1OYA | Genus

Total Genus 147

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	147
sequence length	399
structure length	399
Chain Sequence	SFVKDFKPQALGDTNLFKPIKIGNNELLHRAVIPPLTRMRALHPGNIPNRDWAVEYYTQRAQRPGTMIITEGAFISPQAGGYDNAPGVWSEEQMVEWTKIFNAIHEKKSFVWVQLWVLGWAAFPDNLARDGLRYDSASDNVFMDAEQEAKAKKANNPQHSLTKDEIKQYIKEYVQAAKNSIAAGADGVEIHSANGYLLNQFLDPHSNTRTDEYGGSIENRARFTLEVVDALVEAIGHEKVGLRLSPYGVFNSMSGGAETGIVAQYAYVAGELEKRAKAGKRLAFVHLVEPRVTNPFLTEGEGEYEGGSNDFVYSIWKGPVIRAGNFALHPEVVREEVKDKRTLIGYGRFFISNPDLVDRLEKGLPLNKYDRDTFYQMSAHGYIDYPTYEEALKLGWDKK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__173785815113951__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__173785815113951__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1OYA/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__173785815113951__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"173785815113951","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1OYA/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__173785815113951__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfbc509a9fe6971e1f45a91/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfbc509a9fe6971e1f45a91/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfbc509a9fe6971e1f45a91/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cfbc509a9fe6971e1f45a91/pdb.gz): 308 ms

reading 399 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

399 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 31 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:398});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Oxidoreductase (flavoprotein)
source organism	Saccharomyces pastorianus
publication title	Old yellow enzyme at 2 A resolution: overall structure, ligand binding, and comparison with related flavoproteins. pubmed doi rcsb
molecule keywords	OLD YELLOW ENZYME
total genus	147
structure length	399
sequence length	399
ec nomenclature	ec 1.6.99.1: NADPH dehydrogenase.
pdb deposition date	1994-08-25

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00724	Oxidored_FMN	NADH:flavin oxidoreductase / NADH oxidase family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	1oyaA00

