1NP2A

Crystal structure of thermostable beta-glycosidase from thermophilic eubacterium thermus nonproteolyticus hg102
Total Genus 151
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
151
sequence length
426
structure length
426
Chain Sequence
AEKFLWGVATSAYQIEGATQEDGRGPSIWDTFARRPGAIRDGSTGEPACDHYHRYEEDIALMQSLGVGVYRFSVAWPRILPEGRGRINPKGLAFYDRLVDRLLAAGITPFLTLYHWDLPQALEDRGGWRSRETAFAFAEYAEAVARALADRVPFFATLNEPWCSAFLGHWTGEHAPGLRNLEAALRAAHHLLLGHGLAVEALRAAGARRVGIVLNFAPAYGEDPEAVDVADRYHNRYFLDPILGRGYPESPFQDPPPAPILSRDLEAIARPLDFLGVNYYAPVRVAPGTGPLPVRYLPPEGPVTAMGWEVYPEGLYHLLKRLGREVPWPLYITENGAAYPDLWTGEAVVEDPERVAYLEAHVEAALRAREEGVDLRGYFVWSLMDNFEWAFGYTRRFGLYYVDFPSQRRIPKRSALWYRERIARAQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural Basis for Thermostability of beta-Glycosidase from the Thermophilic Eubacterium Thermus nonproteolyticus HG102.
pubmed doi rcsb
molecule keywords beta-glycosidase
molecule tags Hydrolase
source organism Thermus nonproteolyticus
total genus 151
structure length 426
sequence length 426
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.21: Beta-glucosidase.
pdb deposition date 2003-01-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 1np2A00
4UQCA 2IUZA 4UTFA 3AS3A 1JIBA 1HJSA 1MQPA 3W6MA 2V3EA 2D3LA 3A4AA 4J28A 1PX3A 1CECA 2CKSA 2W92A 2DQXA 4AD3A 5CSYA 1M7XA 3CZJA 3EDEA 1XD1A 4V27A 4BZYA 2IXUA 1VJSA 1HVQA 2X0YA 3GH7A 2BY3A 5FOOA 4NZCA 1WAWA 1JDAA 3AMGA 4YN5A 2VZTA 3GDBA 2XVPA 3PZTA 2JIEA 1KWGA 2VCBA 2WVUA 1E6NA 3VX0A 5KZ6A 4W89A 1BVNP 1UWIA 2YDQA 1MW3A 1HKKA 4D72A 2W61A 2VO5A 4UQBA 3CHDA 1JXJA 1ZS2A 1KXHA 4W7VA 3CZGA 4FF5A 1UD4A 1Y7VA 5JBFA 2J74A 1JZ2A 3OLEA 4XZBA 2J77A 3I3BA 4B3LA 4C7DA 4EK7A 1C7TA 1BYCA 1NOWA 3W0KA 3SCPA 2QF8A 2CBJA 2X0HA 3BCDA 5FD0A 4W93A 2FH8A 2J7CA 3AFBA 4M1RA 5JBDA 2D23A 1XD0A 2WW5A 3FHQA 3EBVA 5E70A 4GI6A 1LLOA 1GVIA 2OWXA 1V02A 1VENA 4W5ZA 2YKKA 3QR3A 3PZGA 1OCQA 3MS8A 1ECEA 2CBVA 