1ONRA

Structure of transaldolase b
Total Genus 138
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
138
sequence length
316
structure length
316
Chain Sequence
TDKLTSLRQYTTVVADTGDIAAMKLYQPQDATTNPSLILNAAQIPEYRKLIDDAVAWAKQQSNDRAQQIVDATDKLAVNIGLEILKLVPGRISTEVDARLSYDTEASIAKAKRLIKLYNDAGISNDRILIKLASTWQGIRAAEQLEKEGINCNLTLLFSFAQARACAEAGVFLISPFVGRILDWYKANTDKKEYAPAEDPGVVSVSEIYQYYKEHGYETVVMGASFRNIGEILELAGCDRLTIAPALLKELAESEGAIERKLSYTGEVKARPARITESEFLWQHNQDPMAVDKLAEGIRKFAIDQEKLEKMIGDLL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of transaldolase B from Escherichia coli suggests a circular permutation of the alpha/beta barrel within the class I aldolase family.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase
source organism Escherichia coli
molecule keywords TRANSALDOLASE B
total genus 138
structure length 316
sequence length 316
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.2.1.2: Transaldolase.
pdb deposition date 1996-08-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00923 TAL_FSA Transaldolase/Fructose-6-phosphate aldolase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1onrA00
4NVTA 2WSYA 4Z0JA 2YDAA 1W5OA 1XUUA 5D2TA 1H5YA 1OFAA 4K39A 1SZEA 7TIMA 3N9SA 2JKPA 4DEFA 4IXHA 1R47A 2EAWA 5I3JA 1S5WA 4M6VA 4UFMA 2Z0IA 3FYOA 4FX8A 2ZFAA 5KZMA 2A2IA 4Z1CA 3L21A 4OV4A 1NEYA 4UTJA 3NQ2A 4ZQMA 4YWIA 2VFFA 3SY5A 1W8SA 3DI1A 3GB6A 3IRDA 4C1KA 2B7OA 3LRKA 3W6YA 3PF3A 2RH9A 4M19A 5CG7A 4DBDA 4KFNA 1QNVA 1SR9A 1S5VA 1RD5A 2TMDA 3G18A 4MY9A 4N9EA 1Q6LA 2H8XA 4RCXA 4QITA 2ATMA 3NYZA 3W2UA 3LV5A 3E9AA 3G0XA 3TX9A 4UTHA 3EEGA 1G67A 4JY8A 3KHJA 5CZTA 4AF0A 2NZLA 3LTPA 3M5XA 2WJZA 4WY0F 1MO0A 3P81A 4HSNA 1G7VA 1K8YA 1WXJA 4B5NA 3C0JA 1UUMA 5D04C 3QSRA 4UNKA 1UJPA 3N14A 3TQ0A 3CC1A 1OX6A 4JYDA 2DZVA 4E2BA 4ORMA 1ZFJA 3N9RA 2TRSA 3DFOA 2E68A 3S1XA 1B4EA 1L6SA 3EWBX 4AHOA 1JUBA 1XFBA 1QAPA 1F74A 4TIMA 3NQ7A 4N2YA 3CT7A 1JCLA 4GRSA 4K36A 1TPH1 1J5TA 1TV7A 4GUHA 3BW2A 1AG1O 4AH7A 2QCEA 1JRCA 4DBEA 4NJIA 1VRDA 3KFTA 1FWWA 3HG4A 1UCWA 3W1LA 4MYAA 1EWEA 4GE8A 1PHWA 3TC6A 1K7FA 1TO3A 3HBLA 3OIXA 3THQA 2YYUA 3G22A 