1OFO | Genus

Total Genus 131

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	131
sequence length	348
structure length	344
Chain Sequence	DVRILGYDPLASPALLQVQIPATPTSLETAKRGRREAIDIITGKDDRVLVIVGPCSIHDLEAAQEYALRLKKLSDELKGDLSIIMRAYLEKPRTTVGWKGLINDPDVNNTFNINKGLQSARQLFVNLTNIGLPIGSEMLDTISPQYLADLVSFGAIGARTTESQLHRELASGLSFPVGFKNGTDGTLNVAVDACQAAAHSHHFMGVTKHGVAAITTTKGNEHCFVILRGGKKGTNYDAKSVAEAKAQLPAGSNGLMIDYSHGNSNKDFRNQPKVNDVVCEQIANGENAITGVMIESNINEGNQGIPAGLKYGVSITDACIGWETTEDVLRKLAAAVRQRREVNK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__387934769563151__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__387934769563151__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1OFO/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__387934769563151__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"387934769563151","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1OFO/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__387934769563151__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
source organism	Saccharomyces cerevisiae
publication title	Substrate and Metal Complexes of 3-Deoxy-D-Arabino-Heptulosonate-7-Phosphate Synthase from Saccharomyces Cerevisiae Provide New Insights Into the Catalytic Mechanism. pubmed doi rcsb
molecule keywords	PHOSPHO-2-DEHYDRO-3-DEOXYHEPTONATE ALDOLASE
total genus	131
structure length	344
sequence length	348
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 2.5.1.54: 3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase.
pdb deposition date	2003-04-17

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00793	DAHP_synth_1	DAHP synthetase I family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	1ofoA00

1FX6A 1H62A 4KFNA 2J9YA 4RXFA 1QPQA 1UJPA 1P1XA 4P2VA 4NJKA 4GUFA 4X2RA 3M44A 4CNPA 1AG1O 4BI7A 4QNEA 2A5HA 4RZ5A 2PRMA 1TJRA 2FB3A 5DN1A 3FLUA 4U28A 1H51A 2C13A 1EP1A 2H8ZA 4AHPA 4NX5A 1GEQA 3G1SA 2PE4A 3NO5A 2EF9A 4IPJA 1VHCA 3HG5A 4A22A 1HTIA 5H2ZA 4M7TA 2E6YA 3NPVA 3T40A 5LGZA 1OFDA 5AB3A 3KXQA 4WOQA 4JTSA 3TSDA 3JRKA 3DZ1A 4H6KA 2ZA3A 2DU2A 3NYZA 4WZHA 4EOUA 1VC4A 2B7NA 4RK8A 3G1YA 4XQ6A 3DFQA 4JR5A 3QRHA 3W2JA 4S2BA 