1OF8A

Double complex of the tyrosine sensitive dahp synthase from s. cerevisiae with co2+, pep and the e4p analogoue g3p
Total Genus 132
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
132
sequence length
346
structure length
339
Chain Sequence
VRILGYDPLASPALLQVQIPATPTSLETAKRGRREAIDIITGKDDRVLVIVGPCSIHDLEAAQEYALRLKKLSDELKGDLSIIMRAYLEKPRTTVGWKGLINDPDVNNTFNINKGLQSARQLFVNLTNIGLPIGSEMLDTISPQYLADLVSFGAIGARTTESQLHRELASGLSFPVGFKNGTDGTLNVAVDACQAAAHSHHFMGVTKHGVAAITTTKGNEHCFVILRGGKKGTNYDAKSVAEAKAQLPAGSNGLMIDYSHGNSNKDFRNQPKVNDVVCEQIANGENAITGVMIESNINEGNQGILKYGVSITDACIGWETTEDVLRKLAAAVRQRREVN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase
source organism Saccharomyces cerevisiae
publication title Substrate and Metal Complexes of 3-Deoxy-D-Arabino-Heptulosonate-7-Phosphate Synthase from Saccharomyces Cerevisiae Provide New Insights Into the Catalytic Mechanism
pubmed doi rcsb
molecule keywords PHOSPHO-2-DEHYDRO-3-DEOXYHEPTONATE ALDOLASE, TYROSINE-INHIBI
total genus 132
structure length 339
sequence length 346
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.5.1.54: 3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase.
pdb deposition date 2003-04-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00793 DAHP_synth_1 DAHP synthetase I family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1of8A00
3NQAA 1H62A 3BG3A 2QJHA 1KW1A 1R2SA 2CW6A 2YPIA 3LRLA 3C52A 4BFAA 3P74A 3LCIA 2YW3A 4O1DA 2B4GA 3C2FA 3GXTA 4LS1A 4U28A 3HF3A 4ZL1A 3W7DA 2ALDA 1XL9A 3T78A 3W7NA 5AOUA 3VFLA 6TIMA 2E68A 2WPBA 1EB3A 1LTDA 3GK0A 1RZMA 3A24A 2A6NA 3NQ7A 2X1RA 4Q32A 2CLFA 3CQ0A 3N2MA 2RDTA 4MY1A 4IPJA 4AH7A 1SO6A 2NUYA 3P67A 3O1NA 1OJXA 1AW2A 3FA5A 1DQXA 2OCZA 4KKXA 1QO2A 1LDCA 2YXGA 3C56A 3GAYA 3NQMA 3NO5A 2CZDA 4GWEA 5D37A 1PCKA 1TPDA 1SZFA 2BXVA 2CZEA 1SSGA 3BARA 4XBSA 3LTPA 5DCBA 5C6MA 1H1ZA 1O94A 4YCOA 3EX3A 3KVJA 3W2NA 1K02A 1KLZA 3G8RA 3L0NA 3NPVA 4Y6GA 2J88A 3G3MA 3N73A 4MPQA 3W1UA 5I3IA 4CNPA 4A21A 4IGHA 1LRTA 1R47A 1UB3A 3O15A 3S1XA 3W7MA 4DELA 5FESA 1UJPA 2TMDA 4FX8A 1EA0A 1RPXA 1ZY9A 2YR1A 2I1OA 5KSWA 4E38A 4N9CA 1YPFA 3C3NA 2QUTA 4BWLC 2QR6A 3LCFA 5CPNA 1OK4A 2OT0A 