1OYC | Genus

Total Genus 141

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	141
sequence length	399
structure length	399
Chain Sequence	SFVKDFKPQALGDTNLFKPIKIGNNELLHRAVIPPLTRMRALHPGNIPNRDWAVEYYTQRAQRPGTMIITEGAFISPQAGGYDNAPGVWSEEQMVEWTKIFNAIHEKKSFVWVQLWVLGWAAFPDNLARDGLRYDSASDNVFMDAEQEAKAKKANNPQHSLTKDEIKQYIKEYVQAAKNSIAAGADGVEIHSANGYLLNQFLDPHSNTRTDEYGGSIENRARFTLEVVDALVEAIGHEKVGLRLSPYGVFNSMSGGAETGIVAQYAYVAGELEKRAKAGKRLAFVHLVEPRVTNPFLTEGEGEYEGGSNDFVYSIWKGPVIRAGNFALHPEVVREEVKDKRTLIGYGRFFISNPDLVDRLEKGLPLNKYDRDTFYQMSAHGYIDYPTYEEALKLGWDKK

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Old yellow enzyme at 2 A resolution: overall structure, ligand binding, and comparison with related flavoproteins. pubmed doi rcsb
molecule keywords	OLD YELLOW ENZYME
molecule tags	Oxidoreductase(flavoprotein)
source organism	Saccharomyces pastorianus
total genus	141
structure length	399
sequence length	399
ec nomenclature	ec 1.6.99.1: NADPH dehydrogenase.
pdb deposition date	1994-08-25

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00724	Oxidored_FMN	NADH:flavin oxidoreductase / NADH oxidase family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	1oycA00

2DJXA 3O8AA 5FF3A 3NM3A 2J9YA 4FEZA 2CLLA 5LKYA 3NQFA 2DZPA 3STEA 3G1DA 3Q2DA 4UTWA 1OJXA 4C1LA 3MMTA 4A29A 1HO4A 4O10A 1EP1A 3NGJA 4E2BA 3NAVA 3EXSA 3CWOX 3C6CA 4YCPA 1PS9A 3W1UA 4JGDA 3DU0A 4IXXA 1F76A 3W7EA 5AYXA 2V2CA 3NPWA 4GFSA 3JR2A 2H3BA 1D3GA 4O28A 2E1DA 4O1DA 3MI3A 1FDJA 1UB3A 4FF7A 3E02A 3M5ZA 2TRSA 1YPIA 4JICA 3NDOA 1O4UA 1EX5A 1A53A 5KZDA 3TE9A 1QPRA 1T99A 3A5FA 3B4UA 1TTIA 3QRHA 1K7XA 3B0PA 1LCOA 4WOZA 3LERA 1H60A 2R14A 5AHIA 1S5TA 2NUXA 2Y7FA 1Z44A 1AW1A 3BPWA 3OVRA 2C19A 4AHOA 4ORMA 3HQ1A 4I9AA 5HR7A 3B0VC 4LVFA 4HPXA 3STGA 3G8EA 5L9FA 2ZZ3A 5D09A 1X1ZA 4Y8FA 2V5LA 3QMTA 2TPSA 2WSRA 3EXRA 3CIWA 1W37A 4NJGA 3MHGA 2ZZ1A 3OHIA 3VI2A 3O15A 3TMQA 4GJ1A 5CPLA 3W1QA 1GTHA 1FCBA 1KM0A 2CLFA 5EKYA 