1NEY | Genus

Total Genus 87

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	87
sequence length	247
structure length	246
Chain Sequence	ARTFFVGGNFKLNGSKQSIKEIVERLNTASIPENVEVVICPPATYLDYSVSLVKKPQVTVGAQNAYLKASGAFTGENSVDQIKDVGAKYVILGHSERRSYFHEDDKFIADKTKFALGQGVGVILCIGETLEEKKAGKTLDVVERQLNAVLEEVKDFTNVVVAYEPVAIGTGLAATPEDAQDIHASIRKFLASKLGDKAASELRILYGGSANGSNAVTFKDKADVDGFLVGGASLKPEFVDIINSRN

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Isomerase
source organism	Saccharomyces cerevisiae
publication title	Optimal alignment for enzymatic proton transfer: Structure of the Michaelis complex of triosephosphate isomerase at 1.2-A resolution. pubmed doi rcsb
molecule keywords	triosephosphate isomerase
total genus	87
structure length	246
sequence length	247
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date	2002-12-12

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00121	TIM	Triosephosphate isomerase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	1neyA00

4O13A 1Q3NA 1ZAHA 8TIMA 3R2GA 3DFSA 5I3FA 3KOFA 1PCKA 3LCFA 2CLEA 3TC6A 3TQKA 2TSYA 3BLEA 3DHDA 1AL7A 4UFIA 2QEZA 3RK8A 1A5AA 3BPWA 3W7NA 2TMDA 3QH2A 3EWUA 2VFHA 4Z1AA 4YWIA 3G1AA 1AW5A 2WPBA 1H63A 5EL1A 2YR1A 2R91A 1OF8A 3TSDA 2WSYA 4JY8A 4O52A 2C16A 1D3HA 1W54A 1H7NA 3W70A 3GDRA 2WSQA 4JTJA 3DKLA 2C13A 3LHWA 3PM6A 3MBDA 1TRIA 3SZ8A 3W85A 5KITA 3E96A 1I2PA 3H54A 1FCVA 3PR2A 2ZRUA 3TKFA 3W1XA 1NVMA 3C52A 1FX6A 4LVBA 3W22A 1HO1A 2C19A 2TPSA 2ZRXA 3HGRA 4BI6A 3GAKA 3NPXA 4WD0A 1LBLA 2V9DA 4M19A 3ATZA 2ZBTA 4IX2A 5F2LA 4UR7A 3P8JA 4HPJA 2A6NA 5G4EA 2B7QA 1WA3A 1TTIA 4IXHA 1WAUA 5CKSA 5D33A 1LRTA 3P67A 3GDLA 4NVTA 4A3UA 1XL9A 1ME9A 4E0CA 1GTEA 5DBUA 1FWWA 4Z0JA 3UY7A 2J9XA 1R46A 3M9YA 3USBA 1YLVA 4EF8A 5E0KA 3KHJA 4ZVJA 3UXDA 4HNNA 3TXZA 2YCEA 4UTUA 3LERA 2ZZ3A 3IIPA 1J5TA 4J9JA 3LLFA 2DJLA 5I3IA 4B5NA 2A5HA 3EXTA 4M5PA 4IJBA 5KZDA 3TCEA 1YDOA 1W56A 4HNTA 5F2GA 1YPIA 4NJIA 4WXYA 3W7GA 4LWWA 1KW1A 5EBUA 1WDWA 1XM3A 2ATSA 3CLMA 3SFKA 3VE7A 3UPWA 1N7KA 3L5AA 1N55A 1F2JA 3O6YX 4HT3A 3LV5A 2WSRA 3TQVA 3W7MA 4O16A 4GUIA 4GRSA 2EAWA 4Q33A 