1NFPA

Structural refinement of the non-fluorescent flavoprotein from photobacterium leiognathi at 1.60 angstroms resolution
Total Genus 90
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
90
sequence length
228
structure length
228
Chain Sequence
MTKWNYGVFFLNFYHVGQQEPSLTMSNALETLRIIDEDTSIYDVVAFSEHHIDKSYNDETKLAPFVSLGKQIHVLATSPETVVKAAKYGMPLLFKWDDSQQKRIELLNHYQAAAAKFNVDIANVRHRLMLFVNVNDNPTQAKAELSIYLEDYLSYTQAETSIDEIINSNAAGNFDTCLHHVAEMAQGLNNKVDFLFCFESMKDQENKKSLMINFDKRVINYRKEHNLN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Flavoprotein
source organism Photobacterium leiognathi
publication title Structural refinement of the non-fluorescent flavoprotein from Photobacterium leiognathi at 1.60 A resolution.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LUXF GENE PRODUCT
total genus 90
structure length 228
sequence length 228
ec nomenclature
pdb deposition date 1995-02-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00296 Bac_luciferase Luciferase-like monooxygenase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.30 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Luciferase-like domain 1nfpA00
1XKJA 4UWMA 1BRLB 3FGCB 3B9NA 5AECA 1BSLA 5DQPA 4US5A 1LUCA 1YW1A 1NQKA 1EZWA 4US5D 1TVLA 3C8NA 1LUCB 1Z69A 2B81A 1F07A 2I7GA 3B4YA 3SDOA 1FVPA 5LXEA 1BRLA 1M41A 1NFPA 3FGCA 3RAOA 4J2PA 1RHCA 3B9OA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4BR1A 1VPXA 1PE1A 1EKOA 4LC6A 4F2UA 1HKJA 1CCWB 5FF2A 3W2JA 1TJPA 1E3ZA 1OM0A 2WC7A 1EBHA 3BLOA 2D1ZA 1VEPA 1PB0A 1PHWA 1EWEA 1Q3NA 4D8AA 5LGXA 2WZHA 2GQ8A 4NF7A 3OYXA 2QVNA 2DV0A 2IKGA 2ZBTA 2DSUA 3M5VA 3AYSA 1A5CA 2Z1BA 4TMBA 3T8LA 2CW6A 3UZXA 1GQIA 4DO4A 1MXDA 1XISA 2OYKA 3ZVHB 2CZVA 3IK4A 4I5UA 1C93A 1J11A 3B9EA 4O0KA 4QNWA 5IRPA 3L4ZA 3UT0A 2OODA 4GYFA 3M41A 5A8QA 4C6FA 3IIVA 