1OFBA

Crystal structure of the tyrosine-regulated 3-deoxy-d-arabino-heptulosonate-7-phosphate synthase from saccharomyces cerevisiae in complex with manganese(ii)
Total Genus 132
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
132
sequence length
349
structure length
345
Chain Sequence
EDVRILGYDPLASPALLQVQIPATPTSLETAKRGRREAIDIITGKDDRVLVIVGPCSIHDLEAAQEYALRLKKLSDELKGDLSIIMRAYLEKPRTTVGWKGLINDPDVNNTFNINKGLQSARQLFVNLTNIGLPIGSEMLDTISPQYLADLVSFGAIGARTTESQLHRELASGLSFPVGFKNGTDGTLNVAVDACQAAAHSHHFMGVTKHGVAAITTTKGNEHCFVILRGGKKGTNYDAKSVAEAKAQLPAGSNGLMIDYSHGNSNKDFRNQPKVNDVVCEQIANGENAITGVMIESNINEGNQGIPAGLKYGVSITDACIGWETTEDVLRKLAAAVRQRREVNK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Substrate and Metal Complexes of 3-Deoxy-D-Arabino-Heptulosonate-7-Phosphate Synthase from Saccharomyces Cerevisiae Provide New Insights Into the Catalytic Mechanism
pubmed doi rcsb
molecule keywords PHOSPHO-2-DEHYDRO-3-DEOXYHEPTONATE ALDOLASE
molecule tags Lyase
source organism Saccharomyces cerevisiae
total genus 132
structure length 345
sequence length 349
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.5.1.54: 3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase.
pdb deposition date 2003-04-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00793 DAHP_synth_1 DAHP synthetase I family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1ofbA00
1W31A 3G18A 1QR7A 4DF1A 3P82A 3LTYA 3UWVA 5LHFA 4BWLA 1ZENA 1RPXA 3MHGA 4NVTA 5F1VA 2C16A 3N73A 4MJMA 4O4WA 1CI1A 4AWUA 4FNRA 5HR6A 3HQ1A 4EF8A 3P60A 3W9ZA 2NX9A 3C2OA 3G8EA 4IPIA 3UD6A 3PSWA 4IMDA 1W5QA 3L66A 3G3MA 2RDWA 4JX5A 3GDRA 2I9EA 1YDOA 1SO5A 3LGEA 4DPQA 5K7JA 1LCOA 5E1QA 4LRTA 2QJIA 3GB6A 2A0NA 1T0OA 5KINA 3G22A 2TMDA 1WBHA 5HJLA 5E0KA 1WBJA 4DPPA 1GEQA 1RZMA 1H7OA 1AL7A 5LGZA 3GXNA 5HUOA 2OZ0A 3FKRA 3MP4A 3RLVA 3MMTA 1SQ7A 3INPA 2YR1A 3RFAA 3HF3A 4NU7A 2QUUA 4R34A 5C5YA 4RR4A 3ZFHA 3W7IA 1NF7A 1L6WA 4JR5A 4KWWA 4R7JA 1KM4A 5K9XA 1F6PA 1W54A 2J88A 1QPQA 3N9RA 2YYTA 3QEZA 3NPVA 4HSNA 1E51A 2FB2A 3NQ8A 4UMAA 2YYUA 5D2TA 1VS1A 3N14A 1XBYA 3STFA 1KFLA 2FFCA 3KRUA 1TPFA 3NQVA 4BFAA 4N2YA 1TPDA 4O50A 3T44A 3UNDA 3EWWA 4BI7A 1S3HA 3LBMA 