1PCKA

Aquifex aeolicus kdo8ps in complex with z-methyl-pep
Total Genus 90
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
90
sequence length
263
structure length
258
Chain Sequence
EKFLVIAGPCAIESEELLLKVGEEIKRLSEKFKEVEFVFKSSFDKANRSSIHSFRGHGLEYGVKALRKVKEEFGLKITTDIHESWQAEPVAEVADIIQIPAFLCRQTDLLLAAAKTGRAVNVKKGQFLAPWDTKNVVEKLKFGGAKEIYLTERGTTFGYNNLVVDFRSLPIMKQWAKVIYDATHSVQLPGGLGMREFIFPLIRAAVAVGCDGVFMETHPEPEKALSDASTQLPLSQLEGIIEAILEIREVASKYYETI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Lyase
source organism Aquifex aeolicus
publication title Structure-Based Design of Novel Inhibitors of 3-Deoxy-D-manno-octulosonate 8-Phosphate Synthase.
pubmed rcsb
molecule keywords 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase
total genus 90
structure length 258
sequence length 263
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.5.1.55: 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase.
pdb deposition date 2003-05-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00793 DAHP_synth_1 DAHP synthetase I family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1pckA00
3CWNA 4HNTA 4K39A 3G1DA 4WY0B 3W74A 3DI1A 5HMSA 2EKCA 1YXCA 4TR9A 3SECA 1LP6A 5CZTA 4HNVA 3CIWA 3EKZA 4HPJA 5LSMA 1OF6A 3P7YA 2ZA2A 4A29A 2YR1A 2E5DA 3P8IA 3WJYA 3W1XA 1JUEA 3W71A 2ABAA 2DP3A 3M5VA 4YCOA 3DHFA 4FNRA 4TU1A 2ZBTA 4WY0A 5AHFA 5D04C 1LM1A 3TH6A 3BW4A 4NX0A 3LGEA 4GJ1A 3TXZA 1DJNA 3I7RA 2A4AA 5G5IA 1KTBA 4MY8A 3TX9A 4GNJA 1TQXA 3P80A 4JTJA 1H61A 3P82A 4JDYA 4JD4A 1K7FA 5FEWA 4M7SA 1XUZA 1JCLA 4O8RA 1IXPA 3LCLA 4O50A 2NX9A 4N6FA 3GDKA 3PB2A 2ZTJA 3W23A 3HOJA 3TKFA 1OFRA 5J5DA 3BGJA 2OX1A 3BG3A 1P0KA 3DENA 3IIVA 1W3NA 4FEZA 3W2KA 1P4CA 1QO5A 3AO0A 3C2EA 4E0CA 1LDCA 3N19B 1QOQA 3CU2A 4N4QA 3ABRA 4LS1A 1FQ0A 5G2IA 2Q8ZA 3PF3A 2QCDB 1W5OA 3IGSA 2BZNA 2ZZ5A 3W1RA 1FX6A 4LRTA 4RCXA 2TMDA 4KWVA 1QO2A 1XL9A 3NM1A 2QCLA 3S1WA 3UPWA 1SQ7A 3E12A 4G1KA 1VLWA 4JS3A 3S1UA 4UTTC 4LC8A 2WSQA 2NUWA 2QJIA 1G7VA 4JTTA 3UZJA 4CQAA 2QCDA 3GX9A 3VNDA 1OFEA 5C54A 2QCNA 2C19A 3ABOA 3ZS4A 4O1AA 3B04A 1KTCA 2V5LA 3G1YA 5BOOA 3EKLA 3LRLA 4YMZA 