1NF0 | Genus

Total Genus 89

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	89
sequence length	247
structure length	246
Chain Sequence	ARTFFVGGNFKLNGSKQSIKEIVERLNTASIPENVEVVICPPATYLDYSVSLVKKPQVTVGAQNAYLKASGAFTGENSVDQIKDVGAKYVILGHSERRSYFHEDDKFIADKTKFALGQGVGVILCIGETLEEKKAGKTLDVVERQLNAVLEEVKDFTNVVVAYEPVAIGTGLAATPEDAQDIHASIRKFLASKLGDKAASELRILYGGSANGSNAVTFKDKADVDGFLVGGASLKPEFVDIINSRN

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Optimal alignment for enzymatic proton transfer: Structure of the Michaelis complex of triosephosphate isomerase at 1.2-A resolution pubmed doi rcsb
molecule tags	Isomerase
source organism	Saccharomyces cerevisiae
molecule keywords	triosephosphate isomerase
total genus	89
structure length	246
sequence length	247
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date	2002-12-12

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00121	TIM	Triosephosphate isomerase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	1nf0A00

1KM2A 2R94A 3W2KA 1H61A 4W9TA 3CWNA 5KITA 3EEGA 1OK4A 4AH7A 4AHPA 2VFDA 3PBWA 2NZLA 1TRIA 4GUJA 3P5YA 1RR2A 4GXMA 4LWWA 4WQ6A 4EF9A 4GRSA 3M5YA 2QJHA 4B5NA 3STGA 1W1ZA 3RLUA 3NEVA 3ZFHA 4AXKA 2GJLA 1DV7A 2QCNA 1SR9A 3G3DA 3M6YA 4LC8A 2Y7EA 1OX5A 4ADUA 2YYUA 2P1FA 4C1LA 5KZDA 1TV7A 1EEPA 4BF9A 5LNWA 3NG3A 1Y0EA 2WO5A 3RK8A 3FOKA 3INPA 3CHVA 4BI6A 3VI2A 1XBVA 2XN1A 5TQLA 2Y7DA 1QPNA 4FB7A 3C61A 1HUVA 4MYAA 4AF0A 4AMAA 4R53A 4IQLA 4N9BA 2C14A 3EXSA 2ZA2A 3PUOA 5TBOA 3M41A 1FY6A 3QSTA 1RQEA 3I7SA 3HO8A 4N4PA 3PS7A 4RV8A 4LC6A 1SFLA 4O0ZA 3W7JA 4UFIA 3BV4A 3LI0A 3P81A 3JS3A 5E0KA 5HR7A 4MLJA 3KXQA 4JYDA 3TCEA 3MP4A 1P1XA 1FXQA 3P7YA 2FB3A 4KKXA 5T26A 2GVLA 1EX5A 1OFQA 1K7EA 4TMCA 2NUWA 3PSWA 1IF2A 2E5CA 3W7KA 3ABOA 1BEUA 2I1OA 1OYBA 1X6UA 2BLEA 3HF3A 4JTUA 2RH9A 1OFPA 3LOTA 1GVSA 3W2NA 1SUXA 4JTTA 3W23A 3TV8A 4UC5A 4C1KA 3LLDA 4Q4KA 2WPBA 1JCXA 5BMXA 3W88A 2YW4A 4FX8A 3EWYA 5SWUA 1PS9A 3GR8A 1R46A 1YYAA 4FIQA 3NQ6A 1MSSA 2OT0A 5DY3A 4UTUA 1UUOA 1EP3A 1KBIA 4MY1A 4YLWA 1UJPA 3HB9A 2E5DA 3E49A 4UTKA 3KRSA 7TIMA 3OVPA 4ZMGA 1A5CA 3SY5A 2YXGA 