1O5X | Genus

Total Genus 95

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	95
sequence length	246
structure length	246
Chain Sequence	RKYFVAANWKCNGTLESIKSLTNSFNNLDFDPSKLDVVVFPVSVHYDHTRKLLQSKFSTGIQNVSKFGNGSYTGEVSAEIAKDLNIEYVIIGHFERRKYFHETDEDVREKLQASLKNNLKAVVCFGESLEQREQNKTIEVITKQVKAFVDLIDNFDNVILVYEPLWAIGTGKTATPEQAQLVHKEIRKIVKDTCGEKQANQIRILYGGSVNTENCSSLIQQEDIDGFLVGNASLKESFVDIIKSAM

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__715040949128007__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__715040949128007__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1O5X/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__715040949128007__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"715040949128007","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1O5X/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__715040949128007__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfbb32e2d5d85c0cbfb4b36/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfbb32e2d5d85c0cbfb4b36/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfbb32e2d5d85c0cbfb4b36/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cfbb32e2d5d85c0cbfb4b36/pdb.gz): 81 ms

reading 246 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

246 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 21 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:245});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Isomerase
source organism	Plasmodium falciparum
publication title	Structure of Plasmodium falciparum Triose-phosphate Isomerase-2-Phosphoglycerate Complex at 1.1-A Resolution pubmed doi rcsb
molecule keywords	Triosephosphate isomerase
total genus	95
structure length	246
sequence length	246
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date	2003-10-06

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00121	TIM	Triosephosphate isomerase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	1o5xA00

