1NFPA

Structural refinement of the non-fluorescent flavoprotein from photobacterium leiognathi at 1.60 angstroms resolution
Total Genus 90
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
90
sequence length
228
structure length
228
Chain Sequence
MTKWNYGVFFLNFYHVGQQEPSLTMSNALETLRIIDEDTSIYDVVAFSEHHIDKSYNDETKLAPFVSLGKQIHVLATSPETVVKAAKYGMPLLFKWDDSQQKRIELLNHYQAAAAKFNVDIANVRHRLMLFVNVNDNPTQAKAELSIYLEDYLSYTQAETSIDEIINSNAAGNFDTCLHHVAEMAQGLNNKVDFLFCFESMKDQENKKSLMINFDKRVINYRKEHNLN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Flavoprotein
source organism Photobacterium leiognathi
publication title Structural refinement of the non-fluorescent flavoprotein from Photobacterium leiognathi at 1.60 A resolution.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LUXF GENE PRODUCT
total genus 90
structure length 228
sequence length 228
ec nomenclature
pdb deposition date 1995-02-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00296 Bac_luciferase Luciferase-like monooxygenase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.30 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Luciferase-like domain 1nfpA00
4US5D 1LUCA 1RHCA 3C8NA 3SDOA 1F07A 1BSLA 1FVPA 4UWMA 3B4YA 2I7GA 3B9OA 5LXEA 1M41A 3FGCB 4US5A 5AECA 3RAOA 1NQKA 1NFPA 1Z69A 1TVLA 1YW1A 1EZWA 1BRLB 1XKJA 1LUCB 3FGCA 4J2PA 5DQPA 2B81A 3B9NA 1BRLA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4A4AA 1DWFM 1WYIA 2JQXA 4QFUA 4PUWA 5DF0A 4BQ5A 1ITCA 3BLEA 4CQ8A 3W1UA 1UZ4A 3QTPA 4XAPA 1VCGA 3H12A 4IMDA 3PUEA 1T0OA 3TFXA 1AK5A 4QM1A 3MO7A 3VCCA 2ZA1A 4W93A 2Z7GA 3WQWA 3IGSA 1DIDA 4XB3A 3PULA 4JKMA 4P7QA 3FXGA 3SCNA 2YFNA 2OZ8A 2F2HA 3AXIA 3NQEA 2CFFA 4JTKA 1TA3A 2ZUVA 3VK5A 4ATDA 5CC7A 3DECA 1HO1A 2DT1A 4N9DA 5TIMA 2Z7KA 1K02A 4A6GA 5JBFA 1F8MA 2QUUA 3R7MA 3AMGA 1LG1A 2XN2A 2C7FA 4XVDA 1YXCA 1CW2A 4FEZA 4OUEA 4Q6XA 4PMNA 2HSAA 3GK0A 3QTGA 2FTWA 2X0YA 3HGOA 4O15A 1JDAA 2OT0A 4CCCA 3LUTA 2PP0A 4PB3A 4UQBA 2PB1A 4HN8A 4LU0A 2QAPA 2OSYA 4XKYB 3HOJA 4EWJA 4GINA 1TV2A 4QJ5B 4ROQA 3LRMA 5XIAA 3CJPA 4Y96A 3AIEA 4HPXA 4H6RA 2L5HA 4YVXA 2FTYA 4UQAA 1QOPA 4E2VA 3URQA 1RXOB 4DI9A 3RX4A 5KETA 4NP7A 3IIPA 1R3RA 4YYCA 