3WFAA 5CSSA 1GVFA 3G1XA 1IIGA 3R5EA 3DFNA 5AC6A 2RDUA 3KVJA 1TPEA 2C16A 3O6YX 3HGOA 1H51A 5HWNA 2V30A 3E02A 5CZSA 3PBYA 3NPVA 3QW3A 4QM1A 2QCGA 1EP1A 3PR2A 3NPWA 5EL1A 1TTQA 2ZDRA 4PCFA 4X9SA 3EX2A 2EHHA 4WY0A 3PVFA 2GJNA 3STCA 3HQ1A 3NVTA 4GFSA 4O10A 2ISVA 1V5XA 1ICSA 3W1PA 4A21A 3M9YA 2FPVA 4LW7A 3CU2A 2TSYA 3ZS4A 2TRSA 3F03K 3G24A 1WBJA 1TO3A 5DCDA 3I7RA 1IIHA 2RFGA 3MYOA 2ZZ2A 4DF2A 3L2IA 2QEZA 3QEZA 4GUHA 3QH2A 3A9IA 3PB2A 1NFBA 3TK7A 1A5SA 4UCGA 1AW1A 1JULA 5G1TA 4ZQCA 1LRTA 3WJXA 4BR1A 4FNRA 1XBXA 4TIMA 5GVJA 3C56A 2OJPA 3W7OA 1PCWA 4PEKA 1XKYA 2ZRVA 4HT3A 4O18A 2E5BA 3TUUA 1FUYA 1P0KA 2GVGA 1ICQA 2QAPA 3WJZA 2EKCA 3MW7A 3W71A 4QAIA 2YPIA 1H5YA 4MZ8A 4G1KA 3PUEA 4XTIA 2F84A 1OHLA 3S0CA 3TR2A 3GAYA 1TPH1 2DZWA 3IV3A 3W83A 1GOXA 3ZWSA 2NXHA 4JIQA 4FO4A 1KM3A 2V0TA 1LBFA 4JDBA 3Q2DA 3R13A 3S5YA 1SQ7A 3G1VA 1RZMA 4NZJA 5CGQA 3HJZA 5K7JA 2WV8A 3GDRA 3W1TA 5ABTA 1XM3A 2XN2A 1V7YA 1O5KA 3BW3A 4LY8A 1GYLA 4HNVA 4FX7A 4MFDA 3B06A 3MI2A 2Z6JA 2ZZ3A 3W7DA 4Z1CA 3H53A 4PC8A 1JRBA 1A5AA 5E93A 2X30A 6TIMA 3HIJA 5K2ZA 4FIRA 3UWYA 4O50A 2VOMA 3W2UA 1A53A 1IXPA 1QDSA 1FBAA 2A7PA 3B4UA 3M47A 4UNLA 4JXCA 3LXAA 1TV5A 3SECA 2ISSA 3DFQA 1MXSA 1SFJA 3S1UA 4BFAA 3G0UA 1WOAA 3MHFA 4DBDA 2DZVA 3IRDA 1YADA 1YTKA 3LRKA 1JCMP 1W5MA 1ML1A 3ANYA 4Z08A 3DXIA 4PH6A 2QUTA 1KFJA 2NV2A 1KM0A 2NWSA 3MHUA 4BWLC 3NYZA 3TAKA 3LTPA 5F1UA 3M1ZA 1H7XA 3LXBA 1ME9A 3EX3A 5FF4A 2C0AA 3MBFA 3TE9A 4N2YA 4K8HA 4A22A 1KFLA 3TQ0A 5G2HA 2CZDA 4EF8A 1ZENA 3DI0A 5I3GA 4NNAA 4CCEA 2FFCA 4JX5A 4ZQRA 5J5RA 4K6AA 3NGJA 4UTWA 1FWNA 1VHNA 2ZQ0A 1G7UA 3DHDA 4M7TA 2ZZ7A 4O1AA 4HNTA 1YXCA 1U5JA 1THFD 3KX6A 5KMYA 4K37A 1TMHA 3LBCA 4JYEA 3L67A 1XXXA 2PRLA 2TYSA 4DPPA 4HPXA 4TMBA 5KSWA 3N19B 1GVRA 5CZTA 3LTYA 1FWRA 3W3OA 5CZJA 3C0JA 1W3IA 2QCDB 3M44A 3S6DA 1W3TA 4JYFA 1T0OA 1RD5A 5LHFA 2Y7GA 1ZAIA 1H1ZA 4RZ6A 2GOUA 5LNUA 1H7OA 4GWEA 3DHFA 1JUEA 3ABQA 4LNYA 1VR6A 1OX4B 3UY7A 1Q6RA 4S2CA 1FWWA 3HPZA 4M7SA 1SO4A 4QJ1A 4CCCA 3L0GA 5F4WA 3QQ0A 3V1PA 5H91A 4IMGA 3UWWA 4ZQMA 5A8GA 3I6RA 1R47A 4GNJA 5L6UA 1FDZA 1LLWA 1GVOA 2A2IA 2LLEA 1VH7A 4PFMA 3YPIA 3TW6A 