4PL2A 3VI2A 3UXDA 8TIMA 1SZFA 1X7FA 3BK0A 1OFQA 4LTSA 2EF9A 1EB3A 3LXAA 2CZEA 3WK0A 1VCGA 3VE9A 5LNUA 3NQ7A 5K4ZA 5LKYA 1EPXA 2VELA 4ZMGA 2ZRUA 3LDVA 4ZQOA 3QEZA 1SUXA 3PUOA 1HO4A 4PEKA 2ATSA 3NQFA 2FPTA 2G96A 3MO7A 1TQJA 2DZUA 1H51A 5LHEA 4HIBA 5IBXA 1IXOA 1M5WA 4R53A 3STEA 5K2ZA 3TW7A 2FIQA 2PE4A 4I7VA 1LCOA 4LT9A 4RR4A 2GJNA 3HG2A 4UFJA 4Z08A 4HT3A 3LHUA 3C2OA 1F2JA 4WY0F 5H91A 1ME7A 2J24A 1QWGA 2QCHA 4FHAA 1BWLA 3LHYA 4Y90A 2ZYFA 2YFOA 1S5VA 4AHQA 5D02A 3CC1A 3NO5A 3TQ0A 3MI6A 5KINA 4JX5A 4IJBA 3LCXA 4HNNA 4WXYA 3BW3A 1WOBA 4N6EA 3GDRA 1GQNA 1H50A 4LC6A 2FPYA 5EMUA 1OFPA 3PVFA 4RJEA 1LBFA 4NJIA 5K9DA 1UCWA 3GXPA 3OA3A 3W2UA 5KTLA 1VPXA 1PHQA 2NX3A 3GIYA 4WJEA 3HG4A 1A5CA 2QR6A 3GAYA 3PG8A 1WYIA 3BLEA 1J5TA 4UR8A 1MXSA 1VCVA 4H3DA 1W3TA 4PCFA 3TK7A 3G3MA 3MP3A 4LUIA 5HJLA 5KITA 1E51A 4JTIA 2QAPA 1QR7A 2BTMA 4U28A 3TIMA 2A0NA 3LXCA 5D33A 4K7VA 5FEPA 3ZWSA 5C55A 4JX6A 4WXZA 2ZZ4A 1NEYA 3GR7A 1DOSA 1UASA 2RFGA 3O6DA 3ZR4A 5K9CA 3INPA 6TIMA 4GBUA 2WJZA 1CW2A 1H7NA 2X1UA 4S2BA 1SO5A 4UFHA 3ATZA 4DO6A 4NJKA 2BXVA 4EF8A 4JEQA 2J9ZA 1R2RA 4RLIA 2G5WA 3QYQA 3WFAA 1JQVA 1PE1A 3UWZA 1KM0A 1OFAA 2X30A 1A5SA 1D3HA 4O11A 5LGZA 1JVNA 1OK4A 1W5NA 1ZNNA 4A2SA 4N9EA 4UR7A 2Y85A 4Y6GA 1TRIA 1K03A 1M7OA 3IVTA 4BF9A 3STGA 1KM1A 1GEQA 2VOMA 3NG3A 2XN2A 4PC8A 1R47A 4DF2A 2CLLA 2NV1A 3LCHA 1LRNA 1K02A 3JR2A 3T44A 1R30A 3O05A 3B4UA 2OCZA 1G4PA 4M5PA 1LZOA 2A1YA 1KBJA 2VEPA 3LTPA 4DEFA 5MHBA 3UYCA 3U6WA 5F2MA 5D2VA 4B5NA 1RQBA 1U5JA 3QPYA 4Y8FA 3QM3A 1BWKA 1OK6A 4AH7A 5A5WA 3BPWA 2YZRA 3PM6A 2WNZA 3G18A 1V7YA 5CSRA 1IIHA 4NJJA 1WBHA 3BVJA 5D2WA 2WO5A 2FTPA 1G4EA 3W7CA 1EIXA 3DFOA 4K37A 3EXRA 1F6KA 4J9JA 4E2BA 2W0UA 5HR6A 3G1XA 1JJKA 1YDOA 1D3GA 3ABQA 4O57A 3UZ5A 3W1UA 3HPZA 4O17A 1H7WA 3F03K 2DJXA 5HULA 1YLVA 4LVFA 4DBDA 3L67A 4K8EA 4FX8A 1W37A 1BTMA 3LCGA 3NPWA 2VFIA 4GXMA 2NWRA 5LNSA 1EP2A 3WK3A 1ME9A 4RK8A 3C3NA 3HIJA 3TR2A 3W7JA 2QAFA 5LZLA 3P62A 3GVGA 3RLVA 4C1LA 2DZVA 4FX6M 3NGJA 3W1AA 2EPHA 1O95A 2A7PA 1ZCOA 3O15A 3YPIA 1SZNA 3F4NA 3TAOA 2CW6A 4UTMA 1EUNA 4O4WA 4ADSA 3ZWTA 3K30A 4DPQA 4UMBA 3PB0A 2P1FA 4FNQA 1FUYA 3AJXA 4KFOA 