1NF0 | Genus

Total Genus 89

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	89
sequence length	247
structure length	246
Chain Sequence	ARTFFVGGNFKLNGSKQSIKEIVERLNTASIPENVEVVICPPATYLDYSVSLVKKPQVTVGAQNAYLKASGAFTGENSVDQIKDVGAKYVILGHSERRSYFHEDDKFIADKTKFALGQGVGVILCIGETLEEKKAGKTLDVVERQLNAVLEEVKDFTNVVVAYEPVAIGTGLAATPEDAQDIHASIRKFLASKLGDKAASELRILYGGSANGSNAVTFKDKADVDGFLVGGASLKPEFVDIINSRN

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Isomerase
source organism	Saccharomyces cerevisiae
publication title	Optimal alignment for enzymatic proton transfer: Structure of the Michaelis complex of triosephosphate isomerase at 1.2-A resolution pubmed doi rcsb
molecule keywords	triosephosphate isomerase
total genus	89
structure length	246
sequence length	247
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date	2002-12-12

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00121	TIM	Triosephosphate isomerase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	1nf0A00

1MZHA 4LRSA 1VYPX 4QQ3A 4PFMA 1HFBA 2X2GA 2ZRXA 3MW7A 4RX0A 4NXKA 2C16A 3ANYA 2CLMA 3L21A 3YPIA 3AJXA 2ZDRA 4OQVA 3STGA 2QKFA 2AQWA 3DHDA 5KITA 1R2TA 2YGYA 5DCDA 5K9DA 4IJBA 3NG3A 5HQEA 1O4UA 3C61A 4FXSA 4M6QA 3GIYA 1YYAA 1I2OA 4Z1AA 2EPHA 2E5BA 5CSSA 1KM2A 1Q6RA 1KFCA 3A24A 3NQFA 4O15A 4IMFA 5G4EA 5J5RA 5K4XA 5AYYA 3M5VA 2JK2A 5G2WA 3SR7A 1VLWA 3FJ6A 3SW6A 3T7VA 3DZ1A 1PHWA 1GG0A 1H63A 3GDMA 4GBUA 3UWZA 1TPWA 1XI3A 3IGXA 5AYXA 4DQWA 1O60A 1M7OA 2PCQA 3L0KA 4NJIA 1VC4A 1KA9F 3NQEA 3LBMA 1RZMA 1K8XA 3QQ0A 4RZ4A 3DKLA 3GK0A 3BGGA 3GX9A 1H1YA 2V8ZA 1Z42A 3W88A 1HO4A 5AHNA 4MKNA 2B0MA 4Q33A 1WDWA 1G4PA 1XDMA 1L6SA 3LCLA 5AHIA 1LBFA 1GYLA 1VHCA 1F6PA 1KM4A 4GXMA 5D2TA 5TQLA 3PUDA 4BI6A 3DH7A 3TJLA 2VFGA 4HKPA 1FWWA 3QJAA 4FNPA 1A50A 2JKAA 5C2XA 2Y89A 2ZZ2A 2CZ5A 4AB4A 4A29A 3STFA 2NX3A 4GWEA 4CCCA 5MHBA 3QYQA 2Q8LA 5BW6A 3DENA 4NZJA 4O17A 1Q6LA 4RK8A 5F1UA 3B06A 4HSOA 2A6LA 3NDOA 4LOCA 4OWGA 3KRZA 4NJJA 1TV7A 3NM1A 1W5MA 2PRMA 2G5WA 3B04A 1AW2A 4WJEA 4O10A 1OJXA 4E2DA 2QUUA 5D09A 4X3ZA 1F2JA 1T8XA 3U8GA 1QAPA 2FTPA 1SR9A 3VE9A 3TA6A 