4N02A 4R34A 5KTLA 4JY8A 4NJKA 4Y90A 2TMDA 1ME8A 2ZRXA 3FJLA 2B0MA 2PRHA 1DBTA 1VQTA 3GXPA 3S42A 2E6DA 1HFBA 4ML9A 2V81A 3NPUA 4JN6A 4ADSA 4JTKA 3N73A 4M6VA 1YXYA 1PV8A 3WK0A 3D0CA 3U2OA 2DP3A 3PB0A 1L6WA 1NF7A 5DBTA 1GT8A 3ABSA 2Y7FA 1TPFA 3T44A 5K4ZA 3PSVA 2VKZG 4NVTA 5BNKA 2QR6A 1QPQA 2DZUA 5LNVA 2DZPA 3OG3A 5CPMA 3OVRA 2WNNA 4A3UA 3W86A 2YSWA 3ZR4A 3HGRA 1KW1A 2YYTA 3F4NA 1N55A 1N7KA 4RXGA 4K38A 4IPJA 3VNDA 1O95A 5KZEA 1AW2A 2A85A 1YDOA 3DFSA 2WNZA 4NU7A 5LSMA 3MHGA 2VC6A 5U4NA 2E77A 5EA9A 2DJLA 5FF3A 4ALDA 3LB0A 4I7WA 3F4WA 2H6RA 1EPXA 4Y6GA 4JIPA 5HJLA 1LP6A 3G0XA 4FNPA 2FPTA 1OFOA 3GDMA 1Z44A 2J9YA 2PURA 3KRUA 1W37A 2BXVA 2VFFA 3NQEA 3VE9A 1WA3A 4OHQA 2G97A 2Y88A 3CTLA 3MYPA 3MI6A 4R33A 3CQ0A 4E38A 1L2UA 2E1DA 2Q8LA 4FXRA 4CQ9A 2VFIA 3M16A 4O1DA 1J4EA 1VCFA 1VGAA 1R2SA 2G5WA 1I45A 4MUZA 1LTDA 5HQEA 2A7RA 1LBLA 1QAPA 2C18A 3LX9A 4YCOA 3S5NA 3NQ7A 3QSRA 4TR9A 5BW6A 1PE1A 5AHIA 4ZVJA 3W7NA 3UD6A 2B7OA 4JDYA 4XKYA 3GYEA 3W2MA 1W5NA 4NX5A 5D02A 4RJEA 1OYCA 3NQAA 2GVJA 3W2JA 4UTHA 3AO0A 2HS8A 1C8VA 2Y63A 3W1MA 1SO6A 1TTPA 4U4MA 2J6XA 1ZJIA 2ZRYA 4EWND 3MP3A 4H4IA 4NQ1A 4XBSA 5G1YA 1QMLA 3MI3A 3NZ1A 4DO6A 4HNNA 1LRNA 5HUPA 4NNCA 1GQNA 3NL5A 1TPWA 5CPOA 5CZ0A 5AHLA 3TMQA 2H8XA 5AHNA 3HPXA 4FNUA 3L0NA 1XCFA 3IIZA 3W87A 3IVUA 3N2MA 1GEQA 4OQVA 4O11A 3TSBA 2W79A 3U6WA 4IMCA 5I3HA 3QZEA 2Y62A 1DJNA 4U28A 4O53A 4RKAA 1B57A 3N9SA 3ATYA 4P2VA 5FI8A 4O0KA 2WSYA 4HNUA 5D30A 2WNQA 3W1LA 5IM51 4N9CA 2YFNA 3V75A 3C2FA 2HSAA 1EIXA 2FJKA 2FPYA 4O15A 4O1CA 3OVQA 1VHCA 2QKFA 2YW3A 3BG3A 3E12A 3GZ3A 4LS2A 4NUWA 3DZ1A 5D38A 2JKEA 2NX9A 3NQVA 3UWUA 2ABBA 3BW4A 3RMJA 1H62A 3CIWA 1C9DA 3NM1A 1Q3NA 4WXZA 1XC4A 5D33A 4IJBA 1TPC1 2BZNA 5HR6A 1EUNA 3M5VA 3RU6A 3B03A 3BG5A 3KHJA 2J9ZA 4RR4A 1OFRA 4O8RA 4O1BA 1JCYA 3MWAA 4POCA 3GVGA 1IGSA 5DN1A 4LVGA 2CLOA 5D09A 3A23A 4I7UA 2QCFA 3A5VA 5K3VA 2WQPA 4UR8A 3L5AA 4RX0A 5KINA 3PWAA 1UCWA 4NX0A 3NXFA 2OMAA 4LVBA 4EIVA 2Q3RA 5G4EA 4JD4A 1HO1A 4UTIA 1ALDA 3O07A 1TPUA 2PC4A 3PUDA 4N4QA 2ZRUA 1K7XA 1VZWA 3QF0A 2C13A 1D3GA 5TIMA 1W0MA 3T78A 3GKFA 1QOPA 3NQFA 1UB3A 5K4XA 1LOLA 2NXGA 