1NF0 | Genus

Total Genus 89

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	89
sequence length	247
structure length	246
Chain Sequence	ARTFFVGGNFKLNGSKQSIKEIVERLNTASIPENVEVVICPPATYLDYSVSLVKKPQVTVGAQNAYLKASGAFTGENSVDQIKDVGAKYVILGHSERRSYFHEDDKFIADKTKFALGQGVGVILCIGETLEEKKAGKTLDVVERQLNAVLEEVKDFTNVVVAYEPVAIGTGLAATPEDAQDIHASIRKFLASKLGDKAASELRILYGGSANGSNAVTFKDKADVDGFLVGGASLKPEFVDIINSRN

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Isomerase
source organism	Saccharomyces cerevisiae
publication title	Optimal alignment for enzymatic proton transfer: Structure of the Michaelis complex of triosephosphate isomerase at 1.2-A resolution pubmed doi rcsb
molecule keywords	triosephosphate isomerase
total genus	89
structure length	246
sequence length	247
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date	2002-12-12

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00121	TIM	Triosephosphate isomerase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	1nf0A00

1F2JA 4FIQA 4TX9A 2QUVA 4UMCA 4X3ZA 3UY8A 3LTSA 5C2XA 1H1YA 1VC4A 3LBCA 2C6QA 3W7EA 3LXBA 5F2GA 4QJ1A 4O52A 5F2IA 3JS3A 3TW6A 2OT0A 3NDOA 2P1FA 2YCEA 1GVQA 5AHEA 4ICNA 1H1ZA 1OFEA 1GYLA 1X7FA 4WUIA 3TXVA 3T40A 3DI1A 3C3NA 5AC6A 3P80A 4KKXA 3QQ1A 3G0UA 3NYZA 3CTLA 3HF3A 3JR2A 4WOQA 3DENA 5LHFA 3UWWA 2J9YA 1S5WA 1L6SA 3P81A 2BX7A 2NLIA 3A9IA 5HWJA 1T8XA 4JYEA 4ZQOA 2NZLA 1AMKA 3NZ1A 3EXRA 4ZQRA 2DORA 3CWNA 1WOAA 1GVOA 1Z42A 3W23A 1AL7A 1NVMA 3SY5A 2TPSA 3P5YA 2XN2A 2NV2A 4TR9A 1SW0A 1V7YA 5MHBA 1DBTA 4PL2A 1OFOA 1KV8A 2VFIA 5G5IA 3FFSA 3W76A 3O06A 1HO4A 4FNUA 4PTNA 3WJYA 3LDVA 3W7IA 4DF1A 3BG5A 3OVQA 3W84A 3CC1A 3NPVA 2XN0A 1LP6A 4MYAA 4FO4A 2VFDA 3KX6A 4ZL1A 3QPZA 4UNLA 4JIPA 1KM1A 5AFDA 3CM4A 4MJZA 2I1OA 1O5KA 5TIMA 3FKKA 3GIYA 3IIZA 4WXZA 4CQ8A 2YSWA 4YLWA 4JX6A 3SW6A 1TRIA 2ABBA 5K9XA 4AMAA 3UD6A 3W2KA 5F2MA 2JKEA 1WBJA 2QEZA 3E96A 4K36A 4CLMA 1IXPA 2Y89A 4ZZ9A 3B0VC 3W73A 3DAQA 4OHQA 3S1XA 2P10A 1YLVA 4TMCA 4JTJA 2X1RA 2ZA2A 3SIZA 2X16A 1G4TA 4O1DA 3G1AA 1JUEA 3IIOA 4E38A 3HPXA 4K39A 4O54A 1NF0A 2W6RA 1WA3A 1SZNA 3LOTA 2CZFA 