1LTDA 3LB0A 1XBXA 3P8JA 3GB6A 4LS0A 3FYPA 4MPQA 2O7QA 3MI3A 1H7RA 1F7BA 3W1LA 2ZFAA 4IXXA 1TCDA 4N9CA 1G4SA 4QAIA 3GZ3A 4RZ4A 3FEMA 1PCKA 5D30A 3EEGA 1TTIA 1GOXA 1H60A 3LXBA 1VH7A 3S42A 1H62A 1IGSA 1Q45A 1QFEA 4O0ZA 3TJLA 3W88A 3TAKA 2V5BA 4RXGA 3VFLA 2V8ZA 3W75A 3M44A 3A5FA 2ISSA 1TRDA 4FF7A 1DJQA 1KM2A 3W1PA 4O28A 4LRSA 1K8ZA 1TB3A 3HMJG 2CZDA 1DVJA 1YTKA 1VHCA 1A5BA 2YSWA 1HFBA 1AG1O 5E93A 2VEMA 3L65A 1PIIA 5BRBA 2GVLA 1GTEA 4UFKA 1OX6A 1XBZA 3T40A 5EY5A 2WSYA 2HMCA 1KW1A 4WUIA 4GUGA 2PRHA 1Q6QA 1VYRA 3STFA 3W1TA 1IIGA 4QM1A 5DY3A 3DFSA 2ISVA 3GK0A 5LHFA 4K7YA 4W9TA 3LCWA 3HJZA 1QMLA 2FDSA 5FF3A 4JTLA 4NJGA 4O0KA 1S5WA 3NQGA 3LERA 3LTYA 4EIVA 4JYDA 3UXAA 1NFBA 1SO3A 1YXDA 3MBFA 2WNNA 3G1VA 2BSLA 2JGQA 1L6YA 1VR6A 1KFCA 3BLFA 3TNOA 3W9ZA 1HO1A 3L68A 3NDOA 3NZRA 3N14A 2Y7FA 1K8YA 3NXFA 1XM3A 2ZZ3A 1Z41A 4MY9A 1JQXA 3C2VA 4AB4A 4L4MA 4MFDA 4OQVA 3UWYA 3WJSA 4NUWA 3PBYA 4LOCA 4A2RA 4OBTA 1FDYA 1EUAA 4JXCA 3HBLA 2V9DA 3M1ZA 1PS9A 3L0GA 1W8SA 3OBKA 2TSYA 1XUUA 1KA9F 3DKLA 5I3KA 2OT0A 3DFQA 4UIOA 4ML9A 5G4WA 2VEKA 3QPZA 3QQ0A 1OFDA 3NL2A 2PRMA 1X1OA 3NQVA 3EXTA 4K38A 4XBKA 4Q32A 3W7QA 4LVBA 4N9DA 3T78A 3DFTA 4JTUA 3RNDA 5I3GA 1F5ZA 3CQ0A 3NL3A 4R7JA 3V75A 1W5QA 2XN0A 3E96A 3PBVA 3W86A 4AVFA 4AHOA 2W6RA 4PODA 1O5KA 3L5MA 2C13A 1JUBA 1XFBA 1MSSA 3SW6A 3DAQA 2QCGA 3GDTA 3P84A 4XTIA 2E5BA 3CB8A 1UJPA 1B4EA 3IGXA 1THFD 1RD5A 5F4WA 5G2HA 1GG0A 2NWSA 4OV4A 1ZAHA 2C15A 3FKKA 4UTLA 5IM51 1MEWA 2GVGA 3MUXA 1SW0A 2B7QA 1LRQA 5D32A 1L6WA 1GVFA 1G7UA 2DZWA 3W6YA 2CWNA 2EAWA 4XTDA 1VYSX 3CTLA 3S1VA 2Y88A 3B05A 4CLMA 2V2HA 2P0OA 3QZEA 4UTWA 1XCFA 1QPQA 1SSGA 2GUUA 2Q3RA 3TMLA 3UWQA 1HL2A 5TBOA 1ZFJA 5CPLA 3NZ1A 1P1XA 3M43A 3IIPA 3O16A 4UMAA 2YX0A 4GC4A 4GE8A 4MJZA 3NQCA 1TSIA 1RQHA 1SZGA 3M6YA 1W31A 3PY2A 3HGSA 3B0UX 4E2DA 3UNDA 3DKJA 4UTKA 1AW1A 2E5CA 1EA0A 3E49A 1JRBA 1SZEA 3HF3A 1X8FA 1EP3A 3HO8A 4IXHA 4IQLA 3NEVA 5AHIA 4AXKA 4ORIA 3NQ6A 3ZFHA 4JGDA 3TJXA 2BWGA 3QF0A 5K3VA 4BR1A 4O15A 4IPJA 4XZ9A 4I7UA 4A22A 2Y61A 1J4EA 2GJLA 1KFJA 5K9XA 3G1HA 1GZGA 1WAUA 4LVGA 1XI3A 3GNNA 1A50A 4Z0JA 2J9YA 2ZA1A 4NX5A 4U4MA 3OVPA 3FLUA 1QOPA 