1PCWA

Aquifex aeolicus kdo8ps in complex with cadmium and app, a bisubstrate inhibitor
Total Genus 89
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
89
sequence length
263
structure length
257
Chain Sequence
EKFLVIAGPCAIESEELLLKVGEEIKRLSEKFKEVEFVFKSSFDKANRSSIHSFRGHGLEYGVKALRKVKEEFGLKITTDIHESWQAEPVAEVADIIQIPAFLCRQTDLLLAAAKTGRAVNVKKGQFLAPWDTKNVVEKLKFGGAKEIYLTERGTTFGYNNLVVDFRSLPIMKQWAKVIYDATHSVQLPGGGMREFIFPLIRAAVAVGCDGVFMETHPEPEKALSDASTQLPLSQLEGIIEAILEIREVASKYYETI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structure-Based Design of Novel Inhibitors of 3-Deoxy-D-manno-octulosonate 8-Phosphate Synthase.
pubmed rcsb
molecule keywords 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase
molecule tags Lyase
source organism Aquifex aeolicus
total genus 89
structure length 257
sequence length 263
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.5.1.55: 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase.
pdb deposition date 2003-05-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00793 DAHP_synth_1 DAHP synthetase I family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1pcwA00
4EWND 3PWAA 1SO5A 5CPMA 3EWUA 4WX2A 1K7EA 4UMCA 4M5PA 5DXYA 3UXDA 4DELA 3MWAA 5FF7A 1WQ5A 3PVFA 1QPRA 2WPBA 1OYBA 3R89A 2QCMA 1LLZA 3W7PA 1P1XA 1H7NA 1VLIA 1EP2A 3FYOA 1SZFA 1W3TA 2FJKA 3QFEA 1B9BA 4WD0A 2VXNA 2NV1A 5TIMA 3OVRA 3P74A 2X1TA 1ME9A 1YTDA 1UCWA 3PAJA 1OK6A 3G1AA 1C29A 4Z1AA 5D37A 1XBZA 1FCBA 4ALDA 2CLMA 3M44A 4PODA 3TAKA 5BNKA 2VFDA 3W7LA 3PB2A 4CLMA 3P62A 1VQTA 3IVTA 4JTJA 4N9EA 4FNUA 1D3HA 1RPXA 2GQ9A 4K37A 3TA6A 1GWJA 4AHPA 2GJNA 5G1YA 1K03A 3EWYA 4AHQA 3TX9A 2YFNA 1QPNA 3DFQA 3N2XA 1NSJA 5LGXA 2F7FA 3Q37A 3UWZA 5F1VA 3MMTA 3W86A 3P61A 1I45A 2DJLA 3VFLA 2ZDRA 1F74A 4O1CA 1DBTA 5AHEA 3DFTA 3EX1A 1ZALA 4U28A 1TPVA 5CZSA 1TPH1 3S5NA 1TSIA 1EP3A 3B0VC 4NXKA 3CQ0A 3I65A 3TR2A 1VHNA 3DAQA 1H5YA 5DELA 1OFRA 