1PE1A

Aquifex aeolicus kdo8ps in complex with cadmium and 2-pga
Total Genus 94
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
94
sequence length
264
structure length
258
Chain Sequence
MEKFLVIAGPCAIESEELLLKVGEEIKRLSEKFKEVEFVFKSSFDKANRSSIHSFRGHGLEYGVKALRKVKEEFGLKITTDIHESWQAEPVAEVADIIQIPAFLCRQTDLLLAAAKTGRAVNVKKGQFLAPWDTKNVVEKLKFGGAKEIYLTERGTTFGYNNLVVDFRSLPIMKQWAKVIYDATHSVQLPGGGMREFIFPLIRAAVAVGCDGVFMETHPEPEKALSDASTQLPLSQLEGIIEAILEIREVASKYYETI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structure-Based Design of Novel Inhibitors of 3-Deoxy-D-manno-octulosonate 8-Phosphate Synthase
pubmed rcsb
molecule keywords 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase
molecule tags Lyase
source organism Aquifex aeolicus
total genus 94
structure length 258
sequence length 264
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.5.1.55: 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase.
pdb deposition date 2003-05-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00793 DAHP_synth_1 DAHP synthetase I family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1pe1A00
1YPFA 3KRZA 2A1YA 2BZNA 3C2VA 1MEIA 4IUOA 3UXAA 4TIMA 1ICPA 1Q6QA 5T26A 1U5JA 3EB2A 3HMJG 2NXGA 1CX9A 3G0UA 3UWQA 4DPPA 3P5YA 3JS3A 1TV5A 3TCEA 2GQ8A 1G4TA 3OG3A 5H2ZA 1OFQA 2CLHA 4GUJA 1GTHA 3EX3A 1VYSX 4BWLC 4KWWA 3TQKA 4ZQRA 2Y62A 3W1LA 3HG3A 4NZJA 4ZQOA 5LZLA 2ZDRA 3W7KA 3HJZA 3R89A 4JD4A 1SZEA 2PC4A 4WY0B 1FCQA 1ONRA 3N34A 1Q3NA 3WK1A 4HNTA 5AHLA 4LRSA 3GZ3A 3LBMA 3LV5A 3W1UA 1DBTA 2HMCA 3B05A 4OU1A 3TAKA 1W5QA 1YXCA 4N6EA 5HQEA 3WJSA 5TQLA 5D2YA 1W0MA 1TJPA 3LXCA 2WOQA 3G1XA 3NAVA 3NQVA 1W56A 3ABRA 2OJPA 2OT0A 3N3MA 4RZ6A 3DHDA 5A5WA 2RH9A 3HGJA 4BR1A 3GKFA 1M7PA 3JRKA 1UB3A 5G1TA 2W0UA 1XKYA 3SJ3A 2IQTA 3BLEA 5D02A 3PB2A 4O12A 1ME7A 4UTWC 4O10A 3DENA 3LGEA 3IVSA 2V30A 3W1XA 1LM1A 2ATSA 2CLIA 1B4EA 1H61A 1W5NA 3QMSA 4K38A 