1WP6A 1FH7A 3IAQA 2ESCA 1HNYA 2YBTA 3GNPA 2JE8A 1HL8A 1UYQA 3SCSA 1CGWA 4W88A 2ZUMA 1CXHA 4QLKA 1US2A 5A69A 3WH9A 3ARXA 3AIRA 5HPCA 1XH2A 3BMWA 2O9TA 2WC7A 3CPUA 1UR9A 1V0KA 3O9NA 2WM0A 1E4NA 2ZIDA 2OWCA 1TMQA 4BQ5A 5BWFA 2VC9A 3GH4A 3MMDA 5A95A 3AICA 3OLGA 1CGXA 4CN1A 1PZ2A 1UKQA 4RE3A 4D6IA 1KCKA 3O2LA 3IK2A 5E9AA 3VD3A 2YLAA 3DECA 4IPLA 2G41A 3L2MA 3KEHA 3U5YA 4XB3A 4Z2JA 1IV8A 2Z1SA 1GOOA 3CMJA 1B0IA 5BXSA 3HMCA 2X1IA 1EHNA 3OZOA 2WANA 3AISA 4GIAA 1FFQA 1QW9A 2CYGA 3AHYA 3GNRA 4HOWA 2A3BA 4M56A 1QBBA 1GCYA 4GQRA 1NWTA 4LXFA 1UOKA 1JYVA 2VQTA 1ISYA 1F4AA 2FHCA 4Q22A 3T0BA 2WCGA 4J7RA 2VZUA 3VGFA 1R85A 2ZUNA 1CEOA 2XG9A 4RL3A 3WUEA 1V6XA 2DT3A 3UCQA 3GXDA 2QPUA 5E0FA 3ARZA 4TTUA 3L4XA 2PBGA 5ABEA 1QPKA 2VCAA 4HZ7A 3CO4A 4AIUA 5AYBA 2DDXA 3E1F1 2Y8VA 2XVLA 2G8ZA 1EDGA 1GHRA 1V6WA 1R7AA 3BSGA 5A8QA 4UFJA 2A3AA 5AC4A 1J18A 1NWSA 3GBEA 3N04A 5IDIA 3W4RA 4MNLA 3W37A 1C90A 2CHOA 3OZPA 2J7DA 3WH5A 2PC8A 3AYSA 3EMCA 3MMUA 2OLHA 4WKFA 3VM7A 3PN8A 9CGTA 4ZE4A 2DSKA 2G3IA 3NDZA 3W24A 4JCLA 4JCMA 1SFSA 3T08A 4ZE5A 4CU7A 2A3CA 1OD0A 3LMYA 2QLYA 4PMNA 4FLRA 5LA1A 3ZR6A 2DGAA 3AZTA 3BAXA 4AZ7A 2CETA 2WHJA 1A47A 4UQ9A 3GYCA 4FLSA 1PPIA 1UWUA 2YA0A 1E73M 1GHSA 2VCCA 3F5JA 2VJXA 3WD2A 4AIEA 4MJ4A 2ZXBA 1ISVA 3WKZA 3WEMA 2Y8KA 2V5CA 1CGYA 3MSDA 3KL0A 1ITCA 4U2ZA 1VB9A 2E3ZA 3ZO9A 2VVNA 3VVGA 2BY2A 4W86A 1XC6A 3WH7A 4URIA 2OSWA 4LQ1A 3WD1A 3BC9A 3N12A 3MMWA 1K6AA 1QI5A 1WZLA 2WZHA 4GZIA 3WIJA 4GXPA 4HPHA 1HVXA 3T2QA 1E0VA 1OT2A 2YL6A 1JF5A 1HX0A 2QPSA 2ZXAA 2O9OA 4DWSA 4JFSA 3WQWA 3DYPA 1W1VA 3SCWA 1XRVA 2A3EA 4AZ6A 3CUFA 1G1YA 3MV11 4PMUA 2V3DA 5HDRA 1CBGA 1UR2A 1F4HA 5HNNA 2J7BA 3WH6A 3TTYA 4ZFMA 2QHAA 3PBGA 2WCAA 4W8LA 4EE9A 1W9BM 1ISWA 5D8ZA 1H41A 4ZENA 2J62A 3L4WA 3WQVA 5C8BB 4OJYA 3MUZ1 5BXTA 1V02E 2V3FA 2GJRA 3BGAA 3PZQA 4TVUA 1W32A 4AW7A 3L4UA 5FKYA 4KMQA 4HMDA 1CGUA 4TUFA 4EAMA 3SUVA 2VR4A 2WAGA 3T09A 1HKJA 4PMVA 1OGBA 3AXXA 4AEEA 4PCSA 2GSJA 