1UASA 3JRKA 5D2WA 3W72A 1I2OA 2NV1A 4WX2A 1C8VA 4RJEA 5EPDA 1VLIA 5CZ0A 4K8EA 1OHLA 4CLMA 2ZZ7A 1G7VA 3C2FA 3QPYA 2ISWA 1D9EA 1B9BA 4IX2A 4JYFA 3ATZA 1KTCA 3NG3A 3S42A 1NF0A 1R30A 5HMSA 3R5EA 4JX4A 3W73A 5DCEA 1IF2A 2FLIA 4FXSA 1K02A 1DVJA 3IIZA 1MEWA 1KM2A 3W7OA 4PFMA 1DJQA 1N8FA 5DBUA 2ABBA 2ZTKA 3V1PA 4O1CA 2NLIA 3WJWA 5K9CA 4UNKA 4L4LA 4N9EA 1ZAHA 4FX8A 2NZLA 1EUNA 5LNRA 3F1QA 3T7VA 3G0UA 3L65A 3S1XA 3R2GA 1OX5A 3EX4A 1JCXA 3BVJA 1HTIA 1OFPA 3TXZA 1SPQA 3A22A 3LBCA 4DO5A 1IXPA 1MEHA 5CZSA 2BLEA 2J6XA 3P74A 1VHCA 1TPEA 3FA5A 1ZFJA 3FIGA 3WJZA 1O5XA 1VCVA 5KZEA 1WDWA 2CLLA 2V82A 1DOSA 5TQLA 1O60A 3M47A 3HGSA 3OVQA 1F05A 4I7VA 5IBXC 5SWUA 3W7KA 1Z42A 1HG3A 4UTTA 1TTQA 1T8XA 4UFIA 5HWNA 4AMAA 4JY9A 3LERA 3LHWA 4RXFA 3O6DA 5FEWA 4I9AA 4UFLA 5D38A 2V8ZA 2E68A 1JUEA 4O14A 3G8RA 4H6KA 3NGJA 5G1TA 5EL1A 3STEA 2A6LA 5K9DA 2QF7A 3B0UX 5HINA 3LB0A 3O07A 1QAPA 4ADUA 4KFOA 1WXJA 3DXIA 4K6AA 1OFBA 4N9BA 3U2OA 4O18A 2QDGA 2BZNA 1YPFA 5HNRA 4TO8A 1AMKA 3TW6A 1LTDA 1RVGA 1RV8A 4UCGA 1AW1A 1R2RA 3PR2A 1TPH1 3DKLA 4NZFA 4WZHA 4Y8FA 4YCPA 3TROA 2Z1BA 5I3HA 3LXBA 1R2TA 2TPSA 2PE4A 1V7YA 4IX0A 4LWWA 4E38A 4MZYA 4PODA 5DXYA 4ZQPA 2Q8ZA 4OWGA 2H3BA 4M7SA 1TRDA 1XBXA 1F74A 3NA8A 2X16A 4NJKA 2V5BA 3QM3A 3P80A 1I2NA 2E6YA 4E0CA 1DORA 1ICPA 1YTDA 3W7CA 7TIMA 3NL3A 2C13A 3HPSA 1DV7A 5EYWA 1YTEA 4UTWA 2FPVA 3QSTA 2I1OA 4UFMA 4FF7A 3T55A 2C1HA 2E09A 1TREA 1H7NA 2VFFA 2QCFA 4RCXA 4NUWA 4X22A 3WK0A 1J5TA 3UZJA 1TTIA 1JR1A 2H90A 1F73A 3CLMA 2X1TA 1AW5A 2Y62A 2DU2A 3L0KA 3TDFA 5FEZA 1JVNA 4GC4A 3DHDA 4WJEA 1O94A 5HQEA 4IJBA 3T40A 4JNMA 1SW7A 1TPUA 2EAWA 1UB3A 2FQIA 3BPWA 3SZ8A 4FX6M 3V75A 3PUEA 3W71A 3W7NA 2ZRWA 3UPWA 1IGSA 1QWGA 1SO4A 1JUBA 2CZFA 4KFPA 2RH9A 3SFKA 3TFXA 1QFEA 3P8IA 3VE9A 4FB7A 4PC8A 1FWSA 4IMEA 1OF6A 5AHNA 5D30A 2ZA1A 5HWJA 3HPXA 2QCEA 5FESA 3I7SA 1R2SA 2V2DA 5AHLA 4Z1DA 4O52A 1AG1O 1M6JA 1FWNA 2NUYA 3M9YA 1GVQA 1W1ZA 3DFSA 3G0SA 3LRLA 3UWQA 3KFTA 1WOAA 3TMLA 3RMJA 2B7OA 3PB2A 1VYRA 3TQ0A 4OU1A 1NAL1 1OFQA 3R13A 1EUAA 1GYNA 3PB0A 1ME8A 4LNYA 5F4SA 1FDZA 4M6PA 3NPWA 4O13A 3IEBA 3FS2A 2OCZA 4UMBA 5FF4A 4BI6A 3W7QA 4LUIA 4WD0A 4LC8A 4LY8A 3B0PA 3MBFA 3BW3A 3FJLA 3BG3A 1GVFA 1EP2A 3W84A 