1O60A

Crystal structure of kdo-8-phosphate synthase
Total Genus 78
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
78
sequence length
281
structure length
269
Chain Sequence
QNKIVKIGNIDVANDKPFVLFGGMNVLESRDMAMQVCEAYVKVTEKLGVPYVFKASFDKANRSSIHSYRGPGMEEGLKIFQELKDTFGVKIITDVHEIYQCQPVADVVDIIQLPAFLARQTDLVEAMAKTGAVINVKKPQFLSPSQMGNIVEKIEECGNDKIILCDRGTNFGYDNLIVDMLGFSVMKKASKGSPVIFDVTHSLQRAQVTELARSGLAVGIAGLFLEAHPNPNQAKCDGPSALPLSALEGFVSQMKAIDDLVKSFPELDT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural analysis of a set of proteins resulting from a bacterial genomics project
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase
source organism Haemophilus influenzae
molecule keywords 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase
total genus 78
structure length 269
sequence length 281
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.5.1.55: 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase.
pdb deposition date 2003-10-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00793 DAHP_synth_1 DAHP synthetase I family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1o60A00
1G4PA 4NJGA 1LP6A 1Z48A 1ZNNA 4GC4A 3A9IA 4NJHA 1TTIA 4O52A 3W85A 3W7LA 1UCWA 1OFEA 1SW7A 3G8RA 4Y8FA 5D2VA 2J9YA 3FA5A 5HWNA 4MY9A 2A6NA 5C5YA 1F73A 4IX0A 3W7EA 5DLCA 1RZMA 5G4EA 1TRIA 1LRQA 2A7NA 3HIJA 3NGJA 2V5BA 4JGDA 3TNOA 1H51A 5AYXA 1FBAA 3KRZA 3S8HA 3IIOA 5I3HA 4BWLA 4HSOA 3T55A 3THQA 1M7PA 1QDSA 3GDKA 1RQBA 3FKRA 4PL1A 1XDMA 5D02A 3ZWSA 5F2IA 2YR1A 3O8AA 4G1KA 4PODA 2V81A 4NJIA 1W56A 4O54A 1Q3NA 1M6JA 1ONRA 3TXZA 2QDHA 1KBIA 1JRCA 3MBFA 2V8ZA 1TQJA 1JR1A 3TV8A 3MP4A 3F4NA 3NNTA 2P1FA 3W1AA 2I1OA 2QAPA 3TAOA 5CSSA 4RLIA 1CW2A 2H8ZA 2LLEA 1XM3A 4WJEA 3ANYA 3GB6A 2ZZ2A 3PUOA 4N9CA 3PSVA 4XUGA 4JYDA 2ZRZA 3DKJA 4E0CA 2ISSA 1L6YA 1PVNA 5HWMA 5A5WA 3HG4A 4O28A 1A5BA 1IGSA 4DQWA 1OX6A 1GYNA 3UYCA 2IQTA 4QISA 3DHDA 3S1XA 1K8ZA 5DCDA 1IXNA 2CLFA 3VI2A 3TDFA 1L9WA 4CNPA 4S2CA 4XQ6A 1LOSA 3H54A 4L4MA 1YXDA 2ZRUA 4KFOA 2TMDA 1QMLA 1WQ5A 3BG3A 3SIZA 4N4QA 5CSRA 1R30A 3N73A 1UASA 3A24A 4HIBA 5FEPA 1TRDA 2QCCA 3PVFA 3R89A 3LHWA 