2X16A 3SR7A 4R53A 4LW7A 1TPB1 5TIMA 3KFTA 2QCLA 3W76A 3C8FA 1GZGA 2WKJA 1F6PA 5J5RA 4E38A 4Z1BA 4A22A 1C8VA 2YW4A 2VEIA 3NZ1A 4MOZA 2QCEA 1UUMA 2WQPA 4GBUA 3Q37A 1F73A 4DF1A 1DORA 1WBJA 1LZOA 4NX0A 4O13A 4X22A 1Z44A 4JN6A 5K9CA 3UY7A 5BRBA 4FX8A 1OK6A 4IMEA 1R30A 2E6YA 1R47A 3DFTA 3TUUA 3EKLA 4ZZ9A 4UTTA 1FQ0A 2FPYA 1FDYA 3NQ2A 1AW5A 3EKZA 4NNAA 3ATZA 2QJIA 3HPXA 1D3GA 3B8DA 3GDLA 4JTIA 5L6UA 2YSWA 3A23A 3STFA 1P4CA 1JQVA 3TE9A 3NQMA 1FDZA 4RCXA 4WXYA 2BWGA 3STCA 1VLWA 4IMDA 4D2JA 1QNVA 5HWMA 1J4EA 2DORA 1T8XA 4MLJA 4Y96A 5D2TA 3LB0A 5EKYA 3DXIA 1WXJA 4LUJA 1U83A 4JX5A 4GUHA 4AF0B 1R2RA 1YPIA 5G4EA 1GEQA 1JCNA 3UZJA 2FDSA 5F1UA 3IV3A 4UTUA 4R34A 4MUZA 3W1TA 2A7RA 3CHVA 2CU0A 4JX6A 3BW2A 3P82A 3O05A 4LS2A 4JTJA 4JYEA 3NDOA 3BG3A 2VKZG 5FF7A 3E0IA 3N73A 2CLKA 4MYAA 5K4XA 5HWNA 3U2OA 2YX0A 5D37A 4P61A 3TU9A 2J24A 3P84A 2DZXA 4TU1A 1ZAIA 1VCFA 3NL3A 4I9AA 1WDWA 2OX1A 1EA0A 2ZZ3A 2EPHA 3W7LA 3MBDA 4WX2A 2I14A 3GDMA 1OVDA 3DKJA 3FKKA 3EWXA 3G22A 1RZMA 1K8YA 3BLIA 1QCWA 4QITA 4NT0A 4PODA 3S1XA 3CEPA 3CC1A 4I7WA 1C29A 1L6YA 1MO0A 2EF9A 3G3DA 3W85A 4ICNA 1LDCA 3MHUA 2Y7EA 3M44A 5E93A 1VYPX 3W84A 4CNPA 1YTEA 4TMCA 1YDOA 3N19B 5D30A 2ISSA 4LTSA 3B0UX 5CPLA 3FKRA 2QUVA 2NUYA 1DOSA 2VXNA 4MZYA 1TPC1 3RFAA 3W1MA 3W6YA 2ZZ1A 5LKYA 4X2RA 1TPDA 2WSYA 1JCJA 1GVFA 3FYPA 3FJLA 5D33A 4M6PA 2GVJA 3OVPA 1X8FA 1H7RA 3O6YX 1IF2A 4LVFA 3M6YA 2DZWA 5L9FA 5DCBA 1NEYA 3LHYA 3O6CA 1B57A 3UZ5A 4LU0A 1YADA 2VEPA 4KFOA 2WNQA 1W5MA 2QAFA 1Q45A 1XXXA 4A2SA 2C0AA 1JVNA 2FTPA 5DBTA 3SZ8A 4O17A 4UC5A 4MY9A 4KFNA 3HQ1A 4K7VA 4UNLA 3NO5A 4BI5A 2B7NA 3MI2A 5D38A 3LCHA 1KV8A 3MYOA 4Q32A 1HO1A 4R7JA 4N4PA 2G97A 3TQ0A 2B7QA 3G18A 5EYWA 3S5ZA 3DI1A 1FWNA 3IIZA 3MJYA 3O15A 3V1PA 1H1YA 2QCNA 4ADTA 3Q58A 3P60A 3CB8A 5HWJA 3DKLA 5LNSA 1TPEA 2EGZA 5G2HA 4CNOA 2UV8G 3DFQA 3GDRA 3F1QA 2ZCGA 4BI6A 2DZPA 2E5CA 2EAWA 1MXSA 5AHMA 3NXFA 4UTIA 3KX6A 1L6SA 4MZ8A 