2DZXA 3W7EA 1EWEA 1NVMA 4POCA 2A2IA 2VXNA 3U2OA 1L9WA 4P61A 3B8DA 1KM5A 1EP1A 2H3DA 1DKWA 2NX1A 3HG3A 1VLIA 4ADUA 3P61A 1RQEA 1JCJA 4LV9A 4MLRA 5CZJA 4JN6A 4RXFA 1RR2A 5FF7A 4M19A 2QCEA 4ONVA 4QISA 5HINA 2Y7GA 3TXVA 1FCQA 4EVZA 1TPUA 3O8AA 3GYEA 3M41A 3GAKA 3LRMA 3FA5A 2Z0IA 1VGAA 3KOFA 4UTIA 4JICA 4OT7A 4FNTA 4RX0A 4IMEA 4N2YA 4MIMA 5KZDA 3OG3A 4JY9A 4MY1A 1XC4A 3OVRA 4DO5A 4TMBA 5F2GA 4WOZA 5SWUA 4RZ6A 1KLYA 1F6PA 1JCYA 2E6FA 3SIZA 1FWNA 5HWJA 2ZTKA 1HUVA 1AW5A 1LOSA 1H1YA 2J88A 2DZTA 5HWNA 1RZMA 1OYAA 2C6QA 2AGKA 2V2CA 5KZEA 3BV4A 3B06A 4JTSA 4XBSA 2VENA 3R89A 4NNCA 2DZPA 2GQ8A 2NZLA 4AWUA 2A7RA 2NUXA 1VRDA 3ABSA 4WX2A 1OYBA 1Z44A 3BLIA 3G22A 4O1DA 4UUIA 2CU0A 3NQDA 3CM4A 4ORMA 1K7EA 2XFWA 2I9EA 3S6DA 4M7TA 3C52A 5AC8A 3O6YX 4HHPA 3NNTA 5IBXC 1F05A 4PH6A 4O12A 3SJ3A 2YW3A 4LU0A 3UY7A 4GUJA 4JR5A 3C6CA 1AK5A 3W1NA 1C29A 5CZ0A 2X1TA 1KM4A 4ZL1A 4NXKA 2Z6IA 1UUOA 2KZHA 3HG5A 2BX7A 4UC5A 4JTFA 4DELA 3FJLA 5ABTA 4AF0B 5AB3A 5AHMA 3MYOA 2ZRVA 5F1VA 4XWUA 4YLWA 4MJMA 3W1QA 2V81A 2QEZA 1M6JA 3L2IA 3T4CA 4MZ8A 2ZRXA 3P60A 4A21A 4N4PA 2G97A 3C8FA 3PSWA 1ZENA 5A8GA 1TPH1 4AHPA 5KZMA 3KAOA 1TTJA 4UFMA 3S5YA 2QDHA 1TPDA 3SFKA 3MI2A 3EX3A 1TJPA 4JIPA 3A22A 4AF0A 1PV8A 4K6AA 3W2MA 1O5XA 1HG3A 2F84A 3Q2DA 2A6NA 3S5OA 3TSDA 1FWWA 3JS3A 4A3UA 1NF7A 3I65A 4TX9A 3UWUA 2O7SA 3W7RA 1G67A 1EX5A 5GVJA 3LI0A 3H54A 2RDUA 4M6PA 1F76A 3DFPA 5D38A 4FNSA 2XN1A 3THAA 4OGZA 2ABBA 3NL5A 4GUFA 3MP5A 5LGXA 1P0NA 3USBA 1KTNA 1MZHA 3O63A 5AHLA 3TFXA 3PBWA 4LWWA 3D0CA 1FWRA 1ALDA 4Y96A 2HS6A 3EWBX 4JY8A 1OF8A 3PS7A 1ICQA 1B3OA 4H4IA 2WOQA 2JK2A 4JDBA 4EWND 4CNPA 4IUOA 4QITA 4IPIA 5AYXA 3KRSA 5AC6A 3W73A 3R8RA 3TQVA 3W85A 1Z42A 1MO0A 4AEOA 2FFCA 3MHUA 3ELFA 3EWYA 3RK8A 3IV3A 2WPBA 3M7WA 4MOZA 5C6MA 2HSAA 4E38A 1Y0EA 1FDZA 1Q3NA 2RDTA 1DQWA 1WQ5A 1OVDA 5F2LA 1H5YA 3P5YA 3QJAA 3C0JA 1YPIA 3G1FA 3DBPA 4FB7A 3LOTA 4DPPA 1ZJIA 2P10A 2YW4A 3S5ZA 3H55A 1PVNA 1IXQA 3BW2A 3HGOA 2RH9A 5DLCA 3SY5A 5BW6A 3LLDA 5DN1A 1JCNA 1GYNA 3DH7A 3TFCA 1LOLA 1RPXA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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