1PL9A

Crystal structure of kdo8p synthase in its binary complex with substrate analog z-fpep
Total Genus 70
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
70
sequence length
284
structure length
272
Chain Sequence
MKQKVVSIGDINVANDLPFVLFGGMNVLESRDLAMRICEHYVTVTQKLGIPYVFKASFDKANRSSIHSYRGPGLEEGMKIFQELKQTFGVKIITDVHEPSQAQPVADVVDVIQLPAFLARQTDLVEAMAKTGAVINVKKPQFVSPGQMGNIVDKFKEGGNEKVILCDRGANFGYDNLVVDMLGFSIMKKVSGNSPVIFDVTHALQRAQVAELARAGMAVGLAGLFIEAHPDPEHAKCDGPSALPLAKLEPFLKQMKAIDDLVKGFEELDTSK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Crystal structure of KDO8P synthase in its binary complex with substrate analog Z-FPEP
rcsb
molecule keywords 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase
molecule tags Transferase
source organism Escherichia coli
total genus 70
structure length 272
sequence length 284
ec nomenclature ec 2.5.1.55: 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase.
pdb deposition date 2003-06-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00793 DAHP_synth_1 DAHP synthetase I family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1pl9A00
3ELFA 3PUDA 2BSLA 3TUUA 1QO5A 3A24A 4AB4A 1W3TA 4IGHA 3T7VA 1W1ZA 1VR6A 1XM3A 3KVJA 4WX2A 5C5YA 1ZHAA 3UPWA 1N55A 4DPQA 1LLWA 2QKFA 3S1WA 1K7FA 1WYIA 4O4VA 4LUIA 1TPVA 3W1TA 2Z6IA 2Z6JA 3UY8A 2TYSA 1KFBA 1RV8A 3R5EA 3LCGA 4NNCA 2CZEA 3C2RA 4JTLA 1OFQA 3B04A 4I7UA 1S5WA 3E49A 3GIYA 5DY2A 4BI7A 1PIIA 3CB8A 3W1AA 4WZHA 2ZCGA 5G5IA 3M5VA 1A50A 1Z41A 2D73A 4J9JA 3TH6A 3SY5A 5U7SA 1NEYA 3TJXA 2A21A 1FXQA 1JCJA 3T44A 3OVQA 1XDLA 4ML9A 1K7XA 1C8VA 4XUGA 2P1FA 2Y7FA 4WQ6A 4AEOA 4DO5A 2V2CA 2J6XA 3LLDA 3M6YA 1UCWA 2ZQ0A 1U5JA 2ZTKA 1J5TA 1VPXA 4O19A 1KA9F 3G3MA 3A23A 4E2DA 4TIMA 2DJXA 1DKWA 4C1KA 2Y85A 4YCPA 2EHHA 1B4KA 2YYTA 3IRDA 1NSJA 1FDJA 1MEHA 1LOLA 1LRQA 3TA6A 5HNRA 5EA9A 1R2RA 1VQTA 3DI1A 1W54A 1F6KA 4BI5A 2A7PA 3F03K 1PVNA 4MLRA 3S5YA 3TQKA 3W7GA 3M41A 