1O60A

Crystal structure of kdo-8-phosphate synthase
Total Genus 78
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
78
sequence length
281
structure length
269
Chain Sequence
QNKIVKIGNIDVANDKPFVLFGGMNVLESRDMAMQVCEAYVKVTEKLGVPYVFKASFDKANRSSIHSYRGPGMEEGLKIFQELKDTFGVKIITDVHEIYQCQPVADVVDIIQLPAFLARQTDLVEAMAKTGAVINVKKPQFLSPSQMGNIVEKIEECGNDKIILCDRGTNFGYDNLIVDMLGFSVMKKASKGSPVIFDVTHSLQRAQVTELARSGLAVGIAGLFLEAHPNPNQAKCDGPSALPLSALEGFVSQMKAIDDLVKSFPELDT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural analysis of a set of proteins resulting from a bacterial genomics project
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase
source organism Haemophilus influenzae
molecule keywords 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase
total genus 78
structure length 269
sequence length 281
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.5.1.55: 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase.
pdb deposition date 2003-10-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00793 DAHP_synth_1 DAHP synthetase I family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1o60A00
1DQWA 4L4LA 3OVRA 3QRHA 1SW3A 2Y70A 4K37A 3SGUA 5EBUA 1J5TA 3LHVA 4FHAA 3W7LA 3MO7A 3LBCA 3VE7A 3HPSA 2GUUA 2Y7EA 3LV6A 1F05A 3GDRA 1IXPA 1ICQA 3NQ2A 4Z0JA 1X7FA 2PE4A 1I2OA 1GVFA 5LNSA 3FOKA 3WK1A 2C6QA 1RQEA 2VOMA 3DKLA 5AHIA 1W3TA 1NF0A 3EKLA 3S5OA 5TIMA 3TAKA 2QCGA 1JCJA 2HS8A 5LNUA 3L9CA 3HB9A 3OG3A 4Z1DA 3G1YA 1OFDA 4AVFA 4WXYA 4PL2A 2VC6A 4GRSA 2YYUA 4FX7A 1W5NA 5KSWA 1GG1A 1YADA 1UCWA 4JX6A 3HG4A 5D02A 1R2TA 1VYPX 1OYCA 2H3DA 1X1ZA 3BK0A 4WY0A 2QCNA 3G24A 4DF0A 3NEVA 3TC6A 3D0CA 3NYZA 1UUMA 3O15A 2J6XA 3MHUA 2YFNA 1XBXA 3Q58A 2ZCGA 4N9CA 3W87A 3R13A 1LBFA 5E93A 4BWLA 1P0NA 2PRLA 1DHPA 1XBZA 4XTIA 5F4SA 3MW7A 3DENA 3OIXA 5CZSA 4C1KA 1LOSA 2WSQA 1WQ5A 3A9IA 3OVPA 2X16A 4O14A 5L9FA 1EWDA 3EWYA 1KW1A 1KM3A 5IBXC 1EX5A 2OZ0A 4Y6GA 5D37A 2QDHA 4I7UA 2YFOA 3IVTA 1VR6A 4FXSA 1IIHA 3T7VA 4N9BA 1ZALA 4JTJA 3BV4A 3GAKA 5F4XA 3B8DA 2CZFA 1FUYA 3LHWA 4FB7A 3THAA 1AK5A 4EVZA 3FJ6A 1THFD 4O54A 2YDAA 5D2WA 3O06A 3WK3A 2E77A 3W75A 