3EWWA 1JR1A 5FEXA 2B0MA 3HQ1A 3DHDA 3A5FA 4MJMA 4KFNA 1O5XA 5FF0A 2GJNA 4NNBA 4CQ9A 4UTTC 4IQLA 3DFTA 4LU0A 1SO4A 3F4WA 1T99A 2JKPA 3O07A 2YZRA 3O8AA 1KW1A 5F1VA 1H7WA 1LOSA 1SUXA 1W31A 1TCDA 4RXGA 3OEXA 4O10A 1QFEA 3DFSA 1UJPA 1QOQA 5CG7A 4JTIA 3LTPA 3BW2A 1JUKA 1KFJA 1LBLA 3LHTA 2E77A 3RU6A 3IRDA 3S9YA 2QJIA 3M1ZA 3T55A 1R46A 3SSJA 3W1NA 2AGKA 1MEHA 4AAJA 3CLMA 5HUPA 5FF7A 1UUMA 4UTJA 1ZFJA 3KXQA 3MBDA 3DBPA 5E0KA 1FCUA 2CLHA 1I2RA 2YX0A 3LCWA 3HGSA 3HB9A 1JULA 3KFTA 3M9YA 5BOOA 4A3UA 5CZSA 3G3MA 1FWNA 1I8JA 3NL2A 1Z44A 1IIHA 1U5JA 4I7UA 3TAOA 5HMSA 3E9AA 2YPIA 3SR7A 4IMDA 2YW3A 3GDTA 2O7SA 1I2NA 2GQ9A 4JDBA 3WJZA 6ALDA 2NUYA 1XDLA 3NGJA 3W7MA 2QUTA 3C56A 2ZCGA 2ZRYA 1G4EA 3GAYA 3LV6A 3NQCA 4TU1A 2QCLA 1SU5A 3MO7A 3QM3A 5AHMA 3CPRA 3QRHA 5CPLA 2E6YA 4ALDA 3G24A 1SZFA 3PY2A 1YXYA 5KITA 1K03A 4IXXA 4FEZA 3QH2A 3V1PA 3NQMA 1DJQA 2QDHA 4CNPA 3KVLA 3E0IA 3IVUA 3LM7A 4HSNA 1IXQA 3M6YA 2VFHA 4Q4KA 4P2VA 4Z1CA 1VLWA 4DQWA 2ZRUA 2E1DA 3QPYA 3E12A 4O16A 4JTEA 3P8IA 4FNRA 1G7VA 1TMHA 4UC5A 2CZDA 1FY6A 4R33A 1KBJA 3C2VA 1V5XA 1PE1A 3TCEA 1JQVA 3THAA 1NFBA 1H63A 3UWVA 3G1VA 4UTUA 4H3DA 1A5AA 3B0PA 3PB2A 1PCKA 4JYDA 2ZBTA 1F7BA 1C8VA 1VH7A 3M5YA 1WBHA 3WJWA 5FEWA 1XUZA 2E68A 4O50A 3HG5A 4PL1A 1J4EA 4X2RA 3INPA 1GEQA 4UFIA 3UYCA 4W9TA 2HMCA 4M6VA 4CCEA 2VFGA 4HNUA 4FXSA 4GFSA 2CWNA 2TYSA 3FJ6A 4HNVA 4AEOA 2NUXA 1QR7A 1XBVA 1LROA 1D9EA 3G22A 3A21A 2QF7A 1OVDA 5HWNA 1XL9A 3GXTA 3LCIA 2V82A 5L9FA 4JICA 3TXZA 3N19B 1SW7A 5HNRA 3LGEA 5EY5A 4MFDA 4XTDA 3QYQA 5SWUA 5G1YA 5IBXC 3T44A 2FJKA 3PR2A 4GNJA 5AYXA 4BF9A 1Q3NA 1QPRA 1NF7A 4JY9A 5U7SA 5G2HA 2H6RA 4DO4A 4L4LA 3C52A 4K37A 3HG4A 3NQ7A 5TBOA 1B9BA 2ZA3A 1OYAA 4HSOA 2RKXA 1EEPA 3UPWA 3CT7A 1E51A 5BMWA 1XBYA 4NVTA 4O14A 1VYPX 2V5LA 1J5TA 3P84A 4JR5A 3IIPA 3S8HA 4FIRA 1IIGA 2PURA 3PB0A 1RV8A 1ZNNA 1PVNA 3OG3A 3TJXA 1RVGA 1THFD 3W1QA 1OFRA 3PULA 1KFEA 1W5MA 1Q6RA 1LRTA 3HGOA 3G1HA 3G8RA 3KRUA 5D09A 3IGUA 1PCWA 1QPNA 3FJLA 3P61A 4UIOA 3PBWA 3CQ0A 4JTLA 1XKYA 3NL6A 3NQEA 5C55A 5HJLA 2CLKA 5CPOA 3FEMA 4O19A 5A5WA 4NNCA 4CQAA 4AXKA 3PM6A 4XBKA 5DBUA 3LCLA 3BG9A 3HGRA 2AAMA 