5AHFA 4O0KA 5F4XA 3W2LA 5BOOA 3NQVA 4UTIA 4HIBA 4OV4A 1RR2A 3N9SA 3FYOA 2G97A 2AAMA 3BLIA 4EIVA 2RDUA 1UB3A 3TC7A 2RDTA 3G1YA 2I9EA 4P2VA 5D03A 1OVDA 3N34A 2NUYA 3I68A 3E12A 2OMAA 2YZRA 5IBXA 1GT8A 1Q45A 3CIWA 1TJRA 3DFSA 4UR7A 3F03K 2CWNA 4UNKA 1OYBA 4PFMA 4IMEA 2I14A 5EL1A 5LSMA 1K02A 2VFHA 3G1FA 1S5TA 4L4LA 5BMWA 3GXNA 4LC8A 4M7TA 5AYYA 3W1RA 5EYWA 3KRUA 5LZLA 4IOTA 3HGOA 1TV8A 4O57A 5U7SA 5D32A 3LM7A 4NT0A 5FF3A 2E5BA 3WK0A 2E6YA 2FTPA 2HMCA 2NV1A 2NX3A 2OZ0A 3TE9A 3W85A 2WPBA 2JKEA 1GYNA 3Q58A 1GWJA 1GEQA 5DY3A 4WY0B 3CWNA 2ISVA 4FNQA 4QQ3A 4ZQMA 4W9TA 2XN2A 1VRDA 3DI0A 2WSRA 4JS3A 2PRMA 3MYOA 2RDWA 1RQEA 2D73A 2FLIA 1KM2A 3TKFA 4O1BA 3LXBA 3ZS4A 4O13A 4AHOA 4DPPA 4O1CA 3L0GA 2FJKA 1THFD 5CGQA 1FWNA 4O11A 3STFA 3KAOA 4XKYA 3L21A 2TMDA 1DQXA 3CEPA 5KSWA 2ZZ7A 3GIYA 4CLMA 3LLFA 5HMSA 4GUGA 3W7KA 4JY8A 2ZBTA 2NZLA 3LGEA 3W7LA 1TRIA 1GYLA 1W3IA 2E68A 1KM6A 4HNVA 4A2RA 1G4EA 4PA8A 1DV7A 3GAYA 4JTFA 2VFEA 1TPEA 3I7SA 1TB3A 4HNNA 4JNMA 3BW2A 2OCZA 4RLIA 3KFTA 3WJSA 2WKJA 4JIPA 4ALDA 1TPB1 3B0VC 2CLKA 3GKFA 4P61A 3WK2A 2FIQA 4CNNA 1FCQA 3UWYA 1DJNA 2VKZG 1X6UA 2BSLA 3PR2A 4ADSA 3CC1A 4LVAA 4MLJA 2QUUA 1JULA 1FUYA 4MVAA 4NX5A 5HNRA 1JUBA 4DF2A 3QSTA 5U4NA 4Q33A 1GVFA 1Q6QA 2QEZA 4EWND 1A5AA 1G69A 4JYDA 1UCWA 1OF6A 2Y70A 4AWSA 3MP5A 1UASA 4O8RA 3S6DA 2CLFA 4FIQA 4MIMA 5FI8A 2C15A 1I2OA 3V75A 3GR8A 3N9RA 2OX1A 3BVJA 4GRSA 4QM1A 3NR0A 2W79A 5IBXC 4R33A 3W75A 3DFQA 3PB0A 3N2MA 3VI2A 1OX4B 1IXNA 3EKZA 4IJBA 1KLZA 1H51A 2NX1A 5G4WA 5LNSA 5F4WA 1ME7A 1MXSA 3BPWA 2FB3A 3HB9A 5F1VA 1VCVA 1JUKA 3NPWA 3HPZA 5I3IA 1SO5A 1PCKA 3AO0A 3MHGA 1JUEA 3EXTA 5D2YA 4A3UA 1W3NA 1W56A 1QDSA 5DLCA 4R7JA 3BV4A 4I9AA 5EA9A 3G0UA 4QSHA 1FCVA 1T0OA 1F6KA 3OVQA 4S2BA 2XFWA 3L0KA 1IIHA 1ONRA 2CU0A 1QWGA 4O4VA 3A24A 3EX2A 1FY6A 5E1QA 2NWSA 2QCCA 2ZRYA 4O53A 1EEPA 4RX0A 1XBYA 3W74A 4BF9A 2GJNA 3PULA 4N9CA 1GVOA 1O94A 3BK0A 3GDKA 3W1XA 3QEZA 3C2FA 3UZ5A 3TSMA 4GXMA 1OFRA 1OFEA 5I3KA 3W1NA 2H8XA 2VFDA 2QCFA 3W7DA 1KTCA 4JEQA 1JRBA 3P8IA 1FWTA 5KZEA 3A9IA 3EX6A 3C2VA 4JR5A 5CZSA 3QMSA 3TDFA 1XXXA 4MLRA 4YCOA 3CWOX 4AEOA 4IMGA 3UY7A 3IVTA 1WV2A 4S2CA 3IIVA 2YW3A 1R47A 2WOQA 4XKYB 5H91A 1X1OA 4O12A 3TAKA 1XL9A 4N9EA 4UTWA 1WYIA 5EMUA 1W5OA 2JKAA 1VHNA 1UJPA 2BZNA 4JD4A 2FDSA 1W37A 2X1UA 4KKXA 1QPQA 1M7PA 1MSSA 3TW6A 3EXSA 3BW4A 4C1LA 1QO2A 1XC4A 1NSJA 3TXVA 2QCEA 1DVJA 