1O5X | Genus

Total Genus 95

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	95
sequence length	246
structure length	246
Chain Sequence	RKYFVAANWKCNGTLESIKSLTNSFNNLDFDPSKLDVVVFPVSVHYDHTRKLLQSKFSTGIQNVSKFGNGSYTGEVSAEIAKDLNIEYVIIGHFERRKYFHETDEDVREKLQASLKNNLKAVVCFGESLEQREQNKTIEVITKQVKAFVDLIDNFDNVILVYEPLWAIGTGKTATPEQAQLVHKEIRKIVKDTCGEKQANQIRILYGGSVNTENCSSLIQQEDIDGFLVGNASLKESFVDIIKSAM

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Structure of Plasmodium falciparum Triose-phosphate Isomerase-2-Phosphoglycerate Complex at 1.1-A Resolution pubmed doi rcsb
molecule keywords	Triosephosphate isomerase
molecule tags	Isomerase
source organism	Plasmodium falciparum
total genus	95
structure length	246
sequence length	246
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date	2003-10-06

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00121	TIM	Triosephosphate isomerase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	1o5xA00

2DORA 4O53A 3W1LA 1QR7A 1GWJA 3W70A 4A29A 3I6RA 4NJJA 3O8AA 3B04A 4JIPA 3LHUA 4E0CA 1HFBA 3UWZA 1D9EA 2PE4A 2GJLA 3UWWA 5LHEA 3I7SA 3FLUA 4JR5A 5F4WA 3IIZA 4YL2A 4Z1CA 2ZZ1A 4MPQA 4UFMA 3TC7A 3PM6A 1YDOA 3FIGA 4ZVJA 4MOZA 2VEPA 2E1DA 1SUXA 2YZRA 3C8FA 3ZWSA 2TPSA 2OMAA 3NQ7A 3MBDA 3V1PA 1LCOA 5CG7A 3W07A 1EP3A 3MHUA 3S6DA 1X6UA 2QCDB 4UXDA 2FB2A 3P7YA 1FY6A 1OABA 3C2EA 4EVZA 2XFWA 3USBA 2QDHA 1XCFA 2CWNA 3A9IA 5FEZA 3OEXA 3E9AA 4JX4A 4MFEA 2YFOA 1H7NA 4UTTC 1OG0A 3QW4B 1JUEA 3RFAA 2TYSA 4B5NA 1TMHA 1OF8A 3NPUA 1KFKA 4YLWA 4UTJA 1G7UA 2RH9A 3A21A 4Z1BA 2YSWA 4UFLA 4AMAA 3S1VA 3UZ5A 5BW6A 1LTDA 3VKJA 1DQWA 1YTKA 5DBTA 1H7PA 2ZRZA 4QM1A 3N34A 2H6RA 5TIMA 4RZ4A 2H3DA 4HNNA 3LI0A 1KW1A 4LVGA 3DENA 1F05A 3N9SA 3W7MA 3TMLA 2WSRA 1IIGA 3FA5A 4ONVA 3M0ZA 4JTSA 3IIXA 4S2BA 4AHOA 1FWSA 4WY0A 2QR6A 2ZRVA 4NXSA 4W9TA 4BK9A 4FF7A 3BG9A 3SGZA 5TBOA 1W3NA 3VI2A 3HOJA 2FJKA 3MWAA 1ALDA 2B7QA 1WAUA 3G3MA 3WJWA 4OHQA 1TCDA 4CQAA 3IVSA 4ZQMA 4LTSA 1XKYA 3NL3A 4XBKA 3L0NA 1Q6QA 4IUOA 4GUIA 3UXDA 3G1AA 5L6UA 5E1QA 4NZFA 4AH7A 3W7HA 4KWWA 1SR9A 4JICA 3UXAA 3M5VA 1R2SA 3U8GA 