4EOUA 4XKYA 3W2UA 3W2MA 4LUIA 4O57A 1ZAIA 1YPFA 5HUPA 3EXRA 3SI9A 4K37A 2WKJA 3FA5A 1KBJA 3M5ZA 1ZJIA 1DJQA 5E0KA 3LOTA 3LCIA 3RFAA 2J27A 1VCGA 3HOJA 1YTEA 3NOEA 4YCOA 4K8HA 1ZAJA 1DV7A 4LNYA 3N34A 1EP3A 3KXQA 2NLIA 2R94A 3QH2A 2V5LA 1J2WA 1TSIA 3PF3A 3P74A 2QUTA 2QR6A 2ZZ7A 1UJPA 4XBKA 4NT0A 4XTIA 4A3UA 3MHGA 3W76A 1M5WA 1DQXA 2DZUA 5BNKA 1YXYA 3C3NA 1AMKA 1I2RA 3TW7A 1OX5A 3NA8A 3NQDA 5CPOA 5KMYA 4YCPA 1OFRA 3TAKA 3HJZA 3G0UA 1A5CA 3CT7A 3TROA 1EB3A 4JTGA 4I7WA 4UUIA 3VCRA 3EXTA 1ZHAA 1HG3A 3F4WA 1Q6QA 1I8JA 4JTHA 4N6EA 3NQGA 4M5PA 4A21A 3G1XA 3AO0A 4TMCA 2GQ9A 3UWVA 4LS1A 2GPTA 1P5BA 4JX5A 3TAOA 4JN6A 2QUVA 2ATMA 4K36A 4OV9A 4JTIA 4WY0A 3RLUA 5FF2A 4JIPA 2WNZA 4AXKA 2DZTA 4WXZA 2BWGA 5K4ZA 5CPMA 1SO3A 4BF9A 3DXIA 3THQA 4MFDA 3IGSA 4M7SA 1XXXA 5BMWA 4UTHA 1EWDA 3P61A 5C6MA 2R91A 1I4NA 3PBUA 5LGZA 1ICSA 4HIBA 1SZEA 1IIHA 4Z08A 4NU7A 3TSBA 2A21A 1TRDA 1PV8A 3TQKA 2V82A 3GVGA 1A5SA 3W1AA 1KW1A 3BLEA 2GUUA 1RD5A 2ZA3A 4M19A 4XZ9A 4MLJA 3GZ3A 4DELA 1OFAA 3WK0A 4DO4A 5FI8A 5EPDA 2VOMA 1G6CA 1GWJA 4I7UA 2FB2A 3P60A 3CTLA 4N9DA 4DF1A 5H2ZA 3UXDA 4HN4A 1NF0A 3EXSA 2FDSA 3E49A 3W2NA 3UD6A 3QSTA 4JY8A 1R47A 1LYXA 2HSAA 2ZFAA 3B0PA 3CU2A 3TE9A 2V5BA 2ZBTA 3FYOA 3EX3A 3T78A 4XTDA 2A7RA 1K8ZA 4JTSA 1P4CA 3MHFA 3R2GA 3LCHA 3S1VA 3VFLA 1BWKA 1LLWA 4C1KA 3TXZA 2ZYFA 1EWEA 5LNRA 4GFSA 1XBZA 5CSRA 2YXGA 1SW0A 3R8RA 4MYAA 1ZAHA 1FCBA 3RNDA 5D30A 5DLCA 3TC6A 4KKXA 2CLOA 3LTSA 4ZQOA 3EWWA 5D2YA 3LRMA 4FF7A 4MJMA 4Q4KA 4N4PA 2R8WA 3TW6A 2B7OA 2DJLA 3B03A 2QCEA 1VR6A 1AG1O 1KFEA 3MP3A 2NX1A 3P5ZA 4NJHA 5DY3A 4O54A 2NUWA 3W1LA 3S5OA 5TBOA 1AK5A 3IV3A 3NZ1A 3NPXA 1LRQA 5TIMA 2QF7A 4POCA 2QCMA 4JX6A 1RQEA 3M9YA 2CZEA 1JCYA 3DI1A 1A53A 3ZWSA 1W0MA 1BTMA 1R2SA 4CQ9A 3W1NA 3DI0A 3WJXA 1O5KA 3A9IA 4JD4A 1DBTA 3FIGA 1QDSA 3NVTA 3O63A 7TIMA 3OG3A 1GQNA 3KRSA 3HG2A 2QCFA 3NPUA 4MOZA 4K6AA 4YLWA 3NL3A 4Z1BA 3MHUA 4FXRA 3CWNA 1C29A 3PWAA 3SZ8A 3L67A 2CZDA 3GXPA 2EAWA 4CLMA 3S8HA 4LUJA 3C2FA 1S5WA 4FIRA 1PVNA 5FEWA 3HG4A 1PE1A 3STEA 3LHZA 2OT1A 1LP6A 3G1YA 4IXXA 5EBUA 1K8YA 4WX2A 2GQAA 5D32A 4ZQRA 3G8EA 3HG3A 3BO9A 3IIVA 1SZGA 2V2DA 