1OYA | Genus

Total Genus 147

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	147
sequence length	399
structure length	399
Chain Sequence	SFVKDFKPQALGDTNLFKPIKIGNNELLHRAVIPPLTRMRALHPGNIPNRDWAVEYYTQRAQRPGTMIITEGAFISPQAGGYDNAPGVWSEEQMVEWTKIFNAIHEKKSFVWVQLWVLGWAAFPDNLARDGLRYDSASDNVFMDAEQEAKAKKANNPQHSLTKDEIKQYIKEYVQAAKNSIAAGADGVEIHSANGYLLNQFLDPHSNTRTDEYGGSIENRARFTLEVVDALVEAIGHEKVGLRLSPYGVFNSMSGGAETGIVAQYAYVAGELEKRAKAGKRLAFVHLVEPRVTNPFLTEGEGEYEGGSNDFVYSIWKGPVIRAGNFALHPEVVREEVKDKRTLIGYGRFFISNPDLVDRLEKGLPLNKYDRDTFYQMSAHGYIDYPTYEEALKLGWDKK

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Old yellow enzyme at 2 A resolution: overall structure, ligand binding, and comparison with related flavoproteins. pubmed doi rcsb
molecule keywords	OLD YELLOW ENZYME
molecule tags	Oxidoreductase (flavoprotein)
source organism	Saccharomyces pastorianus
total genus	147
structure length	399
sequence length	399
ec nomenclature	ec 1.6.99.1: NADPH dehydrogenase.
pdb deposition date	1994-08-25

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00724	Oxidored_FMN	NADH:flavin oxidoreductase / NADH oxidase family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	1oyaA00