3IIPA 4GUFA 4DF1A 4IMDA 3LXBA 2YCEA 3NOEA 1SUXA 1JCJA 3QSTA 3QYQA 5D32A 5HWJA 3ATZA 2YXGA 4UFIA 4MIMA 5LNUA 4RR4A 4O14A 2AQWA 3N14A 3SY5A 2ZA3A 1FY6A 4UTTC 5FESA 2P10A 1ZHAA 4OBTA 3Q94A 4JD4A 5GVJA 4A2SA 2YYTA 4LUJA 3GAKA 3EEGA 3O63A 4I7WA 5BMXA 1VHCA 3PBUA 3A23A 3G18A 2IQTA 4RZ6A 4QNEA 2CZFA 1KFBA 3UZ5A 5I3KA 5CPLA 4M6PA 1FCVA 5DY3A 3IVSA 1H7OA 2ATMA 4QISA 4RXFA 4GC4A 1HTIA 3HOJA 3W1LA 4WY0F 3RLVA 3LTYA 1KM6A 2GJLA 1YTKA 4JXCA 1A53A 2ZBTA 5D09A 4I7UA 5EA9A 4LVBA 2DP3A 1EUAA 1JUBA 3HQ1A 4CQAA 3W1XA 4ZQOA 2XN1A 4LOCA 4HIBA 2TYSA 3L5MA 4K6AA 5KZMA 2X1RA 2HSAA 3P80A 2HS8A 1MXSA 2FTPA 2R91A 4KFOA 3NQ2A 1HG3A 3DI0A 3NNTA 4QNWA 3GIYA 1GG0A 1YADA 2OMAA 1WBHA 1N7KA 1AL8A 3G1YA 2QDGA 3DFPA 2V5BA 2B7OA 3QC3A 1GVSA 3DI1A 3PBWA 5J5DA 4D2JA 3M0ZA 5AYXA 2B7PA 1F5ZA 1EWEA 1W3NA 3I68A 1GG1A 1LDCA 3P82A 4JY8A 1L6YA 1VH7A 1GTEA 4N6EA 5EY5A 2V2DA 3W1QA 3LV6A 1OK4A 1LBMA 4XUGA 2A4AA 2G97A 2QCDB 2Q8LA 1H61A 2QJIA 3H55A 4MPQA 1VRDA 2PRMA 3CC1A 3A22A 4OV9A 3TXZA 4N9CA 2QUUA 3DU0A 3W23A 3G3DA 1SFJA 3SI9A 4NJJA 3PBYA 3EXSA 2ZA2A 1VZWA 2C18A 1TIMA 3STFA 1JQXA 5D2XA 3LBCA 1JCYA 3ABQA 4UTMA 3NL5A 5D02A 5LGZA 4ORIA 4LC8A 3W76A 3PC0A 1OYCA 3CHVA 1H60A 4DF0A 2G96A 3G24A 3KOFA 2NX9A 5F2LA 4HPXA 2CZ5A 4AVFA 1N8FA 1EIXA 1PVNA 3LBMA 2HS6A 4JTEA 3W1UA 3M16A 2VC6A 4ADSA 3FYPA 4NVTA 3LB0A 4NJGA 3A9IA 1AW5A 4ZQPA 2V82A 1WV2A 2XN2A 3QQ1A 2ZA1A 4JYFA 3QMTA 1VCGA 1RQHA 2GVJA 3VI2A 3W85A 2YZRA 1YPFA 1SU5A 4YWIA 1Z41A 4DEFA 2PE4A 3NR0A 3DKLA 3WJWA 5IBXA 3K30A 4ZVJA 5FEZA 3B0PA 4IX2A 5DLCA 4DF2A 5K9CA 2BX7A 1M6JA 3FA5A 8TIMA 3W22A 3P8JA 1PV8A 1R30A 2F84A 5ABTA 3ZWSA 4WZHA 5C54A 2B4GA 2VEPA 1DQXA 4BI6A 3NA8A 2GQAA 4RXGA 4XQ6A 1GJPA 3WJZA 4HNTA 1ZCOA 2V2CA 4X22A 4FHAA 1R2TA 4Y9AA 4K7VA 2W79A 1T99A 4NJIA 3U8GA 2EF9A 1OF8A 3DHFA 4X9SA 3TC6A 4Y6GA 3L0KA 3SW6A 3LCLA 4LVFA 1JCLA 1KM3A 2Y7DA 1YPIA 1VGAA 3GAYA 4JTHA 5IM51 3PG9A 1TRIA 3L66A 5CG7A 3QMSA 3UXAA 4LWWA 3PUEA 3W7MA 