1KFLA 4O10A 3TX9A 2WSRA 1OX5A 1QMLA 2QR6A 4GXMA 1G69A 5KMYA 1EUNA 2FQIA 5H2ZA 2C19A 1AG1O 4RLIA 4ORMA 4NUWA 3OBKA 3MBDA 4IMFA 6TIMA 2Y89A 3PULA 3IVUA 3BK0A 3LERA 3U6WA 2QJGA 5DBUA 1TTIA 3FJ6A 4XZ9A 3R8RA 1FCBA 5F2IA 3W7EA 1TPC1 1JRBA 1SO6A 2RKXA 3LB0A 2QUTA 2Y7DA 1R47A 2G96A 5HJLA 4OV4A 4UTJA 3O06A 3LX9A 5IBXA 3UWWA 1GVFA 2W79A 1YDOA 1F76A 5AHLA 3BO9A 5F1UA 2HTMA 3M44A 1KFKA 4HT3A 3C8FA 3SI9A 2CLFA 3PUOA 1S3HA 2HMCA 1G4SA 2ZZ2A 5KINA 3OIXA 2DP3A 1XBVA 2ZA1A 1VYRA 3I7RA 1XL9A 4NQ1A 3ZFHA 3STCA 4WY0A 3FYOA 4UMBA 2C15A 4MZ1A 4JEQA 4GC4A 4M19A 3W74A 1H5YA 1VCGA 4RXFA 3KVKA 5EYWA 1PV8A 1YTDA 2FPYA 2H8ZA 3MO7A 2P0OA 4JX5A 3EX3A 3NR0A 1JULA 1SR9A 1OABA 1OX4A 3EXRA 5F4SA 5AHFA 4K8EA 3L2IA 3BG9A 3NQ7A 3EWBX 4G1KA 4DO6A 4NJHA 2B4GA 1DJQA 4TU1A 1ME7A 4LS2A 4QIUA 5AYXA 1OYBA 2EPHA 1FDYA 4N9BA 3FOKA 3G1VA 3NL2A 4ZQPA 3W86A 1VS1A 5F2GA 1AK5A 5LGZA 1HTIA 1EWEA 1L6YA 3N2XA 2TMDA 2QJHA 3M7WA 3NPUA 1XUUA 2ISWA 4X3ZA 3P8IA 2VFHA 3BW4A 3G1XA 2VKZG 1EA0A 3VE7A 2YYUA 5HINA 1GYLA 3LI0A 5KZDA 4UC5A 5F2MA 1NF7A 4RX0A 1LYXA 1PHQA 5LZLA 1GT8A 3A5FA 4MLJA 5ABTA 1OYAA 3HOJA 3NVTA 4QISA 1W5OA 2B7PA 2JBMA 4O11A 4UR8A 3HQ1A 1LTDA 3WK1A 3LTPA 1XBZA 4O53A 3CEUA 4NJIA 3GDMA 1O4UA 1SU5A 3EX6A 1VH7A 1W5NA 2YW4A 4GUGA 3MP4A 3LGEA 3ZWTA 3FEMA 3UWYA 1UASA 5FF3A 5KITA 1K3UA 4OU1A 1JQXA 1VYPX 4JYDA 3UY7A 1AMKA 3RLVA 3F4WA 2CLEA 5AHNA 2CZFA 1YADA 1SZFA 4IMGA 2B7QA 1VLIA 3C6CA 3NA8A 4A22A 1H7OA 1TO3A 4DELA 5A8GA 1SW3A 1NFBA 4O1AA 4WOQA 4M6PA 5FF2A 3SSJA 3LHZA 3WJZA 1HO1A 1T0OA 4QITA 3P67A 5K7JA 2HS8A 1IXQA 2NZLA 1KLZA 1LRNA 4QJ1A 5AYYA 4UUIA 1K8XA 1SZNA 2WSYA 1ICPA 2DZPA 3TC7A 2ZRZA 1TRDA 4AVFA 5AC6A 2Y63A 4JX6A 2JK2A 2OJPA 1T8XA 3DKLA 3G22A 3CHVA 2VXNA 1LP6A 1UB3A 4UXDA 3W7LA 3F4NA 3G0XA 2FDSA 4UTHA 4MYXA 1OFPA 1OF8A 1HG3A 1M7OA 3ABOA 4UTUA 3BG3A 1ZNNA 4NJGA 1RPXA 3LRLA 3GDRA 3QQ0A 1QPQA 3O1NA 4AXKA 3HPSA 3M47A 1Z42A 3NO5A 2YR1A 3M1ZA 1W5MA 3PS7A 3D0CA 4N2YA 5EMUA 4UFLA 3T4CA 