3R13A 4AB4A 2NXGA 1TV5A 3S42A 3LX9A 1TRIA 2V82A 1RQBA 1OX6A 5BNKA 5I3FA 3CPRA 1GVFA 3Q94A 1ML1A 1EIXA 4IMFA 1IIGA 1F7BA 4O4WA 5K3VA 3O06A 2C16A 3QYQA 2WPBA 1A5CA 3G1XA 1M6JA 1SSGA 1W54A 2GVLA 1B4EA 1VYRA 4BF9A 3W71A 2H8ZA 4AH7A 6TIMA 2IQTA 4FIRA 4MVAA 3UZ5A 2EKCA 3O6DA 2QEZA 4PL2A 1XDLA 3E96A 2ZYFA 3UQNA 2CZFA 3FJLA 5F1VA 3LCIA 4ZQRA 3N2XA 3TIMA 1FWWA 1KM1A 3GXPA 4N9BA 5D03A 1GPWA 1MXSA 2P0OA 2WSQA 2FFCA 1TMHA 3SY5A 1NFBA 1UJPA 1DQWA 4IPJA 3UY8A 4JTEA 1VHCA 4HPJA 5D38A 5IBXA 3TJXA 3TDFA 1FUYA 3G1YA 4MY8A 3TQ0A 2CLIA 3RMJA 1DHPA 2G5WA 4OGZA 3CM4A 3G3MA 3R12A 2ISWA 5LSMA 1JCXA 1QAPA 3BLEA 5F2GA 3UPBA 3LCXA 4MFEA 3EX6A 4GRSA 1K8ZA 1Q3NA 4LS0A 2YW3A 1I8JA 2O7SA 2R94A 4UTKA 1OFPA 2GPTA 3A9IA 2GVJA 3W7IA 3PBWA 4KKXA 1B3OA 5CSRA 2HSAA 1F6KA 1IXOA 3WJZA 2X1TA 4MLJA 4RK8A 1I2RA 3NL2A 4RZ4A 5DY2A 5AHMA 5G4WA 3U2OA 1YDVA 1WOAA 2QCCA 4GUFA 1JQVA 1Z41A 3IGXA 3EX3A 4MLRA 4FNTA 2I14A 4JN6A 4LC6A 4WXYA 4OWGA 1ZY9A 4JNMA 3S5YA 1VCVA 1A5BA 3HJZA 3L9CA 4AWSA 4M7SA 4DO6A 5U4NA 3W1TA 2PRLA 3NQ6A 3N19B 3UY7A 4IX0A 3B0UX 3KFTA 4EF8A 4DF1A 1H50A 2RFGA 1OFQA 2E6FA 4BWLC 4QITA 3BW4A 4M6QA 3PS7A 2E5CA 5K4ZA 3PVFA 1OF8A 1YPFA 2DJLA 1QWGA 1B57A 1HG3A 1YYAA 3LHWA 5FF0A 1RR2A 1QR7A 4AMAA 1N8FA 4K36A 4O18A 1G7VA 4YMZA 1KLZA 3GLCA 3F03K 4XBSA 3GKAA 1TPH1 1VH7A 3BV4A 3W2MA 3GDKA 5LZLA 4NXKA 2E6YA 1XBYA 4QNWA 2ZA2A 4KFOA 1W5QA 3B03A 3RFAA 2NX9A 3M7WA 1EWDA 1L9WA 1H7OA 2Z6IA 3TJLA 3S0CA 1TPFA 4IUOA 5LNWA 1KM2A 3SSJA 1YTEA 4FHAA 5DCDA 2RHGA 2C3ZA 1H7XA 4ADSA 4JIPA 2Z2UA 3TSMA 2BSLA 3TROA 3CEUA 4K8HA 3U8GA 1JRCA 3JS3A 3FIGA 3G1FA 1I2OA 3YPIA 3PAJA 3CQ0A 3DZ1A 3A23A 4NUWA 3M0ZA 4A2SA 4UC5A 3ZWSA 1V5XA 1IXPA 1LLZA 3OBKA 5AFDA 3P8JA 4WD0A 4FNSA 5BRBA 2QCDA 4BI5A 4KFNA 1RZMA 2CLHA 1H1YA 3ZFHA 1KFKA 3UZJA 1JQXA 1LDCA 2WO5A 4YLWA 4Z1DA 4R33A 2DZXA 5U7SA 3KXQA 3LHTA 1EA0A 2QAPA 2VELA 2EAWA 4DPPA 3C2FA 4JTJA 2FPYA 1S5VA 3N2MA 3NQDA 1AW2A 3LHVA 4MZ8A 1ME9A 3LRKA 5KITA 4R7JA 3E9AA 4QAIA 3WK1A 1KFLA 