1PL9 | Genus

Total Genus 70

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	70
sequence length	284
structure length	272
Chain Sequence	MKQKVVSIGDINVANDLPFVLFGGMNVLESRDLAMRICEHYVTVTQKLGIPYVFKASFDKANRSSIHSYRGPGLEEGMKIFQELKQTFGVKIITDVHEPSQAQPVADVVDVIQLPAFLARQTDLVEAMAKTGAVINVKKPQFVSPGQMGNIVDKFKEGGNEKVILCDRGANFGYDNLVVDMLGFSIMKKVSGNSPVIFDVTHALQRAQVAELARAGMAVGLAGLFIEAHPDPEHAKCDGPSALPLAKLEPFLKQMKAIDDLVKGFEELDTSK

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__4902916791687573__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__4902916791687573__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1PL9/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__4902916791687573__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"4902916791687573","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1PL9/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__4902916791687573__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Transferase
source organism	Escherichia coli
publication title	Crystal structure of KDO8P synthase in its binary complex with substrate analog Z-FPEP rcsb
molecule keywords	2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase
total genus	70
structure length	272
sequence length	284
ec nomenclature	ec 2.5.1.55: 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase.
pdb deposition date	2003-06-08

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00793	DAHP_synth_1	DAHP synthetase I family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	1pl9A00