1V3LA 4K8EA 1FQ0A 2FMNA 3PZIA 3OOQA 1B3OA 1XWYA 1XF0A 3VNLA 4Z2LA 3FYPA 2F7FA 1VPQA 2INEA 1RZMA 1GTHA 1R7AA 2FZBA 3NQMA 3NSNA 4Y8EA 3W7EA 2WC4A 1ITCA 3E2SA 3T44A 1ME8A 4NIRA 1VFLA 4XUGA 2BMBA 1I75A 3C0LA 3AIUA 1WBJA 3N73A 4CN1A 5KZ6A 4GACA 3MCMA 2D3LA 4P61A 1BF2A 1NWRA 1XV8A 1B5TA 4P7QA 1PZ0A 1MZRA 5CZJA 4KIEA 4LT9A 5H6HA 2EHHA 2FGLA 4OWGA 1XYLA 5KTLA 1ZBKA 3HV8A 2Q3RA 3G1AA 1HJSA 1Q7ZA 3H23A 1C3FA 3N2MA 4BI7A 2PC8A 1O60A 3HQ1A 3GZ3A 1XBVA 3R43A 4HPNA 2YA0A 1W3NA 4AVOA 4D71A 2OT1A 5CZKA 4P8WA 4DWSD 1A5BA 2YYUA 1MUWA 1Q13A 2J27A 5D9NA 2CXGA 3VM5A 3DI0A 2HMCA 3NPXA 3UXDA 5CZTA 3W37A 4HSOA 3W2NA 4WIWA 3GNNA 1DIOA 4C6IA 3HG4A 2DVXA 2Y24A 2VQTA 3DH7A 4GXMA 1ESWA 3LSCA 3RU6A 3C8FA 1DV7A 3LCWA 5FAJA 4GJJA 4GY1A 4X0VA 4NP7A 3LHTA 3FA4A 1LORA 4CEUC 3O9NA 4AHOA 4PC8A 3SN1A 4RL3A 2O7QA 3HU7A 3R7MA 1XLBA 2Z26A 1W8SA 2GQAA 1Q8JA 4HU8A 3HMCA 3W6LA 3N6QA 1YHTA 2TRSA 1TPB1 1KXQA 4QE5A 1YPFA 4F9JA 3ABZA 1A53A 3MKKA 2QCCA 3PSWA 4RW5A 3H2CA 7REQB 1BSIA 5D37A 4E5TA 3FEQA 3AS0A 3I10A 4V1YA 4LC8A 4I7WA 1OADA 1UPPA 4XKYB 1C9WA 1OCJA 1UH2A 3I3DA 3G6LA 2C1GA 3NFUA 4KEMA 1HL9A 4D6IA 1K1DA 3VTRA 3BURA 1RA0A 4UR7A 4CU7A 4I8DA 1YMYA 2JKAA 2R1PA 1DPMA 3BMXA 1PX8A 4XBKA 1EOMA 3GY1A 1ADDA 2Y62A 4GX9A 2FTPA 1ZCOA 4JTUA 1L8NA 3OA3A 4FX7A 1I8JA 1TPH1 3CLMA 1WE5A 2PWGA 4J3VA 3KTXA 4TIMA 2WYSA 4I9MA 4Q8WA 4NNAA 1DWFM 5LNRA 3BJSA 1LT7A 3C52A 3TVAA 5J5DA 1FUYA 3FDGA 2E8YA 3GVWA 2QCGA 3AJXA 4FNSA 1CYGA 3B97A 2V3EA 1V3IA 1O1HA 1IE7C 2YA1A 3K4WA 2QV4A 3G5EA 2YX0A 1KC7A 1UA7A 3AHZA 1ZBWA 4KRZA 3ABOA 1DQWA 1VEOA 1HP4A 5BROA 1CXEA 4C7DA 3CMJA 1IXOA 1AW1A 1JRBA 3GDBA 2UV8G 3UR7A 1TTPA 2ZYFA 5A3HA 3AU6A 1EXPA 1LOLA 3OLEA 3UQNA 3QFEA 2GOUA 4GUFA 1HO4A 3IVUA 4P7NA 5HQEA 1ZU8A 1DJWA 2WW5A 3ZO9A 1W5NA 1HFBA 2PTDA 2Y8UA 4B5UA 4O19A 2Y85A 2J7FA 3IV3A 3M0KA 1G7VA 1A0EA 2ODOA 2DZUA 3GBEA 2E8ZA 