1NFPA

Structural refinement of the non-fluorescent flavoprotein from photobacterium leiognathi at 1.60 angstroms resolution
Total Genus 90

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
90
sequence length
228
structure length
228
Chain Sequence
MTKWNYGVFFLNFYHVGQQEPSLTMSNALETLRIIDEDTSIYDVVAFSEHHIDKSYNDETKLAPFVSLGKQIHVLATSPETVVKAAKYGMPLLFKWDDSQQKRIELLNHYQAAAAKFNVDIANVRHRLMLFVNVNDNPTQAKAELSIYLEDYLSYTQAETSIDEIINSNAAGNFDTCLHHVAEMAQGLNNKVDFLFCFESMKDQENKKSLMINFDKRVINYRKEHNLN
Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
EMPTYO1 (41-43)S2 (44-48)TI'1 (16-19)TIV1 (15-18)AH4 (138-156)AH1 (21-38)TI5 (198-201)AH7 (204-225)S6 (126-134)TI3 (95-98)TI1 (49-52)TI2 (56-59)O2 (63-65)S3 (65-68)S4 (71-75)O3 (75-77)S5 (92-94)AH2 (79-88)AH3 (100-117)AH6 (174-188)TI'2 (188-191)TI4 (121-124)TVIII1 (135-138)S7 (170-172)AH5 (162-168)S8 (192-197)S1 (7-11)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Flavoprotein
source organism Photobacterium leiognathi
publication title Structural refinement of the non-fluorescent flavoprotein from Photobacterium leiognathi at 1.60 A resolution.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LUXF GENE PRODUCT
total genus 90
structure length 228
sequence length 228
ec nomenclature
pdb deposition date 1995-02-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00296 Bac_luciferase Luciferase-like monooxygenase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.30 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Luciferase-like domain 1nfpA00
1TVLA 5LXEA 3C8NA 1BRLA 3B4YA 4J2PA 1LUCA 1BSLA 3FGCB 1F07A 5AECA 3B9NA 2I7GA 1NFPA 4US5D 5DQPA 1M41A 3B9OA 4US5A 1BRLB 1EZWA 4UWMA 3RAOA 3SDOA 1XKJA 1Z69A 1FVPA 2B81A 1LUCB 1YW1A 1NQKA 3FGCA 1RHCA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3KW3A 1WAWA 4GI8A 1J93A 1V5XA 3GR8A 3HPSA 2EPKX 2HVMA 1VFMA 3GB6A 2OWXA 1NU5A 2EHHA 