3L9CA 4AXKA 1YTEA 3B06A 1HTIA 1V5XA 3TFXA 3O1NA 4XZ9A 2OZ0A 1Q3NA 4KFOA 1SO6A 4Z1BA 5DY3A 2QCEA 2YX0A 1OHLA 3DFQA 1KLYA 4LS1A 2BX7A 3FOKA 3P80A 1S5TA 5HNRA 4XTDA 3KRSA 2ZCGA 3MJYA 1UUOA 3M7WA 3QF0A 2XN2A 1XL9A 4HSOA 3UWWA 5I3JA 4MZYA 1UJPA 4PH6A 4EOUA 3FYPA 4MZ1A 3W84A 2G97A 1KM1A 1W56A 3G18A 5AC6A 3GVGA 3HGOA 1TCDA 5TIMA 3UY8A 5KITA 4K7VA 3DENA 1ONRA 4UFJA 5EYWA 3HMJG 2V30A 2DZUA 3G1SA 3W1RA 1YDOA 4NX0A 4ORIA 4O4VA 4FO4A 1OX5A 3FKKA 2EHHA 5IM51 1OFBA 4UUIA 5A8GA 5D38A 2J9YA 1JCLA 3R8RA 5BW6A 1M7PA 2JKPA 3WJZA 3W3OA 2IQTA 4JX4A 2GOUA 2ISVA 5F4SA 3M43A 2NX3A 4MYXA 1KTCA 5G2WA 3EWZA 3FKRA 1OYAA 5LNUA 1WOAA 2GJLA 5FESA 3CB8A 4FXSA 1G7VA 2RDWA 5AHEA 5HWMA 3NQDA 4DBDA 1N8FA 2QF7A 3GZ3A 3MI2A 3PSVA 3KVLA 4ZQRA 4QQ3A 4ZVJA 2CW6A 3MMTA 2ZRVA 4XBKA 4YLWA 3LTSA 1VC4A 1Z42A 2ALDA 1Q6RA 2ZZ5A 4AWSA 1FXPA 5KMYA 3TSBA 3NGJA 1VS1A 3P84A 3O8AA 5CPMA 4DO6A 1QDSA 4O0KA 4O57A 4AHOA 4AWUA 2Q3RA 3LBCA 4LV4A 4BWLC 1W5PA 2VENA 1WQ5A 1W1ZA 3IIZA 3RNDA 4E0CA 3QPZA 4O17A 1JQXA 3S6DA 3ATYA 3KVJA 3H53A 3W23A 3C52A 5LNRA 1YDVA 4NJJA 4JICA 5K3VA 5I3HA 4JGDA 1X8FA 3RF9A 3DKLA 2BXVA 5K4XA 3NYZA 1HUVA 4O12A 3GNNA 1FBAA 2YDAA 2I9EA 2CLIA 3ZS4A 4LC6A 3SECA 3ATZA 3KHJA 3L5MA 4DO5A 1UUMA 1W5QA 4XKYB 2B0MA 4UTMA 1TTIA 3RLUA 4Z0JA 1AW5A 3OBKA 2CFFA 4CQ9A 3PVFA 3TK7A 2NXIA 3GIYA 4K8HA 3W7DA 1F73A 1OK4A 1XFBA 4YCPA 1K02A 1SO4A 1DKWA 1TJRA 2JKAA 4BI5A 3VFLA 3L66A 4NNCA 1OF8A 3CM4A 3TROA 3LV5A 3TSMA 4ICNA 1E51A 3W7RA 1B3OA 2DORA 1P0KA 1RPXA 3EX6A 4R34A 1H5YA 4M7SA 4WXYA 6TIMA 1OYBA 4WX2A 2X1TA 1U83A 3EXTA 3Q58A 4RZ5A 4JY8A 3R2GA 3PSWA 5K4ZA 3TAOA 3OEXA 3T40A 2CLLA 3LX9A 5U4NA 1Q45A 1KFEA 3P61A 1IXNA 2W6RA 3C6CA 3LRLA 4JTLA 2R14A 3LHTA 4RJEA 4AB4A 2X30A 1W37A 1RQHA 4JIQA 1L9WA 1TPDA 4OBTA 2F84A 1ZJIA 2NWSA 1FCUA 3EKZA 1YPIA 3IRDA 3M0ZA 3PC0A 3TH6A 4N9DA 3BW3A 3AJXA 4UIOA 4KWWA 2E6AA 3WK3A 2H3DA 1H60A 3EWWA 3R5EA 4O16A 1MXSA 5BMWA 2WSYA 4RXFA 2E5CA 2ZZ2A 4BF9A 2Q3OA 1WOBA 3C0JA 4KKXA 4UXDA 4A29A 1TIMA 2H90A 3W7LA 2DZXA 2Y6ZA 3W1XA 2CLFA 3M9YA 1KM3A 4I7UA 4XTIA 1U5JA 4DF2A 1J4EA 1A5AA 2E68A 4GBUA 2ZYFA 1GWJA 3EWBX 4MJZA 4IPJA 5LNWA 3DAQA 1TTPA 2QCDB 2V2HA 3GDLA 3NR0A 4MVAA 5D2VA 2FJKA 3JS3A 1YXCA 1T8XA 4QIUA 3DHFA 4JTIA 4FNTA 1LDCA 1ZNNA 3W1NA 1SO3A 1J2WA 3MI3A 3QW4B 4TIMA 3M5YA 2ATSA 1FX6A 2P0OA 1UCWA 1FWSA 1QPOA 1THFD 2WJZA 1SQ7A 3NM1A 1VHNA 4GUIA 1H1YA 1GVFA 1IIHA 3LHUA 3E0IA 4O52A 3SGZA 3NQ7A 3KRZA 3G3MA 5I3FA 3LB0A 4UTTC 2B7QA 4HIBA 1QAPA 1TTJA 1KFLA 3PBUA 3DFOA 3N9RA 4JEQA 5AHNA 1QCWA 2RH9A 2YZRA 