1ODZA

Expansion of the glycosynthase repertoire to produce defined manno-oligosaccharides
Total Genus 146
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
146
sequence length
381
structure length
379
Chain Sequence
VKPVTVKLVDSQATMETRSLFAFMQEQRRHSIMFGHQHETTQGLTITRTDGTQSDTFNAVGDFAAVYGWDTLSIVAPKAEGDIVAQVKKAYARGGIITVSSHFDNPKTDTQKGVWPVGTSWDQTPAVVDSLPGGAYNPVLNGYLDQVAEWANNLKDEQGRLIPVIFRLYHENTGSWFWWGDKQSTPEQYKQLFRYSVEYLRDVKGVRNFLYAYSPNNFWDVTEANYLERYPGDEWVDVLGFDTYGPVADNADWFRNVVANAALVARMAEARGKIPVISGIGIRAPDIEAGLYDNQWYRKLISGLKADPDAREIAFLLVWRNAPQGVPGGTQVPHYWVPANRPENINNGTLEDFQAFYADEFTAFNRDIEQVYQRPTLIV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Expansion of the Glycosynthase Repertoire to Produce Defined Manno-Oligosaccharides
pubmed doi rcsb
molecule keywords Mannan endo-1,4-beta-mannosidase
molecule tags Hydrolase
source organism Cellvibrio japonicus
total genus 146
structure length 379
sequence length 381
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.78: Mannan endo-1,4-beta-mannosidase.
pdb deposition date 2003-03-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02156 Glyco_hydro_26 Glycosyl hydrolase family 26
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 1odzA00
3WDJA 2ZXAA 2YOCA 2WBKA 2W61A 1KB3A 4Z2LA 4HU0A 3N9KA 1FP9A 2G8ZA 1UZ1A 1CXHA 2DEPA 4AIUA 3SCWA 2Y24A 7CGTA 3F5JA 2VCCA 4ZE5A 1UOKA 2Y5EA 3SUTA 1TZ7A 3QHMA 4UQCA 1NM9A 4B9YA 4QAWA 1R7AA 4Z2JA 4L4PA 1B9ZA 2VT0A 4MDPA 4AZ6A 3T0AA 1CZ1A 3W37A 2CHOA 1LG2A 3A4XA 5BXTA 2GFTA 3L4WA 1BG9A 4M29A 2VRKA 5AC5A 3K1DA 2QPUA 1ZBVA 3WN6A 1JAEA 1M01A 4PTVA 1Q6FA 2QPSA 5ABGA 3PZOA 2CIPA 4QP0A 3LPOA 1EO7A 3PTMA 1JNDA 1AQHA 4WIWA 2XWEA 1VJZA 3F5LA 1MW1A 1HJVA 2ZXQA 2NSXA 1TE1A 2WK2A 3UG3A 1N82A 2RGLA 4AEFA 4XV0A 4V2XA 3VD3A 1MFVA 3K4AA 1KQZA 3WD1A 3ZT5A 1UR4A 3CHDA 2YDQA 2WMFA 4Q22A 4LPCA 3WBEA 2EJ1A 3MSDA 4D6FA 5C70A 3KL5A 3WQ8A 1MYRA 2DSVA 3CUGA 1H49A 2O92A 1QI4A 1QNSA 