1WUFA 1ZALA 4NJGA 1UR9A 2D73A 1OC5A 4P7QA 3AIRA 4C6DA 4HSHA 3UCCA 3EWCA 3G1DA 2ABBA 3ZSTA 4LBSA 1Q7QA 1J0IA 1JL8A 4JN7A 1IXQA 1YPXA 5HANA 1K02A 3G6LA 3BDKA 4FS9A 2CLFA 1XR2A 1OINA 2DJLA 3PZQA 3L2LA 1W5PA 4XV0A 3EMZA 2YDRA 1GZGA 2OTDA 1D9EA 3C86A 3EBVA 3ANYA 3SGGA 3UWUA 4WUIA 3C3UA 3B9AA 2Z7GA 3S1VA 3SCWA 2EG8A 2O55A 4WEVX 4LUTA 1GWJA 4M6QA 3C2EA 1X98A 5K4XA 4MAZA 3TSBA 1G4PA 1DJQA 2CLIA 4HK7A 2W9MA 4OHQA 1XRVA 4KFNA 1UBSA 1MZRA 2B0MA 1PKNA 1HO1A 1PIGA 5KZ6A 2JEQA 4HMCA 3QFWA 2PTWA 3WO8A 3PNUA 3WUEA 1OSEA 4M7SA 3U7VA 3UWYA 5A6BD 1XD1A 8XIMA 1PX4A 1F3WA 3IVSA 1JIBA 2B7OA 3CXOA 2FTYA 3VNDA 3MJMA 4UFHA 1HP5A 4M80A 5LA2A 4KH2A 3H2NA 4H4IA 4MB4A 2YLLA 4PMVA 4O4VA 5DN1A 3SCRA 3FV9A 5LIYX 4UFLA 3VX1A 3PJTA 1QW9A 3QJAA 1GOXA 2OOGA 1IEWA 3B0UX 4U5IA 3LQGA 2OZ8A 3AROA 1M7OA 1QPKA 3N9KA 3T08A 4GJIA 2EO7A 4Q4OA 3PTMA 4ATDA 3JU2A 4QSHA 2ABAA 1CYGA 2WHKA 1F6KA 3HPZA 4PC8A 1K8CA 4YTQA 2A3EA 4NAFA 4DAIA 3O6CA 3NSXA 1BWKA 3IV8A 3FVMA 1O95A 1I4NA 3G1YA 3NO3A 1THFD 1J12A 1KXVA 1U2YA 1DHPA 2VX7A 1GG0A 1JDEA 1EOMA 4CNNA 1QHOA 3LBMA 2VT0A 2A0NA 2VZOA 1CGWA 2FHCA 2YX0A 4LEQA 1OK6A 4EPBC 4AZIA 1DJZA 1NJJA 3FY1A 3IJLA 4HNVA 1H1NA 4JIPA 3ELFA 1KRCC 3GUWA 3CNYA 4D72A 4QJ4B 2NVCA 2PRMA 4FAMA 1JXJA 3U9IA 2TAAA 1FKXA 4AIOA 1P6CA 2CITA 3VIKA 2Q3OA 3FYYA 3BO9A 1SO4A 2OGJA 2WHLA 4DX3A 3QY8A 3MPGA 1B3ZA 1V3KA 1JZ2A 3BAWA 4JFVA 1FWNA 3B8VA 4N2YA 2A3BA 3POCA 2E7FA 4PTVA 1PSCA 3VABA 4O50A 3LB0A 1NWRA 3SGZA 5TD4A 2QQ6A 4AWSA 3K8MA 1TTIA 1OK4A 1WQ5A 3F1QA 3TFXA 5BROA 4BI6A 2EPLX 2ESCA 2EG6A 3ZJ6A 4AUBA 1MEWA 1ITCA 1WAUA 3W7HA 3IJQA 3OOQA 1NFPA 1H5YA 3BJSA 3EEGA 3CS2A 3VD7A 4K1GA 1W1IE 4GZ7A 3AIEA 4IG2A 3PTDA 1MW1A 4HYVA 4O10A 4G6CA 5I5RA 2I5IA 2VZSA 3RX3A 1GTEA 1JAKA 4GXPA 3NURA 4PUJA 2OYLA 4QNWA 1NM9A 2XH7A 3SGUA 2VRJA 1P0NA 2UBPC 1H3GA 1LRTA 2G95A 2ZTKA 5T91A 2OQYA 5E5CA 3DDMA 3JW7A 3GC4A 2QGHA 3G6MA 1ZPTA 4NZ1A 3D0CA 3IIXA 1UWQA 1AQ0A 2XWEA 4KPLA 4ZOAA 