3KVJA 1LLWA 3SJ3A 3G1VA 2CZ5A 4P61A 1TPVA 3LX9A 4K36A 5FF7A 4YCOA 1TPDA 4UTKA 5F2GA 4PTNA 1FXPA 2QCDB 3ATZA 4RZ6A 3W76A 1JQXA 2E6AA 4WZHA 2C3ZA 2DU2A 3GDTA 4JIQA 3PBYA 1O60A 1IXNA 2Z6IA 3WJWA 1D3GA 1KM5A 4AAJA 3USBA 2B7OA 2V9DA 4U4MA 3F03K 4R33A 1OFQA 4K38A 3M6YA 1KA9F 3W83A 4MLRA 3NM1A 1GVSA 1K7EA 3C2OA 5ABTA 1OABA 3C61A 2ABBA 3G3DA 4CQ8A 4GUJA 4RR4A 1FCVA 2YYTA 2H6RA 2YZRA 3SZ8A 3GDKA 3S5NA 4UNLA 1K8ZA 2ZYFA 4ZQOA 4O19A 4UXDA 2ZRXA 4D2JA 4FNRA 2E5DA 1EP3A 3LHZA 1O95A 1RD5A 1GPWA 1IXQA 1PS9A 1MEIA 2Z1BA 5D2TA 1VS1A 5GVJA 5U7SA 3LCWA 3CQ0A 4QITA 3W9ZA 3IEBA 3RMJA 3NNTA 3W71A 1FXQA 2X1SA 3W7GA 5D05A 3WK2A 2ZTKA 3CT7A 3NQDA 4CCEA 2VFGA 2C19A 1FWNA 3HPZA 3NVTA 1R30A 4YXGA 5D03A 3W07A 2QAFA 3L5LA 4WOZA 4ZL1A 1SW0A 4JDYA 3W88A 3EX2A 3W7HA 5IM51 4Y9AA 5D2YA 1H7OA 2Y7FA 4N6FA 4Z08A 3W7JA 3TFXA 3KOFA 4WUIA 4WD0A 5DBTA 4BK9A 1MZHA 5KZMA 4ZZ9A 1LDCA 4M6PA 1TB3A 1Z42A 1LRTA 2QAPA 5LZLA 1M7PA 1VLWA 4JN6A 1IXOA 4RXFA 3LCGA 3M5YA 3P7YA 2V0TA 1KBJA 3PS7A 3PF3A 1V5XA 1LLZA 3GXTA 1C29A 3NR0A 1WOBA 1KM6A 4X9SA 5G1TA 1N7KA 4CCDA 4DEFA 3W6YA 3NQMA 2Q3OA 3UWZA 1GT8A 2CLEA 3SSJA 1QCWA 4M7SA 4Z1BA 1EP2A 3W1MA 3IIZA 3EXRA 1FQ0A 2UV8G 3L65A 1QWGA 5G2IA 3E12A 4IMDA 2JK2A 1OFAA 4XKYA 3PB0A 3W74A 3S9YA 6TIMA 1S5WA 1GQNA 5DELA 3E96A 4JGDA 4GUHA 3VFLA 4MYXA 3PBVA 2D73A 2QUVA 1ZENA 3EWXA 1DOSA 3TQ0A 1YXDA 3QSRA 5LHFA 2TMDA 1GJPA 3INPA 3UZ5A 1AW5A 1MEWA 4X22A 2ZBTA 3O07A 3M0ZA 4JY8A 1SZEA 1ZAHA 5KITA 3PB2A 3LV5A 1PHQA 3F4WA 2V2CA 3W1PA 4FNSA 3W1AA 1BWLA 2ZFAA 3SY5A 3W7OA 3QC3A 1OX4A 1KFKA 4DXVA 4HPXA 3G1XA 1ZCOA 4JX4A 3PSWA 3A24A 3R89A 3M47A 1MEHA 3OEXA 1DV7A 3W7NA 2YPIA 2BX7A 5KTLA 1F76A 3C6CA 1UASA 4NZFA 3C52A 2NUXA 3N14A 4U28A 3KFTA 3EX3A 3FKKA 1TJPA 2X1UA 4E2BA 4MZ1A 4QJ1A 3STGA 1JCXA 5K2ZA 2CLMA 2ABAA 4XUGA 4PA8A 4BWLC 1DJNA 3W2NA 3S8HA 4MLJA 3O6YX 3Q2DA 3LTSA 1I2RA 1PCWA 3MP5A 1NFBA 1ICPA 4JNMA 3NPWA 3T78A 4POCA 4JY9A 4TMBA 3G0SA 1DJQA 4K8EA 3HG3A 1GVOA 3BGJA 2A7PA 3EX6A 3UWYA 1QPNA 3W7EA 4MKNA 4Q32A 4O4WA 4TIMA 1EA0A 3GKFA 4NNCA 1WYIA 1YPIA 3AJXA 1P5BA 1U83A 1T96A 2WQPA 4Q33A 3L67A 1RPXA 4LT9A 2G97A 2GVGA 4ZQMA 3A22A 3LERA 4LV9A 3BW4A 