3FLUA 2QCMA 3TIMA 1LRNA 3W7KA 1WQ5A 4Y9AA 1L6SA 1VQTA 1A5SA 4LRSA 3N19B 2V5BA 3PUDA 3V1PA 4MFDA 3S0CA 2ZCGA 2XN2A 3G1VA 3PY2A 2E1DA 2IQTA 3CIXA 2DZXA 3NDOA 3UWQA 3CEPA 4AHPA 4HKPA 1OX4A 4UUIA 5C5YA 4UTTA 1LCOA 3ZWSA 2BXVA 1SW3A 5D04C 1IXNA 2F7FA 2E09A 3G1FA 2B7OA 2Z1BA 3P81A 4M6QA 2C18A 5I3HA 5G4WA 1OFBA 3EB2A 3A5VA 1IIHA 4JIPA 4O14A 1YDNA 1LOSA 1OFOA 1H7RA 2A7RA 5CZJA 2YDAA 5DY3A 1YXCA 5CSSA 3W1TA 3GXTA 4NNAA 2DZWA 1UBSA 1MXSA 1X1ZA 3NA8A 3GAYA 3KRUA 2RFGA 4FXRA 1TPFA 4WOQA 4YCOA 1KM1A 3VFLA 1I2OA 5K7JA 2A0NA 5CZSA 3Q37A 4O12A 4NJKA 2ZDRA 4RR4A 1TQXA 4KWWA 1TB3A 4IXXA 4O15A 4DPPA 3Q94A 3NQEA 2Q3RA 4UFMA 4M7SA 4UIOA 3INPA 5CPOA 4E2DA 5L9FA 2GJLA 3W7EA 1JULA 3HG5A 1KFCA 2CZEA 2J6XA 4UFHA 3O05A 1IGSA 1M6JA 2G5WA 5K9XA 1ICPA 4RXGA 2X2GA 2GVGA 5HWNA 3UXAA 3M44A 4NXKA 3TXVA 4YMZA 3EKZA 1ZENA 5IBXA 2W79A 3K30A 2PURA 2V8ZA 3CWOX 1ZY9A 3EEGA 3CIWA 4FIQA 3G1XA 2QF7A 2BWGA 3HIJA 2QUTA 3PBVA 2FIQA 4HPXA 5EYWA 1B9BA 1X7FA 3QW3A 3EWXA 1HFBA 1GG1A 1NAL1 4DF1A 4IMFA 3QPZA 3ABOA 3W2MA 2DZVA 4FXSA 2JGYA 4H3DA 3OEXA 3M5ZA 1EUAA 2ATMA 2G96A 2X30A 3HJZA 3EX3A 4WY0A 1ALDA 1H1YA 4XWUA 5BW6A 3MI3A 2NX9A 3TK7A 4HSOA 3E0IA 4GUJA 4IOTA 3OHIA 4I7WA 4TX9A 1EUNA 4DF0A 1K03A 4NX5A 1OX5A 3W1AA 1KM3A 4CNOA 4MY9A 5FF2A 4MLJA 4UTTC 1LYXA 1O95A 1SO6A 1K8XA 1TO3A 4O0KA 1S5VA 1W31A 3O16A 2VOMA 1EIXA 3EX1A 3HO8A 4DF2A 1TTPA 4JEQA 1P0KA 3BARA 3NXFA 5HJLA 3HF3A 1QMLA 3LCHA 3P82A 4JNMA 1KBIA 3W74A 4RCXA 4M6PA 2VFGA 3WJZA 4JN6A 3JS3A 4RZ6A 3R5EA 2EKCA 3S5ZA 5DBTA 4JTFA 3JRKA 1OFAA 3GNNA 2C1HA 3P61A 4O10A 4R33A 4BWLC 5CSRA 4IMDA 4JTTA 4RLIA 5AHEA 4DPQA 3I68A 2PRHA 3A5FA 2QDGA 2DU2A 3UPBA 3OVRA 4Z1BA 2Y7GA 1JR1A 2B7NA 2A6LA 2RDWA 2ZYFA 1BTMA 3M1ZA 3EX2A 4AMAA 5IM51 4LVAA 4QQ3A 1MEWA 4AWTA 4ONVA 3EWBX 3BG3A 1DQXA 3V75A 2ZZ2A 2HSAA 4WQ6A 4W9TA 4D2JA 4FO4A 1UCWA 4Z1DA 4JYDA 3KX6A 1DJNA 1KA9F 1W3NA 2FJKA 2I14A 4S2BA 3I7SA 2ZA2A 3HGOA 3W1PA 1U5JA 5SWUA 3NQCA 3P5YA 2Z2UA 3D0CA 4PEKA 3QJAA 3ABRA 4UFLA 4GC4A 4XUGA 4JXCA 1SW0A 1MEIA 4TO8A 3W71A 2CZ5A 2RKXA 1S5TA 1FCBA 1W37A 3TV8A 1W5QA 1GQNA 1TMHA 3NEVA 3B8DA 3L65A 2NLIA 4JDYA 4XKYB 2YFOA 3PF3A 1M5WA 