4PC8A 4AH7A 2ZCGA 4UXDA 4MZ1A 3GR7A 2ZFAA 4QNEA 3EXSA 1FXPA 1K7XA 1KM2A 5CPOA 4O12A 4YMZA 2X30A 3S1WA 2C6QA 3QMRA 1I4NA 3O05A 4UTIA 4O1DA 1O60A 3LXCA 3W72A 1IXQA 1GG0A 4M7SA 4PA8A 4ZMGA 1WBJA 2G96A 3S5NA 3QYQA 4M6VA 2A85A 2FPYA 1OFRA 3CHVA 1HL2A 4XWUA 1OFDA 4LVGA 4U4MA 1Q6QA 4CNOA 4WXYA 1I2RA 1K02A 1XXXA 4ZQCA 1HO4A 1BWKA 1TPC1 3W7JA 1GTHA 5ABTA 4J9JA 3MHUA 4NX5A 5DCBA 2C13A 4ICNA 1OFPA 2QF7A 3EX2A 3IGUA 1ZFJA 5SWUA 3IV3A 4WZHA 4H6KA 2RKXA 3C4UA 5T26A 3STCA 3TU9A 1KM4A 3I7QA 3P82A 3R8RA 1KFBA 3R5EA 3W1RA 4E2BA 4XKYB 4UUIA 3WK1A 2ISWA 4DO5A 3YPIA 3THAA 4JXCA 4HT3A 3MHFA 3N34A 2J27A 2H8XA 1A5CA 4QNWA 2H6RA 3RLUA 2FPVA 4JIPA 1K8XA 5EL1A 1G67A 4TX9A 1QO2A 1VPXA 4HHPA 3FYPA 3NM3A 3TIMA 4JEQA 4ADTA 4RCXA 3TKFA 3TW7A 1VH7A 1RVGA 3NZ1A 1I2PA 4N9BA 4YLWA 3UWWA 1B4EA 4R33A 1P0NA 4UTJA 1OG0A 2B4GA 2NLIA 4TR9A 1S5WA 1H63A 4FHAA 4K8EA 4BFAA 3PSWA 3P67A 4JN6A 3EKZA 1TTQA 1YLVA 2Q8ZA 3EWYA 3UPBA 4KWVA 3LV5A 1OX5A 3C52A 3W7NA 1VC4A 2NXHA 3N19B 5LGZA 4Z1BA 4NNBA 4TMBA 4DELA 4IPJA 3MO7A 5K3VA 1JCJA 3GNNA 5AN7A 1EIXA 1EP1A 2ATSA 3UZJA 1FWWA 1OYAA 3LHVA 3O15A 1NFBA 3TXVA 1B57A 2Q8LA 1JCXA 2GQAA 5AB3A 2WKJA 4LT9A 2B7QA 2CZEA 3B06A 3NOEA 2CU0A 1HG3A 3QW4B 4DPPA 4A21A 1AMKA 1H7PA 1YTEA 3NYZA 1L6WA 1PCWA 3G1FA 5D05A 3HPZA 2PURA 3IVUA 3M44A 2UV8G 3R13A 5CPLA 4ZQNA 4UTWC 1TV7A 2C16A 1G4SA 2YGYA 1TV5A 4PEKA 3GAKA 1W31A 4XZ9A 5D03A 5EBUA 2V30A 4KKXA 4GUIA 4K6AA 1K7FA 2GOUA 3HOJA 2WOQA 4KFNA 5K9CA 1G6CA 1JJKA 5L6UA 2VEMA 2PRLA 4UFKA 2RDTA 2HMCA 1VR6A 1HO1A 1TV8A 1U5JA 1KTBA 1PS9A 3FOKA 3DBPA 5I3IA 2TPSA 1SO4A 3LV6A 3UY7A 1TIMA 5AHLA 3BW2A 2YFNA 5D32A 1QPOA 5BMXA 5DY2A 3B0UX 2A7PA 2OJPA 1ZY9A 3DFOA 2ZA3A 1FWSA 2RHGA 2QCDA 2H3DA 1F5ZA 1QNVA 4HNVA 2Z1BA 1ME8A 3B0VC 1ZAHA 2DJXA 2Y7EA 5CZTA 4N02A 4JY8A 5C54A 2ZTKA 3GNDA 1W3NA 3NQEA 3W1PA 1XDLA 4LUJA 2ABAA 3SGUA 3H53A 1X7FA 3G1VA 4FEZA 4CCEA 2ZZ6A 3W70A 2WNNA 4MKNA 1D3HA 3DFPA 4TMCA 4ZL1A 4DO4A 2CLOA 4WD0A 2ALDA 1LBMA 3A5VA 1GT8A 1C9DA 3K30A 3L2IA 2EF9A 4O13A 2X16A 3AO0A 1P1XA 3FLUA 1UB3A 3GK0A 5K2ZA 1V7YA 3BARA 5H91A 1TQXA 2NWSA 3W7KA 4HSNA 3PUDA 3O6YX 4NJKA 4LTSA 1QCWA 3GYEA 3EWZA 2DZPA 2HS8A 