1PHQA

Crystal structure of kdo8p synthase in its binary complex with substrate analog e-fpep
Total Genus 63
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
63
sequence length
284
structure length
272
Chain Sequence
MKQKVVSIGDINVANDLPFVLFGGMNVLESRDLAMRICEHYVTVTQKLGIPYVFKASFDKANRSSIHSYRGPGLEEGMKIFQELKQTFGVKIITDVHEPSQAQPVADVVDVIQLPAFLARQTDLVEAMAKTGAVINVKKPQFVSPGQMGNIVDKFKEGGNEKVILCDRGANFGYDNLVVDMLGFSIMKKVSGNSPVIFDVTHALQRAQVAELARAGMAVGLAGLFIEAHPDPEHAKCDGPSALPLAKLEPFLKQMKAIDDLVKGFEELDTSK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystallographic Analysis of the Phosphoenol Pyruvate Binding Site in E. Coli KDO8P Synthase
rcsb
molecule keywords 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase
molecule tags Transferase
source organism Escherichia coli
total genus 63
structure length 272
sequence length 284
ec nomenclature ec 2.5.1.55: 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase.
pdb deposition date 2003-05-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00793 DAHP_synth_1 DAHP synthetase I family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1phqA00
3N73A 3AO0A 3MO7A 5AB3A 2JKAA 3GKFA 1R2TA 1KM1A 3GK0A 3ABSA 1XXXA 3GAKA 4POCA 3GNDA 2PCQA 4LU0A 4NZJA 3SGZA 4NJHA 1H7WA 5FEZA 4TR9A 3HPXA 3CIXA 1M7OA 2CU0A 1X1ZA 3QQ1A 5FEPA 4UFHA 2WV8A 3UPWA 2C16A 2A1YA 4JR5A 4I7VA 3W1TA 2QJHA 3UZJA 5KINA 3VFLA 3I7QA 1SZGA 2ZRUA 3S5ZA 3DH7A 4ADTA 4JTUA 3SI9A 4HSNA 4K7YA 3NQEA 1OF6A 2A21A 3HQ1A 3UWQA 1UB3A 3RU6A 3V75A 2RFGA 2YSWA 2Z1BA 4M6VA 1NF0A 1WYIA 4BWLA 2FDSA 4WY0F 4JX4A 4JTKA 4WY0A 2PE4A 3EWWA 4PL1A 5HQEA 5HJLA 3LI0A 2ZZ7A 1XUZA 4LUJA 1W5QA 2VFGA 3U8GA 3ATZA 1S5WA 4K39A 3UXAA 3B0VC 3LM7A 4UTHA 1GJPA 3C3NA 3QM3A 5U7SA 3M5VA 5DN1A 4UTTC 2G97A 3G1YA 4Y96A 1OFRA 4ADUA 3USBA 3TUUA 3JR2A 1JCNA 5LHFA 5G2HA 3M5XA 2V5LA 4MJMA 4N9CA 3LRKA 1OFDA 3HO8A 3NQMA 4H3DA 4N6EA 2NXHA 3F4WA 1AK5A 5FESA 3A21A 1R30A 4CCEA 4MY1A 1BTMA 2H3BA 4UNLA 1UBSA 1KV8A 3MHFA 2JGQA 2XN2A 1LRTA 2TYSA 4G1KA 4WQ6A 3LHUA 4CNNA 1FWRA 1N7KA 3GXTA 3CB8A 1YYAA 3LERA 2BZNA 5C6MA 4M6PA 4Z1BA 3T55A 3PF3A 4H4IA 1OFQA 3NO5A 3DFSA 5DXYA 