2YW3A 2V2CA 4UTIA 2KZHA 1AMKA 3C2EA 4A2RA 4IQLA 4EWND 4NNCA 1MEHA 4OHQA 2B4GA 3UWYA 4HSNA 2CLLA 2QCGA 4UCGA 4AHOA 1ICSA 4OBTA 3DENA 1FUYA 4O1DA 5L6UA 5J5RA 2A7NA 1RR2A 1QNVA 3BK0A 3O1NA 1AK5A 3NR0A 3QZEA 1F5ZA 3TSBA 2DJXA 3TMQA 5AOUA 5LGZA 1K02A 3P84A 3M16A 4AWSA 2WNZA 1TV7A 3LI1A 1OX6A 2ZFAA 1KV5A 5KINA 1JQVA 3ZS4A 1FY6A 1DOSA 3PBWA 2WO5A 4O4WA 4IUOA 4O54A 4PTNA 4QITA 3LHTA 2RDUA 1N8FA 2PE4A 4DELA 4LVGA 3LRKA 2QCDB 1WOAA 2PCQA 3BVJA 4KFNA 1YXDA 3G18A 1LLWA 2NUYA 4LVDA 3RF9A 1QR7A 5CPNA 1L2UA 1KFJA 2P1FA 4CCEA 4ZMGA 3QMTA 2HS6A 2RDTA 1Q6RA 3LI0A 1SO5A 5D30A 5LHFA 4XBKA 6TIMA 1YTKA 3PC0A 4QISA 3M5VA 3GYEA 3WJXA 3QQ1A 1Q6LA 2FPYA 3FFSA 1XDMA 5FI8A 1I2NA 2CW6A 4QAIA 4EOUA 4XQ6A 4FIRA 3PS7A 5LGXA 4IMCA 1UJPA 5LSMA 1XC4A 2ISVA 1G67A 3GR7A 1AG1O 2OT0A 4Y6GA 3UWWA 3LCWA 1Q6OA 2WNQA 1IIGA 3DXIA 3MMTA 1TQJA 3HQ1A 3EWYA 3TW6A 3LXBA 2VEIA 4QIUA 1PHWA 1VC4A 3W1UA 1A50A 3FYOA 1I4NA 2YYUA 3S1XA 3DGRA 4LRTA 2R94A 4UTKA 5EY5A 1FWSA 4ZQPA 3THAA 4JX6A 1SFLA 3B0PA 3LCIA 4JYEA 4CNPA 2E6FA 1TPEA 1TTQA 3TUUA 1SZEA 4P61A 3LCLA 5E93A 3NPWA 4TMCA 3IRDA 1FBAA 1HO4A 2JKAA 1PS9A 2G97A 3EWZA 3L21A 4IMEA 2QAPA 4ZQOA 1H1ZA 4NT0A 3LRMA 4X2RA 3PBYA 3RLUA 2F84A 2QCHA 4LY8A 2V0TA 2YSWA 5AC8A 3TE9A 2Y7DA 4AF0B 3M43A 3DU0A 5D05A 1S3HA 2TYSA 4N9EA 4EVZA 1ZAIA 4GUHA 1ZALA 3SSJA 3QPYA 4CNNA 3FKRA 4UTMA 4MYAA 5KZMA 1YYAA 4IX0A 3M5XA 1GPWA 1KM6A 2VFEA 2J27A 3G1SA 3GIYA 1QPNA 2V30A 4GBUA 3CU2A 3TA6A 4AWUA 3NL2A 4O28A 1JQXA 1LORA 1HL2A 3NNTA 3FOKA 1H7XA 3FA5A 5LNUA 3MYPA 4X3ZA 3TAKA 1YPFA 1IXPA 3EX4A 5C2XA 1DORA 2CLFA 3L5LA 2XN1A 2GQ9A 4LUJA 1VRDA 3R8RA 1F74A 4AH7A 5K4ZA 3NL6A 2PRMA 5T26A 1VR6A 4O0ZA 3CHVA 4IGHA 1EPXA 2Y62A 5F1VA 3B0VC 2X1UA 3MUXA 4PL1A 4GFSA 4K39A 3W7IA 3DHFA 3MHUA 4KWVA 5A5WA 1H50A 2JKPA 4ALDA 4PL2A 1QOPA 1NF0A 4O17A 5HNRA 1VCFA 5I3JA 2CZFA 3LLDA 3W86A 5ABTA 5D37A 3C4UA 1S5WA 5DCBA 3DI1A 1VYRA 5TIMA 5LKYA 1LM1A 2C14A 2Y85A 1MZHA 3BLIA 1VZWA 1GJPA 1W5MA 3MP4A 4MOZA 1TPC1 1O4UA 4UXDA 4CCDA 3TU9A 1FWTA 2V81A 3IGSA 1TV5A 1GVQA 1XDLA 4O18A 1H62A 5FEWA 1C29A 4JTIA 4XZ9A 3R12A 1JCLA 4LC6A 3ABSA 1K3UA 3FYPA 3CC1A 4CQAA 3W2LA 