3VUSA 1EJXC 3E0FA 2HVOA 3BSGA 1A5MC 2TRSA 3F5KA 4ORMA 3SUSA 1ZZMA 3PHAA 4F8XA 4XIAA 4PL1A 2NUWA 1X1ZA 3CHFA 4KWOA 4O53A 3TFCA 4JCMA 3NDZA 1OT2A 2PC4A 1US0A 1HX0A 3WMBA 4E38A 1HJSA 3RM4A 5D32A 1VEOA 1SZEA 2REQB 3I7RA 4S3CA 4JAWA 5DRCA 1UYQA 2ADAA 1K8YA 4HU4A 3QYQA 1VRDA 1MFVA 1QI0A 2V5CA 2X0HA 4JTFA 4Y2WA 1WB0A 1XH2A 1EBHA 1OD8A 2UV8G 1TFVA 4KGLA 4ZQOA 2ZC8A 2D24A 4Q7BA 4GISA 1UW9A 2DVUA 4GIYA 1SR9A 3PS7A 1UASA 2G97A 1EC7A 3LGGA 2E9MA 1PPIA 3S1WA 4IM4A 4LS0A 2QJGA 2Y63A 3A3XA 3EWYA 4HHLA 2J7FA 1BTMA 1RHCA 4J3VA 1W9UA 2INFA 2WKJA 1IWPA 1V4YA 2RDWA 3USZA 2D2OA 1JL8A 3CBWA 4AF0B 2E6FA 4H8VA 1ZHAA 4I5RA 5BMXA 2YDAA 4X2PA 2OKTA 1MW2A 3EX1A 2MUCA 4YVVA 3E74A 5HQMA 2HQAA 2Z1WA 1OX5A 1UH2A 2YA2A 2V3DA 2WSYA 1UMYA 1SFTA 3HF3A 3L5LA 3CPUA 3TE9A 3LHUA 4IFRA 3QGKC 3FV9A 1XKYA 1NFGA 1LF1A 3S6DA 3I7SA 2W0UA 3UERA 2OWCA 3DGRA 3E0LA 1J12A 3S2JA 3CWNA 4N4QA 1DXEA 3A23A 3BLOA 4Y9MA 4GCAA 2YCEA 4K8EA 1ZS2A 5I03A 3UESA 2ZX9A 1E6QM 5K9XA 4BWLA 4PBEA 3OGVA 5PTDA 1O94A 3TTOA 1SPQA 1QAPA 5EPDA 2YCKX 1B3ZA 4UC5A 2GQ3A 5HNRA 3S5SA 4HNOA 2EKGA 3KS6A 8CGTA 4C7GA 2YL5A 1KWKA 4KS0A 4XAYA 5G1MA 4O16A 1UR3M 2A3LA 4AHQA 3N6JA 1W5PA 1XUUA 3OLEA 2J78A 1WDDA 3OEXA 3QV8A 2QGYA 3RO6A 2XH7A 4LEFA 3VM7A 1BF2A 5HDRA 4UXDA 3AHYA 1GZ1A 1QW9A 3SN0A 1F6KA 4W7UA 1B3XA 1GKRA 4Q32A 1PXGA 2EG8A 3ZLGA 3WQPA 4H19A 1JCXA 4E3TA 1UZDA 3F2BA 2G5WA 2JGQA 3KHJA 3CUXA 4FSAA 1JYNA 1NWSA 5AYBA 1DJXA 2AGKA 2PDKA 1RLCL 3SRHA 2G3JA 1OFQA 3TTQA 4Q8QA 4PTWA 2Y7DA 4IIBA 4JKLA 4GRSA 3RPDA 2Z2AA 5ABTA 1SJDA 3U2CA 3ZO9A 2DPEA 3RF9A 4M6PA 3ABZA 7PTDA 4ZXOA 3BZGA 3TTSA 4PUDA 5JBDA 4JTHA 5G1TA 2D2HA 1R9ZA 2WHLA 2YIHA 3V1PA 5FEXA 2IKGA 4QIUA 1PX8A 2W5FA 1LOSA 4GCXA 3JR2A 1I8JA 3JZUA 4AVOA 3HG5A 3GNDA 2A1YA 5I24A 1YXYA 3FW6A 1LLWA 3S4TA 4DBWA 3CHDA 1OC6A 2WMJA 3H22A 3L5AA 3BMXA 4RNJA 1FY6A 4NU7A 2D22A 1IT7A 2PDXA 4I3GA 2DW6A 4I6VA 1O95A 2JGYA 4MLRA 1XSKA 2FH6A 3TAKA 1FWEC 2JK2A 1S5MA 3OZPA 4JN6A 3C2RA 3UG5A 3FS2A 3N3TA 1ADOA 4FMVA 3TH6A 5AKQA 2JKAA 4L1XA 3W88A 3MZ2A 4FLOA 4J2MA 4MY8A 2NQ9A 1MWOA 1EYEA 5HR6A 3L4YA 4MYXA 2WANA 4KBXA 4IFKA 5A6LA 4NRSA 1H7NA 3CO4A 5AC7A 3IVTA 1RPKA 1V6WA 3QC0A 4NJGA 1GK8A 1S1RA 3SADA 5E9XA 1LQ0A 4BKNA 2CZVA 