3PBVA 1GG0A 3EWZA 4UTKA 1TIMA 2DZVA 3F03K 2VXNA 3S0CA 5HWJA 3P81A 3KRZA 1SR9A 2YPIA 4YXGA 5K7JA 1F5ZA 3W1LA 2FPYA 4UTLA 5HWMA 1K8XA 1EP2A 3OBKA 3MUXA 1Q6RA 4AEOA 2A7PA 2J88A 3R8RA 1NFBA 3LXCA 1XM3A 3B03A 3PBYA 1ICPA 1T96A 4M19A 2TPSA 2Z6IA 1AW5A 1EWEA 1I2PA 3F4WA 2Y70A 4BK9A 1TTIA 1QWGA 3HG3A 4GUIA 4JTKA 3R12A 5AHMA 2QCLA 4LY8A 1VC4A 2RHGA 1JUKA 1FCBA 3HB9A 4CNNA 1B4KA 1FQ0A 2R14A 1TRDA 3UQNA 2YYTA 3LV6A 4OHQA 4LVDA 5I3KA 3N9RA 1O94A 3BG9A 1OK4A 1FWRA 4B5NA 5FEXA 3CLMA 1K8ZA 3P82A 4FNSA 1OVDA 5EYWA 1FWWA 3PWAA 3W1NA 4IMEA 1A5BA 1XL9A 1OHLA 2FIQA 4MLRA 2GJNA 1R2TA 2NV1A 4UFHA 5L6UA 4GE8A 1L9WA 3LXAA 2B7PA 2VFDA 4R34A 4A2SA 3M44A 1TYGA 2E68A 1WA3A 3EX2A 1W31A 5D04C 4D2JA 1Z42A 4X9SA 1THFD 1JCXA 2Y88A 2WSYA 3QQ1A 3FKRA 3S1VA 2J6XA 5CSSA 5D32A 4OWGA 3W7EA 1P0NA 2ISWA 2Z2UA 1MO0A 1K03A 4O10A 4WY0B 1KV8A 5HR7A 3EWYA 3SI9A 2WOQA 4HN4A 1W54A 5K3VA 4U4MA 2O7SA 1LTDA 4PFMA 3GIYA 3L5LA 2W79A 2NUXA 2YFNA 1LORA 4BI5A 5F1VA 1KLYA 2VFFA 3IIZA 2J9XA 4OBTA 2Y7GA 3NVTA 4LVFA 2E5BA 5AC6A 5D2TA 3BPWA 3YPIA 1X6UA 3W84A 1Q6LA 5AYXA 3S1XA 1YYAA 3RU6A 2DJLA 4UNLA 4GUGA 4NNBA 2UV8G 3GKFA 1KM2A 2X30A 4XTDA 3NQ2A 4O1DA 4WXZA 3R89A 3VI2A 1H7RA 4HNTA 3HPZA 4LNYA 1LM1A 4ALDA 3W7RA 3GKAA 1GVQA 3PB2A 3SFKA 4UFJA 3BARA 1I45A 5D37A 4RJEA 3QPYA 4CCEA 2ZTJA 4YMZA 3RMJA 1GVRA 3LXBA 4UMBA 4LRSA 1QPQA 4NJIA 5KZDA 1GPWA 3DKJA 3W7MA 4DBDA 3HG5A 5CPLA 2QUUA 4Y90A 4TO8A 4QSHA 2FQIA 3BW3A 2BTMA 4ONVA 3GDTA 4XTIA 3UWWA 1FCUA 4NZFA 4UFLA 3G3MA 4WOZA 3HGRA 2A85A 2ZZ7A 3FKKA 4P2VA 1I4NA 1NSJA 3IGSA 2A6NA 5HNRA 4O57A 3STGA 3CHVA 3EKLA 4NT0A 3PBWA 2ZZ1A 4M5PA 4Q33A 3S5OA 4IMCA 4UTMA 5F2LA 5KTLA 3NYZA 2A7RA 3NQFA 5DCDA 3O15A 4IMGA 4YL2A 1UB3A 1GEQA 4AWTA 4DO4A 4ZQNA 3LHTA 5EKYA 4MKNA 3W70A 1KFKA 2ZA3A 3S5ZA 3LBCA 1H7WA 3B0UX 5AHFA 3BLFA 4EVZA 1GVFA 2QF7A 3T4CA 4H4IA 5K9CA 1NF0A 4IWWA 5J5DA 2V5LA 3PBUA 5K4ZA 3SY5A 3TMLA 1EEPA 1XCFA 3P62A 3LHWA 1MEHA 1LLZA 1ALDA 1YPIA 1SSGA 3BLEA 3QQ0A 1LCOA 2Q3RA 5D2WA 4DO5A 3TXZA 4AWSA 3FFSA 1AW1A 3PG8A 1F76A 1WXJA 3NDOA 4LV4A 4MPQA 4MY1A 4PCFA 1DJNA 2FDSA 3W7DA 5EMUA 3TAOA 2DORA 4PL1A 3P74A 1TJRA 3FJLA 2OX1A 4ORMA 4LVAA 3MWAA 1JCLA 3W2KA 1YXCA 3C56A 4ZQCA 1LLWA 3KFTA 4TIMA 3LTPA 3GVGA 4NUWA 3W1AA 4KKXA 4NU7A 2NXGA 1LP6A 3TNOA 1PHWA 2GQ8A 4FNRA 3FLUA 4O54A 3EB2A 4RKAA 3IIOA 1W3TA 2OCZA 2CFFA 3GXNA 2QJIA 3HO8A 3OG3A 4CCDA 2WNNA 2GVGA 2CLMA 4XKYA 3W7LA 4LT9A 3G8EA 1D9EA 2DP3A 3NQAA 1Y0EA 3QJAA 3W1PA 2GJLA 4AMAA 3FEMA 1QO2A 3B4UA 4UIOA 2C6QA 2ISVA 4DEFA 5LNRA 4S1FA 1LDCA 1I2RA 3MYPA 4TMBA 4Y6GA 1TPFA 