3E49A 5D32A 2YW3A 1KM1A 2BX7A 4JTGA 1GVOA 2CW6A 1I45A 1YDNA 4AHPA 3ABOA 3NQ6A 3LRKA 3W7PA 4AWSA 4ZMGA 3UPBA 3TFCA 4XKYA 1A53A 1IIGA 4UTLA 5D2XA 1W8SA 3CEUA 4QISA 4C1LA 2ZZ5A 1DJNA 4K39A 1XCFA 4Y90A 2E1DA 5CSSA 3CB8A 5C6MA 4KKXA 1SUXA 3G1YA 3A21A 2YXGA 2GVLA 1RQBA 3SGUA 4W9TA 1MSSA 4XQ6A 5G4EA 2X1UA 4JTFA 3MWAA 3GDLA 3DFTA 3P81A 2V2CA 3SGZA 3TNOA 5G1YA 1OABA 1FDJA 1W5PA 4QSHA 3H54A 4DF0A 1VLWA 5FF3A 3QFEA 4JYDA 3CU2A 5K3VA 4Y9AA 4O57A 3PBUA 4KWVA 3UWUA 2ZRYA 4C1KA 4UTHA 3LHUA 1KFBA 1BKSA 4JIQA 1PCWA 1K7XA 4CCEA 1L2UA 1L6YA 3F4WA 1KM5A 1SZGA 8TIMA 1ZALA 5U4NA 3P7YA 3MI2A 3UZ5A 4IMFA 1J2WA 1GVRA 4A2SA 2VEPA 3W2NA 5I3IA 3FEMA 5LNUA 5L6UA 3E9AA 2R91A 2QCCA 3IIXA 3DZ1A 3FYOA 4IUOA 4QAIA 5I3KA 1W37A 3W7RA 3WJYA 4LV4A 4B5NA 2YFOA 2R8WA 2RFGA 3QC3A 1DBTA 3NQAA 2CU0A 4BF9A 3KVLA 4MZ1A 2GJLA 4PEKA 4JN6A 1K3UA 1FQ0A 2QEZA 4HPJA 4IPJA 5FF0A 3UXDA 3NQMA 1YXCA 1PL9A 3EX1A 4GUJA 1HUVA 1RQHA 3KVKA 3NR0A 5I3FA 3BK0A 3P84A 1O5KA 1JCMP 5LNWA 4DBEA 5E93A 1C29A 3TE9A 5KSWA 4MVAA 4PL1A 3C3NA 1VC4A 2QCMA 3EB2A 1B57A 3L9CA 4PTNA 5D05A 3MJYA 1Q6LA 4RLIA 3M5VA 4MJZA 1SO6A 1TRIA 2WSRA 3O6CA 4POCA 5I3GA 2ZZ1A 4XTDA 3W1LA 4GBUA 3PM6A 4O54A 3OVRA 2GVGA 1PHQA 1H50A 2ZBTA 3UXAA 3P61A 4NX0A 3W1PA 4ICNA 3DAQA 2UV8G 3BO9A 4HT3A 1GOXA 3ATYA 3C61A 3MYOA 4OHQA 3NQ2A 1G6CA 1ONRA 2A7RA 5AN7A 2H6RA 2FDSA 4IOTA 4N6FA 3STCA 3B04A 1UCWA 1IXQA 3DBPA 3NL2A 3QQ0A 5H91A 1EP3A 2VFIA 2VEIA 1FY6A 2F84A 3NYZA 5EY5A 4GE8A 2ZRZA 5D2VA 4ZZ9A 3TX9A 4AEOA 2RDTA 3YPIA 3IRDA 3RK8A 5G4WA 4JDBA 3W23A 3JR2A 4MZ8A 1FCBA 2IQTA 4AHQA 1G4SA 1QPNA 2Y88A 3M1ZA 4ZVJA 4GUHA 3BLFA 4I7WA 4GWEA 1QPRA 1LRQA 2GUUA 5AHEA 2F7FA 2XN2A 3W7DA 3S1WA 1EWDA 1GVSA 3TR2A 3TAOA 1PCKA 2RDUA 4WOQA 3FJ6A 3GR8A 4MIMA 1N7KA 4YWIA 3T4CA 4K36A 2HS8A 4WOZA 4XWUA 4MLJA 3LCXA 4UMCA 3CWNA 1LRTA 3CEPA 2QAFA 2VOMA 2VKZG 3DFNA 2CWNA 2YW4A 4UNLA 2NWSA 2PURA 4TX9A 3C2VA 1MZHA 4U28A 5G5IA 3IVTA 1TQJA 2BXVA 4WY0A 4MFEA 1NSJA 1Q6OA 2OT0A 4UFHA 3USBA 4UFJA 1I2QA 4GFSA 4UUIA 1ADOA 3ZS4A 1SW0A 5DLCA 3HGJA 1TCDA 3EKLA 2XN1A 3IGSA 3HJZA 4R53A 5EMUA 2E6DA 4JEQA 1FXPA 1VZWA 2PCQA 4Q4KA 3L5LA 2CLHA 1W3TA 1X8FA 3MO7A 1XUUA 4QITA 4NQ1A 3W7MA 2CZ5A 1BTMA 2NUXA 4HNVA 2GQ8A 1AK5A 5CG7A 3TMQA 