1OM0 | Genus

Total Genus 98

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	98
sequence length	274
structure length	274
Chain Sequence	AGGKTGQVTVFWGRNKAEGSLREACDSGMYTMVTMSFLDVFGANGKYHLDLSGHDLSSVGADIKHCQSKGVPVSLSIGGYGTGYSLPSNRSALDLFDHLWNSYFGGSKPSVPRPFGDAWLDGVDLFLEHGTPADRYDVLALELAKHNIRGGPGKPLHLTATVRCGYPPAAHVGRALATGIFERVHVRTYESDKWCNQNLGWEGSWDKWTAAYPATRFYVGLTADDKSHQWVHPKNVYYGVAPVAQKKDNYGGIMLWDRYFDKQTNYSSLIKYYA

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__243830102973466__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__243830102973466__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1OM0/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__243830102973466__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"243830102973466","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1OM0/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__243830102973466__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfbbd7154417e14febbc32a/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfbbd7154417e14febbc32a/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfbbd7154417e14febbc32a/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cfbbd7154417e14febbc32a/pdb.gz): 762 ms

reading 274 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

274 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 23 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:273});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Sugar binding protein
publication title	Structural analysis of xylanase inhibitor protein I (XIP-I), a proteinaceous xylanase inhibitor from wheat (Triticum aestivum, var. Soisson). pubmed doi rcsb
molecule keywords	Xylanase Inhibitor Protein I
total genus	98
structure length	274
sequence length	274
ec nomenclature
pdb deposition date	2003-02-24

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00704	Glyco_hydro_18	Glycosyl hydrolases family 18