3TU9A 2FB2A 3NZRA 1GG1A 3PSWA 4M6PA 2VFHA 1ZJIA 1QR7A 1K7XA 1X7FA 2VEPA 3W2LA 1QPNA 3IIPA 3R12A 2CLFA 3LCXA 3OVQA 4QIUA 4UTMA 1HL2A 3CTLA 4A2RA 3GR8A 3MHFA 5LHEA 4N9BA 1N55A 3N3MA 4N4PA 3MP3A 3EWXA 2RKXA 1O5XA 1WOAA 4HNVA 4ZL1A 2ISWA 3L0NA 1BEUA 1KM5A 3FOKA 3UXDA 3WJZA 1J2WA 4FIQA 2ZA2A 1F7BA 1KA9F 4NXKA 3P84A 4BWLC 1DOSA 1KLZA 3T40A 2NUXA 4JICA 4UTUA 3JR2A 2W0UA 1L6YA 2YZRA 5HJLA 3T55A 3SGZA 2VEIA 2ZZ7A 1OG0A 4O1BA 2B7QA 3SSJA 5FF7A 4R7JA 4UC5A 1OJXA 3CQ0A 2C18A 3LX9A 3BV4A 2V5LA 1VHNA 2Y6ZA 4UMCA 1TRIA 1FWNA 1TCDA 2YFOA 1VZWA 4A22A 3NPVA 5C6MA 3A9IA 4M6QA 1PIIA 1EWDA 1OABA 1BKSA 5E1QA 4RJEA 2GQAA 4ZQOA 3FEMA 3B04A 4O50A 1VQTA 2X2GA 4EWND 3GNDA 1VYSX 3C52A 1K7EA 4MY1A 2ZZ5A 4HNUA 3C2EA 3V1PA 5AHIA 2ZRVA 2OMAA 4NT0A 3KVKA 3FIGA 1JQVA 3LXCA 3NPWA 4A21A 4P61A 1P4CA 2O7SA 2Q3OA 2CLMA 3M5VA 3NEVA 3LOTA 5J5RA 2R91A 3NOEA 3S5YA 4LVFA 4OE7A 1WX0A 2BWGA 3UY7A 1Z42A 1F05A 2C19A 5BNKA 3T7VA 5G5IA 3PM6A 4YCOA 1TPEA 5I3FA 4ZQCA 5CKSA 2OZ0A 1R2TA 3WFAA 1TRDA 5AYYA 1GYLA 3LHWA 3O16A 5LNRA 3UPWA 3PAJA 3Q37A 3EX1A 2PURA 4WY0B 4H3DA 1VLIA 1H7XA 1THFD 1YTEA 3GKFA 3G8RA 3B8DA 1LORA 4GUFA 3P5YA 3SFKA 3NQFA 3LI1A 3E49A 4RV8A 3TROA 4DF2A 5LSMA 4K37A 3TJXA 1SZFA 3M5YA 4Q33A 4U28A 3L65A 4S1FA 3IVSA 3RFAA 3WK0A 3S0CA 2FPTA 4OU1A 3CPRA 4MZ1A 2Y7FA 2V9DA 1L6WA 1OFEA 1IIHA 4NUWA 1D3HA 4AEOA 4CNOA 3PBVA 4IMFA 3S5NA 4N6EA 1DQXA 3EKZA 5L6UA 3R5EA 3VKJA 3FKRA 4O0ZA 3MYPA 2ZQ0A 4Y9AA 1W5QA 1QCWA 3W1PA 2X1UA 4RKAA 5G2HA 3ZS4A 2NWRA 4UTTA 2GOUA 1NSJA 1PVNA 3BLEA 4G1KA 3FS2A 3RNDA 2G96A 1M7PA 5FEPA 2IQTA 4UTTC 2VC6A 4CNNA 3UYCA 5EYWA 3OEXA 2B0MA 3UPBA 3VE7A 2VOMA 1I4NA 3LB0A 4NU7A 3BG5A 3O15A 4WY0A 2FJKA 3MI3A 3STEA 3EWZA 4UTWA 2NWSA 5F4SA 4AHPA 1KW1A 3W7MA 1KFCA 2A7RA 2YGYA 1NFBA 3GXNA 4ONVA 2VFGA 4ZMGA 3W7OA 4PEKA 1QFEA 1QPRA 4NNCA 1VR6A 4X3ZA 4N6FA 3P5ZA 5G4EA 4JTTA 1T8XA 3GK0A 1DHPA 1W56A 4OHQA 2EPHA 4Z0SA 4OGZA 4PCFA 3LCLA 1W3TA 1N8FA 2AQWA 2VFIA 1W3NA 1Z41A 1BWLA 2BZNA 2CLOA 4ZVJA 2E5BA 4NQ1A 1IGSA 2J9YA 1B4KA 3HF3A 4JX4A 2QAPA 2B7PA 1OYCA 4R53A 3IEBA 1GOXA 3CIXA 2F7FA 1F2JA 1MZHA 1JQXA 4AVFA 4M5PA 4O10A 4RR4A 2C3ZA 3I7QA 1KFJA 3GAKA 4M7SA 3Q94A 