1OFB | Genus

Total Genus 132

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	132
sequence length	349
structure length	345
Chain Sequence	EDVRILGYDPLASPALLQVQIPATPTSLETAKRGRREAIDIITGKDDRVLVIVGPCSIHDLEAAQEYALRLKKLSDELKGDLSIIMRAYLEKPRTTVGWKGLINDPDVNNTFNINKGLQSARQLFVNLTNIGLPIGSEMLDTISPQYLADLVSFGAIGARTTESQLHRELASGLSFPVGFKNGTDGTLNVAVDACQAAAHSHHFMGVTKHGVAAITTTKGNEHCFVILRGGKKGTNYDAKSVAEAKAQLPAGSNGLMIDYSHGNSNKDFRNQPKVNDVVCEQIANGENAITGVMIESNINEGNQGIPAGLKYGVSITDACIGWETTEDVLRKLAAAVRQRREVNK

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__7575755510038316__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__7575755510038316__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1OFB/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__7575755510038316__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"7575755510038316","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1OFB/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__7575755510038316__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
source organism	Saccharomyces cerevisiae
publication title	Substrate and Metal Complexes of 3-Deoxy-D-Arabino-Heptulosonate-7-Phosphate Synthase from Saccharomyces Cerevisiae Provide New Insights Into the Catalytic Mechanism pubmed doi rcsb
molecule keywords	PHOSPHO-2-DEHYDRO-3-DEOXYHEPTONATE ALDOLASE
total genus	132
structure length	345
sequence length	349
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 2.5.1.54: 3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase.
pdb deposition date	2003-04-09

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00793	DAHP_synth_1	DAHP synthetase I family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	1ofbA00