3WQCA 4LT9A 3N12A 1O60A 1W3TA 2AQVA 5I79A 3WDIA 4FX6M 3GYCA 3IK4A 2B31A 1XG4A 4F2TA 4RPQA 4GG9A 4LY8A 2OYKA 2J9ZA 4IQLA 4ENLA 1CNVA 3NQGA 4CQDA 4HHHA 2AQWA 2QQ6A 3QZ6A 3W1XA 3Q2DA 3M5XA 3HMJG 1QMLA 1THFD 4ZTYA 3GNRA 2VX6A 3UF9A 1MMFA 3UJEA 5CAHA 2XFRA 1OX6A 1QK0A 1LOQA 2HBVA 4D6HA 3SRFA 4G2DA 4PTMA 1TZ7A 3WQ4A 4C7FA 1UBPC 3KCJA 4MY9A 2FZ9A 3JVAA 3B0XA 1OK6A 3N19B 1UWAA 2WJFA 4GGHA 4LNYA 4FOUA 1V6YA 4WSKA 3S47A 5D9NA 1LROA 2HK0A 2G96A 2W62A 1MNSA 3S9IA 3AYTA 4H7CA 4LPCA 3T7VA 3W86A 2DIEA 1MUMA 1QFEA 4KIRA 1W9BM 2CETA 2J79A 2WO5A 1TWDA 1B3YA 4V27A 2WWDA 2D73A 1QO5A 2IW0A 3O8AA 3CYVA 1V79A 4J9JA 1NVMA 1EB3A 3HM7A 2E4TA 4O52A 2QW5A 3CIXA 3NWRA 2O92A 4MIMA 3VOGA 1DEDA 3A4AA 2Z2BA 3PZQA 6A3HA 4DJEA 4RDWA 2FTPA 2PU0A 3VFLA 2TODA 3WDHA 2INEA 4JN8A 2CKRA 1Q6RA 1FTXA 4FOJA 3W6MA 3F2DA 1E55A 1AFSA 3GBEA 3ATYA 1NAL1 4CQCA 1EXPA 1XLMA 3M0XA 1EZ2A 1FKXA 1QO2A 1PTGA 2NZLA 4KKXA 1CIUA 2QCHA 1HTIA 4M6UA 2RH9A 4GBDA 4JY8A 2E77A 1MUWA 3G3MA 1R85A 2RFGA 4MGGA 3WLOA 3CQKA 3LD5A 1QASA 5H1WA 4S3EA 1M03A 1V0LA 1FCVA 3TN5A 2J75A 2BVDA 2Z00A 3KEHA 5C9UA 3AZTA 4YTUA 3VO0A 3PF3A 4NAFA 2R91A 3WJSA 2PDYA 2QCDA 3GY1A 5JIPA 2KZHA 3GNPA 3VE9A 3RIKA 3TW6A 3QZEA 3VMPA 1E3ZA 4GXPA 3BLLA 1FWHC 1UD8A 5I3DA 4LVGA 3GXTA 2TSYA 3ES8A 3G8RA 3BSHA 3NDOA 1TG7A 1E6RA 1V7AA 4ONVA 4UQEA 3UR7A 3AXMA 3M0IA 4JFSA 4PEEA 4CUCA 3P2VA 3VIOA 2OOGA 4DNHA 5I78A 1X8CA 4HU0A 1OM0A 2DDXA 3Q65A 3HGJA 1P1XA 4KQNA 1W1PA 1S2CA 3DFHA 4HN4A 4FIQA 4DLFA 1XLEA 5GNYA 2G3MA 1RCQA 1IGSA 3KX6A 4XG1A 3OHIA 1IXPA 4E4UA 3GDLA 1JZ4A 3HQPA 1CX9A 3W26A 3OIHA 3L2LA 3DDMA 2VWTA 4J3ZA 2R14A 5EBUA 1PO9A 3BGJA 2A7NA 4OGZA 3VNYA 1J93A 5ABEA 2KX9A 2QF7A 1H7OA 4JFUA 3TJXA 1JR1A 3N2MA 3UR2A 2QF8A 4B5WA 4PSPA 2OVLA 1ZENA 3FIGA 4XKMA 2IKIA 3GXFA 4Y8FA 4POCA 5BW6A 1VGAA 4PMZA 3FCPA 4XAZA 1N82A 1TWIA 1JXJA 4HTBA 2WZMA 2CZFA 3WD4A 4C6OA 4A3UA 3LCLA 1YMYA 2PWHA 3W2NA 4MJZA 4KW2A 1OD0A 3L0KA 1W5MA 1AL8A 5D30A 3FJ6A 4N9EA 1V77A 3O63A 4IJCA 1OFOA 1MQRA 3B04A 3K8LA 2VD9A 1W91A 4C65A 4CD7A 4HK6A 3AS2A 1RBLA 3W2UA 1BXCA 4J3UA 1IT0A 4RE2A 1OK4A 2D0FA 1VFUA 1RVKA 5LKYA 1UC5A 4R5EA 2CC0A 1CT5A 2Q8ZA 3ABQA 4YTSA 1DVJA 3R8HA 2WYSA 1G5AA 1TUFA 4GX8A 1SFLA 1AQMA 1GOXA 1ZLPA 