1N8FA 3L66A 3NPXA 4YMZA 3N73A 2ABAA 5LNWA 1GZGA 3KVKA 5MHBA 1ZNNA 2C19A 1M5WA 2B7PA 1PCWA 1G6CA 1KFBA 1KLYA 3RLVA 1SQ7A 1W3TA 1TYGA 3E96A 5D09A 4ZVJA 3L5AA 4Y96A 2QCHA 5G1YA 5AB3A 4IMCA 3QM3A 4NX0A 1NF7A 1MO0A 1QCWA 3QPYA 4JDYA 1OFQA 3SSJA 3C8FA 1JR1A 1UBSA 1H61A 4N2YA 1A50A 2A1YA 4Q32A 3PWAA 2FQIA 3NAVA 4PCFA 1H63A 1I2QA 4BK9A 1QPNA 3QPZA 2GVJA 1OK6A 3UXAA 1O95A 1KM4A 2XN0A 2ZZ6A 3W83A 2G95A 3OA3A 2H3DA 3N2XA 1DL3A 3FOKA 1I2NA 3M5YA 3Q94A 3M5XA 4LWWA 1SZNA 4JN6A 1NVMA 1VJIA 3QZEA 1SZEA 4QJ1A 1JCYA 3W22A 3MP3A 1DHPA 3TIMA 1FWRA 2J24A 1V5XA 5HULA 1FCUA 1A53A 1GG1A 1C9DA 4CQAA 3NQ2A 2RFGA 4IMFA 5K4ZA 1VHCA 5K9XA 1QPOA 3IVUA 1KTBA 1SU5A 5AYXA 4FNPA 3NL6A 4JTGA 2YSWA 3HIJA 2TRSA 2QF7A 2B7QA 4TMCA 1BKSA 4I7WA 5LKYA 1Z41A 2V2HA 2QJIA 5LHEA 4XZ9A 3EX4A 4NXKA 5HWNA 4GUIA 3P80A 5I3GA 5CKSA 1GVSA 3HGRA 4LV4A 5E0KA 3CU2A 4HNTA 2ATSA 3P62A 4GBUA 5D04C 2Y85A 2X30A 2X2GA 5CSRA 4RK8A 4YXGA 5F2GA 1TTQA 1ZAJA 4UTWC 3QRHA 1ALDA 2BTMA 2JGYA 3SW6A 3TK7A 3PSVA 4WQ6A 1VZWA 2YXGA 3HBLA 6TIMA 3HG3A 3S42A 3W9ZA 2CFFA 1VYSX 2PRLA 1KM3A 4FNTA 4CQ8A 2C6QA 4A22A 1VPXA 2V9DA 3BGGA 1P4CA 2EHHA 2WJZA 4LTSA 3B0PA 2IQTA 5I3HA 3PB2A 1JCMP 1FCBA 2VC6A 5L9FA 1T99A 3C2EA 4RJEA 1OX6A 3MO7A 5DCDA 1F5ZA 5C54A 2DZXA 3C0JA 4AXKA 3PBUA 4ORMA 4AH7A 1TPWA 1J2WA 3TUUA 2E1DA 2JKPA 1H60A 3TA6A 2DZTA 5CSSA 3TSBA 4Q4KA 3VFLA 1K8XA 3WJZA 5LNVA 3LV6A 4UFHA 3A21A 1KFEA 4MOZA 1KM5A 2FPVA 4FEZA 4NXSA 4JGDA 3HQ1A 2QR6A 3MMTA 4QNEA 3C56A 2HS6A 3M9YA 1X1ZA 4IXHA 3S1VA 5D05A 3TC6A 3LHWA 1TPUA 3M41A 1YXCA 2VOMA 2F84A 1VR6A 1WBHA 3U8GA 5D37A 5G5IA 1YTDA 2PC4A 3S5ZA 5G4EA 4UIOA 4K36A 3TCEA 4J9JA 5KITA 1O60A 3CM4A 5G1TA 2Y62A 4ICNA 1WOAA 1LCOA 2ZZ5A 3P82A 4E2DA 2QAFA 1OG0A 5D2XA 3TFCA 3B03A 3EEGA 3LI1A 3UQNA 3TROA 5CPLA 3W6YA 1QMLA 3LV5A 4RZ6A 1OFPA 3PVFA 2C18A 1W31A 3IVSA 1I2PA 3DKJA 1WAUA 5K2ZA 1DJQA 1FWSA 5T26A 2Z1BA 3OHIA 4KFNA 2YCEA 5FF4A 5FEPA 2I1OA 2G96A 4ZQRA 1TO3A 3TH6A 3W88A 3P7YA 1OX5A 4DF0A 4HSNA 3PG8A 3M1ZA 3O6DA 2V5LA 1LLZA 4UFKA 5AHLA 3R89A 2BX7A 5HINA 3GDMA 4X22A 4N9DA 3W71A 1G4TA 4NNCA 1OX4A 5DN1A 4JTJA 2JGQA 3PSWA 4Z0SA 5F1UA 4MYAA 3O05A 2NXHA 4CNPA 3W76A 4DBDA 3B06A 1QFEA 2WSQA 5D30A 3LBCA 4Y90A 2NUXA 2Y6ZA 1L6SA 1QOPA 1DQWA 4MUZA 1DORA 5K9DA 2VFGA 3HGSA 4RZ5A 2HSAA 4Y9AA 3IGSA 4LRSA 1XDLA 3W1MA 1TTPA 3QFEA 5CZ0A 4BI7A 5HWJA 4E38A 4OGZA 2ALDA 3WJYA 3NQCA 2ZRXA 1LZOA 