1KM3A 3MO7A 1B3OA 2ZA1A 1H1YA 2EHHA 2XN2A 1DKWA 3W83A 5LNVA 2YYUA 1Q6RA 1BTMA 2BSLA 3MHUA 4B5NA 4WJEA 4JTHA 3O63A 2VFEA 4LU0A 4UTWC 3W7HA 5D09A 2HMCA 1O4UA 3LV6A 3S5NA 4M7SA 1KLYA 4IPIA 5FF7A 1LRQA 4NXKA 1FCBA 3N14A 2ZBTA 5EY5A 3BG9A 2VXNA 2J9ZA 2FFCA 3W76A 3NQ2A 1QPNA 3UWZA 3E0IA 3SJ3A 2CU0A 2WKJA 2GJLA 2QF7A 3UYCA 2EAWA 4K37A 2LLEA 1GG1A 1GEQA 4M6VA 3E12A 3UWVA 1XUZA 4MOZA 1GWJA 4RKAA 4EF9A 3PWAA 1NVMA 3W7EA 4J9JA 1CI1A 4I7UA 5EBUA 1LOSA 3TMQA 2F7FA 1FCVA 3LHYA 2A5HA 1H7WA 2G95A 3MYPA 1H7NA 4ZMGA 3CM4A 4W9TA 4JIQA 3W1MA 3C2EA 1VGAA 1QFEA 1MXSA 3ZWTA 5AC8A 2CZFA 4FIRA 4AF0B 3STGA 3LHUA 3UQNA 1W31A 3HGJA 4HHPA 2H6RA 4QNWA 1SFLA 3UWQA 2DZVA 4CCEA 3M16A 3BW2A 2CFFA 2WOQA 4O0ZA 4CCCA 3F4NA 3STCA 3W7IA 3I7SA 4M7TA 3B06A 5HMSA 3G22A 1XFBA 4PODA 4QIUA 1J5TA 3LRKA 4UFLA 1K7FA 3QMTA 1OYBA 3IIXA 4O16A 4N4QA 1ICSA 1NF7A 1XKYA 1G4TA 1TPH1 4GFSA 1X7FA 2ATMA 3U8GA 1V7YA 3T4CA 1XXXA 1TPVA 4G1KA 3JR2A 3O07A 3L5AA 1TV8A 3PSVA 3LDVA 3LM7A 1PCWA 2I14A 3NR0A 3W1RA 1TO3A 5I3JA 4Q33A 5GVJA 4BR1A 4PL1A 1VCGA 3LRMA 4S2BA 2A7PA 2C13A 3DBPA 4NJJA 1VJIA 4ADUA 3EKLA 3TFCA 4NUWA 3W7OA 3G18A 3WK3A 1H5YA 3L67A 5K4XA 3B8DA 3CWNA 1NAL1 3OBKA 2Y70A 3KFTA 3H55A 3S6DA 1LOQA 3A5FA 1QOQA 3O06A 3W1AA 3Q58A 3M1ZA 1YDVA 2PRHA 4Q4KA 2ZZ6A 5AHFA 4WXZA 2YZRA 5E93A 3QC3A 4FF7A 3BW4A 3ABQA 5CPMA 3DI1A 3W84A 2A7NA 1YXYA 4M6QA 4UTMA 5F4SA 3BPWA 3CTLA 2ZDRA 5FF2A 4Z1BA 2Y7FA 3L5MA 3BGJA 5K3VA 1EUAA 1F73A 3MI3A 3NQDA 5E0KA 4ZQOA 4RCXA 4GXMA 4LNYA 3R12A 3LCLA 2E6YA 3KRZA 4CQ8A 4OWGA 4N6EA 3R5EA 3GDMA 1G69A 1Z42A 3CWOX 3L21A 1AL8A 1IXPA 2JKPA 3TC7A 3S0CA 1H7PA 1YXCA 4O52A 4I7WA 2ZRWA 2ZRUA 1J2WA 2I9EA 1VYPX 2ISVA 3W7GA 3SW6A 4OT7A 2C6QA 4LVGA 3NEVA 1OF8A 1OX5A 3M5ZA 3TR2A 1P5BA 2FJKA 3OEXA 2OX1A 1JCJA 3MBFA 1XCFA 3S9YA 4Y96A 4LTSA 2P10A 4Y8FA 5F1VA 2ZZ3A 1JUBA 1UBSA 2NXGA 3G1YA 4CNOA 1V5XA 4N02A 2TYSA 3RF9A 3HMJG 4EOUA 5CSSA 4I7VA 3HQ1A 3WK1A 3EWBX 2VEIA 2RDUA 3MUXA 2BTMA 3NQEA 4HT3A 2G97A 4GBUA 3T7VA 4YL2A 1VYRA 4OV9A 3NPUA 3FFSA 3PY2A 1YYAA 1W3TA 2WO5A 3HPZA 2Y85A 1JCLA 3DENA 1S3HA 3CIXA 5DY2A 3OHIA 3RLUA 3PSWA 2VEMA 2OJPA 4MFDA 1W5NA 1OHLA 4JICA 1VZWA 3R89A 5DELA 4JYEA 5CZTA 3H54A 3EXTA 4K7VA 5F2IA 1KM4A 2ZRYA 1YTEA 