4AAJA 4EVZA 1HO4A 3IVSA 3EXSA 2E5BA 2Z6JA 4WOQA 3LHTA 2HSAA 1H50A 3C56A 1K7XA 1XCFA 3B0PA 4S2BA 4H6KA 1CX9A 2CLHA 5K9CA 4O8RA 5LKYA 2CLFA 4OBTA 3BLIA 1H60A 4AEOA 1X6UA 3WK3A 1I45A 3N3MA 3GYEA 3GDRA 5KZEA 4UFMA 1JUKA 4O1DA 3TW7A 1FCBA 3LCFA 1XI3A 4QM1A 2DORA 2V9DA 3WFAA 2NV2A 1IXNA 3L2IA 4CQ8A 4RV8A 3HG2A 5AHLA 3TSBA 1OYBA 1XBVA 2NWRA 3LCLA 4MYAA 3Q58A 4RZ5A 3W22A 3BARA 1D3HA 1C9DA 2NWSA 3IGXA 3D0CA 3S8HA 5CZJA 4UIOA 3L5AA 3W7OA 3DXIA 2C1HA 3HJZA 2ZZ4A 1VLWA 2OCZA 4MFDA 2V5BA 1I2QA 1T96A 2C13A 3B8DA 2ZQ0A 1A5SA 4ZZ9A 1O5XA 3TJLA 1FWSA 2B7NA 3S1UA 3NZRA 3U2OA 3W7LA 1F73A 4AHPA 2QJIA 2BXVA 1HL2A 3E12A 3SZ8A 4D2JA 4JTIA 3SW6A 1KA9F 2E77A 3W7EA 4IX0A 2EAWA 4X2RA 5G1TA 4K37A 3W7QA 2YZRA 3JS3A 3DKJA 2NXGA 5TBOA 1HO1A 1W5OA 1GVSA 3DZ1A 1TJPA 1H63A 4HPXA 1VH7A 1TPB1 5AHFA 4DF1A 1FX6A 3W6YA 4K7VA 1IIGA 1K8ZA 4FXSA 2ZTJA 1OABA 4GE8A 4K8HA 3TFCA 1Q6LA 2VFHA 4DQWA 4CNOA 4A2RA 1GYNA 3CWNA 4JTSA 1JCLA 1EP3A 3R12A 4BR1A 5EMUA 1FDJA 4EF8A 4PTNA 2RDTA 5CPMA 1ZAIA 3W88A 1F2JA 2Y89A 2TSYA 2RDUA 2VC6A 3C52A 3QSTA 1TPUA 1W31A 3MP4A 2Y88A 4EIVA 3NR0A 5LNWA 4GWEA 3M5YA 1F7BA 4HIBA 2JGYA 1ZCOA 4I7WA 4A2SA 3M43A 1QPOA 3L0GA 3HGRA 3H53A 2A0NA 1TPFA 2E5CA 3O8AA 4NNCA 4ICNA 1BWLA 3G0XA 3NNTA 3PBYA 3G1AA 1B4EA 3RLUA 3PB0A 1KBJA 4HN4A 2B4GA 1FCVA 3KRUA 3QPYA 4UTKA 3S1WA 3QSRA 3G8RA 3KFTA 3PSVA 4ZQPA 3V1PA 2H8XA 5BOOA 2GPTA 3KXQA 3FYOA 1YTEA 3NOEA 3ABRA 5D30A 2CLLA 2CZ5A 2ZZ5A 5H91A 2WSYA 1OHLA 5DCEA 2AAMA 4JTTA 4O57A 3STFA 2NX3A 3EB2A 3O06A 1DBTA 1H7OA 2XFWA 2GVJA 4UUIA 4X3ZA 3U6WA 2CZEA 3G1XA 4O52A 1AL8A 3GDTA 3LXAA 3WK2A 2QF7A 1ZNNA 2GJNA 2CZFA 1Q6RA 1F6PA 3TC6A 4AF0B 3VCRA 3NZ1A 3LLDA 1GVFA 1TRDA 3YPIA 1KTCA 4BK9A 1JCJA 3EX1A 4DBEA 4UNKA 3LHZA 4LOCA 1VHCA 1R2RA 3PY2A 4FF7A 1ML1A 5E1QA 1YDNA 5AC6A 3IVTA 3EWXA 3P62A 3QMSA 5D03A 2J9ZA 3LTYA 3LB0A 2LLEA 1OX6A 5FEXA 1H61A 4JYFA 2BSLA 1IXOA 1O5KA 3W2MA 2Y7EA 3S9YA 1L6YA 3ZFHA 2C6QA 3KVMA 4FB7A 4N9DA 4MPQA 3TU9A 1Q6QA 4OWGA 3NQFA 3M41A 5CPOA 1EWEA 2X1UA 3SFKA 2F84A 4NT0A 1TSIA 2QCHA 3O63A 1UASA 3W2LA 5AC8A 5BRBA 1EWDA 3L67A 3EWUA 3O6CA 1WBJA 3W1NA 4RR4A 3UWZA 3CTLA 3PB2A 2NX1A 3PSWA 2QAFA 4N2YA 