1X6UA 1TTIA 1CI1A 4JTJA 1Y0EA 3C3NA 5D33A 3W1QA 1WA3A 1TQXA 1ZNNA 3RU6A 4AAJA 1SO4A 3LHVA 3BLIA 5A8GA 1SZNA 4QSHA 3A24A 5IBXA 1GVFA 1R46A 2E77A 2X16A 2RDUA 3W1AA 3NO5A 4K38A 3P62A 3DBPA 2P10A 3S8HA 3R13A 3PB2A 1OFPA 1LYXA 2BLEA 1P0NA 4JTUA 2QCFA 3O07A 3C8FA 1SFJA 4I9AA 3VCRA 3HIJA 3A23A 1GVOA 2C1HA 3IIZA 2ATSA 2DORA 1H7NA 1TYGA 1W5MA 1R30A 3CWOX 4WZHA 5EA9A 3W9ZA 2RFGA 5KSWA 4IMGA 2DP3A 4UXDA 5SWUA 1XUZA 2CZ5A 3TXVA 4O11A 3DFNA 4CCCA 1KBIA 4TX9A 1SPQA 1LOLA 1A5CA 3KRUA 4Y8FA 3PBYA 3KX6A 5EPDA 3OHIA 3GDLA 4JTLA 4UR7A 1OFRA 3N2XA 1LLWA 2Y61A 2YW4A 4HT3A 1SW0A 2A1YA 1JCYA 1OX4B 1KTBA 1G4TA 3NPXA 1B57A 4K6AA 4CQ9A 4LOCA 5EL1A 3WK1A 3D0CA 3EKLA 2ZZ4A 3C2OA 2ZBTA 3W7LA 1XBYA 2HTMA 4I7VA 3ABRA 1K8XA 3QM3A 3Q58A 4HSOA 5CPNA 3C4UA 2WSQA 4ZQNA 2NXHA 1KTCA 4JGDA 4O12A 4MPQA 2BXVA 3DI0A 5FF2A 3BW3A 4KWVA 4Z08A 3P61A 4BR1A 5F1VA 1ICPA 3W70A 4KWWA 3NA8A 5BRBA 2I14A 4UTIA 3GAYA 3LXBA 2NUWA 2DJXA 1GPWA 3KRSA 3ATZA 1H63A 5DXYA 1O94A 3I6RA 4IMCA 5F4XA 1V7YA 3EWYA 3LXAA 4UR8A 4BFAA 1YXYA 5HUOA 3W22A 1OK6A 1LM1A 3O06A 3EX4A 3TCEA 4AXKA 3P67A 1K03A 2FIQA 1KLYA 4YMZA 2YCEA 5G2WA 1YXDA 3P8JA 3TV8A 4H6KA 1AL8A 2E5CA 2ZCGA 4AMAA 2P1FA 1OVDA 2GVJA 1OX4A 3P8IA 5J5DA 1B9BA 4O4WA 5AOUA 3HG3A 2E5DA 4MFDA 3W2KA 3MBFA 2H3BA 2D73A 4XWUA 3MW7A 2FDSA 4P2VA 3G0SA 4O0KA 1QPOA 1WV2A 1DQWA 2R14A 5CSRA 1ZENA 3GYEA 1KM1A 3I68A 1Q6OA 2QUTA 3GDKA 1D9EA 1DBTA 4FNSA 4UNLA 3W23A 4FX6M 3W07A 3BGJA 2QKFA 4WUIA 4E0CA 1FDYA 3CEPA 1ALDA 4NJJA 3F4WA 5KZDA 4X2RA 2GJNA 3MJYA 3KXQA 1UUOA 2GQ8A 1FBAA 2Y85A 8TIMA 5I3GA 3W2JA 1GQNA 1EUNA 1JRBA 1ICQA 1WOBA 3ELFA 2ABAA 3S1UA 3LBMA 1LP6A 3H54A 2Y62A 2HS8A 1G4EA 2QJIA 2ZZ1A 3E12A 5K4XA 3L0GA 3LRLA 1ME7A 5AB3A 4LRTA 4O14A 1DJNA 1KBJA 2LLEA 4JX6A 3C6CA 5U4NA 1H7OA 4ZQRA 5K9CA 4AB4A 4IGHA 1TV8A 3W73A 5AHFA 1CW2A 3FLUA 5D03A 1YPFA 4DF0A 1BWKA 3DKLA 2G5WA 4NZJA 4MFEA 5CZSA 4GUGA 1VGAA 3EXTA 5HNRA 1E51A 1TPUA 3BG3A 4LVAA 3UZ5A 3AJXA 2Q8ZA 1TPB1 4OWGA 1IXOA 4O28A 5HWJA 3SR7A 5DELA 4ADUA 3W83A 1TPDA 3TE9A 1RQBA 4XBKA 4JTKA 5K3VA 3NQCA 5D32A 3WK2A 3LHYA 3S6DA 5K4ZA 5IM51 1XI3A 2PRMA 1JCJA 2O7QA 3EX3A 1KM3A 3PY2A 1Q6QA 4O54A 3RK8A 1V5XA 