3ELFA 1PCKA 3FA5A 3W7DA 1T8XA 4DBDA 3P67A 3MHUA 3GXNA 4FXSA 4E38A 1LOQA 4FNQA 1DVJA 4A3UA 3C56A 1WDWA 1J4EA 4U4MA 1UBSA 3H55A 4ALDA 4O52A 3LOTA 1VHNA 5T26A 3UD6A 5AC6A 2XN0A 1GEQA 2CLEA 2JKPA 3NO5A 4O57A 3IVUA 3EWXA 4S2CA 3EWYA 5E1QA 3S6DA 4W9TA 5DBUA 1JUBA 5A5WA 4DELA 1NVMA 1F05A 1EP3A 5J5DA 3PY2A 1XC4A 3LXCA 3I68A 3Q58A 5FEPA 3C2OA 5FEXA 3R89A 4JS3A 2J27A 1G6CA 1JR1A 5KMYA 1TV7A 4FX8A 3HGRA 4WOQA 1GYLA 2DZVA 3UWUA 3TAOA 3VE9A 4MZYA 1H5YA 3USBA 3O6YX 3G0UA 5KZMA 2YFNA 3M16A 5D32A 4PL1A 4NJJA 1XI3A 2GQ9A 5AHFA 1G4PA 1YDNA 1P0NA 5EMUA 3CWNA 4TMCA 1EWEA 3BLFA 3G24A 4DO4A 1W5MA 1A5AA 4TU1A 3IGUA 3PWAA 3W75A 3HPXA 4UTIA 5CPMA 1JCLA 4JX6A 2ISVA 2C14A 3I7SA 3M5XA 4MYAA 1ICSA 3I65A 2H3DA 4D2JA 5CGQA 1F6PA 5AOUA 1RV8A 4XUGA 1XM3A 4NQ1A 3GXTA 3TAKA 1WBHA 4LUIA 1LOSA 4NJHA 2OX1A 3DI1A 3GAYA 4GE8A 1ME7A 5DLCA 3NL3A 3L0GA 3SIZA 3P81A 2QDHA 2Y61A 3W1XA 3SGUA 1TSIA 1KM5A 3TW7A 3CTLA 3DFSA 1P4CA 4K6AA 2XN2A 3IRDA 3HGJA 3TQVA 1KBIA 4P61A 1IXNA 3LCGA 1DJNA 3ABQA 1GTEA 1SR9A 2E5DA 4OT7A 4O14A 1R2TA 2B7OA 5FEWA 2O7QA 3DHFA 2YX0A 3DFOA 1PE1A 1ZAIA 3W7CA 4LTSA 2WOQA 1ZHAA 1TPB1 1G67A 4UFHA 3FYPA 4Y6GA 5F2LA 2A1YA 4ZVJA 3IEBA 3C8FA 1NF7A 4MUZA 3S1VA 1PVNA 1I45A 4XKYA 4KWVA 4QM1A 3EWZA 4UNLA 4UCGA 1KFCA 1TPVA 2ZRWA 1HO1A 2PRHA 1KTNA 3L5AA 3H54A 3P61A 3W2NA 2DZSA 3DBPA 3FFSA 1G4SA 2V0TA 5C6MA 2H6RA 2UV8G 2FIQA 3HPZA 1K03A 3PB2A 3Q37A 3SI9A 2QCDB 3N14A 3W87A 1P0KA 3MHFA 3WK0A 3P80A 4OBTA 3QJAA 3W6YA 3GIYA 3LCWA 5CG7A 2EPHA 5K7JA 4UFJA 1MO0A 3M5VA 3TA6A 1LORA 4K39A 1AG1O 2LLEA 1H7WA 2BZNA 3DKLA 4RCXA 3G18A 1VCFA 3QEZA 3GR8A 2W0UA 2JGYA 4LU0A 1W5PA 5FESA 1R30A 1Z48A 4XQ6A 5F4SA 4Z0JA 3W1LA 4RXGA 3W7GA 1TIMA 4LOCA 1BEUA 4UFLA 1VYSX 4CNNA 2AQWA 4LNYA 4O15A 4HSOA 5D2VA 3HG3A 1XL9A 5H91A 4JDYA 3W7OA 4IMDA 2ISSA 1K7FA 3G0SA 3NXFA 3LTSA 1JUKA 3TV8A 1VPXA 3RLVA 1KM4A 2Y6ZA 4LVBA 1GG1A 1TPUA 4I7WA 3FKRA 3HGOA 3DI0A 1KFBA 4JYDA 2RH9A 5LGXA 5DXXA 1LRNA 3TC7A 3IIOA 3BW2A 5EA9A 1KFEA 1TREA 