3STCA 4LVFA 3C6CA 4EOUA 1JRCA 2YW4A 3KXQA 5D02A 4P2VA 3N2MA 1NAL1 1OVDA 2CLMA 4D2JA 2EKCA 5LNWA 3W2LA 1XBVA 4LUJA 3W2JA 1D3GA 1F6KA 3CM4A 3L0GA 3NAVA 1DJNA 4O1CA 2E6AA 3QEZA 1ZJIA 1I4NA 1GTEA 2ZZ7A 2H8ZA 2WNZA 3S5ZA 3MBFA 2A21A 4DPPA 4LS1A 3LRMA 3W2NA 1V5XA 5K7JA 2QAFA 3ABQA 3HG2A 1RVGA 1FCVA 3WJYA 4Z1DA 4O54A 4CNNA 4NJKA 1NF0A 4AB4A 3G24A 1PL9A 3W1PA 1EP1A 3WJSA 2I1OA 5CKSA 3W7QA 5FF4A 3CEPA 2JGYA 2R94A 3JS3A 3W9ZA 3BPWA 3PUEA 1LOQA 3ZFHA 2NWSA 1XBYA 3GNDA 3QC3A 1B3OA 3G0UA 2Y6ZA 3QSTA 1KM4A 3TR2A 1HUVA 3A24A 3GXPA 3W7EA 5MHBA 3NQ6A 4JEQA 4O57A 1SZEA 3FKRA 3G3DA 3UY7A 4Q33A 3HQ1A 1XI3A 4M7TA 3HGRA 4NJIA 3PB2A 1EWDA 1N55A 4ADTA 3Q2DA 1N8FA 3LCGA 1RR2A 1OYCA 2V81A 1ZNNA 4MKNA 3PBYA 5E93A 3PB0A 1YXYA 2YFNA 1OFAA 4JTEA 5T26A 2C14A 4K36A 3W83A 3W85A 2Z6JA 4TMBA 1OFQA 4JYDA 1F6PA 2ZBTA 3HGSA 1RQHA 3A23A 2WSYA 4CCDA 4MYAA 5CPLA 2B7OA 1YDVA 1C9DA 4IOTA 1TJPA 3IIPA 4LS0A 2ZRXA 4ML9A 1QMLA 1B57A 2HS6A 1TPDA 3OA3A 3SSJA 3QQ1A 3PSVA 2ALDA 1A5AA 1LBFA 2BTMA 2PRMA 2HMCA 3LCLA 4EF8A 1XXXA 4MY1A 5TQLA 4DO5A 1W0MA 4IMDA 2WQPA 3MHFA 2BLEA 2W6RA 1OFPA 3T44A 1A50A 4UFHA 3NYZA 1SFJA 3DFTA 5DCBA 3NQVA 5AC6A 3N14A 4R33A 1FDYA 2BZNA 2CZDA 3E12A 3TC6A 5D2TA 2Q8ZA 3SIZA 4O4WA 4UMBA 1SZNA 1BWKA 4YMZA 5CPNA 4LVAA 4U4MA 4Z0JA 3LHWA 1TPEA 1TSIA 4ZZ9A 4E38A 4GE8A 3GZ3A 4QQ3A 5D09A 2JK2A 2NX9A 3S5YA 3P62A 4TR9A 1QFEA 1FCBA 3I7RA 4AHQA 3S0CA 1SPQA 3LDVA 3GR7A 2B7NA 4DF2A 1KFEA 3O1NA 2QCMA 3DI0A 1VR6A 3S5OA 2VELA 3R5EA 4LVDA 1KA9F 1VH7A 3PVFA 5I3HA 2YXGA 3PUOA 4UTWC 4MVAA 3TAKA 5EY5A 3T40A 2FPTA 3M9YA 2ZA3A 3TKFA 1GVOA 5F4XA 4MZYA 1W31A 3EXSA 3D0CA 4GUJA 3W72A 1TTJA 2P1FA 4HKPA 3NO5A 1M5WA 4MJMA 3LGEA 3EWYA 3S8HA 1O5KA 3L0KA 3G1XA 3B03A 4LUIA 3QMSA 1H61A 4M6QA 2O7SA 1AW2A 1VGAA 4XBSA 3NQDA 1XUUA 4UUIA 4MIMA 1LROA 4O17A 3LTSA 2E6YA 1VS1A 3EXRA 2QEZA 1FWNA 3TW7A 1UUOA 1P5BA 2FB3A 5G1YA 1IGSA 3TCEA 4XTIA 4QAIA 4P61A 1VQTA 3TK7A 5D30A 5BNKA 4GXMA 3LBCA 3ZR4A 1CI1A 1Q6LA 3QSRA 1T99A 1QO5A 1DOSA 1SO6A 6ALDA 4RK8A 4A3UA 3Q58A 4XKYB 1SQ7A 3O15A 1SO3A 2LLEA 3TW6A 1UCWA 4FXSA 3TJLA 1WQ5A 2F84A 3OVPA 3DKJA 1Z41A 1I2PA 3HG4A 3W71A 