3G3DA 5AYYA 3CTLA 2QCCA 5H91A 4OV9A 5LKYA 4JTTA 2GQAA 1JRCA 1CX9A 5HR6A 2HTMA 3VE7A 3UY7A 3F03K 3HIJA 3PY2A 2ZRXA 3FA5A 4UFHA 3GDTA 1KW1A 1TPB1 3W7NA 4MFEA 4YCOA 4GJ1A 5DN1A 5F1VA 1ZHAA 4ZQNA 3MBFA 3NQMA 2NXGA 4Y96A 1VJIA 1VHCA 3EKLA 5D30A 4WOQA 3LGEA 1L6SA 2ZFAA 2DJLA 3NM3A 5LHEA 1LP6A 3GAKA 4JN6A 1FWNA 4I7WA 3W1TA 4FB7A 3ABOA 3O6CA 3DFTA 3TQVA 1SFJA 5F2MA 3L0GA 3NQ8A 1D3GA 3B8DA 4MPQA 2QR6A 2NUXA 4LOCA 4XBSA 2Q8LA 2Y62A 1R2TA 4JTUA 2PCQA 3DXIA 4O11A 1ICQA 2YXGA 2YFNA 2YR1A 3AO0A 1QMLA 3NL2A 4Q33A 3GR7A 4S2CA 5AC7A 3G1VA 1FWTA 4E38A 3M16A 2ATMA 2BTMA 3QC3A 4EF8A 4NQ1A 1DBTA 5IBXC 3CQ0A 4DELA 4UR8A 2RKXA 2LLEA 3TW7A 4B5NA 1J5TA 4EF9A 1AK5A 4M6QA 4IMFA 1GVRA 1G4TA 5CPNA 1OFOA 3UXAA 3QQ1A 4GNJA 1FCBA 4GUFA 3W1MA 5CGQA 1OFEA 4DF1A 2C1HA 5U7SA 5DCBA 3EWUA 4UTUA 1L6YA 5D04C 4O1AA 3GXTA 3M1ZA 5K7JA 4FXRA 4UNKA 4JTFA 2OJPA 1GOXA 1H51A 3DHDA 3A9IA 5HWNA 1UBSA 5FF2A 3MP3A 1TPUA 4UTIA 2NUWA 3W7JA 2CWNA 1AMKA 2X1SA 5D37A 3TE9A 4LVFA 5HQEA 5HINA 4MFDA 4PFMA 3NPXA 3O63A 4FNUA 2VOMA 4QAIA 5BNKA 3ELFA 2VFDA 3I68A 4LV9A 4K37A 1QOPA 3HGJA 4ORMA 4RCXA 3STEA 2FB2A 1GG1A 1JUEA 2C16A 2FFCA 3NOEA 2VKZG 3LCHA 1PS9A 4AWTA 2B7PA 3UYCA 3TXVA 4M7TA 4A2SA 4O1CA 5F2IA 1KFJA 3GX9A 3BG5A 3GXNA 4LT9A 3KAOA 4HPXA 1XCFA 4UTKA 2VFHA 1IXPA 1KM5A 3R12A 3HF3A 1G7UA 1K03A 1M7OA 3MBDA 3HG5A 1VZWA 1UASA 1TRIA 4LVGA 3A5FA 5FF4A 3P7YA 1LTDA 1I2RA 3W76A 3GDRA 1XDLA 4JTJA 5G1TA 2VFGA 1QO2A 4AHPA 5FF3A 5BMXA 3W7OA 4R7JA 2VEIA 3O15A 1JJKA 3WK2A 4XKYA 3K30A 5CG7A 2NV1A 1RVGA 1TQJA 1I45A 4BFAA 1YXDA 1LRNA 3V1PA 3GKFA 4IQLA 1GT8A 3VNDA 4YXGA 4IMDA 4JTEA 4BI6A 1M6JA 3QW3A 4LUJA 2I1OA 1DJQA 3NQEA 5KZEA 4BI7A 5T26A 3PB0A 3PUEA 3W6YA 2CLMA 5E0KA 3G1HA 4NJGA 3ANYA 3L5LA 3NA8A 3N2MA 4N6EA 3NQGA 3NVTA 4PTNA 2H3BA 3PG9A 2Z6IA 1OF6A 3LHZA 5SWUA 4P2VA 4ALDA 1NFBA 3F4WA 1O5KA 1DQXA 4DXVA 2DU2A 4IJBA 2JKEA 1K7FA 3S42A 1OFQA 3S1WA 1OYCA 2GPTA 3NQVA 4OV4A 3KOFA 1WAUA 2X1UA 4BK9A 3FEMA 4QJ1A 3ZR4A 3S8HA 5CPOA 2Y7DA 1C8VA 3P5ZA 4PL2A 3QPYA 5EKYA 1PL9A 1GJPA 2DZTA 4N9EA 4NJIA 3GK0A 4K6AA 1ZAHA 4UTLA 4OHQA 2G95A 3NQ6A 2ISSA 1ZY9A 2ABBA 3NPUA 4W9TA 1H63A 3LCXA 3N2XA 1SZNA 5DBUA 5F2LA 3TW6A 3UWVA 2C14A 1Q6OA 2RDTA 1X7FA 2Y7FA 4FNRA 3KRUA 1GYLA 1H50A 4HN4A 2ABAA 2OCZA 4CCCA 5G2HA 4OWGA 4WUIA 4DBEA 1S5VA 4M6PA 3WK0A 3NL6A 2Z0IA 2QAFA 4JDYA 1F2JA 3TJLA 1JR1A 5LGXA 1YXYA 1G67A 2OX1A 2C18A 3DFPA 4LWWA 3B04A 3W72A 2J24A 4RK8A 3GAYA 1KTNA 1ZFJA 2QCHA 1SW3A 3PULA 3TSDA 1AL8A 3T4CA 1A53A 3S5NA 1VRDA 1Z41A 2H6RA 3HGRA 1PVNA 4Z08A 3SI9A 3IGSA 