3NG3A 3UWYA 4C1KA 5D30A 1EP3A 2QAFA 4GXMA 1H60A 3C2EA 3W86A 3EXTA 3S5YA 5FEXA 4DO6A 1W5PA 1OYCA 2C1HA 3T44A 3AJXA 2E68A 3NZRA 1W3IA 3V75A 3W88A 5HUOA 1KM1A 1YADA 3IVSA 4AB4A 2V2DA 4N6EA 2ZA1A 3PG8A 4UTTA 4UCGA 3NA8A 3NXFA 5BOOA 4A2SA 2G97A 3NL3A 3N9RA 4TU1A 1TB3A 5EY5A 1VCGA 3INPA 3W87A 1BKSA 5LKYA 3NR0A 1T8XA 2YCEA 3MUXA 5DXYA 1OJXA 1A5AA 1NVMA 4AMAA 4OU1A 3TFXA 1X1OA 2P0OA 4QSHA 5TIMA 4CLMA 4JD4A 4NU7A 5F1VA 4LV9A 4OGZA 4CQAA 2G95A 4LC6A 4OT7A 4MY1A 4IWWA 1TYGA 3HQ1A 2VOMA 4ML9A 3A23A 2Y7GA 3MI6A 3BO9A 3KAOA 1KA9F 5A8GA 4HKPA 4JTUA 4MOZA 4LRSA 4NNAA 1LTDA 2ZBTA 3PF3A 3O6DA 4AHOA 1ICQA 4O8RA 2GJNA 4ZZ9A 1XBZA 4JTGA 1QR7A 1ZAIA 2JGQA 4AVFA 3P5YA 2V82A 4LVDA 5F2GA 4X9SA 1B9BA 2VFIA 4WY0B 3UNDA 1IIHA 4LVBA 1SW3A 3QQ1A 3S5OA 3KVKA 1Q45A 2ZYFA 3F4WA 3KX6A 2ABBA 3BK0A 3C2FA 4Q33A 1Q6RA 5K9DA 1QPQA 1FDZA 2V9DA 3GIYA 4OHQA 1FXQA 3RNDA 3P62A 1OX4A 2B0MA 2E6YA 1G7VA 4JR5A 1C8VA 4M6QA 2CZ5A 3W83A 5DELA 4O50A 3NQ8A 5AHMA 5D38A 4FX6M 3GDRA 2ZZ7A 3G22A 4PFMA 4ONVA 3NL2A 1H61A 4LVAA 2Y85A 2E77A 3RF9A 3BGJA 1RD5A 5LNSA 4UTWA 4NXKA 1F74A 1R2TA 5EPDA 4EF8A 3BLEA 5DN1A 1H1YA 3W23A 2Y61A 1FY6A 1DV7A 3GKAA 2NX9A 4MIMA 1GPWA 3S0CA 2A4AA 3S1UA 3GZ3A 2E5DA 1HTIA 2NX1A 3BGGA 4GUHA 4WOZA 4YL2A 2A0NA 5D09A 3TX9A 4HNNA 4HPJA 3W3OA 3BLIA 3EB2A 3SSJA 3ATYA 3L65A 3VE7A 3NQFA 2ZZ1A 3B05A 5FEZA 5CG7A 1YPIA 3LI1A 4CCCA 4LU0A 3W7MA 4IMFA 3I65A 3H55A 4FXSA 4NVTA 1SU5A 3TUUA 4UFLA 1AW1A 3PC0A 1SZEA 4JX5A 3VE9A 5LNVA 4IGHA 1XC4A 3W1UA 2GVJA 4FF7A 2CLIA 1NSJA 1I2NA 2QCEA 2A5HA 5DCEA 3HJZA 1OF6A 3G1HA 4EOUA 4RKAA 1YDVA 1TPDA 1SZNA 1I8JA 3UPWA 3STFA 2NUWA 1WAUA 5F2MA 2YFOA 1BEUA 4ZVJA 5HR6A 4O17A 4RR4A 3G24A 3TH6A 2J9ZA 4LVFA 1RPXA 5K4XA 3TE9A 3WK0A 3TA6A 1M7OA 2XN1A 3Q58A 3CEPA 3TK7A 1TJRA 1XCFA 3LBMA 1V5XA 4JTSA 3S6DA 3KOFA 1KFCA 2HTMA 1TSIA 4IMDA 2RH9A 2VENA 4UR8A 2YDAA 4HNUA 4I7WA 4ORIA 5KITA 1CI1A 1F6PA 4P61A 4N6FA 3TC7A 3P74A 3W9ZA 2VFFA 2FDSA 3NL5A 2H3BA 2ZRXA 4H3DA 3G18A 3P8JA 3TAKA 3Q94A 3EX6A 2OZ0A 4UTLA 3SGZA 4OE7A 1A53A 3SECA 3KVMA 4CCDA 4O0KA 5D04C 3W1MA 1JCYA 3PBVA 1KM5A 4GUGA 1LDCA 4MPQA 3JS3A 1OF8A 4I7UA 1LYXA 1JRBA 4JS3A 3L5MA 2ZZ5A 