4Z1DA 3TDFA 4FIRA 3BLEA 4LS2A 4OWGA 3P60A 4IJBA 1W5MA 2QCNA 3GDKA 3O6YX 5TBOA 5CZTA 1WDWA 1TREA 1MEHA 1IXNA 1SZNA 2YGYA 2WV8A 2QCLA 3D0CA 5SWUA 1OFQA 1W5PA 3SGZA 3OEXA 3DFNA 2DJXA 1WXJA 3PULA 2Y88A 1GT8A 1GQNA 3W7DA 4JTGA 2A6LA 1DQWA 2NV2A 2GVLA 3CM4A 3UWUA 3TAOA 1XUUA 2WJZA 1U5JA 2QJGA 4K38A 5AHFA 4DBDA 1AG1O 5LHFA 3C2VA 1KM1A 4BWLA 3WJYA 4P2VA 5DCDA 1XC4A 1OFDA 2J27A 3W72A 2QF7A 1QDSA 1UB3A 3GKFA 2OX1A 3MBFA 4NX0A 1LP6A 1OFBA 2J24A 5D2WA 3EWWA 3F4WA 3SSJA 2QCEA 2WQPA 3E02A 3OVPA 1W56A 1E51A 3GKAA 3KVJA 1SZGA 1LLWA 4N02A 2FFCA 5AN7A 1JJKA 2X2GA 3E9AA 3M41A 4QSHA 5H91A 5KTLA 1NAL1 3LHWA 4FNPA 4IUOA 4O1DA 5K7JA 4C1LA 1T8XA 4GFSA 2X16A 5D04C 4QAIA 2B7QA 3S5ZA 1KLYA 1VYPX 3ANYA 1FUYA 4OV4A 1RR2A 1CI1A 5FEPA 5HNRA 3NO5A 4ORMA 2Q8ZA 1HFBA 3IIVA 2P0OA 3QH2A 3I7QA 1TTQA 4MZYA 1TYGA 1KBIA 4MZ1A 5D05A 3S5YA 3LXAA 1XBXA 2QCCA 2E68A 4PEKA 4UTLA 3RU6A 1H51A 4A29A 3PG8A 1DOSA 3WJSA 2QCDA 1H7RA 2GOUA 1GEQA 2GVGA 1DHPA 2JKPA 3QM3A 3RLUA 3M7WA 4O17A 3N9SA 5F4SA 3A5FA 1W5OA 3QEZA 4O50A 3S1WA 5LSMA 4RZ5A 4TX9A 4O8RA 1GVQA 4NXSA 5G4EA 4LS1A 1O60A 1IF2A 3FKKA 3HPZA 3LGEA 4WY0B 1SSGA 2RKXA 1G69A 2V5LA 4OT7A 1WYIA 1RZMA 3W87A 3JS3A 4WXYA 2WNQA 1WOBA 4FX7A 4UTUA 3LLFA 2CLOA 4DXVA 5DN1A 2WO5A 3GDRA 2RFGA 3L0GA 1W54A 3R2GA 5K3VA 4AF0A 1ICQA 3LI1A 3HB9A 3H53A 4Z1BA 1G7UA 3W6YA 3W71A 3BVJA 5I3HA 1TMHA 3TJLA 2QUVA 2ISWA 2Y7GA 4GUHA 1LRQA 3WK3A 3W07A 2PRHA 3E49A 3TMQA 3MYPA 2QEZA 3EB2A 2WNNA 3HGSA 5CSSA 3KXQA 3HGJA 4NJHA 2DZWA 3L2IA 4JTSA 1H7XA 5LNRA 4NU7A 1VPXA 1L2UA 3ABSA 1JUKA 2GQ8A 5K4ZA 1JR1A 1A5CA 1IIGA 4UMAA 2EGZA 4A2RA 1RQBA 1A5AA 5AB3A 3G1DA 1LYXA 3O15A 1N55A 1UASA 3LHTA 4O4VA 3NQMA 3S9YA 1FXPA 2OT1A 3L21A 3R13A 1ICSA 1SZEA 4A22A 1D3GA 1LROA 3HG2A 1TPWA 3VE9A 4UTKA 3TE9A 3AO0A 2NWSA 2PC4A 4UNLA 2O7QA 1PHQA 1PIIA 3MHFA 5AFDA 3BW2A 2VEIA 3TH6A 3MHUA 3B05A 1XFBA 5HWMA 2YX0A 1OFEA 4GWEA 5AC8A 2E1DA 3HGRA 1KFLA 5HULA 1LBFA 4TR9A 1RD5A 2HMCA 3V1PA 