1RQEA 3LRMA 3PBYA 2QCDA 2RFGA 5FEPA 1NAL1 2J88A 4UNLA 1L2UA 1K3UA 1WBHA 4M6VA 1WXJA 2BLEA 2QUUA 1VYSX 3KXQA 4O19A 3CWOX 2H8XA 1F7BA 1SU5A 3U8GA 4FX8A 5FEWA 2A7RA 3ZWTA 1B9BA 3NAVA 5CSRA 2CLKA 1I2NA 4MY9A 3LCWA 3EX1A 1F74A 5FEZA 6ALDA 3G0UA 4FX7A 4RXGA 3N3MA 3DH7A 5G4WA 1XC4A 3M47A 2QKFA 5C5YA 1VLIA 1TV7A 3W75A 4FIRA 3UPBA 2R91A 3QMTA 1DJNA 4RZ4A 4QM1A 3NL5A 3VKJA 1JCNA 3BLIA 5EA9A 3PS7A 4FX6M 5CSSA 3UNDA 3G1XA 1KM2A 4HPJA 4FNSA 5LNSA 1W3NA 5HWJA 3C3NA 3CIWA 4JYDA 1GYNA 3LCLA 1ZAIA 5KINA 1H7PA 2A5HA 3OVQA 3MHUA 4OU1A 3O07A 1LLWA 3M41A 2YYTA 3HJZA 4RX0A 3P74A 2WNQA 1VPXA 3MYPA 1HO4A 4QNEA 4IMGA 5D32A 2I14A 1UB3A 4S1FA 1N55A 2C0AA 4JTKA 1T0OA 1XUZA 1H7XA 1IIGA 4CNNA 3ABSA 1ME9A 3NPWA 3Q94A 3FFSA 3OG3A 1ALDA 3TA6A 4OQVA 5LGZA 1FWWA 3L68A 3DFSA 1GTEA 1Q6LA 2VFEA 1SFLA 2FB3A 3C56A 2VEPA 3M5VA 2CZDA 1YPFA 2EGZA 4HNUA 2V9DA 2NWRA 3TMQA 3P82A 4MY1A 3UWQA 1LOQA 2GVJA 1P0NA 3THQA 3I7SA 4WXZA 4O8RA 2DZSA 2ZZ4A 4GUJA 5AHMA 5EMUA 4WY0B 1QO5A 1H1ZA 1PCWA 5AFDA 3L65A 1SZGA 2J9ZA 4NT0A 1H7WA 4YL2A 3T55A 4ZZ9A 3BO9A 4X22A 3I65A 5D02A 2QDHA 3NZRA 1XBVA 3PG8A 4K39A 1GG0A 4ML9A 5FF0A 5CZ0A 1D3HA 1PE1A 3I6RA 1YTDA 3W22A 3THAA 1A5CA 1VH7A 5K2ZA 4O54A 3MYOA 2TMDA 3HPZA 2QJGA 3P67A 3TV8A 3HG4A 2V5LA 1EWEA 4O15A 3P8IA 1ME7A 2X16A 3UQNA 1S3HA 3GXPA 3U6WA 3C2VA 4IXHA 3HGSA 5C6MA 2ZZ6A 1S5WA 3G0SA 2ISWA 2PRLA 2FLIA 5D2TA 2QCGA 3MO7A 2CZFA 2X1RA 4ONVA 2E6YA 3CEUA 3TQKA 1TV8A 4E2DA 1XI3A 1NF0A 4UFIA 1JCYA 3ABQA 5AYXA 2P10A 1VGAA 1EB3A 3QM3A 2XN1A 3W7PA 3SSJA 1F05A 1ZAJA 3STCA 3TKFA 3WJXA 2DZVA 3KVKA 2O7QA 3NXFA 4RKAA 3EEGA 2ZBTA 1O5XA 1LOLA 5EBUA 4QSHA 3PBWA 1RR2A 4JTSA 4PL1A 4HHPA 3TU9A 3DU0A 2NUYA 3DKJA 2C6QA 3W7KA 2ZA1A 3LHWA 1RV8A 4PA8A 3USBA 2ZQ0A 1WDWA 4TU1A 2NV2A 3UWUA 3BK0A 4N4PA 3OVRA 1CW2A 4HNNA 4JY9A 2HMCA 4UC5A 5DXYA 1KV8A 3PF3A 3FS2A 3LOTA 2A6LA 2C13A 3G1FA 1AL7A 1OJXA 1H7RA 3FLUA 3EB2A 3NZ1A 4WY0F 1TPFA 4DQWA 3B03A 4TMBA 1NSJA 2JK2A 1KTBA 3TX9A 3W71A 1KBJA 1SSGA 4KFNA 3N73A 2E1DA 5HUOA 4NZJA 5KTLA 2BZNA 2TRSA 4N02A 5F4WA 1X1ZA 4R33A 1LLZA 4N9CA 5FI8A 4ADUA 3MHFA 2HS8A 3EX2A 4IGHA 1SR9A 2QCLA 1XM3A 3TMLA 1DV7A 3B05A 5D2WA 1G4SA 4IMCA 3W1LA 4YWIA 2OT1A 2W79A 4WJEA 4TX9A 1KM4A 3H54A 3W2MA 3B0VC 1PV8A 3SIZA 1JRBA 4EVZA 4NU7A 2A0NA 2VC6A 2QUVA 1T99A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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1OYAA

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Chord Diagram

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