2PF0A 3BAKA 3FW6A 1KWGA 1JZ7A 3W6LA 1LWHA 1MFUA 2VX4A 1IZJA 5A1AA 5HBFA 1JDAA 4YHGA 1DEDA 1D3CA 4AC1X 2CKRA 3W53A 1B1YA 2BHYA 2CESA 1CLVA 3UG4A 3I3EA 1UKPA 4GZJA 6CGTA 5HDRA 2YLAA 5BROA 4ACZB 4W8BA 3GNOA 3WD3A 2J8FA 4GZEA 4F8XA 4OOUA 1TCMA 3CZEA 1E3ZA 1UYQA 3VIMA 2WMKA 5A8OA 1VB9A 3RPMA 5BRQA 1ZBCA 1V3MA 1PZ3A 1US2A 4M80A 2WMGA 4UCFA 2A3EA 5IDIA 1VBUA 1E4LA 4ACYA 3VIIA 3GH4A 3QR3A 1J18A 3U5YA 4TVCA 3ZR6A 2ZUVA 2DT3A 1HXJA 4OUEA 3VGDA 4HOXA 4JCLA 3WF2A 1NP0A 3MANA 3WNOA 3WQ5A 1PIGA 3O6AA 3SCSA 3VX1A 5ABHA 1JXJA 1HKMA 1QI2A 3UEQA 3N12A 1HVQA 4M56A 4N42A 1J9YA 1RP9A 4EANA 1UWUA 4AIEA 1UKOA 2VX5A 5A8NA 3HMCA 1VRXA 3BAXA 3WQ4A 2ZOXA 3W6MA 3CUHA 3A4AA 3WBAA 3VIKA 4AWEA 1I1WA 4PMDA 1X6LA 4JFSA 4NRRA 2Z1KA 1JGIA 1H5VA 2W5FA 2WC7A 3G6MA 1GVYA 1VEOA 1E6RA 4D1IA 3GZAA 4RE4A 2GK1B 3WDQA 4J3WA 3CHCA 1E0VA 3CZ8A 4M1RA 4U2ZA 1LWJA 4R5EA 2WLYA 1CGTA 2VQTA 2B31A 1CNVA 1DHKA 5DT7A 4M8UA 5CXPA 1AQ0A 1HNYA 4XUYA 1DWAM 1LQ0A 3AIRA 3AS0A 4A3HA 4QLLA 4U5KA 3BC9A 2WHMA 4H8HA 2QLYA 3AYSA 1TMQA 3OBAA 1GOQA 2PWEA 1V03A 3UCQA 4GO9A 1UR2A 2WAGA 2WZEA 2VZVA 1B3XA 3TONA 2XFYA 1PX4A 1IZKA 1YHTA 2VX6A 4H04A 3ZOAA 1G9HA 4H7VA 1LL6A 1JF5A 5EMYA 1BSIA 1Q6EA 3RJYA 1W9BM 2IUZA 2JEPA 3PZUA 4KMQA 5TD4A 1K9TA 1HKIA 2E9MA 4M81A 4ZEPA 5JIPA 1E43A 1EOMA 2FDMA 3M6DA 2CITA 4Q7NA 3VX0A 2G3IA 3OG2A 2XFRA 2J7FA 1YQ2A 4RE2A 1CXKA 1W3KA 3PN8A 1VF8A 3ALGA 1AQMA 3AI0A 3WH9A 2JF7A 4UFJA 3FNDA 1WNOA 4UFIA 1Y7VA 3W38A 2WHLA 1XYZA 2PI6A 1OCQA 3AHTA 3OZPA 4AMCA 1JD7A 1U33A 1C93A 1ODZA 5A6LA 3WUBA 3LMYA 4D6JA 4UNIA 5CPSA 1CGUA 4D72A 4C7FA 1SMDA 3WH8A 3K8LA 4B16A 1CYGA 1ISVA 3UETA 4P8WA 2JFEX 1HKKA 3RDKA 3MUY1 1GCYA 3WY1A 4FLQA 3EDDA 1QNPA 1GOOA 1R85A 3GTNA 1DP0A 1PAMA 1JF6A 3MUAA 4HMCA 4UZSA 3RMEA 4D71A 1M03A 2OSXA 1E5JA 3AIQA 4W84A 1E6PA 2WKGA 1UQZA 3F5KA 2WWCA 3TP4A 2WSKA 3AJ7A 3B9AA 3VU2A 1KFWA 1DWHM 1E70M 1FA2A 4AZ5A 1V3JA 1B3VA 1ZB5A 4P7RA 1DWGM 4WKFA 5D9PA 2YL6A 4DWSC 2E0PA 2CETA 3SUVA 3BMVA 