3A24A 4R7JA 4JY9A 3W1MA 4R34A 5HR6A 3M41A 4TIMA 1ZNNA 5DLCA 3OA3A 1QPRA 3C2VA 4LC8A 3T44A 3W88A 2NX3A 1B4KA 3GKAA 4NZJA 1EEPA 1VCVA 2ZZ1A 3CEUA 4KFOA 4JDBA 5EPDA 4OGZA 4UMAA 1FCQA 3VI2A 1SQ7A 1VPXA 3U2OA 5CPMA 3PB2A 3PULA 1GZGA 2ISWA 1OHLA 1RQBA 1DQWA 4LV4A 1QPQA 1KTBA 1PVNA 4LW7A 1NEYA 3ZR4A 3TFCA 3UWZA 1KTCA 1KV8A 1AL8A 3W76A 4LT9A 2ZA1A 3LTYA 2NX1A 2YPIA 4MPQA 4P2VA 2Q3OA 3I7RA 1VLWA 3BO9A 4DO6A 5AYZA 4MY8A 2ZA3A 5D02A 1RD5A 3L2IA 5C55A 3VCRA 1R2TA 3W3OA 2NZLA 3CPRA 3MP5A 1H60A 1YDVA 1JUKA 4ZL1A 4BWLA 4JTUA 3MW7A 2GVJA 3DFNA 1GOXA 1VS1A 3W7CA 5KSWA 1L6WA 3RU6A 3ZWTA 1DHPA 4MVAA 1W3IA 1FWRA 4R53A 3TR2A 4AF0A 4Y8FA 3W83A 1RVGA 1SW7A 2W6RA 1GT8A 3C2OA 3HBLA 4JD4A 5H2ZA 4WUIA 3PG9A 4PFMA 2J88A 3UNDA 5FEZA 1WBJA 3NZ1A 2FPVA 1XXXA 4BI5A 5FEXA 2VENA 3NQMA 1DBTA 1SU5A 2RHGA 2ZZ6A 3TSMA 4O8RA 5F2IA 3LCXA 3UZJA 2I9EA 2Z6JA 3U8GA 2O7QA 4I7UA 2QCCA 3OVQA 2Z6IA 4ADUA 1W5PA 1TJRA 4UTWC 1KFLA 4RK8A 3TFXA 5FEPA 1GVRA 1O60A 4JTGA 4LS2A 3STGA 3G0SA 1W5OA 1UB3A 3BG5A 3NGJA 5K9CA 2CLIA 4ADTA 5I3GA 4OV4A 3FKKA 4HN4A 5FF7A 5LNSA 3ZFHA 3WFAA 3QF0A 3M0ZA 4IPIA 1BWKA 3TNOA 5G1YA 2R14A 2NWRA 4YXGA 4RJEA 4S1FA 1VJIA 2A85A 1OFDA 3GLCA 1M7PA 3C0JA 4O50A 4IPJA 3YPIA 1JUBA 1ML1A 2EHHA 3ABQA 2DZSA 3NQ7A 5I3KA 1KFBA 3P5ZA 4UMCA 3W7JA 1EB3A 1ONRA 3TDFA 7TIMA 4NZFA 2AGKA 5A8GA 2Y7FA 2YW4A 4ZZ9A 2ZTKA 5BOOA 2I1OA 3KRZA 1EWEA 3PB0A 3ATYA 4K38A 3OIXA 5CZ0A 3RNDA 1KFKA 2EGZA 2XN0A 1EA0A 5AN7A 3QSTA 2JK2A 4AEOA 4FB7A 1GVFA 3NQDA 2Y7EA 4FF7A 3IIXA 2JGQA 1HTIA 3S6DA 4JTHA 1OK4A 1LLZA 2QJHA 1H7OA 4L4MA 3I6RA 4Z0SA 4L4LA 1H5YA 5FESA 3NYZA 3O8AA 3G1DA 1G4PA 1ZJIA 5FF4A 3NG3A 1KM0A 1CW2A 2YZRA 4H4IA 4C1KA 4JTLA 1NF7A 1TJPA 3P80A 2J9YA 2X16A 1LDCA 5DY2A 4K8EA 1CI1A 4OT7A 2OZ0A 3QQ0A 3EKLA 2V82A 1IXOA 3LCGA 4FNSA 3MI6A 2ABBA 2DORA 3HPZA 4WY0F 1Q45A 3WK3A 3UZ5A 3LBMA 3DAQA 1LZOA 1JRCA 1Z42A 4QM1A 4K36A 3NM3A 2C3ZA 2WOQA 3CB8A 4YLWA 1R30A 3A23A 5AHNA 1EP2A 1YTDA 3NQ8A 4NX0A 1JCJA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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1NEYA

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