3FLUA 5AHFA 4I9AA 3MBDA 3M41A 4JYFA 1DKWA 2D73A 3CQ0A 3IIOA 3UPWA 3BLIA 5F2MA 2QDGA 3C52A 3TMLA 4JDBA 2DP3A 1JCJA 1X7FA 3PS7A 3A5VA 4QIUA 4RKAA 1H5YA 3UZ5A 1OYBA 2PRLA 3O05A 3HGRA 1T99A 3FOKA 3CB8A 3NL2A 4JXCA 4KFOA 4LC8A 2DZXA 1T96A 4HPJA 3QPYA 3S6DA 4DF2A 5HULA 4M6PA 3PUOA 1R46A 2YSWA 4EIVA 1V5XA 3TFCA 4QITA 4LY8A 2WNNA 2C18A 2WJZA 4LVBA 2ZZ5A 2ZZ6A 2YCEA 3LDVA 4CNPA 2VEMA 1FWRA 3BG9A 1WX0A 3W6YA 3NAVA 3OEXA 4OE7A 4MPQA 4NUWA 3CLMA 1KM5A 1VGAA 3ABRA 5G2HA 1F74A 3NO5A 4RCXA 4O1CA 4PODA 4PH6A 3IRDA 1P0NA 4R33A 1NF7A 1YLVA 3LCXA 3UPBA 4O53A 2NV1A 3PR2A 2PC4A 1XKYA 2HS6A 5FF7A 2ISVA 3A5FA 1Z44A 1GEQA 1F5ZA 3STCA 2Y7FA 1LBMA 3O1NA 3ZWTA 1GVRA 1L6YA 2ZZ1A 4LWWA 3HF3A 1TJRA 5E93A 5H91A 3Q2DA 4JS3A 3W3OA 2RDWA 1U5JA 1UBSA 4TX9A 5LNSA 4PL1A 3GAYA 1H7OA 1Z41A 3HPZA 2OJPA 1JQVA 1LOLA 4TO8A 1A5AA 4RZ5A 3TH6A 1W5OA 4FX6M 1JQXA 4O0KA 1LCOA 4FO4A 3TUUA 4HNNA 3EKZA 1KFJA 3Q58A 2Y7DA 3HMJG 3TQ0A 3GB6A 1TREA 3L5LA 4HNTA 5LNVA 4YXGA 2JGQA 3PG8A 1EIXA 4DPQA 3P8IA 3G3MA 4UFLA 4NXSA 5CZSA 4RLIA 3W7LA 4TMBA 5K9CA 1LOSA 1UCWA 1H62A 5D37A 3O8AA 4U4MA 3GXTA 3N9RA 2ATSA 4LC6A 3M47A 2KZHA 1I2PA 2ZCGA 3C0JA 1IXPA 1QCWA 5BOOA 2VKZG 2ZRVA 4IPJA 4JYDA 4ORIA 4UTTC 2Y6ZA 4RXFA 2A4AA 1TPVA 3PB2A 4ZQNA 2E1DA 4JGDA 3WJZA 4JY9A 3LHTA 5IM51 3O06A 2YR1A 2UV8G 1WBHA 1DORA 1W5PA 2YPIA 2E6YA 1PL9A 1VH7A 2NX9A 4O4WA 3MI6A 3W1TA 5FEZA 5C54A 2XN1A 2V0TA 5HR7A 5F2IA 3MI3A 3BW4A 3G1DA 3SGZA 2ALDA 2Z2UA 3C2VA 4Y6GA 4LS2A 4NNBA 5HWNA 3SFKA 1RQHA 3GDTA 3HPSA 5HR6A 3CEUA 4UTTA 3WK1A 4OHQA 2C0AA 3EWZA 3WJYA 4M7TA 1THFD 1S5VA 4CNOA 2OZ0A 1K03A 3HGJA 1IXOA 3G1HA 3G1FA 4RJEA 2BZNA 3V1PA 4LU0A 3B0VC 4UFIA 1RR2A 2J9YA 2Y7GA 3OHIA 3UWWA 1UUOA 3OVQA 4N4QA 4FNRA 1SZFA 4AWUA 3W1RA 3CM4A 5D2XA 4AF0A 2J24A 4MZ1A 1TPEA 1C9DA 2PE4A 3C4UA 4WZHA 1X6UA 3LV6A 3SSJA 3P84A 3L68A 1L6WA 3NPVA 3I6RA 4O14A 1OG0A 4UIOA 3LM7A 4Y8FA 2BSLA 3PBYA 5EYWA 2ZQ0A 1OX6A 3U2OA 3IIXA 4A22A 2ZZ4A 4WOZA 2EF9A 4E0CA 3GNDA 3HGSA 1GOXA 3QC3A 3ZS4A 3H53A 3TXVA 3C2OA 3MUXA 1SPQA 2Y70A 3UY8A 2GJLA 1VS1A 5FF4A 5DBTA 1KLYA 2ABAA 3L65A 3EWXA 1MEHA 3EX6A 4O28A 3NXFA 4TIMA 3QZEA 1B4KA 4UR8A 