3N3MA 3TKFA 2A1YA 4O4VA 4NX0A 2RDUA 3HG2A 4IGHA 3FEMA 3UXAA 1KTBA 3MYOA 2GQ9A 2QR6A 3IIXA 2XFWA 4O10A 4FX6M 4O50A 3TK7A 1K02A 4M6QA 1M6JA 1K3UA 4S1FA 3VI2A 1TPEA 2FB2A 5AC6A 3FJLA 4MPQA 1W3NA 4O1BA 4DBDA 3I7RA 5AN7A 5U4NA 1TTIA 2J27A 3QMSA 2ZA2A 1KLYA 4UTTA 3I65A 1MSSA 1V7YA 4GXMA 4EF8A 4JEQA 2Y7DA 3O63A 3PM6A 2DZSA 4PC8A 4UTIA 2ALDA 2V81A 4MJMA 4NNBA 1SO6A 3S1VA 2J9XA 3S5ZA 1EIXA 2FFCA 4IWWA 4LY8A 3GZ3A 2ATSA 2B7PA 3I6RA 5HMSA 4OV9A 1QDSA 1K7XA 1F6KA 3Q94A 2VFEA 3W2JA 3HGRA 5CZ0A 5A5WA 2WOQA 1EP1A 3QPZA 1XBVA 5AFDA 5DCDA 1A5BA 1VYSX 5F2IA 4RX0A 1UUOA 2H90A 1OYAA 2QCLA 3TSMA 3L66A 3NQVA 1QO2A 3M1ZA 4OQVA 3IGUA 2LLEA 3GLCA 3NGJA 4DBEA 3DHFA 4UTJA 5D09A 2OMAA 4JR5A 3MMTA 1VQTA 5LNWA 3N9RA 5CSSA 2YX0A 3HQ1A 4XKYB 2RKXA 4NJIA 1HG3A 1F74A 3SGZA 1R2SA 2CLLA 1A5AA 3A23A 4HSOA 4QAIA 1ZAIA 3R2GA 1NF7A 4ONVA 3P5ZA 4GUIA 1FY6A 4DO6A 4ADTA 3KAOA 2AQWA 4N4PA 1K8XA 1QAPA 4WQ6A 5KZDA 4M5PA 1TYGA 3N73A 4YL2A 4YCPA 2P0OA 5BMXA 2Y85A 1H7XA 2VFIA 1OX4B 4N6EA 3B4UA 4FNTA 1KM1A 3LCXA 4IPIA 3TC7A 2A85A 4UTWA 4QISA 3EWZA 4JTFA 1H7PA 3FIGA 3STFA 3G0XA 1VHCA 3GVGA 2AGKA 2FPVA 3NL6A 3KRUA 2VEIA 4A29A 1VYRA 3CIXA 4MUZA 3W70A 4I9AA 1O5KA 4N4QA 4OHQA 4N2YA 1JVNA 3W1LA 4JS3A 3S1XA 2A7RA 1FDZA 2O7SA 3IIOA 3NO5A 2H8XA 1TPC1 1G4PA 3OHIA 1DVJA 3W85A 1VCFA 3O16A 3TE9A 1W37A 1JCLA 5G5IA 4AF0A 2V2HA 3EEGA 1T0OA 2RHGA 3HGOA 3RLVA 3NQCA 3M7WA 3I7QA 4LNYA 3V1PA 3I68A 3ZR4A 3IGSA 3DH7A 1Z48A 4DF2A 4OBTA 1FBAA 2XN1A 3L0NA 3HOJA 3HPXA 3S0CA 1M5WA 1O4UA 1KTNA 2TSYA 1F6PA 2GOUA 3IIVA 3P80A 2Y6ZA 4LWWA 3P8JA 1QO5A 2VKZG 3RNDA 4JTLA 2QCCA 1G4TA 5D33A 1ML1A 1JCNA 4LVDA 4ZVJA 2VELA 5DCEA 5AHLA 4FNPA 3TW7A 1NSJA 1EWEA 3MBDA 1GEQA 1XBYA 2CZEA 3EKZA 3QW3A 2EHHA 3E0IA 4O17A 2YXGA 1Z41A 4GE8A 4HT3A 3DI1A 1XC4A 1DBTA 3B06A 4MFDA 1TPWA 2HTMA 3LCIA 5AYZA 1WXJA 1NVMA 4QQ3A 4B5NA 3QMRA 2Y62A 4NX5A 2J9ZA 3GR7A 2WNQA 1LYXA 1E51A 3G1FA 4UTMA 1FCQA 1H7NA 1H60A 4M6VA 2FIQA 3L5AA 4JYDA 1TQXA 1YDNA 4RZ5A 4GFSA 2WV8A 2QCMA 5EKYA 4DF1A 4RK8A 3A5FA 1BWKA 2CLOA 4O52A 2VFFA 1JR1A 3W2MA 5AC8A 5TQLA 3NZ1A 3W7PA 4IQLA 3KRZA 3L2IA 2G5WA 4IPJA 4DO5A 4W9TA 3DAQA 3Q37A 1X1OA 3N19B 5FEPA 