2XN1A 3OVRA 2BZNA 2H3DA 4IMFA 1LOLA 1OX4B 2ZRZA 1SSGA 2DU2A 4OU1A 5F4WA 5KZEA 3IVTA 2X1SA 3W7JA 5EA9A 4BK9A 1QNVA 2YR1A 2X30A 3P67A 1XXXA 2NXIA 5I3HA 1F05A 3M5XA 1A5BA 1LYXA 1RQBA 2OX1A 2RH9A 3B04A 2ZZ4A 8TIMA 3VNDA 2ZYFA 3BVJA 4LT9A 1O60A 3G1SA 4XUGA 1S5VA 3HOJA 1VHCA 2FB3A 3LTYA 2A21A 3L66A 1SZEA 3GR8A 5CPNA 3MHGA 4RK8A 1L6WA 4QQ3A 2QCDA 2WO5A 1SPQA 2PRMA 1TV8A 3EWZA 3F1QA 3GXNA 4UFLA 4Z0JA 3S1WA 3NPXA 4ZQCA 3NA8A 1F6KA 2C15A 5CSSA 3FOKA 3EWYA 1FWSA 4Y9AA 1VCFA 4IMEA 1F5ZA 2DZTA 4AF0B 3LX9A 1W3TA 3LLFA 2A7NA 4UTLA 2Y6ZA 1OYBA 3EX2A 2VFEA 1W54A 2QKFA 3LI0A 4LOCA 1KM2A 1ML1A 4O18A 2Y7DA 3WFAA 1IXOA 1OYCA 1LRNA 1VS1A 2J9XA 3N3MA 3S5OA 4LC6A 3QFEA 1OK6A 1GWJA 4IMGA 5AOUA 3O15A 1HO1A 1W56A 1DHPA 2JGYA 3GVGA 3GDRA 4R34A 3NL3A 1FUYA 1I4NA 5AN7A 3W88A 1DVJA 4EWND 5BRBA 3RK8A 1FDYA 5LNRA 1O95A 2EKCA 3GK0A 4NXSA 5CPMA 1W5NA 2WNQA 5D2TA 1G69A 4JYFA 3TFXA 3A24A 5G4WA 3P62A 1PHQA 1UBSA 1GVSA 1Q6QA 3OBKA 1BEUA 3R5EA 2BSLA 3W1PA 2A6NA 1BWKA 3YPIA 3NOEA 1VR6A 3LRMA 3EWUA 2DZSA 3O6CA 5ABTA 3DH7A 1K02A 1JCYA 4OBTA 2EAWA 4AWTA 1DOSA 4PFMA 4O12A 3UPBA 2A85A 3VE9A 4ZMGA 1H7RA 1VRDA 3NG3A 4BWLC 3KOFA 5TQLA 5I3KA 3MUXA 4AHOA 2BWGA 1HL2A 3C2RA 1YTDA 3S42A 1QPQA 5FI8A 3H55A 1ADOA 2QCNA 2V5BA 5I3IA 1LBMA 2CU0A 3BK0A 1ALDA 4A2SA 5LHEA 1TPFA 3TSMA 1LORA 1H7PA 1N55A 1M7PA 4LRTA 1TJRA 3DFNA 4ORIA 3DKJA 4UTTA 1KM3A 4BFAA 5AHLA 3NQDA 3M41A 3NM1A 5K4ZA 3NL5A 1EA0A 5KMYA 2NXGA 5D2XA 3EX3A 3WJSA 2V0TA 3UZ5A 2EPHA 3OVPA 2R8WA 3L68A 3L5AA 5K2ZA 1GG1A 3PUDA 4WY0F 2HS8A 3TC7A 1SR9A 3GDLA 2ZDRA 2Y61A 4K6AA 1PS9A 4O1BA 4GXMA 3UQNA 1RQEA 5J5DA 6TIMA 1WOBA 3IGSA 1H50A 1BWLA 2A7PA 5LZLA 4KFPA 3DU0A 5AHNA 4JIQA 4MVAA 4P61A 2GQAA 3R12A 1FDZA 4NT0A 4G1KA 3W70A 3GZ3A 1WXJA 3FIGA 3TFCA 3DZ1A 1VGAA 3HPZA 2Y7EA 2C3ZA 2C16A 3W7PA 1TREA 4O4WA 5J5RA 3TA6A 3GAKA 3M5ZA 3W2LA 3QW3A 4NJIA 3IVSA 2VC6A 5D30A 1OG0A 1ME8A 4LW7A 4AHPA 4XKYA 3NQGA 1ZY9A 2EHHA 3LHVA 4MIMA 3W71A 5DXYA 1B4EA 2FDSA 4K7YA 3QJAA 3G1XA 4BR1A 3RF9A 4LVAA 5D32A 3QEZA 1SO5A 5DCDA 4JXCA 1YDOA 3PS7A 5HQEA 4RZ4A 3LHYA 2B7NA 1RQHA 3SGUA 5H2ZA 3P82A 4HT3A 4UTMA 1VQTA 4BI7A 2W0UA 1IF2A 