1G4PA 1TPC1 1NF7A 4BWLC 2CZDA 1O94A 5I3GA 1ZNNA 1ML1A 2XFWA 2OJPA 1M7OA 1QAPA 2P1FA 3LCGA 2YPIA 4NZFA 4BI5A 4CQ9A 2A85A 4AMAA 4XBKA 4O13A 3TQKA 4JDBA 4UFMA 2BZNA 2A6NA 3QPZA 2ZZ4A 3HG4A 3OBKA 2FB3A 1ONRA 3NQFA 3LM7A 3KVMA 2C16A 3UD6A 5LNVA 3TUUA 3WK0A 3C2EA 1LORA 1YXDA 3INPA 5F2IA 3TCEA 1UUMA 2E6DA 4UXDA 3CLMA 4TMBA 5U4NA 1SO6A 4JTUA 4O54A 1RVGA 4I7VA 2WNZA 3N2MA 5E1QA 5F4XA 2OT0A 1TB3A 4GRSA 2V2HA 3H54A 2CLEA 3W74A 3UY7A 4NNBA 1SO3A 3O07A 4RK8A 3OVQA 4FXRA 4WXZA 1QO5A 3G1SA 3O06A 2J6XA 4MLRA 5KMYA 2VELA 3L5AA 3QW4B 3G1XA 3N34A 3A5VA 1H7WA 4DO4A 1PCWA 1EWDA 1OX4B 3BV4A 4DPQA 4XTDA 3NL3A 1AL7A 2QR6A 1TTPA 4MFEA 4DO6A 3EKLA 4YCPA 2Y70A 4O53A 1GVOA 1YYAA 3KFTA 2YYUA 1FCQA 1EB3A 1MZHA 4J9JA 4Z08A 1X8FA 2VENA 4I9AA 3PUOA 2W0UA 3HG5A 4TO8A 5CPOA 3S5OA 2Z1BA 4GUJA 4H6KA 1O5KA 1EUNA 4GUGA 1VCVA 5K9XA 1P0KA 4K39A 4XZ9A 5FF0A 1KLZA 2BTMA 4DPPA 1KA9F 2R14A 3TQ0A 1LCOA 4MY1A 3BW3A 2J9ZA 3QZEA 4EF8A 3SZ8A 5HJLA 3UQNA 4WY0A 3WK1A 1DVJA 3TV8A 1XI3A 4KFPA 3EXTA 1MSSA 3PY2A 3ZWTA 2Q3OA 1JRBA 1UJPA 2ISSA 3TXVA 4NNAA 3M5YA 3PS7A 2X30A 1G7VA 2X1UA 3RK8A 2CLFA 3TNOA 4XWUA 5BRBA 3M6YA 4EOUA 4MY8A 3LHZA 4S1FA 5FF2A 3RF9A 3TW7A 4UC5A 3ABRA 4CCDA 1RQEA 1W8SA 3I7RA 3CT7A 5AYZA 3B04A 3W2MA 1F6KA 1XL9A 3NZRA 3QJAA 3W7NA 2G95A 1I4NA 1OHLA 3IRDA 3IGXA 1L9WA 2ZFAA 1ME7A 3MI3A 4WOQA 1P5BA 1WBJA 4LTSA 3CU2A 2DU2A 3LHYA 3QSRA 1F05A 1TPUA 5KINA 1KV5A 3QRHA 1WOAA 3CIXA 2OZ0A 1FWTA 1KM4A 3S8HA 5HINA 3OG3A 1YXCA 2C1HA 4R34A 2QKFA 3UPWA 2DZSA 2WSQA 1DL3A 1GYLA 1FXQA 3S6DA 1KM5A 4JR5A 3N9RA 1QPQA 1Z42A 1J4EA 2V9DA 3GYEA 2H90A 3C2FA 4LVDA 1GPWA 3E96A 2WOQA 4ZQCA 4GNJA 4UTWA 1TRDA 5AHLA 4AF0B 3MI2A 5MHBA 1OFPA 1TV8A 4HKPA 2FPVA 4KWWA 1VJIA 4UFHA 3BG3A 2A5HA 2R94A 1IXQA 3BG9A 4ADTA 4M6QA 4FIQA 1B4KA 3N73A 1CW2A 3IIOA 4WUIA 4CNPA 5E93A 1HO1A 3LRMA 3GVGA 2B0MA 3FLUA 2A1YA 4MY9A 2QUTA 4MOZA 4WOZA 2DZXA 5F2MA 4JTLA 1IIHA 1FDYA 1M7PA 1OFAA 3SGUA 4FEZA 5J5RA 3QF0A 