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	1om0A00

3BAWA 1J01A 1UD6A 1EA9C 1WZMA 1JYVA 3ZR6A 1GCYA 1JD7A 4AZ5A 4CD5A 4AD4A 4URIA 1B2YA 3VGBA 3WEMA 3WNLA 1CZ1A 4DWSA 2J7EA 3DHUA 4Y7EA 1PBGA 1W9VA 4E8CA 4HMCA 2DH2A 5HNNA 4DM1A 5I2UA 4HA4A 3SCUA 4BCEA 3VMPA 3M07A 1F4AA 1C8QA 1WO2A 4ACZB 3BSGA 3OIHA 1QBAA 4OJYA 2DEPA 3VIFA 4P7QA 3WH5A 1MXGA 1KBBA 2V5CA 1TA3A 1V3LA 4U5KA 4MNJA 3ZM8A 1JDAA 1EDTA 3WUBA 1H5VA 3KEHA 1U30A 3POCA 3VGEA 3W0KA 1GUVA 2GUYA 1XSJA 2VRKA 1LWHA 3VD5A 1RD6A 2IUZA 3WF1A 4GI6A 1LG1A 3WNNA 2UY2A 3PHAA 3F5KA 5JUVA 2OYKA 1PX4A 4J3VA 5A94A 3PZUA 3CBWA 3N11A 1HJSA 4X0NA 1UQYA 3N13A 5IXEA 3WFLA 1GJUA 1WPCA 1M03A 2V3FA 3PZQA 2D20A 4M80A 4MTVA 3AIUA 1FH7A 1N82A 1UHVA 3TA9A 3ZSTA 2PBGA 3AS3A 1XH1A 2VCCA 4H8VA 4HMEA 4D6CA 4OOUA 2GVYA 3L4VA 4R5EA 2BNJA 4F8XA 3RPMA 1HIZA 1CWYA 4L4PA 4CU6A 4D6FA 3CZGA 2BXZA 4PSRA 5CXPA 3AZTA 2WSKA 1QI4A 3VGHA 1UWQA 3WMCA 3T09A 2CKRA 4E2OA 5D4YA 4MB1A 1PEZA 1BG9A 2ZOXA 3WNMA 3O6AA 5I78A 3NCOA 4OKDA 1VEOA 5D9PA 5D9MA 3AOFA 3SCSA 3B8SA 4L4OA 4X0VA 1MW2A 2IXVA 3T2PA 1FFQA 2YBUA 1H0GA 2YIHA 4AW7A 2GK1B 5BRPA 1XCWA 4JFWA 3I3DA 4PYSA 1EXPA 3ARVA 1JZ3A 1SR0A 3OG2A 3WBEA 3DYOA 2WMIB 2WMFA 2DT2A 3RCNA 1H41A 1UG6A 2WMGA 4W7VA 1VF8A 2E9LA 4F9DA 3AIEA 4GO9A 4BA0A 2WMHA 3SCPA 2UY3A 4ZFMA 1X6NA 1HVQA 3CUHA 2W63A 1UKPA 3B9EA 1HKJA 2J47A 1JG9A 1ZJBA 3MUIA 3KWXA 1LL4A 1KGWA 4UFKA 1W9XA 1IT0A 1E6SM 2NT0A 3NDYA 1KGXA 1DWFM 3WF4A 1TVPA 5I3DA 1JYNA 3ZT5A 1OBAA 2HISA 4F9JA 1NOFA 3UR8A 4CCCA 3AHTA 3VD7A 1EQCA 3VNZA 4U2YA 1E73M 3VGDA 3NSNA 2XWEA 2WANA 3VVGA 3PZ9A 1JXKA 2G3NA 2WKLA 2XHYA 3AIBA 3BSHA 5A8PA 1KXHA 3SCWA 3UG5A 1W3KA 3QHMA 5JBDA 4X9YA 5CG0A 1MQRA 1V08A 1UH3A 1WDSA 4V28A 4UFHA 3WIJA 1UD8A 5A2BA 4UFIA 3BCDA 5A6JA 2YDRA 5D8ZA 2VR5A 4AC1X 4RE3A 1K6AA 1ZBCA 2OWWA 1CECA 3SEPA 4AZCA 3WEOA 4MNMA 1E4LA 3RJXA 3II1A 2QHAA 3VGGA 4AY1A 4NRRA 1JXJA 1SMDA 1E3ZA 1W9DM 1JNDA 4JHOA 2GSJA 4LYRA 1KR1A 1JF5A 3D5HA 4CUCA 2CXGA 3WD2A 2JEPA 3GH4A 3U7BA 3CUIA 4PSPA 3VX0A 1KXQA 4MJ2A 3SCQA 1CXLA 4JCMA 1QI2A 2XVLA 2CCRA 2ZXDA 1UA3A 3IAPA 3WUGA 2VRQA 4Z2KA 1E5NA 3VDBA 1G94A 4UOZA 5BCAA 3W4RA 2ZUUA 4AEEA 3THDA 4AYSA 3AXXA 3OA5A 5JBEA 3GNPA 3WMSA 3AS1A 