3WH7A 2VO5A 3WF0A 3N04A 1BQCA 1W3JA 1CXFA 1UKSA 3WUGA 1W91A 2JF6A 2UWFA 1K9DA 1OWQA 5A8MA 1CGVA 5GQBA 5ECUA 2XGBA 1JZ5A 1MXGA 1B30A 4MNKA 4F9JA 4AD3A 4CUCA 5FL1A 5M03A 3A47A 3AS2A 1QHZA 3MKKA 1BVNP 5DO8A 3WF1A 1Q4NX 3EMQA 9CGTA 4WSKA 4BQ5A 2GUYA 3ARSA 3AMDA 3NSXA 1W9UA 2XSBA 3M46A 1VFOA 2DH2A 2CBJA 1VJSA 2WHKA 1JZ2A 3ARVA 4UQDA 1RP8A 1W2VA 1BLIA 3HU7A 4MB4A 4MNJA 3QOMA 4NI3A 1CXIA 4OBRA 1V08A 3DYOA 3N15A 4WKHA 2CBUA 3AXXA 2QHAA 2GJXA 5KEZA 2UY2A 3VGEA 1Q6GA 3EBVA 4ZXLA 1E1EA 1GW1A 2A3AA 3L2LA 1WCGA 4JKKA 1UD6A 1RD6A 1QPKA 4JL1A 3SCVA 1UD4A 2VX7A 1GQIA 3TTOA 4BA0A 5AC4A 4D6CA 3NCOA 1H09A 4MTVA 5I78A 3RM8A 2ESCA 2VOTA 4HA1A 4JFUA 3GXDA 4GQQA 1JFXA 1XCXA 1WB0A 1ZBKA 1OM0A 1NOWA 2GVYA 4KRUA 3E1F1 3CMGA 1UH4A 5A2AA 4B3LA 1DWIM 4PMYA 3WNMA 1ZJBA 5LA1A 4L4OA 4PSPA 4CKQA 4LX4A 1KCLA 1W1VA 3W27A 1H4PA 1BF2A 1O6IA 1PX3A 4GPNA 5D9MA 1JD9A 3AIVA 3SCUA 4UFLA 1KQYA 3I3DA 1W32A 2G3MA 3GH5A 4YPJA 1HN1A 4QLKA 3PHAA 4J28A 1BYBA 2D22A 2J75A 5JIWA 3NYDA 3L4UA 4M82A 2VR4A 1ZS2A 2OYMA 3WEMA 1DWJM 3DC0A 2VCAA 4HP5A 3ZT6A 4ZFMA 4W93A 4U2YA 1C91A 2WW5A 1W9DM 4FLSA 4S3JA 3BH4A 3OIHA 3S2CA 2WANA 1C7TA 4JCMA 1HP4A 1MW2A 4CGTA 1LL7A 3PZTA 5ABFA 4OBSA 5LYRA 1CGXA 2DSWA 1EIBA 4FK9A 1FFQA 2W63A 1CBGA 1NWUA 4OKDA 1G0CA 1LLOA 4KGLA 5E70A 3WDHA 2CPUA 5LA2A 3ZJKA 2J4GA 3NSNA 3AXHA 2OWWA 4JAWA 2Y8KA 1EQPA 2BY0A 1SMAA 1OT2A 3DYPA 3VOCA 1NARA 1E6ZA 2ZX9A 1J01A 4HA3A 3CUIA 3WNLA 1XSJA 1E6SM 2CCRA 1JL8A 4JFVA 1V02A 4DM1A 2ZUSA 1BPLB 1MVYA 1UA3A 2A3BA 2DDXA 3M7SA 2OYLA 4W8AA 1E6NA 1UH2A 1HT6A 5FIPA 4D6IA 3WD2A 4PUEA 3AROA 3CZKA 1WZAA 7TAAA 2UY4A 3RO8A 1ITCA 1W3LA 5I6SA 1E0XA 3VDCA 2VZUA 5A2CA 4Z2IA 3CZGA 1PBGA 4WLCA 1X6NA 1ISXA 1FHDA 5A6SA 1R7OA 3MUZ1 2EPMX 1WKYA 1D7FA 2EXOA 2VVSA 3ZQ9A 4OIFA 4U5IA 3THDA 3PZMA 3VDAA 1KR0A 1QW9A 3VINA 1V3KA 4N0RA 4B9ZA 4LYRA 1UWIA 2YBUA 5I79A 1XCWA 3WH5A 3DECA 1HJSA 1MQPA 4HMEA 1QI0A 4U3AA 4H2CA 5DMYA 2YL8A 4JFTA 2DQXA 3WENA 3IK2A 3AHYA 4GQRA 