2VOMA 1C9DA 4NNCA 1W5NA 3O6DA 1OJXA 3TKFA 5E0KA 3O8AA 2TRSA 3F4NA 5FEWA 1I2QA 1V5XA 3LERA 2RDWA 3MUXA 6ALDA 2ZRWA 2Z2UA 1X1OA 4JN6A 4TU1A 4IMFA 5AC7A 2D73A 2C6QA 2E5CA 3N3MA 4GXMA 4GBUA 1GYNA 4TIMA 3C61A 3C8FA 4CNNA 3LCXA 5H2ZA 2J88A 4LNYA 5KITA 3HBLA 4R53A 3U2OA 1VYRA 4UFLA 3G0XA 3FOKA 1OFOA 3EXRA 2XN0A 3UY8A 3JR2A 2TSYA 4RX0A 4YCOA 2ZCGA 3W7CA 3GDLA 1Q6OA 1BWLA 2YSWA 5AHIA 1QO2A 4RJEA 1OYAA 4FNQA 2DZPA 3LCFA 2EHHA 2GPTA 4AXKA 3KAOA 4XTIA 2CFFA 4YXGA 1M5WA 1H62A 3M47A 3NL6A 2JGYA 4C1KA 3LX9A 3NQGA 4Z0SA 3HGOA 4POCA 2Z6IA 1TJRA 5TQLA 4M7SA 4Y8FA 1VCFA 3DENA 4O16A 1OX4A 2E6AA 4HT3A 3IV3A 1JVNA 2FDSA 2UV8G 5DCBA 3STGA 3O1NA 4PL1A 3P67A 4XKYB 1J5TA 1HL2A 1W1ZA 4DQWA 4IWWA 1AMKA 3W7QA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1SGJ A;  2EXO A;  1WZA A;  1XLM A;  3THC A;  1EJV C;  2OKO A;  3GNX A;  3MWA A;  2BOG X;  3PNZ A;  1RA0 A;  3W7P A;  1UD5 A;  1PJ9 A;  1H7N A;  4A3Y A;  3I10 A;  1SZF A;  1W3T A;  1MQR A;  4KRU A;  2VXN A;  1A3W A;  3SQM A;  5HMF A;  2CWX A;  3P74 A;  4CD7 A;  1MXG A;  4US5 A;  6CGT A;  5IFT A;  1UCW A;  3GTX A;  2PWF A;  3BMX A;  4AZ7 A;  1XLA A;  2OO6 A;  1JCT A;  3CWH A;  1FCB A;  2WW5 A;  2ZC1 A;  1WP6 A;  2CIP A;  4ALD A;  2R24 A;  4POD A;  3TAK A;  2VFD A;  2W62 A;  3K46 A;  3PB2 A;  2HCV A;  2WCS A;  1RPX A;  1U1J A;  2GQ9 A;  5ABF A;  4AHP A;  1KRB C;  2QGH A;  1K03 A;  1C9W A;  2P8B A;  2O9P A;  3MDU A;  1QI0 A;  3CZE A;  1FWI C;  2PEV A;  2YLA A;  1E6P A;  2DJL A;  3ITV A;  1UJQ A;  4QDW A;  4O1C A;  3RYS A;  1E4N A;  5A8P A;  1TPV A;  1R3Q A;  1QBA A;  3FV9 A;  1QT1 A;  3TR2 A;  4E4U A;  4F2B A;  1EJX C;  2VC7 A;  1H5Y A;  3IIP A;  3PTD A;  4JKM A;  4MJ2 A;  2ZX5 A;  3LXB A;  1JND A;  3NOE A;  4GAC A;  5HPC A;  4O0Q A;  3R0K A;  3OOD A;  2QNE A;  3ATZ A;  4PUJ A;  4UFI A;  3S9Z A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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