2UY4A 4J3TA 4B9YA 2Y4SA 5A69A 1CLXA 1XCXA 3MV11 2YLAA 3UERA 2EPMX 4PCSA 1B0IA 2PB1A 2WZHA 3AMKA 4RL3A 2CESA 1FA2A 4H7VA 2XIBA 3OZPA 4DWSC 4JAWA 1CGTA 2JF6A 5AC5A 4ZEPA 3VIIA 1W91A 1J0HA 4EK7A 3CZJA 2WMJA 3LPFA 2WK2A 1HNYA 5EFFA 2ZUTA 3HN3A 1CPUA 1C91A 3SCRA 1J0YA 3EMQA 2GJXB 2OLHA 4JIEA 1VENA 3TTSA 3ARRA 4C7FA 4JFSA 3VM5A 4B9ZA 4HA1A 1GQLA 3WENA 4HPGA 1H1NA 1SMAA 3LPGA 1PJ9A 5BWFA 1H2JA 4UNIA 1OM0A 1K9EA 2DSKA 5F7UA 5IFPA 4U31A 2CBVA 3FHAA 3J7HA 3QGVA 1B3VA 1XD0A 2PWDA 3M7SA 1J0ZA 1FP9A 3NUKA 5CQ1A 1VIWA 4JKLA 3QOMA 3ZQ9A 3IJ7A 4PTVA 1BVNP 2EQDA 3FNDA 4PMQA 3W37A 1VFOA 4YHEA 5KEZA 4GINA 3WF2A 4AXNA 1E56A 3L4XA 3VKKA 3W29A 4UQEA 3W25A 1R7AA 2WVVA 3CMGA 3IJ9A 4AZ6A 4QCFA 3AIWA 4P7RA 1ZBVA 2VX7A 2NT1A 2WHMA 4D6JA 5CSUA 2WC4A 5A6KA 4ATDA 1JF6A 2J7BA 4Q22A 2ZXAA 1KB3A 4M82A 3NDZA 1Z32X 4TOQA 2RGLA 3QHOA 3ARTA 1C3FA 1CXFA 3BMWA 3GBEA 1OB0A 5EB8A 3SUUA 4JHZA 1QHPA 3WEZA 2AMGA 2Y5EA 1PX3A 1W9UA 2WKGA 4HTYA 1EDQA 3VIHA 1KWGA 4CKQA 4ZXLA 4YHGA 2DH3A 4Z2LA 2WWCA 4PMYA 5TD4A 1LJYA 3ARWA 3RDKA 2YL9A 1CGXA 2E9BA 1WNOA 1RH9A 1AQHA 2PF0A 2ZX9A 4E4PA 5GNXA 5CSYA 2BHZA 3CLWA 3GYCA 2V5DA 2X0HA 4GI9A 2QLYA 1WP6A 3CO4A 1V6UA 5A8NA 5BXRA 3BGAA 4ZXOA 3T0AA 2JEQA 1ODUA 1H11A 3WD3A 2CNCA 4D72A 1GW1A 1V0KA 1GHRA 2G3JA 6TAAA 1CEOA 2D1ZA 1W1YA 4W88A 2Y2WA 1XC6A 1GPFA 4V27A 4AD5A 5BRQA 4PMRA 4KGLA 3N15A 4U5IA 4ZENA 1WZKA 5M3WA 1GORA 2E8ZA 5KZ6A 4H04A 1V6XA 3UESA 2VC9A 2X09A 2V3DA 1EOKA 1ZB5A 2BY3A 1XSKA 2WSPA 3FHQA 1W9PA 5BROA 5HPCA 1GNXA 1LLOA 2DPEA 3OLDA 4CD7A 1HL8A 1NP0A 1MVYA 3EDJA 1HL9A 5CLTA 5I77A 1ZBKA 3BC9A 2FHFA 1VFUA 3CTTA 4JFUA 2DDXA 2BHYA 2WHLA 1ISWA 1BTCA 3OGRA 1PIGA 1NWUA 1EO5A 3ARZA 3W81A 1BLIA 2VO5A 2C0HA 4HOWA 1MWOA 1KCLA 4HMDA 2EPKX 1KWKA 3F4VA 2BVTA 2W5FA 2X1IA 3MSDA 1BYCA 2XYLA 3ARXA 4PMDA 5A6MA 3GXMA 4UQ9A 2V38A 4PUDA 2G4FA 5AYIA 3U5UA 3TOPA 2ZUMA 1TG7A 2JF7A 1NWTA 4MNKA 2W4XA 3VUPA 3GH7A 1WE5A 3VIJA 3QR3A 1MYRA 2PWEA 4B16A 3AJ7A 1KQYA 1OCQA 4TTUA 3AMGA 3KL5A 3IJ8A 4KRTA 4NSBA 4AZIA 4NF7A 2EJ1A 3DYMA 2IXUA 1J18A 2W67A 3WL1A 1RP8A 1EHAA 1ZL1A 3KZSA 1JFXA 1GOQA 2ESCA 1H49A 3AZSA 4HZ6A 5D9OA 1JFHA 4JKMA 3HMCA 4ATLA 1W3JA 3BXWA 2QV4A 1G0CA 1JAKA 4BQ4A 1HKMA 1OD8A 