3TXZA 5K4ZA 1SO3A 2VFIA 3NQFA 1LOQA 1C29A 4O1CA 1RQHA 3NG3A 1QPNA 1NVMA 1O95A 4A29A 5HQEA 5FF0A 3GZ3A 1H7RA 4KWVA 2NXHA 2QCMA 1FCVA 4LY8A 1G4PA 1BKSA 3TIMA 1H63A 3W7RA 3LTYA 1YXCA 2EGZA 2GVGA 3W7CA 3W84A 1TQJA 1KBJA 2C18A 1M6JA 2V5BA 3WJYA 3TMQA 1I2NA 4Q4KA 3W1RA 4FXSA 3GDTA 3CC1A 1FX6A 5CZJA 2QUVA 3W2JA 1D3GA 1SPQA 3P74A 3P80A 4Y6GA 3OVPA 2DJLA 1SQ7A 1DVJA 2R14A 2YPIA 4UNKA 2VOMA 5LNVA 1TTQA 2X1SA 3S1UA 1I45A 4UFMA 2ZZ4A 1LORA 1ZAIA 1FBAA 4UFKA 3UWQA 4HNVA 3QH2A 5EBUA 4O50A 4CQ8A 1YXDA 5FF4A 1VCFA 5TIMA 5CSRA 2A1YA 3R2GA 2YCEA 4ADSA 3CWOX 3N3MA 4Z1AA 2IQTA 4A2RA 3L0KA 3HG4A 3W71A 3ABRA 2CLMA 3QM3A 2OT0A 1FCUA 3EX1A 3B06A 5DXYA 1KLYA 4Y9AA 3W22A 4BK9A 2WQPA 3P5YA 5E93A 1TJPA 4CCDA 3SGZA 1LM1A 5DCDA 3FFSA 4XBKA 3LBMA 2XN1A 5AN7A 5BNKA 1FWSA 5FEPA 4E0CA 1LDCA 1TV5A 4DBEA 1OFRA 4NZJA 1GTHA 3LCWA 2NXGA 4H6KA 1DQWA 2E77A 2ZZ5A 1QAPA 3KX6A 8TIMA 1XBYA 1IXNA 4FX7A 1H7WA 1YDNA 1L2UA 2VFFA 4N9EA 5CPMA 3BV4A 3UXDA 2FPTA 3TE9A 1BWLA 3DFSA 4PFMA 1TYGA 1O60A 3B0PA 1EP2A 5E1QA 1EX5A 4FNPA 1TQXA 1FWTA 3HGRA 5F4XA 3PWAA 4H3DA 4IX0A 4OE7A 4RR4A 5IBXC 2JKAA 1DJNA 1EB3A 1FDZA 1KTNA 3G3DA 2FJKA 3TMLA 4S2BA 2E6FA 5D04C 1VLWA 3W70A 3JRKA 3MHGA 4A21A 3WJSA 3NQGA 1JVNA 1O94A 2CZDA 1ONRA 4UR7A 2FFCA 4OV9A 5BW6A 3NOEA 3EKLA 5LNUA 2WNZA 3GK0A 1O5KA 4OHQA 1EWDA 3QW4B 1SSGA 4LOCA 3UXAA 4NX5A 3C52A 1G7UA 2CLOA 1RQEA 3WJWA 4NX0A 1QWGA 4JTEA 2Q3OA 2YZRA 3EWYA 1PHWA 1ICSA 3W07A 3NQMA 3W9ZA 1AW1A 2VFGA 3I65A 1GWJA 4MJZA 3W2UA 4GJ1A 2RDUA 4UFHA 4UTMA 4NNBA 4S1FA 3OA3A 2Y62A 1TJRA 1XFBA 2DZWA 4LW7A 4PL1A 3NPVA 4BFAA 2ALDA 2J24A 2GUUA 2OCZA 3TK7A 4HKPA 4K38A 2VFDA 3MP3A 3MYOA 2Y70A 4DF2A 2QCLA 1AW5A 2J27A 5D2XA 1SUXA 1SFJA 4MY1A 2QCFA 3VFLA 4RZ5A 4Z1CA 4LC8A 4ZMGA 4EWND 2YXGA 3SGUA 5LKYA 4CNOA 5DBTA 3Q2DA 5A5WA 3E12A 1YTKA 4IXHA 1LROA 3L9CA 3O6CA 3UD6A 1DHPA 3W76A 1JJKA 3L5LA 3BVJA 4PTNA 1Q6LA 1ZAJA 2Z2UA 3PBUA 4WD0A 3LV5A 3LHVA 5GVJA 4EF9A 1UUOA 3C61A 3DHFA 3ZS4A 3P61A 