5CZ0A 3PBUA 5LNUA 4MUZA 2EKCA 2WNNA 3GR7A 3W7LA 1KBJA 5C2XA 3ATZA 3ZFHA 3EX1A 3P5ZA 2ABAA 3SW6A 3C3NA 2DZTA 2V2HA 3NL2A 3UWVA 3W70A 5LZLA 3G0SA 4ADSA 1W1ZA 3O8AA 3S42A 3IGXA 3EKLA 4NZJA 3LCLA 2E6FA 1VQTA 1OF8A 4O15A 4RV8A 3GAKA 2I1OA 3GZ3A 2YW4A 4LVBA 4UIOA 4X3ZA 4C1LA 4QAIA 2YYTA 2GOUA 3NL3A 1QPRA 1SZGA 3M6YA 3NXFA 3W85A 5LNWA 4JICA 1RZMA 5D09A 3QH2A 3P84A 2A4AA 1KM4A 4W9TA 2GQ8A 2Y7EA 4AMAA 1GVRA 2XN1A 3LCWA 1UBSA 5GVJA 1P5BA 2E6AA 3E49A 1D9EA 2VFIA 1W5QA 3UXDA 3EX4A 4HPXA 1TTIA 1TQJA 3TR2A 4O4WA 3OIXA 3UWQA 2C15A 3I68A 3TW7A 4K7VA 2B7PA 5G5IA 1KM2A 3U6WA 4WD0A 1KLYA 4TU1A 1TO3A 3NPXA 2NWSA 5F4SA 5G1YA 1H7WA 2Y7GA 2BLEA 1DORA 2QCGA 1TPVA 3WK2A 3W7NA 4BFAA 1H60A 1FCQA 1FWTA 4XBKA 4IMGA 2JK2A 3PC0A 2GQ9A 5FEPA 4A2SA 4LS2A 3M41A 4JIQA 5HR6A 1EA0A 3NDOA 1R30A 3Q94A 5DBTA 4GXMA 2B7OA 4RCXA 4IQLA 2RDUA 1QO2A 1W8SA 1ZNNA 1YDNA 2WJZA 3SY5A 5C54A 2E6DA 1EUNA 3FYPA 1SW0A 3UY8A 3BGGA 1FDJA 3F4WA 4A29A 4EF9A 5F4XA 3CC1A 5K4ZA 5HULA 1NEYA 2JKAA 5KSWA 2Y61A 4NXSA 4MIMA 1C8VA 4O28A 1XI3A 3T78A 3NQGA 2DZSA 4MJZA 5CSRA 3V75A 3QMTA 1YXDA 1YDVA 1P4CA 3MYPA 2VFEA 3GLCA 1Q6LA 2GQAA 4GUGA 2A6LA 5I3IA 1H7XA 4JTGA 2TRSA 4I7VA 5AC8A 1F05A 4B5NA 3EX3A 1TPUA 2C6QA 3EWXA 1ADOA 1ICQA 2PCQA 1KTCA 3UWYA 1T8XA 2P1FA 1SZNA 1W31A 3MYOA 4PH6A 4ZMGA 3A5FA 4Z1BA 3UPWA 2ZRWA 3LXCA 1TTJA 1ZY9A 4NJGA 4JEQA 4K6AA 1MSSA 2ZZ5A 4MZYA 4UTTC 3HF3A 2B7QA 3TQ0A 3FIGA 1FWSA 2J27A 4X9SA 2VEKA 4AXKA 4KFOA 3NOEA 2NUXA 4FIQA 5AHIA 1GYNA 1B4EA 2C0AA 1ME7A 3C2VA 3GKAA 4LNYA 1JR1A 1H61A 4UTTA 1W0MA 5HUPA 1JRBA 2I9EA 5MHBA 3BW2A 3OVQA 3KX6A 5HNRA 4A3UA 3B05A 1P0NA 5HINA 2NUYA 1Z41A 2QJGA 2YZRA 1GPWA 4Z08A 3LHZA 3W7HA 2OCZA 3CTLA 2CLMA 4OE7A 3HPZA 3WK1A 1XFBA 5CZJA 3HGSA 1BWLA 4LUJA 3EXRA 1EB3A 4AB4A 1RV8A 1O94A 5G2WA 3QC3A 5AN7A 3MHGA 4UR8A 2TYSA 4O4VA 1K03A 4LWWA 3SIZA 4N02A 3LHYA 2R8WA 1SSDA 4RKAA 1FY6A 3F4NA 4N4QA 2J9ZA 1WDWA 3O6DA 5LNVA 3IGUA 3DI0A 3W1AA 2JKEA 1U83A 3DFNA 1D3GA 2QF7A 4ZL1A 1TRIA 3UD6A 1PE1A 1KFLA 2J88A 3LLFA 1GVFA 4A21A 3W7PA 1O5XA 3LV6A 2G97A 3GAYA 3THAA 4K39A 4IX2A 3LX9A 5TBOA 1Q3NA 3IIVA 3LGEA 3GNDA 1JQXA 4DPPA 2BSLA 3IIPA 1X1OA 3W1TA 4KWVA 1SU5A 3KRUA 3QPYA 3C4UA 2FIQA 3LCHA 1OYBA 5J5RA 3OA3A 1HL2A 3TSMA 2FPVA 3LBCA 