1OFPA

Crystal structure of the tyrosine-regulated 3-deoxy-d-arabino-heptulosonate-7-phosphate synthase from saccharomyces cerevisiae
Total Genus 108
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
108
sequence length
348
structure length
306
Chain Sequence
EDVRILGYDPLASPALLQVQIPATPTSLETAKRGRREAIDIITGKDDRVLVIVGPCSIHDLEAAQEYALRLKKLSDELKGDLSIIMRAYLGLINDPDVNNTFNINKGLQSARQLFVNLTNIGLPIGSEMLDTISPQYLADLVSFGAIGARTTESQLHRELASGLSFPVGFKNLNVAVDACQAAAHSHHFMGVTKHGVAAITTTKGNEHCFVILRYDAKSVAEAKAQLPAGSNGLMIDYFRNQPKVNDVVCEQIANGENAITGVMIESNINEGKYGVSITDACIGWETTEDVLRKLAAAVRQRREVN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Substrate and Metal Complexes of 3-Deoxy-D-Arabino-Heptulosonate-7-Phosphate Synthase from Saccharomyces Cerevisiae Provide New Insights Into the Catalytic Mechanism
pubmed doi rcsb
molecule keywords PHOSPHO-2-DEHYDRO-3-DEOXYHEPTONATE ALDOLASE
molecule tags Lyase
source organism Saccharomyces cerevisiae
total genus 108
structure length 306
sequence length 348
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.5.1.54: 3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase.
pdb deposition date 2003-04-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00793 DAHP_synth_1 DAHP synthetase I family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1ofpA00
1TPUA 3TK7A 5DBTA 3WK3A 5K4XA 1SU5A 5LGXA 3W1MA 4NJIA 4PH6A 3W7QA 3CM4A 1TPDA 4FNRA 4QAIA 2ZZ7A 1TPC1 2H6RA 1TQJA 3RNDA 2WQPA 4Z0SA 4ONVA 3NQMA 4CQ9A 3ABQA 2ISVA 3FIGA 5L9FA 1SW3A 2GJNA 3LBCA 1SO6A 2R8WA 3PBWA 2YYUA 1IXPA 1QPNA 3C4UA 2BWGA 3C8FA 1WBHA 1R47A 3L2IA 3NO5A 2Y63A 3VCRA 2QCHA 4A2SA 4RZ6A 4IOTA 4W9TA 2QAFA 1DOSA 5BNKA 3DXIA 1WXJA 2E5DA 2YPIA 4KFOA 1XUUA 4DPQA 4MLJA 2OJPA 3IGXA 2Y7GA 4O18A 3S5OA 3E49A 5DCDA 4Y96A 4LC6A 2FLIA 2B7QA 4H4IA 3VE9A 1S3HA 3NZ1A 1T8XA 3PUDA 1PHWA 1RZMA 1ICSA 1LLWA 4DF0A 4QSHA 4B5NA 4XZ9A 3GDKA 3W1NA 1DQXA 3W86A 4P61A 5BMWA 1ZFJA 5LHEA 2VFIA 