4DXVA 3NM3A 3TQKA 1ICQA 1OFDA 4AH7A 1O95A 3BGJA 2HSAA 3M16A 5TIMA 1VPXA 2O7SA 4RK8A 3WK3A 1KM0A 2QDHA 4K8HA 3W1AA 1OX4A 2O7QA 3GDKA 3VFLA 1OK4A 3NQEA 3W1RA 3PG9A 2DZSA 2AQWA 5DCDA 4JTKA 2QJGA 4QIUA 2W6RA 5D37A 4RX0A 3I65A 1LOSA 3ABSA 2A5HA 2W79A 2DJLA 1QOPA 4N4QA 1W3NA 2EKCA 3IGUA 3GAKA 1FX6A 3HO8A 4Z1AA 3M6YA 3M5XA 3NZ1A 1TTJA 4FHAA 4K37A 2QR6A 3C6CA 3HGOA 3ABQA 3H53A 2A6NA 3EKZA 1Z41A 3KHJA 4M19A 1YLVA 3GXPA 4JGDA 4ZQCA 2YFNA 4HSOA 2Y7DA 3L5MA 1TMHA 3G1SA 3PBVA 1P0KA 3QW3A 5LNSA 1WOBA 1GYLA 6TIMA 2C6QA 5C54A 2G96A 5BMXA 1J4EA 4KFNA 4CQAA 3MHUA 4NXSA 4EWND 4RV8A 4MUZA 5C2XA 1OVDA 1W5NA 3SJ3A 2FPTA 5D09A 4LUJA 1TPB1 1XFBA 2ZRVA 2XN0A 4PH6A 4FO4A 2WQPA 2EGZA 2Q8LA 5BRBA 5AYZA 3NQFA 3B06A 3EXSA 1GQNA 3GXTA 3TIMA 2Y7GA 1PE1A 3L67A 3Q94A 4LOCA 3KX6A 3S5OA 3NQGA 2HS6A 3HBLA 4XKYB 5F1UA 1G7UA 2AAMA 2Y85A 1D3GA 3MP3A 1OJXA 4ADSA 4TIMA 2Y7FA 4BI5A 1R46A 3LLDA 3T78A 5D33A 1ML1A 2RKXA 2TRSA 1WX0A 3VE7A 5CPLA 1KM3A 4H4IA 1GT8A 2B7PA 1OFOA 5DY2A 3BV4A 1OFEA 3BG9A 1JJKA 4O11A 5FEXA 1VHNA 3DENA 3RNDA 3ABRA 1LP6A 4OV9A 3I6RA 3W86A 3O63A 2EPHA 1VRDA 4ADTA 4UTUA 3L5AA 3M5ZA 5EBUA 1A5CA 3G1HA 4MLRA 1X1OA 1KV8A 1TPVA 4DF2A 3M0ZA 3QW4B 3CTLA 3D0CA 4IWWA 6ALDA 1T99A 1NFBA 3EWXA 1G69A 1EB3A 3E02A 1LROA 1TYGA 1YYAA 3VNDA 3E96A 3M5YA 3CT7A 2DZTA 3W07A 4LRSA 1TIMA 4HKPA 3DFPA 1EPXA 5CGQA 1Q6RA 1KBIA 1TO3A 1U5JA 4MYAA 2BWGA 4FIRA 3S1VA 3P62A 1SW3A 5K2ZA 4O1BA 2AGKA 4CQ9A 3HG2A 2C18A 3SECA 3CHVA 2FIQA 5DY3A 3LCIA 3O6YX 2EF9A 3EX2A 1XI3A 3CWOX 4ML9A 1G4PA 3IV3A 2R14A 2OX1A 1JRCA 3W1MA 4RKAA 4H3DA 2BSLA 3W7JA 1KFKA 1S5VA 4O1DA 3QJAA 2CLOA 4FX7A 3TJLA 4UTMA 4WQ6A 3EWBX 3MBDA 2ALDA 2FPYA 3H55A 3HOJA 2C19A 2Z6JA 3TUUA 1TV7A 2VFEA 2WPBA 3FKKA 4A21A 3TKFA 4A29A 2YPIA 1FWRA 2VFHA 4CNOA 4UR7A 4EF9A 1ICSA 5D02A 4O1AA 2QUTA 5EKYA 2JKEA 4HIBA 3FYPA 3EXRA 3N34A 1ZHAA 5HULA 4K7VA 1I2PA 2J9YA 1N55A 5F2IA 3W7HA 1A5SA 3UYCA 5KMYA 3LLFA 1K8XA 1GZGA 1B3OA 2LLEA 3EX3A 3PY2A 4R33A 4LS1A 1QNVA 4BR1A 3KRZA 1LLWA 1EWEA 5AYYA 4O17A 3STGA 2FTPA 4ONVA 3HGRA 3DGRA 1FWWA 3I68A 5F4WA 2GPTA 3TW7A 3TH6A 4N6EA 1C9DA 1VCFA 4GRSA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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