4XKYA 5FI8A 3CIWA 1L6WA 4IPJA 3GX9A 2OT1A 3W7RA 1FUYA 1MXSA 5F4SA 1OFOA 1KFCA 1OYAA 5AHEA 5LZLA 1ADOA 3B04A 1ME7A 2YXGA 2VELA 4JD4A 5L9FA 2RKXA 3CT7A 1W3IA 2QCGA 1H51A 3W1PA 3CU2A 3N2XA 2A4AA 1YTDA 4JIPA 4GUJA 1TTQA 5AC7A 1IXPA 4B5NA 4FNTA 1I8JA 3PAJA 3W7JA 1QPQA 1SPQA 1L2UA 3BLFA 4UMAA 1S5TA 4LNYA 3KRZA 4OE7A 4IOTA 1KM2A 3PUOA 4RXGA 4FX6M 1WQ5A 3SR7A 1JUEA 2V81A 1Y0EA 2HTMA 4LS0A 1QO2A 4DF2A 1TPWA 4AWSA 1LZOA 5K3VA 1QR7A 2J27A 1TPDA 4WZHA 3DHDA 4N6FA 4O4VA 1OX4B 5G2WA 1QOPA 1YDVA 3LCXA 1PV8A 3N19B 1W5PA 2R94A 3CC1A 4LW7A 2V82A 4IPIA 2Y85A 5CZ0A 4YXGA 1ICQA 1TJRA 2HMCA 1FWTA 2NLIA 4LVFA 1ALDA 2ZZ1A 4P61A 2KZHA 1PCKA 1VR6A 1KV5A 3LXCA 5F4XA 3W2KA 1H7RA 2DZVA 3KAOA 4UFIA 2C14A 3GVGA 1SQ7A 5AHIA 3SY5A 2X1TA 1VHNA 1TCDA 3T44A 3O1NA 5HWJA 3E0IA 1I2PA 4WX2A 3KVLA 1L6SA 3QQ0A 2CW6A 4RZ6A 1QMLA 5DELA 4MOZA 3LXBA 4C1KA 3FOKA 3WJZA 1P0KA 1KFEA 3LDVA 1QWGA 4JXCA 1QFEA 4DPPA 4O28A 3NQAA 4LRTA 1OF8A 1T8XA 1V5XA 3FKRA 1MEWA 4QIUA 4O10A 5D2YA 5EBUA 3L0NA 3W1LA 1GZGA 2BX7A 1FQ0A 5AOUA 2HS6A 5K7JA 2CLEA 4RXFA 2VFIA 1DJQA 4MIMA 1SW0A 2E68A 1HUVA 3FYPA 3BK0A 1VS1A 4JY8A 3MI2A 5HNRA 3G24A 4BFAA 1Z42A 1ME8A 3DI0A 5DCDA 1OFEA 4IMFA 2YPIA 4XUGA 4IMDA 4NZFA 1RVGA 3RLVA 4O15A 2C18A 1Q3NA 1Z48A 1XBXA 2CLOA 1RD5A 4FX7A 3BGJA 4WY0B 4ONVA 1VYSX 1TMHA 3LCIA 3H54A 3HG5A 4IJBA 3UY7A 4UTTA 3F1QA 2YCEA 3G1DA 3W7GA 3L65A 1JCXA 2FFCA 1M7PA 1B57A 2VXNA 4TO8A 5DCBA 1D9EA 3S5NA 2ZRXA 1B3OA 2ZA2A 3TDFA 1XUUA 2PURA 5EPDA 3C0JA 2XN0A 2X30A 4UTLA 5K4XA 3G3MA 1ZY9A 2QCDA 3UWVA 1NF7A 2ABBA 1G4SA 4JGDA 1E51A 3C2EA 5J5RA 5G5IA 3M0ZA 2VOMA 3OHIA 3S0CA 4EF9A 1C29A 3GAYA 2JBMA 2A85A 4WXYA 2NUWA 3BW4A 4PL2A 4JYDA 2NX9A 1Z41A 1TV5A 4TX9A 1G7VA 3GIYA 3UWYA 1KM5A 2PRLA 3TXZA 2A7PA 3MYPA 1GVRA 3RNDA 4M7SA 5AHNA 1PCWA 1C8VA 3QW3A 3LTPA 3KOFA 2WSQA 2RDWA 3PWAA 4MUZA 4Z0JA 1SO3A 3N9RA 4X22A 1AW1A 2CLKA 1R2SA 1DVJA 5TQLA 3DBPA 1ME9A 1TPVA 2VFFA 1K03A 4DPQA 4LC6A 3MUXA 1J5TA 2VEKA 1EP2A 3O6DA 3TC7A 4MY9A 4UTWC 2DP3A 3Q37A 2QUUA 3TMQA 4K8EA 1V7YA 3BG3A 1A53A 5I3FA 5K9DA 2Q3OA 4Z1DA 3QZEA 4LTSA 1IXQA 4LVBA 4OU1A 4YL2A 5A5WA 2VEPA 3TROA 2E6AA 3P67A 5D02A 3WJXA 5HWNA 3TW6A 