4GRSA 1JCJA 4YCOA 4PCFA 5T26A 1F2JA 3M9YA 4LUIA 4PEKA 1ZY9A 5F2MA 4GBUA 3S8HA 1TJRA 3W7KA 4CQ8A 4TMBA 3F4NA 3ANYA 3LB0A 1PVNA 1OVDA 4BI7A 1PHQA 1OFDA 3EWBX 4E2DA 2ZTJA 3LHZA 1VCFA 4NJGA 3UPWA 3CLMA 2QF7A 4HSOA 3QSTA 3UWWA 1FCUA 2CZEA 1B57A 3TUUA 4M6QA 5DY2A 1OFQA 1LCOA 3C3NA 4ZQPA 5D30A 3MP3A 5I3GA 4I9AA 3B0VC 1FXQA 1ICQA 3MI2A 1E51A 2QJGA 4DO5A 2TSYA 3ABSA 3E96A 3W7LA 1DJNA 3NQAA 3FJLA 1FWNA 5K2ZA 3N73A 3HGSA 4JIPA 3U6WA 1YYAA 3QMRA 5AC6A 1H1YA 5D03A 2JKAA 2QAPA 3GVGA 3NGJA 3WJYA 3CC1A 4MY8A 3B05A 1D3GA 1QOQA 4TU1A 1L6WA 2NV1A 3U8GA 2OZ0A 5TIMA 1JRCA 4O52A 1RD5A 3W76A 2G97A 5CPMA 1ZALA 1QOPA 4FNTA 1P0NA 3P8IA 5CGQA 1NAL1 4MZYA 1RQBA 2ALDA 3EWYA 1SSGA 2FB2A 1KTBA 5FF4A 5IBXA 4QITA 3BW2A 2UV8G 3WJWA 1G67A 4AHOA 2YFNA 1AG1O 1TTPA 4E0CA 2Y88A 2BX7A 1ZNNA 4O14A 2X30A 2YCEA 1B4KA 2BXVA 4XKYB 2V81A 4RKAA 3OA3A 4IMEA 4LVFA 2EAWA 3P5ZA 4FX7A 4BWLC 2QUTA 1JQVA 3LV6A 2C19A 5K7JA 5CG7A 2CLFA 3LTSA 3W7IA 3WJXA 5AHNA 3MHFA 1K8ZA 4QJ1A 3S42A 5HUOA 3QPYA 1FDZA 1KM6A 2YZRA 4JDYA 2RH9A 1WX0A 1AW2A 5EKYA 1YDNA 4LNYA 4RCXA 1QNVA 1GVQA 1KBIA 1FUYA 1QFEA 3L0GA 3C56A 4OQVA 2A1YA 3U2OA 1RR2A 1SO5A 3UWUA 4AHQA 3HBLA 3N2XA 2ZDRA 4K7YA 3P5YA 1H63A 4MY1A 5HNRA 5C6MA 3W1UA 1YPFA 4LS2A 2BLEA 4GC4A 3P62A 3W83A 1I2NA 3KX6A 4N9EA 2ISWA 2V8ZA 1K03A 4BI6A 2H8ZA 4AXKA 4O4WA 5BW6A 4JTIA 5FF3A 2PE4A 2ZZ6A 3STGA 2QCEA 1FWRA 4UR7A 1I2OA 3FEMA 3W71A 1AMKA 1H7RA 4MZ8A 1ML1A 3NXFA 3QW3A 3UXAA 5C2XA 1UBSA 3JS3A 5AOUA 4ZVJA 2CLLA 1XC4A 2E6YA 1G7VA 1GPWA 4N9BA 4S1FA 1QO5A 1P4CA 2PRMA 1LYXA 3GR8A 1O95A 5KZMA 4IPIA 3DFPA 2JK2A 4Y6GA 4IPJA 1IXOA 1R46A 3NQ2A 3TJXA 1GVFA 2WV8A 3G3MA 3LM7A 3M44A 4K8HA 2DZVA 3HQ1A 3KVMA 4ZL1A 3EXRA 1GG1A 1TTIA 1EPXA 4O28A 3M5XA 3UZ5A 3O1NA 1U83A 1LOQA 1IGSA 2C0AA 1SUXA 1OABA 5BRBA 2XN0A 3C61A 4A21A 3F1QA 4GNJA 2WSYA 3B8DA 3EWXA 2C15A 1XBVA 3HJZA 1W5PA 2NUWA 3MBDA 4MYXA 1Z44A 3EXTA 5FF0A 5EY5A 3MMTA 2CLHA 1AL8A 1V5XA 1VQTA 4CCDA 3GXTA 1F73A 3IV3A 1OFRA 3STCA 5CZSA 