1Z32X 2J47A 1UUQA 1J0KA 2D1ZA 4PMQA 3BCDA 2C7FA 1BGAA 1PJ9A 1WZKA 2FH6A 3BAWA 2WBGA 3VVGA 1EO5A 4AZCA 3MMUA 3U7VA 2YBTA 3N17A 2AMGA 3ARRA 2ZUUA 4J3XA 5CGTA 1E73M 2XJ7A 2X09A 3VMPA 2FH8A 4B3KA 2E8ZA 1V0KA 1J0IA 1UD8A 1ZBWA 4DM2A 3AIWA 3B9DA 2D3NA 4CD4A 1XH1A 5DEZA 1V3IA 3QHNA 1LF1A 1US3A 3W0KA 3WQVA 2ZUMA 1UWRA 2V5CA 2CKSA 4UQBA 1OT1A 2BXZA 3K46A 4C7DA 5A3HA 3KEHA 3AIUA 1V0NA 3D5HA 3WDPP 3VNZA 1KR1A 2GJXB 4J3VA 4PYSA 3BLPX 3CTTA 4AD1A 4PUDA 4Y7EA 5M3WA 1MQQA 2XYLA 4E8CA 1B2YA 3W4RA 1V3LA 5D4YA 5A6BD 1KGWA 4U31A 1VEMA 2DH3A 5DT5A 1QVBA 2EPNA 1VFMA 1FH7A 2HISA 3PZNA 1C3FA 1W1TA 2BVDA 2NW0A 2IXVA 1GPFA 5EFDA 3PBGA 1JZ3A 2HVMA 5FOOA 4J3SA 4AZBA 3VD7A 1CDGA 2FGLA 5I77A 1UZ4A 3VGFA 2PWHA 3A6OA 3B9EA 2PWGA 1TR1A 2AAAA 3OLIA 4AY1A 2XVGA 2J79A 3J7HA 4TXEA 4GI6A 3WD4A 3KL3A 5A95A 4AD5A 4ATWA 2ZICA 1F4HA 3UERA 2V3DA 1KXTA 1UWQA 4CN1A 3AMKA 4EE9A 3K8KA 2F8QA 3AICA 4AYSA 1K9EA 3PTQA 3BGAA 3EDJA 3POHA 3AHXA 4ATLA 3EDFA 5DF0A 5E09A 4HTYA 1UR0A 2Q8XA 4IPLA 4W7VA 1CGYA 1E9LA 4AD4A 1VFFA 3APGA 1PPIA 2YDSA 1E6XM 5E0FA 4V28A 3AMCA 4PMVA 3W28A 3QHOA 5A6KA 3LPGA 8CGTA 2WWDA 2X0YA 3N11A 4IISA 2E8YA 3MUIA 3T2QA 4LYPA 3SUUA 4PEEA 4TTUA 3VGGA 2EQDA 3WUEA 4CVUA 4H41A 1C8XA 2JIEA 4FLOA 1I1XA 3HJEA 2J77A 5D8WA 3EDEA 1GOMA 5JUVA 2CEQA 1HX0A 2WMJA 4TX6A 4CU8A 5I0DA 1E72M 3AQUA 2EPKX 2XPKA 1E55A 4BZYA 3MMWA 1NWSA 3T08A 1V3HA 5EFFA 5M17A 3MU7A 5AYBA 1J12A 5FCZA 2ZX8A 5CGMA 2QF8A 1B31A 3MV01 3I3BA 4HA4A 2WLZA 4GXPA 2PBGA 2YIHA 1GQKA 1XYFA 4D1JA 3TA9A 2D3LA 5IFTA 1FH8A 2DPEA 1X1NA 5E0CA 1UA7A 1JXKA 3MO4A 5CSYA 1V0LA 3U7BA 2ZWZA 1UWTA 3PTKA 3VNYA 2XVNA 4CVWA 4ATDA 5FKYA 1E0WA 4IM4A 1EH9A 5AY7A 1WZLA 5BRPA 2RGMA 2XHYA 5EB8A 1CECA 2G3NA 4MJ4A 4NRSA 3WELA 2VVNA 5A2BA 2XVKA 5A6AA 2J74A 3CUFA 5KZ6A 1EDTA 3WH6A 1BG4A 1OD8A 2AOSA 3AZRA 2WPGA 3AS3A 3ARPA 2WHJA 3KZSA 3MMDA 3AIBA 4MB1A 3WNPA 1VENA 3IJ8A 1JZ6A 1EXPA 1HJQA 1JNEA 3WD0A 1Q6CA 2BS9A 3ARXA 2E4TA 1BHGA 1BGGA 1UH3A 4CU7A 