SW7A 1R30A 2HTMA 4O4WA 2CLFA 3NOEA 3PR2A 4Y9AA 3M5VA 5DBUA 1I2RA 1N55A 3NG3A 4YWIA 5K4ZA 4JTUA 3MHUA 3W1QA 3I6RA 3HO8A 1TV7A 5EPDA 2DJLA 3T44A 3DI1A 3EXRA 1M6JA 1W54A 3NL6A 1N8FA 1LBMA 4AHPA 2QCFA 2FLIA 2A2IA 2QDGA 5AHEA 3W1PA 3BLIA 4NXSA 5BRBA 4IX2A 1H7PA 3Q94A 2NUYA 3GNNA 1EP3A 5HR7A 3K30A 4FXSA 3QQ1A 1Q6QA 1UUOA 2ZRXA 5FI8A 4WX2A 3S5YA 3PUDA 2HS8A 1CI1A 3EX3A 3TE9A 2ZZ4A 1MSSA 5CSSA 1EA0A 1FCBA 1L6SA 1RD5A 1LOSA 2WSQA 1H60A 4MFDA 1QO5A 2J27A 3ZWTA 3DKJA 3GR7A 3PG9A 3P74A 3M41A 3SGZA 1IIGA 2CU0A 1OFOA 3QW3A 4O12A 3GAYA 4N4QA 5AYXA 1J2WA 1S5VA 3TFXA 3L0NA 3GDTA 4MUZA 1QPOA 1G4TA 1T0OA 1XBXA 4E2BA 3E0IA 3W2MA 1PIIA 1LBFA 1TTIA 2ATMA 3PG8A 5BMXA 2Y89A 1EUNA 3U8GA 1AK5A 5EA9A 3S42A 1QPQA 3CT7A 3O63A 3L68A 2E09A 2GUUA 2X30A 3LCFA 3M44A 4UTKA 1G6CA 5DN1A 1YTKA 3R2GA 5C54A 4JTEA 4XBSA 4CQ8A 3DHFA 4QIUA 1XBVA 3HPZA 2R14A 3TQ0A 5EMUA 2DZVA 1YPIA 3KVLA 5L6UA 3TX9A 3IRDA 3O06A 3EEGA 1GTHA 4N6FA 4Y90A 3KX6A 3T78A 1OFQA 1DOSA 2NZLA 4UXDA 5HINA 3FYOA 7TIMA 5H2ZA 4S2CA 4UUIA 1OX6A 3USBA 4N02A 3W7EA 3O8AA 3UXDA 4QITA 3SR7A 1LORA 3A22A 4GC4A 4IGHA 5F4SA 1GVSA 1LCOA 1EIXA 5KSWA 3BLFA 2NX1A 4OU1A 4QSHA 4MJMA 3O1NA 4A22A 3NL3A 4BK9A 1TPB1 1JQXA 2LLEA 1FDJA 2QEZA 4UNLA 4PEKA 4X9SA 5CSRA 3MI6A 3TAKA 2FDSA 3C3NA 1E51A 1DKWA 2EGZA 2A0NA 2DZXA 3EXSA 3GNDA 2A5HA 1T99A 3A24A 3LBMA 2J9YA 2YFOA 4JTKA 5F4XA 3IEBA 1JCNA 4EWND 2YR1A 2G5WA 3PY2A 2YW4A 4L4LA 3THQA 4MY1A 3ATZA 4LV4A 1H50A 4M6PA 4NNCA 4O18A 3TC6A 3QJAA 1OX4B 5LHEA 1ZENA 4JIPA 4A3UA 4CQ9A 3G1AA 2R8WA 3DU0A 1DV7A 3GYEA 1PHWA 3QRHA 4DF1A 1XL9A 4ORIA 4RV8A 4O14A 5AOUA 3NQ6A 1FCQA 3NGJA 1VC4A 2NV1A 3TMLA 2PE4A 4WXZA 1O5XA 5G2WA 1W3TA 1TREA 4O57A 3N2XA 4N2YA 1G4EA 1FDZA 1BKSA 3G8EA 4S1FA 2CLEA 2ZDRA 3L5AA 1XFBA 3G1XA 4NQ1A 1B57A 5BW6A 1W5MA 2QUUA 4I7VA 4EF9A 2Y63A 1JRCA 2JKPA 1KV5A 4RJEA 5I3IA 4FF7A 4QNEA 3NM1A 1H51A 1S5TA 2CZFA 2Z6IA 1JCYA 3CHVA 1QDSA 4RCXA 4MLJA 3MJYA 3SECA 3KHJA 2X1RA 5K7JA 3LV5A 3FA5A 1XUZA 5FESA 3BK0A 3ZWSA 2CZ5A 4DO5A 5LHFA 1H63A 4RXGA 3G0XA 3GX9A 5J5DA 3W3OA 4IMFA 4XQ6A 3I7RA 1GVFA 3CC1A 