4B15A 4Z2JA 4OBSA 2VT0A 4LGXA 1R87A 2GDVA 2JIWA 5DFAA 4PMZA 5IFTA 2J77A 2EPOA 3AFBA 3WD4A 4GPNA 1BYBA 4W8BA 3O9NA 3MUAA 5IHSA 3MKKA 3WDPP 1IZKA 1H4PA 2GJPA 1E1EA 4HU0A 3WNPA 1HF6A 3PZGA 3ARPA 2XGIA 4LYPA 9CGTA 1JYWA 5A6BD 1UQZA 3GXDA 2Y8VA 3OZOA 2XSAA 4WKHA 2JALA 3W6LA 3LPOA 2CBUA 2X0YA 5LA1A 4AZHA 5JBFA 1AQ0A 3VILA 3AS0A 4J28A 2XFFA 2BXYA 2ZWYA 1E6NA 2CHOA 4QLJA 4W5UA 5A6BA 3CGTA 3TTYA 3NYDA 3ZMRA 5ABFB 5EMYA 4QDMA 4CVWA 3FAWA 1C90A 1KXTA 1UD3A 4MJ4A 3W6MA 1E0WA 4JZ5A 2E4TA 3AICA 2XFYA 1Q4NX 2VZTA 4P8UA 1CENA 1E55A 1XSIA 4JL1A 5IDIA 2OSXA 1E9LA 4WKAA 1R86A 1CNVA 1MFVA 1B31A 1UR9A 4FF5A 5GNYA 2J7GA 1B3XA 4IPLA 1CBGA 3B9DA 3W28A 1VBRA 1E0VA 3GZAA 3KL3A 3GXIA 2BVDA 2J74A 3MMDA 3FXYA 1HJWA 1ITXA 4V2XA 1HKKA 2FGZA 2JE8A 3PZIA 4UQCA 4H8HA 2YL8A 4PMVA 1LWJA 2G41A 3BLPX 2UWFA 7CGTA 1VEMA 2ZXQA 4AD1A 2DQXA 1E0XA 1QVBA 3HJEA 1WB0A 3BAXA 2CIPA 2BY1A 2CKSA 4LXFA 2WCSA 1B30A 3OLGA 4QCEA 2D3NA 1CGUA 2D0HA 5GPRA 1I75A 4BS0A 1TMQA 2O9RA 4WLCA 2OSWA 4TUFA 4B3KA 1NOUA 1CGVA 5E9AA 1YQ2A 3K8KA 1P6WA 1B9ZA 2VUYA 2VZOA 1D7FA 1DHKA 1JZ7A 1LL7A 1VBUA 4RE4A 4FLRA 4Z2IA 3M6DA 1BQCA 2DIEA 2YLLA 5E0FA 4AZGA 4XB3A 4AISA 1Q6GA 2WBGA 5DF0A 1GJWA 2PWHA 1TUXA 4DWSB 3WSUA 1UKQA 3BH4A 3GTNA 4UTFA 3WNKA 2CERA 1ITCA 2E9MA 2ZX5A 4CCEA 1DWGM 1QW9A 2W61A 5GQBA 1NOWA 4GIAA 3PZOA 3W38A 4J3XA 3ZT6A 3SUSA 4AD3A 1QOXA 3AHZA 3ZO9A 1XV8A 1PAMA 3RILA 3VDAA 4QFUA 4M56A 1DEDA 1FHDA 1TE1A 4W93A 4UFMA 4WSKA 3MS8A 3SCVA 1HN1A 1F4HA 3RO8A 3K46A 4JL2A 4P8WA 1FH9A 1TA3B 2QMKA 2FH8A 1V6WA 5I23A 2PBOA 2VX6A 4KRUA 3CHCA 4UOJA 2X05A 3WUFA 1BFNA 2ZIDA 2CHNA 4UOQA 4DM2A 3WBAA 4UQBA 3FY1A 2CYGA 1EHNA 4GKLA 5FD0A 1B3YA 1GOMA 4R27A 3ALFA 3CUFA 3RM4A 4M24A 3VO0A 2WHKA 1V3HA 2GJRA 1W9BM 3ECQA 3E1F1 2YA1A 4U3AA 4UR9A 3BAKA 5DT5A 3WQ4A 5A6SA 1QNRA 5BXPA 1LL6A 3AXIA 3WDQA 4EE9A 4PTWA 2HVMA 1W1PA 1H0IA 1GQIA 5C71A 3OGSA 1G01A 3W27A 1UR1A 1Q6CA 1JGIA 3WFZA 4Z2GA 5E0CA 2VZVA 2YDQA 3D3AA 3KE0A 3WD0A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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1OM0A

Total Genus

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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