2VOTA 1QVBA 5ECUA 1QHZA 3WNLA 1YQ2A 1H11A 4J3SA 3UG3A 5E09A 1EQPA 3VO0A 2O9RA 1BF2A 3F4VA 1E55A 4N42A 4J3VA 4CD6A 2Y2WA 1DTUA 1WNOA 2E9LA 1B3WA 3VUPA 5A1AA 1TG7A 1SMAA 1M04A 1EH9A 1GQJA 4A3HA 1WCGA 2DT2A 4PTVA 2EEXA 1JAKA 4IPNB 1N82A 2VX6A 5A2AA 2GJXB 4IM4A 2TAAA 2C7FA 4WF7A 3WNOA 4AD5A 1JD9A 2PI6A 3WEZA 4LX4A 5CLWA 1OINA 1ZBKA 3N9KA 1PZ3A 3AHTA 3W27A 4E4PA 2G3JA 3T0AA 1G01A 1HKIA 2OYMA 3IJ9A 1LWHA 1RD6A 2FH6A 3WNMA 2VTFA 2G3NA 5C70A 3SEPA 1M53A 1DWAM 2BFGA 4GPNA 3EDDA 1NH6A 3VIFA 3WNNA 5A94A 2V38A 2WMFA 1MVYA 1OSEA 4D6FA 1V3HA 4NI3A 3CMGA 4DM2A 2WLYA 2Y5EA 3EYPA 5BXRA 5GNZA 2CITA 2CXGA 1U2YA 1ZU8A 1G5AA 1GW1A 2ZX8A 1H5VA 4BQ3A 3SCRA 1JFHA 2G4FA 5IFTA 3KE0A 4HMCA 2RGMA 5D8WA 1B3ZA 4U33A 2C8NA 5EFFA 1IZJA 5JIPA 1UH3A 3GZAA 4JL2A 2RGLA 1CPUA 1C7SA 3SCOA 1LJYA 1TR1A 5DFAA 2DPEA 3VMNA 2YL9A 3A4WA 1R86A 2VT0A 4AZHA 4ML4A 1W9PA 2ZX7A 1J0HA 3ZJ7A 5BRQA 1B9ZA 1VEPA 1G0CA 4P8WA 2NT1A 3SIMA 3VINA 4MPKA 4U31A 1Z32X 3WL1A 3VGDA 1V0MA 3N1AA 3PTMA 3UERA 3AXIA 5D9PA 1UG6A 3PZ9A 3VGEA 3GH5A 4UOZA 3VDCA 1PX4A 2PBOA 4M81A 4ZXOA 3VDBA 3VIKA 5A8MA 4CCEA 1KBKA 3B8SA 3MO4A 1B30A 2WVVB 2J75A 1X1NA 3K4AA 5FCZA 4D1IA 3ALGA 1MWOA 2IXVA 1UWTA 2DIJA 1GORA 5E6ZA 2EO7A 2JFEX 1W3KA 3VU2A 1GUVA 1GONA 3AIVA 4DUXA 4BQ4A 1LL4A 4P8UA 1EO7A 2VRKA 4XZWA 4AMCA 2XIIA 3BSHA 2VNCA 4W7UA 3MV01 4AD4A 4AZCA 3T2OA 3AHZA 4RE4A 3ZQ9A 3W28A 3S2CA 3WD3A 4OOUA 5ABFB 1JXKA 4HA1A 3VD4A 4UCFA 1BGAA 2GK1B 2D1ZA 3RO8A 2BXYA 4BA0A 4UQDA 1E6SM 2BHYA 1FHDA 5A8NA 1GQIA 2QMJA 3POHA 2J7FA 4CUCA 1XGZA 1ISZA 5AY7A 1ITXA 1K9DA 3MUIA 2GFTA 3RM9A 3TP4A 1WDSA 1KXQA 1BGGA 3FAWA 3SCUA 1UWQA 4GO9A 3AIQA 1HN1A 4D6DA 4F79A 4JFUA 4HU0A 1EIBA 2CBIA 2AAAA 4GINA 3VNYA 1J0JA 4P7OA 1VFUA 1V3MA 5JUVA 4H2CA 2YOCA 1E9LA 3UG4A 2VURA 5I2UA 1O7AA 4W8AA 1JYXA 4JAWA 4B16A 2D20A 3CGTA 5AC5A 2C0HA 4UOQA 3ZJ6A 2XSBA 4B15A 1KCLA 3AZRA 3OIHA 4PRWA 3WD0A 2J7EA 2PWGA 3BMVA 4CVUA 4H04A 1ZL1A 4JKKA 4OKDA 4TVCA 1HP4A 2VX5A 1LL7A 