1K8ZA 1UCWA 3W7DA 5CKSA 4CQAA 1C9DA 4DF1A 1KBIA 2Y63A 5ABTA 5F4WA 2C1HA 3L2IA 2O7QA 4WY0F 3W07A 4HNUA 1TYGA 5F2LA 1GG0A 2Z6IA 1JQVA 4JD4A 3M5YA 3M5VA 3PG9A 1XCFA 3T7VA 1WOAA 5EYWA 1ZAIA 4RZ4A 2WSRA 1M6JA 3W86A 5D30A 1K8YA 4E0CA 3LCGA 2JGYA 5K2ZA 1OX4B 3MHUA 3W84A 5LSMA 3HBLA 1QMLA 2DJXA 3W1MA 1KFJA 2JGQA 1KM6A 5DY2A 1FWRA 5D04C 2QUVA 1VYSX 3PM6A 1S5TA 5EA9A 3HG2A 1EPXA 3NQ2A 2YPIA 3I7SA 2G95A 1SO6A 2X1RA 5AYZA 4O53A 1TQXA 2E5CA 3C61A 3QSRA 3OVPA 1YPFA 2G96A 4OBTA 4LY8A 3LTYA 3EWWA 3NL6A 1RR2A 4LV9A 1N55A 3W83A 4HSNA 1M5WA 3W9ZA 2ZRUA 1ZAHA 2ALDA 1YYAA 3CT7A 2BXVA 3CIWA 3E9AA 4M6QA 1LP6A 4IMCA 2WOQA 4JYEA 1GG1A 3S5NA 4BK9A 2A85A 2QCFA 5LGXA 3O6CA 2D73A 2PURA 2HTMA 1FQ0A 2QKFA 1XBVA 2NV1A 3EXSA 3TXZA 3NQ6A 1OK6A 3NM1A 2W0UA 3PUOA 1W5PA 2Z0IA 4UMCA 4UFLA 2V5BA 5L6UA 1TREA 2CWNA 5H91A 1W3NA 4UFHA 1F2JA 4FIRA 4PFMA 3M5ZA 3W74A 2P0OA 4G1KA 3TMQA 3RK8A 1SSGA 4Z1CA 1B57A 4HT3A 3MP3A 3ZR4A 2ZQ0A 1DBTA 1VGAA 3G1AA 2ZZ4A 3O16A 4IMFA 3L0KA 1LZOA 4MLRA 4A2RA 2QCEA 4O1BA 1W56A 1ML1A 1GT8A 2DZWA 3G1VA 3NZRA 4JY8A 1F74A 1KTNA 2FLIA 5U4NA 4XWUA 1YXYA 3VCRA 1VR6A 1YLVA 4AEOA 2I14A 3LB0A 3S1VA 4N6FA 5TIMA 3TIMA 2ZA1A 5U7SA 1PCKA 3DFOA 5HWNA 3TUUA 1OFQA 3DGRA 4NNAA 1H5YA 3OHIA 3B0VC 2X1TA 5HQEA 2VEMA 3TX9A 4O19A 4FX6M 3VKJA 3W7GA 3ABRA 4O0KA 2AGKA 2ZZ7A 4TIMA 1EWDA 3W7RA 4C1KA 3S9YA 4XUGA 4IWWA 2V2CA 3QEZA 1FDYA 3IEBA 4PCFA 1UUMA 4K38A 5D2WA 1JUKA 2A0NA 1H1ZA 1WA3A 4DBEA 1LBLA 4MZ8A 3W7KA 1H50A 5LNRA 4I7WA 5AYXA 1LDCA 3S5ZA 3CQ0A 3R89A 3VNDA 3S0CA 4IOTA 3UWWA 1IXPA 3IGSA 3S5YA 4IMEA 3BG5A 1LRNA 2QR6A 4NNCA 2CU0A 3I7RA 2O7SA 4ORIA 4NJHA 3EEGA 1J5TA 1FWWA 1U5JA 3TA6A 4QJ1A 1TPFA 1DJQA 2QAFA 3UZJA 2GVGA 5DY3A 2Q8LA 1JJKA 3B03A 3GVGA 1K02A 3G1DA 2CFFA 1T99A 3PB0A 3ZWTA 4FEZA 5FEWA 1FDZA 2YGYA 4LV4A 5IBXA 3G24A 5A8GA 4YXGA 1Q6RA 1J2WA 3NG3A 2ZA2A 3KVMA 3B06A 5D02A 3IV3A 1Q6QA 1OX6A 5I3KA 5HWMA 4JTFA 1ME9A 1QWGA 2DZVA 3TJXA 2VKZG 3R13A 5K9CA 3PVFA 1IIGA 3O63A 2RKXA 1TPC1 3N14A 1QOQA 1VCVA 5G2HA 3RU6A 3UY7A 1FBAA 3KRSA 1OVDA 3PF3A 2CLIA 4N9DA 3KHJA 5KITA 3M43A 1SW3A 3L5MA 3CM4A 3CEPA 1LROA 2BZNA 4NJJA 3RMJA 3LBMA 1QDSA 1S3HA 3ANYA 5D37A 3QW3A 3IVUA 1QPOA 4GUHA 1VCGA 3HO8A 3C6CA 3LTSA 4ZQPA 1H7OA 2H6RA 3S5OA 1TTQA 