4L4LA 3M44A 4LC6A 4TMCA 4N9DA 5F1UA 5DY3A 3W7PA 1F5ZA 3EX2A 3PF3A 1K7EA 4UTTA 3P67A 4IMGA 1TRIA 2BWGA 1MXSA 3VE9A 4IMEA 1JCYA 1THFD 4DF0A 3CIWA 1G4EA 1S3HA 2QCCA 2CZFA 1JR1A 3BW2A 3LXCA 3BARA 4XZ9A 1AG1O 4PA8A 3VFLA 1QOPA 1TPH1 4FNRA 4UTKA 5DELA 2FFCA 4J9JA 1RQEA 4AVFA 5CZTA 3FS2A 4GC4A 2ZRYA 4AF0A 3ANYA 1N7KA 2ISVA 3W1MA 3DH7A 1EWEA 3CWOX 1H50A 5F4SA 1AL7A 3WK2A 1LM1A 2GUUA 4BWLC 1C8VA 2WKJA 3AO0A 2WPBA 5BMXA 3VE7A 1U5JA 4I7VA 1XL9A 2QAPA 5AHMA 3CEUA 5BOOA 2DZWA 5J5RA 4K8HA 1T8XA 3BV4A 4LV4A 2IQTA 5CZSA 2YDAA 1BKSA 3U6WA 3O6CA 4Q32A 3O06A 5D2VA 4QISA 3UD6A 2QCGA 1LLZA 1L2UA 3LCWA 2OT0A 1I2NA 1G4SA 1O60A 3HGOA 4N02A 3PBVA 4PFMA 3FKKA 4QNWA 1G6CA 2ISWA 3U2OA 3NR0A 4MJZA 1JVNA 3QW3A 4H6KA 4O18A 1DV7A 4K8EA 2ZDRA 3G8EA 2VKZG 5K3VA 4UIOA 5K4ZA 1KM3A 5DY2A 1OFDA 2TSYA 1IXPA 2FDSA 2CLIA 5IM51 1TV7A 3RLVA 3CLMA 1DVJA 1JQVA 4DBDA 2E09A 3NQCA 3S1UA 3UNDA 3BG5A 3E02A 3EEGA 3LLDA 3BG3A 1KM5A 5LNRA 2ZZ6A 3I68A 4LRSA 1GG1A 3BLEA 4MLRA 1RD5A 1FQ0A 1RQBA 4OBTA 1QOQA 3PC0A 4FNPA 2P10A 1TQXA 2ZQ0A 3EB2A 2V30A 3KVLA 5HUPA 1PIIA 2HS8A 1QNVA 2ZZ2A 3W7JA 4O8RA 4UMCA 5K2ZA 5I3IA 3S42A 2B7PA 2C16A 3QYQA 4HNUA 2OX1A 3GAYA 3NQAA 5CSRA 4JTIA 2DZUA 3W2MA 1L6WA 1ZAJA 1W56A 1JCXA 2VC6A 2DU2A 1GG0A 4JTHA 1TPUA 2PURA 3PWAA 4U28A 1BEUA 2Y7FA 2FPYA 3GB6A 3IVTA 2DZSA 3A5FA 3L66A 5IBXC 4LWWA 5AHNA 2FPVA 4AWTA 4YWIA 2GQAA 3TAOA 2CLLA 3MUXA 3QH2A 3DU0A 3DFNA 3PG8A 3LERA 1MEWA 1I2OA 5LNVA 4CCEA 1EEPA 5C55A 4POCA 1FUYA 3K30A 3YPIA 4FXRA 4FNQA 3LB0A 2BXVA 1H7RA 2V2HA 4LW7A 1SSDA 1LOSA 2NV2A 4UTIA 3R2GA 2G95A 1WYIA 5DBUA 4OGZA 1I8JA 1LBMA 2Y62A 4DO6A 1VHCA 4DEFA 3IGUA 5LGZA 1AL8A 5D03A 3UPWA 3P61A 1SU5A 1F74A 1W1ZA 2QUVA 2CLFA 2E5BA 1EIXA 5LHFA 2Q8LA 3L9CA 1VRDA 2YYTA 3PBWA 2YCEA 3L5MA 3I65A 3GXTA 4UMAA 1TPWA 3L5AA 2BX7A 1VHNA 3STEA 3L21A 3CIXA 3W1UA 1CW2A 3QM3A 4WXYA 1TPFA 4O15A 1MSSA 4PODA 3G1DA 1H5YA 1PHWA 2J6XA 2WOQA 2J9ZA 3GYEA 1G67A 4ZQOA 4QITA 2EHHA 4O4VA 3RU6A 3NL6A 5U4NA 1UASA 4JYEA 4JNMA 3NDOA 2H8XA 3GK0A 3HPXA 1S5VA 3LCIA 4FX7A 2A5HA 4HIBA 3FJLA 3NZRA 1DQXA 2JGQA 5AHFA 1ZALA 1I2QA 1IIHA 2A7PA 4JX6A 2DZVA 1KM6A 5D04C 