2G96A 2C6QA 3KAOA 3TW6A 5HMSA 3T40A 1C8VA 1MEHA 2C15A 4XTIA 3HPSA 3MO7A 4LRTA 3IGSA 3TC6A 3P84A 2V9DA 1KBJA 1SO6A 2E09A 3MI6A 2KZHA 3NZRA 4BWLA 2V8ZA 4HHPA 3S1UA 2EF9A 3L21A 1ZAJA 4IGHA 3L0NA 1QNVA 1JCJA 3ATYA 4UTLA 4YWIA 1TPDA 3QW3A 4NVTA 1AK5A 3TR2A 4Y96A 2ZZ7A 3NA8A 4MPQA 4L4MA 2RKXA 4JTGA 1FWTA 4TIMA 1S5WA 5D37A 1GVSA 3BG3A 1M7OA 1QO2A 2DU2A 1PV8A 5HINA 1BWKA 4PTNA 2VFGA 1H7RA 3TKFA 1Q6OA 3NPVA 4NT0A 2TMDA 2VEKA 4OV9A 5I3JA 5LNVA 2VENA 2I9EA 3NQGA 4AF0A 4Z1CA 4JTSA 3MBDA 4N6FA 1ONRA 1IGSA 2ATSA 2QCMA 3DHDA 3TSBA 4X9SA 3W9ZA 1AW5A 3W7PA 3TNOA 4LVGA 1OFAA 1TB3A 2VFEA 4RJEA 1H62A 1JJKA 3MUXA 5LGZA 4CQ8A 5I3KA 3QPYA 2WNZA 3P7YA 4BI7A 3C4UA 3OVPA 4CCEA 5CZJA 1FY6A 2V2HA 3STFA 1JVNA 5LHFA 3M41A 5KSWA 2CLKA 3NQCA 4POCA 3G8RA 5CPNA 3FOKA 1GJPA 3BK0A 4GUHA 5CZ0A 3VNDA 4MIMA 1W8SA 2G97A 4HIBA 3BG9A 3CC1A 2XN1A 2VXNA 4XKYB 2Y7GA 1ZNNA 4GWEA 1GVRA 1IF2A 4NXSA 5HJLA 4RV8A 2VEIA 4K8EA 3L67A 3TX9A 3C0JA 4MFDA 4EIVA 4X3ZA 1Q45A 2C13A 3T7VA 2CFFA 1TQJA 4ZMGA 3PG9A 1Y0EA 3DAQA 2QDGA 1C29A 4O53A 1AMKA 3A22A 4RZ5A 1R47A 5EL1A 3PUEA 4I7VA 1SO3A 2BWGA 4JIQA 2NX3A 3KVKA 4MZ1A 3W23A 4Z1AA 2X30A 3SECA 5E93A 3NQ8A 3P82A 1SFJA 4N9DA 1KW1A 3GDRA 1RD5A 3GKFA 4GUGA 5EPDA 3WK3A 4HNVA 1R2SA 2TYSA 5D2XA 3W2KA 3HG5A 4UFKA 1HTIA 1JUEA 3W3OA 2NZLA 3QSRA 5DELA 3HMJG 1NAL1 2TSYA 1PIIA 3DFNA 2B4GA 3NG3A 2GQAA 2CW6A 4JTHA 3KVJA 5BW6A 2A7NA 1XXXA 3S5NA 3W73A 1KM3A 2YFOA 3IIZA 3TU9A 5K2ZA 3ZWTA 5F2MA 3TXVA 2C18A 2JK2A 4MYXA 3HF3A 5AN7A 2QCFA 3EXTA 3TUUA 1N55A 4ZQMA 3WJSA 4WUIA 3LHUA 1SPQA 4UNKA 3KOFA 3MP4A 3QF0A 1FXQA 4FNPA 1XBVA 2NV1A 3UWVA 2BLEA 1HUVA 3A5VA 3W07A 1ZAHA 4Z1BA 2ZA1A 3GK0A 2CZ5A 3HGSA 2F84A 2A4AA 4MJMA 1SFLA 8TIMA 2PCQA 3LCLA 1W5NA 3NQAA 1O5KA 1TTQA 4UTMA 1FCUA 3NOEA 5I3IA 3MBFA 3N9SA 2Q8ZA 4O11A 2ZZ2A 1OG0A 1GQNA 3MWAA 1Q6RA 3K30A 4M7TA 2CLMA 2QUVA 4X2RA 2DZTA 2ZFAA 2WSYA 2QCGA 1DQXA 2WNQA 1QFEA 4UTHA 3M5YA 2FLIA 5HUPA 3NL5A 3TCEA 1IXQA 2OCZA 3S9YA 2YZRA 5EY5A 2Y89A 4AF0B 