5E9AA 3RX2A 2YIHA 4BHYA 1MUCA 1YNYA 2PDMA 3MHGA 3CO4A 1A49A 1EO5A 1MEHA 4O1EA 3LERA 4L9XA 2TAAA 4D6DA 3RXZA 1B90A 1OK6A 4DJFD 4DJDD 2C8NA 1ISWA 3AZRA 1YTEA 3PZMA 2OWWA 5G2HA 2ZZ6A 3LRMA 1V0LA 3GM8A 3WQ6A 3NUKA 4G56A 3VMOA 4TTUA 1IHIA 1TZ7A 2VX6A 3BLKA 1K8YA 4AZCB 5HMSA 3BG3A 3L4UA 4Z2GA 4F0MA 5A6MA 3OHIA 3M0XA 3BLIA 3B06A 1H50A 1WP6A 2XM2A 2PWHA 2QQ6A 5CPTA 3CV7A 3T2PA 1O7AA 4XVDA 2YA2A 4A8LA 3MMTA 3UGRA 1QPOA 2QF8A 3OBAA 1TVLA 1GZ1A 2ATMA 4DI8A 1A3WA 3W25A 2XH0A 2W3ZA 4W8LA 1S1RA 4J1OA 3VMNA 1JZ6A 2ESCA 2V6AA 3VD9A 2A3BA 1J79A 2AL1A 1XG4A 1PTDA 5KMYA 5GVJA 1RSCA 3WNNA 3AMGA 1MFUA 1WUEA 2HNHA 1E9YB 3M0LA 3SCWA 1R2TA 2BZNA 5FSDC 3SY1A 1IIGA 1V77A 1S3TC 1H1ZA 5D2TA 1XC4A 3POHA 2XIBA 3SFKA 2OQYA 3M46A 2HJPA 1XP3A 2E67A 2Z1WA 2WANA 4LVDA 3M16A 4O53A 4X3ZA 4DUOA 2I9UA 3T08A 3C61A 4Q4RA 4TV6A 3VIGA 4M82A 1Q7MA 2V5DA 1P6WA 3URNA 3R8GA 4IQJA 3QYSA 4BY3A 1W1YA 3WK0A 3M5XA 4HD5A 4K7VA 4UQAA 1Q4NX 3AROA 3TC6A 5F1VA 4MJ2A 1H62A 1HKVA 4WEVX 4H6QA 3DBNA 3V1PA 1T41A 2WWCA 1FDZA 1SR0A 5AYZA 1AZ1A 2BOGX 4Q4OA 4Y9MA 1OZQA 5LIXX 1MEIA 4LNYA 3P3BA 4IQDA 4CNNA 3L67A 1EP3A 3S1VA 3SURA 4E4UA 3CL8A 4UTIA 1HGWA 4JS3A 2J9YA 3DFTA 4C6NA 4MYAA 4UZSA 3QW3A 5ABFA 2HE5A 1JPHA 4ZOBA 5ABHA 2GJRA 1JCYA 2OKOA 1MXGA 3L66A 2YCKX 4AIBA 4BK9A 4LAZA 3O2LA 2P50A 2VZVA 1Z3NA 3QY8A 5DXYA 2WZMA 4DM1A 1X6NA 2QCLA 3MSYA 4DEFA 3C56A 1MI3A 1JZ5A 4GINA 5AOUA 1HNYA 3K8MA 3T81A 4GHRA 4M0XA 1LQ0A 3M0JA 1HJWA 4GUJA 4GABA 4DWSA 2DZXA 1ZRQA 5LA1A 4PB5A 5LNVA 1JNEA 4IG2B 3W6MA 4RXFA 2WM1A 2AAMA 3UCQA 1K3UA 4AEFA 1XI3A 4V33A 1KM5A 2VC7A 3U5YA 3S9IA 6ENLA 3NDOA 1EB3A 5CPLA 2Y2WA 4FIQA 3TYAA 4L6DA 3TN5A 3VD4A 4NQ1A 3ZLHA 1KCXA 4JTHA 2BXVA 3GIQA 4EXBA 1KRCC 3WUBA 4B90A 3T42A 4ZCWA 2J78A 2PE4A 5CCZA 1YXCA 2QGYA 3IIXA 4GUHA 2WJEA 4W93A 7CGTA 3IK2A 2P8BA 2YCEA 1XINA 4J3ZA 2EF9A 4OBRA 4PRRA 2P0IA 5HMFA 