3TE9A 2Q3RA 5KZDA 3IIZA 3M6YA 4LC8A 3KOFA 3EWYA 1WA3A 3KHJA 3Q94A 4MZYA 3W7QA 4KWVA 3FKKA 3P81A 5H91A 1JRBA 3O05A 4RX0A 5K7JA 4TU1A 1VLWA 1SW7A 4S2CA 2QJGA 3M5YA 3QQ0A 3TXVA 4AEOA 1VH7A 3SIZA 4IX2A 4UTHA 3W88A 3RNDA 4LY8A 1AG1O 1EX5A 4TO8A 5A5WA 4AMAA 1FCUA 1GVQA 2FQIA 3TW6A 4JD4A 1ME8A 2QCHA 4N2YA 3TC6A 1Q3NA 2ZTKA 3WJZA 3TSMA 1UUOA 3IGUA 3NGJA 4O4VA 5LNWA 4X3ZA 3PBWA 4JTTA 4A29A 3HIJA 3LGEA 1OFRA 3FYOA 3B03A 4OHQA 1QNVA 2ZZ4A 3C6CA 5IBXC 4POCA 4EWND 4DF2A 2NXHA 3TH6A 2WNZA 3EX6A 3LTYA 4HSOA 1XBYA 4DF0A 1QPQA 3LV5A 1LM1A 2DU2A 1Y0EA 3TA6A 4WY0A 2R94A 3N9RA 3W1QA 4JTEA 3N34A 1A5CA 1SUXA 5F4XA 4RZ4A 4O11A 1TREA 3W73A 3R8RA 2NWRA 3P8JA 4NNAA 2DZUA 4K6AA 1W8SA 3DFQA 3HJZA 3PBYA 4O1CA 2C0AA 3C61A 4NJIA 1N7KA 4JTSA 1WQ5A 4Z08A 2WNQA 4Z0SA 3W2LA 1I2NA 3TQ0A 2Z0IA 5MHBA 4MY8A 2DZXA 4KFPA 1L6YA 5AHLA 2GVJA 4JY9A 3TAKA 1XUUA 2BX7A 4XUGA 2JKEA 3EWWA 2VFFA 2J9YA 3O6DA 5EMUA 4IWWA 3WK0A 4Z1DA 3KX6A 4UXDA 2VFDA 1KTBA 3G0XA 4N9DA 1T0OA 3H53A 2GPTA 2W79A 3W85A 3PG8A 4XTIA 2D73A 1O5KA 3EX2A 3S1UA 3UWYA 4CQ9A 4OU1A 3W72A 3LBMA 2Y7EA 3W71A 1NEYA 3LCGA 3STFA 3W2JA 3PBUA 1YXDA 1KFCA 2VKZG 4ML9A 2QCFA 4NJKA 1ZFJA 1SO3A 4EVZA 5FEZA 3G1XA 3P82A 1Q6LA 1GTHA 4OQVA 5DLCA 4R53A 1TV7A 1TIMA 2Q8LA 1WBHA 1EPXA 2NZLA 2X1TA 3I68A 1HO4A 2E6FA 5AHNA 4BWLA 4UC5A 3MMTA 3G1AA 1WXJA 1ZALA 2YSWA 4MZ8A 4RZ6A 1VYSX 3FLUA 1TPUA 4U4MA 5DCDA 3NVTA 4IXHA 1PVNA 4RR4A 3MBDA 2PRMA 3QH2A 4UTWA 5DN1A 1DJQA 2XFWA 1OX4A 1LROA 2Y89A 4O1AA 1EWDA 4K36A 3PG9A 5FF4A 4MYAA 4WD0A 4EIVA 1X8FA 5KZEA 3IGSA 1QDSA 1UASA 3PUOA 4DO5A 2CLLA 1NSJA 2JK2A 3KVKA 1EP2A 3CLMA 1X1OA 3N3MA 2E6DA 3HB9A 1WX0A 1TQXA 5J5DA 1H51A 4JTKA 1LCOA 3QPYA 3NYZA 1ZCOA 3RLVA 1VC4A 1W5MA 4M5PA 4IMGA 3G3DA 5CGQA 3LHWA 5G5IA 4N4PA 3EB2A 3S5OA 2YCEA 4NX0A 2A4AA 1VS1A 1KM1A 4JYDA 1F5ZA 3M44A 1WOAA 1JCMP 3UXAA 1LZOA 3NQCA 1TMHA 1LBLA 3DXIA 3NXFA 4EF8A 2WJZA 3QEZA 4UTTA 3MHFA 1SSDA 2ZA2A 3LCXA 3CEPA 3PBVA 3CU2A 4JY8A 4NJHA 1VR6A 2Y61A 2V5BA 4LC6A 4R33A 2Q8ZA 4DBEA 4DPQA 1I2OA 2A2IA 2B7NA 3M41A 2JBMA 4PA8A 5CSRA 2E5BA 4MFEA 5D30A 4AVFA 2CLKA 4LRSA 3HG2A 4LVFA 4WQ6A 1FY6A 1RD5A 4LS2A 1G7VA 2BWGA 2DP3A 2G96A 3HG4A 1EP3A 4UR7A 1LORA 4IOTA 1VLIA 4H3DA 2C16A 1YTKA 