3TROA 5D37A 3LHZA 2GOUA 1D3HA 2V9DA 4DPQA 1CX9A 1OX6A 2A4AA 5K9XA 2A2IA 1JQXA 1HL2A 1TTIA 3DGRA 5FI8A 3H53A 5EKYA 3NQGA 3W87A 1H1YA 2RFGA 4GRSA 1H7XA 1ADOA 1W5NA 5FF0A 2DZTA 1XDMA 5EYWA 1IF2A 3IGXA 4LOCA 1KFCA 1TV8A 4JD4A 2QCHA 2X1RA 4N6EA 5BMWA 3CHVA 3M6YA 2QKFA 5EPDA 1W3TA 2A7NA 1GT8A 1KV5A 3NPWA 3W7OA 2W79A 3QMTA 4UTWA 1GQNA 1M7PA 3WK3A 3TFXA 1PE1A 3RMJA 1ZAIA 2VFDA 3BK0A 3C3NA 7TIMA 3BW3A 1Q6RA 1H62A 4O12A 3EXTA 5EBUA 4BI5A 4JXCA 4XUGA 1KFLA 3IRDA 3HBLA 3HMJG 4JY9A 1IXOA 3LXAA 1TB3A 2VFIA 1AMKA 5K4XA 1BTMA 3MI3A 4Q4KA 2ISSA 1KFJA 5KZMA 5C5YA 1ML1A 2FTPA 4NT0A 3P81A 3V75A 4BI7A 1NVMA 1TRDA 4JYFA 1GZGA 1W54A 4R7JA 3GDRA 1KTCA 1EUAA 3EWZA 2PC4A 1SO4A 3SFKA 1OX4B 3UYCA 1FWRA 1MO0A 4HSOA 5FESA 5CSSA 1H51A 2B0MA 3O6DA 4CCCA 2J24A 2NXHA 5KMYA 4WY0F 3TXZA 4YXGA 2QCFA 3UWYA 1PHQA 1W5PA 3WJZA 1OK6A 1X8FA 1T0OA 3G18A 4JGDA 4ZQCA 3AJXA 3NQ2A 1A53A 3Q94A 2X1SA 2W0UA 4GNJA 5DCEA 4R34A 1RV8A 1SSGA 3OBKA 5KTLA 2A6NA 1LBLA 3MW7A 1TQJA 3E49A 4I7UA 2AQWA 3B0PA 2Y7EA 2NX3A 2Z1BA 3P8JA 4HN4A 4CQ9A 2ABAA 4NNAA 1W5QA 5FF7A 4TIMA 1KLYA 1WX0A 3P5ZA 3FYOA 4IWWA 3M43A 3LTYA 5LKYA 4TU1A 4ADUA 2NWRA 3QQ0A 5CZ0A 3W7NA 4WJEA 3DI1A 4RKAA 4RJEA 4UTHA 3HPZA 4H3DA 1ZENA 3ATYA 3CTLA 3M7WA 3HO8A 3BVJA 1TTPA 1H1ZA 3DKLA 3NM1A 4S2CA 3LV5A 5HJLA 5C2XA 3DFOA 4YCPA 1OYBA 3QPYA 4LRTA 4BWLA 1R2RA 4M6VA 4UTUA 3EX1A 1GTHA 2ZFAA 5AHEA 5HR7A 3MJYA 3ABRA 2ZRWA 3HG5A 4NJGA 1TO3A 3S1XA 3B8DA 3HJZA 1GVRA 2XN1A 2CFFA 3NPXA 4K7YA 1VJIA 2J9YA 1T96A 4A21A 2QUTA 3TNOA 5KINA 4I9AA 1G7VA 3IV3A 4JDBA 3TE9A 3E96A 4MY8A 1IXNA 1G69A 4QJ1A 4RZ6A 1L6YA 2ATSA 1VYRA 3LI1A 1L6SA 5AN7A 2A0NA 3L2IA 1HTIA 1GVFA 3LCHA 3B4UA 4JTUA 2NXIA 4K6AA 4HNTA 5D2WA 3CQ0A 4HPJA 1H7WA 2H90A 3P82A 4PC8A 3EWXA 1OK4A 1NF7A 1O94A 1VCVA 5CGQA 3KRSA 3T78A 5AC8A 2ZZ4A 1E51A 4H4IA 3W86A 3R13A 2E5DA 5HINA 2XN0A 2GPTA 4PL2A 1H60A 1K03A 4AXKA 1EB3A 3DBPA 4UNKA 1PS9A 2V0TA 2WNNA 4BI6A 1ZCOA 4JTKA 2Y7DA 4AAJA 1K8XA 3W22A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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1O5XA

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