3NZ1A 4X22A 5D03A 3QZEA 4BI6A 3IRDA 1BEUA 4M5PA 4IJBA 1DKWA 4NQ1A 4AHOA 2W79A 4IXHA 1PIIA 1YDOA 4MZ1A 3NQFA 4DXVA 4LRTA 3BG9A 4UTIA 3TQVA 4BR1A 4AHQA 4D2JA 5FESA 3HMJG 3LCXA 1TPWA 4OV4A 3WJWA 4JTLA 4MPQA 2G5WA 4NU7A 1H7RA 3PSVA 3ZWSA 3TCEA 2B0MA 2A21A 3T4CA 1L6YA 1TPH1 3N19B 4O18A 4NJIA 3B04A 3M7WA 4O13A 4WY0B 1XUUA 3LTPA 2QDHA 2H3DA 4O54A 3DFTA 4JTHA 4PEKA 3JS3A 2Q3OA 3T44A 4MY9A 1FUYA 3TU9A 1XUZA 4YLWA 1DQWA 5AC6A 1A53A 3W2KA 3TROA 4CCDA 3UYCA 3W6YA 3O06A 3L68A 2KZHA 4M6VA 2QCMA 4N6EA 5I3FA 3PY2A 5FF0A 3GX9A 1XDLA 4O11A 3L67A 3G3MA 3A21A 2Y88A 3MUXA 2LLEA 2EPHA 3R8RA 2ZZ6A 3N2XA 3WJZA 2AQWA 3LM7A 1O5KA 4ADTA 1VCFA 1F6PA 3DHDA 1EWEA 4HKPA 3W2NA 5E1QA 3QFEA 3MO7A 2Y70A 5E93A 3W76A 5HJLA 3D0CA 1HG3A 1QPNA 4HN4A 1TCDA 3EWUA 1QAPA 2YX0A 2ABBA 4DO6A 4FNUA 1MZHA 5DBUA 2VOMA 3W1LA 3SECA 1GTEA 1GTHA 5K4XA 3FEMA 2ISSA 1K7FA 1ZCOA 3G18A 4N2YA 3TK7A 5C55A 3G0UA 2OMAA 1JCJA 1KM3A 1ICPA 2EHHA 2E68A 2XN0A 1N8FA 2CW6A 4EVZA 1G6CA 4O0ZA 1TPDA 2ISVA 4GFSA 2E1DA 2R94A 5CSSA 3NQDA 5EBUA 1ZENA 2ZTJA 4HIBA 4BI5A 4AWUA 1JCLA 1JUEA 1OHLA 3W23A 3CEUA 2A7PA 3MMTA 3T55A 4FB7A 4FNSA 2CLFA 1XKYA 3HB9A 3LLDA 4PA8A 2NX1A 4CNOA 5BMWA 4ALDA 4UFKA 1SFLA 2QCDB 1LRQA 2Q8ZA 3WFAA 1OX4A 2QDGA 2C14A 4JTJA 4HPJA 1G4PA 2GPTA 3EX6A 4FNQA 3GK0A 4JTUA 4JX6A 1SO4A 3USBA 3L66A 1G4SA 1GOXA 5TQLA 1ME8A 4M19A 4QSHA 1AW2A 2H8XA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 2TPS A;  2VD9 A;  1WBH A;  4FPS A;  3H12 A;  1JPD X;  4MNK A;  1JF5 A;  2WMH A;  2GGI A;  4Q32 A;  3PZN A;  1UZ4 A;  4D8A A;  1M9H A;  3W3O A;  2ZXD A;  2YA0 A;  3WQG A;  1JIB A;  3W82 A;  3BJF A;  6TAA A;  1H7N A;  3IIO A;  3GB6 A;  3LHU A;  1PS9 A;  4R88 A;  5DO8 A;  1NFB A;  3PG8 A;  4S3G A;  2HXT A;  5BOO A;  5G4H C;  3QKE A;  1JF6 A;  4GXW A;  4ZQN A;  2OSY A;  2NQJ A;  1BD0 A;  4MWA A;  4PUK A;  4L4M A;  4RE3 A;  1H5V A;  1VJZ A;  1KFW A;  1LCO A;  2FB2 A;  1S5W A;  3S2C A;  2CZF A;  2WHL A;  3QJA A;  2PTY A;  4MB4 A;  4HTY A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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1OFOA

Total Genus

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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