1ZENA 4AHPA 3FIGA 2X30A 1TMHA 2G96A 4ZL1A 2Y7EA 3LHWA 4AAJA 3P7YA 4ZQNA 5E0KA 1TTPA 5KTLA 2X16A 1VYPX 1Z44A 4NNCA 5LZLA 3NQGA 1TPEA 4N6FA 3W23A 4JNMA 4AWUA 1SSDA 1W5MA 4MUZA 3IEBA 3IVTA 3M5YA 2NUYA 5H2ZA 5G1YA 4YMZA 5K9CA 3HJZA 2OZ0A 4O13A 2QJIA 1O5XA 1B3OA 2BSLA 2YYTA 4YL2A 3M41A 1KFEA 4DBEA 1D3HA 1OK4A 3B05A 4UTKA 2GJNA 2F84A 5C55A 1H5YA 1AK5A 3W87A 5EBUA 3GKAA 3T4CA 2EGZA 2NZLA 4AVFA 3CEUA 3W6YA 4RZ6A 4UTTC 2E5CA 2YYUA 4BI6A 3Q58A 3G0UA 4DPPA 5LNSA 4HNTA 3CIWA 3OVPA 5EYWA 2ZA1A 4IX2A 1SO6A 1OX4A 1IXQA 1OJXA 3QW4B 4UR7A 4FO4A 4FX6M 4OQVA 2V30A 1FUYA 4UNLA 3DXIA 5FF2A 4HNUA 4NJKA 3CIXA 1EUNA 1PCKA 4FNSA 2C0AA 1O95A 2HS6A 2VENA 4QISA 2Q3OA 3TAOA 4TMCA 1KFKA 1QO5A 4N02A 4N9EA 2H3DA 2X2GA 1FDJA 4CQ8A 3UWQA 3THQA 1JRCA 1R2TA 2PRLA 1A50A 5C5YA 4K7YA 3ABQA 3C56A 4ZZ9A 3PUDA 3DZ1A 3QJAA 4HIBA 4RZ5A 1RD5A 5D2XA 4O19A 3G1XA 3NPXA 4JICA 3TAKA 3GAYA 2FPTA 2JKEA 1X6UA 3NO5A 4G1KA 4WY0F 2DZWA 1OFRA 4AB4A 1JVNA 3CHVA 3G1VA 3HG4A 3T7VA 2OT1A 1Q6OA 4JTTA 4K39A 4N9DA 2A85A 5HR6A 2VOMA 3OVQA 2GVJA 3BO9A 4EOUA 3BV4A 3NQAA 1FWTA 2QR6A 5AHFA 2EAWA 1MEIA 1SO5A 3BW4A 7TIMA 3NQ7A 5C6MA 3WJWA 5A5WA 3MUXA 1MZHA 1TV8A 2Z2UA 1Q45A 4HPJA 3G0XA 3MHGA 1JJKA 1VYSX 1W3TA 3CWOX 2H6RA 1TPB1 4QIUA 2DP3A 4HSNA 4NJJA 2J9XA 3QYQA 1SO3A 4POCA 2ISSA 4TR9A 3CC1A 5K4ZA 1ZAIA 4GUGA 3B0UX 3LRLA 1EWDA 3BW2A 3MYPA 4JTUA 4UFLA 1O5KA 4N2YA 4OWGA 1DVJA 3BK0A 3T55A 1XBZA 5KITA 3EX1A 3E9AA 5AN7A 3TMLA 1Y0EA 3G18A 5BW6A 4DPQA 1SU5A 3I68A 2QJGA 3PWAA 3EEGA 2Y88A 5CPLA 3LHVA 3U6WA 3LB0A 4NQ1A 3IVSA 1M5WA 2NXIA 2QCDA 4EF8A 5HWMA 1JUEA 1AMKA 2PCQA 1FXQA 3SFKA 2QCNA 3HGSA 1JUBA 3P5YA 2DZPA 3L66A 3MBDA 1OFBA 1WOAA 3NZ1A 3W1LA 2R8WA 4LRTA 3EKLA 2VFDA 2W6RA 1ML1A 4GUIA 1J5TA 2E6FA 5F2LA 4MY8A 5D09A 2OX1A 1LLZA 4O4WA 3WJSA 2B7QA 3GYEA 1OHLA 3TFCA 3DFSA 4LVGA 1GZGA 4OGZA 4HHPA 3UWYA 2E6AA 2ZZ5A 3M5XA 3W7RA 1FWSA 2WNZA 4XKYB 4ZVJA 3QRHA 1KM2A 5DY2A 3UPBA 5IM51 2JKAA 5DXXA 3HQ1A 1KA9F 2JBMA 4ZQRA 3SW6A 1SZNA 2YW3A 3P80A 1ZJIA 3JRKA 3DHDA 1XDMA 3C52A 1AW1A 1EIXA 1UUMA 3LCFA 3WK3A 4O50A 1A5CA 1WX0A 3NL2A 1GPWA 1FCQA 3OVRA 4ZQCA 1AG1O 3LI0A 3O05A 2D73A 3FA5A 4YLWA 4O18A 4PTNA 3OG3A 3M44A 3N2MA 4RR4A 