3L68A 4UC5A 1TPWA 3DHDA 1JRBA 4JIQA 3TDFA 2FJKA 4M5PA 1H50A 3H53A 3M5VA 2C6QA 4Z1BA 3Q94A 3PWAA 4JTSA 4Y9AA 4JEQA 1HO4A 3HIJA 4HNTA 3HG4A 3TROA 5G2HA 1OFOA 3W1TA 1DKWA 4JDBA 4K36A 4JR5A 1TPEA 1B4EA 1VC4A 3PAJA 3UY8A 1KV8A 1H62A 1F76A 4HPJA 4CNNA 4H6KA 1DVJA 2VEPA 3BGJA 5CPNA 1O94A 2FFCA 3LXCA 2EKCA 3TMLA 2B4GA 3PG9A 3LHTA 3N19B 1N8FA 4MOZA 1FCQA 3T40A 4K6AA 1A50A 1GEQA 3P84A 3O15A 1G4SA 1QCWA 1FX6A 3O6DA 1XDLA 1I2PA 1TCDA 2A21A 4NZJA 1PCWA 4Y8FA 2ZZ1A 3IIPA 3LI0A 1XL9A 2Z2UA 1SPQA 1OFAA 1MO0A 3N9SA 4UNKA 1YDVA 5LHFA 5I3FA 3TQVA 4UTLA 4LUJA 5TQLA 1IIGA 1GTEA 2ZCGA 4LU0A 4HT3A 1R30A 1SFLA 1W8SA 3ELFA 3WFAA 5G5IA 2JBMA 3GKAA 4O0KA 4JGDA 1J5TA 2IQTA 1SFJA 5J5RA 1KM2A 5H2ZA 4TO8A 1ALDA 1SZNA 1VH7A 2Q3RA 3W23A 4EF9A 2GUUA 1W5QA 5CKSA 3QPZA 3P80A 2VEMA 3L66A 1BEUA 1GQNA 4WUIA 1FBAA 1XI3A 3EWUA 2FPTA 5KZDA 4O0ZA 2Z1BA 3QW4B 4FNSA 1VGAA 1QR7A 4IMGA 4JXCA 4ZZ9A 2A7RA 4QISA 2HS6A 3B06A 1GWJA 1NF0A 5D38A 2D73A 1NVMA 1F5ZA 1B9BA 3LRMA 3O07A 1QO2A 3SIZA 1VYRA 3BARA 3TSBA 3MYOA 4MLRA 1YDOA 4L4MA 4UMBA 3G1XA 1YXYA 3C2VA 4PA8A 5FEZA 1V7YA 4JN6A 3PSVA 2QCFA 4M6VA 5HULA 1SO3A 3SGUA 4UTKA 4CCEA 2J6XA 4I7VA 1KW1A 2I9EA 2YFOA 5G2WA 3CT7A 3BW4A 3TC6A 4KFNA 1PIIA 1KM3A 5ABTA 2KZHA 3PC0A 1AK5A 3LCWA 4FX8A 3GXPA 3QH2A 1UJPA 1VS1A 1H7NA 4RJEA 2PURA 1DV7A 3LI1A 2E5BA 1TRDA 1N55A 1DHPA 3W7PA 4Z1CA 2YXGA 3A5VA 1AL7A 1OF6A 3B0PA 3QC3A 2GPTA 2YSWA 4FIQA 4ICNA 3LCXA 1F7BA 3TH6A 4NNAA 1BKSA 4UTUA 4N9CA 3CB8A 1Y0EA 1GVSA 4PTNA 3MWAA 4WOZA 3JRKA 3DENA 4X9SA 3LHYA 5BOOA 4EVZA 1LDCA 4UTHA 4YXGA 4LS0A 3G0SA 3MO7A 4HN4A 5CSRA 4NJJA 2GQ9A 4S2CA 1FWWA 1NF7A 4YL2A 1LOSA 5CPOA 2C14A 5AHIA 3EB2A 3HGJA 4JD4A 5FI8A 4OV4A 3QQ0A 3LXBA 1P1XA 3BLIA 3NDOA 3NR0A 3PUOA 2A5HA 5D09A 1K02A 3ATZA 3LLDA 4RX0A 3TNOA 4AF0A 3L5MA 3WK0A 2E5CA 5D05A 3BG9A 3S0CA 1K7XA 2H8XA 1OHLA 4WXZA 4S2BA 1UB3A 4ADSA 1S5WA 2GVGA 3P81A 4MFDA 3DKLA 3DI1A 3OG3A 3P60A 3T7VA 5SWUA 1GG0A 3N14A 4LS1A 1W1ZA 3W7RA 4N4PA 2ABAA 