3UWWA 3CPRA 4N9BA 5D2VA 2A4AA 2J88A 2W79A 2V82A 2KZHA 5CZJA 1TPH1 4EWND 2QDGA 3GXNA 5AYZA 1VZWA 1I2RA 4RZ5A 2WNZA 2C13A 3L65A 3SY5A 1EIXA 2R14A 2D73A 4HNNA 3UPBA 1YTDA 3BVJA 1UJPA 3W7QA 2YDAA 3HO8A 2E5DA 3GNDA 1EP2A 1ML1A 5F2GA 3E9AA 4L4MA 3VCRA 3W7EA 3TSBA 4LUIA 2QAPA 1ICSA 8TIMA 3SFKA 1DQWA 1L6WA 1EPXA 1BWKA 4PA8A 5GVJA 4JTFA 2TMDA 5F1VA 1KFLA 4HSOA 4NJHA 1VS1A 1SW7A 2RFGA 4OT7A 4DEFA 4PC8A 3W7RA 1TRIA 3L5AA 3LLFA 4O28A 3DZ1A 5A8GA 2QF7A 1G6CA 2O7SA 1A50A 3GXPA 3EXTA 2QDHA 3GB6A 3RLVA 3LX9A 3W72A 4GRSA 2OCZA 4O15A 3LHWA 3PUDA 4UFHA 3G3MA 3LXAA 1LBMA 3B03A 3A22A 3PBUA 3QRHA 4QAIA 3VE7A 2GVLA 3THAA 1UBSA 2YR1A 3MBFA 4ADSA 1JULA 1KA9F 4JY9A 1NF7A 2OZ0A 4M6QA 2DZTA 1L2UA 2C6QA 2R8WA 1UUOA 1XL9A 4U28A 5HJLA 4GE8A 1PHWA 3NR0A 1QPQA 3LERA 2QCHA 1FXPA 4QNEA 1S5VA 2CLFA 3LOTA 4UFLA 1UASA 1EP3A 1TPUA 2WNNA 3S5OA 4O1BA 1SSGA 3MHFA 4LVBA 1HFBA 1YTKA 4NJGA 5CKSA 1GQNA 5AN7A 3CEUA 1LBLA 3STEA 2YYTA 1JUKA 2Y6ZA 3T7VA 2ISVA 4AAJA 1W1ZA 1G69A 1RQHA 2BLEA 3PM6A 2DZVA 4CCCA 3NL5A 3WJXA 1EUNA 2CW6A 4IPJA 4JEQA 3TR2A 5U7SA 2VELA 3WJWA 4AEOA 1KM3A 1W54A 4GUFA 2ZBTA 1NVMA 4XWUA 4XBKA 1WOBA 1ZAJA 3QF0A 1FDJA 4O19A 1TREA 2VFHA 4EF9A 5AYXA 4CQAA 3BG5A 2NX3A 1O5KA 3F4NA 4K36A 2A21A 1FXQA 3NQAA 4HKPA 3B4UA 5DBUA 5EPDA 3T55A 3W07A 1VCGA 1I45A 1UCWA 1P5BA 3C2EA 1VPXA 4I7UA 3MW7A 1TTIA 4ALDA 4FXRA 1MEWA 3O07A 2GJNA 1OF6A 4YLWA 2I1OA 2E09A 4Z0JA 3CT7A 3NPWA 3OBKA 4WZHA 2VFDA 3L9CA 3RNDA 4DO5A 3KRSA 1TTQA 4UFIA 4O57A 4IXHA 2PCQA 3KAOA 1KM2A 5DCDA 1IXOA 2QJHA 4XTIA 1KFBA 3IIXA 3QFEA 2A5HA 2CZDA 2JKEA 2NZLA 2FIQA 1GOXA 3M16A 4MKNA 2PRMA 1OABA 3TW7A 3NOEA 3P7YA 3NQCA 3QMTA 3HPSA 4S2CA 3OEXA 1OF8A 5D2XA 3O1NA 4QJ1A 3NPUA 3G0XA 2ALDA 4JR5A 3G1FA 4JX4A 4JNMA 5DN1A 3LI0A 2VEKA 2VEMA 3EX6A 3SW6A 3B06A 3M43A 1DHPA 4O11A 4Z1DA 1OFEA 4Y9AA 4XKYA 3C52A 2BXVA 4NU7A 4CNNA 4NJIA 5K3VA 5F4WA 2GUUA 4A3UA 2YFOA 3T78A 3N2MA 1RPXA 1A5AA 3S0CA 1O94A 3W86A 