4WD0A 5K9XA 2CU0A 1WXJA 2FB2A 2ZZ1A 4BFAA 1Z48A 2V82A 4UMAA 1U83A 3C3NA 2ATMA 3G1SA 3SECA 1E51A 3G8RA 1OF8A 3DH7A 1FX6A 1SZFA 2A6LA 2ZRUA 5FEPA 1KFLA 2QEZA 5FEZA 3P5ZA 3LCHA 2ZRVA 3HPZA 2PRMA 3TSDA 5D03A 4W9TA 1KBJA 2J24A 1VHNA 3LBMA 4HNNA 2FB3A 4RXFA 3NGJA 1TTIA 5G1TA 3QMTA 4MFDA 1OVDA 5CPOA 4Z1AA 3MI6A 3NM3A 3S1XA 4JD4A 4IMDA 2JKPA 3W2KA 5AC6A 2JK2A 3TMQA 3W83A 5BNKA 4DBDA 4XBKA 1HL2A 3S8HA 3M9YA 3W7GA 4LV4A 4MZ8A 5AC8A 2H3BA 1YADA 4R7JA 1H61A 1LDCA 4QAIA 3IIPA 1AL7A 4XTIA 1PIIA 4LC8A 1YTDA 3W7EA 3W7LA 5CKSA 3C2VA 3I7RA 2A7RA 4MZ1A 4FXSA 3IGXA 3IGSA 5AYZA 4CCDA 2Y7FA 1Q6LA 4GXMA 2NX3A 3SI9A 1EEPA 3UNDA 1LP6A 1ONRA 3W1NA 3W85A 4AHOA 2ISWA 2WNNA 3NAVA 3MP5A 1KLZA 3TW7A 1MXSA 1YXCA 2V2CA 2EHHA 1ICPA 1OX4B 3OA3A 4K8HA 5HULA 1PS9A 1S5TA 3BG5A 1G69A 1H7OA 3PB0A 4KWWA 3VNDA 3LV5A 3LLFA 2ZBTA 1C29A 1H51A 3NQFA 3HMJG 3W3OA 4UFKA 5G2WA 5AOUA 2DZVA 1GTEA 5K4XA 4JR5A 1K8ZA 3DU0A 1RVGA 1FCBA 2V5BA 2YDAA 5DXYA 3HIJA 1GEQA 3WK2A 1NEYA 3W7QA 4B5NA 4E2BA 1EB3A 3IVUA 4XWUA 1W3NA 3KVMA 1ALDA 4FX8A 3L2IA 5AHNA 1JQVA 3EX6A 5D30A 5DCEA 3TR2A 3UWVA 1TTQA 4LY8A 1XUUA 1W37A 1OABA 2RDUA 5CSSA 1EP1A 3B06A 4MZYA 3LHTA 4NZFA 2PURA 3O06A 4JTEA 1KFJA 1LBFA 3VCRA 4UCGA 2Z1BA 3NA8A 5AC7A 1KTCA 2WO5A 1WBJA 4K36A 1P5BA 4ORMA 3DAQA 2VELA 2JGQA 3R12A 2V2DA 1TCDA 5FESA 2CW6A 3P82A 5IBXC 2OCZA 3NQCA 1ICSA 4MPQA 2Y7GA 4OBTA 4OHQA 4Z1BA 4U4MA 4GC4A 4RCXA 3N14A 4ALDA 1L6WA 2ZZ7A 1P4CA 4AXKA 4RZ4A 1R30A 2NUXA 1FWWA 3TKFA 2ZQ0A 4J9JA 1A5BA 4O8RA 2W0UA 3DFTA 2VFGA 1KM0A 4QQ3A 1GJPA 3A22A 1P0KA 3MI3A 2X1TA 4I9AA 4ML9A 1SUXA 1MSSA 2Q3RA 1KBIA 1SO4A 5AHLA 1FQ0A 3EWWA 1TREA 1ZAJA 2QUTA 4JXCA 4WUIA 1P1XA 2F7FA 4QNWA 4KFNA 3GDTA 2PC4A 5FF7A 1F2JA 3THAA 1TYGA 5G5IA 4GWEA 5MHBA 5G4EA 3QM3A 3B04A 4AEOA 1A5SA 3PUOA 2NUWA 1I45A 3PR2A 2R94A 1FCVA 3UZJA 4YCOA 2QCDB 1GYNA 3NXFA 1OG0A 4WY0B 2GQAA 3W7IA 1TV5A 3NDOA 3U8GA 3GXPA 2CLIA 4NVTA 1A53A 1VHCA 3LCXA 3N73A 1D9EA 3B0VC 3Q94A 3O6YX 2ZRWA 1YPIA 1XC4A 3SGZA 4BWLC 1KM4A 3NL3A 4LOCA 5SWUA 1IIGA 2E09A 4IOTA 5FF3A 1LOSA 3GXNA 4HPXA 4X9SA 5FI8A 3GR7A 2Y63A 4WQ6A 1ME9A 4CNOA 5FEXA 3BVJA 2YZRA 4CLMA 1P0NA 1OFEA 1OX5A 4O11A 4U28A 3HGJA 3ZWTA 1PL9A 