1ICQA 3HG2A 3PAJA 1H62A 1TPVA 3M5ZA 3W2JA 3HOJA 1F76A 3W7MA 1KTNA 5CPOA 3LB0A 2GVGA 3RF9A 3HG4A 4LUIA 3W7JA 3NL5A 3L2IA 1RQHA 5FEXA 1BTMA 3INPA 3STEA 1B4KA 1M6JA 3QQ1A 3MWAA 3W70A 2A85A 1OJXA 4JTTA 1J4EA 3R2GA 1A5SA 3A5FA 3MHFA 1OK4A 5KMYA 1C8VA 1GPWA 1K7XA 1OF8A 2ISWA 3I7QA 3QMTA 1A5BA 1TTIA 4KFOA 1PE1A 4LVBA 3NPVA 3LDVA 1SUXA 3NL2A 4MFEA 3W1PA 1BWKA 5F2LA 3W7OA 3HPXA 1Z48A 1R30A 1EB3A 1ML1A 2H6RA 4DO4A 5AHMA 4YWIA 2NXGA 4GWEA 2R91A 2EF9A 2QKFA 1B4EA 4BI6A 4IQLA 3PUDA 3TR2A 3R12A 3M44A 2C16A 4JTUA 4FHAA 3UZJA 3PUEA 3W7RA 4FIRA 2ZRWA 2V81A 5HUOA 5DELA 3LHYA 2AQWA 2DJLA 3M43A 1K03A 3W1AA 5CPNA 4UTTA 3W7PA 3G18A 2NX9A 4UFJA 4QNWA 1JCJA 5C2XA 3SI9A 1X7FA 3FJ6A 1SW0A 1D3GA 1EX5A 5HJLA 1GVRA 1LORA 1YLVA 3DHFA 3GVGA 3PF3A 2B4GA 1QAPA 3G1AA 4AVFA 2J88A 3EWUA 4NQ1A 2A4AA 2ZRZA 2QAPA 3HGJA 3MI2A 3RFAA 4ZMGA 5BMXA 2WNNA 3UWZA 4ZZ9A 5BNKA 5LGZA 4NNAA 1R2TA 3OBKA 3MJYA 2H8ZA 4LY8A 3P81A 3FLUA 2YFOA 1AL7A 4K6AA 2QJHA 3N3MA 2YDAA 1Y0EA 3C6CA 1BEUA 2ZFAA 3I65A 2X16A 3C52A 4K7VA 1AW1A 1F2JA 3L65A 1F7BA 1G7VA 1XBXA 1LOSA 3TV8A 1H7PA 3G1XA 1IXOA 4OT7A 3W1TA 3GX9A 1H7WA 3P5YA 3KX6A 5FEZA 1TJPA 1R2SA 1Q6LA 1VQTA 1VH7A 1TMHA 2O7SA 2YPIA 3B04A 4UR8A 3Q37A 1LDCA 4DXVA 2V2CA 4MZ8A 1LYXA 2C13A 3SR7A 2GQ9A 3W1LA 3NQGA 3G3DA 4UXDA 2BLEA 2EPHA 1F73A 4UMAA 4M6QA 2CLIA 2GVLA 3A23A 3B05A 4HT3A 4HSOA 3IV3A 3W86A 2FB2A 1HL2A 4XUGA 1KBJA 2NXIA 4I7VA 4M6VA 4HN4A 3HG5A 3ANYA 3O6CA 2W6RA 1JJKA 4N6EA 1DBTA 2YW4A 5A5WA 1W0MA 3S5OA 2CZ5A 4JTHA 4JXCA 2GPTA 3W2UA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 3QR0 A;  3QR3 A;  4LFY A;  4U28 A;  1D7K A;  3H6O A;  1W9B M;  4RCX A;  2OOF A;  1S2C A;  6XIM A;  2Y5S A;  4L5Z A;  1XUZ A;  1ZB5 A;  2REQ A;  5I6S A;  3AMG A;  3NQM A;  1P0N A;  2J8G A;  2QUL A;  1B31 A;  1ODU A;  3T08 A;  5C5Y A;  1TV3 A;  2FMO A;  1V3I A;  2VUN A;  1Y5X A;  1TQX A;  3PWI A;  2XN1 A;  1VBU A;  4HHP A;  3IJI A;  4JTQ A;  1F3E A;  2OVL A;  4K8G A;  4QFU A;  2PA6 A;  3L4U A;  1VFO A;  3DI1 A;  6REQ A;  1R0M A;  4KWV A;  1EO7 A;  2GQA A;  3N4E A;  4C7D A;  4XAY A;  2QUV A;  4H9X A;  3UR2 A;  4IIF A;  1H2J A;  2W5F A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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1O5XA

Total Genus

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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