1LBMA 3NQ7A 4Z1CA 3SIZA 3LRMA 2NX3A 3P5YA 4FNQA 4ZQNA 1I2QA 3AO0A 1QPQA 2JBMA 3JRKA 3TXVA 2I1OA 4OU1A 3FYOA 1JJKA 1XFBA 4NJKA 4AHOA 1WBJA 3UD6A 4QNEA 4IOTA 3LM7A 1RQHA 1WV2A 3KVLA 2E09A 3CU2A 3MHGA 3NL2A 4XWUA 1Q3NA 4O11A 4IMCA 5D30A 4YWIA 3M43A 3ZFHA 2DJLA 4LVGA 5K4XA 2F84A 1S5TA 1F73A 3H54A 3VCRA 1JRBA 5FEXA 1A5CA 3W7MA 1XDMA 3PVFA 3WJSA 4JXCA 3LOTA 3PBWA 3S42A 4Y90A 3B05A 3IGXA 1G7UA 3P8IA 2GPTA 3NG3A 3MP4A 4IXXA 4UTTC 1H5YA 2JGQA 2Y61A 3IIPA 3L21A 4LC6A 1TJRA 1YYAA 1I8JA 3W2UA 4FEZA 4JTIA 4ORMA 2QCEA 2A0NA 1F2JA 3TUUA 4DPQA 1KTCA 2Q3RA 2E5BA 4JTUA 3RU6A 1R46A 1F7BA 1LZOA 3QW4B 1TCDA 3EWWA 4S2BA 1Q6RA 2Y7GA 3UNDA 4ADUA 3F4NA 2RDTA 3C2FA 1SO4A 4KKXA 4JX5A 3QH2A 3JS3A 4HHPA 2BWGA 3QMTA 4MJZA 2VFDA 3OA3A 1KV8A 3DFPA 1TPH1 4YLWA 3KXQA 2TYSA 2ZRWA 4K7YA 3TV8A 3TNOA 3CB8A 1IIGA 2E68A 1LTDA 1B4KA 3L68A 3A21A 4L4MA 4AF0B 3QYQA 3ANYA 2NUYA 2NUWA 3N2MA 5FEWA 1MO0A 3A5VA 3RF9A 2F7FA 1P1XA 4K39A 3W72A 3WFAA 4ZQPA 3C3NA 1YTEA 1SO5A 3PUDA 3GDLA 3C2RA 3THQA 2ZZ6A 1W0MA 3N9SA 3DZ1A 2Y89A 2OT0A 1KFEA 2XN2A 3L0KA 4UFJA 1L6WA 3P82A 3W7RA 1BKSA 4NQ1A 1CW2A 5E1QA 4RKAA 1VZWA 4XZ9A 4TX9A 1JULA 2V5BA 4WY0B 3N34A 5BRBA 4PL1A 1TV8A 3GNNA 3L0GA 4O1DA 1VGAA 3LHUA 4HNUA 3MJYA 1FCUA 2ZZ4A 4J9JA 1KLZA 3NPUA 3LCHA 5C2XA 5DY2A 2C13A 4KWWA 4EWND 2YW3A 1AG1O 1YXYA 4RV8A 3E49A 4PEKA 1EPXA 2J24A 4UTHA 1TV5A 3YPIA 2I14A 1YXCA 2A21A 2ZZ3A 4GUGA 2A6NA 2P10A 4H6KA 3TW6A 3EXSA 3IV3A 1JUBA 3DBPA 2H8ZA 1OYBA 3CEUA 3TR2A 3TJXA 2QJGA 3JR2A 4HNTA 3ABOA 4RZ4A 1EUNA 1W3IA 5K9DA 4UR7A 3G8EA 4LS2A 3GYEA 4KFOA 3BLIA 3QJAA 2WPBA 2KZHA 1IF2A 1WA3A 5F2MA 1J4EA 1RV8A 4N02A 5KZEA 2ZQ0A 3NA8A 3IVUA 5LKYA 4R7JA 4NJJA 3G1SA 2G96A 5HR7A 3W1RA 2A2IA 4HIBA 2GJLA 3B0VC 1W56A 4BI7A 3I7SA 1GWJA 2OT1A 3O6DA 5CGQA 4K8HA 3CWOX 3N2XA 3DXIA 1H1YA 3NOEA 4Z1AA 5G4WA 5LHEA 1D3HA 3CHVA 2W79A 1GOXA 2JGYA 4FO4A 2C14A 5D04C 1UBSA 3NAVA 4S2CA 1OF6A 3SR7A 2V5LA 2FLIA 4A21A 4JIPA 1R47A 3G8RA 4UIOA 1HFBA 2JKAA 1PVNA 3QM3A 2Z2UA 5HR6A 3P84A 5F2LA 4LRTA 2ZRVA 3GX9A 4LVAA 2WJZA 2NV2A 4DPPA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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