3HG2A 2ZZ2A 1ZALA 2BX7A 1XDLA 4GUJA 4GC4A 1M7OA 2TSYA 5K7JA 2PRLA 3U2OA 3ABOA 5TBOA 5DBTA 4CCEA 3G24A 3SW6A 4GWEA 1LROA 1PCKA 1YTDA 2CLIA 4XQ6A 2C6QA 5CPOA 2A7PA 3TH6A 5LNUA 4O52A 4FXRA 3W1RA 1LLZA 4FNRA 4CCDA 1LOQA 3QQ1A 2W79A 3G1AA 4WJEA 2QDGA 4E2DA 4X22A 4JTHA 1MXSA 2QCNA 3NQMA 1Q3NA 3W2NA 1FCQA 2QCLA 3W3OA 3BK0A 3STFA 1O60A 2CZFA 1S3HA 3CWNA 3RF9A 2AAMA 2CLEA 3NAVA 3QPYA 2A21A 3MYOA 5C55A 3PSVA 4ADSA 3KAOA 2J27A 2GUUA 2DZUA 4PFMA 2CFFA 5F4WA 5FF0A 1H51A 5D2WA 5DCDA 2NXIA 2FPYA 3GR7A 5GVJA 1GG0A 1QPQA 4JYFA 5D37A 2CLKA 3M41A 3QFEA 2QUUA 4NX5A 1AK5A 3OVPA 1QDSA 2I1OA 4JDBA 3M9YA 3IGSA 1KV5A 4UCGA 3GNNA 3GZ3A 2YSWA 1XC4A 1Z48A 1BTMA 3THAA 3CIWA 1HO1A 3W7HA 3DAQA 3R2GA 4LY8A 3W85A 3NM3A 1FWRA 1GYNA 2QCGA 4K7YA 2ISVA 1AW5A 4JY9A 2QJHA 4I7WA 3NXFA 2ABBA 4IPIA 2NX9A 2V81A 1UB3A 1OK4A 3SIZA 3NQDA 1RQEA 2YXGA 3DGRA 5G2IA 1RQHA 2PCQA 4N4QA 1I2NA 4NJHA 3L9CA 1TTQA 4O8RA 2FLIA 3UWUA 2V2HA 1EUAA 1PE1A 2DZPA 4R34A 4RZ4A 1VJIA 3LHTA 4QM1A 5AHEA 2R8WA 3QH2A 2WNNA 2DZTA 2EHHA 2VEMA 4WD0A 1ZHAA 1KFEA 1CX9A 4BF9A 3M44A 3PUOA 3GXPA 2GVGA 1PV8A 3GDMA 3IIXA 1T0OA 5TQLA 1X1ZA 3QC3A 2NX1A 4OT7A 3TSMA 2F84A 4N9CA 1PCWA 1SU5A 5KITA 3OVRA 1TV5A 3M6YA 1IF2A 2P0OA 3WJSA 3YPIA 2A6NA 5AC6A 4DXVA 4QNEA 4LU0A 3KOFA 3KRZA 1U83A 4LC6A 4WOZA 3P60A 2RDWA 1LBLA 5G4WA 4IMDA 4JYEA 2X30A 1W0MA 5KTLA 3LDVA 5HMSA 4Z1AA 2RHGA 5D30A 5LGZA 3FKKA 4FIRA 1OF6A 3DHFA 4HPJA 2ZA1A 2XN2A 5AFDA 2Y70A 3BLFA 3QQ0A 5HULA 5TIMA 3TJLA 2C0AA 3MO7A 3OA3A 4IX0A 3UY8A 4NXSA 5CGQA 1I2PA 1S5TA 3IGUA 3FJLA 1EP1A 3B0VC 3LCIA 4LS1A 1I2RA 3ATYA 1H50A 5K9DA 2HSAA 3VE9A 4UTWC 3CEUA 3G1SA 1EX5A 4OBTA 3U6WA 4UFKA 5D2VA 3DU0A 1RR2A 2BSLA 2V8ZA 4MZ8A 2GQ9A 1SQ7A 3NQVA 4JXCA 1FY6A 3TC7A 2WSRA 1P0KA 1AW1A 1XXXA 3PB0A 2QCMA 3C2FA 1ICSA 4CNPA 3Q2DA 3B4UA 4IPJA 3LCWA 2FTPA 1GT8A 5T26A 2GVLA 2ZA3A 2VKZG 3BW4A 1VH7A 3HJZA 1TPWA 5FF3A 2NX3A 4Y96A 2CU0A 5CZ0A 2H8ZA 3S1VA 5U7SA 3NM1A 5AYXA 5K9XA 3TUUA 1OF8A 2Z2UA 1DL3A 4J9JA 3GLCA 4NJGA 2XN1A 5D2YA 1RV8A 4YL2A 3STGA 3DFSA 5HWMA 4AWTA 1N7KA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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