5ABHA 5EBAA 1PAMA 1FH9A 1VFFA 1JD7A 4EANA 4MB5A 1VRXA 1CGVA 1DHKA 3TA9A 4CU8A 2BXZA 3CZEA 1NM9A 2DH3A 1QNPA 5JBEA 1CXEA 2YA1A 1DWHM 3DYOA 4P8XA 4BF7A 1ODUA 5C71A 1XHGA 2Y24A 3IANA 1H2JA 5GNYA 5I5RA 3RM8A 1UH4A 4LYRA 4KRUA 1QBAA 4AZBA 1UKOA 4UQAA 2ZICA 2YL8A 1UA7A 1NWRA 5A8OA 1Q4NX 1OD8A 4WSJA 4C7GA 1W91A 1KQYA 4UR9A 1P6WA 1NOFA 3LPOA 3ARTA 2XIBA 4LGXA 3RM4A 3VIIA 3TONA 4IISA 3VIJA 1HJQA 4QDMA 3SUUA 1VF8A 3CUHA 5IXEA 3K8LA 5A6BA 4Z2IA 1V03A 5E0CA 4RE2A 5E6YA 3NSMA 4MADA 3AIUA 2BY1A 4Z2KA 1CDGA 1CYGA 2CNCA 2XM2A 7CGTA 4QCFA 3SUSA 2ZWYA 1AQMA 1QHPA 1TCMA 3WF1A 4MDOA 2JEQA 1E4MM 4PSRA 4AZ5A 2ZX5A 1UD5A 4U5IA 3RIKA 4V28A 1FA2A 3WMSA 1QI4A 4GI9A 5A6JA 1UHVA 4AWEA 4PTMA 4P7NA 3VIGA 1UR0A 2YLLA 3CUGA 3VMOA 1EQCA 3B9AA 1PX8A 2XM1A 1OGGA 4PN2A 2WPGA 1V08A 5BRPA 5F7UA 2GUYA 1ZBWA 4CGTA 2DIEA 1E5NA 3HU7A 4KH2A 1KGXA 2DSVA 2JIWA 3D3AA 1BYAA 4HA3A 5A2CA 5HOSA 1WE5A 3L4VA 1IT0A 4OBSA 3AQUA 3AZSA 1UA3A 1MQRA 5GQBA 1CLXA 2WC3A 3VOCA 2VZOA 4B9ZA 3CZ8A 1J12A 1JG9A 1M03A 2CKRA 4H41A 1TA3A 3ARVA 1E0WA 1WKYA 2YL5A 4F66A 4ATDA 1UWRA 4W84A 4TTGA 7TAAA 4MTVA 1DWFM 1WPCA 3WMCA 1HJWA 1OM0A 3FHAA 3THDA 4P7QA 4QCEA 3N13A 2XTKA 3AMCA 2VZSA 4AZIA 2VL4A 4PUDA 3WY1A 1GJWA 2MANA 1CTNA 1E6ZA 2AMGA 4NRSA 1B1YA 3BLPX 2WZIA 1H3GA 5D9NA 3ARRA 4TOQA 2YA2A 1LWJA 2WMJA 4Q7NA 1NARA 2DSZA 1C3FA 1MYRA 4YHGA 4PUEA 2QMKA 2E8ZA 1Q6GA 3W29A 2PWFA 1TVNA 3FY1A 4D6GA 2ZE0A 3WBAA 1JGIA 4ZXLA 4W5UA 1W2VA 3II1A 3IJ7A 1NP0A 4UFKA 3WN6A 2F2HA 4ATLA 1XV8A 3MSGA 3VNZA 4AXNA 5D9MA 3W26A 3RCNA 1EOKA 3L4YA 4MB4A 2ZXDA 3S6TA 4H8UA 2XFYA 2E4TA 2BVYA 1AVAA 5FL1A 3VIHA 4HMEA 3MUAA 1TZ7A 4PCTA 4Z2GA 1D3CA 3NYDA 3VX1A 3WBEA 4KGLA 4ACYA 1JYNA 2J8GA 4TXEA 2HISA 1V6YA 1KBBA 3G6MA 1ISXA 3WFZA 1QI0A 3RJXA 4Y7EA 1XCWA 1ZBVA 3BAKA 3WQ5A 1MFUA 3VD7A 1HKMA 2E8YA 3WL0A 3AHVA 1B3YA 3W38A 5HPOA 3VD9A 4CD7A 3FN9A 1E6QM 2EBNA 4KRTA 3QHMA 3CZLA 4TVDA 3AS1A 3N15A 3F5KA 3ZJKA 4M8UA 4GO8A 1J0IA 4MNKA 2WHMA 3ZMRA 