1W9VA 2WKLA 3AMGA 1UD3A 1U2YA 3CO4A 2WCAA 1E40A 1L0PA 4W85A 4CU6A 4W88A 3O9NA 1NOFA 4WSJA 2NT0A 2WVSA 1ECEA 3CBWA 2VZOA 2D2OA 5CZKA 4AZCB 4D6HA 3K4DA 2O9RA 2GJPA 3OLEA 3NDZA 1GVIA 5A8QA 1UR1A 3ZM8A 1WAWA 3BAYA 5EBAA 4CN6A 1NQ6A 3BXWA 4HPHA 2D23A 4PMXA 1QI3A 1W9PA 2VJXA 1E15A 2V3GA 4BS0A 2EPOA 5D9NA 4U33A 1OD0A 3K8MA 2GSJA 4FF5A 4CD6A 4ZENA 4DUXA 3NUKA 4BQ4A 2J7EA 1C90A 4OOZA 4IUGA 1LJYA 3KL0A 4NF7A 4U3CA 5E6ZA 3ARTA 3II1A 4C7GA 4ZE4A 2Y8VA 2CERA 1W1YA 3OA5A 3ARYA 3BLKA 3CMJA 3VILA 4QLJA 3KWXA 1JZ8A 2PWDA 1E71M 4PCSA 1V02E 1QOXA 4V27A 2V3FA 4LQ1A 2WVTA 3W29A 2WMIA 3VIPA 2JE8A 4A3YA 3L2MA 1GONA 1GOKA 4NZCA 1AVAA 1KXHA 4AZ7A 1JAKA 3L4YA 2UY3A 4BQ2A 3NIYA 5A69A 4UOQA 3CPUA 5HNNA 1SR0A 5FL0A 3WNKA 3ZO9A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3WDJ A;  2ZXA A;  2YOC A;  2WBK A;  2W61 A;  1KB3 A;  4Z2L A;  4HU0 A;  3N9K A;  1FP9 A;  2G8Z A;  1UZ1 A;  1CXH A;  2DEP A;  4AIU A;  3SCW A;  2Y24 A;  7CGT A;  3F5J A;  2VCC A;  4ZE5 A;  1UOK A;  2Y5E A;  3SUT A;  1TZ7 A;  3QHM A;  4UQC A;  1NM9 A;  4B9Y A;  4QAW A;  1R7A A;  4Z2J A;  4L4P A;  1B9Z A;  2VT0 A;  4MDP A;  4AZ6 A;  3T0A A;  1CZ1 A;  3W37 A;  2CHO A;  1LG2 A;  3A4X A;  5BXT A;  2GFT A;  3L4W A;  1BG9 A;  4M29 A;  2VRK A;  5AC5 A;  3K1D A;  2QPU A;  1ZBV A;  3WN6 A;  1JAE A;  1M01 A;  4PTV A;  1Q6F A;  2QPS A;  5ABG A;  3PZO A;  2CIP A;  4QP0 A;  3LPO A;  1EO7 A;  3PTM A;  1JND A;  1AQH A;  4WIW A;  2XWE A;  1VJZ A;  3F5L A;  1MW1 A;  1HJV A;  2ZXQ A;  2NSX A;  1TE1 A;  2WK2 A;  3UG3 A;  1N82 A;  2RGL A;  4AEF A;  4XV0 A;  4V2X A;  3VD3 A;  1MFV A;  3K4A A;  1KQZ A;  3WD1 A;  3ZT5 A;  1UR4 A;  3CHD A;  2YDQ A;  2WMF A;  4Q22 A;  4LPC A;  3WBE A;  2EJ1 A;  3MSD A;  4D6F A;  5C70 A;  3KL5 A;  3WQ8 A;  1MYR A;  2DSV A;  3CUG A;  1H49 A;  2O92 A;  1QI4 A;  1QNS A;  2PF0 A;  3BAK A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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