5K9DA 4JTIA 2I9EA 4JICA 1AG1O 4PL1A 1YTDA 4CCDA 3MUXA 5AHMA 2WSRA 3NL3A 3GLCA 1I2OA 1VYRA 5G5IA 4IWWA 3LGEA 3LXCA 2NV1A 4UFKA 5FEPA 3GKAA 2HMCA 4MY8A 5AC8A 1O5XA 4CNPA 2DZTA 4NJJA 5DLCA 1ZNNA 5HUOA 2RDWA 3LRMA 1H7RA 4N6FA 3HG3A 1BKSA 3DFPA 5G2WA 1YTEA 1IXOA 4E0CA 4GUIA 5EPDA 2YCEA 1YPFA 3W84A 3TKFA 4LS1A 2A4AA 3CIXA 2WSQA 2VENA 4Y8FA 1OJXA 2E6YA 3LI1A 1DJQA 2A6LA 4JNMA 1X8FA 1DKWA 2J24A 1W31A 3QM3A 1CW2A 5AC7A 3O6CA 2NLIA 1VLIA 3NM3A 3S5OA 1QPRA 4UR7A 4ZL1A 2ZZ4A 3WJWA 4UMCA 5I3IA 5D2XA 3G1HA 2QDGA 4LVDA 3IGSA 3G1YA 3C8FA 4K7YA 2PRMA 3A5FA 5DCBA 3HG4A 3T40A 3BPWA 3L5MA 1BWKA 4M19A 3PBUA 1WYIA 2AGKA 1VYPX 1VLWA 1J5TA 1B4KA 4RZ5A 3TX9A 5CSRA 3TSMA 5AYXA 2CLEA 2X1TA 2V9DA 2TPSA 2JGYA 1QO2A 1O60A 3FKKA 1GPWA 1E51A 2EF9A 2H3BA 3LM7A 3QYQA 4MY9A 3O8AA 3WK3A 3H54A 3KVKA 3DFTA 4LRSA 1YPIA 3QMSA 3EWWA 3PY2A 1HTIA 2NWRA 3CEUA 4OU1A 4Y9AA 3A21A 4N6EA 1TPVA 1KFKA 4JTGA 4UNKA 3G8RA 1ZY9A 2X16A 3DKJA 2DORA 4IGHA 1DVJA 3SSJA 3TXZA 2WOQA 1LDCA 4UTJA 2P10A 2Y70A 1SZGA 4ZQPA 2YZRA 2ZYFA 2CW6A 2QCCA 1FQ0A 1DHPA 3BLEA 5F2LA 3GNDA 4EVZA 3NR0A 1XBZA 2W0UA 5A5WA 4Z1DA 1RV8A 1RQBA 2QJIA 1G4PA 1U83A 3LHZA 4QNEA 1G4TA 3QFEA 4IXXA 4JTHA 3IGXA 5D37A 1KLZA 2XN0A 3BO9A 4JS3A 4MIMA 4FX6M 1CX9A 1RVGA 3W9ZA 4JTFA 3W07A 3SGUA 4MVAA 1XL9A 3FA5A 3L68A 4UFJA 3LHTA 4O4VA 4P61A 3W1QA 3LHYA 4PTNA 3USBA 2C1HA 1RPXA 2FIQA 3LTSA 4MJMA 2CWNA 3NQMA 4HSNA 5AHFA 2F7FA 3PM6A 4AB4A 2HS6A 5HMSA 4O14A 2ZZ1A 2E68A 1T99A 3QQ1A 5F4XA 2FDSA 3M43A 5U7SA 1OFDA 3QC3A 4Y96A 3NQGA 3THAA 1J2WA 3BGJA 3O06A 1H7NA 1TTIA 4UXDA 1L9WA 1TJPA 4R7JA 1GJPA 3C2VA 1TQXA 4XQ6A 3L5LA 2Y6ZA 5FESA 1ZALA 1Q45A 1LYXA 2ALDA 3NL2A 4IMEA 1BTMA 1GYNA 3ATZA 1MZHA 4WXYA 5G4WA 5HULA 2ATSA 1XFBA 5IBXA 3WJYA 1T96A 3IIVA 1NEYA 4N9DA 4LV4A 3SR7A 3P8IA 3UPBA 3L65A 4ADTA 5LNRA 4NXKA 3S8HA 3KVLA 2G95A 1EWEA 1R2RA 3MBDA 4AEOA 2G96A 3NQ8A 1R2TA 4CNNA 2OT1A 3TDFA 2X1SA 4O17A 1XBYA 1TTJA 5CKSA 4CLMA 4RZ4A 1SO3A 3EX6A 2C6QA 1ME7A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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1NF0A

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