1IXOA 4UFMA 4K37A 1IXPA 3GR8A 1MZHA 4Z0JA 3LHWA 3FKRA 2NUWA 3C2EA 4U28A 3U2OA 2H8ZA 1OFEA 5BOOA 3L67A 1KFJA 5KITA 3G1VA 3W22A 1G69A 2ZRYA 1YDOA 1AMKA 3FKKA 1ZALA 3BG5A 1PHQA 2EPHA 2NXIA 3VNDA 5F2IA 1Q45A 1OF8A 2NUXA 2ZA2A 3UD6A 2AQWA 2ZBTA 3LLDA 3C0JA 5KZEA 2FPTA 2TRSA 4M7TA 5F1VA 2B7PA 5U4NA 1MEWA 2OZ0A 3IVSA 5D04C 4OGZA 3B8DA 1VLWA 2Z0IA 1QOQA 3LV6A 2ISSA 4LWWA 5C55A 3MWAA 2ZFAA 5AHFA 1LOLA 3BGGA 4ONVA 3G1SA 3TKFA 2DZWA 3P80A 5LNSA 1MO0A 4DPQA 2WSRA 3B05A 4FNRA 1FBAA 1BEUA 3O16A 3PF3A 3SZ8A 1EX5A 2FB3A 1QPNA 5CPMA 2D73A 5G4EA 4KFPA 3I7QA 2HS6A 3PBVA 4Y8FA 2CZEA 4RR4A 5AYZA 1TPH1 2V2CA 5DLCA 1TSIA 1ME7A 2QCDB 3G8RA 3O6CA 2J24A 2DP3A 1UASA 4UFLA 4DELA 3G24A 4O1DA 3UWVA 2NX3A 4WZHA 1TJRA 1FWRA 1VCFA 2VELA 4FIQA 1LRNA 3LGEA 4Y6GA 4JTIA 1I2OA 1VHNA 4RLIA 1DBTA 2C16A 3FIGA 2GVJA 1HO4A 3HF3A 1KM3A 4M19A 5AN7A 1MEIA 3E9AA 4LVFA 3TR2A 1Z48A 1H7RA 2J9XA 1LZOA 2VC6A 3M9YA 3BO9A 5CG7A 3SJ3A 1R2RA 3W76A 3CEUA 2C18A 4O28A 2QDHA 4MYXA 4R34A 2YYTA 3W2LA 2I1OA 2YPIA 3S5ZA 3DENA 3DXIA 4GUFA 5I3FA 1K7EA 3P5ZA 4GBUA 1FDYA 4WD0A 2QCLA 3G1DA 2Y88A 1I2NA 2OT1A 1W3NA 3L66A 3HB9A 3H54A 2GJLA 1JCXA 2A7PA 1F05A 2A85A 3NZ1A 4IOTA 2ISWA 3N9SA 3PS7A 4JTJA 2E5DA 3PB0A 3NQVA 1VYSX 3TXVA 2Y61A 1VHCA 1OYCA 2RDUA 5D30A 4O10A 5K3VA 4NNBA 1ADOA 3W7OA 1I8JA 3VE9A 1WBHA 3DAQA 3TJLA 2VEKA 3W74A 4BWLA 2Y85A 1VCGA 3MP5A 2B4GA 4KFOA 3PWAA 3NPWA 4FNQA 2ZQ0A 3FEMA 4QISA 4KFNA 4WOQA 3DI0A 1XI3A 5AFDA 4AHQA 5F4WA 1SO6A 1BWLA 2YFNA 2CLOA 1NFBA 4ADTA 4LS0A 4O19A 1W56A 2RDTA 4ADSA 4JTSA 2V2DA 4XKYA 1FY6A 1SSDA 4PFMA 2CLIA 2G95A 2QUVA 4J9JA 4AH7A 3CQ0A 3H55A 3MUXA 1F2JA 4NU7A 2CW6A 3SSJA 1P1XA 4FB7A 2ZCGA 4L4MA 4O54A 2W79A 1Y0EA 4O13A 5HWNA 4K8EA 4M6VA 4IMGA 3NQ7A 3HOJA 3KXQA 1DQXA 1ZAIA 4TMCA 1JQVA 4JYDA 4RZ5A 3GZ3A 3W7KA 4K38A 3QC3A 4DO4A 1OK6A 4LY8A 1UCWA 5AC6A 2C0AA 1H7NA 1AW1A 1Q6OA 3NO5A 4XBKA 1GG1A 4WUIA 2IQTA 3W1LA 3P8JA 4EF8A 4OV4A 3EX2A 1O94A 3QM3A 4TO8A 1NF0A 4DQWA 3M5XA 4JXCA 2X1TA 1GT8A 3WFAA 1KTCA 3S6DA 3TH6A 3QZEA 3DFTA 4FEZA 1KBIA 2Y70A 4K8HA 5E0KA 2OJPA 4AMAA 4B5NA 4X2RA 