1M6JA 1ZCOA 4UMAA 1SR9A 3NQ8A 3W2LA 3A5FA 4MYXA 3KXQA 3EX1A 3UWUA 3EX2A 2NX1A 2XN0A 1KBIA 2ZYFA 4MLRA 1TPVA 2ZZ5A 1ZNNA 3NQGA 4UTKA 4FNQA 3U6WA 3W73A 4JIPA 3H53A 5DLCA 2E6AA 2YXGA 5I3FA 4FX6M 4E2BA 2ZRWA 1F74A 5C55A 1DQXA 3QQ1A 1KFJA 2FB3A 5F2MA 1Z42A 2B7PA 4DO6A 1WBHA 1LCOA 1ZJIA 3LRKA 4IOTA 4TMBA 3R2GA 1JUBA 2C16A 4QNWA 3YPIA 1ICQA 2YZRA 1S5TA 5KZEA 1W5PA 1GG0A 3LXBA 4O0ZA 2X1UA 3P62A 3IEBA 1X1ZA 1VHCA 3W22A 1Q6LA 3L0GA 4XQ6A 5DXXA 3L21A 1QMLA 4OWGA 2H6RA 3S5YA 3HG5A 5D03A 3TMLA 1KTBA 4Q33A 5FF2A 3SI9A 4N4QA 5D2WA 3GLCA 3TFCA 3BPWA 4OQVA 2ZRYA 3O8AA 3E49A 1QO5A 1V5XA 5IBXC 1IGSA 2X2GA 1FY6A 1KM4A 4M7TA 1SO3A 3RF9A 3PF3A 3W7PA 1OHLA 4IMFA 3INPA 3O16A 1AG1O 3QPYA 4O18A 1AK5A 1O4UA 3WK2A 4UFKA 3GAKA 3G8EA 3TFXA 3TXVA 5CSRA 4H3DA 2ATMA 4YXGA 4IXXA 3VFLA 3GDTA 1D3HA 2H8ZA 3EWWA 4FNSA 1Z41A 3P67A 5EL1A 1GT8A 4GWEA 1PIIA 2V0TA 1VCVA 3N9SA 2ZA3A 4IX2A 1SFJA 1NFBA 4MIMA 3L0NA 1QOQA 1IIHA 1CW2A 1W37A 2AGKA 1VQTA 3PBYA 3L5MA 2A0NA 1W3TA 1EX5A 4FIQA 1YLVA 1TTPA 3TC7A 4WOQA 3ABSA 3LBCA 3W2JA 1OX4B 3IIVA 2ISWA 4M19A 4WOZA 1ADOA 3NM3A 1YXYA 3IRDA 1BWLA 3GX9A 1EP1A 1LRTA 4YL2A 5FEWA 4RXGA 5HNRA 2Z0IA 4HN4A 4CQ8A 3V75A 1TCDA 3Q2DA 2PURA 2Z1BA 2Y89A 3GR7A 2Y70A 5CPMA 1TO3A 3P8JA 4O53A 1VR6A 4WUIA 5C6MA 3FFSA 1QOPA 4GNJA 4HIBA 5HUOA 3C56A 1DJQA 4QQ3A 3A9IA 5LNRA 2VOMA 3TH6A 1KLYA 1R46A 1YXDA 1ME9A 4HPJA 5CZTA 3VE9A 3PWAA 3LV6A 3BW3A 4I7VA 3LI1A 1OG0A 1RQBA 3ELFA 1A5SA 3RMJA 4QIUA 1TQXA 1S3HA 3HGSA 2QCDB 5G5IA 5LHEA 5CPOA 3MI3A 1SW0A 3P74A 4JTTA 4WJEA 4YMZA 1KM6A 1NF0A 2VFFA 4N6FA 4O54A 3W7CA 4AWUA 2A7PA 4R33A 3D0CA 3CU2A 1GJPA 3LRMA 3LLDA 4WD0A 2X1SA 3LM7A 1LORA 3FIGA 1JCMP 4WY0A 5FF0A 1G7VA 2HS6A 1KBJA 4NXKA 1FBAA 1OFAA 2DP3A 3C6CA 1RVGA 3W7DA 3B0PA 4O1AA 3NQ7A 1JCXA 4FHAA 5LGZA 4UFJA 3AJXA 2CLOA 2Q3OA 4IMCA 4JS3A 5SWUA 2Q8LA 3B04A 3NGJA 3OHIA 4NZFA 2O7QA 1FUYA 2WV8A 3G1SA 2DJLA 2FPTA 3PVFA 1VLIA 3DAQA 5ABTA 3EWUA 4L4LA 