5K4XA 2X1TA 3FJLA 1IXPA 4NNAA 5D33A 4UTIA 2QDHA 3C2FA 5G2IA 2FTPA 3L0GA 3W1XA 1HUVA 3LBCA 5D02A 3O05A 1W5QA 3KFTA 1A5AA 3FS2A 3GVGA 4NZFA 5AYZA 5K9CA 3IIPA 4X22A 2F84A 2X30A 1GEQA 3A9IA 3LTSA 5SWUA 4HNNA 3JR2A 4MFDA 2NUWA 1CI1A 4JN6A 1ME9A 4RK8A 1F05A 2QCNA 1JR1A 4YLWA 4ZQRA 4IX2A 3P60A 3JS3A 4ZL1A 4UTTA 3NZRA 4GWEA 1Q6RA 5D09A 1X6UA 1HO4A 4KFNA 3VKJA 3NPWA 2V2HA 4KWWA 1O5XA 3QSRA 1FWWA 1ZALA 3LXBA 5DCBA 3BGGA 3GDKA 1GQNA 1X7FA 1TMHA 2DORA 2YGYA 1H62A 2QCDA 4ZQCA 1ME8A 4K7VA 5HMSA 4QNWA 1LBFA 4UTWC 3PB2A 4JTUA 4CQ9A 3TU9A 4I7WA 1F6PA 3BARA 3EEGA 1BEUA 5IM51 3LDVA 3CWNA 1B9BA 2E6YA 5EKYA 4RZ4A 3G1SA 4JY8A 1K7EA 5CPOA 4Z1DA 1I2OA 2ZA2A 4S2CA 3K30A 1FXPA 3W88A 3LHWA 4WXZA 3G1HA 3PF3A 4ORIA 3DH7A 4N4QA 5H91A 3IGUA 4LVAA 4M6VA 2BLEA 1VHNA 4O54A 3TSBA 1A5BA 2NUYA 2UV8G 4OGZA 3TQ0A 1W37A 1WX0A 5HWNA 2E5DA 3EWZA 1TRIA 4XTDA 3QMRA 1XI3A 2FIQA 3NQAA 5I3KA 1P5BA 1MEWA 3CU2A 2A85A 4LRSA 5AHIA 1ZAHA 1ZY9A 1PCWA 1DV7A 3CLMA 2C13A 4YWIA 1OFOA 3S5NA 4L4LA 4FNRA 2DZSA 4K37A 1TV8A 3O07A 3W2LA 1KFEA 2CWNA 4PODA 1WV2A 2JKEA 3BLIA 1KM5A 2RHGA 3QPZA 4OT7A 2ABAA 2I9EA 3FA5A 5DN1A 3SR7A 5CSSA 6ALDA 2YFOA 3HF3A 1KFJA 3UZ5A 3HPXA 3GAYA 1EEPA 3HGSA 3HO8A 4XBSA 2E5BA 1SW0A 5CZ0A 3LRKA 4RV8A 4ADTA 1GVOA 3R13A 3LCLA 4XWUA 1KV8A 3DFQA 1YDVA 3THQA 2V5LA 3MW7A 4ZQOA 3NZ1A 2V81A 1LBLA 4JIQA 3F1QA 4QSHA 3G24A 3NL3A 1UUMA 1WXJA 3QSTA 4GRSA 3W7PA 2GQAA 3HPZA 4LVGA 3O8AA 3MI3A 4NJJA 4Z1BA 3B4UA 1IIHA 3DGRA 1M5WA 1KM3A 3PVFA 3W7NA 4LVDA 1P1XA 4E38A 3B03A 3IGSA 5D2VA 3FYPA 4Z0JA 3C2VA 3QYQA 4FB7A 5F4WA 4MOZA 4WUIA 2VEIA 2PRMA 1FQ0A 1GVRA 3QFEA 2BTMA 2Y88A 3W7HA 4AMAA 2VEMA 1WBJA 3DBPA 5LNRA 4UTLA 1ZJIA 4O28A 3N2MA 3WFAA 3NL5A 2B7OA 4EIVA 3TSDA 3VI2A 2TPSA 4AF0A 3W7QA 3C56A 1S5VA 4GBUA 3M43A 1R2SA 5D37A 3L68A 4JXCA 2GOUA 4Q32A 1VJIA 4IPIA 4MY8A 1GYNA 1P0NA 3ZWSA 4N6EA 3UPBA 1W3IA 4BWLC 1V5XA 2G97A 3SZ8A 2ZZ3A 3DZ1A 4NVTA 2C14A 4UNLA 3UWVA 2ZBTA 2YFNA 1M7PA 3DFOA 4CQAA 4NT0A 