4UMCA 1TIMA 4GFSA 3KRSA 2W0UA 3W1PA 1OX6A 1EA0A 2WPBA 3TAOA 2RHGA 3DFTA 3FKRA 3RK8A 1B3OA 3W72A 1VHNA 2DJXA 1L6YA 3WJZA 3KAOA 2V2HA 3SGZA 4YCPA 2P10A 1KFBA 3UD6A 4LT9A 4AWSA 1RPXA 3LTYA 5A8GA 2ZYFA 1VJIA 1M7OA 1ZAHA 4UTWA 4FXRA 4HPXA 1X1OA 3GX9A 4BWLA 4IMDA 3GDLA 1G4TA 1OFPA 5G2IA 1Q6OA 5DCEA 2WNNA 1UCWA 5HR6A 4JYDA 2OX1A 4ZMGA 3ATYA 1WAUA 3TA6A 4GE8A 4JNMA 1H7OA 1H51A 4C1LA 2YR1A 2AAMA 3NYZA 1W0MA 4O16A 1GJPA 3HGOA 1SSDA 3W1RA 3LCIA 3M47A 4O10A 4UMAA 3MP5A 4RR4A 2V5BA 4WQ6A 3OEXA 1L6SA 3NQ6A 4LOCA 2Y62A 3DI0A 5AB3A 4JICA 1EB3A 2FQIA 3C0JA 4OHQA 1EUAA 1XKYA 5TBOA 3TXZA 4CLMA 1PE1A 4RK8A 5CZJA 3O8AA 4KWVA 3QSRA 5FEXA 4PODA 3L67A 3EX6A 1C29A 2QJHA 3W7EA 1IIHA 4AB4A 3UXDA 3LHVA 4FHAA 5LZLA 2EGZA 2ISSA 4DO4A 2VC6A 1LP6A 2VELA 4CNPA 4HKPA 5KTLA 3SJ3A 4M7TA 3TIMA 5HMSA 2DZUA 3HF3A 3KRUA 5G4EA 5KSWA 1NEYA 4WOQA 4UIOA 2NWSA 3QMTA 2W6RA 5EL1A 1RQEA 2B7NA 3PULA 4DPPA 1WV2A 8TIMA 1MEIA 2PCQA 1M7PA 3S5YA 3C2RA 1J4EA 3THQA 2E09A 4XUGA 3G1AA 2NX3A 1OF8A 1LROA 2X1UA 1KM1A 2YYTA 4A2RA 2X1RA 1OK4A 4NT0A 2G96A 4TIMA 1UUMA 4EIVA 4QNEA 4GUGA 1VLWA 1SO4A 1VRDA 3BK0A 3A23A 3GDRA 3HPXA 4NVTA 5DXXA 3BV4A 3HG2A 5I3HA 3EX2A 4UR8A 1CW2A 4BF9A 4LVAA 5F2IA 3M0ZA 3W70A 1HFBA 4ADTA 4MVAA 4GJ1A 1O5XA 1EUNA 3R12A 5EBUA 2NXHA 3W7OA 2F7FA 3Q37A 2V2CA 5E1QA 5AYYA 3QM3A 4H3DA 3M5ZA 4K39A 5IM51 1TJPA 1ICPA 4O8RA 4FNPA 3SZ8A 2ABBA 5FEWA 3PBUA 4O57A 2W79A 3P8JA 1EX5A 3KRZA 3O05A 1OX4A 4AAJA 3TC7A 3MI6A 3EEGA 1LM1A 3BLFA 3KXQA 4M19A 2JKEA 3C2FA 3I68A 3ABOA 1LRNA 3VI2A 2JGQA 2VKZG 1W37A 4UFMA 5DN1A 4MZ1A 1DBTA 1ZAIA 3VFLA 4UFHA 4DEFA 4IQLA 1EIXA 5FESA 2VEKA 5FF7A 3THAA 3ABRA 4IX2A 3QFEA 2CWNA 3FFSA 1FCBA 1DQWA 1KV5A 3I6RA 2Q3OA 1XXXA 2GOUA 4JTFA 1T96A 3AJXA 1JCMP 3UY7A 1TV7A 3LLFA 1I2RA 3R89A 3G1VA 3NPWA 3NQGA 3T55A 3R8RA 5AHMA 3TX9A 1VR6A 4LRTA 4UUIA 1TPH1 2WNQA 3TV8A 3GLCA 1G6CA 2QCCA 3UNDA 4NQ1A 1L9WA 3M41A 1I2QA 1G7UA 1H1ZA 4AVFA 3RF9A 3W1QA 1PL9A 3CHVA 3T78A 3ZFHA 1HG3A 2QCDA 1VCVA 