3KRSA 2X1SA 3QSRA 1PHQA 3DXIA 1RZMA 4BK9A 1TRIA 3C52A 4IXXA 3DI1A 1SR9A 3DZ1A 3TDFA 1HO1A 1G4EA 1KTNA 3JS3A 3SECA 1DJQA 4AHPA 3W9ZA 3HOJA 1I8JA 3NL5A 2YZRA 3FEMA 2JBMA 1OF8A 5DCBA 4O57A 2FLIA 2VC6A 2XN1A 5DBTA 1TB3A 1FCBA 3UZJA 2E6AA 4BWLC 1A5CA 1TPEA 3P82A 4NXKA 1DJNA 3QRHA 1KFBA 4P61A 4KFNA 4Q4KA 3G1AA 5I3HA 3L66A 2VFIA 1SPQA 4ZVJA 4IXHA 3R13A 4R7JA 1W8SA 2GVJA 3PBYA 4RXGA 1ALDA 1I45A 5LNVA 5TQLA 1ICSA 5C54A 4AEOA 4M7SA 4OGZA 3TQ0A 3O06A 4IPJA 3N34A 3CQ0A 1AMKA 2NWSA 4DO4A 4UFLA 1TTIA 1Q6LA 3LB0A 5EYWA 3W7NA 1C29A 5KZDA 3EX6A 1OF6A 4N9CA 4OWGA 3W7MA 1WA3A 2ISVA 4OBTA 3W70A 1TPWA 4MUZA 5G5IA 3M16A 3KRUA 1HL2A 5I3FA 4N6FA 3UXDA 3P80A 3S6DA 1C9DA 4M19A 4H4IA 1WQ5A 3N9SA 3NQAA 1FCVA 3DGRA 4DELA 4MIMA 1YTKA 3W7GA 3MP3A 3WJXA 4CQ9A 1AL8A 2QDGA 3W7EA 3UWYA 2V81A 5D09A 4NJHA 4AHOA 5DCDA 4TO8A 2DJLA 3BW4A 3TX9A 1OK6A 4AF0B 1D3HA 1V5XA 3B0VC 4PC8A 4MY8A 1O5KA 1RV8A 3W7HA 2I1OA 1AW1A 1UCWA 3QMSA 4CCEA 5LSMA 5FF2A 4AH7A 3NPUA 4CNPA 2Y70A 3Q2DA 5EKYA 3NQEA 1TTQA 3HGJA 2V2CA 2A7PA 5AOUA 5L9FA 3AO0A 5HULA 4DF2A 4UTWA 4RR4A 3W1UA 4H6KA 2ZRXA 1SZFA 5HR6A 1YDNA 5CGQA 3W7KA 5AC6A 1V7YA 2J27A 2WSQA 3TXZA 1G4PA 5CSSA 4JX5A 3NVTA 3W1QA 1VGAA 3KRZA 2QCHA 3C61A 3W84A 5IBXC 4DPPA 3PBWA 1LP6A 2ZZ5A 3W7RA 4O54A 5FF0A 1Q6OA 3OVQA 3WJSA 3MWAA 5LNSA 4QNWA 4LTSA 5EPDA 1A53A 1QOQA 3DHFA 3MHGA 2C19A 5D2XA 3C6CA 1LCOA 3L9CA 3HIJA 3TE9A 1SW0A 3MHFA 1KTBA 1S5TA 5U7SA 5F4SA 2NXIA 4JTLA 3P67A 1DHPA 4UTWC 4PA8A 1H1YA 2CZFA 1KV5A 4E0CA 1VJIA 3U8GA 1KM3A 4U28A 2YGYA 4JYDA 5CPLA 4K7VA 4JR5A 5AHIA 4A2RA 3NXFA 3NR0A 2ZZ1A 5HR7A 4Z1CA 4A2SA 4WOZA 5D2TA 2B4GA 1Q3NA 2YW3A 4MZYA 3MYPA 1XI3A 3NQMA 3TKFA 1KTCA 4Y96A 1YYAA 2FJKA 4IQLA 3SZ8A 5DLCA 4DF0A 2VFHA 4K6AA 1FWTA 4UR8A 3UQNA 1RR2A 2NLIA 3L5AA 3NQVA 1NEYA 3O05A 4FX6M 3UWWA 5KITA 3W07A 3CWOX 1CX9A 3G8EA 2X1TA 5F1VA 4Y9AA 3W1NA 4KWVA 4KKXA 3UWVA 2TMDA 1W1ZA 3O6YX 4TMCA 5C5YA 4NZFA 1SSDA 4OT7A 1G67A 4O16A 4R33A 1JUKA 4O19A 3PSWA 2V2HA 1QO5A 4K36A 3NQ7A 1PV8A 1VHCA 3N9RA 4MKNA 3ATZA 3LERA 1ZCOA 2VFEA 1BWLA 4XKYB 2PURA 3LCGA 3HF3A 1FWNA 1KM1A 4FX8A 2A4AA 3P61A 3W87A 4ZQCA 1K8ZA 2ZTKA 2EPHA 3HGSA 1PS9A 1YPFA 4HNUA 3DKJA 5HNRA 4I7UA 1THFD 4JTFA 1HO4A 3KHJA 5LGXA 4AWSA 3HJZA 1A5SA 4NJIA 3BLEA 1G4TA 3QPZA 1XUZA 5G2HA 3PB2A 5J5RA 5AHLA 1GT8A 1UUMA 4RZ4A 1VR6A 4N6EA 1FDJA 4E38A 1WX0A 4S1FA 1F05A 4I7VA 5FEXA 5FF3A 2Q8LA 3GDRA 3PULA 