1DQXA 2GQ8A 3UYCA 1ZY9A 5LHFA 4JTSA 1I2PA 1OF6A 2FPYA 3IIXA 4R53A 2ZFAA 1D3GA 3JR2A 4LNYA 1MEWA 4LUJA 1V5XA 3DBPA 3N2XA 5CZTA 3AJXA 4OE7A 3BGGA 3W9ZA 2QCHA 3AO0A 3E12A 3UZ5A 4O12A 1R46A 4O1AA 1YLVA 4IWWA 2FTPA 4FB7A 4OV4A 3W22A 2P0OA 1I8JA 5U4NA 4BR1A 3W1MA 4JX5A 4JTJA 2A4AA 3MP3A 4LS0A 1H7RA 3C0JA 1PV8A 3GVGA 2CFFA 4X2RA 4O52A 3LDVA 1EP3A 5I3IA 4RK8A 1GG0A 2UV8G 5AYXA 4JS3A 3TSMA 2P10A 2J9ZA 1X8FA 3DFPA 3TQ0A 4Y8FA 1CI1A 2FQIA 5G2IA 3PG9A 3LM7A 1MEHA 3NNTA 4H6KA 4FNRA 1IXNA 2BX7A 4PL1A 4DO4A 3ELFA 2CLFA 3PBUA 1TPH1 1TPFA 3NVTA 4LUIA 4AF0B 4ADSA 2B4GA 1SPQA 2CLLA 3UPWA 1X1ZA 4DEFA 5I3GA 2HMCA 3UQNA 1F74A 1J4EA 4BI7A 4GFSA 5I3FA 4LWWA 1TJPA 1GVQA 4Q32A 2QAFA 4Y90A 4OU1A 3DHFA 1EP2A 1ZALA 2RH9A 5LKYA 3I7QA 1VC4A 2QUUA 3MBFA 2Q8LA 1VH7A 4S2CA 1H7WA 3EWZA 3M0ZA 1W54A 2E6YA 3B0PA 5D32A 3GDRA 2NV1A 2YFOA 3TC7A 4JGDA 2YCEA 3KRSA 2QCGA 3HG2A 1H7PA 3UWUA 5IBXA 2ZZ6A 4M7TA 3QFEA 1YPFA 4GBUA 4LU0A 4LV9A 3L68A 1DJNA 1ZHAA 1NF0A 3C2RA 1XFBA 1JCYA 4M6QA 1R47A 4JTHA 1LRQA 1H50A 2FFCA 1W5PA 5LGXA 2ZA3A 3KFTA 5HWNA 5KMYA 4HN4A 1SSGA 3S5NA 3SIZA 4JDYA 2GQ9A 2IQTA 2CZEA 4UTLA 3PBYA 3EXSA 1FXPA 5E1QA 3QPZA 1HFBA 3M16A 3BLEA 4ADUA 1KM1A 1YTKA 3W76A 1N55A 3BW3A 2VEIA 4X3ZA 4UTJA 1S3HA 1JCNA 3W2JA 1M7OA 4FIRA 5AFDA 4IJBA 4A2SA 3E0IA 1CX9A 5DBTA 1K7FA 3LERA 3A5FA 3QH2A 2J9YA 3FEMA 4TX9A 1WQ5A 1QAPA 5HNRA 1NVMA 3O63A 3PBWA 3T44A 3FYOA 2I14A 4NZJA 3G8EA 3NM1A 1FCUA 1TPUA 2Y62A 1I2QA 3TQVA 1VGAA 1XKYA 3N9SA 2ZYFA 3E49A 4GUJA 2RKXA 3WJYA 4BWLA 5F2MA 1XBVA 3QW3A 3BARA 2DZXA 3TSBA 4WY0A 3W7KA 1OYAA 3M5VA 4BF9A 1X7FA 3TROA 3C2EA 3PG8A 3O6CA 3W1RA 4TO8A 1OYBA 2CLMA 3FLUA 1F5ZA 1S5VA 2A5HA 2XN2A 4PA8A 2YR1A 4IUOA 1T8XA 1YDNA 2B7OA 3C4UA 2YPIA 4FX7A 3GX9A 3TXVA 4NJHA 3RLUA 1ICQA 3W2LA 3HG5A 2ZDRA 1XUZA 4YCPA 1W31A 1ZNNA 1AW5A 5HWJA 3V1PA 1Q6RA 3YPIA 2KZHA 5LHEA 3L9CA 4A3UA 3DKJA 2QKFA 2V0TA 5LNUA 5TIMA 1G4EA 2A0NA 3GK0A 5F1UA 3ABRA 1W8SA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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1OYAA

Total Genus

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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