5G1YA 1A5AA 4MUZA 3G1FA 1W56A 2VXNA 3PBYA 3P82A 3G18A 4QQ3A 3NQDA 4ZQCA 2DZPA 1Z48A 5HJLA 3UZJA 2J9XA 3TQKA 2GQ8A 4AF0B 3HG3A 4GWEA 3ZWSA 3FYOA 4GXMA 4WX2A 3TFCA 1FY6A 1D9EA 4WY0F 4IMFA 5AC8A 2NZLA 1A5SA 4RZ4A 4LVGA 3GKFA 3LCHA 1TREA 1LBMA 3T4CA 2WNZA 2BZNA 3GYEA 4Z1DA 1SZEA 3W2JA 2J27A 3TW7A 3O6CA 1SW0A 5D33A 3WJSA 3YPIA 1K8XA 2NUXA 4JTJA 1F6PA 4XBKA 4ZQRA 5MHBA 2C16A 5F4SA 1JJKA 3EWWA 3G3DA 3GIYA 3C2OA 1ZCOA 3EWZA 3O63A 3K30A 2CLEA 4JTUA 1QDSA 5EMUA 1RQHA 3L21A 5K3VA 1O60A 1GTHA 4JTHA 3OVPA 5F4WA 1WYIA 1OFEA 5G1TA 2V5LA 1XBXA 2A6NA 3W7GA 1K7EA 2R94A 4YMZA 4UFLA 3GDTA 2RDTA 4HIBA 4MIMA 2YDAA 3SSJA 1FQ0A 5CZTA 3C6CA 3MYPA 1KLZA 3W1LA 3OVRA 1VYSX 4AMAA 4BR1A 2Y6ZA 1Q6LA 2GVJA 1W54A 1DJQA 1JQXA 3W7MA 3PS7A 3N3MA 5IBXC 1QPQA 3HG5A 2FIQA 4TR9A 3L0NA 3FLUA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3MZ2 A;  2V69 A;  3ZJK A;  3G6L A;  4OVX A;  4YNG A;  2P50 A;  1YEY A;  4JL2 A;  3IS4 A;  4NJI A;  3GH5 A;  1S38 A;  2J7H A;  4WHB A;  5C9U A;  2INF A;  3CM4 A;  2ZZ7 A;  2E9L A;  3PZM A;  4H04 A;  3VDH A;  1YNQ A;  3PAN A;  2PF8 A;  4XZH A;  1P1M A;  1JZ6 A;  2NVD A;  2GJX A;  3LBC A;  2R8W A;  4GH3 A;  4Y9O A;  2DEP A;  3GXI A;  1DTU A;  4UTF A;  2YYU A;  1QPN A;  3C8F A;  1R47 A;  1URO A;  4LEQ A;  4IOT A;  2QAF A;  1P7T A;  2REQ B;  4QDM A;  1WXJ A;  4ERA A;  4QS6 A;  2E5D A;  5A8N A;  1OZM A;  2Y0F A;  4MLJ A;  4R9X A;  1XIF A;  2VO5 A;  3IGX A;  2O9R A;  4JNZ A;  4O18 A;  5LIU X;  3E49 A;  3PPF A;  2FLI A;  1MXD A;  4RPP A;  4INF A;  1Q4W A;  3WG6 A;  4IIE A;  1ICS A;  3REQ A;  3OLI A;  4G7F A;  3VNJ A;  1JGM A;  1K4H A;  1NFG A;  1RY8 A;  3VGE A;  3CV7 A;  1HP5 A;  4P61 A;  4YTR A;  4AIS A;  1V6Y A;  2CYG A;  4F9J A;  4PCF A;  5DRC A;  3PJT A;  3VGD A;  1ZY9 A;  4NF7 A;  5F2M A;  4GBU A;  2XFR A;  1XSI A;  1PKL A;  4CQ8 A;  4TMB A;  4Q3M A;  3WD1 A;  3FX4 A;  5D9N A;  1TA3 A;  4BI7 A; 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