1B4EA 3PAJA 1WYIA 2V9DA 2ZRWA 3TKFA 3WK3A 3A22A 2NXHA 1HO1A 3M44A 2Q3RA 4N9EA 3T40A 1UUMA 1H7PA 2GQ8A 3KHJA 2VEKA 4ZMGA 1ICQA 2C19A 4GJ1A 3S1XA 4RR4A 1O94A 5L9FA 1JCMP 4QJ1A 1VJIA 1GVFA 3UNDA 2G96A 2BTMA 2OCZA 3Q94A 4IUOA 5A8GA 3G0XA 4JTJA 5HMSA 4QNWA 3C8FA 4DBEA 1FWTA 3H55A 2GVGA 3W7IA 3NQAA 3JS3A 1F73A 3N3MA 1UASA 4DEFA 2CLKA 3UYCA 3S5NA 4DPPA 1RPXA 3ZR4A 3P81A 4CNNA 2E6AA 4GUHA 1IIGA 3O6CA 2ISWA 3BVJA 2R14A 2WSRA 4JDYA 3G22A 1TIMA 3L5AA 5AHMA 3S1UA 1F6KA 4UR7A 1UB3A 2I1OA 3I7RA 3W1QA 3QMTA 1TPDA 5LZLA 4BFAA 1TPC1 1GYNA 1JUEA 3VKJA 3TR2A 5CPLA 1KFLA 2E6FA 4IX2A 1LROA 2NXGA 3UZJA 1BEUA 4IMEA 2VXNA 4AHQA 2EGZA 2DZSA 4O19A 2J9XA 4C1LA 4ZQMA 4EF9A 3WJSA 2P10A 3O15A 4X2RA 2FPYA 2CW6A 3R89A 2C15A 1FUYA 1FCUA 4FNSA 3W71A 3RU6A 3S0CA 2V2HA 5DXXA 2EHHA 3G1AA 3NZRA 1A5BA 4UFKA 4MY1A 2OX1A 3NL5A 2V81A 2DZVA 2ZRUA 2BX7A 2H8XA 3OVPA 4X9SA 1H61A 4NNCA 2E68A 5CGQA 1KV8A 1XUZA 1XBVA 4K7YA 4UFHA 4H4IA 4JTLA 2C1HA 1U83A 2AGKA 4RZ6A 4N6FA 3WK2A 1YDNA 4JIQA 3T44A 4DO5A 3N14A 3P8JA 4PL2A 3BLFA 3LRLA 4FX7A 3N9SA 1SFLA 1W37A 2A1YA 4UC5A 1KV5A 2CLFA 4XQ6A 3O07A 1IXNA 3W7OA 4OBTA 4MVAA 2FB3A 3C6CA 1JJKA 4JR5A 1WA3A 1TYGA 2QEZA 3IVUA 4OT7A 5KZMA 3VNDA 3KVJA 4ZVJA 2VEIA 1SQ7A 5KSWA 2YYUA 3C2RA 3N73A 3BGJA 3B8DA 4ML9A 4H6KA 3MO7A 5D04C 1TRIA 1I2QA 2LLEA 1H7RA 3TFXA 1F7BA 3R5EA 2CLHA 3DGRA 4HHPA 2QJGA 3W7DA 4AWTA 2HS8A 3BV4A 5EY5A 4AHOA 3INPA 3ATZA 2QCGA 2FIQA 5J5DA 1WOBA 1XL9A 3TJXA 1SSGA 4CQAA 3LTYA 4MJZA 4IXHA 5I3FA 3FYPA 4ZZ9A 5D33A 2YZRA 1PHQA 1JRCA 3W7RA 4UMAA 2VENA 3IVTA 2O7QA 3NQ8A 2GVLA 2FQIA 3NR0A 4O1AA 1L9WA 2GVJA 1M6JA 3CPRA 2CZFA 2FPTA 5G5IA 3W7QA 2NWSA 2TRSA 4CCEA 1TB3A 1VRDA 2QCNA 3MJYA 3TNOA 2WO5A 5DCBA 4HPXA 3HG5A 3PM6A 4M6VA 5K9XA 5DY2A 4AAJA 3HB9A 3QM3A 3LCFA 1OFOA 5AC8A 4ADTA 3DFNA 4O52A 1R30A 2QAPA 3NQ7A 1GVOA 1FBAA 4UTLA 5ABTA 4TU1A 2A0NA 1GVSA 5U4NA 3GLCA 1G7VA 3W2JA 1SO4A 4JTFA 3MP5A 3TCEA 3MBFA 3W86A 4NJGA 3QMRA 3GDRA 4PTNA 1SW7A 3SIZA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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1NF0A

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