2H3DA 3EKZA 4MUZA 1N8FA 1JCXA 3DXIA 2BXVA 3DKJA 3C3NA 4HN4A 3O6DA 3M16A 1EP3A 5BOOA 3O15A 1R30A 4A2SA 2E6DA 4AH7A 5G2WA 5HUPA 2A5HA 1KV5A 1NAL1 2PURA 4YMZA 5EL1A 1GPWA 2NX9A 4RKAA 3TW7A 3NQ6A 2OMAA 2QUUA 3CIXA 1DORA 2GJLA 4GUJA 4LS0A 2A7NA 3TXVA 2HS6A 2DZUA 3N14A 1K8YA 2NXIA 4JIPA 1Y0EA 4NJKA 1DQXA 3G18A 5HR6A 3IVTA 2KZHA 3VCRA 1FUYA 5K9DA 4DPPA 4CNPA 2H6RA 3W85A 4N9CA 2V8ZA 4CNNA 5BMXA 2X16A 3W75A 1QR7A 3E02A 3G0SA 3IV3A 3GB6A 4UTWA 3TDFA 4TMCA 5AFDA 4A3UA 1G67A 3GX9A 2E09A 2Q8ZA 5G4EA 2V0TA 3W1QA 3HIJA 3TFCA 3PY2A 3U8GA 3EWUA 2ABBA 2Y6ZA 3GXNA 5CGQA 1QNVA 2CU0A 5MHBA 1F73A 4PL2A 3PG9A 3LLFA 1LCOA 4KFOA 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 4MPQ A;  5T26 A;  3FIG A;  3BPW A;  4JY9 A;  3IGX A;  3W72 A;  4JTH A;  1EPX A;  4TR9 A;  2J9X A;  2J9Z A;  3ATZ A;  3TRO A;  3AJX A;  2NV2 A;  2H90 A;  1OK4 A;  1NF0 A;  2J9Y A;  3WK3 A;  1JCN A;  4AHP A;  1HFB A;  4LU0 A;  3Q94 A;  5HWM A;  1JUB A;  2C3Z A;  2JGY A;  2XN0 A;  1JUK A;  3R89 A;  4HSN A;  1I2P A;  2GVJ A;  3NDO A;  3WJX A;  5DXX A;  2G95 A;  3GR7 A;  2AQW A;  4O0Z A;  3N9R A;  3P84 A;  2XFW A;  3C0J A;  4P61 A;  4K6A A;  1IF2 A;  4GFS A;  1F74 A;  1QPR A;  3BW3 A;  4LV4 A;  5CZT A;  4O52 A;  4DEF A;  3QQ1 A;  2H8X A;  1H7P A;  4PA8 A;  4GE8 A;  1A5C A;  5EY5 A;  3M5X A;  2CLL A;  4JTK A;  2RH9 A;  3B0V C;  1JRC A;  4GNJ A;  4AWS A;  4LNY A;  1OJX A;  1LLZ A;  1H61 A;  2QCG A;  3L5A A;  3BGJ A;  1MXS A;  5AOU A;  5U4N A;  3IIO A;  3QZE A;  1TRE A;  3T78 A;  3TR2 A;  5HUO A;  4C1L A;  3C2E A;  5J5D A;  4HIB A;  3NQV A;  4DO4 A;  1R46 A;  1IIG A;  1I8J A;  1V7Y A;  3NQC A;  4U4M A;  4BI6 A;  2OX1 A;  1TV7 A;  2HSA A;  4JDY A;  4JIC A;  3PG8 A;  4WY0 F;  2E68 A;  2ZZ6 A;  3WK0 A; 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 4RZ6 A;  3G0U A;  4ONV A;  1BWK A;  3HG2 A;  5AC7 A;  2I14 A;  4UCG A;  1MEI A;  2WPB A;  3C2O A;  3USB A;  1DBT A;  2ZZ1 A;  2VFE A;  