3Q37A 1LDCA 4JIQA 5TQLA 5KINA 3ZS4A 4QAIA 1XXXA 1QMLA 4IMDA 3OBKA 1TQXA 4LVGA 3UXAA 4GXMA 1B4KA 3S1WA 1LLZA 2ZRWA 4CQAA 2Z6JA 3G18A 3CPRA 5CZTA 5FEXA 4UMCA 2P1FA 1L2UA 4GFSA 3D0CA 1QR7A 4YL2A 2QJIA 2VOMA 3E96A 2JGQA 5BNKA 1C9DA 3LCXA 5FF0A 3CIWA 3B04A 3MYOA 4HSOA 5C5YA 3UZ5A 2ZZ5A 2R91A 1TIMA 2EF9A 4HNNA 4JX6A 1N7KA 3H53A 1GQNA 5I3JA 3W1NA 2R94A 3P81A 2ZA3A 3MI2A 3PSWA 1L6WA 1K8ZA 4A2SA 4AB4A 1GPWA 4FHAA 1SPQA 3L9CA 1A50A 1QOPA 1ICSA 5HUOA 4JNMA 3ELFA 1LTDA 3DGRA 3EWUA 5AYYA 1W31A 2TMDA 1CW2A 2E5BA 4MY9A 4MY8A 4AWUA 3ABQA 3NA8A 2H3BA 1OF6A 4ZZ9A 2BX7A 3B0UX 1SW3A 1FXPA 5DCEA 1EEPA 5F2GA 1KFKA 1TV8A 4Z0SA 3MI3A 3CLMA 3PB2A 3W75A 3NQEA 4LV9A 4K7VA 4GUGA 3OVPA 4EIVA 4U4MA 3E49A 3IGXA 3MP3A 1XBYA 4Z1DA 2DZPA 4I9AA 3PBYA 4ORMA 3LXCA 3ZFHA 4LS1A 3GIYA 5DCDA 3FJLA 4CCCA 5DY3A 4WOZA 2QJGA 4Q33A 4LRSA 3STFA 1G67A 3CIXA 4LVBA 2VFEA 1VQTA 4IPIA 1SW0A 3SI9A 1GVOA 2WSYA 2A1YA 4OQVA 5KZDA 3EB2A 5KTLA 4UFHA 4LUIA 3GVGA 3NYZA 1OFAA 3MBFA 3W88A 4H3DA 3LRLA 4AF0B 2JGYA 3LHTA 2DZSA 1NEYA 3TC7A 4JTHA 4UTMA 3W86A 4LU0A 2NWSA 4BR1A 1UBSA 4WQ6A 4JTLA 1AL8A 3NQFA 3IVTA 4JS3A 2J9ZA 1VCVA 2RH9A 2CZDA 3KRSA 1TRIA 4ZQNA 1WX0A 2FJKA 3LTPA 4RK8A 4UTWA 3HG4A 3UWZA 3F1QA 2ZZ7A 3LHZA 4K36A 2A7NA 1KM5A 3NXFA 3HG3A 4RKAA 3PAJA 4AF0A 1YDVA 1HFBA 5D02A 3WJWA 4WY0A 1P5BA 3C56A 3WK3A 5AHMA 1EPXA 1CX9A 1KA9F 3S1UA 2OX1A 2WNZA 3INPA 1I2PA 1GTEA 2ZRZA 3O05A 3S1XA 3PSVA 4QM1A 5EY5A 1GEQA 3TSBA 3RLVA 3CTLA 2CLMA 3C52A 4UTTC 5HR6A 3LCGA 1EP1A 2Y7FA 3JRKA 2PRMA 2XN1A 5D2XA 4CLMA 4FX6M 1JVNA 2EAWA 4HPJA 3TROA 5EKYA 2QCHA 1ICPA 1OYBA 3VCRA 4CCEA 3B06A 1MEHA 1F74A 3HPSA 5FF7A 3LBCA 4P61A 3T40A 2ZTJA 3UWYA 3NQ8A 1KLZA 5I3GA 1Z41A 3AO0A 4LW7A 3L2IA 3W1MA 2YSWA 4O1AA 1K8YA 3RNDA 2ALDA 4KWVA 4P2VA 5AB3A 3LHYA 1SZFA 2UV8G 1SU5A 3JR2A 3W7PA 3HG5A 3TQKA 1SZNA 3QFEA 4MPQA 3L0KA 1VGAA 5ABTA 5AHLA 5HWJA 2JKAA 1YTDA 3W23A 3IVUA 2EKCA 1W5PA 1GZGA 4ZQRA 3G22A 4Z1BA 2NXGA 3M0ZA 4JD4A 3N73A 1F5ZA 3W71A 1A5BA 3CEPA 3PUEA 5TBOA 2ZRUA 3NQAA 3RK8A 1OX5A 3S9YA 3W2KA 1NAL1 2QF7A 3LOTA 1TRDA 2Q3OA 5CGQA 1ZFJA 5LNUA 