2G96A 3TK7A 4XBKA 3UWUA 4Z0SA 3F4WA 3NQGA 3CIXA 4ALDA 2OJPA 3W7JA 3ELFA 4UC5A 3VCRA 4FX7A 1SO4A 4M6QA 2AAMA 4JNMA 1TMHA 2TYSA 3CT7A 4LRSA 2Z6JA 3UYCA 3EWYA 3B4UA 4MZ8A 2QAFA 1YDVA 2WNQA 2ZRWA 3LCXA 5K9CA 3LV6A 3CEPA 4IMGA 1SW3A 3WJZA 3C4UA 3PG9A 1OFRA 4LOCA 1OHLA 5CZ0A 1KFKA 5DN1A 3PG8A 4JTUA 4XUGA 4E2DA 5KZMA 3WJYA 3WJWA 6ALDA 4WY0F 3DFSA 4MJMA 3NA8A 1G69A 4XZ9A 2R91A 1G4SA 3BLFA 3B05A 1QR7A 3KVMA 3RLUA 1EWEA 3FJLA 2DU2A 2WPBA 3L0GA 3TAKA 3STCA 2J88A 3KVLA 1Q45A 1W5OA 1IIHA 1QWGA 1JCXA 1Q6RA 2B7NA 3KX6A 4I7WA 3VKJA 2WQPA 2A5HA 3M41A 4MLJA 1W37A 1FXQA 1VH7A 5AHEA 3FS2A 1SUXA 2QUTA 5D2WA 4HHPA 3NQ8A 2QCFA 1XDLA 2QCGA 2R14A 4MZ1A 3SW6A 1H50A 1ONRA 4TU1A 2TSYA 2ZRZA 3LI1A 1FCUA 5CSRA 1LM1A 1DKWA 2V0TA 4ORIA 4O18A 5LNUA 4ML9A 5HWMA 5TIMA 1GWJA 4RX0A 3CC1A 4IOTA 4XTIA 1VYRA 1GVFA 4ZQNA 4FIQA 4DQWA 3W74A 1WDWA 4DF1A 4DEFA 2BZNA 4BI6A 2V9DA 4G1KA 1Z41A 5BW6A 2E5BA 2C1HA 2GOUA 4Q32A 3GNDA 3G24A 3LCWA 5CPOA 3W1LA 4O0KA 1FX6A 5LHFA 3HPXA 2YCEA 5I3IA 1CW2A 2HTMA 4N02A 2GVLA 3W73A 1XXXA 1QOPA 4H3DA 4PH6A 3CTLA 2Z6IA 1JR1A 2EKCA 2QCDB 3QPYA 3BGGA 1OFAA 3RF9A 3LRMA 3LDVA 4WXYA 4IX0A 3OVPA 2FB3A 1TTJA 1OVDA 3BW2A 1FUYA 2GPTA 1ME8A 4C1LA 2RDTA 4EF8A 3IEBA 1H7XA 3ATYA 5KTLA 4ADSA 1JUBA 1XBYA 3BG9A 3BARA 2CZEA 2F7FA 4K8HA 2PE4A 3I7QA 2VENA 4PEKA 3WK3A 1LBMA 1GZGA 2VEPA 1B3OA 1BTMA 4AB4A 2C6QA 4WY0A 1W5PA 2CW6A 3QF0A 3S1WA 4HNVA 4Z0JA 3P7YA 1LOSA 3T44A 3B04A 2OZ0A 3MP4A 3LRKA 3MBFA 2X30A 2QUUA 4JTEA 1H62A 4RLIA 5BMWA 5HQEA 4LT9A 2V2DA 4O14A 3W6YA 2Y7GA 3GK0A 1R47A 2R94A 3C2OA 3UD6A 2FQIA 1TIMA 3I65A 2WV8A 1VCGA 3SGZA 3A23A 1LROA 2E77A 2DZUA 2Y62A 5DY3A 1F74A 1GTEA 1XCFA 1TPFA 1ZAIA 3C2FA 1GQNA 1A50A 1I2PA 1TPVA 1XKYA 4GUHA 2E6DA 4PL2A 3LCLA 4ORMA 1XUUA 4MYAA 3FKRA 4LWWA 2I14A 1LRQA 1XM3A 4FNQA 3EX1A 4JTGA 2HS6A 3HGRA 4Z08A 2QCMA 2C13A 4OV4A 1VRDA 4BFAA 3W85A 3RFAA 1WAUA 2WSYA 4UTKA 3MI3A 2YR1A 1JUEA 3BGJA 4JTJA 3NL2A 1KA9F 1SU5A 2Y88A 2YXGA 5DBUA 2VXNA 3FYOA 3VE9A 1B4KA 4IUOA 4UMBA 2IQTA 3CPRA 4JTSA 1YTEA 1OFQA 4RK8A 2TPSA 4IGHA 1H61A 3TFXA 3PY2A 2Q3RA 5CZJA 2R8WA 1R46A 3DU0A 1F76A 1O94A 5LNWA 2G95A 1OFPA 2GJLA 1ME9A 1OX4B 4J9JA 1H7WA 1KBJA 2NXGA 3LHZA 3TW7A 1KFCA 4LV9A 4X3ZA 1JCLA 2LLEA 4JYFA 4FNRA 4GXMA 4QSHA 3WK0A 1EUAA 3GDTA 4R34A 2CZDA 2DZXA 1FWWA 1OFDA 3QH2A 3DHDA 3UPBA 2QCLA 3USBA 3MBDA 1TRDA 3TNOA 3TU9A 1A5BA 4WD0A 2CLOA 1SSGA 3CU2A 