4BF9 A;  4IJB A;  2DU2 A;  3BW2 A;  5D32 A;  2QCC A;  2PCQ A;  2PRH A;  3P5Z A;  2E5C A;  3S42 A;  4FNT A;  1D3H A;  2E1D A;  1LZO A;  3PR2 A;  1Q3N A;  1TPD A;  1K03 A;  2WO5 A;  2WOQ A;  3RND A;  3G1Y A;  4MKN A;  1PS9 A;  1I2Q A;  1GZG A;  1T99 A;  3W1M A;  4NXS A;  3G1F A;  3ABS A;  5AHM A;  5DLC A;  1WAU A;  3N9S A;  5I3H A;  4WXY A;  1RQB A;  3R12 A;  1TPU A;  2NV1 A;  3NQE A;  3KHJ A;  2C1H A;  4P2V A;  1W0M A;  2QDG A;  5FEX A;  5AHE A;  3S0C A;  5HR7 A;  3CEP A;  2A0N A;  1GOX A;  5K3V A;  1PCK A;  3S8H A;  4UFI A;  1J4E A;  1H1Y A;  5C2X A;  1L6S A;  3GR8 A;  4Y90 A;  4U28 A;  1UJP A;  2GQ8 A;  2P10 A;  3NL6 A;  4UMA A;  1W56 A;  5D2W A;  3SFK A;  2J88 A;  2QF7 A;  4O1D A;  1B4E A;  4O12 A;  3TW6 A;  3W2N A;  3W6Y A;  4CLM A;  3L66 A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 3S2L A;  3TUU A;  1QO5 A;  1IEX A;  3BH4 A;  1XGE A;  1KXT A;  1W3T A;  1CB7 B;  3T7V A;  4C65 A;  1N55 A;  3GXD A;  2WXD M;  5FCZ A;  4O4V A;  4D6H A;  4LUI A;  3W1T A;  3ZVI A;  2Z6I A;  1KFB A;  3BDK A;  1G94 A;  2CZE A;  4AEF A;  1IHI A;  4I7U A;  1NQK A;  1PX8 A;  3M0L A;  2DSK A;  1IZK A;  1XCW A;  1GEH A;  2DH2 A;  1TVN A;  3K4D A;  1NWR A;  3WQV A;  1GKP A;  2NVD A;  4K68 A;  4XIS A;  3CB8 A;  3VNZ A;  4Y9N A;  2D73 A;  3TH6 A;  1ELS A;  3TJX A;  3SQL A;  1XDL A;  1M04 A;  3OZO A;  2BVT A;  1O12 A;  3G6L A;  2BG5 A;  4WQ6 A;  2OQL A;  3QXB A;  1GHR A;  2V2C A;  1YE4 A;  3FYY A;  2X7V A;  1BTC A;  4L1W A;  1J5T A;  1VPX A;  3P6L A;  1KA9 F;  2XZ7 A;  2EQD A;  4TIM A;  2DJX A;  4E6M A;  2BNJ A;  1KGW A;  3M0K A;  2C91 A;  1GZJ A;  3B8V A;  4ZE4 A;  5A6L A;  5EA9 A;  3DI1 A;  1UPM B;  2E3Z A;  3BMX A;  3ZT7 A;  3HV8 A;  1ZP4 A;  1PVN A;  3AHZ A;  3TX9 A;  2Z28 A;  2QR6 A;  1JXJ A;  3UZX A;  1BYC A;  1EUN A;  3WFZ A;  4C5Y A;  5H2Z A;  4C60 A;  1WCG A;  1J12 A;  4GA8 A;  2NSX A;  4GY1 A; 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