1M6JA 4ZQMA 3NGJA 5FF3A 1W1ZA 4MY8A 1VC4A 5FF0A 4FXRA 4JTFA 1CI1A 4FNUA 1A5AA 2BLEA 5D37A 2UV8G 4GNJA 4PH6A 1Q45A 4E0CA 3W71A 5LNVA 5CKSA 2GOUA 3PUEA 3RMJA 2I9EA 3UYCA 4YCOA 1FXQA 4MJZA 3LCGA 3NQ7A 2VEMA 3OVQA 1PS9A 4DO5A 1PHWA 3HG3A 5H2ZA 3LV5A 3H55A 5CSRA 3M44A 1SR9A 2GVGA 3CLMA 4LWWA 4R34A 2V30A 3MHGA 4IMCA 3IIOA 5AHMA 1K7EA 4UFKA 5DBTA 1GVQA 1ZENA 3UY8A 3M9YA 4QNWA 2E1DA 3GXPA 4K6AA 3FJLA 2X16A 1ZAJA 2QAPA 4QNEA 1YPFA 2GJLA 1YXDA 3ATYA 5F1UA 3HOJA 3TX9A 1SW7A 1ZJIA 3Q94A 3EX6A 3DFQA 4WJEA 1I2NA 5C54A 3NQGA 5KITA 2IQTA 1W8SA 4IXXA 2O7SA 4MVAA 1N55A 3BG9A 2YR1A 3W1QA 1MO0A 1O4UA 2ABAA 2FB3A 5D2WA 3STCA 1PIIA 2G5WA 2WNNA 1TYGA 5IM51 4QQ3A 2YX0A 1VCGA 3WK1A 2ZBTA 2X2GA 3GXNA 1QOQA 2C19A 1VCVA 4Y90A 1ZFJA 1JQXA 2QDGA 2A5HA 4GC4A 4N4QA 4ZQCA 1LCOA 4HHPA 1RQHA 3A23A 3RFAA 3QF0A 3W7MA 1QCWA 5I3GA 4UC5A 2G96A 4Q4KA 4BI5A 5U4NA 4ZVJA 5IBXA 1YTKA 2B7QA 4XTDA 2VEIA 3N34A 4GRSA 2DJLA 1OVDA 3SSJA 5DXXA 1NVMA 3MMTA 4NQ1A 3W87A 3QW4B 4FO4A 4HT3A 4IXHA 4A22A 4NU7A 1YADA 4NJGA 3P7YA 4QITA 3MYOA 1F05A 1SW3A 2QKFA 4XTIA 5LNUA 3VI2A 4JTGA 2YDAA 3LBMA 3A9IA 1H1ZA 1OK4A 3TSDA 5K9XA 3TQKA 1FDYA 4MZYA 4FHAA 3NQ8A 4BI6A 2J9XA 3A22A 2V2HA 3TA6A 3C6CA 3THAA 3DFTA 1TPC1 1TTIA 3PG8A 5GVJA 1DOSA 4NXKA 2B7PA 1DKWA 3B06A 5HINA 3GNNA 3IIVA 3W7PA 3TV8A 1R46A 1FDZA 4UTJA 5EKYA 5HR7A 4BI7A 1NEYA 4CLMA 2PRMA 4DBDA 2WOQA 1W5MA 3HPZA 3L66A 4AHQA 4LV9A 5DY3A 1YDOA 2ZDRA 1TPEA 4DF0A 1G4EA 1WDWA 2CWNA 4K38A 4QISA 4OT7A 3DFNA 1X1OA 3BW3A 2ZRZA 5HR6A 1W54A 5KTLA 3W76A 1D3GA 1JRCA 3G22A 4EWND 1DJNA 1S3HA 1KW1A 3HG4A 5LNRA 2H6RA 1FCQA 1G67A 1K8YA 4KWVA 5DLCA 1BWKA 4UXDA 3C8FA 3PUDA 3UPBA 4HSOA 3P5ZA 4FIRA 4I9AA 4O1AA 1YLVA 1SO6A 5HUPA 2GVLA 4XZ9A 1PVNA 3TJXA 2ZRYA 3M5ZA 1RR2A 3GR7A 3MW7A 1JVNA 1G4PA 4GUFA 4FNSA 3PBUA 4O18A 1TTPA 3G0SA 4LS2A 4O1CA 4NX0A 3W85A 3I68A 2A6LA 2NUYA 3CM4A 2P10A 3R8RA 3W83A 1VRDA 3FS2A 2E6YA 2I1OA 3ZWSA 2YFNA 1K3UA 3WK0A 3FKKA 4XKYB 3UWWA 2EHHA 5D09A 4GUIA 5D33A 2OJPA 4PC8A 2EF9A 3OVPA 4DXVA 1J2WA 4O16A 1EX5A 2DU2A 5SWUA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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