4O13A 2UV8G 1R2SA 1LLWA 5HWJA 3YPIA 3PF3A 2CU0A 3KOFA 1GTHA 5G4WA 4K39A 3TIMA 1TQJA 2ZZ6A 1I2NA 2E6YA 4RJEA 3F1QA 1SZEA 1NSJA 4I9AA 1J5TA 2I9EA 3ZWTA 5BOOA 3NPXA 5ABTA 2FIQA 4O53A 3G1DA 4AHQA 1DOSA 3PB0A 3TR2A 3LHWA 2EF9A 3BPWA 3NQDA 4JY8A 1KW1A 3T7VA 3MJYA 4Y6GA 3IVUA 3P84A 5D04C 3S8HA 1MXSA 5J5DA 2AGKA 2FPTA 3ABQA 3UPWA 2KZHA 4WUIA 2GQ8A 4O11A 2Y85A 3M43A 3E9AA 1QFEA 2XN0A 4YCOA 6TIMA 4X2RA 1I2QA 2ZDRA 3G1HA 5C55A 5C6MA 3OA3A 3GZ3A 4ZQMA 4NZJA 3W2UA 4UMCA 3QMTA 4UFKA 1ZHAA 3EXRA 2WNNA 1S5VA 4UUIA 5BRBA 4UTTA 3BG5A 4QNEA 2B7PA 3LGEA 2ZCGA 4O4VA 3DENA 3G1VA 1AW5A 1HTIA 3QQ1A 4UTIA 4HN4A 3SIZA 4IMFA 2ZBTA 1T8XA 1UUOA 4JD4A 4MFDA 4QITA 4Y8FA 4KFOA 1JCYA 4YXGA 2Y6ZA 3M47A 3NQ6A 1ICPA 4NX0A 2X1RA 4CNOA 1LOLA 1QDSA 4GC4A 2G5WA 4FXRA 4ONVA 2GQ9A 3NQ2A 4TIMA 2V5LA 4HT3A 2TRSA 1TV7A 1F6KA 4TR9A 3S42A 2FPYA 4XQ6A 3TFCA 2P0OA 1K03A 3VI2A 4IPIA 5E0KA 5G2WA 1LRTA 3KXQA 2YYUA 4UFIA 2NUXA 5LZLA 1N7KA 5AHNA 2QCCA 1EP2A 1LYXA 5F2GA 3UWZA 1ZENA 1AL7A 1TPDA 4RKAA 3W7CA 2ZA3A 3PSVA 5HUPA 1M6JA 2NX3A 4HPJA 2NWRA 1RQHA 3OVRA 4K37A 2HS8A 3M5YA 1KFJA 2H90A 3CWNA 3M5XA 4UTTC 3W7LA 3NGJA 4HIBA 1YXCA 1I2OA 1R30A 2NX9A 3GDLA 1KFEA 4R53A 4DO6A 1QPRA 3B8DA 3GIYA 4NNBA 3LHVA 1GYNA 2QCNA 2ATMA 4Y90A 1OABA 1EX5A 1PL9A 1H60A 4DO5A 5K7JA 4WX2A 3CIWA 1LRNA 1EP3A 4UCGA 3NL3A 3W83A 5G1TA 4AVFA 1ML1A 3T55A 3DFPA 5FEWA 2QAPA 3LTYA 2OX1A 2QJIA 1DBTA 1SO5A 3FFSA 3LCFA 3N3MA 3N2XA 1F73A 4NUWA 3P8JA 5AC8A 2CLMA 5AHMA 3MHUA 1VS1A 3M5VA 4FNUA 5KSWA 4CNNA 5KMYA 3EXTA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 5AYZ A;  4H9Z A;  4QS5 A;  2DT3 A;  1EJ7 L;  3GXP A;  5M03 A;  1PII A;  2BGS A;  4CCZ A;  3U5U A;  3F2B A;  5G2I A;  4LVB A;  2QF8 A;  1FCQ A;  2IUZ A;  3FVD A;  3O1N A;  5HJY A;  1A3H A;  2BY2 A;  3S6O A;  1HXJ A;  4OIF A;  1K9E A;  4F0H A;  4S3E A;  4ZTX A;  2X16 A;  2A85 A;  1GJW A;  3VE7 A;  4M5P A;  2POD A;  1UD5 A;  1YAD A;  4RZ6 A;  3VU2 A;  2H8X A;  3KL0 A;  3FA3 A;  3NTY A;  4PZV A;  3LV5 A;  2F61 A;  1B3W A;  2JKA A;  1WZK A;  4AYG A;  1ZZM A;  3UZZ A;  1ITQ A;  3BH4 A;  3MVT A;  1K3U A;  3EB2 A;  3LBC A;  4JEJ A;  4MY1 A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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1OFBA

Total Genus

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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