3NYZA 3AIBA 5FJUA 3EOEA 3GHSA 3HPFA 4G56A 1NAL1 1MFUA 4JTGA 5CPNA 4HK6A 4XUGA 1G0CA 3LHTA 5A8QA 1QNPA 4OV4A 3WZ0E 4TVDA 1UOZA 3NNTA 2ZX7A 3BK0A 3P3BA 3S2MA 4NHVA 3EKGA 3T0TA 2Z1SA 1J6PA 4IP7A 1KBBA 4E4PA 4RE0A 4UMCA 2VQTA 3GM8A 5HNTA 1J8VA 4JQ4A 4XZIA 3O7UA 3WLSA 1OYBA 1UJQA 4GNVA 1LG2A 2XGZA 4HP5A 3E0FA 1ISXA 1KXQA 1P6WA 3WH7A 4GPNA 1F8IA 1BHGA 1RJQA 4Z1YA 3OVPA 1CLVA 4HCLA 5CC3A 1XYMA 4RDWA 1TPDA 5G2HA 3TH6A 3TSDA 5GNYA 3A5FA 3CO8A 1QXLA 3GG0A 4X9YA 2ZRWA 3W83A 1TRDA 4GYPA 1LUCA 3MS8A 3EOOA 5REQA 3B06A 1U1UA 5C9WA 1KV8A 4JDYA 4IIGA 1H09A 1R2SA 1KV5A 5HJLA 3R0UA 1CB2A 3TTEA 2J8FA 1C92A 1Q6QA 1A5NC 4E0CA 7REQB 3CO4A 3E2RA 2HXTA 2TYSA 3W1AA 4AWUA 2CU0A 2QMJA 1DWGM 1RLDA 5JIWA 2OJPA 4GE8A 4NJKA 3F4CA 2VCBA 3T2PA 3CMFA 2PC4A 1SJDA 3IUHA 1R7OA 1QT1A 1OIFA 1K7EA 5AHFA 3B8TA 2NUWA 1W1VA 2VGFA 4PBEA 3BLPX 4O0KA 3WY1A 2VTFA 2ACSA 3NUKA 3PFRA 3TA6A 4YVVA 4JTTA 2YFOA 1ZGDA 5CPMA 1OG6A 1EJSC 5BRQA 4DJDD 3NEVA 2B81A 3ZT5A 4LVDA 2ISFA 4R53A 1ADOA 2C14A 1CCWB 3TONA 4O1FA 4DLMA 3KOYA 2PGWA 4M1RA 2POZA 3EWWA 4G7EA 2WAGA 3HPXA 1E70M 1V0NA 3KOWA 1KLYA 3A6OA 1H7PA 3QR3A 1J4EA 3L5MA 1KXTA 5CJ5A 1LL4A 1KR1A 3MKVA 4UTTC 1R7AA 3GHUA 1LP6A 2VC9A 2WWCA 3KOZA 3TYBA 3THQA 3BURA 2DVXA 4M0XA 4QXIA 2F2HA 4LYPA 1G4TA 3GIYA 2OT1A 1QNRA 4MTVA 4I9JA 4HCDA 5AZ0A 3ZWSA 1MW2A 2R8WA 3N2MA 1BQCA 2DT2A 3L21A 4WY0A 3N2XA 4ERGA 2R1NA 2GVJA 3NQEA 2C6QA 3PSWA 4K39A 4EKJA 1L2QA 3B9OA 1RVKA 2XVLA 4XD6A 3SCNA 2E5BA 2XUCA 3MI3A 5A6BA 1MXGA 1ESWA 3V0TA 1RJRA 1J5TA 1S1PA 5MKGA 5IDZA 2DQWA 3NOYA 3VO0A 1KFKA 3LCIA 5JBFA 1YQ2A 1NDYA 1TZZA 1U83A 3EX3A 5LXXA 4PTWA 5CZJA 1ICQA 5IFPA 1LLOA 3NZPA 1IE7C 4US6A 3PPHA 2X1SA 3UCQA 1RBOB 1RQBA 1ZCCA 4HA3A 3PZUA 3W38A 5CSSA 4UXDA 1DBTA 1S2UA 4WIWA 5TQLA 2BVYA 4Q8MA 4GYPC 3GTXA 4WSHA 2CWXA 1X7IA 4R7OA 1R2RA 2PDLA 3T07A 3MUXA 3MSGA 4K7YA 2DUXA 3COTA 1TSIA 1AW1A 4UTJA 1EC7A 1IZJA 2VWTA 4DUXA 1QPRA 3VIMA 4ZB5A 4EWJA 2HPMA 4UNLA 