4NJKA 1SPQA 1O5XA 3UD6A 2J27A 2CLKA 4JYEA 3IV3A 1C8VA 4UTIA 5I3IA 1G6CA 1JCJA 2EAWA 3C2EA 3STEA 4JEQA 4ZQPA 1H63A 1TV8A 4Q32A 2BWGA 2V2DA 1OK6A 1JUEA 2ZQ0A 2WNZA 3C4UA 1RQBA 1N55A 3WFAA 1YPFA 5I3HA 4FX6M 1X1ZA 2QDGA 3P61A 3DBPA 3EKZA 1B3OA 2VFGA 4HIBA 3I65A 1PS9A 1ZENA 3CB8A 5C6MA 4FXRA 2VFEA 3UWVA 1JUBA 3W7IA 1FCQA 3NQVA 4GFSA 4R7JA 3GR7A 5DXYA 3QM3A 4HNUA 3A21A 4M7SA 3PUDA 3W2MA 5G2IA 1FBAA 3CQ0A 3NQMA 3S42A 3W2NA 1F6PA 5I3JA 1QPOA 1KTCA 2R8WA 4PTNA 4UR8A 3WJZA 1DKWA 4IJBA 3LI0A 3BW4A 2V0TA 1OFRA 3LHYA 1B4EA 1G7UA 4O14A 4GUFA 1SQ7A 3LCLA 1KM0A 5H2ZA 1KFBA 2BLEA 5DBUA 3N2MA 3U2OA 2HS6A 4N6FA 1RQEA 3HGSA 5DELA 1SW0A 1W1ZA 2XN2A 5KMYA 2RKXA 3CIXA 4MZ8A 2JK2A 4DPPA 2WPBA 3CIWA 4MOZA 5HQEA 4M6VA 1DJQA 3DFPA 3SIZA 4N4PA 3G1FA 5LNWA 3I7RA 5T26A 3TC7A 2C13A 2P0OA 1Q6QA 1HL2A 3IVTA 3MI3A 3G0UA 1TPWA 3KOFA 1MSSA 3GLCA 1X7FA 4FIQA 2YFOA 1S5TA 1OFQA 5HULA 3ZFHA 2WSRA 3MO7A 4BFAA 2QJHA 3NQ7A 1OJXA 5AYZA 3W7KA 1VHNA 3KHJA 2GQ9A 3WK1A 2FLIA 3L2IA 1JQVA 1IIHA 1K7XA 1ICSA 2OZ0A 4U28A 1WAUA 1TSIA 4WY0F 1VLIA 3QSRA 2BXVA 3FS2A 5DBTA 2I9EA 4XWUA 3IVUA 3TJLA 1OYAA 1JVNA 4YCPA 4AB4A 2QCMA 4IPIA 5DY3A 1LRNA 2H8ZA 3ZWSA 5I3GA 5F1UA 2B7NA 1YDNA 1X1OA 3EEGA 4HSOA 5BMXA 3M1ZA 2X2GA 3PF3A 1JR1A 4MLJA 3MHUA 4KFOA 2E1DA 3SZ8A 5KSWA 3SGUA 3W1UA 2ZZ4A 2QCDB 4RLIA 3DHDA 3ELFA 1DQWA 3MW7A 3PS7A 1QMLA 2QCEA 3F4NA 5F2MA 1G4EA 4AF0B 3GDRA 1JCYA 2HTMA 3RFAA 1QO5A 1RZMA 2ATSA 4JIQA 2RDTA 5D02A 2Z0IA 3IVSA 2NWRA 3UXDA 3E9AA 1XDMA 4I7UA 3BO9A 5F4XA 3TMQA 1GTHA 3NG3A 5F4SA 3N2XA 2AAMA 3NZ1A 5G5IA 1W5QA 1MXSA 1I2OA 4C1LA 1J5TA 2G95A 4DF0A 5HWNA 3NEVA 4WD0A 3I7SA 2EGZA 4AHPA 4UFKA 2C3ZA 2E5DA 2NUWA 3S5NA 4HPXA 3WJXA 2Q8ZA 1SFJA 3DGRA 3VNDA 3WJYA 1XBYA 1PHQA 3HQ1A 5AYYA 4UXDA 3W72A 1WX0A 5KZEA 3H55A 4GWEA 3I68A 1SO4A 3A9IA 3W7HA 2VENA 4S2CA 4HSNA 3TXVA 4QIUA 3FIGA 2V30A 2TSYA 3O1NA 3NZRA 5SWUA 5ABTA 2A5HA 3A22A 5FF3A 1JJKA 5FEWA 3BW2A 3QC3A 4RZ4A 3GXPA 4A3UA 2A21A 2OT1A 2YW4A 4K8EA 2ZTKA 4UNKA 4WY0A 2X1RA 3EX4A 3DXIA 2JKPA 1ZJIA 2VKZG 1QDSA 3G1DA 2QUVA 3P67A 1XBXA 2V2CA 3T7VA 2D73A 1OFDA 3PY2A 3WJSA 1FWNA 3NL6A 3CTLA 3L5AA 3UZJA 2YYUA 1W3NA 1R2RA 3NA8A 3HPSA 3W7OA 1FDJA 2PC4A 4I7VA 3IIVA 1TB3A 4JYDA 1GZGA 4UCGA 4I7WA 2NLIA 3UXAA 3BK0A 3JR2A 3NQEA 3VE7A 4QAIA 3FA5A 5IBXA 4A29A 3NQ8A 3EWBX 3LDVA 3N19B 1KTBA 5EA9A 1IGSA 1OFAA 1OX4A 4LW7A 2I14A 5EPDA 5BMWA 3M6YA 5HMSA 4HNVA 1ZNNA 4JYFA 5L9FA 1PV8A 5HUOA 1U5JA 1IXOA 3W71A 3KRUA 1CW2A 3NQGA 4ZQOA 1JCNA 1HUVA 1QOQA 2WSQA 5FI8A 3RLUA 1WYIA 4LTSA 3W74A 2DU2A 4K37A 3CWNA 5C55A 