1DKWA 1ZAJA 1OHLA 2JKEA 4DPQA 2FB3A 2EPHA 3B0PA 1TPEA 1DBTA 1X6UA 1N55A 5G2WA 3OVQA 5HULA 2DZSA 3W76A 3OBKA 3EWBX 2QJHA 2VFGA 1TCDA 3B04A 3HF3A 3HG5A 4O1BA 2FIQA 3SZ8A 3QSRA 3PS7A 2NUXA 5EKYA 3VKJA 3HGRA 1KV8A 1OFAA 4ORMA 3LHTA 3BW4A 4LRTA 3TCEA 1W5NA 1QAPA 1W5MA 3QW3A 5GVJA 1O4UA 2ZRVA 1GVFA 2AAMA 1O95A 3M5VA 3C3NA 3IIVA 3MJYA 3LTYA 5HQEA 3TW6A 2FTPA 3UXDA 2VFHA 1G4TA 1TPB1 3PY2A 3MYPA 1VYRA 3G1YA 5I3FA 1YXCA 2PE4A 3OEXA 3NQ7A 2GJLA 4XTDA 4N9EA 2PCQA 1P5BA 4JTIA 4UTTC 2PRMA 3L9CA 3PG9A 1PHWA 3L66A 3W75A 3B03A 3TFCA 5LNWA 3BW3A 4UFHA 4TIMA 1GJPA 2X1SA 3CIXA 3GXPA 4ADSA 1XL9A 1YDNA 3A21A 1UUMA 4JNMA 4MYAA 4DF1A 1UBSA 4NZFA 3WJSA 1H1ZA 5HMSA 4LOCA 1TPH1 2V0TA 3DENA 2NXGA 5G4WA 3M9YA 5HJLA 5AC7A 1H62A 4FIRA 3W22A 1G7UA 4MYXA 2X1UA 1VCFA 3QFEA 2CLHA 3W1QA 5L9FA 1JQXA 5G2HA 5MHBA 5CKSA 4X22A 3U8GA 5KMYA 3A22A 1EA0A 4UNLA 4MVAA 3TSMA 2FLIA 3W7RA 2NV2A 1SZFA 4K7YA 5E93A 1JCLA 1SFLA 3LLDA 4O4VA 1GVQA 3LOTA 3G3DA 5AHNA 4NJJA 2Q3OA 4K37A 1DJQA 5K7JA 5BMWA 2Y62A 2QCLA 3BVJA 3OIXA 4O1AA 2ZDRA 3CWOX 4Q32A 3WK3A 1HUVA 1WA3A 5CPNA 3NQ2A 3OHIA 3NQMA 2VEIA 2I9EA 1RV8A 3LCFA 4IOTA 5D37A 1H7XA 1LLZA 3CIWA 4UTMA 4UMBA 1SSGA 3P84A 3PBUA 4FNUA 3CLMA 1VYPX 4IPIA 4X3ZA 1KM3A 1RQHA 4TO8A 1NEYA 4LV4A 3SFKA 3KHJA 4RXFA 3EEGA 3I68A 4YCOA 4UR7A 3W1LA 3M5ZA 4WX2A 3NL6A 2VFDA 4N9DA 4QIUA 3C0JA 1A50A 1OK4A 2EAWA 1FCUA 3GKFA 4K7VA 3NDOA 2OT0A 4GUJA 4RV8A 4UIOA 1JVNA 1PIIA 3NQ6A 3GX9A 4FX7A 1ZENA 2CLEA 5D2WA 3ZFHA 3FJ6A 4NT0A 1EWDA 1WXJA 1VHCA 1P0KA 3IGXA 3GXTA 3NQCA 4NNCA 1H7RA 3G1SA 1LZOA 1JUBA 4IUOA 4AF0A 3WJWA 4UFMA 3N2MA 4FX8A 3EKLA 1TTPA 2GQ9A 3QPZA 2NV1A 3STEA 3W6YA 3I7SA 3GDMA 5F4WA 1UJPA 2Y88A 3FS2A 3NQGA 3PR2A 4S1FA 1EB3A 2NWRA 2QUUA 3P5ZA 2F7FA 4BR1A 4XBKA 1WV2A 5IM51 4UTKA 4MZYA 3W2MA 4AXKA 4EVZA 1FCBA 2O7QA 1H7WA 2E5CA 4PTNA 3G8EA 2VKZG 3N9SA 5DBTA 1MEWA 1XUUA 4MLJA 3S42A 3HG3A 2OX1A 5C55A 1C29A 3W2JA 1S3HA 3W2LA 1TREA 1W37A 2DZWA 3C8FA 5K4ZA 1B4KA 1YPFA 4O15A 5D33A 4BI6A 5I3JA 4B5NA 3ZS4A 3E49A 1KW1A 1Q6OA 2CLMA 1DOSA 1R2RA 3ABOA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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