4LYRA 3CPGA 3S3GA 3UT0A 1LF1A 4IGHA 2HRWA 2PPGA 3MA8A 4LFYA 3WD3A 3GNPA 4NYUA 1UG6A 2NXGA 3URAA 4K38A 1QW7A 4IH3A 2CZFA 1EHAA 1XLJA 1DTUA 1EHNA 1TV4A 1YBQB 2WYSA 3AMLA 3FJ4A 3I3BA 3KUMA 4HMNA 5HOSA 4ZQNA 2CBVA 4PMQA 3VNYA 4AAJA 3HBLA 3HQOA 1TA3B 4KCTA 5CPOA 1SFLA 5LIUX 2IXUA 3IUDA 3K5XA 1C7TA 5FD0A 4NSBA 3A12A 2AL2B 2QPSA 5LNRA 4BWLA 3WLIA 1Z69A 3QGKC 2DH3A 4F0MA 3S2LA 4MY1A 3A24A 4Z42C 4GVHA 4LVGA 3T55A 2QUMA 2XH0A 1O5KA 3M1ZA 3ISIX 2R91A 3W28A 2XFFA 3NQBA 1OX4B 2P8CA 4Q4RA 4LS2A 4W87A 3CZGA 3QV7A 3VXGA 1Q45A 5ECUA 3H70A 3AS3A 2J79A 3GNDA 3E1F1 2PLKA 3CLWA 6XIAA 1PTGA 1V51A 3EYPA 4UOQA 4Q7IA 5TBOA 5FACA 1EA0A 2R82A 1H62A 2JIWA 5IRPA 4GK8A 1W3JA 3CEPA 4GFSA 3AZRA 1W91A 3SIMA 4DLFA 1LJYA 3SUSA 1MSSA 4OJYA 2VEFA 3R8GA 1K1DA 4FLRA 4YNGA 4HNUA 5C9RA 1PO9A 3VIGA 3CUZA 2RAGA 2A3LA 5CC5A 1W31A 4DEFA 1BF6A 4HNOA 2D0FA 3M5XA 1GYMA 4FXJA 3ATZA 2FZNA 4LB4A 4JNYA 5I06A 4FMVA 1OFAA 4GIEA 1EEPA 1I2PA 2F9RA 4DXVA 4C6KA 1WBJA 4MDPA 1WKDA 2JK2A 3VUSA 1GVRA 3FGCA 2ASHA 2A3CA 1O7AA 3CYJA 1YPFA 3BCJA 4GKLA 3WH9A 3PBGA 3NQCA 1EBHA 1W54A 4LH8A 4M6UA 3UZZA 2PDHA 3PFMA 4QNEA 4WSKA 3GO2A 3MCOA 3UWZA 3ZYZA 3WK0A 1UH3A 4UZUA 3L12A 3W2LA 3CHDA 1C9DA 1SW7A 1V6VA 4D6GA 3PR2A 1AJ2A 5FF4A 5AHEA 1IHIA 3KAOA 1DIOA 3BOLA 2GDUA 4J5NA 5A6SA 4PEEA 2C18A 5A2BA 3PB2A 1MXSA 3LRMA 2WOQA 3SM0A 1V4YA 1W17A 2V3GA 4RE2A 1ZJHA 3RFAA 5CGTA 1EEXA 3L4UA 1DEDA 3C5QA 3WQPA 3HJEA 3PWGA 2Z2BA 1NIUA 3GVRA 3JRKA 4DQWA 5C7HA 4HHHA 2WQPA 4B92A 5AY7A 1VEMA 4PGLA 4DWDA 2F6KA 2YBUA 1NP0A 5EY5A 1L6GA 4BI5A 4WX2A 1CBGA 5CPLA 3VM5A 3C2VA 4A29A 2E6YA 5FAGA 5BMXA 2PDXA 1AMKA 3FFSA 1FX6A 3KDOA 2BS9A 1VC4A 2C7FA 3KBMA 2VHLA 4ZO8A 1FHDA 3THCA 3WDHA 4CVWA 5I24A 4GC4A 3URNA 4PUDA 2PDIA 1MNZA 3RRXA 4LOCA 4ML4A 2V5JA 3WDPP 1US3A 3L4TA 2B4GA 2WCAA 4N9DA 3FN9A 4JQAA 4XKYB 2ACUA 2VUNA 1S5TA 2X09A 3E6EA 4WOQA 3E0IA 3L5AA 4KCVA 2E68A 1T99A 5DCEA 1OWQA 3MB9A 3W74A 2QCFA 5J5DA 4LVBA 3MANA 