4MY9A 1Q6LA 2E5BA 2ZZ1A 1QWGA 3TMLA 4A2RA 5G1TA 4PC8A 4GJ1A 4XZ9A 4FB7A 1Z41A 1A5SA 3G8EA 3NVTA 1DKWA 4N4PA 2ZZ3A 5K3VA 1H7XA 3BGGA 1EX5A 1H7OA 3KHJA 3W74A 3L21A 3S5NA 3MMTA 1L2UA 2OJPA 3W2JA 4LWWA 4WOZA 2RDUA 2G5WA 5CGQA 4YCPA 4DF2A 2A1YA 4XTIA 3W7LA 1H61A 3B4UA 3FS2A 4N4QA 1T0OA 3STGA 2VKZG 4EVZA 3N14A 1KFKA 1S3HA 2YGYA 4LS1A 5LNVA 4HIBA 4MY8A 4MLRA 3I6RA 4Z1DA 3BLIA 3T7VA 4HPJA 3NZRA 4N9DA 3KAOA 4FNSA 3SI9A 2NWSA 5HR7A 1KBIA 1PIIA 1W1ZA 1F76A 1DV7A 1KTNA 2ISWA 2C13A 3R8RA 3ABQA 4KFOA 3MJYA 2TSYA 3M0ZA 1ZAHA 4PA8A 3PBVA 1FXPA 1AW1A 2H8ZA 3L0NA 1ICQA 3W2MA 1SFJA 2D73A 4QM1A 4NJJA 4UTWC 4FF7A 4LV9A 3PSVA 3TIMA 4EF8A 2PCQA 3OIXA 5AHIA 4Y6GA 4U28A 1TPC1 3NM3A 1TPVA 1W3IA 2QCCA 3W2NA 1DJNA 4LUJA 1JCXA 1ZALA 5IBXA 4EIVA 4GUHA 2O7QA 3B8DA 2YFOA 3QC3A 3LCXA 2JK2A 2ALDA 1H60A 2B7QA 3W3OA 1TPDA 1ZCOA 3WK3A 3W1AA 3LCFA 1B57A 1TPEA 5FF3A 1TQJA 3QMRA 2VEIA 2AQWA 1PHWA 2A7RA 4UCGA 1VHNA 2Z0IA 1TYGA 4OQVA 4GUJA 1K3UA 1T96A 3QW4B 4YXGA 1WAUA 2RDTA 4DXVA 3TK7A 4GE8A 4JTKA 1LM1A 1QOPA 1R47A 1GYNA 2F84A 1OFPA 1KTCA 4K8HA 4CCCA 5I3GA 4JTGA 2FB2A 5FESA 1W5PA 2BXVA 3JRKA 1HFBA 3TX9A 3WK2A 1PV8A 3L9CA 3H54A 5I3JA 1OFQA 1CX9A 3IGXA 3LERA 3U8GA 1G4PA 2CLLA 3ABRA 3GNDA 2WQPA 5GVJA 2DZUA 3ABSA 4FX8A 4MZ8A 4LY8A 4GBUA 5IM51 4IXHA 2Y7GA 2QAFA 3UXAA 2GJLA 5LNSA 5D2VA 4FX7A 5EKYA 3NXFA 1FCVA 1K8YA 2ISVA 4UFJA 2X1TA 2WSQA 3TSDA 2BLEA 2HS6A 3STEA 1EIXA 5E93A 4IWWA 2YYUA 4MUZA 4NU7A 1SFLA 1GTHA 5KZMA 2Z6IA 1OFAA 1TB3A 3R13A 4JY8A 5EL1A 4QIUA 4K7VA 3TUUA 2VELA 3P8JA 1X6UA 4N6EA 3UZJA 2GVJA 1WQ5A 3MWAA 2HTMA 1XCFA 3A22A 3W1RA 1M6JA 2WPBA 4C1KA 4BI5A 1XC4A 3GR7A 1U83A 1TV7A 3MP4A 4B5NA 1WV2A 1TQXA 2NWRA 2FQIA 3W83A 3U2OA 1MO0A 5DELA 2A0NA 4MY1A 4AVFA 2GUUA 5G2WA 4O15A 3M16A 5DLCA 1YXDA 1P4CA 3LI1A 3O63A 4KWVA 3N9SA 3LXAA 5HULA 4EOUA 1EPXA 1VJIA 4NUWA 1XI3A 1G4SA 4JX5A 1O4UA 2VENA 2HSAA 3EX1A 5KTLA 2OT1A 4O53A 4O4VA 2Y63A 1TTQA 1ME9A 1VCVA 1GVRA 3NQ8A 4LS2A 4UUIA 1QO2A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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1NF0A

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