4Q4KA 1LOLA 4BK9A 3TK7A 2NWRA 1ZENA 4GNJA 4QJ1A 3DKJA 3B04A 4O0KA 2HMCA 3M47A 3DFTA 2YPIA 2XFWA 4LS2A 3M43A 2P1FA 1CX9A 3GR7A 4MY1A 1UASA 5AYZA 1PHWA 1WQ5A 3NVTA 1L6SA 4TX9A 3LLDA 3W7NA 3PC0A 3G3DA 2NX1A 3C2RA 2Q8LA 4QNEA 2PC4A 1PL9A 3P8IA 3L65A 2Y85A 4MJZA 3NPUA 4KWWA 4JY8A 4UFMA 4LWWA 4UFIA 4A22A 2CU0A 4BR1A 5KZEA 1PCWA 3UNDA 2YYTA 3IVTA 4RKAA 3RF9A 5AHLA 3FJ6A 4M6VA 4LVAA 3B05A 3NYZA 3L66A 4E0CA 5D02A 3O07A 4AAJA 1UUMA 3PSVA 2X2GA 3KX6A 3W74A 4WQ6A 3ABSA 1OFDA 1BTMA 4H6KA 2J88A 3S1WA 4QQ3A 2JGQA 3D0CA 4ZQCA 3PUDA 3SJ3A 2FQIA 1KFJA 3W88A 5L6UA 4K37A 5C54A 1LBLA 1W5OA 4ML9A 3W22A 3W72A 4EOUA 3QMSA 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1LP6A 3FKKA 3HG2A 1FQ0A 4HSNA 3A24A 4AEOA 1SZNA 1QPNA 2NWSA 3LI0A 3LRLA 1D9EA 4WX2A 2ZDRA 3UWWA 4JTIA 2DZUA 4JR5A 2YSWA 1F2JA 3HIJA 1QOQA 2QCLA 4NJKA 1LRQA 1FCVA 3KVLA 1WBJA 2GOUA 4XZ9A 3GDLA 4CQAA 4N9CA 1FDZA 1W3IA 1O95A 3N34A 1O60A 1Q6LA 1GVQA 5HQEA 1I2NA 4NJIA 3LCHA 4UR8A 4RR4A 4NU7A 3LB0A 4MOZA 3I7QA 2QUUA 5HULA 5HR6A 1W31A 1FWRA 3PG8A 5FF4A 3TQKA 3MI2A 4DF2A 3SW6A 3O63A 1DL3A 1SO5A 2Y62A 4UTUA 1BKSA 1ZALA 3NR0A 2QF7A 2V5BA 4LS1A 3LM7A 4QIUA 2WKJA 2JKEA 3G1SA 4M19A 1WV2A 4Z08A 3QZEA 1XBXA 2GQ8A 7TIMA 4JTLA 3W7JA 1H63A 1PHQA 2GVGA 2VKZG 1JULA 3FEMA 3TFCA 2BX7A 2QJGA 2W79A 2E68A 2HS8A 5CPOA 1YDOA 4CCDA 3QSTA 1TO3A 3THQA 4YXGA 5KTLA 1VZWA 2ZQ0A 2AAMA 3NQ7A 1SW0A 4TR9A 4WZHA 4X22A 3DENA 2QCEA 2R91A 3GAKA 1MZHA 2B7PA 1SZGA 1H61A 3ABRA 4O4VA 3AJXA 4A2RA 4WY0B 1OK4A 2Q3RA 4N6EA 2ZRUA 3PBVA 4NNCA 5H2ZA 3IIVA 4JY9A 1ICQA 3MP5A 1OYCA 1UUOA 5BMWA 3V1PA 1SW3A 3KRSA 4H3DA 1JRBA 1EUAA 2ALDA 4J9JA 1OFBA 3G1VA 3EWBX 3S8HA 2YYUA 5EBUA 2A7RA 1F74A 5D30A 5TBOA 1KM6A 4BFAA 3BARA 1LZOA 1N7KA 2QUTA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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1OYCA

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Chord Diagram

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