4UMCA 3QW4B 5HNNA 4AY8A 4S3EA 1XRFA 3SRFA 5FL0A 2CLKA 1RJRA 1TVPA 3B8SA 3BJTA 3NXLA 4JQ2A 4HA4A 3FS2A 3HG5A 1XD0A 1OFQA 3ARQA 3L65A 3TSMA 3ABQA 4IOTA 5AYYA 4LVGA 1K9TA 3PB2A 3GKFA 3ZLGA 3SCRA 1F73A 4LUTB 3WLTA 4N02A 3OVGA 1E0XA 1M7PA 4GIYA 3MP5A 2WO5A 3AMCA 3G1RA 3M7WA 2OQHA 3WK3A 4UFKA 1SR9A 2CLHA 4LVBA 4EPEC 3IUIA 1RLCL 3EWYA 4DWSB 3BAJA 4A3HA 4PE8A 3A4XA 4QNEA 4CD6A 3VE7A 4DPQA 3MBFA 2ZX5A 3NR0A 3E96A 4ILSA 1OFRA 5TD4A 2YL8A 4DZIA 4D6FA 3CV2A 1WQ5A 2VR2A 1FP9A 1V7AA 3CEUA 1ZSXA 5AC6A 2DZVA 3TXZA 2V63A 4FXRA 3G0XA 1EGVA 1X8CA 3EMZA 2NUXA 4NHVA 5C2GA 4ACZA 5BYWA 5FEWA 3MI3A 2VURA 5C9ZA 1I4NA 3CO8A 3S3GA 3W38A 2XU2A 4AAJA 3CYVA 3MCOA 3MQTA 4AVFA 4WKFA 1W9UA 3UESA 3AIWA 1W9VA 3QPYA 4YVPA 3W74A 5ABGA 3P60A 1OGGA 4NSBA 4IICA 3V5CA 2WMHA 4H2CA 2ZZ5A 4K2SA 5LIUX 3G1SA 4WOQA 3LGDA 2HDJA 2JGYA 3B4YA 3TAKA 3W28A 4E0CA 3L2LA 3UJSA 4BZYA 1L6GA 4FK9A 3TONA 3I4KA 1N8FA 2QMKA 3DBPA 3TN3A 3F4WA 2PDCA 3GTIA 2RDUA 3LQGA 5E09A 3SJ3A 1TKKA 1GEQA 3NYZA 2ZUUA 3BOXA 2WSPA 2RUSA 5E70A 2OTDA 4RE2A 1J2WA 3ES8A 1B1YA 5ABTA 1S46A 4FF7A 3TSBA 1Z6KA 3ZLFA 1W32A 5K7JA 3OYZA 1WCGA 3GBDA 3QYQA 2UY4A 3LRLA 4W8BA 1DE5A 4AMCA 2VDHA 3LZ3A 4DJDA 2QMJA 5CKSA 3S0CA 1Z42A 2ZWZA 3LY0A 4D6JA 3GAKA 5CPNA 3ZSTA 4S3DA 2VNCA 1XBZA 2HZGA 3MUIA 3MJYA 3R0UA 4G1NA 3WLOA 4ACZB 4EAYA 2ZE3A 5FOOA 1OK4A 3B8UA 4X2PA 3VNKA 1KB3A 5HDRA 1H7PA 5REQB 1SZNA 5CLWA 1WZAA 5C5YA 2WLZA 1Q85A 4B15A 3FSTA 5D05A 2OYLA 1Q6GA 2FQIA 3LNMA 4JNYA 1GHRA 4UTMA 4MKNA 2E5BA 3NOEA 4EWND 5GNXA 4MUZA 4GX8A 3SCVA 1V6YA 3ONBA 2WBKA 1F07A 2DIEA 5CGQA 1PIFA 2PLMA 4PCNA 1KRBC 4HK5A 3VILA 1YW1A 2VFIA 2ABAA 1VBJA 3WLSA 2CKSA 2H6RA 4WDXA 3VIHA 3BJFA 2QW5A 3CUJA 1F3TA 3WQ8A 1EBGA 1CBGA 1XH2A 4KRTA 3HN3A 3CS2A 1KTNA 4GY7A 2DZBA 4X0NA 1HGYA 3CHCA 5AC8A 2FTWA 2KX9A 3BLFA 3LLXA 3CHVA 3VC6A 3II1A 2Z25A 3OW1A 1J6PA 1P5BA 1NVMA 3FAXA 