4WKHA 2PF0A 1ZJAA 1GNXA 2VQUA 5CQ1A 2WHLA 1W3JA 3WENA 2GJPA 2YDRA 3FW6A 4AZGA 2EPMX 3VPLA 2XPKA 5CXPA 1XSJA 4JKLA 1CIUA 1KR0A 3ARWA 4XX6A 5CSUA 3LPPA 4A4AA 1KFWA 1J0ZA 1RP8A 1RH9A 3L4ZA 4H8VA 2DT1A 2NT0A 3GNOA 1CNVA 4TX8A 1UD8A 3VTRA 1PEZA 2GJXA 1WDPA 3RJYA 2WLZA 3WFLA 4OZOA 4PBGA 5IFPA 4OBRA 1CGTA 3UG5A 2HVMA 2CCRA 1E1FA 4OIFA 2FGZA 3WQ6A 2EQDA 3N17A 4GI8A 1QNOA 3WH8A 4F9JA 1E3XA 1E56A 2VRQA 3M46A 1MW0A 3UR7A 1BG4A 2EPKX 2O9PA 1TE1A 4CN4A 1C8YA 4CU6A 4PSPA 2YIHA 1JI1A 4QFUA 3JUGA 1HF6A 3G6LA 3CLWA 2ZX6A 4TX6A 3VIMA 1KWKA 1W2PA 2CESA 3ZSTA 1WO2A 3CUJA 3EMQA 1JYWA 1GOWA 3CHEA 1UKSA 1JZ6A 3WMBA 4V2XA 1U30A 3B9EA 1QI3A 2XSAA 4JKMA 3VILA 3K46A 4QLLA 1J11A 1W1TA 2PWDA 4B9YA 3ZOAA 4UNIA 4JFWA 4J27A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4UQC A;  2IUZ A;  4UTF A;  3AS3 A;  1JIB A;  1HJS A;  1MQP A;  3W6M A;  2V3E A;  2D3L A;  3A4A A;  4J28 A;  1PX3 A;  1CEC A;  2CKS A;  2W92 A;  2DQX A;  4AD3 A;  5CSY A;  1M7X A;  3CZJ A;  3EDE A;  1XD1 A;  4V27 A;  4BZY A;  2IXU A;  1VJS A;  1HVQ A;  2X0Y A;  3GH7 A;  2BY3 A;  5FOO A;  4NZC A;  1WAW A;  1JDA A;  3AMG A;  4YN5 A;  2VZT A;  3GDB A;  2XVP A;  3PZT A;  2JIE A;  1KWG A;  2VCB A;  2WVU A;  1E6N A;  3VX0 A;  5KZ6 A;  4W89 A;  1BVN P;  1UWI A;  2YDQ A;  1MW3 A;  1HKK A;  4D72 A;  2W61 A;  2VO5 A;  4UQB A;  3CHD A;  1JXJ A;  1ZS2 A;  1KXH A;  4W7V A;  3CZG A;  4FF5 A;  1UD4 A;  1Y7V A;  5JBF A;  2J74 A;  1JZ2 A;  3OLE A;  4XZB A;  2J77 A;  3I3B A;  4B3L A;  4C7D A;  4EK7 A;  1C7T A;  1BYC A;  1NOW A;  3W0K A;  3SCP A;  2QF8 A;  2CBJ A;  2X0H A;  3BCD A;  5FD0 A;  4W93 A;  2FH8 A;  2J7C A;  3AFB A;  4M1R A;  5JBD A;  2D23 A;  1XD0 A;  2WW5 A;  3FHQ A;  3EBV A;  5E70 A;  4GI6 A;  1LLO A;  1GVI A;  2OWX A;  1V02 A;  1VEN A;  4W5Z A;  2YKK A;  3QR3 A;  3PZG A;  1OCQ A;  3MS8 A;  1ECE A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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