3C0JA 2Z2UA 5H91A 1NAL1 3P80A 3R12A 5E0KA 3CWOX 3G24A 5LGXA 1AW1A 3SECA 1I2OA 3W1PA 3ZR4A 2DJXA 3N14A 4UTJA 1WQ5A 3GYEA 4QISA 4GUGA 1LTDA 3I6RA 5BNKA 1XFBA 2GQ9A 1IXPA 3PB0A 1RD5A 1KTCA 3W2UA 4K7YA 3DFSA 2J9XA 3ABQA 4Z1AA 1QPNA 3O6DA 4FB7A 4UIOA 4NXSA 4LWWA 4RXFA 1RV8A 1OX5A 2NXHA 3H54A 3W2MA 1JQXA 1FX6A 3DFNA 4UR7A 3W7HA 3SGUA 3NG3A 3BGJA 4NQ1A 4E0CA 3GXTA 3QZEA 4UR8A 2VFGA 4ADUA 2FFCA 3G0SA 4JYDA 4O0KA 4UTMA 4ZMGA 1H7XA 4ML9A 4JTEA 4NVTA 2C3ZA 5EY5A 3DI0A 4NNBA 1O5XA 5HR6A 1W3IA 4O16A 3PS7A 4JICA 3ZWSA 1PVNA 3CTLA 2A85A 1F05A 2NUXA 2C15A 5F4SA 2CLMA 4M6VA 3DGRA 1ZFJA 3MP5A 4KKXA 3WK3A 4Y90A 1XBVA 1FCVA 1BTMA 3P5ZA 3R5EA 4POCA 3QSRA 4BWLA 4CCEA 4ZQNA 2BX7A 2AAMA 4K39A 4IPIA 3C2RA 1GVOA 1W31A 5U4NA 4A21A 4EF8A 2WSRA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3HV9 A;  2YCL A;  4B5T A;  1AZ1 A;  3C2V A;  4S39 A;  1VEP A;  1MUW A;  1U5J A;  1MQP A;  4EX4 A;  3BAW A;  3POH A;  3P5Y A;  1TV5 A;  3MV1 1;  3TCE A;  2GQ8 A;  1G4T A;  1PXG A;  1E73 M;  3GNP A;  1AZ2 A;  5GJN A;  1DJH A;  1X6L A;  3M0H A;  2V5D A;  3HG3 A;  2IQ0 A;  4NYU A;  4JD4 A;  1IZK A;  4KMQ A;  1K77 A;  1OY0 A;  4H9Y A;  3N34 A;  3CAV A;  3W29 A;  1ZJH A;  5AHL A;  4LRS A;  4XX6 A;  3W1U A;  1U5H A;  4Z2K A;  1CLK A;  3WJS A;  2VUN A;  1GCY A;  1SYT A;  1W0M A;  4C1N A;  2I56 A;  1TJP A;  3LXC A;  5REQ B;  3H7V A;  3NAV A;  4BHY A;  2AKZ A;  2OJP A;  5BXP A;  2POZ A;  3AYT A;  3FN9 A;  1P0E A;  5LIX X;  3GKF A;  1QK2 A;  2NLY A;  3QGV A;  3K8K A;  4AIU A;  3SJ3 A;  3VIM A;  4Q7N A;  3PB2 A;  4O12 A;  4UTW C;  1S1P A;  1LUC B;  1DQU A;  3VOG A;  2V30 A;  2BY0 A;  4ZXL A;  1B4E A;  1MRA A;  1H61 A;  3QMS A;  4K38 A;  3SR7 A;  1TPB 1;  2F38 A;  3WF4 A;  2QCL A;  3W76 A;  3CGT A;  1GZG A;  1F6P A;  3CZE A;  1GOQ A;  4WDT A;  2YW4 A;  3NZ1 A;  1U2Y A;  2WQP A;  3GG7 A;  1KCK A;  1F73 A; 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