3TQKA 4J2PA 1ZQ5A 4GGBA 1ZHAA 3SQSA 2ZUNA 4I7UA 1UKSA 1U5VA 2YCIX 3VIKA 3FHAA 1GPWA 4ZTXA 1UC4A 1PTAA 2X0HA 4JIRA 3ITCA 1XC6A 1GOKA 2EG8A 1LQAA 3LCGA 1O5XA 3GUGA 3TYEA 1FHVA 1NOFA 1GHSA 2TYSA 1QPKA 3GR4A 2WVVA 4O18A 1IQ8A 1O66A 2X2GA 4LNCA 2CZ5A 3DYPA 1ZBVA 2OR2A 1F4AA 4AD5A 3QHMA 5I3GA 1G5AA 3OG2A 2ON3A 5HWJA 1RLDA 5IM51 3APYA 1GK8A 1UWRA 4QM1A 4M80A 4UTTA 1Y5VA 4XD3A 3ITVA 4Q32A 4D8ZA 5TQLA 1PKLA 2Z2UA 2WC3A 3C4UA 2XSXA 3UWQA 4A4AA 2RKXA 1KWGA 4Q4SA 3GIPA 3OBKA 3SGUA 4TXEA 4JFSA 1JZ3A 3Q4DA 1NM9A 1SMDA 4M1BA 2HE8A 4HYWA 3TOPA 2Z1VA 5EMMA 1A5SA 2E6AA 1EX1A 2V81A 1A0DA 2DU2A 2INFA 1TV4A 4R5EA 3WN6A 4XB3A 4AIUA 2PWDA 4MYXA 3BWWA 5D9OA 5DRCA 5AB3A 3KL3A 2OLHA 1EJSC 4ZQOA 2XN0A 2D2HA 3TTSA 1GOQA 1VLIA 4FIRA 2O55A 4FEZA 1GT8A 3DECA 3ALFA 5T9CE 5PTDA 2OGJA 1PSCA 1ONWA 1UPMB 1UWSA 1JIBA 1FWCC 4R7OA 2V38A 3S4TA 4BKNA 3VAVA 1VKFA 2NX3A 1NDWA 3FSUA 1JF6A 3MBDA 2Z7GA 2FFCA 1VEMA 1AZ2A 1KO0A 4JFUA 1Y65A 1I6NA 3QHOA 3WDIA 1QW7A 3V1HA 4RZ6A 3WUFA 4GUGA 4A29A 3IIOA 3SQMA 1S2VA 4X9YA 2ZICA 2VWTA 2GJXA 2WVVB 1GYNA 3BC9A 3O63A 5BOOA 3RPMA 5DT7A 1G7UA 3GU9A 1REQB 4MB4A 4HZ8A 5M2FX 4GLEA 1UH4A 3O05A 3W24A 5D2YA 3H6OA 2PP1A 1FWAC 1ALDA 2A3LA 3U3HA 1N8IA 3EWUA 3PZOA 1MZHA 3UYIA 3BCDA 2OYMA 2RDXA 3MUXA 1VC4A 1LWJA 3W27A 1KQYA 2R94A 3IGXA 1VCFA 1ZALA 1JYWA 4A8NA 3VKAA 3KBJA 1GZJA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
 1XKJ A;  4UWM A;  1BRL B;  3FGC B;  3B9N A;  5AEC A;  1BSL A;  5DQP A;  4US5 A;  1LUC A;  1YW1 A;  1NQK A;  1EZW A;  4US5 D;  1TVL A;  3C8N A;  1LUC B;  1Z69 A;  2B81 A;  1F07 A;  2I7G A;  3B4Y A;  3SDO A;  1FVP A;  5LXE A;  1BRL A;  1M41 A;  1NFP A;  3FGC A;  3RAO A;  4J2P A;  1RHC A;  3B9O A; 
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#similar chains, but unknotted
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