2A1YA 1TPH1 1J2WA 1U83A 1KFJA 3KVMA 4ADUA 5IBXC 1OYBA 3W07A 3DFOA 3TQVA 3MJYA 3MBDA 4N9DA 2B7QA 4UMCA 7TIMA 2IQTA 4NJHA 2DZWA 1GVOA 2J24A 4Z1CA 6TIMA 3DENA 2FTPA 2YZRA 1QR7A 4IX2A 4ORIA 1VH7A 3LGEA 1TTQA 3H54A 3FOKA 3PC0A 2CZEA 3M41A 3GB6A 3UWQA 3OIXA 1HO1A 3LRLA 2G97A 2CWNA 4CNPA 4Z0SA 2B4GA 3DFQA 1EPXA 3Q58A 5E1QA 2C0AA 3A5FA 3T78A 3TROA 2C1HA 2NX3A 1ZCOA 5DCEA 3TW7A 2DZUA 3EX1A 3UPWA 1JULA 4LUIA 3N3MA 2E6FA 1ZHAA 5AOUA 4LC8A 4LS1A 4WZHA 4JDYA 2F7FA 2KZHA 3U8GA 3UWYA 4BWLA 4O4WA 4O53A 3MI2A 3W3OA 1XI3A 2YX0A 3ABRA 2ALDA 2C19A 3O06A 3DAQA 2ZA1A 5C54A 3O63A 1GOXA 1C9DA 2WO5A 1Z44A 1XDLA 4BI7A 3M16A 1SSDA 1VJIA 2HS8A 4EIVA 4UFIA 3CWOX 5DCBA 3W7GA 4IPJA 3QFEA 4UTHA 3F1QA 4K7YA 4PL2A 2QR6A 1W5PA 1TJPA 3CEPA 1J4EA 3B06A 1ADOA 1MEIA 1IXNA 3TIMA 4K38A 4W9TA 2Y62A 4LVBA 1GVSA 2WQPA 4N4QA 3T55A 3O16A 1IXPA 3QZEA 4Q4KA 4N6EA 1L6YA 4PA8A 4O1AA 4GBUA 4A22A 2DZSA 1BWLA 1FXQA 3MI6A 4DPQA 3UY7A 4BWLC 3M7WA 3L0GA 4UMAA 2X1SA 4X2RA 4WXYA 4Y96A 1EA0A 5GVJA 3TQ0A 2H3BA 4XBKA 1YTDA 4FXSA 3LTSA 3TH6A 1TMHA 4OV9A 1VS1A 3TA6A 4O50A 2ATMA 1SW7A 4RZ6A 4RK8A 1TV7A 5LSMA 3S8HA 1B57A 4LRTA 4O1CA 2J9ZA 5LHFA 1PVNA 1X8FA 2X1UA 4LC6A 3OHIA 1V5XA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3FGC A;  4XZL X;  2IPF A;  2JBM A;  4GY1 A;  3V1H A;  1W3L A;  1ZJH A;  4ZZ9 A;  1B3Z A;  3UGV A;  1PZ1 A;  4CU6 A;  4KS0 A;  5HMD A;  4AD5 A;  5FJI A;  5HUP A;  3MCO A;  1HN1 A;  3AJX A;  3QEZ A;  4ICN A;  1VRX A;  3C8F A;  5FF4 A;  4HYR A;  5EL1 A;  2CZF A;  3LHV A;  1CXL A;  1KCX A;  3N2T A;  1UP2 A;  4B16 A;  4GAB A;  3CMF A;  4HPN A;  5J04 A;  3UEQ A;  4EOU A;  1XLG A;  4DIA A;  4M0X A;  3FJ6 A;  1TRI A;  2D24 A;  3HA1 A;  3P5Z A;  1EFZ A;  3AZS A;  4B5T A;  1V93 A;  1VPX A;  4LF1 A;  2QCN A;  1GVI A;  2VC6 A;  4AFY A;  3S46 A;  3TJ4 A;  3GK0 A;  1BLI A;  4YTS A;  5E5C A;  2ZBT A;  4HA3 A;  3I6R A;  3VIP A;  3WZ0 E;  1TPC 1;  3EWX A;  2V81 A;  1IEX A;  2WHL A;  3HOJ A;  1H1Z A;  1W0M A;  2X41 A;  4O0Z A;  4LBU A;  2PD5 A;  3EBV A;  2BGS A;  3GNN A;  2H9A A;  1MRA A;  1DJY A;  2VEI A;  3RLV A;  1G4T A;  1D3C A;  3WBW A;  2CZV A;  5LGZ A;  2FZD A;  2RDU A;  5EMY A;  1FCV A;  1O60 A;  4JTT A;  1EUA A;  1S3H A;  5DMM A;  4NAS A;  3NNT A;  1R47 A;  4J3T A;  1FWS A;  2Z24 A;  3TTQ A;  2Z4G A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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1PL9A

Total Genus

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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