2QR6A 1VR6A 3DHDA 4Z08A 3KVKA 3IV3A 3WK0A 3O6DA 3HIJA 1HUVA 2G97A 2WO5A 3TNOA 1ZHAA 5A8GA 2ZZ3A 1A5SA 2E6YA 5U7SA 1Z42A 5CZSA 3LERA 5CPNA 1SO5A 1DVJA 2PRLA 3EX1A 3R13A 2Q3RA 3NPUA 4N9CA 1ZCOA 1WAUA 3B0PA 1D3HA 2OMAA 5D2VA 3N19B 4ZQCA 1TMHA 1FXQA 2C15A 4LRTA 4JR5A 1X8FA 1ZAJA 5D38A 2BSLA 1KM1A 5G2IA 2C3ZA 2ZZ1A 1XDLA 3QF0A 1AG1O 1U83A 3E12A 4A29A 2FTPA 1TYGA 5D03A 4DF0A 2PURA 1EB3A 4ADUA 1KFBA 1IXQA 3M16A 1F6PA 3BVJA 2E77A 3KRZA 3C61A 5K9XA 1PV8A 3LCLA 3R5EA 4YCPA 2WV8A 3VE7A 2RKXA 3LHVA 1YXCA 4RZ6A 3AJXA 3BG9A 4S2BA 3EXTA 5K4XA 4NNAA 4OV9A 4ZL1A 3P60A 1WDWA 4JGDA 1KM2A 3W2JA 1GVRA 1TO3A 3RU6A 3A5VA 4UFIA 5D32A 4BF9A 4UTHA 2BTMA 1H62A 4CNPA 3BV4A 4EVZA 3SGUA 5HULA 3N3MA 3GB6A 2OT0A 1A53A 1K03A 3HGSA 2ZA1A 3BGJA 4FNSA 3GAKA 1ICQA 3W7GA 4TX9A 3N9RA 1I45A 2V0TA 3L5LA 2W6RA 3PBWA 1YPFA 4LS2A 1SFJA 1H61A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1JGM A;  1D3C A;  4C6J A;  4PC8 A;  4UTJ A;  2Z28 A;  4US6 A;  3E6E A;  1RCX B;  3DFS A;  2CKS A;  2IXU A;  3SQM A;  1GOO A;  3OG3 A;  1UJQ A;  3CAS A;  5HNR A;  1V0N A;  4LQ1 A;  3OGS A;  3AIU A;  1RP8 A;  2ZUW A;  2PAJ A;  3H2O A;  4KER A;  1O60 A;  2FDM A;  4E6M A;  1BLI A;  4PB5 A;  1ISZ A;  1E3X A;  4PCT A;  4PL2 A;  4HN4 A;  4PMZ A;  5E93 A;  4AEO A;  4ECL A;  3GH4 A;  2DSW A;  4J3T A;  1SW7 A;  2QJM A;  4CEX C;  3VIF A;  3PR2 A;  4HVX A;  5DBU A;  3BCD A;  1J11 A;  4D6D A;  1R3W A;  3GXM A;  3W1Q A;  2J7B A;  4WSH A;  1TV7 A;  3EMZ A;  4CU6 A;  4QLK A;  5AYB A;  1V7A A;  3EXR A;  2Y1H A;  1M6J A;  4HYR A;  1W54 A;  4JKL A;  1LWH A;  2QCF A;  2OYK A;  3LSB A;  5AHE A;  4JL2 A;  2E4T A;  4HA4 A;  3KEH A;  2C71 A;  1BGG A;  4PUJ A;  1J0I A;  1K4H A;  1RA0 A;  1R86 A;  1NDY A;  3TVA A;  2EBN A;  4EXA A;  1Q6Q A;  1UUO A;  3WH9 A;  4XB3 A;  1CI1 A;  3M0K A;  1PPI A;  3TE9 A;  5I07 A;  1MSS A;  3WD4 A;  1L6S A;  2P3E A;  3VFC A;  2L5H A;  4MFD A;  1R8L A;  3T6C A;  4M0X A;  3VK5 A;  3P74 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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