4GHRA 3FYOA 3VNKA 3MUY1 2VGBA 3ZM8A 1AZ2A 3ZVHA 3WG6A 4HPHA 5IRPA 2C1HA 1TVNA 4E0CA 3H24A 4FB7A 1ICQA 3BANA 1HN1A 2OMAA 1EO5A 1HKWA 1K70A 3KRZA 1J0KA 4F66A 1QNOA 4N6FA 2VOTA 4K3ZA 3VFCA 3WEMA 3VNJA 1JVNA 2XVLA 3AZRA 3BARA 3EXSA 2A79A 4U3CA 4GMEA 2E5BA 2CLIA 3M0ZA 2Y70A 1HGWA 2Y0FA 1R7OA 3LQLA 2WV8A 1GYMA 4A8RA 1JZ2A 1PWLA 2C14A 4TVUA 1TO3A 4FR1A 3QOKA 4B15A 1TPVA 3W6YA 5DMYA 1SZFA 2XZ9A 2ZXDA 5C2CA 4ZCWA 3A21A 2PD5A 2YKKA 3IRSA 1PV8A 4Q8OA 1X96A 3PB2A 1NOWA 4JICA 1AMYA 3AI0A 3ZT7A 7REQA 1DWJM 1V0KA 4TMCA 3OBAA 1XYFA 1FFQA 1KFBA 4ROPA 1CXFA 2DEPA 3IVUA 3PBMA 1K6AA 3K30A 1PYFA 4C6LA 4ERAA 3FJLA 5A2BA 3NPXA 3ATZA 1XWYA 2VC7A 5FESA 1IIGA 3WELA 3LY0A 1ISWA 1Z69A 4W89A 1LCOA 4MDOA 1RY0A 3AHZA 3WDRA 1BD0A 2EG6A 5FOOA 3PJTA 3H7RA 3N73A 3WF2A 2Z1SA 2ZZ7A 4ZQNA 5EMUA 1XRTA 3AMDA 3F4WA 4F9JA 4UQ9A 2CKSA 4E8DA 1E4IA 1IWBA 4FXRA 1VQTA 3LCGA 3C3NA 2PP3A 5IHRA 3LMYA 1P43A 1XBVA 3WK0A 1KV5A 4Z1AA 1Y7VA 3SR7A 3S9ZA 4GGBA 4WVXA 1JUKA 5EFDA 2QDEA 5T9CE 5JH2A 3H7UA 4KFOA 2YL8A 3GX9A 1EPVA 1XISA 2W67A 5CPSA 2NVDA 5C7HA 1JUBA 1VENA 1K8CA 3B8DA 2WMHA 4X63A 1TR1A 2QAFA 4L65A 1QTWA 3FKRA 2ZUNA 2A7PA 3N4FA 3W7IA 4HJWA 2GGJA 5HMEA 2V30A 1UOKA 4RDYA 4HOWA 4DJDD 4PH6A 5AHLA 1C93A 1I6NA 4JIIX 3MMTA 3EEGA 3NSNA 2RDTA 3L4WA 3W7CA 3THDA 4I90A 1GQNA 3R11A 1DTUA 1JPDX 1YDYA 2CERA 3VDGA 3FX4A 3S83A 1FCBA 2Y2WA 4ACYA 3ID7A 4R7WA 3P6LA 1TPUA 3FJ4A 5G4HC 2C0AA 1Z8AA 1BSIA 2Z1KA 1TE6A 1VS1A 3OO2A 1SZRA 5DFAA 2VXNA 4FI4A 4JS3A 5KZ6A 3SCVA 3RLVA 4ZTXA 4QTGA 1PIFA 2QCMA 3G1RA 4ZBCA 3M41A 1YYAA 1POJA 3E2QA 3G22A 5DN1A 1FDZA 3K4AA 3F5LA 5J8LA 1BWVA 2GUBA 4QE1A 1TX2A 4LBSA 1P6WA 3VILA 4NJHA 1VR6A 3R0UA 1GKQA 2C3ZA 4P8WA 1HIZA 2OGYA 3N2XA 1TWZA 4MWAB 3UY7A 3W7LA 4DQWA 1UD3A 1N8WA 5FJUA 3BCFA 3G2GA 3OTRA 1XLGA 3VOCA 2PTWA 2PGEA 2VEGA 3NM1A 1LG2A 3ZFHA 5A8QA 1YKWA 5CZJA 1OCBA 4NJKA 3SSJA 2PDJA 1QW7A 4GH3A 4DBDA 3ZVIA 2O9RA 1I2QA 1R86A 3S6TA 4ZO7A 3QQ0A 2JIEA 3CUZA 4FLQA 4C91A 3CXOA 4XAGA 3P5YA 4AC1X 3R25A 1GQLA 1KXQA 3BGAA 2X30A 3EX6A 3LCXA 3SSZA 2GK1B 3CMFA 3ZR5A 2V8ZA 2ALDA 4LBUA 1K8XA 2VX5A 3N15A 5TBOA 4J3WA 4CQAA 2ZRZA 1EWDA 3TZNA 4L4PA 4O1CA 3IJ7A 2WMIA 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