2CZ5A 2WSQA 3IIOA 4LVDA 3I65A 1B57A 2C19A 1ME9A 1QOPA 2WQPA 2V5LA 5TIMA 4ZVJA 2ABAA 2J27A 3BO9A 3CHVA 4N9BA 1QWGA 3EX4A 3TJXA 3S1VA 1SPQA 4MVAA 3DZ1A 3PB2A 2YW4A 1DV7A 5AYZA 1O5XA 1GVRA 1I8JA 1AW1A 2X1UA 4Y90A 1W5QA 4RK8A 4JDBA 3B0PA 5DY3A 3G1VA 3G24A 1ZHAA 1YLVA 3M47A 4JEQA 3SR7A 5F4WA 5T26A 1DORA 3P62A 3S42A 3SGUA 5BMXA 1XI3A 2JGQA 5L6UA 1TRIA 3TJLA 3CEUA 3E96A 5EL1A 3NNTA 3UWWA 3U2OA 1F05A 4XQ6A 2PURA 4AWSA 1GG0A 1VRDA 1M7PA 1DBTA 3PC0A 1GYLA 2X16A 2GJNA 3QFEA 3W7CA 1LP6A 2V2HA 1ADOA 2E77A 2RKXA 3QRHA 3BLIA 1T99A 2J6XA 3GDLA 4MYXA 4YXGA 3IIPA 4UTTC 1TPC1 3UZJA 1BKSA 1D3HA 4FO4A 5AB3A 1SW0A 1WBJA 1GVSA 3G1DA 1RQEA 1ZJIA 2W6RA 5KITA 4FB7A 1TTPA 2DZWA 1TCDA 5D2XA 1KFBA 3KVLA 3G8EA 2QCNA 3PB0A 5I3KA 4FNQA 1A5BA 4K38A 2BZNA 2VFGA 5AN7A 4XZ9A 4O0KA 5CG7A 2C3ZA 3NM3A 1ZAHA 3ATYA 4NZFA 3K30A 5KMYA 5G2IA 3DKLA 3W1NA 4GNJA 1J4EA 5K9DA 3W7RA 1XM3A 3FKRA 3QM3A 1HL2A 3VNDA 3C0JA 3TU9A 2FTPA 1G4EA 5HJLA 3KRSA 4QITA 3QQ1A 4NQ1A 4YMZA 3TUUA 2H90A 3GDRA 3N2XA 5LKYA 1IXOA 3I7RA 3GNDA 3QW4B 3QZEA 3W2KA 1DQWA 4UMAA 5C54A 3E02A 4Z0JA 1ZNNA 1EEPA 4DO4A 1D3GA 4IQLA 5C5YA 3GZ3A 5TBOA 4LRTA 3D0CA 2B7QA 2B0MA 3G1SA 7TIMA 1O95A 3CPRA 3HPXA 3B05A 5AYXA 1RQHA 3C8FA 2WNNA 4CQAA 1OFPA 1JR1A 3UPWA 5AC7A 1W56A 1G4PA 4IMDA 4UTLA 1MEHA 4WZHA 2RH9A 4I9AA 2B7OA 1F74A 1FCQA 3WJYA 3THQA 3E9AA 4O50A 1WDWA 1ME7A 1H50A 4P2VA 1OX6A 4JXCA 1TB3A 3MI6A 4DQWA 2QCLA 3MP3A 4IX0A 2YYTA 1KBJA 3L5LA 3P8IA 1OABA 1IF2A 3RU6A 4JNMA 4ORMA 1P4CA 1VHNA 1VHCA 4HPJA 2VELA 4WY0B 5I3FA 1OFOA 1PV8A 2O7SA 2NX3A 4RV8A 4GUGA 4WXYA 3EKZA 3SI9A 1A53A 3SECA 1FXQA 5KINA 1A50A 5BNKA 3G1HA 1Q6OA 4CNNA 3P84A 4NU7A 3DFSA 3LHVA 3W7PA 4Z1AA 1TQJA 1B4EA 2ATSA 4UCGA 5CZJA 4O1BA 4QQ3A 1W37A 3EWUA 3TK7A 4QAIA 3IV3A 1GQNA 3W1TA 4LOCA 4UR8A 3W75A 4TMBA 1RVGA 2CWNA 1QR7A 1EWEA 3KXQA 2GQAA 2ZZ5A 5I3HA 3NQGA 4HKPA 5F2LA 1TPWA 5IBXA 3LCHA 3WFAA 3R2GA 2YFNA 4JX5A 1XDLA 3OVQA 4ZZ9A 4LW7A 2AGKA 3W1LA 4TR9A 3BVJA 2GVLA 3DU0A 2PCQA 1AW5A 1OYAA 4PFMA 4LUIA 3W87A 4TX9A 2V30A 2V2DA 1R2RA 4O12A 4PEKA 2WV8A 4X22A 4C1KA 5EPDA 5G1YA 1M5WA 2GQ8A 2GQ9A 3P61A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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