1DJNA 4RNJA 1PWMA 3G77A 4JKKA 1K6AA 4X61A 1LZOA 4X63A 2QJHA 3BG3A 3CL6A 1EBGA 1NELA 4WLCA 1RK6A 1PZ1A 3C2OA 4GH1A 4J40A 4DJDA 3UVAA 2PODA 3MHUA 2FLIA 3LCXA 3TDFA 1F73A 1XGDA 3QZEA 2FPTA 1GNXA 3UG3A 2WLYA 2PAJA 2X41A 2X1UA 6XIMA 4EP8C 2NQZA 2A6LA 4DUVA 2FH8A 2W5FA 1EZWA 1IXNA 1FVPA 2X7WA 3THUA 1OB0A 4FOJA 4ALDA 1PX3A 4E2DA 4QEHA 3P82A 4O28A 5ABFA 1B3VA 1PBGA 2CBUA 3VE7A 3SUTA 4ZB0A 1IR2A 4M5PA 4L4OA 2C1IA 4LALA 2X2GA 3W75A 1NWUA 5JUVA 4A22A 4TO8A 3WJSA 1UUQA 2PWVA 4Z1CA 3DG7A 3AO0A 1I2RA 1TPWA 1JGIA 3UG4A 1E43A 4BFAA 1HVXA 2VFDA 4MGGA 1OX5A 1RP8A 2BZNA 1YEYA 3SDOA 3POHA 3VKKA 1H0IA 5GJNA 4KEZA 1TB3A 2PC8A 1QO2A 4Q8PA 2J25A 3FW6A 4DXXA 2AMGA 4L9XA 3EB2A 3RG6A 1MRQA 2Q8ZA 2DPEA 1FDZA 1QWGA 2IW0A 2W61A 1Z3NA 5L9FA 1RQHA 1A5SA 2HNEA 3GIPA 4IJCA 3MBFA 3STGA 1RCOB 3FX4A 1A3XA 3JR2A 5CGMA 3Q4DA 1P0KA 4M29A 4AVNA 3N34A 1DE6A 3W7EA 3LENA 3KTXA 4H9MA 3DOPA 2DW6A 2VC6A 1FCBA 4S38A 3A4JA 2P53A 1W1YA 2IS7A 4FB7A 3J7HA 2Z1KA 4WKAA 1KCZA 2A4AA 3VAVA 3BC9A 3EA3A 1SZRA 1WKEA 2OGYA 2ZZ3A 2HVNA 2OEKA 1BYBA 5CPSA 1ME9A 3BZJA 3O2LA 1XX1A 3W1UA 3VTRA 3CLMA 4CU6A 1B3YA 1L8PA 4H9TA 4KCUA 4FXRA 4NIRA 3M5YA 1XSJA 2CLPA 1JQVA 5MF5A 2EKGA 5BYWA 2WNWA 3T09A 2H3DA 3PJUA 1IF2A 2QT3A 3A64A 4HJFA 4ML9A 4C1LA 5K4ZA 2ZXQA 2PP1A 4N42A 1BLIA 4WDWA 3K4WA 4NY2A 1UMYA 1SFTA 1UWSA 3PVFA 3VNKA 4BA0A 2J9ZA 3LU2A 2BMBA 1OFEA 1I0BA 1YX1A 1Z41A 4PMOA 3N6QA 3LNMA 4JD4A 7CGTA 3UZXA 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 1TVL A;  5LXE A;  3C8N A;  1BRL A;  3B4Y A;  4J2P A;  1LUC A;  1BSL A;  3FGC B;  1F07 A;  5AEC A;  3B9N A;  2I7G A;  1NFP A;  4US5 D;  5DQP A;  1M41 A;  3B9O A;  4US5 A;  1BRL B;  1EZW A;  4UWM A;  3RAO A;  3SDO A;  1XKJ A;  1Z69 A;  1FVP A;  2B81 A;  1LUC B;  1YW1 A;  1NQK A;  3FGC A;  1RHC A; 
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#similar chains, but unknotted
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